View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF4061_low_12 (Length: 449)

Name: NF4061_low_12
Description: NF4061
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF4061_low_12
NF4061_low_12
[»] chr8 (1 HSPs)
chr8 (37-438)||(3790821-3791220)
[»] chr7 (1 HSPs)
chr7 (37-438)||(12811258-12811657)
[»] chr4 (5 HSPs)
chr4 (37-438)||(1654734-1655133)
chr4 (37-438)||(9129069-9129468)
chr4 (37-438)||(45222708-45223107)
chr4 (37-438)||(37152390-37152790)
chr4 (23-97)||(26650836-26650910)
[»] chr1 (2 HSPs)
chr1 (37-438)||(23780662-23781061)
chr1 (37-438)||(52635882-52636281)


Alignment Details
Target: chr8 (Bit Score: 339; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 339; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 37 - 438
Target Start/End: Original strand, 3790821 - 3791220
Alignment:
Q  37 atgaagaggatgaggttcagaaaaatgaagagttaaagaaatgggttcatgatatgctgaagatttatatagctgggtttccatgattttgttcgacaat 136  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3790821 atgaaaaggatgaggttcagaaaaatgaaaagttaaagaaatgggttcatgatatgctgaagatttatatagctgggtttccatgattttgttcgacaat 3790920  T
Q  137 gataagaacaagtgaaaaactacaacttttgctgctgcttttattttttgtctttatcccctaatgtactagcttatgttaacaatttggagaagcaacg 236  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3790921 gataagaacaagtgaaaaactacaacttttgctgctgcttttattttttgtctttatcccctaatgtactagcttatgttaacaatttggagaagcaacg 3791020  T
Q  237 tgaagtactcttttttgtctttatccatgtactagcttatgccaatcggttactttaatatttccnnnnnnnnnnnnnngcctttcataaaataatataa 336  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||              |||||||||||||||||||||    
T  3791021 tgaagtactcttttttgtctttatccatgtactagcttatgccaatcggttactttaatatttcc--ttttttttttttgcctttcataaaataatataa 3791118  T
Q  337 agaagtttctaccaccaaaaacaaaactgctttctattgaataaaatacttgacgtacacaatgcataaaacacaaaagatagctacgagatatgagaat 436  Q
    ||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3791119 agaagtttctatcaccaaaaacaaaattgctttctattgaataaaatacttgacgtacacaatgcataaaacacaaaagatagctacgagatatgagaat 3791218  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 339; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 339; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 37 - 438
Target Start/End: Original strand, 12811258 - 12811657
Alignment:
Q  37 atgaagaggatgaggttcagaaaaatgaagagttaaagaaatgggttcatgatatgctgaagatttatatagctgggtttccatgattttgttcgacaat 136  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  12811258 atgaaaaggatgaggttcagaaaaatgaaaagttaaagaaatgggttcatgatatgctgaagatttatatagctgggtttccatgattttgttcgacaat 12811357  T
Q  137 gataagaacaagtgaaaaactacaacttttgctgctgcttttattttttgtctttatcccctaatgtactagcttatgttaacaatttggagaagcaacg 236  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  12811358 gataagaacaagtgaaaaactacaacttttgctgctgcttttattttttgtctttatcccctaatgtactagcttatgttaacaatttggagaagcaacg 12811457  T
Q  237 tgaagtactcttttttgtctttatccatgtactagcttatgccaatcggttactttaatatttccnnnnnnnnnnnnnngcctttcataaaataatataa 336  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||              |||||||||||||||||||||    
T  12811458 tgaagtactcttttttgtctttatccatgtactagcttatgccaatcggttactttaatatttcc--ttttttttttttgcctttcataaaataatataa 12811555  T
Q  337 agaagtttctaccaccaaaaacaaaactgctttctattgaataaaatacttgacgtacacaatgcataaaacacaaaagatagctacgagatatgagaat 436  Q
    ||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  12811556 agaagtttctatcaccaaaaacaaaattgctttctattgaataaaatacttgacgtacacaatgcataaaacacaaaagatagctacgagatatgagaat 12811655  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 339; Significance: 0; HSPs: 5)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 339; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 37 - 438
Target Start/End: Complemental strand, 1655133 - 1654734
Alignment:
Q  37 atgaagaggatgaggttcagaaaaatgaagagttaaagaaatgggttcatgatatgctgaagatttatatagctgggtttccatgattttgttcgacaat 136  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1655133 atgaaaaggatgaggttcagaaaaatgaaaagttaaagaaatgggttcatgatatgctgaagatttatatagctgggtttccatgattttgttcgacaat 1655034  T
Q  137 gataagaacaagtgaaaaactacaacttttgctgctgcttttattttttgtctttatcccctaatgtactagcttatgttaacaatttggagaagcaacg 236  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1655033 gataagaacaagtgaaaaactacaacttttgctgctgcttttattttttgtctttatcccctaatgtactagcttatgttaacaatttggagaagcaacg 1654934  T
