View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF4038_low_1 (Length: 934)

Name: NF4038_low_1
Description: NF4038
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF4038_low_1
NF4038_low_1
[»] chr7 (1 HSPs)
chr7 (22-889)||(29295417-29296281)


Alignment Details
Target: chr7 (Bit Score: 652; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 652; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 22 - 889
Target Start/End: Original strand, 29295417 - 29296281
Alignment:
Q  22 gtaacattgggtttattctatttgaaatgagttagaataaaacaga---gtgtaacaaaaaataactacgaataatattatcgtatactttttaagccaa 118  Q
    |||||||||| ||||||| |||| ||||||||||||||||||||||   |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  29295417 gtaacattggatttattcaatttaaaatgagttagaataaaacagaagagtgtaacaaaaaataactacgaataatattatcgtatactttttaagccaa 29295516  T
Q  119 gtgaaagagatggctgtagatagatatcaacatcatctaaa-gttattgttaactttttaaatttaaatttgaatctcgtaatttatttataaaatttat 217  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |    
T  29295517 gtgaaagagatggctgtagatagatatcaacatcatctaaaagttattgt-aactttttcaatttaaatttgaatctcgtaatttatttataaaaatttt 29295615  T
Q  218 tactcagtatattagtttcttgtaatgtctttctaaa-tatttgccaattagaactttaccaattaaacaaaccaaaacttcaaaatgcacctgaaatgc 316  Q
    ||||| |||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  29295616 tactcggtatattagtttcttgtaatatctttctaaaatatttgcaaattagaactttaccaattaaacaaaccaaaacttcaaaatgcacctgaaatgc 29295715  T
Q  317 atttaagatacaactaccatatattctttatgatgttcatcaaatacttgtgaaccaaataatgttctgacagactatattgtaagaaatggactgcacg 416  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  29295716 atttaagatacaactaccatatattctttatgatgttcatcaaatactcgtgaatcaaataatgttctgacagactatattgtaagaaatggactgcacg 29295815  T
Q  417 tttttgcaccatgagggaannnnnnnncattttcaatataacgaatagcatatgatatgccgcacaaacactaaataattagtcataattcaactcattc 516  Q
    |||||||||||| ||||||        ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  29295816 tttttgcaccatcagggaattttttttcattttcaatataacgaatagcatatgatatgctgcacaaacactaaataattagtcataattcaactcatta 29295915  T
Q  517 aattnnnnnnnctttaataaagattaattatctacaaattacttaatatttttgcatcaattttaatatttttagcatgtgtgtctttcaaattcaaaca 616  Q
    ||||       ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||    
T  29295916 aattaaaaaaactttaataaagattaattatctacaaattacttaatatttttgcatcaattttaatatttttagcatgtgtgcttttcaaattcaaaca 29296015  T
Q  617 gctagcggttttgtttatatatttttatagacaaatgttaatggttaatttgttaagaagagagaaaatcgttaagtaaaagagaacgcatctaacctct 716  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||| |||||| | |       
T  29296016 gctagcagttttgtttatatatttttatagacaaatgttgatggttaatttgttaggaagagagaaaatctttaagtaaaagagaatgcatctgaac--- 29296112  T
Q  717 tgtataatatattaatatttcttcagtattttaactcataccactgaactaacattgacaagttgggtcctaattcagaatcttagttataagcttaatc 816  Q
        ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||    
T  29296113 ----taatatattaatatttcttcagtatttcaactcataccattgaactaacattggcaagttgggtcctaattcagaatcttagttttaagtttaatc 29296208  T
Q  817 ttaaacaaaatattacatagaaggctaaaatgatttgtggaagaatgtgtttaacatgcatgtgcaaaatagc 889  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  29296209 ttaaacaaaatattacatagaaggctaaaatgatttgtggaagaatgtgtttaacatgcatgtgcaaaatagc 29296281  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University