View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF4065_high_14 (Length: 334)

Name: NF4065_high_14
Description: NF4065
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF4065_high_14
NF4065_high_14
[»] chr7 (13 HSPs)
chr7 (5-327)||(31575860-31576182)
chr7 (5-328)||(31608119-31608442)
chr7 (1-328)||(31594919-31595243)
chr7 (5-325)||(31604531-31604848)
chr7 (5-328)||(31614403-31614723)
chr7 (5-328)||(31618132-31618452)
chr7 (1-328)||(31585269-31585596)
chr7 (5-328)||(31532258-31532581)
chr7 (14-328)||(31540884-31541195)
chr7 (6-249)||(33305196-33305439)
chr7 (14-249)||(31572895-31573124)
chr7 (5-248)||(31439063-31439306)
chr7 (104-156)||(21898417-21898469)
[»] chr1 (2 HSPs)
chr1 (1-328)||(52174353-52174677)
chr1 (95-135)||(49728741-49728781)
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (5-247)||(15063410-15063652)
[»] scaffold0394 (1 HSPs)
scaffold0394 (5-247)||(1882-2124)


Alignment Details
Target: chr7 (Bit Score: 251; Significance: 1e-139; HSPs: 13)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 251; E-Value: 1e-139
Query Start/End: Original strand, 5 - 327
Target Start/End: Complemental strand, 31576182 - 31575860
Alignment:
Q  5 aaaatttgtcaaaggaaggatagtattgtttcaatacttggtacaagaggaactataggatatatggctccagaagtatttagtagagcatttggtggtg 104  Q
    ||||| || |||| ||||||||||||||| |||||| | ||  |||||||||| |||||||||||||| ||||||| ||||| |||| |||||||||| |    
T  31576182 aaaatatgccaaaagaaggatagtattgtgtcaatattaggggcaagaggaacaataggatatatggcaccagaagcatttaatagatcatttggtggag 31576083  T
Q  105 tttcttacaaatctgatgtatatagttatggcatgttgattcttgaaatgatcggaggaaagaagaactatgacactggagggtcgtgtacttctgaaat 204  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||    
T  31576082 tttcttacaaatctgatgtatatagttatggcatgttgattcttgaaatgatcggaggaaggaagaactatgacactggagggtcgtgtactccggaaat 31575983  T
Q  205 gtattttccagattggatttataaggatcttgagcaaggtaataataacctttttaactgtatgacatcgtcagaggaagaaaatgatatggttagaaag 304  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  31575982 gtattttccagattggatttataaggatcttgagcaaggtaataataacctttttaactgtatgacatcgtcagaggaagaaaatgatatggttagaaag 31575883  T
Q  305 attactttggtgagtctgtggtg 327  Q
    ||||||||||||||||| |||||    
T  31575882 attactttggtgagtctatggtg 31575860  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 196; E-Value: 1e-106
Query Start/End: Original strand, 5 - 328
Target Start/End: Complemental strand, 31608442 - 31608119
Alignment:
Q  5 aaaatttgtcaaaggaaggatagtattgtttcaatacttggtacaagaggaactataggatatatggctccagaagtatttagtagagcatttggtggtg 104  Q
    ||||| |||||||||||||| |||||||| |||||| | || ||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  31608442 aaaatatgtcaaaggaaggacagtattgtgtcaatattggggacacgaggaactataggatatatggcgccagaagtatttagtagagcatttggtggtg 31608343  T
Q  105 tttcttacaaatctgatgtatatagttatggcatgttgattcttgaaatgatcggaggaaagaagaactatgacactggagggtcgtgtacttctgaaat 204  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||| |||||||| ||||| ||||||||||||||    
T  31608342 tttcttacaaatctgatgtatatagttatggcatgttgattcttgaaatgattggaggaaggaagaactacgacactggcgggtcatgtacttctgaaat 31608243  T
Q  205 gtattttccagattggatttataaggatcttgagcaaggtaataataacctttttaactgtatgacatcgtcagaggaagaaaatgatatggttagaaag 304  Q
    ||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||  |||   |||| ||  |  |||||   |||  |||||||||||||||||||||||||    
T  31608242 gtactttccagactggatttataaggatcttgagcaaggtaaccatactgttttaaatgggttgacaatctcaacggaagaaaatgatatggttagaaag 31608143  T
Q  305 attactttggtgagtctgtggtgc 328  Q
