View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF4042_low_1 (Length: 749)

Name: NF4042_low_1
Description: NF4042
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF4042_low_1
NF4042_low_1
[»] chr3 (1 HSPs)
chr3 (18-729)||(28209124-28209835)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 692; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 692; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 18 - 729
Target Start/End: Complemental strand, 28209835 - 28209124
Alignment:
Q  18 catgacaaagttacaagtggattctagctcacaaaaaatggatgcaataataaatttgggtttaagattctcaaacaagaatgaagagttaaaacttttg 117  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  28209835 catgacaaagttacaagtggattctagctcacaaaaaatggatgcaataataaatctgggtttaagattctcaaacaagaatgaagagttaaaacttttg 28209736  T
Q  118 tatggtcctctttttgtagaggtaatcagtaatgatgtcttattaggtaggactaaagttaaaggattctctcaagtgcctaaaaatgacacaaatttgg 217  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  28209735 tatggtcctctttttgtagaggtaatcagtaatgatgtcttattaggtaggactaaagttaaaggattctctcaggtgcctaaaaatgacacaaatttgg 28209636  T
Q  218 atatgacaatgacaacaaatgatgaaaatgttaacgtatatgctacagatgatttaaaatcagacatcaaggcatatgagatggtgtttgacgtgtatgt 317  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  28209635 atatgacaatgacaacaaatgatgaaaatgttaacgtatatgctacagatgatttaaaatcagacatcaaggcatatgagatggtgtttgacgtgtatgt 28209536  T
Q  318 tagtggaaacattggtgtgcaaattggtagtttgcatatggtcaacgtcccttttctttcatcttgtgaacaaatcaaacaaatggatgtggattatgga 417  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  28209535 tagtggaaacattggtgtgcaaattggtagtttgcatatggtcaacgtcccttttctttcatcttgtgaacaaatcaaacgaatggatgtggattatgga 28209436  T
Q  418 agaaaacccgattgtgatatcaagatgttttcttacaggtacaattataaattgcttatatatatcatgtcattttgcatgcatcaattttggccgttaa 517  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  28209435 agaaaacccgattgtgatatcaagatgttttcttacaggtacaattataaattgcttatatatatcatgtcattttgcatgcatcaattttggccgttaa 28209336  T
Q  518 ataatccgaaatttgcatatttagttttgattaaactaagaggcttcaataaagatgatttaggggggtggaattttagatatggaataacatgataaaa 617  Q
    |||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  28209335 ataatccgaaattttcatatttaattttgattaaactaagaggcttcaataaagatgatttaggggggtggaattttagatatggaataacatgataaaa 28209236  T
Q  618 tttattagtttacgtgaattttattagttatgtatcaaaggtgtgataacaaacttgtttgtatgtacagtaattttatgtttcatgcttgtggtgtgta 717  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  28209235 tttattagtttacgtgaattttattagttatgtatcaaaggtgtgataacaaacttgtttgtatgtacagtaattttatgtttcatgcttgtggtgtgta 28209136  T
Q  718 ctttttcatatc 729  Q
    ||||||||||||    
T  28209135 ctttttcatatc 28209124  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University