View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF4051_low_2 (Length: 911)

Name: NF4051_low_2
Description: NF4051
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF4051_low_2
NF4051_low_2
[»] chr7 (1 HSPs)
chr7 (29-902)||(48695248-48696129)


Alignment Details
Target: chr7 (Bit Score: 833; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 833; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 29 - 902
Target Start/End: Original strand, 48695248 - 48696129
Alignment:
Q  29 tcttcttcatctactacttcggaacaaaacacttcttcatcatcatccgatggtgataatactataaataacaacagcagagctgatgatgaaggaaatg 128  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  48695248 tcttcttcatctactacttcggaacaaaacacttcttcatcatcatccgatggtgataatactataaataacaacagcagagctgatgatgaaggaaatg 48695347  T
Q  129 gaatgttaaggattgatatacccaatgagtgtgaggccactacttcatcatcatcacccttatcttcggcggaagggagattaaagtcattaaagaggct 228  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  48695348 gaatgttaaggattgatatacccaatgagtgtgaggccactacttcatcatcatcacccttatcttcggcggaagggagattaaagtcattaaagaggct 48695447  T
Q  229 tttaagcagtagcagcagaggcataatgagcctgaatccttggagtcccacttctactgtccaacaacaaacaaagccaaaggaagcagcaggacaaagc 328  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  48695448 tttaagcagtagcagcagaggcataatgagcctgaatccttggagtcccacttctactgtccaacaacaaacaaagccaaaggaagcagcaggacaaagc 48695547  T
Q  329 tagctggctggctagggtggaactccaatttcccaatgttttattcattcattcattattatactttttaagtacatatatagatgtacatgtaggtatg 428  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  48695548 tagctggctggctagggtggaactccaatttcccaatgttttattcattcattcattattatactttttaagtacatatatagatgtacatgtaggtatg 48695647  T
Q  429 ttaatgtaagcccgcccaaactgaggcagcagcaatcaatcaatcaaagttgtacattatacaaatactctgagaatagaaaattaaatttaaaacaaac 528  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  48695648 ttaatgtaagcccgcccaaactgaggcagcagcaatcaatcaatcaaagttgtatattatacaaatactctgagaatagaaaattaaatttaaaacaaac 48695747  T
Q  529 caggaagtaactatgctgaccgttgtaaacaagaaccaaaataaaatggtactgtcttctgtctgtgaccaccgtcttcttggcc--------ctctctc 620  Q
    |||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||        |||||||    
T  48695748 caggaagtaactgtgctgaccattgtaaacaagaaccaaaataaaatggtactgtcttctgtctgtgaccaccgtcttcttggccctctctctctctctc 48695847  T
Q  621 tctcactcacacacgggccatacaagtgcactctttgccatcaagcaagacatcatcttctctcaaggttttgcgtgcaaatagaaataatctttcaaaa 720  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  48695848 tctcactcacacacgggccatacaagtgcactctttgccatcaagcaagacatcatcttctctcaaggttttgcgtgcaaatagaaataatctttcaaaa 48695947  T
Q  721 caagtggattcaagtttccgaatgatacccccaagcaaatcaaatctctcacaaaacaagtagtaactgttaagttaaacagtttagagtctttccatta 820  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  48695948 caagtggattcaagtttccaaatgatacccccaagcaaatcaaatctctcacaaaacaagtagtaactgttacgttaaacagtttagagtctttccatta 48696047  T
Q  821 tgtgactgttgtgctgtgctgttaaagcaggtgattcaaactacataatcgtttacagaaattacatctccaccacaggttc 902  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  48696048 tgtgactgttgtgctgtgctgttaaagcaggtgattcaaactacataatcgtttacagaaattacatctccaccacaggttc 48696129  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University