    |||||| |||||||||| ||||||    
T  31608142 attactatggtgagtctatggtgc 31608119  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 194; E-Value: 1e-105
Query Start/End: Original strand, 1 - 328
Target Start/End: Complemental strand, 31595243 - 31594919
Alignment:
Q  1 agcaaaaatttgtcaaaggaaggatagtattgtttcaatacttggtacaagaggaactataggatatatggctccagaagtatttagtagagcatttggt 100  Q
    ||||||||| ||||||| ||| ||||||||||| |||||||  || |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||    
T  31595243 agcaaaaatatgtcaaatgaatgatagtattgtgtcaataccggggacaagaggaactataggatatatggcgccagaagtatttagcagagcatttggt 31595144  T
Q  101 ggtgtttcttacaaatctgatgtatatagttatggcatgttgattcttgaaatgatcggaggaaagaagaactatgacactggagggtcgtgtacttctg 200  Q
    |||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||| |||||||  ||||||||| | ||||||||||||||||||||||    
T  31595143 ggtgtttcttacaaatctgatgtatacagttatggtatgttgattcttgaaatgattggaggaagaaagaactatcaaactggagggtcgtgtacttctg 31595044  T
Q  201 aaatgtattttccagattggatttataaggatcttgagcaaggtaataataacctttttaactgtatgacatcgtcagaggaagaaaatgatatggttag 300  Q
    ||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||   ||||| || | | |||||   |||||||||||||||||||||||||     
T  31595043 aaatgtactttccagactggatttataaggatcttgagcaaggtaatgat---cttttaaattctttgacaatttcagaggaagaaaatgatatggttaa 31594947  T
Q  301 aaagattactttggtgagtctgtggtgc 328  Q
    |||||||||| ||||||| || ||||||    
T  31594946 aaagattactatggtgagcctatggtgc 31594919  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 191; E-Value: 1e-103
Query Start/End: Original strand, 5 - 325
Target Start/End: Complemental strand, 31604848 - 31604531
Alignment:
Q  5 aaaatttgtcaaaggaaggatagtattgtttcaatacttggtacaagaggaactataggatatatggctccagaagtatttagtagagcatttggtggtg 104  Q
    ||||| || |||| ||||||||||||||| |||||| | ||  |||||||||| |||||||||||||| ||||||| ||||| |||| |||||||||| |    
T  31604848 aaaatatgccaaaagaaggatagtattgtgtcaatattaggggcaagaggaacaataggatatatggcaccagaagcatttaatagatcatttggtggag 31604749  T
Q  105 tttcttacaaatctgatgtatatagttatggcatgttgattcttgaaatgatcggaggaaagaagaactatgacactggagggtcgtgtacttctgaaat 204  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||| ||||| ||||||||||||||    
T  31604748 tttcttacaaatctgatgtatatagttatggcatgttgattcttgaaatgatcggaggaaggaagaactacgacactggcgggtcatgtacttctgaaat 31604649  T
Q  205 gtattttccagattggatttataaggatcttgagcaaggtaataataacctttttaactgtatgacatcgtcagaggaagaaaatgatatggttagaaag 304  Q
    ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |   ||||| || |||  ||||   || |||||||||||||||||||| ||||||    
T  31604648 gtactttccagattggatttataaggatcttgagcaaggtaatact---cttttaaattgttcgacagtctcggaggaagaaaatgatatggtcagaaag 31604552  T
Q  305 attactttggtgagtctgtgg 325  Q
    |||||||||||||||||||||    
T  31604551 attactttggtgagtctgtgg 31604531  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 186; E-Value: 1e-101
Query Start/End: Original strand, 5 - 328
Target Start/End: Complemental strand, 31614723 - 31614403
Alignment:
Q  5 aaaatttgtcaaaggaaggatagtattgtttcaatacttggtacaagaggaactataggatatatggctccagaagtatttagtagagcatttggtggtg 104  Q
    ||||| || |||| ||||||||||||||| |||||| | ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||| || |    
T  31614723 aaaatatgccaaaagaaggatagtattgtgtcaatattaggtacaagaggaactataggatatatggcaccagaagtatttagcagagcatttggcggag 31614624  T
Q  105 tttcttacaaatctgatgtatatagttatggcatgttgattcttgaaatgatcggaggaaagaagaactatgacactggagggtcgtgtacttctgaaat 204  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||  ||||||||||||||||||||||| || |||||||||||    
