View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF4060_low_3 (Length: 556)

Name: NF4060_low_3
Description: NF4060
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF4060_low_3
NF4060_low_3
[»] chr8 (9 HSPs)
chr8 (1-190)||(4751352-4751541)
chr8 (1-190)||(2404167-2404356)
chr8 (1-190)||(2409406-2409595)
chr8 (1-190)||(4746327-4746516)
chr8 (1-190)||(18346973-18347162)
chr8 (1-190)||(18342930-18343119)
chr8 (1-190)||(36962776-36962975)
chr8 (1-190)||(36959004-36959178)
chr8 (60-186)||(15695220-15695346)
[»] chr2 (3 HSPs)
chr2 (1-190)||(29884786-29884975)
chr2 (1-190)||(29889791-29889980)
chr2 (1-188)||(901484-901671)
[»] chr4 (4 HSPs)
chr4 (1-190)||(39544890-39545079)
chr4 (25-190)||(39571395-39571560)
chr4 (1-154)||(9406108-9406261)
chr4 (263-307)||(18683761-18683805)
[»] chr1 (2 HSPs)
chr1 (1-192)||(52891032-52891223)
chr1 (101-190)||(26415334-26415423)
[»] chr7 (2 HSPs)
chr7 (1-187)||(34042135-34042321)
chr7 (1-187)||(34047141-34047327)
[»] chr3 (2 HSPs)
chr3 (1-184)||(34531133-34531316)
chr3 (1-190)||(36394225-36394414)
[»] chr6 (3 HSPs)
chr6 (263-306)||(27669601-27669644)
chr6 (263-306)||(26847983-26848026)
chr6 (360-412)||(26810132-26810184)
[»] scaffold0277 (1 HSPs)
scaffold0277 (263-305)||(5548-5590)


Alignment Details
Target: chr8 (Bit Score: 186; Significance: 1e-100; HSPs: 9)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 186; E-Value: 1e-100
Query Start/End: Original strand, 1 - 190
Target Start/End: Complemental strand, 4751541 - 4751352
Alignment:
Q  1 agaaaagtcaaatgatattattggtcattattagaatatattatgccattattagtcatgataagacattatttgtcattatgtttattgtaattccttt 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4751541 agaaaagtcaaatgatattattggtcattattagaatatattatgccattattagtcatgataagacattatttgtcattatgtttattgtaattccttt 4751442  T
Q  101 ttatatataaacagtcttggactgcagaaataaaataagaaagaatcattcctctaatctcttatacgatttcttatatgtttttcaata 190  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  4751441 ttatatataaacagtcttggactgcagaaataaaataagaaagaatcattcctctaatctcttatatgatttcttatatgtttttcaata 4751352  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 182; E-Value: 4e-98
Query Start/End: Original strand, 1 - 190
Target Start/End: Complemental strand, 2404356 - 2404167
Alignment:
Q  1 agaaaagtcaaatgatattattggtcattattagaatatattatgccattattagtcatgataagacattatttgtcattatgtttattgtaattccttt 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2404356 agaaaagtcaaatgatattattggtcattattagaatatattatgccattattagtcatgataagacattatttgtcattatgtttattgtaattccttt 2404257  T
Q  101 ttatatataaacagtcttggactgcagaaataaaataagaaagaatcattcctctaatctcttatacgatttcttatatgtttttcaata 190  Q
    |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  2404256 ttatatataaacagtcttggactgcataaataaaataagaaagaatcattcctctaatctcttatatgatttcttatatgtttttcaata 2404167  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 182; E-Value: 4e-98
Query Start/End: Original strand, 1 - 190
Target Start/End: Complemental strand, 2409595 - 2409406
Alignment:
Q  1 agaaaagtcaaatgatattattggtcattattagaatatattatgccattattagtcatgataagacattatttgtcattatgtttattgtaattccttt 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2409595 agaaaagtcaaatgatattattggtcattattagaatatattatgccattattattcatgataagacattatttgtcattatgtttattgtaattccttt 2409496  T
Q  101 ttatatataaacagtcttggactgcagaaataaaataagaaagaatcattcctctaatctcttatacgatttcttatatgtttttcaata 190  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  2409495 ttatatataaacagtcttggactgcagaaataaaataagaaagaatcattcctctaatctcttatatgatttcttatatgtttttcaata 2409406  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 182; E-Value: 4e-98
Query Start/End: Original strand, 1 - 190
Target Start/End: Complemental strand, 4746516 - 4746327
Alignment:
