View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF4055_low_6 (Length: 367)

Name: NF4055_low_6
Description: NF4055
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF4055_low_6
NF4055_low_6
[»] chr8 (15 HSPs)
chr8 (13-352)||(6351018-6351357)
chr8 (13-346)||(6361909-6362242)
chr8 (18-346)||(7457765-7458093)
chr8 (20-346)||(6422941-6423267)
chr8 (18-346)||(7470167-7470495)
chr8 (13-346)||(6273235-6273568)
chr8 (13-346)||(6320114-6320447)
chr8 (26-352)||(6287480-6287806)
chr8 (13-343)||(6330579-6330909)
chr8 (19-254)||(6409007-6409242)
chr8 (53-256)||(6389756-6389959)
chr8 (53-257)||(6368773-6368977)
chr8 (79-175)||(6449644-6449740)
chr8 (81-209)||(6456077-6456205)
chr8 (81-139)||(6262233-6262291)
[»] chr2 (2 HSPs)
chr2 (81-190)||(42692108-42692217)
chr2 (63-175)||(42689613-42689725)
[»] chr5 (1 HSPs)
chr5 (81-161)||(9606278-9606358)
[»] chr7 (2 HSPs)
chr7 (79-130)||(46709185-46709236)
chr7 (80-130)||(46708220-46708270)


Alignment Details
Target: chr8 (Bit Score: 328; Significance: 0; HSPs: 15)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 328; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 13 - 352
Target Start/End: Complemental strand, 6351357 - 6351018
Alignment:
Q  13 tgaataatgccacatggtggtttaagatgcaaacccgtgaagagttgatcgaagcttccaccatccttatatggattgcttcagcacttcatgcagctgt 112  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6351357 tgaagaatgccacatggtggtttaagatgcaaacccgtgaagagttgatcgaagcttccaccatccttatatggattgcttcagcacttcatgcagctgt 6351258  T
Q  113 taatttcggacaatatccatacggaggatatatccttaaccgaccaacaaagagtagaagattcatgcctgagaaaggatcacctgagtatgatgagctt 212  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6351257 taatttcggacaatatccatatggaggatatatccttaaccggccaacaaagagtagaagattcatgcctgagaaaggatcacctgagtatgatgagctt 6351158  T
Q  213 gctaaggactaccagaagtcttatttgaggacaatcacaccaaagaatgatacacttactgacttgaccattatagaggtcttgtcaaggcatgcttctg 312  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6351157 gctaaggactaccagaagtcttatttgaggacaatcacaccaaagaatgatacacttactgacttgaccattatagaggtcttgtcaaggcatgcttctg 6351058  T
Q  313 atgagcaataccttggagatagaattgaaggtgacaattg 352  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6351057 atgagcaataccttggagatagaattgaaggtgacaattg 6351018  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 238; E-Value: 1e-131
Query Start/End: Original strand, 13 - 346
Target Start/End: Complemental strand, 6362242 - 6361909
Alignment:
Q  13 tgaataatgccacatggtggtttaagatgcaaacccgtgaagagttgatcgaagcttccaccatccttatatggattgcttcagcacttcatgcagctgt 112  Q
    |||| ||||| ||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||| ||||||| ||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  6362242 tgaagaatgctacatggtggtttaagatgcaaactcgtgaggagttgattgaagcttgcaccaccctcatatggattgcttcagcacttcatgcagcagt 6362143  T
Q  113 taatttcggacaatatccatacggaggatatatccttaaccgaccaacaaagagtagaagattcatgcctgagaaaggatcacctgagtatgatgagctt 212  Q
    |||||| ||||||||||| || |||||||||||| ||||||||||||| || ||||||||||||||||||||| | ||||| ||||||||||||||||||    
T  6362142 taattttggacaatatccgtatggaggatatatcgttaaccgaccaactaaaagtagaagattcatgcctgagcagggatcccctgagtatgatgagctt 6362043  T
Q  213 gctaaggactaccagaagtcttatttgaggacaatcacaccaaagaatgatacacttactgacttgaccattatagaggtcttgtcaaggcatgcttctg 312  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  6362042 gctaaggactaccagaagtcttatctgaggacaataacacccaagaatgatactcttactgacttgaccattatagaagtcttgtcaaggcatgcttctg 6361943  T
