View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF4063_low_1 (Length: 789)

Name: NF4063_low_1
Description: NF4063
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF4063_low_1
NF4063_low_1
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (18-782)||(2608240-2609004)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 668; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 668; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 18 - 782
Target Start/End: Complemental strand, 2609004 - 2608240
Alignment:
Q  18 aaaatcatgttgttatgctcacaatcccatcacnnnnnnntggcacgaaatttccttagatttctttccattccaaacatcacttaaaccaattggtcca 117  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||       |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2609004 aaaatcatgttgttatgctcacaatcccatcacaaaaaaatggcacgaaatttcattagatttctttccattccaaacatcacttaaaccaattggtcca 2608905  T
Q  118 attggtagcctcatccttttaaaggtaacaaattcaacaacacttcaattggttctttgtaacccttttacaagacaattcaagtaccttcctaagttga 217  Q
    |||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2608904 attggtagcctcatccttttgaaggtcacaaattcaacaacacttcaactggttctttgtaacccttttacaagacaattcaagtaccttcctaagttga 2608805  T
Q  218 atgtttcaaggactaatccagcttgtggaattgtcacaattttggaatcaaatgatgtttggtgttttccttgttttagaatccacgtggccgggggcat 317  Q
    |||||||||| || |||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  2608804 atgtttcaagaacaaatccagcttgtggaattgttacaattttggaaccaaatgatgtttggtgttttccttgttttagaatctacgtggccgggggcat 2608705  T
Q  318 gtccgaagataaacacggtggcgccacatatgaaccgaccgttgaaatatatgaatcttgtattgacacgtggaaaatcgttggatcgatgccggttgaa 417  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2608704 gtccgaagataaacacggtggcgccacatatgaaccgaccgttgaaatatatgaatcttgtattgacacgtggaaaatcgttggatcgatgccggttgaa 2608605  T
Q  418 ttttcggttaggctaacggtttggacaccaaatgagaatgtgtgtatagagggaagaagaacaacaacgttgtattggattacctcggctagggcatata 517  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||| ||||| |||||||||||||    
T  2608604 ttttcggttaggctaacggtttggacaccaaatgagaatgtgtgtatagagggaacaagaacaacaacattgtattggataacctcagctagggcatata 2608505  T
Q  518 atgtgatgggatttgatgttgggaataattgttggagagaatttagtgtacctcttgcggataggcttgaatttgcaacacttgtgagatggaatggagg 617  Q
     ||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  2608504 gtgtaatgggatttgatgttgggaataattgttggagggaatttagtgtgcctcttgcagataggcttgaatttgctacacttgtgagatggaatggagg 2608405  T
Q  618 gttgggattgattggtggcacgtgtggtggaaatgtttgtgtttgggaaatgagtgaaggggataaatggtgtttggttgatgagatgccaagtgaatta 717  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2608404 gttgggattgattggtggcacgtgtggtggaaatgtttgtgtttgggaaatgagtgaaggggataaatggtgtttggttgatgagatgccaagtgaatta 2608305  T
Q  718 ggggtgagattgttgtgtgggaagagaaattgggagggtgttaagtgtgtaagtgatgatgatgt 782  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2608304 ggggtgagattgttgtgtgggaagagaaattgggagggtgttaagtgtgtaagtgatgatgatgt 2608240  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University