View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF4034_high_3 (Length: 414)

Name: NF4034_high_3
Description: NF4034
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF4034_high_3
NF4034_high_3
[»] chr3 (5 HSPs)
chr3 (1-394)||(49201860-49202253)
chr3 (2-378)||(49206816-49207192)
chr3 (1-394)||(49186880-49187273)
chr3 (1-378)||(49211401-49211766)
chr3 (8-394)||(49190590-49190964)
[»] chr1 (5 HSPs)
chr1 (1-394)||(31526696-31527080)
chr1 (1-394)||(51823577-51823970)
chr1 (1-394)||(32593321-32593702)
chr1 (122-394)||(37030147-37030419)
chr1 (8-84)||(37030057-37030133)
[»] chr8 (1 HSPs)
chr8 (9-374)||(26755869-26756231)
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (1-43)||(52267388-52267430)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 374; Significance: 0; HSPs: 5)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 374; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 394
Target Start/End: Original strand, 49201860 - 49202253
Alignment:
1 aggaggcaacatgcccgtttgctcatggacagtcttaaacaaaggtggcaacatcttgtagacaccagcaacttctttcatacccatggaaccttcagtt 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
49201860 aggaggcaacatgcccgtttgctcatggacagtcttaaacagaggtggcaacatcttgtagacaccagcaacttctttcatacccatggcaccttcagtt 49201959  T
101 ttttcaccaccactatcactaccattagtccaaatactaatcttaggctcaagtccgcgtaccgcctcggcattaatcttagcaatctcttgaaacatgc 200  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
49201960 ttttcaccaccactatcactaccattagtccaaatactaatcttaggctcaagtccgcgtactgcctcggcattaatcttagcaatctcttgaaacatgc 49202059  T
201 caccatttatcatcaagtaatcccttacagctgtgtagttgtttccaagtgcattgagaagtgtacttacatacgctccttgagcattcccaagtgtcac 300  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
49202060 caccatttatcatcaagtaatcccttacagctgtgtagttgtttccaagtgcattcagaagtgtacttacatacgctccttgagcattcccaagtgtcac 49202159  T
301 aatcccctctgcctcttttttctttgcgtatagctctgcttcggcttcttgcttgcgagcataaaatgttgcatctgctgacgctttctgtgct 394  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
49202160 aatcccctctgcctcttttttctttgcgtatagctctgcttcggcttcttgcttgcaagcataaaatgttgcatctgctgacgctttctgtgct 49202253  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 313; E-Value: 1e-176
Query Start/End: Original strand, 2 - 378
Target Start/End: Original strand, 49206816 - 49207192
Alignment:
2 ggaggcaacatgcccgtttgctcatggacagtcttaaacaaaggtggcaacatcttgtagacaccagcaacttctttcatacccatggaaccttcagttt 101  Q
    ||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||     
49206816 ggaggaaacatgcctgtttgctcatggacagtcttaaacagaggcggcaacatcttgtagacaccagcaacttctttcatacccatggcaccttcagtta 49206915  T
102 tttcaccaccactatcactaccattagtccaaatactaatcttaggctcaagtccgcgtaccgcctcggcattaatcttagcaatctcttgaaacatgcc 201  Q
    || | |||  | |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
49206916 ttcccccattattatcaccaccattagtccaaatactaatcttaggctcaagtccgcgtaccgcctcggcattaatcttagcaatctcttgaaacatgcc 49207015  T
202 accatttatcatcaagtaatcccttacagctgtgtagttgtttccaagtgcattgagaagtgtacttacatacgctccttgagcattcccaagtgtcaca 301  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |    
49207016 accatttatcatcaagtaatcccttacagctgtgtagttgtttccaagtgcattgagaagtgtacttacatacgctccttgagcattcccaagtgtcata 49207115  T
302 atcccctctgcctcttttttctttgcgtatagctctgcttcggcttcttgcttgcgagcataaaatgttgcatctgc 378  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| | ||||||    
49207116 atcccctctgcctcttttttctttgcgtatagctctgcttcagcttcttgcttgcgagcataaaatgtggaatctgc 49207192  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 294; E-Value: 1e-165
Query Start/End: Original strand, 1 - 394
Target Start/End: Original strand, 49186880 - 49187273
Alignment:
1 aggaggcaacatgcccgtttgctcatggacagtcttaaacaaaggtggcaacatcttgtagacaccagcaacttctttcatacccatggaaccttcagtt 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||    
49186880 aggaggcaacatgcccgtttgctcatggacagtcttaaacagaggtggcaacatcttgtagacaccagcaacttctttcatacccatggcaccatcagtt 49186979  T