Q  1 agaaaagtcaaatgatattattggtcattattagaatatattatgccattattagtcatgataagacattatttgtcattatgtttattgtaattccttt 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4746516 agaaaagtcaaatgatattattggtcattattagaatatattatgccattattagtcatgataagacattatttgtcattatgtttattgtaattccttt 4746417  T
Q  101 ttatatataaacagtcttggactgcagaaataaaataagaaagaatcattcctctaatctcttatacgatttcttatatgtttttcaata 190  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  4746416 ttatatataaacaatcttggactgcagaaataaaataagaaagaatcattcctctaatctcttatatgatttcttatatgtttttcaata 4746327  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 178; E-Value: 9e-96
Query Start/End: Original strand, 1 - 190
Target Start/End: Complemental strand, 18347162 - 18346973
Alignment:
Q  1 agaaaagtcaaatgatattattggtcattattagaatatattatgccattattagtcatgataagacattatttgtcattatgtttattgtaattccttt 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  18347162 agaaaagtcaaatgatattattggtcattattagaatatattatgccatcattagtcatgataagacattatttgtcattatgtttattgtaattccttt 18347063  T
Q  101 ttatatataaacagtcttggactgcagaaataaaataagaaagaatcattcctctaatctcttatacgatttcttatatgtttttcaata 190  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||    
T  18347062 ttatatataaacagtcttggactgcagaaataaaataagaaagaatcattcctctaatctctcatatgatttcttatatgtttttcaata 18346973  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 174; E-Value: 2e-93
Query Start/End: Original strand, 1 - 190
Target Start/End: Complemental strand, 18343119 - 18342930
Alignment:
Q  1 agaaaagtcaaatgatattattggtcattattagaatatattatgccattattagtcatgataagacattatttgtcattatgtttattgtaattccttt 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  18343119 agaaaagtcaaatgatattattggtcattattagaatatattatgccattattagttatgataagacattatttatcattatgtttattgtaattccttt 18343020  T
Q  101 ttatatataaacagtcttggactgcagaaataaaataagaaagaatcattcctctaatctcttatacgatttcttatatgtttttcaata 190  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||    
T  18343019 ttatatataaacagtcttggactgcagaaataaaataagaaagaatcattcctctaatctctcatatgatttcttatatgtttttcaata 18342930  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #7
Raw Score: 144; E-Value: 2e-75
Query Start/End: Original strand, 1 - 190
Target Start/End: Complemental strand, 36962975 - 36962776
Alignment:
Q  1 agaaaagtcaaatgatattattggtcattattagaatatattatgccattattagtcatgataagacattatttgtcattatgtttatt---------gt 91  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||         ||    
T  36962975 agaaaagtcaaatgatattattggtcattattagaatatattatgccattattagtcatgataagacattatttgtcattatgtttattatgtttattgt 36962876  T
Q  92 aattccttttta-tatataaacagtcttggactgcagaaataaaataagaaagaatcattcctctaatctcttatacgatttcttatatgtttttcaata 190  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  36962875 aattcctttttaatatataaacagtcttggaccgcataaataaaataagaaagaatcatttctctaatctcttatatgatttcttatatgtttttcaata 36962776  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #8
Raw Score: 118; E-Value: 6e-60
Query Start/End: Original strand, 1 - 190
Target Start/End: Complemental strand, 36959178 - 36959004
Alignment:
Q  1 agaaaagtcaaatgatattattggtcattattagaatatattatgccattattagtcatgataagacattatttgtcattatgtttattgtaattccttt 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||                ||||||||||||||||||||||||||||    
T  36959178 agaaaagtcaaatgatattattggtcattattagaatatattatgccattattagt----------------ttgtcattatgtttattgtaattccttt 36959095  T
Q  101 tta-tatataaacagtcttggactgcagaaataaaataagaaagaatcattcctctaatctcttatacgatttcttatatgtttttcaata 190  Q
    ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||| ||||||||||    
T  36959094 ttaatatataaacagtcttggactgcagaaataaaataagaaagaatcattcctctgatctcttatatgatttcttatatatttttcaata 36959004  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #9
Raw Score: 95; E-Value: 3e-46
Query Start/End: Original strand, 60 - 186
Target Start/End: Original strand, 15695220 - 15695346
Alignment:
Q  60 gataagacattatttgtcattatgtttattgtaattcctttttatatataaacagtcttggactgcagaaataaaataagaaagaatcattcctctaatc 159  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||| ||||||||||||    