T  31614623 tttcttacaaatctgatgtatatagttatggaatgttgattcttgaaatgattggaggaagaaagaactatgacactggagggtcatgcacttctgaaat 31614524  T
Q  205 gtattttccagattggatttataaggatcttgagcaaggtaataataacctttttaactgtatgacatcgtcagaggaagaaaatgatatggttagaaag 304  Q
    ||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||   ||||| |  ||||| || ||| |||||   ||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  31614523 gtactttccagattggatttataagaatcttgagcaa---aataacactcttttaaattgtttgacaatctcagaggaagaaaatgatatgattagaaag 31614427  T
Q  305 attactttggtgagtctgtggtgc 328  Q
    || |||||||||||| | ||||||    
T  31614426 atcactttggtgagtgtttggtgc 31614403  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 178; E-Value: 6e-96
Query Start/End: Original strand, 5 - 328
Target Start/End: Complemental strand, 31618452 - 31618132
Alignment:
Q  5 aaaatttgtcaaaggaaggatagtattgtttcaatacttggtacaagaggaactataggatatatggctccagaagtatttagtagagcatttggtggtg 104  Q
    ||||| || |||||||||||||||||||| |||||| | ||  ||||||||||||||||||| ||||| |||||| ||||||||||||| |||||||| |    
T  31618452 aaaatatgccaaaggaaggatagtattgtgtcaatattaggggcaagaggaactataggatacatggcaccagaaatatttagtagagcgtttggtggag 31618353  T
Q  105 tttcttacaaatctgatgtatatagttatggcatgttgattcttgaaatgatcggaggaaagaagaactatgacactggagggtcgtgtacttctgaaat 204  Q
    |||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||| |||||||| ||||||||||||||    
T  31618352 tttcgtacagatctgatgtatatagttatggcatgttgattcttgaaatgatcggaggaaggaagaactacgacacgggagggtcatgtacttctgaaat 31618253  T
Q  205 gtattttccagattggatttataaggatcttgagcaaggtaataataacctttttaactgtatgacatcgtcagaggaagaaaatgatatggttagaaag 304  Q
    ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |   ||||| || |||   |||   || |||||||||||||||||| | ||||||    
T  31618252 gtactttccagattggatttataaggatcttgagcaagggaatact---cttttaaattgttcaacaatctcggaggaagaaaatgatatgatcagaaag 31618156  T
Q  305 attactttggtgagtctgtggtgc 328  Q
    ||||||||||||||||| ||||||    
T  31618155 attactttggtgagtctatggtgc 31618132  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 140; E-Value: 3e-73
Query Start/End: Original strand, 1 - 328
Target Start/End: Complemental strand, 31585596 - 31585269
Alignment:
Q  1 agcaaaaatttgtcaaaggaaggatagtattgtttcaatacttggtacaagaggaactataggatatatggctccagaagtatttagtagagcatttggt 100  Q
    ||||||||| || | || ||||||||||| ||| ||||| || ||  ||||||||||||||||||||||||| |||||| |||| | |||||| ||||||    
T  31585596 agcaaaaatatgccgaaagaaggatagtactgtgtcaatgctaggggcaagaggaactataggatatatggcaccagaaatattcattagagcctttggt 31585497  T
Q  101 ggtgtttcttacaaatctgatgtatatagttatggcatgttgattcttgaaatgatcggaggaaagaagaactatgacactggagggtcgtgtacttctg 200  Q
    || |||||| |||| |||||||| ||||||||||||||| ||||||| ||||| |||||||| | ||||||||| ||||| ||||| || ||| ||||||    
T  31585496 ggagtttctcacaagtctgatgtgtatagttatggcatgctgattctagaaattatcggaggtaggaagaactacgacacaggaggttcatgtgcttctg 31585397  T
Q  201 aaatgtattttccagattggatttataaggatcttgagcaaggtaataataacctttttaactgtatgacatcgtcagaggaagaaaatgatatggttag 300  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |    ||||| || ||| |||||   || || ||||||||||| ||||||||    
T  31585396 aaatgtactttccagattggatttataaggatcttgagcaaggtaatgaacctcttttaaattgtttgacaatctccgaagaagaaaatgacatggttag 31585297  T
Q  301 aaagattactttggtgagtctgtggtgc 328  Q
    |||||||||| |||| ||||| ||||||    
T  31585296 aaagattactatggtaagtctatggtgc 31585269  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #8
Raw Score: 136; E-Value: 6e-71