101 ttttcaccaccactatcactaccattagtccaaatactaatcttaggctcaagtccgcgtaccgcctcggcattaatcttagcaatctcttgaaacatgc 200  Q
     || | |||| | |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||     
49186980 attcccccactattatcaccaccattagtccaaatactaatcttaggctcaagtccgcgtattgcctcggcattaatcttagcaatctcttgaaacatgt 49187079  T
201 caccatttatcatcaagtaatcccttacagctgtgtagttgtttccaagtgcattgagaagtgtacttacatacgctccttgagcattcccaagtgtcac 300  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |  |||||||||||    
49187080 caccatttatcatcaagtaatcccttacagctgtgtagtcgtttccaagtgcattgagaagtgtacttacatacgctccttgagcttgtccaagtgtcac 49187179  T
301 aatcccctctgcctcttttttctttgcgtatagctctgcttcggcttcttgcttgcgagcataaaatgttgcatctgctgacgctttctgtgct 394  Q
    ||| ||||||||||| ||||||||||| || ||||||||||| ||| |||| |||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
49187180 aattccctctgcctcctttttctttgcataaagctctgcttcagctgcttgtttgctagcataaaatgttgcatctgccgacgctttctgtgct 49187273  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 260; E-Value: 1e-145
Query Start/End: Original strand, 1 - 378
Target Start/End: Original strand, 49211401 - 49211766
Alignment:
1 aggaggcaacatgcccgtttgctcatggacagtcttaaacaaaggtggcaacatcttgtagacaccagcaacttctttcatacccatggaaccttcagtt 100  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||  |      |||||||       
49211401 aggaggcaacatgcctgtttgctcatggacagtcttaaacagaggtggcaacatcttgtacacaccagcaacttctttcatcgc------accttcac-- 49211492  T
101 ttttcaccaccactatcactaccattagtccaaatactaatcttaggctcaagtccgcgtaccgcctcggcattaatcttagcaatctcttgaaacatgc 200  Q
        | |||| | |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
49211493 ----ccccactattatcaccaccattagtccaaatactaatcttaggctcaagtccgcgtaccgcctcagcattaatcttagcaatctcttgaaacatgc 49211588  T
201 caccatttatcatcaagtaatcccttacagctgtgtagttgtttccaagtgcattgagaagtgtacttacatacgctccttgagcattcccaagtgtcac 300  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
49211589 caccatttatcatcaagtaatcccttactgctgtatagttgtttccaagtgcattcagaagtgtacttacatacgctccttgagcattcccaagtgtcac 49211688  T
301 aatcccctctgcctcttttttctttgcgtatagctctgcttcggcttcttgcttgcgagcataaaatgttgcatctgc 378  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| | ||||||    
49211689 aatcccctctgcctcttttttctttgcgtacagctctgcttcagcttcttgcttgcgagcataaaatgtggaatctgc 49211766  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 233; E-Value: 1e-128
Query Start/End: Original strand, 8 - 394
Target Start/End: Original strand, 49190590 - 49190964
Alignment:
8 aacatgcccgtttgctcatggacagtcttaaacaaaggtggcaacatcttgtagacaccagcaacttctttcatacccatggaaccttcagttttttcac 107  Q
    ||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |      |||||||       | |    
49190590 aacattcccgtttgctcatgaacagtcttaaacaaaggtggcaacatcttgtagacaccagcaacttctttcatcgc------accttcac------ccc 49190677  T
108 caccactatcactaccattagtccaaatactaatcttaggctcaagtccgcgtaccgcctcggcattaatcttagcaatctcttgaaacatgccaccatt 207  Q
    ||| | |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
49190678 cactattatcaccaccattagtccaaatactaatcttaggctcaagtccgcgtactgcctcagcattaatcttagcgatctcttgaaacatgccaccatt 49190777  T
208 tatcatcaagtaatcccttacagctgtgtagttgtttccaagtgcattgagaagtgtacttacatacgctccttgagcattcccaagtgtcacaatcccc 307  Q
    |||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||| | |||||||||||||||||||||||||| |||    
49190778 tatcatcaagaaatcccttacagcagtgtagttgtttccaagtgcattgagaagtgcacttagatacaccccttgagcattcccaagtgtcacaattccc 49190877  T
308 tctgcctcttttttctttgcgtatagctctgcttcggcttcttgcttgcgagcataaaatgttgcatctgctgacgctttctgtgct 394  Q
    |||||||| ||||||||||| |||||||||||||| ||| ||||| ||||||||||||||||||| |||||| | ||||||||||||    
49190878 tctgcctcctttttctttgcatatagctctgcttcagctgcttgcgtgcgagcataaaatgttgcgtctgctaatgctttctgtgct 49190964  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 262; Significance: 1e-146; HSPs: 5)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 262; E-Value: 1e-146
Query Start/End: Original strand, 1 - 394
