View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF4037_low_4 (Length: 370)

Name: NF4037_low_4
Description: NF4037
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF4037_low_4
NF4037_low_4
[»] chr1 (11 HSPs)
chr1 (1-370)||(9299641-9300010)
chr1 (1-296)||(9257700-9257994)
chr1 (1-309)||(9466925-9467233)
chr1 (1-244)||(9242731-9242974)
chr1 (1-244)||(9364070-9364313)
chr1 (1-244)||(9337211-9337454)
chr1 (4-209)||(8962012-8962217)
chr1 (1-209)||(8939085-8939293)
chr1 (1-209)||(8926659-8926867)
chr1 (3-170)||(9437962-9438129)
chr1 (3-170)||(9420879-9421046)
[»] chr3 (1 HSPs)
chr3 (1-319)||(9171095-9171413)
[»] scaffold0690 (1 HSPs)
scaffold0690 (1-236)||(1287-1522)
[»] chr6 (1 HSPs)
chr6 (1-236)||(15910584-15910819)


Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 354; Significance: 0; HSPs: 11)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 354; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 370
Target Start/End: Complemental strand, 9300010 - 9299641
Alignment:
1 cccacttcatttatgaactccttcccatctccttcagcgttattgagcatcttaacagcaacttgaatttgacttgataatttacctttgtaaacagctc 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
9300010 cccacttcatttatgaactccttcccatctccttcagcgttattgagcatcttaacagcaacttgaatttgacttgataatttacctttgtaaacagctc 9299911  T
101 catgagctccttctccgatcttatccttaaatttgtttgtaattctctttatgtcagcataggagaatctggttggctttaaagcctgataatccttcaa 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
9299910 catgagctccttctccgatcttatccttaaatttgtttgtaattctctttatgtcagcataggagaatctggttggctttaaagccttataatccttcaa 9299811  T
201 aaagttttcgattctttcatgatcttcgcctttcatcttgaaatgacgatgaattcgaataatagcaccgagcataagcactagcaaagttgaaccgatt 300  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
9299810 aaagttttcgattctttcatgatcttcgcctttcatcttgaaatggcgatgaattcgaataatagcaccgagcataagcactagcaaagttaaaccgatt 9299711  T
301 attacacctgtaaatttaatatttaaaatatccttaatagttctcagaaaaatatacgaaaatggaaatg 370  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
9299710 attacacctgtaaatttaatatttaaaatatccttaacagttctcagaaaaatatacgaaaatggaaatg 9299641  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 236; E-Value: 1e-130
Query Start/End: Original strand, 1 - 296
Target Start/End: Original strand, 9257700 - 9257994
Alignment:
1 cccacttcatttatgaactccttcccatctccttcagcgttattgagcatcttaacagcaacttgaatttgacttgataatttacctttgtaaacagctc 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||  ||||||||||||||||    
9257700 cccacttcatttatgaactccttcccatctccttctgcgttattgatcatcttaacagcaactagaatttgacttgataattg-cctttgtaaacagctc 9257798  T
101 catgagctccttctccgatcttatccttaaatttgtttgtaattctctttatgtcagcataggagaatctggttggctttaaagcctgataatccttcaa 200  Q
    | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
9257799 cttgagctccttctccgatcttatccttaaatttgtttgtaattctcttgatgtcagcataggagaatctggttggctttaaagccttataatccttcaa 9257898  T
201 aaagttttcgattctttcatgatcttcgcctttcatcttgaaatgacgatgaattcgaataatagcaccgagcataagcactagcaaagttgaacc 296  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||| || | ||||||||| |||||||||||    
9257899 aaagttttcgattctttcatgatcttcgcctttcatcttgaaatggcgatgaattcgaacaatagcaccaagtacaagcactagtaaagttgaacc 9257994  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 217; E-Value: 1e-119