Q  237 tgaagtactcttttttgtctttatccatgtactagcttatgccaatcggttactttaatatttccnnnnnnnnnnnnnngcctttcataaaataatataa 336  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||              |||||||||||||||||||||    
T  1654933 tgaagtactcttttttgtctttatccatgtactagcttatgccaatcggttactttaatatttcc--ttttttttttttgcctttcataaaataatataa 1654836  T
Q  337 agaagtttctaccaccaaaaacaaaactgctttctattgaataaaatacttgacgtacacaatgcataaaacacaaaagatagctacgagatatgagaat 436  Q
    ||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1654835 agaagtttctatcaccaaaaacaaaattgctttctattgaataaaatacttgacgtacacaatgcataaaacacaaaagatagctacgagatatgagaat 1654736  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 339; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 37 - 438
Target Start/End: Original strand, 9129069 - 9129468
Alignment:
Q  37 atgaagaggatgaggttcagaaaaatgaagagttaaagaaatgggttcatgatatgctgaagatttatatagctgggtttccatgattttgttcgacaat 136  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9129069 atgaaaaggatgaggttcagaaaaatgaaaagttaaagaaatgggttcatgatatgctgaagatttatatagctgggtttccatgattttgttcgacaat 9129168  T
Q  137 gataagaacaagtgaaaaactacaacttttgctgctgcttttattttttgtctttatcccctaatgtactagcttatgttaacaatttggagaagcaacg 236  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9129169 gataagaacaagtgaaaaactacaacttttgctgctgcttttattttttgtctttatcccctaatgtactagcttatgttaacaatttggagaagcaacg 9129268  T
Q  237 tgaagtactcttttttgtctttatccatgtactagcttatgccaatcggttactttaatatttccnnnnnnnnnnnnnngcctttcataaaataatataa 336  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||              |||||||||||||||||||||    
T  9129269 tgaagtactcttttttgtctttatccatgtactagcttatgccaatcggttactttaatatttcc--ttttttttttttgcctttcataaaataatataa 9129366  T
Q  337 agaagtttctaccaccaaaaacaaaactgctttctattgaataaaatacttgacgtacacaatgcataaaacacaaaagatagctacgagatatgagaat 436  Q
    ||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9129367 agaagtttctatcaccaaaaacaaaattgctttctattgaataaaatacttgacgtacacaatgcataaaacacaaaagatagctacgagatatgagaat 9129466  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 339; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 37 - 438
Target Start/End: Complemental strand, 45223107 - 45222708
Alignment:
Q  37 atgaagaggatgaggttcagaaaaatgaagagttaaagaaatgggttcatgatatgctgaagatttatatagctgggtttccatgattttgttcgacaat 136  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  45223107 atgaaaaggatgaggttcagaaaaatgaaaagttaaagaaatgggttcatgatatgctgaagatttatatagctgggtttccatgattttgttcgacaat 45223008  T
Q  137 gataagaacaagtgaaaaactacaacttttgctgctgcttttattttttgtctttatcccctaatgtactagcttatgttaacaatttggagaagcaacg 236  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  45223007 gataagaacaagtgaaaaactacaacttttgctgctgcttttattttttgtctttatcccctaatgtactagcttatgttaacaatttggagaagcaacg 45222908  T
Q  237 tgaagtactcttttttgtctttatccatgtactagcttatgccaatcggttactttaatatttccnnnnnnnnnnnnnngcctttcataaaataatataa 336  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||              |||||||||||||||||||||    
T  45222907 tgaagtactcttttttgtctttatccatgtactagcttatgccaatcggttactttaatatttcc--ttttttttttttgcctttcataaaataatataa 45222810  T
Q  337 agaagtttctaccaccaaaaacaaaactgctttctattgaataaaatacttgacgtacacaatgcataaaacacaaaagatagctacgagatatgagaat 436  Q
    ||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  45222809 agaagtttctatcaccaaaaacaaaattgctttctattgaataaaatacttgacgtacacaatgcataaaacacaaaagatagctacgagatatgagaat 45222710  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 328; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 37 - 438
Target Start/End: Complemental strand, 37152790 - 37152390
Alignment:
Q  37 atgaagaggatgaggttcagaaaaatgaagagttaaagaaatgggttcatgatatgctgaagatttatatagctgggtttccatgattttgttcgacaat 136  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37152790 atgaaaaggatgaggttcagaaaaatgaaaagttaaagaaatgggttcatgatatgctgaagatttatatagctgggtttccatgattttgttcgacaat 37152691  T
Q  137 gataagaacaagtgaaaaactacaacttttgctgctgcttttattttttgtctttatcccctaatgtactagcttatgttaacaatttggagaagcaacg 236  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37152690 gataagaacaagtgaaaaactacaacttttgctgctgcttttattttttgtctttatcccctaatgtactagcttatgttaacaatttggagaagcaacg 37152591  T