Q  313 atgagcaataccttggagatagaattgaaggtga 346  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  6361942 atgagcaataccttggagagagaattgaaggtga 6361909  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 221; E-Value: 1e-121
Query Start/End: Original strand, 18 - 346
Target Start/End: Complemental strand, 7458093 - 7457765
Alignment:
Q  18 aatgccacatggtggtttaagatgcaaacccgtgaagagttgatcgaagcttccaccatccttatatggattgcttcagcacttcatgcagctgttaatt 117  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||| ||||   |||||||  ||||||| |||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7458093 aatgcaacatggtggtttaagatgcaaaaccgtacggagttgaaagaagcttgcaccattctcatatggattgcttcagcacttcatgcagctgttaatt 7457994  T
Q  118 tcggacaatatccatacggaggatatatccttaaccgaccaacaaagagtagaagattcatgcctgagaaaggatcacctgagtatgatgagcttgctaa 217  Q
    | ||||||||| | || ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||   |||||||||||||||||||||    
T  7457993 ttggacaatatgcgtatggaggatatatccttaaccgaccaacaaaaagtagaagattcatgcctgagaaaggatccgttgagtatgatgagcttgctaa 7457894  T
Q  218 ggactaccagaagtcttatttgaggacaatcacaccaaagaatgatacacttactgacttgaccattatagaggtcttgtcaaggcatgcttctgatgag 317  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||||||  ||||||||||||| |||||| ||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||     
T  7457893 ggactaccagaagacttatttgaggacaatcaccgcaaagaatgatacccttactaacttgaccatcttagaggtcttgtcaaggcatgcttctgatgaa 7457794  T
Q  318 caataccttggagatagaattgaaggtga 346  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||    
T  7457793 caataccttggagagagaattgaaggtga 7457765  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 215; E-Value: 1e-118
Query Start/End: Original strand, 20 - 346
Target Start/End: Complemental strand, 6423267 - 6422941
Alignment:
Q  20 tgccacatggtggtttaagatgcaaacccgtgaagagttgatcgaagcttccaccatccttatatggattgcttcagcacttcatgcagctgttaatttc 119  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| ||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  6423267 tgccacatggtggtttaagatgcaaactcgtgcggagttgatcgaagcttccaccatccttatatggattgcttcagcacttcatgcagctgttaatttt 6423168  T
Q  120 ggacaatatccatacggaggatatatccttaaccgaccaacaaagagtagaagattcatgcctgagaaaggatcacctgagtatgatgagcttgctaagg 219  Q
    |||||||| ||||| |||||||| ||||||||||||||||| ||||| || |||||||||||||||||||||||| | ||||||| ||||||| ||||||    
T  6423167 ggacaatacccatatggaggatacatccttaaccgaccaactaagagcaggagattcatgcctgagaaaggatcagccgagtatgctgagctttctaagg 6423068  T
Q  220 actaccagaagtcttatttgaggacaatcacaccaaagaatgatacacttactgacttgaccattatagaggtcttgtcaaggcatgcttctgatgagca 319  Q
    ||||||||||| | ||||||| |||||||||||| |||| |||||| ||||| ||| | |||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||    
T  6423067 actaccagaaggcatatttgaagacaatcacacccaagagtgatacccttacagaccttaccattattgaagtcttgtcaaggcatgcttctgatgagca 6422968  T
Q  320 ataccttggagatagaattgaaggtga 346  Q
    ||||||||| || ||||| ||||||||    
T  6422967 ataccttggggagagaatcgaaggtga 6422941  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 213; E-Value: 1e-117
Query Start/End: Original strand, 18 - 346
Target Start/End: Complemental strand, 7470495 - 7470167
Alignment:
Q  18 aatgccacatggtggtttaagatgcaaacccgtgaagagttgatcgaagcttccaccatccttatatggattgcttcagcacttcatgcagctgttaatt 117  Q
    ||||| ||||||||||||||||||| || ||||   |||||||  ||||||| |||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7470495 aatgcaacatggtggtttaagatgccaaaccgtacggagttgaaagaagcttgcaccattctcatatggattgcttcagcacttcatgcagctgttaatt 7470396  T
