View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF4061_high_7 (Length: 471)

Name: NF4061_high_7
Description: NF4061
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF4061_high_7
NF4061_high_7
[»] chr2 (1 HSPs)
chr2 (9-456)||(28591140-28591591)
[»] chr5 (2 HSPs)
chr5 (9-456)||(30303341-30303792)
chr5 (151-316)||(24869803-24869968)
[»] chr4 (2 HSPs)
chr4 (9-456)||(23060529-23060980)
chr4 (117-200)||(37840064-37840147)
[»] chr6 (3 HSPs)
chr6 (9-456)||(25905531-25905982)
chr6 (9-457)||(32894491-32894943)
chr6 (9-457)||(13107348-13107801)
[»] chr8 (4 HSPs)
chr8 (9-456)||(26952627-26953078)
chr8 (9-457)||(18177620-18178073)
chr8 (9-320)||(21277573-21277884)
chr8 (402-457)||(21277930-21277985)
[»] chr1 (3 HSPs)
chr1 (9-457)||(27876172-27876624)
chr1 (9-175)||(15231295-15231460)
chr1 (399-456)||(15231070-15231127)
[»] chr3 (2 HSPs)
chr3 (145-456)||(1018041-1018356)
chr3 (9-455)||(42435481-42435931)
[»] chr7 (3 HSPs)
chr7 (9-316)||(9815398-9815704)
chr7 (9-316)||(10717323-10717629)
chr7 (399-447)||(21116876-21116924)


Alignment Details
Target: chr2 (Bit Score: 306; Significance: 1e-172; HSPs: 1)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 306; E-Value: 1e-172
Query Start/End: Original strand, 9 - 456
Target Start/End: Original strand, 28591140 - 28591591
Alignment:
Q  9 atcaaaggctcaaaaataggattagttgtggatagagacaagctatccttgagccaaggggctcctaagaaaggtacattgacccctgaaccgatccgcc 108  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| | ||||||||||||||||||||| ||||||||||  ||||||||||||||||||||||    
T  28591140 atcaaaggctcaaaaataggattagttgtggataaagacaaaccatccttgagccaaggggctcccaagaaaggtatgttgacccctgaaccgatccgcc 28591239  T
Q  109 atcgtgcaccctgttttaccacaatttttgcgctgaaaatgtttcgccaaacatagcttgggttatgaccaattttggacccaataaaatcagaattagg 208  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||| || |||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  28591240 atcgtgcaccctgtttcaccacaatttttgcactaaaaatgcttcgccaaacatagcttgggttatgcccaattttggacccaataaaatcagaattagg 28591339  T
Q  209 aaaatatctagccttaaataatcgacaaacaagagtgctagaatcagtttggaacctccatccctgtttccctaacatagccacattaaaataggtcaaa 308  Q
    ||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  28591340 aaagtatctagccttaaataatcgacaaacaagactgctagactctgtttggaacctccatccctgtttccctaacatagccacattaaaagaggtcaaa 28591439  T
Q  309 tccttaaagcc----cctccnnnnnnnttatgaccagacaatctttccgaagacatccaatgtaatccgcaacgcatattaccgctgtggccctaccaaa 404  Q
    |||||||||||    |||||       |||||| |||||||||||||| | ||||||||||||||||| | |||||||||||||   |||||| |||| |    
T  28591440 tccttaaagcccatgcctccaaaaaatttatgaacagacaatctttcccaggacatccaatgtaatccacgacgcatattaccgtcatggccccaccaga 28591539  T
Q  405 aagcattaatcattttttctattgcatcaacaagcttatttggaagtaaaaa 456  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  28591540 aagcattaatcaatttttctattgcatcaacaagcttatttggaagtaaaaa 28591591  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 294; Significance: 1e-165; HSPs: 2)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 294; E-Value: 1e-165
Query Start/End: Original strand, 9 - 456
Target Start/End: Complemental strand, 30303792 - 30303341
Alignment:
Q  9 atcaaaggctcaaaaataggattagttgtggatagagacaagctatccttgagccaaggggctcctaagaaaggtacattgacccctgaaccgatccgcc 108  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| | ||| ||||||||| ||||||| ||||||||||  |||||||||||||||||||||     
T  30303792 atcaaaggctcaaaaataggattagttgtggataaagacaaaccatcattgagccaaagggctcccaagaaaggtatgttgacccctgaaccgatccgca 30303693  T
