View Alignment
This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.
| Legend |
| | Query |
| | Query hiting target |
| Query hiting target's complemental strand |
| | Query's complemental strand hiting target |
| Query's complemental strand hiting target's complemental strand |
|
Alignment Overview
Query: NF4055_high_9 (Length: 316)
Name: NF4055_high_9
Description: NF4055
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)
| [»] NF4055_high_9 |
 | |
|
| [»] scaffold0697 (2 HSPs) |
| | |
|
Alignment Details
Target: chr2 (Bit Score: 301; Significance: 1e-169; HSPs: 1)
Name: chr2
Description:
Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 301; E-Value: 1e-169
Query Start/End: Original strand, 1 - 305
Target Start/End: Original strand, 26663016 - 26663320
Alignment:
| Q |
1 |
cacttacatcaaggtcaatgtgccggaagctgacaaaagtagatatagaacaaggaagggtgagatagctacaaatgtgttaggtgtatgctcaccagat |
100 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
26663016 |
cacttacatcaaggtcaatgtgctggaagctgacaaaagtagatatagaacaaggaagggtgagatagctacaaatgtgttaggtgtatgctcaccagat |
26663115 |
T |
|
| Q |
101 |
ttacaattcatatatgttttgcctggttgggagggatcagctgctgactctagagtccttagagatgctatttctcgaccaaatggtttaaaggttcctc |
200 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
26663116 |
ttacaattcatatatgttttgcctggttgggagggatcagctgctgactctagagtccttagagatgctatttctcgaccaaatggtttaaaggttcctc |
26663215 |
T |
|
| Q |
201 |
aaggtacaatagtataaattaatataaaaataaaatatgtcttgcatagtttatggattttaacttcaggtttatttatgatagggtattattatttatg |
300 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
26663216 |
aaggtacaatagtataaattaatataaaaataaaatatgtcttgcatagtttatggattttaacttcaggtttatttatgatagggtattattatttatg |
26663315 |
T |
|
| Q |
301 |
tgatg |
305 |
Q |
| |
|
||||| |
|
|
| T |
26663316 |
tgatg |
26663320 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr8 (Bit Score: 297; Significance: 1e-167; HSPs: 2)
Name: chr8
Description:
Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 297; E-Value: 1e-167
Query Start/End: Original strand, 1 - 305
Target Start/End: Original strand, 10639215 - 10639519
Alignment:
| Q |
1 |
cacttacatcaaggtcaatgtgccggaagctgacaaaagtagatatagaacaaggaagggtgagatagctacaaatgtgttaggtgtatgctcaccagat |
100 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
10639215 |
cacttacatcaaggtcaatgtgccggaagctgacaaaagtagatatagaacaaggaagggtgagatagctacaaatgtgttaggtgtatgctcaccagat |
10639314 |
T |
|
| Q |
101 |
ttacaattcatatatgttttgcctggttgggagggatcagctgctgactctagagtccttagagatgctatttctcgaccaaatggtttaaaggttcctc |
200 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
10639315 |
ttacaattcatatatgttttgcctggttgggagggatcagctgctgactctagagtccttagagatgctatttctcgaccaaatggtttaaaggttcctc |
10639414 |
T |
|
| Q |
201 |
aaggtacaatagtataaattaatataaaaataaaatatgtcttgcatagtttatggattttaacttcaggtttatttatgatagggtattattatttatg |
300 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
10639415 |
aaggtacaatagtataaattaatataaaaataaaatatgtcttgcatagtttatgggttttaacttcagttttatttatgatagggtattattatttatg |
10639514 |
T |
|
| Q |
301 |
tgatg |
305 |
Q |
| |
|
||||| |
|
|
| T |
10639515 |
tgatg |
10639519 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 285; E-Value: 1e-160
Query Start/End: Original strand, 1 - 305
Target Start/End: Complemental strand, 32716396 - 32716092
Alignment:
| Q |
1 |
cacttacatcaaggtcaatgtgccggaagctgacaaaagtagatatagaacaaggaagggtgagatagctacaaatgtgttaggtgtatgctcaccagat |
100 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
32716396 |
cacttacatcaaggtcaatgtgccggaagctgacaaaagtagatatagaacaaggaagggtgagatagctacaaatgtgttaggtgtatgctcaccagat |
32716297 |
T |
|
| Q |
101 |
ttacaattcatatatgttttgcctggttgggagggatcagctgctgactctagagtccttagagatgctatttctcgaccaaatggtttaaaggttcctc |
200 |
Q |
| |
|
||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
32716296 |
ttacaattcatttatgttttacctggttgggagggatcagctgctgactctagagtccttagagatgctatttctcgaccaaatggtttaaaggttcctc |
32716197 |
T |
|
| Q |
201 |
aaggtacaatagtataaattaatataaaaataaaatatgtcttgcatagtttatggattttaacttcaggtttatttatgatagggtattattatttatg |
300 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
