View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF4062_high_2 (Length: 532)

Name: NF4062_high_2
Description: NF4062
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF4062_high_2
NF4062_high_2
[»] chr4 (7 HSPs)
chr4 (11-521)||(7721393-7721920)
chr4 (11-520)||(7128116-7128646)
chr4 (12-520)||(7520562-7521088)
chr4 (12-520)||(7494895-7495418)
chr4 (11-521)||(7528611-7529136)
chr4 (21-521)||(7482502-7483020)
chr4 (459-520)||(7717562-7717623)
[»] chr8 (1 HSPs)
chr8 (35-410)||(16749525-16749903)
[»] chr7 (1 HSPs)
chr7 (42-79)||(32727237-32727274)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 382; Significance: 0; HSPs: 7)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 382; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 11 - 521
Target Start/End: Complemental strand, 7721920 - 7721393
Alignment:
Q  11 cagagaactagagaatgaggaattggtgtcaattggcaaggaaattgtgaaaaaatgttcaggggttcctctcgccatcagaaccattggaagcttaatg 110  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||| |||||||||||| |||    
T  7721920 cagagaactagagaatgaggaattggtgtcaattggcaaggaaattgtgaaaaaatgttcaggggttccgctcgccattagaagcattggaagcttgatg 7721821  T
Q  111 tattccatgcagaaggaggattggtcaacattcaagaacaaagatcttatgaagattgatgaacaaggtgataataaaattttacagcttatcaaactaa 210  Q
    |||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7721820 tattccatgccgaagaaggattggtcaacattcaagaacaaagatcttatgaaaattgatgaacaaggtgataataaaattttacagcttatcaaactaa 7721721  T
Q  211 gttatgatcatctaccatttcatttgaaaaagtgctttgctttttgttctttgtttccaaaagactatttcattccaaaaacaacattgattcgacttcg 310  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||| |    
T  7721720 gttatgatcatctaccatttcatttgaaaaagtgctttgctttttgttctttgtttccaaaagactatttaattcc-aaaacaacattgattcgactttg 7721622  T
Q  311 gattgcacaagggtttattcaatcgacagatgaaagtacaagtttagaagatattggtgataagtacgtcatggatttagttcataaatctttctttcaa 410  Q
    |||||||||||||||| |||| ||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7721621 gattgcacaagggtttgttcagtcatcagatgaaagtacaagtttagaagatattggtgataagtacttcatggatttagttcataaatctttctttcaa 7721522  T
Q  411 aatatcactgaacatgatttc------------------tttcaaatgcatgatattgtgcatgatctggcaagttctatttcaagaaatgactatcttt 492  Q
    |||||||| ||| ||  ||||                  || |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  7721521 aatatcaccgaatattctttcattcacgacttcgtgactttccaaatgcatgatattgtgcatgatctggcaagttttatttcaagaaatgactatcttt 7721422  T
Q  493 tagttaataaaaaggggcagcatattgat 521  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||    
T  7721421 tagttaataaaaaggggcagcatattgat 7721393  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 366; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 11 - 520
Target Start/End: Complemental strand, 7128646 - 7128116
Alignment:
Q  11 cagagaactagagaatgaggaattggtgtcaattggcaaggaaattgtgaaaaaatgttcaggggttcctctcgccatcagaaccattggaagcttaatg 110  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  7128646 cagagaactagagaatgaggaattggtgtcaattggcaaggaaattgtgaaaaaatgttcaggggttcctctcgccatcagaagcattggaagcttaatg 7128547  T
Q  111 tattccatgcagaaggaggattggtcaacattcaagaacaaagatcttatgaagattgatgaacaaggtgataataaaattttacagcttatcaaactaa 210  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7128546 tattccatgcagaaggaggattggtcaacattcaagaacatagatcttatgaaaattgatgaacaaggtgataataaaattttacagcttatcaaactaa 7128447  T
Q  211 gttatgatcatctaccatttcatttgaaaaagtgctttgctttttgttctttgtttccaaaagactatttcattccaaaaacaacattgattcgacttcg 310  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||| || |    
T  7128446 gttatgatcatctaccatttcatttgaaaaagtgctttgctttttgttcattgttcccaaaagactatttaattcctaaaacaacattgattcgagtttg 7128347  T
Q  311 gattgcacaagggtttattca---atcgacagatgaaagtacaagtttagaagatattggtgataagtacgtcatggatttagttcataaatctttcttt 407  Q