Target Start/End: Original strand, 31526696 - 31527080
Alignment:
1 aggaggcaacatgcccgtttgctcatggacagtcttaaacaaaggtggcaacatcttgtagacaccagcaacttctttcatacccatggaaccttcagtt 100  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||| ||||||||        
31526696 aggaggcaacatgcctgtttgctcatggacagtcttaaacaaaggtggcaacatcttgtaaacaccagcaacctctttcatacccatagaaccttcg--- 31526792  T
101 ttttcaccaccactatcactaccattagtccaaatactaatcttaggctcaagtccgcgtaccgcctcggcattaatcttagcaatctcttgaaacatgc 200  Q
          || ||| | ||||  |||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||    
31526793 ------cctccattgtcacctccattagtccaaatactaatcttaggttcaagtccacgtaccgcctcagcattaatcttagccatctcttgaaacatgc 31526886  T
201 caccatttatcatcaagtaatcccttacagctgtgtagttgtttccaagtgcattgagaagtgtacttacatacgctccttgagcattcccaagtgtcac 300  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
31526887 caccatttatcatcaagtaatcccttagagctgtgtagtcgtttccaagtgcattgagaagtgtacttacatacactccttgagcattcccaagtgtcac 31526986  T
301 aatcccctctgcctcttttttctttgcgtatagctctgcttcggcttcttgcttgcgagcataaaatgttgcatctgctgacgctttctgtgct 394  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||   | ||||||||||||    
31526987 aatcccctctgcctcttttttctttgcatatagctccgcttcggctgcttgcttgcgcgcataaaatgttgcatctgacaatgctttctgtgct 31527080  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 262; E-Value: 1e-146
Query Start/End: Original strand, 1 - 394
Target Start/End: Original strand, 51823577 - 51823970
Alignment:
1 aggaggcaacatgcccgtttgctcatggacagtcttaaacaaaggtggcaacatcttgtagacaccagcaacttctttcatacccatggaaccttcagtt 100  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||| |||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||| | |    
51823577 aggaggcaacatgcctgtttgctcatggacagtcttgaacagaggtggcagcatcttgtagacaccagcaacctctttcatacccatagaaccttcggct 51823676  T
101 ttttcaccaccactatcactaccattagtccaaatactaatcttaggctcaagtccgcgtaccgcctcggcattaatcttagcaatctcttgaaacatgc 200  Q
     || | || ||| | || |  |||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||| ||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||    
51823677 attccgcctccattgtcccctccattagtccaaatactaatcttaggttcaagtccacgtactgcctcagcattaatcttagccatctcttgaaacatgc 51823776  T
201 caccatttatcatcaagtaatcccttacagctgtgtagttgtttccaagtgcattgagaagtgtacttacatacgctccttgagcattcccaagtgtcac 300  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
51823777 caccatttatcatcaagtaatcccttagagctgtgtagtcgtttccaagtgcattgagaagtgtacttacatacgctccttgagcatttccaagtgtcac 51823876  T
301 aatcccctctgcctcttttttctttgcgtatagctctgcttcggcttcttgcttgcgagcataaaatgttgcatctgctgacgctttctgtgct 394  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||| |||||||||  ||||||||||||||||||||  | ||||||||||||    
51823877 aatcccctctgcctcttttttctttgcgtatagatctgcttcagctgcttgcttgcacgcataaaatgttgcatctgccaatgctttctgtgct 51823970  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 237; E-Value: 1e-131
Query Start/End: Original strand, 1 - 394
Target Start/End: Complemental strand, 32593702 - 32593321
Alignment:
1 aggaggcaacatgcccgtttgctcatggacagtcttaaacaaaggtggcaacatcttgtagacaccagcaacttctttcatacccatggaaccttcagtt 100  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||| ||||||||||| |||||||| ||||| |||||||| |||    
32593702 aggaggcaacatgcctgtttgctcatggacagtcttaaacagaggtggcagcatcttgtaaacaccagcaacctctttcatgcccatagaaccttccgtt 32593603  T
101 ttttcaccaccactatcactaccattagtccaaatactaatcttaggctcaagtccgcgtaccgcctcggcattaatcttagcaatctcttgaaacatgc 200  Q
     || | || |||            ||||||||||||||||||||||| ||||||||  |||| ||||| ||||| |||||||| ||||||||||||||||    
32593602 attccgcctcca------------ttagtccaaatactaatcttaggttcaagtccatgtactgcctcagcattgatcttagccatctcttgaaacatgc 32593515  T
201 caccatttatcatcaagtaatcccttacagctgtgtagttgtttccaagtgcattgagaagtgtacttacatacgctccttgagcattcccaagtgtcac 300  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
32593514 caccatttatcatcaagtaatcccttagagctgtgtagtcgtttccaagtgcattgagaagtgtacttacatacactccttgagcattcccaagtgtcac 32593415  T