32716196 |
aaggtacaatagtataaattaatataaaaataaaatacgtcttgcatagtttatgggttttaacttcagttttatttatgatagggtattattatttatg |
32716097 |
T |
|
| Q |
301 |
tgatg |
305 |
Q |
| |
|
||||| |
|
|
| T |
32716096 |
tgatg |
32716092 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr1 (Bit Score: 293; Significance: 1e-164; HSPs: 1)
Name: chr1
Description:
Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 293; E-Value: 1e-164
Query Start/End: Original strand, 1 - 305
Target Start/End: Original strand, 22903275 - 22903579
Alignment:
| Q |
1 |
cacttacatcaaggtcaatgtgccggaagctgacaaaagtagatatagaacaaggaagggtgagatagctacaaatgtgttaggtgtatgctcaccagat |
100 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
22903275 |
cacttacatcaaggtcaatgtgccggaagctgacaaaagtagatatagaacaaggaagggtgagatagctacaaatgtgttaggtgtatgctcaccagat |
22903374 |
T |
|
| Q |
101 |
ttacaattcatatatgttttgcctggttgggagggatcagctgctgactctagagtccttagagatgctatttctcgaccaaatggtttaaaggttcctc |
200 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
22903375 |
ttacaattcatatatgttttgcctggttgggagggatcagctgctgactctagagtccttagagatgctatttctcgaccaaatggtttaaaggttcctc |
22903474 |
T |
|
| Q |
201 |
aaggtacaatagtataaattaatataaaaataaaatatgtcttgcatagtttatggattttaacttcaggtttatttatgatagggtattattatttatg |
300 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
22903475 |
aaggtacaatagtataaattaatataaaaataaaatacgtcttgcatagtttatgggttttaacttcagttttatttatgatagggtattattatttatg |
22903574 |
T |
|
| Q |
301 |
tgatg |
305 |
Q |
| |
|
||||| |
|
|
| T |
22903575 |
tgatg |
22903579 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr7 (Bit Score: 253; Significance: 1e-141; HSPs: 2)
Name: chr7
Description:
Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 253; E-Value: 1e-141
Query Start/End: Original strand, 5 - 305
Target Start/End: Complemental strand, 13340988 - 13340688
Alignment:
| Q |
5 |
tacatcaaggtcaatgtgccggaagctgacaaaagtagatatagaacaaggaagggtgagatagctacaaatgtgttaggtgtatgctcaccagatttac |
104 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |
|
|
| T |
13340988 |
tacatcaaggtcaatgtgcctgaagctgacaaaagtagatataggacaaggaagggtgagatagctacaaatgtgttaggtgtatgctcgccagatttac |
13340889 |
T |
|
| Q |
105 |
aattcatatatgttttgcctggttgggagggatcagctgctgactctagagtccttagagatgctatttctcgaccaaatggtttaaaggttcctcaagg |
204 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
13340888 |
aattcatatatgttttgcctggttgggagggatcagctgctgactctagagtccttagagatgctatttctcgaccaaatggtttaaaggttcctcaagg |
13340789 |
T |
|
| Q |
205 |
tacaatagtataaattaatataaaaataaaatatgtcttgcatagtttatggattttaacttcaggtttatttatgatagggtattattatttatgtgat |
304 |
Q |
| |
|
|||||||| ||| |||||||| ||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
13340788 |
tacaatagcatagattaatattaaaataaaacatgtcttgcatagtttatagattttaactattgttttatttatgatagggtattattatttatgtgat |
13340689 |
T |
|
| Q |
305 |
g |
305 |
Q |
| |
|
| |
|
|
| T |
13340688 |
g |
13340688 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000001
Query Start/End: Original strand, 5 - 48
Target Start/End: Complemental strand, 13330073 - 13330030
Alignment:
| Q |
5 |
tacatcaaggtcaatgtgccggaagctgacaaaagtagatatag |
48 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
13330073 |
tacatcaaggtcaatgtgcctgaagctgacaaaagtagatatag |
13330030 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr5 (Bit Score: 245; Significance: 1e-136; HSPs: 1)
Name: chr5
Description:
Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 245; E-Value: 1e-136
Query Start/End: Original strand, 5 - 305
Target Start/End: Complemental strand, 5670521 - 5670221
Alignment:
| Q |
5 |
tacatcaaggtcaatgtgccggaagctgacaaaagtagatatagaacaaggaagggtgagatagctacaaatgtgttaggtgtatgctcaccagatttac |
104 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||| |||||||||| |
|
|
| T |
5670521 |
tacatcaaggtcaatgtgcctgaagctgacaaaagtagatataggacaaggaagggtgagatagctacaaatatgttaggtatatgctcgccagatttac |
5670422 |
T |
|
| Q |
105 |
aattcatatatgttttgcctggttgggagggatcagctgctgactctagagtccttagagatgctatttctcgaccaaatggtttaaaggttcctcaagg |
204 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