Q  109 atcgtgcaccctgttttaccacaatttttgcgctgaaaatgtttcgccaaacatagcttgggttatgaccaattttggacccaataaaatcagaattagg 208  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||| || |||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30303692 atcgtgcaccctgtttcaccacaatttttgcactaaaaatgcttcgccaaacatagcttgggttatgcccaattttggacccaataaaatcagaattagg 30303593  T
Q  209 aaaatatctagccttaaataatcgacaaacaagagtgctagaatcagtttggaacctccatccctgtttccctaacatagccacattaaaataggtcaaa 308  Q
    ||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  30303592 aaagtatctagccttaaataatcgacaaacaagactgctagactctgtttggaacctccatccctgtttccctaacatagccacattaaaagaggtcaaa 30303493  T
Q  309 tccttaaagc----ccctccnnnnnnnttatgaccagacaatctttccgaagacatccaatgtaatccgcaacgcatattaccgctgtggccctaccaaa 404  Q
    ||||||||||     |||||       |||||| |||||||||||||| | ||||||||||||||||| | ||||||||||||||  |||||| |||| |    
T  30303492 tccttaaagctcatgcctccaaaaaatttatgaacagacaatctttcccaggacatccaatgtaatccacgacgcatattaccgccatggccccaccaga 30303393  T
Q  405 aagcattaatcattttttctattgcatcaacaagcttatttggaagtaaaaa 456  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30303392 aagcattaatcaatttttctattgcatcaacaagcttatttggaagtaaaaa 30303341  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 114; E-Value: 1e-57
Query Start/End: Original strand, 151 - 316
Target Start/End: Complemental strand, 24869968 - 24869803
Alignment:
Q  151 ttcgccaaacatagcttgggttatgaccaattttggacccaataaaatcagaattaggaaaatatctagccttaaataatcgacaaacaagagtgctaga 250  Q
    |||| |||| ||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |  || |    
T  24869968 ttcgtcaaatatagcttggattatgtccaattttggacccaataaaatcataattaggaaaataactagccttaaataatcgacaaacaagactattaaa 24869869  T
Q  251 atcagtttggaacctccatccctgtttccctaacatagccacattaaaataggtcaaatccttaaa 316  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| | ||||||||||||||    
T  24869868 atcagtttggaacctccatccctgtttccgtaacatagccacattaaaagaagtcaaatccttaaa 24869803  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 294; Significance: 1e-165; HSPs: 2)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 294; E-Value: 1e-165
Query Start/End: Original strand, 9 - 456
Target Start/End: Original strand, 23060529 - 23060980
Alignment:
Q  9 atcaaaggctcaaaaataggattagttgtggatagagacaagctatccttgagccaaggggctcctaagaaaggtacattgacccctgaaccgatccgcc 108  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||| | ||||||||||||||||||||| ||||||||||  ||||||||||||||||||||||    
T  23060529 atcaaaggctcaaaaataggattagttgtggataaaaacaaaccatccttgagccaaggggctcccaagaaaggtatgttgacccctgaaccgatccgcc 23060628  T
Q  109 atcgtgcaccctgttttaccacaatttttgcgctgaaaatgtttcgccaaacatagcttgggttatgaccaattttggacccaataaaatcagaattagg 208  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||| || |||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  23060629 atcgtgcaccctgtttcaccacaatttttgcactaaaaatgcttcgccaaacatagcttgggttatgcccaattttggacccaataaaatcagaattagg 23060728  T
Q  209 aaaatatctagccttaaataatcgacaaacaagagtgctagaatcagtttggaacctccatccctgtttccctaacatagccacattaaaataggtcaaa 308  Q
    ||| |||||||||||||||||||||||||||||  ||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  23060729 aaagtatctagccttaaataatcgacaaacaaggttgctagactctgtttggaacctccatccctgtttccctaacatagccacattaaaagaggtcaaa 23060828  T
Q  309 tccttaaagcc----cctccnnnnnnnttatgaccagacaatctttccgaagacatccaatgtaatccgcaacgcatattaccgctgtggccctaccaaa 404  Q
    |||||||||||    |||||       |||||| |||||||||||||| | |||||||||||||||||   ||||||||||||||  |||||| | || |    