Query Start/End: Original strand, 1 - 309
Target Start/End: Original strand, 9466925 - 9467233
Alignment:
1 cccacttcatttatgaactccttcccatctccttcagcgttattgagcatcttaacagcaacttgaatttgacttgataatttacctttgtaaacagctc 100  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||||| |||| |||||||||||||||||| |||||  ||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||    
9466925 cccacttcatttatgaactccttaccatctccctcagtgttattgagcatcttaacggcaacgagaatttggcttgacaatttacctttgtaaacagctc 9467024  T
101 catgagctccttctccgatcttatccttaaatttgtttgtaattctctttatgtcagcataggagaatctggttggctttaaagcctgataatccttcaa 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
9467025 catgagctccttctccgatcttatccttaaatttgtttgtaattctctttatgtcagcataggagaatctggttggctttaaagccttataatccttcaa 9467124  T
201 aaagttttcgattctttcatgatcttcgcctttcatcttgaaatgacgatgaattcgaataatagcaccgagcataagcactagcaaagttgaaccgatt 300  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||  |||| |||||||| ||| |  ||||| | ||| | ||||||||||||||||||     
9467125 aaagttttcgattcttacatgatcttcgcctttcatcttgaaatagcgataaattcgaacaatggtgccgagaacaagtaatagcaaagttgaaccgatg 9467224  T
301 attacacct 309  Q
    ||| |||||    
9467225 attccacct 9467233  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 104; E-Value: 9e-52
Query Start/End: Original strand, 1 - 244
Target Start/End: Original strand, 9242731 - 9242974
Alignment:
1 cccacttcatttatgaactccttcccatctccttcagcgttattgagcatcttaacagcaacttgaatttgacttgataatttacctttgtaaacagctc 100  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||| | || || ||||| || ||||| || || ||| |||||||  | |||||||||||||| ||||||||||    
9242731 cccacttcatttatgaattccttcccatcttcctctgcattattaagaatcttcacggctactagaatttggttcgataatttacctttataaacagctc 9242830  T
101 catgagctccttctccgatcttatccttaaatttgtttgtaattctctttatgtcagcataggagaatctggttggctttaaagcctgataatccttcaa 200  Q
    ||||||  ||||| || |||||||| | |||||| |||||||||||||||||||| ||||| ||||| || |||||||||||||||   |||||||||||    
9242831 catgagtcccttcgcctatcttatcttcaaatttatttgtaattctctttatgtctgcataagagaacctagttggctttaaagccctgtaatccttcaa 9242930  T
201 aaagttttcgattctttcatgatcttcgcctttcatcttgaaat 244  Q
    ||||||||| ||||||  ||||||||| | ||||||||| ||||    
9242931 aaagttttcaattcttgtatgatcttcacttttcatcttaaaat 9242974  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 100; E-Value: 2e-49
Query Start/End: Original strand, 1 - 244
Target Start/End: Complemental strand, 9364313 - 9364070
Alignment:
1 cccacttcatttatgaactccttcccatctccttcagcgttattgagcatcttaacagcaacttgaatttgacttgataatttacctttgtaaacagctc 100  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||| | |  |  ||||| || ||||| || || ||| |||||||  | ||||| |||||||| ||||||||||    
9364313 cccacttcatttatgaattccttcccatcttcctttgtattattaagaatcttcacggctactagaatttggttcgataacttacctttataaacagctc 9364214  T
101 catgagctccttctccgatcttatccttaaatttgtttgtaattctctttatgtcagcataggagaatctggttggctttaaagcctgataatccttcaa 200  Q
    ||||||| ||||| || |||||||| |||||||| |||||||||||||||| ||| ||||| ||||| || |||||||||||||||   |||||||||||    
9364213 catgagccccttcgcctatcttatctttaaatttatttgtaattctctttaagtctgcataagagaacctagttggctttaaagccctgtaatccttcaa 9364114  T