5670421 |
aattcatatatgttttgcctggttgggagggatcagctgctgactctagagtccttagagatgctatttctcgaccaaatggtttaaaggttcctcaagg |
5670322 |
T |
|
| Q |
205 |
tacaatagtataaattaatataaaaataaaatatgtcttgcatagtttatggattttaacttcaggtttatttatgatagggtattattatttatgtgat |
304 |
Q |
| |
|
|||||||| ||| |||||||| ||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
5670321 |
tacaatagcatagattaatattaaaataaaacatgtcttgcatagtttatagattttaactattgttttatttatgatagggtattattatttatgtgat |
5670222 |
T |
|
| Q |
305 |
g |
305 |
Q |
| |
|
| |
|
|
| T |
5670221 |
g |
5670221 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: scaffold0697 (Bit Score: 142; Significance: 2e-74; HSPs: 2)
Name: scaffold0697
Description:
Target: scaffold0697; HSP #1
Raw Score: 142; E-Value: 2e-74
Query Start/End: Original strand, 149 - 305
Target Start/End: Complemental strand, 5529 - 5372
Alignment:
| Q |
149 |
tctagagtccttagagatgctatttctcgaccaaatggtttaaaggttcctcaaggtacaatagtataaattaatataaaaataaaatatgtcttgcata |
248 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
5529 |
tctagagtccttagagatgctatttctcgaccaaatggtttaaaggttcctcaagatacaatagtataaattaatataaaaataaaatatgtcttgcata |
5430 |
T |
|
| Q |
249 |
gtttatgga-ttttaacttcaggtttatttatgatagggtattattatttatgtgatg |
305 |
Q |
| |
|
||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
5429 |
gtttatggatttttaacttcaggtttatttatgacagggtattattatttatgtgatg |
5372 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: scaffold0697; HSP #2
Raw Score: 89; E-Value: 7e-43
Query Start/End: Original strand, 1 - 101
Target Start/End: Complemental strand, 5629 - 5529
Alignment:
| Q |
1 |
cacttacatcaaggtcaatgtgccggaagctgacaaaagtagatatagaacaaggaagggtgagatagctacaaatgtgttaggtgtatgctcaccagat |
100 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |
|
|
| T |
5629 |
cacttacatcaaggtcattgtgccagaagctgacaaaagtagatatagaacaaggaagggtgagatagctacaaatgtgttaggtgtatgctcactagat |
5530 |
T |
|
| Q |
101 |
t |
101 |
Q |
| |
|
| |
|
|
| T |
5529 |
t |
5529 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr3 (Bit Score: 127; Significance: 1e-65; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:
Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 127; E-Value: 1e-65
Query Start/End: Original strand, 1 - 305
Target Start/End: Original strand, 34149074 - 34149379
Alignment:
| Q |
1 |
cacttacatcaaggtcaatgtgccggaagctgacaaaagtagatatagaacaaggaagggtgagatagctacaaatgtgttaggtgtatgctcaccagat |
100 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||| ||||| ||||| |||||||||||||||||| |
|
|
| T |
34149074 |
cacttacatcaaggtcaatgtgcccgaagctgacaaaactagattcagaacaaggaagggtgagatagcaacaaacgtgttgggtgtatgctcaccagat |
34149173 |
T |
|
| Q |
101 |
ttacaattcatatatgttttgcctggttgggagggatcagctgctgactctagagtccttagagatgctatttctcgaccaaatggtttaaaggttcctc |
200 |
Q |
| |
|
| ||||| |||||||| |||||||| ||||| || ||||||||||| ||||||||||| ||| |||||||||||||| ||||||| |||| |||||||| |
|
|
| T |
34149174 |
atgcaatttatatatgtgttgcctgggtgggaaggttcagctgctgattctagagtcctcagaaatgctatttctcgaacaaatgggttaagggttcctc |
34149273 |
T |
|
| Q |
201 |
aaggtaca-atagtataaattaatataaaaataaaatatgtcttgcatagtttat-ggattttaacttcaggtttatttatgatagggtattattattta |
298 |
Q |
| |
|
|||||| | | | ||||||| || | || ||| || ||||||| |||| ||||| ||| ||| || | ||||||| |||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
34149274 |
aaggtatacacaacataaattcatgttaatatagaacatgtcttacata-tttataggaaaataattttaattttatttgtgatagggtattattattta |
34149372 |
T |
|
| Q |
299 |
tgtgatg |
305 |
Q |
| |
|
||||||| |
|
|
| T |
34149373 |
tgtgatg |
34149379 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr4 (Bit Score: 30; Significance: 0.0000001; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:
Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 1 - 34
Target Start/End: Complemental strand, 48943463 - 48943430
Alignment:
| Q |
1 |
cacttacatcaaggtcaatgtgccggaagctgac |
34 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||| ||||||||| |
|
|
| T |
48943463 |
cacttacatcaaggtcaatgtgcccgaagctgac |
48943430 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
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