T  23060829 tccttaaagcccatgcctccaaaaattttatgaacagacaatctttccaaggacatccaatgtaatccatgacgcatattaccgccatggccccatcaga 23060928  T
Q  405 aagcattaatcattttttctattgcatcaacaagcttatttggaagtaaaaa 456  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  23060929 aagcattaatcaatttttctattgcatcaacaagcttatttggaagtaaaaa 23060980  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000004
Query Start/End: Original strand, 117 - 200
Target Start/End: Original strand, 37840064 - 37840147
Alignment:
Q  117 ccctgttttaccacaatttttgcgctgaaaatgtttcgccaaacatagcttgggttatgaccaattttggacccaataaaatca 200  Q
    |||||||| |||||||||||||| || || ||  | ||||||||||| ||||| ||||| | ||| ||||||||||||||||||    
T  37840064 ccctgtttcaccacaatttttgcactaaatatactccgccaaacataacttggattatgtctaatgttggacccaataaaatca 37840147  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 278; Significance: 1e-155; HSPs: 3)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 278; E-Value: 1e-155
Query Start/End: Original strand, 9 - 456
Target Start/End: Original strand, 25905531 - 25905982
Alignment:
Q  9 atcaaaggctcaaaaataggattagttgtggatagagacaagctatccttgagccaaggggctcctaagaaaggtacattgacccctgaaccgatccgcc 108  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||| | ||||||||||||||||||||| |||||||||   ||||||||||||||||||||||    
T  25905531 atcaaaggctcaaaagtaggattagttgtggataaagacaaaccatccttgagccaaggggctcccaagaaaggtttgttgacccctgaaccgatccgcc 25905630  T
Q  109 atcgtgcaccctgttttaccacaatttttgcgctgaaaatgtttcgccaaacatagcttgggttatgaccaattttggacccaataaaatcagaattagg 208  Q
    |||||||||||||||| |||| ||||||||| || |||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  25905631 atcgtgcaccctgtttcaccataatttttgcactaaaaatgcttcgccaaacatagcttgggttatgcccaattttggacccaataaaatcagaattagg 25905730  T
Q  209 aaaatatctagccttaaataatcgacaaacaagagtgctagaatcagtttggaacctccatccctgtttccctaacatagccacattaaaataggtcaaa 308  Q
    ||| |||||||||||||||||||||||||||||  ||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  25905731 aaagtatctagccttaaataatcgacaaacaagtttgctagactctgtttggaacctccatccctgtttccctaacatagccacattaaaagaggtcaaa 25905830  T
Q  309 tccttaaagcc----cctccnnnnnnnttatgaccagacaatctttccgaagacatccaatgtaatccgcaacgcatattaccgctgtggccctaccaaa 404  Q
    ||||||| | |    |||||       ||||||  ||||||||||||| | ||||||||||||||||| | ||||||||||||||  |||||  |||| |    
T  25905831 tccttaatggccatgcctccaaaaattttatgaatagacaatctttcccaggacatccaatgtaatccacgacgcatattaccgccatggcctcaccaga 25905930  T
Q  405 aagcattaatcattttttctattgcatcaacaagcttatttggaagtaaaaa 456  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  25905931 aagcattaatcaatttttctattgcatcaacaagcttatttggaagtaaaaa 25905982  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 263; E-Value: 1e-146
Query Start/End: Original strand, 9 - 457
Target Start/End: Complemental strand, 32894943 - 32894491
Alignment:
Q  9 atcaaaggctcaaaaataggattagttgtggatagagacaagctatccttgagccaaggggctcctaagaaaggtacattgacccctgaaccgatccgcc 108  Q
    |||||||  |||||||||||||||||   ||| | ||| |||| |||||||||||||||||| ||||||||||||| |||| |||||||||| |||||||    
T  32894943 atcaaagaatcaaaaataggattagtaaaggaaaaagataagccatccttgagccaaggggcgcctaagaaaggtatattggcccctgaaccaatccgcc 32894844  T
Q  109 atcgtgcaccctgttttaccacaatttttgcgctgaaaatgtttcgccaaacatagcttgggttatgaccaattttggacccaataaaatcagaattagg 208  Q
    ||| |||||||||||||||||| ||||||||||| |||||  ||||||||| ||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||| ||||    
T  32894843 atcttgcaccctgttttaccactatttttgcgctaaaaatacttcgccaaatatagcttgggttatgcccgattttggacccaataaaatcagaagtagg 32894744  T
