View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF4035_low_28 (Length: 254)

Name: NF4035_low_28
Description: NF4035
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF4035_low_28
NF4035_low_28
[»] chr3 (9 HSPs)
chr3 (13-238)||(24614526-24614751)
chr3 (13-238)||(24116623-24116848)
chr3 (13-238)||(23693085-23693310)
chr3 (13-238)||(23711525-23711750)
chr3 (13-238)||(23729981-23730206)
chr3 (13-238)||(23748436-23748661)
chr3 (21-238)||(24108916-24109133)
chr3 (13-238)||(23689627-23689852)
chr3 (13-238)||(24061864-24062089)
[»] chr6 (4 HSPs)
chr6 (142-238)||(11390762-11390858)
chr6 (142-238)||(11419766-11419862)
chr6 (49-119)||(11390684-11390754)
chr6 (49-119)||(11419870-11419940)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 202; Significance: 1e-110; HSPs: 9)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 202; E-Value: 1e-110
Query Start/End: Original strand, 13 - 238
Target Start/End: Original strand, 24614526 - 24614751
Alignment:
Q  13 gattatacttatatgccggaagaaatatgtcaaatggagaagcttatcctacaagaacttggttggattttaacggttccaacaccttatgtttttcttg 112  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  24614526 gattatatttatatgccggaagaaatatgtcaaatggagaagcttatcctacaagaacttggttggatattaacggttccaacaccttatgtttttcttg 24614625  T
Q  113 ttagaaacataagggcgtgtcttttatccgatgaagacaagatcatggagaacatggtgtttttcttctctgagctcagcttgacaaatcaatccattgt 212  Q
    |||||||||| || |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  24614626 ttagaaacatgagagcgtgtcttttatccgatcaagacaagatcatggagaacatggtgtttttcttctctgagctgagcttgacaaatcaatccattgt 24614725  T
Q  213 gtgcgactataagccttcaatgattg 238  Q
    ||||||||||||||||||||||||||    
T  24614726 gtgcgactataagccttcaatgattg 24614751  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 178; E-Value: 4e-96
Query Start/End: Original strand, 13 - 238
Target Start/End: Complemental strand, 24116848 - 24116623
Alignment:
Q  13 gattatacttatatgccggaagaaatatgtcaaatggagaagcttatcctacaagaacttggttggattttaacggttccaacaccttatgtttttcttg 112  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  24116848 gattatatttatatgccggaagaaatatgtcaaatggagaagctaatcctacaaaaacttggttggattttaacggttccaacaccttatgtttttcttg 24116749  T
Q  113 ttagaaacataagggcgtgtcttttatccgatgaagacaagatcatggagaacatggtgtttttcttctctgagctcagcttgacaaatcaatccattgt 212  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| || ||  |||||||||||||||| || |||||    
T  24116748 ttagaaacataagggcgtgtcttttatccgatgaagacaagatcatggagaatatggtgtttttcttttcggaagtcagcttgacaaatcattctattgt 24116649  T
Q  213 gtgcgactataagccttcaatgattg 238  Q
    ||||||||| ||||||||| ||||||    
T  24116648 gtgcgactacaagccttcattgattg 24116623  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 162; E-Value: 1e-86
Query Start/End: Original strand, 13 - 238
Target Start/End: Original strand, 23693085 - 23693310
Alignment:
Q  13 gattatacttatatgccggaagaaatatgtcaaatggagaagcttatcctacaagaacttggttggattttaacggttccaacaccttatgtttttcttg 112  Q
    ||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  23693085 gattatatttatatgccagaagaaatatgtcaaatggagaagcttatcctgcaagaacttggttggattttaacagttccaacaccttatgtttttcttg 23693184  T
Q  113 ttagaaacataagggcgtgtcttttatccgatgaagacaagatcatggagaacatggtgtttttcttctctgagctcagcttgacaaatcaatccattgt 212  Q
    |||||||||||||||| |||  |||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||| |||||||| |||||||| || |||||    
T  23693185 ttagaaacataagggcatgtaatttatcggatgaagacaagatcatggagcacatggtgtttttcttttctgaactcagcttaacaaatcattctattgt 23693284  T
Q  213 gtgcgactataagccttcaatgattg 238  Q
    ||||||||| |||||||| |||||||    
T  23693285 gtgcgactacaagccttctatgattg 23693310  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 162; E-Value: 1e-86
Query Start/End: Original strand, 13 - 238
Target Start/End: Original strand, 23711525 - 23711750
Alignment:
Q  13 gattatacttatatgccggaagaaatatgtcaaatggagaagcttatcctacaagaacttggttggattttaacggttccaacaccttatgtttttcttg 112  Q
    ||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  23711525 gattatatttatatgccagaagaaatatgtcaaatggagaagcttatcctgcaagaacttggttggattttaacagttccaacaccttatgtttttcttg 23711624  T
Q  113 ttagaaacataagggcgtgtcttttatccgatgaagacaagatcatggagaacatggtgtttttcttctctgagctcagcttgacaaatcaatccattgt 212  Q
    |||||||||||||||| |||  |||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||| |||||||| |||||||| || |||||    
T  23711625 ttagaaacataagggcatgtaatttatcggatgaagacaagatcatggagcacatggtgtttttcttttctgaactcagcttaacaaatcattctattgt 23711724  T
Q  213 gtgcgactataagccttcaatgattg 238  Q
    ||||||||| |||||||| |||||||    
T  23711725 gtgcgactacaagccttctatgattg 23711750  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 162; E-Value: 1e-86
Query Start/End: Original strand, 13 - 238
Target Start/End: Original strand, 23729981 - 23730206
Alignment:
Q  13 gattatacttatatgccggaagaaatatgtcaaatggagaagcttatcctacaagaacttggttggattttaacggttccaacaccttatgtttttcttg 112  Q
    ||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  23729981 gattatatttatatgccagaagaaatatgtcaaatggagaagcttatcctgcaagaacttggttggattttaacagttccaacaccttatgtttttcttg 23730080  T
Q  113 ttagaaacataagggcgtgtcttttatccgatgaagacaagatcatggagaacatggtgtttttcttctctgagctcagcttgacaaatcaatccattgt 212  Q
    |||||||||||||||| |||  |||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||| |||||||| |||||||| || |||||    
T  23730081 ttagaaacataagggcatgtaatttatcggatgaagacaagatcatggagcacatggtgtttttcttttctgaactcagcttaacaaatcattctattgt 23730180  T
Q  213 gtgcgactataagccttcaatgattg 238  Q
    ||||||||| |||||||| |||||||    
T  23730181 gtgcgactacaagccttctatgattg 23730206  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 162; E-Value: 1e-86
Query Start/End: Original strand, 13 - 238
Target Start/End: Original strand, 23748436 - 23748661
Alignment:
Q  13 gattatacttatatgccggaagaaatatgtcaaatggagaagcttatcctacaagaacttggttggattttaacggttccaacaccttatgtttttcttg 112  Q
    ||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  23748436 gattatatttatatgccagaagaaatatgtcaaatggagaagcttatcctgcaagaacttggttggattttaacagttccaacaccttatgtttttcttg 23748535  T
Q  113 ttagaaacataagggcgtgtcttttatccgatgaagacaagatcatggagaacatggtgtttttcttctctgagctcagcttgacaaatcaatccattgt 212  Q
    |||||||||||||||| |||  |||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||| |||||||| |||||||| || |||||    
T  23748536 ttagaaacataagggcatgtaatttatcggatgaagacaagatcatggagcacatggtgtttttcttttctgaactcagcttaacaaatcattctattgt 23748635  T
Q  213 gtgcgactataagccttcaatgattg 238  Q
    ||||||||| |||||||| |||||||    
T  23748636 gtgcgactacaagccttctatgattg 23748661  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 162; E-Value: 1e-86
Query Start/End: Original strand, 21 - 238
Target Start/End: Complemental strand, 24109133 - 24108916
Alignment:
Q  21 ttatatgccggaagaaatatgtcaaatggagaagcttatcctacaagaacttggttggattttaacggttccaacaccttatgtttttcttgttagaaac 120  Q
    |||||||||  ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  24109133 ttatatgccaaaagaaatatgtcaaatggagaagctaatcctacaagaacttggttggattttaacggttccaacaccttatgtttttcttattagaaac 24109034  T
Q  121 ataagggcgtgtcttttatccgatgaagacaagatcatggagaacatggtgtttttcttctctgagctcagcttgacaaatcaatccattgtgtgcgact 220  Q
    |||||| | || |||||||| |||||||| |||||||||||||| |||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||| || |||||||||||||    
T  24109033 ataaggacatgccttttatctgatgaagataagatcatggagaagatggtgtttttcttttctgaactcagcttgacaaatcattctattgtgtgcgact 24108934  T
Q  221 ataagccttcaatgattg 238  Q
    ||||||||||||||||||    
T  24108933 ataagccttcaatgattg 24108916  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 158; E-Value: 4e-84
Query Start/End: Original strand, 13 - 238