201 aaagttttcgattctttcatgatcttcgcctttcatcttgaaat 244  Q
    ||||||||| ||||||  ||||||||||| ||||||||| ||||    
9364113 aaagttttcaattcttgtatgatcttcgcttttcatcttaaaat 9364070  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #6
Raw Score: 97; E-Value: 1e-47
Query Start/End: Original strand, 1 - 244
Target Start/End: Complemental strand, 9337454 - 9337211
Alignment:
1 cccacttcatttatgaactccttcccatctccttcagcgttattgagcatcttaacagcaacttgaatttgacttgataatttacctttgtaaacagctc 100  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||| | |  |  ||||| || ||||| || || ||| |||||||  | ||||| |||||||| ||||||||||    
9337454 cccacttcatttatgaattccttcccatcttcctatgtattattaagaatcttcacggctactagaatttggttcgataacttacctttataaacagctc 9337355  T
101 catgagctccttctccgatcttatccttaaatttgtttgtaattctctttatgtcagcataggagaatctggttggctttaaagc-ctgataatccttca 199  Q
    ||||||| ||||| || |||||||| |||||||| |||||||||||||||| ||| ||||| ||||| || |||||||||||||| ||| ||||||||||    
9337354 catgagccccttcgcctatcttatctttaaatttatttgtaattctctttaagtctgcataagagaacctagttggctttaaagcactg-taatccttca 9337256  T
200 aaaagttttcgattctttcatgatcttcgcctttcatcttgaaat 244  Q
    |||||||||| ||||||  ||||||||||| ||||||||| ||||    
9337255 aaaagttttcaattcttgtatgatcttcgcttttcatcttaaaat 9337211  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #7
Raw Score: 86; E-Value: 5e-41
Query Start/End: Original strand, 4 - 209
Target Start/End: Complemental strand, 8962217 - 8962012
Alignment:
4 acttcatttatgaactccttcccatctccttcagcgttattgagcatcttaacagcaacttgaatttgacttgataatttacctttgtaaacagctccat 103  Q
    |||||||||||||||||  ||||||||||||| |  ||||| |||||||| ||||||||  |||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||    
8962217 acttcatttatgaactctctcccatctccttctgtattattaagcatcttcacagcaacaagaatttgactcgataatttacctttgtagacagctccat 8962118  T
104 gagctccttctccgatcttatccttaaatttgtttgtaattctctttatgtcagcataggagaatctggttggctttaaagcctgataatccttcaaaaa 203  Q
    |||||||||| || | ||| ||||| ||||  |  ||||||||||| || || ||||| || ||||| ||||||||| | || | |||||||||||||||    
8962117 gagctccttcgcccagcttttccttgaattgatcagtaattctcttgatatcggcataagaaaatctagttggctttgacgcttcataatccttcaaaaa 8962018  T
204 gttttc 209  Q
    ||||||    
8962017 gttttc 8962012  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #8
Raw Score: 69; E-Value: 7e-31
Query Start/End: Original strand, 1 - 209
Target Start/End: Complemental strand, 8939293 - 8939085
Alignment:
1 cccacttcatttatgaactccttcccatctccttcagcgttattgagcatcttaacagcaacttgaatttgacttgataatttacctttgtaaacagctc 100  Q
    ||||||||||||||||||||  |||||||||| || |  ||| | |||||||| || |||||  |||||||||| |||||||||||||| || |||||||    
8939293 cccacttcatttatgaactctctcccatctccctcggtattactaagcatcttcacggcaacaagaatttgactcgataatttacctttatagacagctc 8939194  T
101 catgagctccttctccgatcttatccttaaatttgtttgtaattctctttatgtcagcataggagaatctggttggctttaaagcctgataatccttcaa 200  Q
    ||||||||||||| || | ||| || || ||||  | |||||||||||| || || ||||| || ||||| ||||||||| | || |  |||||||||||    
8939193 catgagctccttcccctagcttttctttgaattgatctgtaattctcttgatatctgcataagaaaatcttgttggctttgacgcttcgtaatccttcaa 8939094  T
201 aaagttttc 209  Q