Q  209 aaaatatctagccttaaataatcgacaaacaagagtgctagaatcagtttggaacctccatccctgtttccctaacatagccacattaaaataggtcaaa 308  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||||||  | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||    
T  32894743 aaaatatctagctttaaataatcgacaaacaaggctactagaatcagtttggaacctccatccctgtttccctaacatagccacattaaaagaagtcaaa 32894644  T
Q  309 tccttaaagc----ccctccnnnnnnnttatgaccagacaatctttccgaagacatccaatgtaatccgcaacgcatattaccgctgtggccctaccaaa 404  Q
    ||||||||||     |||||       |||||| ||||||| |||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||   ||||||| ||||||    
T  32894643 tccttaaagcacatacctccaaaaaatttatgaacagacaacctttcccaagacatccaatgtaatccgcgacgcatattaccatcgtggccccaccaaa 32894544  T
Q  405 aagcattaatcattttttctattgcatcaacaagcttatttggaagtaaaaag 457  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  32894543 aagcattaatcattttttctattgcatcaacaagcttatttggaagtagaaag 32894491  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 233; E-Value: 1e-128
Query Start/End: Original strand, 9 - 457
Target Start/End: Original strand, 13107348 - 13107801
Alignment:
Q  9 atcaaaggctcaaaaataggattagttgtggatagagacaagctatccttgagccaaggggctcctaagaaaggtacattgacccctgaaccgatccgcc 108  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||| | ||||||||||| ||||| ||||||  ||||||||||||||| |||||||    
T  13107348 atcaaaggctcaaaaatatgattagttgtggatagagacaagccatccgttagccaaggggcgcctaaaaaaggtgtattgacccctgaaccaatccgcc 13107447  T
Q  109 atcgtgcaccctgttttaccacaatttttgcgctgaaaatgtttcgccaaacatagcttgggttatgaccaattttggacccaataaaatcagaattagg 208  Q
    | |||||||| ||||| || |||||||||||| | |||||| ||  ||||||||||||||||||||| | ||||||||| |||||||||||||| |||||    
T  13107448 aacgtgcaccatgtttcactacaatttttgcgttaaaaatgctttaccaaacatagcttgggttatgccaaattttggatccaataaaatcagacttagg 13107547  T
Q  209 aaaatatctagccttaaataatcgacaaacaagagtgctagaatcagtttggaacctccatccctgtttccctaacatagccacattaaaataggtcaaa 308  Q
    || ||||||| |||| ||| |||||||||||||| ||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  13107548 aagatatctatccttgaattatcgacaaacaagattgctagaatcactttggtacctccatccctgtttccctaacatagccacattaaaagaggtcaaa 13107647  T
Q  309 tcctt-aaagcc----cctcc-nnnnnnnttatgaccagacaatctttccgaagacatccaatgtaatccgcaacgcatattaccgctgtggccctacca 402  Q
    ||||| ||||||    |||||        |||||| ||  |||||||||| || |||||||||||||||| | | ||||||||||| |||||||| ||||    
T  13107648 tccttaaaagcccatacctccaaaaaaatttatgaacatgcaatctttcccaa-acatccaatgtaatccacgatgcatattaccgttgtggccccacca 13107746  T
Q  403 aaaagcattaatcattttttctattgcatcaacaagcttatttggaagtaaaaag 457  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  13107747 aaaagcattaatcattttttctattgcatcaacaagcttatttggaagcaaaaag 13107801  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 274; Significance: 1e-153; HSPs: 4)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 274; E-Value: 1e-153
Query Start/End: Original strand, 9 - 456
Target Start/End: Original strand, 26952627 - 26953078
Alignment:
Q  9 atcaaaggctcaaaaataggattagttgtggatagagacaagctatccttgagccaaggggctcctaagaaaggtacattgacccctgaaccgatccgcc 108  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| | ||| ||||||||| ||||||| ||||||||||  ||||||||| |||| ||| ||     
T  26952627 atcaaaggctcaaaaataggattagttgtggataaagacaaaccatcattgagccaaagggctcccaagaaaggtatgttgacccctaaaccaatcagca 26952726  T
Q  109 atcgtgcaccctgttttaccacaatttttgcgctgaaaatgtttcgccaaacatagcttgggttatgaccaattttggacccaataaaatcagaattagg 208  Q