    |||||||||||||||| ||||   |||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  7128346 gattgcacaagggtttgttcagtcatcatcagatgaaagtacaagtttagaagatattggtgataagtacttcatggatttagttcataaatctttcttt 7128247  T
Q  408 caaaatatcactgaacatgatttc------------------tttcaaatgcatgatattgtgcatgatctggcaagttctatttcaagaaatgactatc 489  Q
    |||||||||||  |||||| ||||                  || ||||||||||||||||||||||||||||||| || | |||||||| |||||||||    
T  7128246 caaaatatcaccaaacatgttttctatggcgagaatgaaatgttccaaatgcatgatattgtgcatgatctggcaacttttgtttcaagagatgactatc 7128147  T
Q  490 ttttagttaataaaaaggggcagcatattga 520  Q
    |||||||||||||||||| |||| |||||||    
T  7128146 ttttagttaataaaaaggagcagaatattga 7128116  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 363; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 12 - 520
Target Start/End: Original strand, 7520562 - 7521088
Alignment:
Q  12 agagaactagagaatgaggaattggtgtcaattggcaaggaaattgtgaaaaaatgttcaggggttcctctcgccatcagaaccattggaagcttaatgt 111  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  7520562 agagaactagagaatgaggaattggtgtcaattggcaaggaaattgtgaagaaatgttcaggggttcctctcgccatcagaagcattggaagcttaatgt 7520661  T
Q  112 attccatgcagaaggaggattggtcaacattcaagaacaaagatcttatgaagattgatgaacaaggtgataataaaattttacagcttatcaaactaag 211  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||   ||||||||||||||||||||||||||||    
T  7520662 attccatgcagaaggaggattggtcaacattcaagaacaaagatcttatgcaaattgatgaacaaggtg---ataaaattttacagcttatcaaactaag 7520758  T
Q  212 ttatgatcatctaccatttcatttgaaaaagtgctttgctttttgttctttgtttccaaaagactatttcattccaaaaacaacattgattcgacttcgg 311  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||| ||    
T  7520759 ttatgatcatctaccatttcatttgaaaaagtgctttgctttttgttcattgtttccaaaagactatttcattcataaaacaacattgattcgactttgg 7520858  T
Q  312 attgcacaagggtttattca---atcgacagatgaaagtacaagtttagaagatattggtgataagtacgtcatggatttagttcataaatctttctttc 408  Q
    ||||||||||||||| ||||   |||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7520859 attgcacaagggtttgttcagtcatcatcagatgaaagtacaagtttagaagatattggtgataagtacttcatggatttagttcataaatctttctttc 7520958  T
Q  409 aaaatatcactgaacatgatttc------------------tttcaaatgcatgatattgtgcatgatctggcaagttctatttcaagaaatgactatct 490  Q
    ||||||||||  |||||| ||||                  || ||||||||||||||||||||||||||||||| || | |||||||| ||||||||||    
T  7520959 aaaatatcaccaaacatgttttctatggtgagaatgaaatgttccaaatgcatgatattgtgcatgatctggcaacttttgtttcaagagatgactatct 7521058  T
Q  491 tttagttaataaaaaggggcagcatattga 520  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7521059 tttagttaataaaaaggggcagcatattga 7521088  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 354; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 12 - 520
Target Start/End: Original strand, 7494895 - 7495418
Alignment:
Q  12 agagaactagagaatgaggaattggtgtcaattggcaaggaaattgtgaaaaaatgttcaggggttcctctcgccatcagaaccattggaagcttaatgt 111  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  7494895 agagaactagagaatgaggaattggtgtcaattggcaaggaaattgtgaagaaatgttcaggggttcctctcgccatcagaagcattggaagcttaatgt 7494994  T
Q  112 attccatgcagaaggaggattggtcaacattcaagaacaaagatcttatgaagattgatgaacaaggtgataataaaattttacagcttatcaaactaag 211  Q
    |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||   ||||||||||||||||||||||||    
T  7494995 attccatgcagaaggaggattggtcatcattcaagaacaaagatcttatgcaaattgatgaacaaggtgataa---aattttacagcttatcaaactaag 7495091  T
Q  212 ttatgatcatctaccatttcatttgaaaaagtgctttgctttttgttctttgtttccaaaagactatttcattccaaaaacaacattgattcgacttcgg 311  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||   ||||||| ||||||||||||| ||    