    |||||||||    
8939093 aaagttttc 8939085  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #9
Raw Score: 57; E-Value: 1e-23
Query Start/End: Original strand, 1 - 209
Target Start/End: Complemental strand, 8926867 - 8926659
Alignment:
1 cccacttcatttatgaactccttcccatctccttcagcgttattgagcatcttaacagcaacttgaatttgacttgataatttacctttgtaaacagctc 100  Q
    ||||| ||||||||||||||  |||||||||| || |  ||| | |||||||| ||||||||   ||||||| | |||||||||||||| || |||||||    
8926867 cccacctcatttatgaactcactcccatctccctctgtattactaagcatcttcacagcaaccataatttgattcgataatttacctttatagacagctc 8926768  T
101 catgagctccttctccgatcttatccttaaatttgtttgtaattctctttatgtcagcataggagaatctggttggctttaaagcctgataatccttcaa 200  Q
    ||||||||||||| || | ||| || || || |  |  ||||||||||| || || ||||| || ||||| ||||||||| | || | ||||||||||||    
8926767 catgagctccttcgcctagcttttctttgaactgatccgtaattctcttgatatctgcataagaaaatctagttggctttgacgcttcataatccttcaa 8926668  T
201 aaagttttc 209  Q
    |||||||||    
8926667 aaagttttc 8926659  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #10
Raw Score: 44; E-Value: 6e-16
Query Start/End: Original strand, 3 - 170
Target Start/End: Original strand, 9437962 - 9438129
Alignment:
3 cacttcatttatgaactccttcccatctccttcagcgttattgagcatcttaacagcaacttgaatttgacttgataatttacctttgtaaacagctcca 102  Q
    |||||| || |||||||| || ||||| || || | ||| || |||||||| ||||| ||  |||||| | | ||||||||||||||| |||| || |||    
9437962 cacttcgttaatgaactcttttccatcgccctcggtgtttttaagcatcttcacagccacaagaatttcattagataatttacctttgaaaactgcacca 9438061  T
103 tgagctccttctccgatcttatccttaaatttgtttgtaattctctttatgtcagcataggagaatct 170  Q
    ||||||||||| || | ||  ||| |||| || |||||||| |||||||| |||||||| ||||||||    
9438062 tgagctccttcacctaactcttccctaaaattatttgtaatcctctttatatcagcataagagaatct 9438129  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #11
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000001
Query Start/End: Original strand, 3 - 170
Target Start/End: Original strand, 9420879 - 9421046
Alignment:
3 cacttcatttatgaactccttcccatctccttcagcgttattgagcatcttaacagcaacttgaatttgacttgataatttacctttgtaaacagctcca 102  Q
    |||||| || |||||||| || ||||| || || | ||| || |||||||| ||||| ||  |||||| | | ||||||||||||||| |||| || |||    
9420879 cacttcgttaatgaactcttttccatcgccctcggtgtttttaagcatcttcacagccacaagaatttcattagataatttacctttgaaaactgcacca 9420978  T
103 tgagctccttctccgatcttatccttaaatttgtttgtaattctctttatgtcagcataggagaatct 170  Q
    ||||||||||| || | ||  ||| |||| || |||||||| |||||||| ||| |||| ||||||||    
9420979 tgagctccttcacctaactcttccctaaaattatttgtaatcctctttatatcaacataagagaatct 9421046  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 227; Significance: 1e-125; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 227; E-Value: 1e-125
Query Start/End: Original strand, 1 - 319
Target Start/End: Complemental strand, 9171413 - 9171095
Alignment:
1 cccacttcatttatgaactccttcccatctccttcagcgttattgagcatcttaacagcaacttgaatttgacttgataatttacctttgtaaacagctc 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| || | |||||| |||||||||||| ||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
9171413 cccacttcatttatgaactccttcccatctccctctgtgttatttagcatcttaacaccaactagaatttggcttgataatttacctttgtaaacagctc 9171314  T