    ||||| |||||||||| |||||||||||||| || |||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26952727 atcgtacaccctgtttcaccacaatttttgcactaaaaatgcttcgccaaacatagcttgggttatgcccaattttggacccaataaaatcagaattagg 26952826  T
Q  209 aaaatatctagccttaaataatcgacaaacaagagtgctagaatcagtttggaacctccatccctgtttccctaacatagccacattaaaataggtcaaa 308  Q
    ||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| || |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  26952827 aaagtatctagccttaaataatcgacaaacaagactgctagactctgtttggaacctccatctctgtttccctaacatagccacattaaaagaggtcaaa 26952926  T
Q  309 tccttaaagcc----cctccnnnnnnnttatgaccagacaatctttccgaagacatccaatgtaatccgcaacgcatattaccgctgtggccctaccaaa 404  Q
    |||||||||||    |||||       |||||| || ||||||||||| | ||||||||||||||||| | ||||||||||||||  |||||| |||| |    
T  26952927 tccttaaagcccatgcctccaaaatatttatgaacaaacaatctttcccaggacatccaatgtaatccacgacgcatattaccgccatggccccaccaga 26953026  T
Q  405 aagcattaatcattttttctattgcatcaacaagcttatttggaagtaaaaa 456  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26953027 aagcattaatcaatttttctattgcatcaacaagcttatttggaagtaaaaa 26953078  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 268; E-Value: 1e-149
Query Start/End: Original strand, 9 - 457
Target Start/End: Complemental strand, 18178073 - 18177620
Alignment:
Q  9 atcaaaggctcaaaaataggattagttgtggatagagacaagctatccttgagccaaggggctcctaagaaaggtacattgacccctgaaccgatccgcc 108  Q
    ||||||||||||| |||||||||||| ||||||| |||||||  |||||||||||||| ||| |||||||||||||  |||||||||||||| ||||  |    
T  18178073 atcaaaggctcaacaataggattagtagtggataaagacaagtcatccttgagccaagaggcacctaagaaaggtatgttgacccctgaaccaatccatc 18177974  T
Q  109 atcgtgcaccctgttttaccacaatttttgcgctgaaaatgtttcgccaaacatagcttgggttatgaccaattttggacccaataaaatcagaattagg 208  Q
    |||||| |||||  |||||||| ||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  18177973 atcgtgtacccttctttaccactatttttgcgctaaaaatgcttcgccaaacatagcttgggttatgcccaattttggacccaataaaatcagaattagg 18177874  T
Q  209 aaaatatctagccttaaataatcgacaaacaagagtgctagaatcagtttggaacctccatccctgtttccctaacatagccacattaaaataggtcaaa 308  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||| | ||||||    
T  18177873 aaaatatctagctttaaataatcgacaaacaaggctgctagaatcagtttggaacctccatccctgcttccttaacatagccacattaaaagatgtcaaa 18177774  T
Q  309 tccttaaagcc----cctccnnnnnnnttatgaccagacaatctttccgaagacatccaatgtaatccgcaacgcatattaccgctgtggccctaccaaa 404  Q
    |||||||||||    |||||       |||||| ||||||| |||||| |||||||| |||||||||||| |||||||| ||||| ||||||| ||||||    
T  18177773 tccttaaagcccatacctccaaaaaaattatgaacagacaacctttcccaagacatcgaatgtaatccgcgacgcatatcaccgccgtggccccaccaaa 18177674  T
Q  405 aa-gcattaatcattttttctattgcatcaacaagcttatttggaagtaaaaag 457  Q
    || | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  18177673 aagggattaatcattttttctattgcatcaacaagcttatttggaagtaaaaag 18177620  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 200; E-Value: 1e-109
Query Start/End: Original strand, 9 - 320
Target Start/End: Original strand, 21277573 - 21277884
Alignment:
Q  9 atcaaaggctcaaaaataggattagttgtggatagagacaagctatccttgagccaaggggctcctaagaaaggtacattgacccctgaaccgatccgcc 108  Q
    ||||||| |||||||||  ||||||||||||| | |||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||| |||| ||| |||||| ||| |||    
T  21277573 atcaaagactcaaaaattagattagttgtggaaaaagacaagccatccttgagccaaggggcgcctaagaaaggtatattggcccttgaaccaatctgcc 21277672  T
Q  109 atcgtgcaccctgttttaccacaatttttgcgctgaaaatgtttcgccaaacatagcttgggttatgaccaattttggacccaataaaatcagaattagg 208  Q