T  7495092 ttatgatcatctaccatttcatttgaaaaagtgctttgctttttgttcattgtttccaaaagactatttaattgataaaacaaaattgattcgactttgg 7495191  T
Q  312 attgcacaagggtttattcaatcgacagatgaaagtacaagtttagaagatattggtgataagtacgtcatggatttagttcataaatctttctttcaaa 411  Q
    ||||||||||||||| |||| ||  | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7495192 attgcacaagggtttgttcagtcatctgatgaaagtacaagtttagaagatattggtgataagtacttcatggatttagttcataaatctttctttcaaa 7495291  T
Q  412 atatcactgaacatgatttcttt------------------caaatgcatgatattgtgcatgatctggcaagttctatttcaagaaatgactatctttt 493  Q
    ||||||||||| || | ||||||                  |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  7495292 atatcactgaagataacttcttttatggcagtgtgagctgccaaatgcatgatattgtgcatgatctggcaagttttatttcaagaaatgactatctttt 7495391  T
Q  494 agttaataaaaaggggcagcatattga 520  Q
    ||||||  |||||||||| ||||||||    
T  7495392 agttaaagaaaaggggcaacatattga 7495418  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 335; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 11 - 521
Target Start/End: Original strand, 7528611 - 7529136
Alignment:
Q  11 cagagaactagagaatgaggaattggtgtcaattggcaaggaaattgtgaaaaaatgttcaggggttcctctcgccatcagaaccattggaagcttaatg 110  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | || ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  7528611 cagagaactagagaatgaggaattggtgtcaattggcaaggaaattgtgaaaaaatgtgcgggtgttcctctcgccatcagaagcattggaagcttaatg 7528710  T
Q  111 tattccatgcagaaggaggattggtcaacattcaagaacaaagatcttatgaagattgatgaacaaggtgataataaaattttacagcttatcaaactaa 210  Q
    |||| || | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||   |||||||||||||||||||||||    
T  7528711 tatttcaaggagaaggaggattggtcaacattcaagaacaaagatcttatgcaaattgatgaacaaggtgataa---aattttacagcttatcaaactaa 7528807  T
Q  211 gttatgatcatctaccatttcatttgaaaaagtgctttgctttttgttctttgtttccaaaagactatttcattccaaaaacaacattgattcgacttcg 310  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  7528808 gttatgatcatctaccatttcatttgaaaaagtgctttgctttttgttctttgtttccaaaagactatttcattccaaaaacaacattgattcgactttg 7528907  T
Q  311 gattgcacaagggtttattcaatcgaca---gatgaaagtacaagtttagaagatattggtgataagtacgtcatggatttagttcataaatctttcttt 407  Q
    |||||||||||||||| |||| ||  ||   |||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||| |||||||||||||| ||||||||||||||    
T  7528908 gattgcacaagggtttgttcagtcatcagatgatgaaagtacaagtttagaagatattggtcatatgtacttcatggatttagtttataaatctttcttt 7529007  T
Q  408 caaaatatcactgaacatgattt---------------ctttcaaatgcatgatattgtgcatgatctggcaagttctatttcaagaaatgactatcttt 492  Q
    ||||||||||| ||| || | ||               ||  ||||||||||||||| |||||||||||||||||  ||||||||||||||| | |||||    
T  7529008 caaaatatcaccgaagataacttttatggtagtgtgagctgccaaatgcatgatattatgcatgatctggcaagtgttatttcaagaaatgattgtcttt 7529107  T
Q  493 tagttaataaaaaggggcagcatattgat 521  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||    
T  7529108 tagttaataaaaaggggcagcatattgat 7529136  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 319; E-Value: 1e-180
Query Start/End: Original strand, 21 - 521
Target Start/End: Original strand, 7482502 - 7483020
Alignment:
Q  21 gagaatgaggaattggtgtcaattggcaaggaaattgtgaaaaaatgttcaggggttcctctcgccatcagaaccattggaagcttaatgtattccatgc 120  Q
    |||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||| | || |||||||||||||| |||| ||||||||||||||| ||||||||||    
T  7482502 gagaatgaggaatttgtgtcagttggcaaggaaattgtgaaaaaatgtgcgggtgttcctctcgccattagaagcattggaagcttaatctattccatgc 7482601  T
Q  121 agaaggaggattggtcaacattcaagaacaaagatcttatgaagattgatgaacaaggtgataataaaattttacagcttatcaaactaagttatgatca 220  Q
     |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  7482602 ggaaggaggattggtcaacattcaagaacaaagatcttatgaaaattgatgaacaaggtgataataaaatttttcagcttatcaaactaagttatgatca 7482701  T