Query Start/End: Original strand, 5 - 328
Target Start/End: Complemental strand, 31532581 - 31532258
Alignment:
Q  5 aaaatttgtcaaaggaaggatagtattgtttcaatacttggtacaagaggaactataggatatatggctccagaagtatttagtagagcatttggtggtg 104  Q
    ||||| || |||| ||| || |||||||| || |||||||| ||||||||||| |||||||| || || |||||||| |||||| || ||| |||||| |    
T  31532581 aaaatatgccaaaagaatgacagtattgtgtctatacttggcacaagaggaaccataggatacatagcaccagaagtgtttagtcgaacatatggtggag 31532482  T
Q  105 tttcttacaaatctgatgtatatagttatggcatgttgattcttgaaatgatcggaggaaagaagaactatgacactggagggtcgtgtacttctgaaat 204  Q
    ||||| |||| ||||||||||| |||||||| ||||| ||||| |||||||| |||||||  ||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  31532481 tttctcacaagtctgatgtatacagttatgggatgttaattctagaaatgattggaggaagaaagaattatgacactggagggtcatgtacttctgaaat 31532382  T
Q  205 gtattttccagattggatttataaggatcttgagcaaggtaataataacctttttaactgtatgacatcgtcagaggaagaaaatgatatggttagaaag 304  Q
    ||| ||||| || |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| | || | | |   |   ||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  31532381 gtactttcctgactggatttataaggatcttgaacaaggtaataataaccttgtgaattatttagaaaattcagaggaagaaaatgatatggtgagaaag 31532282  T
Q  305 attactttggtgagtctgtggtgc 328  Q
    |||||| |||||||| | ||||||    
T  31532281 attactatggtgagtttatggtgc 31532258  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #9
Raw Score: 133; E-Value: 4e-69
Query Start/End: Original strand, 14 - 328
Target Start/End: Complemental strand, 31541195 - 31540884
Alignment:
Q  14 caaaggaaggatagtattgtttcaatacttggtacaagaggaactataggatatatggctccagaagtatttagtagagcatttggtggtgtttcttaca 113  Q
    |||||||| ||||||||||| ||  ||||||| ||||||||||||||||||||||| || ||||||||||| ||  || ||| |||||| |||||| | |    
T  31541195 caaaggaatgatagtattgtgtctttacttggcacaagaggaactataggatatatagcaccagaagtattcagccgaacatatggtggagtttctcata 31541096  T
Q  114 aatctgatgtatatagttatggcatgttgattcttgaaatgatcggaggaaagaagaactatgacactggagggtcgtgtacttctgaaatgtattttcc 213  Q
    | |||||||||||||||||||| ||||| ||||| |||||| | || ||||  ||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||    
T  31541095 agtctgatgtatatagttatggtatgttaattctagaaatggttgggggaagaaagaattatgacactggagggtcatgtacttctgaaatgtgttttcc 31540996  T
Q  214 agattggatttataaggatcttgagcaaggtaataataacctttttaactgtatgacatcgtcagaggaagaaaatgatatggttagaaagattactttg 313  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||    ||||||||||  ||| ||| |  ||   ||| ||||||||||||||||||| |||| ||||||| ||    
T  31540995 agattggatttataaggatcttgagcaag---ctaataaccttgctaattgtttagcaaactcaaaggaagaaaatgatatggtaagaatgattactatg 31540899  T
Q  314 gtgagtctgtggtgc 328  Q
    |||||||| ||||||    
T  31540898 gtgagtctatggtgc 31540884  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #10
Raw Score: 116; E-Value: 6e-59
Query Start/End: Original strand, 6 - 249
Target Start/End: Original strand, 33305196 - 33305439
Alignment:
Q  6 aaatttgtcaaaggaaggatagtattgtttcaatacttggtacaagaggaactataggatatatggctccagaagtatttagtagagcatttggtggtgt 105  Q
    |||| ||||||||||||||||| ||||| || ||||||||||||||||||||||||||||| || || || |||||||||||| || |||||||||| ||    
T  33305196 aaatatgtcaaaggaaggatagcattgtatccatacttggtacaagaggaactataggatacatagcaccggaagtatttagtcgaacatttggtggagt 33305295  T
Q  106 ttcttacaaatctgatgtatatagttatggcatgttgattcttgaaatgatcggaggaaagaagaactatgacactggagggtcgtgtacttctgaaatg 205  Q
    |||| | || || |||||||| |||||||| ||||| || || ||||||||||| ||||  ||||| |||||||| |||||||| ||||| || ||||||    