    ||| |||||||||||||||||| ||||||||||| |||||  |||| |||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||| |||| | ||    
T  21277673 atcttgcaccctgttttaccactatttttgcgctaaaaatacttcgtcaaacatagcttggattatgcccaattttggacccaataaaataagaagtggg 21277772  T
Q  209 aaaatatctagccttaaataatcgacaaacaagagtgctagaatcagtttggaacctccatccctgtttccctaacatagccacattaaaataggtcaaa 308  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||||||  | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  21277773 aaaatatctagctttaaataatcgacaaacaaggctactagaatcagtttggaacctccatccctgtttccctaacatagccacattaaaagaggtcaaa 21277872  T
Q  309 tccttaaagccc 320  Q
    ||||||||||||    
T  21277873 tccttaaagccc 21277884  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 44; E-Value: 7e-16
Query Start/End: Original strand, 402 - 457
Target Start/End: Original strand, 21277930 - 21277985
Alignment:
Q  402 aaaaagcattaatcattttttctattgcatcaacaagcttatttggaagtaaaaag 457  Q
    ||||||||| ||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  21277930 aaaaagcataaataattttatctattgcatcaacaagcttatttggaagtaaaaag 21277985  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 259; Significance: 1e-144; HSPs: 3)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 259; E-Value: 1e-144
Query Start/End: Original strand, 9 - 457
Target Start/End: Complemental strand, 27876624 - 27876172
Alignment:
Q  9 atcaaaggctcaaaaataggattagttgtggatagagacaagctatccttgagccaaggggctcctaagaaaggtacattgacccctgaaccgatccgcc 108  Q
    |||||||  ||||||||||||||||| ||||| | ||| |||| |||||||||||||||||| ||||||||||||| |||| |||||||||| ||| |||    
T  27876624 atcaaagattcaaaaataggattagtagtggaaaaagataagccatccttgagccaaggggcgcctaagaaaggtatattggcccctgaaccaatctgcc 27876525  T
Q  109 atcgtgcaccctgttttaccacaatttttgcgctgaaaatgtttcgccaaacatagcttgggttatgaccaattttggacccaataaaatcagaattagg 208  Q
    ||| |||||||||||||||||| ||||||| ||| |||||  ||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||| || |    
T  27876524 atcttgcaccctgttttaccactatttttgtgctaaaaatacttcgccaaacatagcttgggttatgcccgattttggacccaataaaatcagaagtaag 27876425  T
Q  209 aaaatatctagccttaaataatcgacaaacaagagtgctagaatcagtttggaacctccatccctgtttccctaacatagccacattaaaataggtcaaa 308  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||||||  | ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||    
T  27876424 aaaatatctagctttaaataatcgacaaacaaggctactagaatcaatttggaacctccatccctgtttccctaacatagccacattaaaagaagtcaaa 27876325  T
Q  309 tccttaaagcc----cctccnnnnnnnttatgaccagacaatctttccgaagacatccaatgtaatccgcaacgcatattaccgctgtggccctaccaaa 404  Q
    |||||||||||    |||||       |||||| ||||||| |||| | |||||||||||||||||| || |||||||||||||  ||||||| ||||||    
T  27876324 tccttaaagcccatacctccaaaaaatttatgaacagacaaccttttctaagacatccaatgtaatctgcgacgcatattaccgtcgtggccccaccaaa 27876225  T
Q  405 aagcattaatcattttttctattgcatcaacaagcttatttggaagtaaaaag 457  Q
    ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27876224 aagaattaatcattttttctattgcatcaacaagcttatttggaagtaaaaag 27876172  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 47; E-Value: 1e-17
Query Start/End: Original strand, 9 - 175
Target Start/End: Complemental strand, 15231460 - 15231295
Alignment:
Q  9 atcaaaggctcaaaaataggattagttgtggatagagacaagctatccttgagccaaggggctcctaagaaaggtacattgacccctgaaccgatccgcc 108  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||| | ||| || | |||||| || ||||| ||||||| ||| || ||  |||| || | ||    
T  15231460 atcaaaggctcaaaaattggattagttgtggataaagacaaaccatcattaatccaaggagcgcctaa-aaaggtatattaacaccaaaacctattctcc 15231362  T
