View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF4051_high_1 (Length: 929)

Name: NF4051_high_1
Description: NF4051
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF4051_high_1
NF4051_high_1
[»] chr1 (1 HSPs)
chr1 (14-919)||(35044835-35045741)


Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 687; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 687; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 14 - 919
Target Start/End: Complemental strand, 35045741 - 35044835
Alignment:
Q  14 aaaaggacattcatgttgctgtcactaattcattccagtttagaatcattgtcaaatacagctagatcatattctctttgaaaaaacttgtccttttggt 113  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35045741 aaaaggacattcatgttgctgtcactaattcattccagtttagaatcattgtcaaatacagctagatcatattctctttgaaaaaacttgtccttttggt 35045642  T
Q  114 tggcttgtgcttaggttctatttgattgattaatattttttcctgcaccttctagagtttgttgcaatagccaacacaaaatataatcttttaagagttt 213  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35045641 tggcttgtgcttaggttctgtttgattgattaatattttttcctgcaccttctagagtttgttgcaatagccaacacaaaatataatcttttaagagttt 35045542  T
Q  214 gagaatgacttctgaccctcaatgaaaatgactaatagcttatccaattagcttatatatttgagattcttcttaaaaaacgtgtcatacaattattagt 313  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35045541 gagaatgacttctgaccctcaatgaaaatgactaatagcttatccaattagcttatatatttgagattcttcttaaaaaacgtgtcatacaattattagt 35045442  T
Q  314 gaaataatgtatcattttctcttattttagtgtcttaacattatcttaatatatannnnnnnggagggggtgtaggtaaggagactttcttacaaggaat 413  Q
    |||| ||||||||||||||||                   |||| ||| ||||||       |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  35045441 gaaaaaatgtatcattttctc-------------------ttattttagtatatatttttttggagggggtgcaggtaaggagactttcttacaaggaat 35045361  T
Q  414 tagatattttcaaaaaacgttgggtcaaggcggttaaggaggataaatgttgggtggatccatttcaatagcaacatgtgtgcatgaattgaagtcatag 513  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35045360 tagatattttcaaaaaacgttgggtcaaggcggttaaggaggataaatgttgggtggatccatttcaatagcaacatgtgtgcatgaattgaagtcatag 35045261  T
Q  514 ttaaagtgatgtacattttgtacagnnnnnnnncacaccatttatctgaagtgaagcaaatgcaactcacaactacaatacaacaatcgattataattga 613  Q
    |||||||||||||||||||||||||        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  35045260 ttaaagtgatgtacattttgtacagaaaaaaa-cacaccatttatctgaagtgaagcaaatgcaactcacaactacaatacaacaattgattataattga 35045162  T
Q  614 gacaaagacactttggagagtctcaaagggcatcatggtatggttccgtcagtggattttatcccatttttattcaattaaggtttgaagtgaaataaaa 713  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35045161 gacaaagacactttggagagtctcaaagggcatcatggtatggttcagtcagtggattttatcacatttttattcaattaaggtttgaagtgaaataaaa 35045062  T
Q  714 taagagaatgtggtagttgtgattaaagagtagttagaaagctagaagtgagttatttaag---------------------ttattcaagtcacctatt 792  Q
    ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||                     || |||||||||||||||    
T  35045061 taagagaatgtggtagttgtgattagagagtagttagaaagctagaagtgagttatttaagttttttttttcttgagaaaacttcttcaagtcacctatt 35044962  T
Q  793 ctcaatttaagttgtttttaagttgatttaataaattaattgatgtcaagttactcaaagtgcatttggaaattattggtttgattaacttatttattta 892  Q
    ||||||||||| |||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||    
T  35044961 ctcaatttaagatgttttaaaggtgatttaataaattaattgatgtcaagttactcaaagtgcatttggaaattattggtttcattaacttttttattta 35044862  T
Q  893 atccgttcatatttctgtcttgatgat 919  Q
    |||||||||||||||||||||||||||    
T  35044861 atccgttcatatttctgtcttgatgat 35044835  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University