T  33305296 ttctcataagtccgatgtatacagttatggtatgttaatactagaaatgatcgggggaagaaagaattatgacacgggagggtcatgtacatcggaaatg 33305395  T
Q  206 tattttccagattggatttataaggatcttgagcaaggtaataa 249  Q
    || ||| ||||||||||||||||||||||||||| | |||||||    
T  33305396 tacttttcagattggatttataaggatcttgagctaagtaataa 33305439  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #11
Raw Score: 109; E-Value: 8e-55
Query Start/End: Original strand, 14 - 249
Target Start/End: Original strand, 31572895 - 31573124
Alignment:
Q  14 caaaggaaggatagtattgtttcaatacttggtacaagaggaactataggatatatggctccagaagtatttagtagagcatttggtggtgtttcttaca 113  Q
    |||||||||||||||||||| || |||||||| ||||| |||||||||||||| || ||||| ||||||||||| ||||  |||||||| |||||| |||    
T  31572895 caaaggaaggatagtattgtgtccatacttggcacaaggggaactataggatacatagctcctgaagtatttagcagagtgtttggtggagtttctcaca 31572994  T
Q  114 aatctgatgtatatagttatggcatgttgattcttgaaatgatcggaggaaagaagaactatgacactggagggtcgtgtacttctgaaatgtattttcc 213  Q
    | |||||||||||| ||      ||||| ||| | |||||||| || ||||  |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  31572995 agtctgatgtatatggt------atgttaattttagaaatgattggtggaagaaagaactatgacacaggagggtcgtgtacttctgaaatgtactttcc 31573088  T
Q  214 agattggatttataaggatcttgagcaaggtaataa 249  Q
    ||||||||||||||| |||||||||| | |||||||    
T  31573089 agattggatttataatgatcttgagctaagtaataa 31573124  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #12
Raw Score: 68; E-Value: 2e-30
Query Start/End: Original strand, 5 - 248
Target Start/End: Original strand, 31439063 - 31439306
Alignment:
Q  5 aaaatttgtcaaaggaaggatagtattgtttcaatacttggtacaagaggaactataggatatatggctccagaagtatttagtagagcatttggtggtg 104  Q
    ||||| ||||||| ||| || ||| |||||||  ||||||| ||||||||||||||||| |  || || || || ||||| ||| ||||||||||||| |    
T  31439063 aaaatatgtcaaaagaaagagagtgttgtttccctacttggcacaagaggaactataggcttcatagcacccgaggtattcagtcgagcatttggtggag 31439162  T
Q  105 tttcttacaaatctgatgtatatagttatggcatgttgattcttgaaatgatcggaggaaagaagaactatgacactggagggtcgtgtacttctgaaat 204  Q
    ||||||  || ||||||||||| |||||||||||||||| ||| ||||| | ||||| ||  ||||    ||| ||| |||||||   ||   |||||||    
T  31439163 tttcttctaagtctgatgtatacagttatggcatgttgactctcgaaataaccggagaaagaaagagtcgtgatactagagggtctgatatgactgaaat 31439262  T
Q  205 gtattttccagattggatttataaggatcttgagcaaggtaata 248  Q
    ||| ||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  31439263 gtactttccggattggatatataaggatcttgagcaaggtaata 31439306  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #13
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000005
Query Start/End: Original strand, 104 - 156
Target Start/End: Original strand, 21898417 - 21898469
Alignment:
Q  104 gtttcttacaaatctgatgtatatagttatggcatgttgattcttgaaatgat 156  Q
    |||||| | ||||||||| ||||||||||||| ||||||||| |||| |||||    
T  21898417 gtttctgaaaaatctgatatatatagttatggaatgttgattattgacatgat 21898469  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 206; Significance: 1e-112; HSPs: 2)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 206; E-Value: 1e-112
Query Start/End: Original strand, 1 - 328
Target Start/End: Original strand, 52174353 - 52174677
Alignment:
Q  1 agcaaaaatttgtcaaaggaaggatagtattgtttcaatacttggtacaagaggaactataggatatatggctccagaagtatttagtagagcatttggt 100  Q
    ||||||||| || ||||||||||||||| |||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||    
T  52174353 agcaaaaatatgccaaaggaaggatagtgttgtgtcaatacttggcacaagaggaactataggatatatggcgccagaagtatatagtagagcatttggt 52174452  T