Q  118 tcggacaatatccatacggaggatatatccttaaccgaccaacaaagagtagaagattcatgcctgagaaaggatcacctgagtatgatgagcttgctaa 217  Q
    | ||||||||| | || ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||   ||| |||||||||||||||||    
T  7470395 ttggacaatatgcgtatggaggatatatccttaaccgaccaacaaaaagtagaagattcatgcctgagaaaggatccgttgaatatgatgagcttgctaa 7470296  T
Q  218 ggactaccagaagtcttatttgaggacaatcacaccaaagaatgatacacttactgacttgaccattatagaggtcttgtcaaggcatgcttctgatgag 317  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||||||  ||||||||||||| |||||| ||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||     
T  7470295 ggactaccagaagacttatttgaggacaatcaccgcaaagaatgatacccttactaacttgaccatcttagaggtcttgtcaaggcatgcttctgatgaa 7470196  T
Q  318 caataccttggagatagaattgaaggtga 346  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||    
T  7470195 caataccttggagagagaattgaaggtga 7470167  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 158; E-Value: 5e-84
Query Start/End: Original strand, 13 - 346
Target Start/End: Complemental strand, 6273568 - 6273235
Alignment:
Q  13 tgaataatgccacatggtggtttaagatgcaaacccgtgaagagttgatcgaagcttccaccatccttatatggattgcttcagcacttcatgcagctgt 112  Q
    |||| ||||| | ||||||| ||||||||||||| ||   ||||||||| ||  ||| ||| | ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6273568 tgaaaaatgctaaatggtgggttaagatgcaaactcgcacagagttgattgactcttgcactaccctcatatggattgcttcagcacttcatgcagctgt 6273469  T
Q  113 taatttcggacaatatccatacggaggatatatccttaaccgaccaacaaagagtagaagattcatgcctgagaaaggatcacctgagtatgatgagctt 212  Q
    |||||| ||||||||||| ||||| || || || |||||||||||||| || || |||||||| |||||| |||||||||| || |||||||||||||||    
T  6273468 taattttggacaatatccgtacggtggttacattcttaaccgaccaactaaaagcagaagattaatgcctaagaaaggatcccccgagtatgatgagctt 6273369  T
Q  213 gctaaggactaccagaagtcttatttgaggacaatcacaccaaagaatgatacacttactgacttgaccattatagaggtcttgtcaaggcatgcttctg 312  Q
     ||||| |||| || ||| | | |||||| ||||||||||||||  |||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  6273368 tctaagaactatcaaaaggcgtttttgagaacaatcacaccaaaagatgacacactaactgacttgaccattatagaggtcttgtcaagacatgcttctg 6273269  T
Q  313 atgagcaataccttggagatagaattgaaggtga 346  Q
    |||| |||||||||||| | ||||||||||||||    
T  6273268 atgaacaataccttggacagagaattgaaggtga 6273235  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #7
Raw Score: 158; E-Value: 5e-84
Query Start/End: Original strand, 13 - 346
Target Start/End: Complemental strand, 6320447 - 6320114
Alignment:
Q  13 tgaataatgccacatggtggtttaagatgcaaacccgtgaagagttgatcgaagcttccaccatccttatatggattgcttcagcacttcatgcagctgt 112  Q
    |||| ||||| |||||||||||||||||||||||  ||  ||||||||| ||||||| ||| ||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  6320447 tgaagaatgctacatggtggtttaagatgcaaacttgtacagagttgattgaagcttgcactatcctcatatggattgcttcagcacatcatgcagctgt 6320348  T
Q  113 taatttcggacaatatccatacggaggatatatccttaaccgaccaacaaagagtagaagattcatgcctgagaaaggatcacctgagtatgatgagctt 212  Q
    |||||| || ||||| ||||| ||||||||||| |||||||||||||| |||||  | |||  ||||||| ||||||| ||  |||||||||| ||||||    
T  6320347 taattttggtcaatacccatatggaggatatatacttaaccgaccaactaagagccggagacacatgcctaagaaagggtctgctgagtatgacgagctt 6320248  T
Q  213 gctaaggactaccagaagtcttatttgaggacaatcacaccaaagaatgatacacttactgacttgaccattatagaggtcttgtcaaggcatgcttctg 312  Q
     ||||| |||  |||||| | ||| ||||||||||||||||||| |||||||| || |||||| | || || ||||||||||||||||||||||||||||    
T  6320247 tctaagaactttcagaaggcgtatctgaggacaatcacaccaaaaaatgataccctaactgaccttacaatcatagaggtcttgtcaaggcatgcttctg 6320148  T