T  15695220 gataagaaattatttgtcattatgtttactgtaattcctttttctatataaacagtcttggactgtagaaataaaatatgaaagaattattcctctaatc 15695319  T
Q  160 tcttatacgatttcttatatgtttttc 186  Q
    ||| ||| |||||||||||||||||||    
T  15695320 tctcatatgatttcttatatgtttttc 15695346  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 186; Significance: 1e-100; HSPs: 3)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 186; E-Value: 1e-100
Query Start/End: Original strand, 1 - 190
Target Start/End: Complemental strand, 29884975 - 29884786
Alignment:
Q  1 agaaaagtcaaatgatattattggtcattattagaatatattatgccattattagtcatgataagacattatttgtcattatgtttattgtaattccttt 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  29884975 agaaaagtcaaatgatattattggtcattattagaatatattatgccattattagtcatgataagacattatttgtcattatgtttattgtaattccttt 29884876  T
Q  101 ttatatataaacagtcttggactgcagaaataaaataagaaagaatcattcctctaatctcttatacgatttcttatatgtttttcaata 190  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  29884875 ttatatataaacagtcttggactgcagaaataaaataagaaagaatcattcctctaatctcttatatgatttcttatatgtttttcaata 29884786  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 186; E-Value: 1e-100
Query Start/End: Original strand, 1 - 190
Target Start/End: Complemental strand, 29889980 - 29889791
Alignment:
Q  1 agaaaagtcaaatgatattattggtcattattagaatatattatgccattattagtcatgataagacattatttgtcattatgtttattgtaattccttt 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  29889980 agaaaagtcaaatgatattattggtcattattagaatatattatgccattattagtcatgataagacattatttgtcattatgtttattgtaattccttt 29889881  T
Q  101 ttatatataaacagtcttggactgcagaaataaaataagaaagaatcattcctctaatctcttatacgatttcttatatgtttttcaata 190  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  29889880 ttatatataaacagtcttggactgcagaaataaaataagaaagaatcattcctctaatctcttatatgatttcttatatgtttttcaata 29889791  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 180; E-Value: 6e-97
Query Start/End: Original strand, 1 - 188
Target Start/End: Original strand, 901484 - 901671
Alignment:
Q  1 agaaaagtcaaatgatattattggtcattattagaatatattatgccattattagtcatgataagacattatttgtcattatgtttattgtaattccttt 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  901484 agaaaagtcaaatgatattattggtcattattagaatatattatgccattattagtcatgataagacattatttgtcattatgtttattgtaattccttt 901583  T
Q  101 ttatatataaacagtcttggactgcagaaataaaataagaaagaatcattcctctaatctcttatacgatttcttatatgtttttcaa 188  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||    
T  901584 ttatatataaacagtcttggactgcagaaataaaataagaaagaatcattcctctaatctctcatatgatttcttatatgtttttcaa 901671  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 182; Significance: 4e-98; HSPs: 4)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 182; E-Value: 4e-98
Query Start/End: Original strand, 1 - 190
Target Start/End: Original strand, 39544890 - 39545079
Alignment:
Q  1 agaaaagtcaaatgatattattggtcattattagaatatattatgccattattagtcatgataagacattatttgtcattatgtttattgtaattccttt 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  39544890 agaaaagtcaaatgatattattggtcattattagaatatattatgccattattagtcatgataagacattatttgtcattatgtttattgtaattccttt 39544989  T
Q  101 ttatatataaacagtcttggactgcagaaataaaataagaaagaatcattcctctaatctcttatacgatttcttatatgtttttcaata 190  Q
    |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  39544990 ttatatataaacagtcttggactgcataaataaaataagaaagaatcattcctctaatctcttatatgatttcttatatgtttttcaata 39545079  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 158; E-Value: 8e-84
Query Start/End: Original strand, 25 - 190
Target Start/End: Original strand, 39571395 - 39571560
Alignment:
Q  25 tcattattagaatatattatgccattattagtcatgataagacattatttgtcattatgtttattgtaattcctttttatatataaacagtcttggactg 124  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  39571395 tcattattagaatatattatgccattattagtcatgataagacattatttgtcattatgtttattgtaattcctttttatatataaacagtcttggactg 39571494  T