Q  237 tgaagtactcttttttgtctttatccatgtactagcttatgccaatcggttactttaatatttccnnnnnnnnnnnnnngcctttcataaaat-aatata 335  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||              |||||||||||||| ||||||    
T  37152590 tgaagtactcttttttgtctttatccatgtactagcttatgccaatcggttactttaatatttcc--ttttttttttttgcctttcataaaataaatata 37152493  T
Q  336 aagaagtttctaccaccaaaaacaaaactgctttctattgaataaaatacttgacgtacacaatgcataaaacacaaaagatagctacgagatatgagaa 435  Q
    |||||||||||| |||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37152492 aagaagtttctatcaccaaaaacaaaattgctttctatggaataaaatacttgacgtacacaatgcataaaacacaaaagatagctacgagatatgagaa 37152393  T
Q  436 taa 438  Q
    |||    
T  37152392 taa 37152390  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 47; E-Value: 1e-17
Query Start/End: Original strand, 23 - 97
Target Start/End: Complemental strand, 26650910 - 26650836
Alignment:
Q  23 ggcaaaccatgacaatgaagaggatgaggttcagaaaaatgaagagttaaagaaatgggttcatgatatgctgaa 97  Q
    |||||||||||||||||||||||| | | |||| ||||||||||||||||||||| || || |||||||||||||    
T  26650910 ggcaaaccatgacaatgaagaggaggggattcataaaaatgaagagttaaagaaagggattgatgatatgctgaa 26650836  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 339; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 339; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 37 - 438
Target Start/End: Complemental strand, 23781061 - 23780662
Alignment:
Q  37 atgaagaggatgaggttcagaaaaatgaagagttaaagaaatgggttcatgatatgctgaagatttatatagctgggtttccatgattttgttcgacaat 136  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  23781061 atgaaaaggatgaggttcagaaaaatgaaaagttaaagaaatgggttcatgatatgctgaagatttatatagctgggtttccatgattttgttcgacaat 23780962  T
Q  137 gataagaacaagtgaaaaactacaacttttgctgctgcttttattttttgtctttatcccctaatgtactagcttatgttaacaatttggagaagcaacg 236  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  23780961 gataagaacaagtgaaaaactacaacttttgctgctgcttttattttttgtctttatcccctaatgtactagcttatgttaacaatttggagaagcaacg 23780862  T
Q  237 tgaagtactcttttttgtctttatccatgtactagcttatgccaatcggttactttaatatttccnnnnnnnnnnnnnngcctttcataaaataatataa 336  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||              |||||||||||||||||||||    
T  23780861 tgaagtactcttttttgtctttatccatgtactagcttatgccaatcggttactttaatatttcc--ttttttttttttgcctttcataaaataatataa 23780764  T
Q  337 agaagtttctaccaccaaaaacaaaactgctttctattgaataaaatacttgacgtacacaatgcataaaacacaaaagatagctacgagatatgagaat 436  Q
    ||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  23780763 agaagtttctatcaccaaaaacaaaattgctttctattgaataaaatacttgacgtacacaatgcataaaacacaaaagatagctacgagatatgagaat 23780664  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 339; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 37 - 438
Target Start/End: Original strand, 52635882 - 52636281
Alignment:
Q  37 atgaagaggatgaggttcagaaaaatgaagagttaaagaaatgggttcatgatatgctgaagatttatatagctgggtttccatgattttgttcgacaat 136  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  52635882 atgaaaaggatgaggttcagaaaaatgaaaagttaaagaaatgggttcatgatatgctgaagatttatatagctgggtttccatgattttgttcgacaat 52635981  T
Q  137 gataagaacaagtgaaaaactacaacttttgctgctgcttttattttttgtctttatcccctaatgtactagcttatgttaacaatttggagaagcaacg 236  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  52635982 gataagaacaagtgaaaaactacaacttttgctgctgcttttattttttgtctttatcccctaatgtactagcttatgttaacaatttggagaagcaacg 52636081  T
Q  237 tgaagtactcttttttgtctttatccatgtactagcttatgccaatcggttactttaatatttccnnnnnnnnnnnnnngcctttcataaaataatataa 336  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||              |||||||||||||||||||||    
T  52636082 tgaagtactcttttttgtctttatccatgtactagcttatgccaatcggttactttaatatttcc--ttttttttttttgcctttcataaaataatataa 52636179  T
Q  337 agaagtttctaccaccaaaaacaaaactgctttctattgaataaaatacttgacgtacacaatgcataaaacacaaaagatagctacgagatatgagaat 436  Q
    ||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  52636180 agaagtttctatcaccaaaaacaaaattgctttctattgaataaaatacttgacgtacacaatgcataaaacacaaaagatagctacgagatatgagaat 52636279  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University