301 aatcccctctgcctcttttttctttgcgtatagctctgcttcggcttcttgcttgcgagcataaaatgttgcatctgctgacgctttctgtgct 394  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||| ||||||||||||||||||||  | ||||||||||||    
32593414 aatcccttctgcctcttttttctttgcgtatagctctgcttcagctgcttgcttgcgcgcataaaatgttgcatctgccaatgctttctgtgct 32593321  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 177; E-Value: 3e-95
Query Start/End: Original strand, 122 - 394
Target Start/End: Original strand, 37030147 - 37030419
Alignment:
122 ccattagtccaaatactaatcttaggctcaagtccgcgtaccgcctcggcattaatcttagcaatctcttgaaacatgccaccatttatcatcaagtaat 221  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||  |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
37030147 ccattagtccaaatactaatcttaggctcaagtcctcgtattgcctcggcgttaatcttagcaatctcttgaaacatgccaccatttatcatcaagtaat 37030246  T
222 cccttacagctgtgtagttgtttccaagtgcattgagaagtgtacttacatacgctccttgagcattcccaagtgtcacaatcccctctgcctctttttt 321  Q
    |||| ||||||||||||| ||||||||||||||| |||||| ||||||||||| | |||||||| |  |||| ||||||||| ||||||||||| |||||    
37030247 ccctcacagctgtgtagtcgtttccaagtgcattaagaagtttacttacatacaccccttgagcttgtccaactgtcacaattccctctgcctccttttt 37030346  T
322 ctttgcgtatagctctgcttcggcttcttgcttgcgagcataaaatgttgcatctgctgacgctttctgtgct 394  Q
    |||||| || ||||||||||| ||| |||| |||| ||||||||||||||||||||| || ||||||||||||    
37030347 ctttgcataaagctctgcttcagctgcttgtttgctagcataaaatgttgcatctgccgatgctttctgtgct 37030419  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 73; E-Value: 3e-33
Query Start/End: Original strand, 8 - 84
Target Start/End: Original strand, 37030057 - 37030133
Alignment:
8 aacatgcccgtttgctcatggacagtcttaaacaaaggtggcaacatcttgtagacaccagcaacttctttcatacc 84  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
37030057 aacattcccgtttgctcatggacagtcttaaacaaaggtggcaacatcttgtagacaccagcaacttctttcatacc 37030133  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 196; Significance: 1e-106; HSPs: 1)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 196; E-Value: 1e-106
Query Start/End: Original strand, 9 - 374
Target Start/End: Original strand, 26755869 - 26756231
Alignment:
9 acatgcccgtttgctcatggacagtcttaaacaaaggtggcaacatcttgtagacaccagcaacttctttcatacccatggaaccttcagttttttcacc 108  Q
    ||||||| |||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||  ||| ||||||||||| ||    
26755869 acatgcctgtttgctcatggactgtcttaaacagaggtggcaacatcttgtacacaccagcaacttctttcatacctatgccaccgtcagttttttcgcc 26755968  T
109 accactatcactaccattagtccaaatactaatcttaggctcaagtccgcgtaccgcctcggcattaatcttagcaatctcttgaaacatgccaccattt 208  Q
    |||  ||||||   ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||  ||||| ||||||||||| ||||| ||| |||||||||||||||||    
26755969 accgttatcac---cattagtccaaatactaatcttaggttcaagtccgcgtatagcctcagcattaatcttcgcaatatctcgaaacatgccaccattt 26756065  T
209 atcatcaagtaatcccttacagctgtgtagttgtttccaagtgcattgagaagtgtacttacatacgctccttgagcattcccaagtgtcacaatcccct 308  Q
    ||||||||||| |||||||||||||| || |    ||||||||| |||||||| ||||||||| || | |||||| |||||||||||||||| |||||||    
26756066 atcatcaagtagtcccttacagctgtataatcacctccaagtgcgttgagaagggtacttacacacaccccttgaccattcccaagtgtcacgatcccct 26756165  T
309 ctgcctcttttttctttgcgtatagctctgcttcggcttcttgcttgcgagcataaaatgttgcat 374  Q
    | ||||| || |||||||| |||||||||||||||||| |||| || |||||||||||||||||||    
26756166 ccgcctccttcttctttgcatatagctctgcttcggctgcttgtttacgagcataaaatgttgcat 26756231  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 39; Significance: 0.0000000000006; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000006
Query Start/End: Original strand, 1 - 43
Target Start/End: Complemental strand, 52267430 - 52267388
Alignment:
1 aggaggcaacatgcccgtttgctcatggacagtcttaaacaaa 43  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
52267430 aggaggcaacatgcctgtttgctcatggacagtcttaaacaaa 52267388  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University