Q  101 ggtgtttcttacaaatctgatgtatatagttatggcatgttgattcttgaaatgatcggaggaaagaagaactatgacactggagggtcgtgtacttctg 200  Q
    ||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||  ||||||||||||||||||||||| |||||||| |    
T  52174453 ggtgtttcttacaaatctgatatatacagttatggcatgttgattcttgaaatgattggaggaagaaagaactatgacactggagggtcatgtacttcag 52174552  T
Q  201 aaatgtattttccagattggatttataaggatcttgagcaaggtaataataacctttttaactgtatgacatcgtcagaggaagaaaatgatatggttag 300  Q
    ||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||| |   ||||  || ||| |||||   |||||||||||||||||||||||||     
T  52174553 aaatgtactttccagactggatttataaggatcttgagcaaggaaatact---ctttcaaattgtttgacaatctcagaggaagaaaatgatatggttat 52174649  T
Q  301 aaagattactttggtgagtctgtggtgc 328  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||    
T  52174650 aaagattactttggtgagtctatggtgc 52174677  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000005
Query Start/End: Original strand, 95 - 135
Target Start/End: Original strand, 49728741 - 49728781
Alignment:
Q  95 tttggtggtgtttcttacaaatctgatgtatatagttatgg 135  Q
    |||||||| || ||| |||||||||||||||||||||||||    
T  49728741 tttggtggcgtctctcacaaatctgatgtatatagttatgg 49728781  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 83; Significance: 3e-39; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 83; E-Value: 3e-39
Query Start/End: Original strand, 5 - 247
Target Start/End: Original strand, 15063410 - 15063652
Alignment:
Q  5 aaaatttgtcaaaggaaggatagtattgtttcaatacttggtacaagaggaactataggatatatggctccagaagtatttagtagagcatttggtggtg 104  Q
    ||||| ||||||| ||| || ||| |||| || || ||||| ||||||||||||||||| || ||  | || |||||||||||| |||| |||||||  |    
T  15063410 aaaatatgtcaaaagaaagagagtgttgtgtccatgcttgggacaagaggaactataggctacatatcaccggaagtatttagtcgagcttttggtgcag 15063509  T
Q  105 tttcttacaaatctgatgtatatagttatggcatgttgattcttgaaatgatcggaggaaagaagaactatgacactggagggtcgtgtacttctgaaat 204  Q
    ||||||  || ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||| ||||||||||| |||||   |||  | |||      
T  15063510 tttcttctaagtctgatgtatacagttatggcatgttgattcttgaaatgaccggaggaaaaaagaattatgacactggcgggtctcatacaaccgaagc 15063609  T
Q  205 gtattttccagattggatttataaggatcttgagcaaggtaat 247  Q
     || ||||| |||||||| | ||||||||||||||||||||||    
T  15063610 atactttccggattggatatttaaggatcttgagcaaggtaat 15063652  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0394 (Bit Score: 79; Significance: 7e-37; HSPs: 1)
Name: scaffold0394
Description:

Target: scaffold0394; HSP #1
Raw Score: 79; E-Value: 7e-37
Query Start/End: Original strand, 5 - 247
Target Start/End: Complemental strand, 2124 - 1882
Alignment:
Q  5 aaaatttgtcaaaggaaggatagtattgtttcaatacttggtacaagaggaactataggatatatggctccagaagtatttagtagagcatttggtggtg 104  Q
    ||||| ||||||| ||| || ||| |||| || || ||||| ||||||||||||||||| || ||  | || |||||||||||| |||| |||||||  |    
T  2124 aaaatatgtcaaaagaaagagagtgttgtgtccatgcttgggacaagaggaactataggctacatatcaccggaagtatttagtcgagcttttggtgcag 2025  T
Q  105 tttcttacaaatctgatgtatatagttatggcatgttgattcttgaaatgatcggaggaaagaagaactatgacactggagggtcgtgtacttctgaaat 204  Q
    ||||||  || ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||| ||||||||||| |||||   | |  | ||||     
T  2024 tttcttctaagtctgatgtatacagttatggcatgttgattcttgaaatgaccggaggaaaaaagaattatgacactggcgggtctcttgcagccgaaac 1925  T
Q  205 gtattttccagattggatttataaggatcttgagcaaggtaat 247  Q
     || ||| | |||||||| | ||||||||||||||||||||||    
T  1924 atacttttcggattggatatttaaggatcttgagcaaggtaat 1882  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University