Target Start/End: Original strand, 23689627 - 23689852
Alignment:
Q  13 gattatacttatatgccggaagaaatatgtcaaatggagaagcttatcctacaagaacttggttggattttaacggttccaacaccttatgtttttcttg 112  Q
    ||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  23689627 gattatatttatatgccagaagaaatatgtcaaatggagaagcttatcctgcaagaacttggttggattttaacggttccaacaccttatgtttttcttg 23689726  T
Q  113 ttagaaacataagggcgtgtcttttatccgatgaagacaagatcatggagaacatggtgtttttcttctctgagctcagcttgacaaatcaatccattgt 212  Q
    |||||||| ||| ||| ||| |||  || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || || ||||||||||||||||| ||||||||    
T  23689727 ttagaaacgtaaaggcatgtgtttcttctgatgaagacaagatcatggagaacatggtgtttttcttttcggaactcagcttgacaaatcattccattgt 23689826  T
Q  213 gtgcgactataagccttcaatgattg 238  Q
     |||||||| ||||||||| ||||||    
T  23689827 ctgcgactacaagccttcattgattg 23689852  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #9
Raw Score: 158; E-Value: 4e-84
Query Start/End: Original strand, 13 - 238
Target Start/End: Original strand, 24061864 - 24062089
Alignment:
Q  13 gattatacttatatgccggaagaaatatgtcaaatggagaagcttatcctacaagaacttggttggattttaacggttccaacaccttatgtttttcttg 112  Q
    ||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  24061864 gattatatttatatgccagaagaaatatgtcaaatggagaagcttatcctgcaagaacttggttggattttaacggttccaacaccttatgtttttcttg 24061963  T
Q  113 ttagaaacataagggcgtgtcttttatccgatgaagacaagatcatggagaacatggtgtttttcttctctgagctcagcttgacaaatcaatccattgt 212  Q
    |||||||| ||| ||| ||| |||  || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || || ||||||||||||||||| ||||||||    
T  24061964 ttagaaacgtaaaggcatgtgtttcttctgatgaagacaagatcatggagaacatggtgtttttcttttcggaactcagcttgacaaatcattccattgt 24062063  T
Q  213 gtgcgactataagccttcaatgattg 238  Q
     |||||||| ||||||||| ||||||    
T  24062064 ctgcgactacaagccttcattgattg 24062089  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 45; Significance: 1e-16; HSPs: 4)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 45; E-Value: 1e-16
Query Start/End: Original strand, 142 - 238
Target Start/End: Original strand, 11390762 - 11390858
Alignment:
Q  142 gatgaagacaagatcatggagaacatggtgtttttcttctctgagctcagcttgacaaatcaatccattgtgtgcgactataagccttcaatgattg 238  Q
    |||||||||||||| ||||| || |||||||||||||| || ||||| ||||||||| || | || |||||||| |||||||| ||||| |||||||    
T  11390762 gatgaagacaagatgatggaaaatatggtgtttttcttttcagagctgagcttgacacattattcaattgtgtgtgactataaaccttctatgattg 11390858  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 45; E-Value: 1e-16
Query Start/End: Original strand, 142 - 238
Target Start/End: Complemental strand, 11419862 - 11419766
Alignment:
Q  142 gatgaagacaagatcatggagaacatggtgtttttcttctctgagctcagcttgacaaatcaatccattgtgtgcgactataagccttcaatgattg 238  Q
    |||||||||||||| ||||| || |||||||||||||| || ||||| ||||||||| || | || |||||||| |||||||| ||||| |||||||    
T  11419862 gatgaagacaagatgatggaaaatatggtgtttttcttttcagagctgagcttgacacattattcaattgtgtgtgactataaaccttctatgattg 11419766  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 49 - 119
Target Start/End: Original strand, 11390684 - 11390754
Alignment:
Q  49 gagaagcttatcctacaagaacttggttggattttaacggttccaacaccttatgtttttcttgttagaaa 119  Q
    ||||||||||| || ||| |||| | ||||| |||||| ||| ||||||||||||| || |||||||||||    
T  11390684 gagaagcttatactgcaaaaactggattggaatttaacagttacaacaccttatgtgttccttgttagaaa 11390754  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 49 - 119
Target Start/End: Complemental strand, 11419940 - 11419870
Alignment:
Q  49 gagaagcttatcctacaagaacttggttggattttaacggttccaacaccttatgtttttcttgttagaaa 119  Q
    ||||||||||| || ||| |||| | ||||| |||||| ||| ||||||||||||| || |||||||||||    
T  11419940 gagaagcttatactgcaaaaactggattggaatttaacagttacaacaccttatgtgttccttgttagaaa 11419870  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University