Q  109 atcgtgcaccctgttttaccacaatttttgcgctgaaaatgtttcgccaaacatagcttgggttatg 175  Q
    |||| | ||| ||||| ||||||||||| || || |||||  ||| ||||||||||||||| |||||    
T  15231361 atcgcgtaccttgtttcaccacaattttagcactaaaaatacttctccaaacatagcttggattatg 15231295  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000007
Query Start/End: Original strand, 399 - 456
Target Start/End: Complemental strand, 15231127 - 15231070
Alignment:
Q  399 accaaaaagcattaatcattttttctattgcatcaacaagcttatttggaagtaaaaa 456  Q
    ||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||| |  |||||||| ||||||||    
T  15231127 accaaaaagcatttatcattttttcaattgcatcaactaatttatttggcagtaaaaa 15231070  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 186; Significance: 1e-100; HSPs: 2)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 186; E-Value: 1e-100
Query Start/End: Original strand, 145 - 456
Target Start/End: Original strand, 1018041 - 1018356
Alignment:
Q  145 aaatgtttcgccaaacatagcttgggttatgaccaattttggacccaataaaatcagaattaggaaaatatctagccttaaataatcgacaaacaagagt 244  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||  |    
T  1018041 aaatgcttcgccaaacatagcttgggttatgcccaattttggacccaataaaatcagaattaggaaagtatctagccttaaataatcgacaaacaaggct 1018140  T
Q  245 gctagaatcagtttggaacctccatccctgtttccctaacatagccacattaaaataggtcaaatccttaaagcc----cctccnnnnnnnttatgacca 340  Q
     ||| |||||||||||||| || |||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    |||||       |||||| ||    
T  1018141 tctataatcagtttggaacttctatccctgttttcctaacatagccacattaaaagaggtcaaatccttaaagcccatgcctccaaaaaatttatgaaca 1018240  T
Q  341 gacaatctttccgaagacatccaatgtaatccgcaacgcatattaccgctgtggccctaccaaaaagcattaatcattttttctattgcatcaacaagct 440  Q
    |||||||||||| | ||||||||||||||||| | |||||||||||||   |||||| |||| |||||||||| || |||||||||||||||||||||||    
T  1018241 gacaatctttcccaggacatccaatgtaatccacgacgcatattaccgtcatggccccaccagaaagcattaaccaatttttctattgcatcaacaagct 1018340  T
Q  441 tatttggaagtaaaaa 456  Q
    ||||||||||||||||    
T  1018341 tatttggaagtaaaaa 1018356  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 101; E-Value: 7e-50
Query Start/End: Original strand, 9 - 455
Target Start/End: Complemental strand, 42435931 - 42435481
Alignment:
Q  9 atcaaaggctcaaaaataggattagttgtggatagagacaagctatccttgagccaaggggctcctaagaaaggtacattgacccctgaaccgatccgcc 108  Q
    ||||||||||||||||| || ||||||||||||| |||||    |||||| |||||||| || ||||  ||||||| |||  |  | ||||| |||| ||    
T  42435931 atcaaaggctcaaaaattgggttagttgtggataaagacatatcatcctttagccaaggagcgcctagaaaaggtatattatcagcagaacctatccacc 42435832  T
Q  109 atcgtgcaccctgttttaccacaatttttgcgctgaaaatgtttcgccaaacatagcttgggttatgaccaattttggacccaataaaatcagaattagg 208  Q
    | || |||||||||||||| |||||||| || || ||||   |   ||||||||||||||  ||||| ||||| || |||||||| ||||| ||||||||    
T  42435831 aacgcgcaccctgttttacaacaattttggcactaaaaacactcttccaaacatagcttgaattatgcccaatattagacccaatgaaatcggaattagg 42435732  T
Q  209 aaaatatctagccttaaataatcgacaaacaagagtgctagaatcagtttggaacctccatccctgtttccctaacatagccacattaaaataggtcaaa 308  Q
    |||||||| ||||||||||||  || |||||||| |   ||||||||||||||||||||| || ||||| ||||||||||||||||||||| | |||| |    
T  42435731 aaaatatccagccttaaataaaggagaaacaagactagaagaatcagtttggaacctccaaccttgttttcctaacatagccacattaaaagatgtcaga 42435632  T
Q  309 tccttaaagcc----cctccnnnnnnnttatgaccagacaatctttccgaagacatccaatgtaatccgcaacgcatattaccgctgtggccctaccaaa 404  Q
    |||||||| ||    | |||       |||||| || | ||||||||| ||||||||||||||||  | |  |||||||||||    |  ||| ||||||    