Q  125 cagaaataaaataagaaagaatcattcctctaatctcttatacgatttcttatatgtttttcaata 190  Q
    || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  39571495 cataaataaaataagaaagaatcattcctctaatctcttatatgatttcttatatgtttttcaata 39571560  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 138; E-Value: 7e-72
Query Start/End: Original strand, 1 - 154
Target Start/End: Complemental strand, 9406261 - 9406108
Alignment:
Q  1 agaaaagtcaaatgatattattggtcattattagaatatattatgccattattagtcatgataagacattatttgtcattatgtttattgtaattccttt 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9406261 agaaaagtcaaatgatattattggtcattatttgaatatattatgccattatttgtcatgataagacattatttgtcattatgtttattgtaattccttt 9406162  T
Q  101 ttatatataaacagtcttggactgcagaaataaaataagaaagaatcattcctc 154  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||    
T  9406161 ttatatataaacagtcttggactgtagaaataaaataagaaagagtcattcctc 9406108  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000003
Query Start/End: Original strand, 263 - 307
Target Start/End: Original strand, 18683761 - 18683805
Alignment:
Q  263 ttttatttggctctacacttttaccaagtgagaaacttccttccc 307  Q
    |||||| ||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  18683761 ttttatatggttctacacttttaccaagtgggaaacttccttccc 18683805  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 176; Significance: 1e-94; HSPs: 2)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 176; E-Value: 1e-94
Query Start/End: Original strand, 1 - 192
Target Start/End: Original strand, 52891032 - 52891223
Alignment:
Q  1 agaaaagtcaaatgatattattggtcattattagaatatattatgccattattagtcatgataagacattatttgtcattatgtttattgtaattccttt 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  52891032 agaaaagtcaaatgatattattggtcattattagaatatattatgccattattagtcatgataagacattatttgtcattatgtttattgtaattccttt 52891131  T
Q  101 ttatatataaacagtcttggactgcagaaataaaataagaaagaatcattcctctaatctcttatacgatttcttatatgtttttcaatact 192  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  52891132 ttatatataaacagtcttggactgcagaaataaaaaaaaaaagaatcattcctctaaactcttatatgatttcttatatgtttttcaatact 52891223  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 82; E-Value: 2e-38
Query Start/End: Original strand, 101 - 190
Target Start/End: Complemental strand, 26415423 - 26415334
Alignment:
Q  101 ttatatataaacagtcttggactgcagaaataaaataagaaagaatcattcctctaatctcttatacgatttcttatatgtttttcaata 190  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||    
T  26415423 ttatatataaacagtcttggactgcagaaataaaataagaaagaatcattcctctaatctctcatatgatttcttatatgtttttcaata 26415334  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 171; Significance: 1e-91; HSPs: 2)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 171; E-Value: 1e-91
Query Start/End: Original strand, 1 - 187
Target Start/End: Original strand, 34042135 - 34042321
Alignment:
Q  1 agaaaagtcaaatgatattattggtcattattagaatatattatgccattattagtcatgataagacattatttgtcattatgtttattgtaattccttt 100  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  34042135 agaaaagtcaaatgatattatcggtcattattagaatatattatgccattattagtcatgataagacattatttgtcattatgtttattgtaattccttt 34042234  T
Q  101 ttatatataaacagtcttggactgcagaaataaaataagaaagaatcattcctctaatctcttatacgatttcttatatgtttttca 187  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||    
T  34042235 ttatatataaacagtcttggactgaagaaataaaataagaaagaatcattcctctaaactcttatatgatttcttatatgtttttca 34042321  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 171; E-Value: 1e-91
Query Start/End: Original strand, 1 - 187
Target Start/End: Original strand, 34047141 - 34047327
Alignment:
Q  1 agaaaagtcaaatgatattattggtcattattagaatatattatgccattattagtcatgataagacattatttgtcattatgtttattgtaattccttt 100  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  34047141 agaaaagtcaaatgatattatcggtcattattagaatatattatgccattattagtcatgataagacattatttgtcattatgtttattgtaattccttt 34047240  T