101 catgagctccttctccgatcttatccttaaatttgtttgtaattctctttatgtcagcataggagaatctggttggctttaaagcctgataatccttcaa 200  Q
    ||||||||||||| || | ||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||    
9171313 catgagctccttcgcctaacttatccttaaatttatttgtgattctctttatgtcagcataggagaatctggttggctttaaagccttgtaatccttcaa 9171214  T
201 aaagttttcgattctttcatgatcttcgcctttcatcttgaaatgacgatgaattcgaataatagcaccgagcataagcactagcaaagttgaaccgatt 300  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||| | | ||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||    
9171213 aaagttttcgattcttttatgatcttcgcctttcatcttgaaatgatgatggacttgaacaatagcaccgagcacaagcactagcaaagttgaaccaatt 9171114  T
301 attacacctgtaaatttaa 319  Q
    |||||||||| ||||||||    
9171113 attacacctgcaaatttaa 9171095  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0690 (Bit Score: 112; Significance: 1e-56; HSPs: 1)
Name: scaffold0690
Description:

Target: scaffold0690; HSP #1
Raw Score: 112; E-Value: 1e-56
Query Start/End: Original strand, 1 - 236
Target Start/End: Complemental strand, 1522 - 1287
Alignment:
1 cccacttcatttatgaactccttcccatctccttcagcgttattgagcatcttaacagcaacttgaatttgacttgataatttacctttgtaaacagctc 100  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||||| || || ||||| || ||||| || || ||| |||||||  | |||||||||||||| ||||||||||    
1522 cccacttcatttatgaattccttcccatctccctctgcattattaagaatcttcacggctactagaatttggttcgataatttacctttataaacagctc 1423  T
101 catgagctccttctccgatcttatccttaaatttgtttgtaattctctttatgtcagcataggagaatctggttggctttaaagcctgataatccttcaa 200  Q
    ||||||| ||||| || |||||||| |||||||| |||||||||||||| | ||| ||||| ||||| || |||||||||||||||   |||||||||||    
1422 catgagccccttcccctatcttatctttaaatttatttgtaattctcttcaagtctgcataagagaacctagttggctttaaagccctgtaatccttcaa 1323  T
201 aaagttttcgattctttcatgatcttcgcctttcat 236  Q
    ||||||||| ||||||  ||||||||||||||||||    
1322 aaagttttcaattcttgtatgatcttcgcctttcat 1287  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 108; Significance: 4e-54; HSPs: 1)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 108; E-Value: 4e-54
Query Start/End: Original strand, 1 - 236
Target Start/End: Original strand, 15910584 - 15910819
Alignment:
1 cccacttcatttatgaactccttcccatctccttcagcgttattgagcatcttaacagcaacttgaatttgacttgataatttacctttgtaaacagctc 100  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||||| || || ||||| || ||||| || || ||| |||||||  | |||||||||||||| ||||||||||    
15910584 cccacttcatttatgaattccttcccatctccctctgcattattaagaatcttcacggctactagaatttggttcgataatttacctttataaacagctc 15910683  T
101 catgagctccttctccgatcttatccttaaatttgtttgtaattctctttatgtcagcataggagaatctggttggctttaaagcctgataatccttcaa 200  Q
    ||||||| ||||| || |||||||| |||||||| ||||||| |||||| | ||| ||||| ||||| || |||||||||||||||   |||||||||||    
15910684 catgagccccttcccctatcttatctttaaatttatttgtaaatctcttcaagtctgcataagagaacctagttggctttaaagccctgtaatccttcaa 15910783  T
201 aaagttttcgattctttcatgatcttcgcctttcat 236  Q
    ||||||||| ||||||  ||||||||||||||||||    
15910784 aaagttttcaattcttgtatgatcttcgcctttcat 15910819  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University