T  42435631 tccttaaaccccatgcatccaaaattcttatgaacaaataatctttcccaagacatccaatgtaactctctgcgcatattaccatcattaccccaccaaa 42435532  T
Q  405 aagcattaatcattttttctattgcatcaacaagcttatttggaagtaaaa 455  Q
    | ||||| ||||||||||| ||||||||||| |  |||||||| |||||||    
T  42435531 aggcatttatcattttttcaattgcatcaactaatttatttggcagtaaaa 42435481  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 84; Significance: 1e-39; HSPs: 3)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 84; E-Value: 1e-39
Query Start/End: Original strand, 9 - 316
Target Start/End: Original strand, 9815398 - 9815704
Alignment:
Q  9 atcaaaggctcaaaaataggattagttgtggatagagacaagctatccttgagccaaggggctcctaagaaaggtacattgacccctgaaccgatccgcc 108  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||   |||||| |||||||| || ||||| ||||||| |||  |  | ||||| || | ||    
T  9815398 atcaaaggctcaaaaattggattagttgtggataaagacaaatcatcctttagccaaggagcgcctaaaaaaggtatattagcatcagaacctattctcc 9815497  T
Q  109 atcgtgcaccctgttttaccacaatttttgcgctgaaaatgtttcgccaaacatagcttgggttatgaccaattttggacccaataaaatcagaattagg 208  Q
    | || || |||||||| ||||||||||| || || || ||  | | ||||||||||||||  ||||| ||||| || || | ||| |||| |||||||||    
T  9815498 aacgcgcgccctgtttcaccacaattttggcactaaagatactcctccaaacatagcttgaattatgcccaatattagaactaatgaaattagaattagg 9815597  T
Q  209 aaaatatctagccttaaataatcgacaaacaagagtgctagaatcagtttggaacctccatccctgtttccctaacatagccacattaaaataggtcaaa 308  Q
    ||||||||||||||||||||  ||| | ||| || |    |||||||||||||| ||||| |||||||| ||||||||||| ||||||||| | ||||||    
T  9815598 aaaatatctagccttaaatacacgagagaca-gactagacgaatcagtttggaatctccaaccctgttttcctaacatagctacattaaaagatgtcaaa 9815696  T
Q  309 tccttaaa 316  Q
    ||||||||    
T  9815697 tccttaaa 9815704  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 84; E-Value: 1e-39
Query Start/End: Original strand, 9 - 316
Target Start/End: Original strand, 10717323 - 10717629
Alignment:
Q  9 atcaaaggctcaaaaataggattagttgtggatagagacaagctatccttgagccaaggggctcctaagaaaggtacattgacccctgaaccgatccgcc 108  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||   |||||| |||||||| || ||||| ||||||| |||  |  | ||||| || | ||    
T  10717323 atcaaaggctcaaaaattggattagttgtggataaagacaaatcatcctttagccaaggagcgcctaaaaaaggtatattagcatcagaacctattctcc 10717422  T
Q  109 atcgtgcaccctgttttaccacaatttttgcgctgaaaatgtttcgccaaacatagcttgggttatgaccaattttggacccaataaaatcagaattagg 208  Q
    | || || |||||||| ||||||||||| || || || ||  | | ||||||||||||||  ||||| ||||| || || | ||| |||| |||||||||    
T  10717423 aacgcgcgccctgtttcaccacaattttggcactaaagatactcctccaaacatagcttgaattatgcccaatattagaactaatgaaattagaattagg 10717522  T
Q  209 aaaatatctagccttaaataatcgacaaacaagagtgctagaatcagtttggaacctccatccctgtttccctaacatagccacattaaaataggtcaaa 308  Q
    ||||||||||||||||||||  ||| | ||| || |    |||||||||||||| ||||| |||||||| ||||||||||| ||||||||| | ||||||    
T  10717523 aaaatatctagccttaaatacacgagagaca-gactagacgaatcagtttggaatctccaaccctgttttcctaacatagctacattaaaagatgtcaaa 10717621  T
Q  309 tccttaaa 316  Q
    ||||||||    
T  10717622 tccttaaa 10717629  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000003
Query Start/End: Original strand, 399 - 447
Target Start/End: Complemental strand, 21116924 - 21116876
Alignment:
Q  399 accaaaaagcattaatcattttttctattgcatcaacaagcttatttgg 447  Q
    ||||||||||||||||||||||||| || |||||||| | |||||||||    
T  21116924 accaaaaagcattaatcattttttcaatagcatcaactaacttatttgg 21116876  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University