Q  313 atgagcaataccttggagatagaattgaaggtga 346  Q
    ||||||||||||||||| | |||| |||||||||    
T  6320147 atgagcaataccttggacagagaaatgaaggtga 6320114  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #8
Raw Score: 147; E-Value: 2e-77
Query Start/End: Original strand, 26 - 352
Target Start/End: Complemental strand, 6287806 - 6287480
Alignment:
Q  26 atggtggtttaagatgcaaacccgtgaagagttgatcgaagcttccaccatccttatatggattgcttcagcacttcatgcagctgttaatttcggacaa 125  Q
    ||||||||||||||||||||||||| | |||||||| || |||| ||||||||| |||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||| ||||||    
T  6287806 atggtggtttaagatgcaaacccgtaaggagttgattgaggcttgcaccatcctcatatggattgcttcggcacttcatgcggctgttaattttggacaa 6287707  T
Q  126 tatccatacggaggatatatccttaaccgaccaacaaagagtagaagattcatgcctgagaaaggatcacctgagtatgatgagcttgctaaggactacc 225  Q
    ||||| ||||| || || || ||||||||||||||||| || |||||||| |||||| ||||||||||  ||||||||| ||||||| ||||| |||| |    
T  6287706 tatccgtacggtggttacattcttaaccgaccaacaaaaagcagaagattaatgcctaagaaaggatctgctgagtatgctgagctttctaagaactatc 6287607  T
Q  226 agaagtcttatttgaggacaatcacaccaaagaatgatacacttactgacttgaccattatagaggtcttgtcaaggcatgcttctgatgagcaatacct 325  Q
    | ||| | | |||||| |||||| |||| ||||| || |  || ||| |||||||  ||||||| ||||||||||| |||||||||||||| ||||||||    
T  6287606 aaaaggcgtttttgagaacaatcccaccgaagaaagacatcctaactaacttgactgttatagaagtcttgtcaagacatgcttctgatgaacaatacct 6287507  T
Q  326 tggagatagaattgaaggtgacaattg 352  Q
    |||| | |||||||||||||| |||||    
T  6287506 tggacagagaattgaaggtgataattg 6287480  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #9
Raw Score: 135; E-Value: 3e-70
Query Start/End: Original strand, 13 - 343
Target Start/End: Complemental strand, 6330909 - 6330579
Alignment:
Q  13 tgaataatgccacatggtggtttaagatgcaaacccgtgaagagttgatcgaagcttccaccatccttatatggattgcttcagcacttcatgcagctgt 112  Q
    |||| ||||| |||||||||||||||||||||||  ||  ||||||||| ||||||| ||| ||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  6330909 tgaagaatgctacatggtggtttaagatgcaaacttgtacagagttgattgaagcttgcactatcctcatatggattgcttcagcacatcatgcagctgt 6330810  T
Q  113 taatttcggacaatatccatacggaggatatatccttaaccgaccaacaaagagtagaagattcatgcctgagaaaggatcacctgagtatgatgagctt 212  Q
    |||||| || ||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||| || ||  | |||  ||||||||||||||| ||  |||||||||  ||||||    
T  6330809 taattttggtcaatatccatatggaggatatatacttaaccgaccaactaaaagccggagacacatgcctgagaaagggtctgctgagtatgccgagctt 6330710  T
Q  213 gctaaggactaccagaagtcttatttgaggacaatcacaccaaagaatgatacacttactgacttgaccattatagaggtcttgtcaaggcatgcttctg 312  Q
     ||||| |||  || |||   ||| | ||||||||||||||||| |||||||| || |||||| | || ||  |||||||||| ||||||||||||||||    
T  6330709 tctaagaactttcaaaaggtgtatctaaggacaatcacaccaaaaaatgataccctcactgaccttacgatcttagaggtcttatcaaggcatgcttctg 6330610  T
Q  313 atgagcaataccttggagatagaattgaagg 343  Q
    ||||||||||||||||| | |||| ||||||    
T  6330609 atgagcaataccttggacagagaaatgaagg 6330579  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #10
Raw Score: 124; E-Value: 1e-63
Query Start/End: Original strand, 19 - 254
Target Start/End: Complemental strand, 6409242 - 6409007
Alignment:
Q  19 atgccacatggtggtttaagatgcaaacccgtgaagagttgatcgaagcttccaccatccttatatggattgcttcagcacttcatgcagctgttaattt 118  Q
    |||| |||||||||||||||||| |||| |||| ||||||||| ||| ||| ||||| ||| || ||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  6409242 atgcaacatggtggtttaagatgaaaactcgtgcagagttgattgaaacttgcaccaccctcatttggatggcttcagcacttcatgcagctgttaattt 6409143  T