Q  221 tctaccatttcatttgaaaaagtgctttgctttttgttctttgtttccaaaagactatttcattccaaaaacaacattgattcgacttcggattgcacaa 320  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||| |||   |||| |||||||||||||||| |||||||||||    
T  7482702 tctaccatttcatttgaaaaagtgctttgctttttgttcattgtttccaaaagactttttaatttgtaaaataacattgattcgactttggattgcacaa 7482801  T
Q  321 gggtttattca---atcgacagatgaaagtacaagtttagaagatattggtgataagtacgtcatggatttagttcataaatctttctttcaaaatatca 417  Q
    |||||| ||||   |||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7482802 gggtttgttcagtcatcatcagatgaaagtacaagtttagaagatattggtgataagtacttcatggatttagttcataaatctttctttcaaaatatca 7482901  T
Q  418 ctgaacatgatttcttt---------------caaatgcatgatattgtgcatgatctggcaagttctatttcaagaaatgactatcttttagttaataa 502  Q
    | ||| || | |  | |               |||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||| | |||||||||||||||    
T  7482902 ccgaagataactattatggcagtgtgagttgccaaatgcatgatattgtgcatgatctggcaagtgttatttcaagaaatgattgtcttttagttaataa 7483001  T
Q  503 aaaggggcagcatattgat 521  Q
    |||||||||||||||||||    
T  7483002 aaaggggcagcatattgat 7483020  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 54; E-Value: 9e-22
Query Start/End: Original strand, 459 - 520
Target Start/End: Complemental strand, 7717623 - 7717562
Alignment:
Q  459 ctggcaagttctatttcaagaaatgactatcttttagttaataaaaaggggcagcatattga 520  Q
    |||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7717623 ctggcatgttttatttcaagaaatgactatcttttagttaataaaaaggggcagcatattga 7717562  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 114; Significance: 1e-57; HSPs: 1)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 114; E-Value: 1e-57
Query Start/End: Original strand, 35 - 410
Target Start/End: Complemental strand, 16749903 - 16749525
Alignment:
Q  35 ggtgtcaattggcaaggaaattgtgaaaaaatgttcaggggttcctctcgc-catcagaaccattggaagcttaatgtattccatgcaga---aggagga 130  Q
    ||||||||||||||||||||||   ||||||||||||||||| ||||| || ||| | ||  |||||||| ||||||| ||| ||| | |   || ||||    
T  16749903 ggtgtcaattggcaaggaaatttcaaaaaaatgttcaggggtacctcttgctcataa-aagtattggaagtttaatgttttctatggaaactgagaagga 16749805  T
Q  131 ttggtcaacattcaagaacaaagatcttatgaagattgatgaacaaggtgataataaaattttacagcttatcaaactaagttatgatcatctaccattt 230  Q
    |||||  |  |||||||||||||||||||| || |||||||| || ||||  ||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||| |||    
T  16749804 ttggttgaacttcaagaacaaagatcttatcaaaattgatgagcagggtggcaataaaatttttcaacttatcaaactaagttatgatcatctacccttt 16749705  T
Q  231 catttgaaaaagtgctttgctttttgttctttgtttccaaaagactatttcattccaaaaacaacattgattcgacttcggattgcacaagggtttattc 330  Q
     || |||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||   |||   || | ||  |||||||||||| |||||||||||||  |  |||    
T  16749704 tatctgaaaaagtgctttgcattttgctctttgtttccaaaagactatcgaattgagaagaaaaagttgattcgactttggattgcacaaggtctcgttc 16749605  T
Q  331 aatcgacagatgaaagtacaagtttagaagatattggtgataagtacgtcatggatttagttcataaatctttctttcaa 410  Q
    | ||  | ||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||| || ||  |||| |||||| |||| ||||||||    
T  16749604 attcatccgatgaaagtacaaatttagaagataatggtgataagtacttcttgactttacttcatagatctatctttcaa 16749525  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 30; Significance: 0.0000002; HSPs: 1)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 42 - 79
Target Start/End: Complemental strand, 32727274 - 32727237
Alignment:
Q  42 attggcaaggaaattgtgaaaaaatgttcaggggttcc 79  Q
    |||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||    
T  32727274 attggcaaagaaattgtgaaaaaatgtgcaggggttcc 32727237  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University