Q  101 ttatatataaacagtcttggactgcagaaataaaataagaaagaatcattcctctaatctcttatacgatttcttatatgtttttca 187  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||    
T  34047241 ttatatataaacagtcttggactgaagaaataaaataagaaagaatcattcctctaaactcttatatgatttcttatatgtttttca 34047327  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 156; Significance: 1e-82; HSPs: 2)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 156; E-Value: 1e-82
Query Start/End: Original strand, 1 - 184
Target Start/End: Complemental strand, 34531316 - 34531133
Alignment:
Q  1 agaaaagtcaaatgatattattggtcattattagaatatattatgccattattagtcatgataagacattatttgtcattatgtttattgtaattccttt 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  34531316 agaaaagtcaaatgatattattggtcgttattagaatatattatgccattattagtcatgataaaacattatttgtcattatgtttattgtaattccttt 34531217  T
Q  101 ttatatataaacagtcttggactgcagaaataaaataagaaagaatcattcctctaatctcttatacgatttcttatatgtttt 184  Q
    |  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||| |||||||||||||||||    
T  34531216 tcctatataaacagtcttggactgcagaaataaaataagaaagaatcattcttctaatctctcatatgatttcttatatgtttt 34531133  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 126; E-Value: 1e-64
Query Start/End: Original strand, 1 - 190
Target Start/End: Original strand, 36394225 - 36394414
Alignment:
Q  1 agaaaagtcaaatgatattattggtcattattagaatatattatgccattattagtcatgataagacattatttgtcattatgtttattgtaattccttt 100  Q
    |||||||||| | |||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  36394225 agaaaagtcagaggatattattgatcattattagaatatattatgtcattattagtcatgataagacattatttgtcattatgtttattgtaattccttt 36394324  T
Q  101 ttatatataaacagtcttggactgcagaaataaaataagaaagaatcattcctctaatctcttatacgatttcttatatgtttttcaata 190  Q
    |  |||| |||||||||||||||| | |||||||||| |||| ||| |||||||||||||   ||| |||||||||||||||||||||||    
T  36394325 tcctataaaaacagtcttggactgtaaaaataaaatatgaaaaaattattcctctaatcttgcatatgatttcttatatgtttttcaata 36394414  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 36; Significance: 0.00000000005; HSPs: 3)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000005
Query Start/End: Original strand, 263 - 306
Target Start/End: Original strand, 27669601 - 27669644
Alignment:
Q  263 ttttatttggctctacacttttaccaagtgagaaacttccttcc 306  Q
    |||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||    
T  27669601 ttttatttggctctacacttttaccatgtaagaaacttccttcc 27669644  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000001
Query Start/End: Original strand, 263 - 306
Target Start/End: Complemental strand, 26848026 - 26847983
Alignment:
Q  263 ttttatttggctctacacttttaccaagtgagaaacttccttcc 306  Q
    |||| ||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||    
T  26848026 ttttgtttggctctacacttttactatgtgagaaacttccttcc 26847983  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000008
Query Start/End: Original strand, 360 - 412
Target Start/End: Complemental strand, 26810184 - 26810132
Alignment:
Q  360 aaaaatcacatagcttaaaaccagtaaataaagggataaaaaagttgtgatat 412  Q
    |||||||| || |||||||| || ||||||||||||  |||||||||||||||    
T  26810184 aaaaatcatatggcttaaaaacactaaataaagggaccaaaaagttgtgatat 26810132  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0277 (Bit Score: 31; Significance: 0.00000005; HSPs: 1)
Name: scaffold0277
Description:

Target: scaffold0277; HSP #1
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000005
Query Start/End: Original strand, 263 - 305
Target Start/End: Original strand, 5548 - 5590
Alignment:
Q  263 ttttatttggctctacacttttaccaagtgagaaacttccttc 305  Q
    |||||||||| | ||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  5548 ttttatttggttttacacttttaccaagtgggaaacttccttc 5590  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University