Q  119 cggacaatatccatacggaggatatatccttaaccgaccaacaaagagtagaagattcatgcctgagaaaggatcacctgagtatgatgagcttgctaag 218  Q
     ||||||||||| ||||| ||||| ||  ||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||| ||||||||| ||    
T  6409142 tggacaatatccttacggtggatacattgttaaccgaccaactaaaagtagaagattcatgcctgagaaaggaacccctgagtatgacgagcttgctcag 6409043  T
Q  219 gactaccagaagtcttatttgaggacaatcacacca 254  Q
    |||| | ||||| | |||||||| ||||||||||||    
T  6409042 gacttcgagaaggcgtatttgagaacaatcacacca 6409007  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #11
Raw Score: 120; E-Value: 3e-61
Query Start/End: Original strand, 53 - 256
Target Start/End: Complemental strand, 6389959 - 6389756
Alignment:
Q  53 agagttgatcgaagcttccaccatccttatatggattgcttcagcacttcatgcagctgttaatttcggacaatatccatacggaggatatatccttaac 152  Q
    ||||||||| ||| ||| ||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||| ||||| ||  |||||    
T  6389959 agagttgattgaaacttgcaccaccctcatatggattgcttcagcacttcatgcagctgttaattttggacaatatccgtacggtggatacattgttaac 6389860  T
Q  153 cgaccaacaaagagtagaagattcatgcctgagaaaggatcacctgagtatgatgagcttgctaaggactaccagaagtcttatttgaggacaatcacac 252  Q
    |||||||| || || |||||||||||||||||||||||| | ||||||||||| |||||||||||||| ||| ||||| |||||||||| ||||||||||    
T  6389859 cgaccaactaaaagcagaagattcatgcctgagaaaggaacccctgagtatgacgagcttgctaaggattacgagaaggcttatttgagaacaatcacac 6389760  T
Q  253 caaa 256  Q
    ||||    
T  6389759 caaa 6389756  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #12
Raw Score: 93; E-Value: 3e-45
Query Start/End: Original strand, 53 - 257
Target Start/End: Complemental strand, 6368977 - 6368773
Alignment:
Q  53 agagttgatcgaagcttccaccatccttatatggattgcttcagcacttcatgcagctgttaatttcggacaatatccatacggaggatatatccttaac 152  Q
    ||||||||| ||| ||| ||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||  || ||||| || |||||||||    
T  6368977 agagttgattgaaacttgcaccaccctcatatggattgcttcagcacttcatgcagctgttaattttggacaatatcagtatggagggtacatccttaac 6368878  T
Q  153 cgaccaacaaagagtagaagattcatgcctgagaaaggatcacctgagtatgatgagcttgctaaggactaccagaagtcttatttgaggacaatcacac 252  Q
    |||||||| || |  | |||||||||||| | ||||||||||| ||||| | | ||||| ||||||||||||  |||| | ||||||| |||||||||||    
T  6368877 cgaccaactaaaaccataagattcatgccagtgaaaggatcacatgagtttaaggagctcgctaaggactacatgaagacatatttgacgacaatcacac 6368778  T
Q  253 caaag 257  Q
    |||||    
T  6368777 caaag 6368773  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #13
Raw Score: 65; E-Value: 2e-28
Query Start/End: Original strand, 79 - 175
Target Start/End: Complemental strand, 6449740 - 6449644
Alignment:
Q  79 ttatatggattgcttcagcacttcatgcagctgttaatttcggacaatatccatacggaggatatatccttaaccgaccaacaaagagtagaagatt 175  Q
    ||||||||| |||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||| |||||||  |||||||||||    
T  6449740 ttatatggactgcttctgctcttcatgcagctgttaatttcggacaatatccttacggaggatatatcctgaaccgtccaacaattagtagaagatt 6449644  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #14
Raw Score: 45; E-Value: 1e-16
Query Start/End: Original strand, 81 - 209
Target Start/End: Complemental strand, 6456205 - 6456077
Alignment:
Q  81 atatggattgcttcagcacttcatgcagctgttaatttcggacaatatccatacggaggatatatccttaaccgaccaacaaagagtagaagattcatgc 180  Q
    ||||||| ||||||||| ||||||||||| ||||| || ||||| ||||| || |||||||||||||| ||||| |||||    ||||||||||| || |    
