View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF4045_low_2 (Length: 725)

Name: NF4045_low_2
Description: NF4045
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF4045_low_2
NF4045_low_2
[»] chr5 (1 HSPs)
chr5 (18-718)||(3713145-3713841)


Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 608; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 608; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 18 - 718
Target Start/End: Original strand, 3713145 - 3713841
Alignment:
Q  18 tttttcagtaaaaggacgaggggtgcatgcatgcaaagaaccacagaggatgaggagcagaagaagaggaagtgaagccatgttgagataaaatgcagaa 117  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  3713145 tttttcagtaaaaggacgaggggtgcatgcatgcaaagaaccacagaggatgaggagcagaagaagaggaagagaagccatgttgagataaaatgcagaa 3713244  T
Q  118 caagaataaagactcaatgtttgtatgaatgtctaggttcagttatatgtaatgttagaatagaaggtgcattaaatgtaggttttgtatgggatagaag 217  Q
    ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3713245 caataataaagactcaatgtttgtatgaatgtctaggttcagttatatgtaatgttagaatagaaggtgcattaaatgtaggttttgtatgggatagaag 3713344  T
Q  218 gggatctttaagagaacatgcaggtgtttggaaagatgaaccttgaaacgaagctgaagatatcaagggtccacatttgtctccccaacccgtattttca 317  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3713345 gggatctttaagagaacatgcaggtgtttggaaagatgaaccttgaaacgaagctgaagatatcaagggtccacatttgtctccccaacccgtattttca 3713444  T
Q  318 gatcatttttaaacactagggacatctcattgaccatccctaccataagggatatactataactgaaccaactgatacggaattaagattttcagcaaat 417  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  3713445 gatcatttttaaacactagggacatctcattgaccatccctaccataagggatatactataactgaaccaactgatagggaattaagattttcagcaaat 3713544  T
Q  418 tagcatcaagtatatatgatctgcaaaattcatctgtctccaaaattgtagttgttcgatgtctttatttaccgaccaggctacttagtgcatgtttgaa 517  Q
    ||||||||||    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3713545 tagcatcaag----tatgatctgcaaaattcatctgtctccaaaattgtagttgttcgatgtctttatttaccgaccaggctacttagtgcatgtttgaa 3713640  T
Q  518 gttacggtaagttaagaaattatgatgatattatgatttcattgaaagtctaaagtgcaacttttacaaaaataatagtagaataccctaatttgatcaa 617  Q
    |||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||| |||    
T  3713641 gttacggtaagttttgaaattatgatgatattatgatttcattgaaagtctaaagtgcaacttttataaaaataatagtagcataccctaatttgaccaa 3713740  T
Q  618 attcaacttcacatttataaagttgctggaggaaaagttcttcttaataacggtgtcgttgataatcattttacgattgttttataagatttgatgatgt 717  Q
    ||||||||| ||||||||||||| | || ||||||||||||| |||||||  |||||||||||||||||||||| ||| |||||| |||||||||| |||    
T  3713741 attcaactttacatttataaagtcgttgaaggaaaagttcttattaataatagtgtcgttgataatcattttacaattattttatgagatttgatgttgt 3713840  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University