T  6456205 atatggactgcttcagctcttcatgcagcagttaactttggacagtatccttatggaggatatatcctgaaccgtccaactcttagtagaagatttattc 6456106  T
Q  181 ctgagaaaggatcacctgagtatgatgag 209  Q
    | ||| ||||| | || ||||||||||||    
T  6456105 cggagcaaggaactccggagtatgatgag 6456077  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #15
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000005
Query Start/End: Original strand, 81 - 139
Target Start/End: Complemental strand, 6262291 - 6262233
Alignment:
Q  81 atatggattgcttcagcacttcatgcagctgttaatttcggacaatatccatacggagg 139  Q
    ||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||| || |||||    
T  6262291 atatggactgcttcagctcttcatgcagctgttaattttggacaatatccgtatggagg 6262233  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 42; Significance: 0.000000000000009; HSPs: 2)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 42; E-Value: 0.000000000000009
Query Start/End: Original strand, 81 - 190
Target Start/End: Complemental strand, 42692217 - 42692108
Alignment:
Q  81 atatggattgcttcagcacttcatgcagctgttaatttcggacaatatccatacggaggatatatccttaaccgaccaacaaagagtagaagattcatgc 180  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||| ||| | |||||||| |  ||  | ||||| |||||    ||||| ||||||||||    
T  42692217 atatggattgcttcagctcttcatgcagctgttaattttggacagtattcctacggaggtttaatattaaaccgtccaactctcagtaggagattcatgc 42692118  T
Q  181 ctgagaaagg 190  Q
    ||||||||||    
T  42692117 ctgagaaagg 42692108  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 63 - 175
Target Start/End: Original strand, 42689613 - 42689725
Alignment:
Q  63 gaagcttccaccatccttatatggattgcttcagcacttcatgcagctgttaatttcggacaatatccatacggaggatatatccttaaccgaccaacaa 162  Q
    ||||||| ||| ||| | |||||||  |||||||| || || |||||||||||||| ||||||||||| ||||| || | ||| || ||||| ||||| |    
T  42689613 gaagcttgcactatcatcatatggacggcttcagccctccacgcagctgttaattttggacaatatccttacggcggttttattctaaaccgcccaacta 42689712  T
Q  163 agagtagaagatt 175  Q
      |||||||||||    
T  42689713 tcagtagaagatt 42689725  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 41; Significance: 0.00000000000003; HSPs: 1)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000003
Query Start/End: Original strand, 81 - 161
Target Start/End: Original strand, 9606278 - 9606358
Alignment:
Q  81 atatggattgcttcagcacttcatgcagctgttaatttcggacaatatccatacggaggatatatccttaaccgaccaaca 161  Q
    ||||||| |||||| || |||||||||||||||||||| ||||||||||| || ||||| ||||| || ||||| ||||||    
T  9606278 atatggactgcttctgctcttcatgcagctgttaattttggacaatatccttatggaggttatattctaaaccgtccaaca 9606358  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 32; Significance: 0.000000008; HSPs: 2)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000008
Query Start/End: Original strand, 79 - 130
Target Start/End: Complemental strand, 46709236 - 46709185
Alignment:
Q  79 ttatatggattgcttcagcacttcatgcagctgttaatttcggacaatatcc 130  Q
    ||||||||||||||||||| || ||||||||||| || || |||||||||||    
T  46709236 ttatatggattgcttcagctctacatgcagctgtaaactttggacaatatcc 46709185  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000003
Query Start/End: Original strand, 80 - 130
Target Start/End: Complemental strand, 46708270 - 46708220
Alignment:
Q  80 tatatggattgcttcagcacttcatgcagctgttaatttcggacaatatcc 130  Q
    |||||||||||||||||| || ||||||||||| || || |||||||||||    
T  46708270 tatatggattgcttcagccctacatgcagctgtaaaatttggacaatatcc 46708220  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University