View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF4067_high_2 (Length: 722)

Name: NF4067_high_2
Description: NF4067
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF4067_high_2
NF4067_high_2
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (6-706)||(32643226-32643923)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 627; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 627; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 6 - 706
Target Start/End: Complemental strand, 32643923 - 32643226
Alignment:
Q  6 agaagcaaaggcatattgagtgtgtgaattcgtgatgtggtacctcgtgttgcaatcataattttgcttttcaaaactatctgcaaaacatcattaaaaa 105  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  32643923 agaaccaaaggcatattgagtgtgtgaattcgtgatgtggtacctcgtgttgcaatcataattttgcttttcaaaactatctgcaaaacatcattaaaaa 32643824  T
Q  106 ttcgagtgcatgtgttatttagaacattttttatgccggttattgccgtgtaccgtttcaagatgaacatctgaagagagatgtcctttttcacgagcct 205  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  32643823 ttcgagtgcatgtgttatttagaacattttttatgccggttattgccgtgtgccttttcaagatgaacatctgaagagagatgtcctttttcacgagcct 32643724  T
Q  206 tgtagtcaagggcaatccacccccaattgggatggcaggttcatcctttcccaaaatttgcaagcatgttacagcttcattcacaagagcattgataaca 305  Q
    ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  32643723 tgtggtcaagggcaatccacccccaattgggatggcaggttcatcctttcccaaaatttgcaagcaagttacagcttcattcacaagagcattgataaca 32643624  T
Q  306 gtgccttgtagaactgttacttttgagacaaggttatggtacccaactttttcaagccaaagccagagagccatgactagaagagattgagtcacctcgt 405  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  32643623 gtgccttgtagaagtgttacttttgagacaaggttatggtacccaactttttcaagccaaagccagagagccatgactagaagagattgagtcacctcgt 32643524  T
Q  406 ggtgaagtttgaagatcaaaaaacaaaatagctcacgatcaatttggtaaaaaatgttaagctcatcagtggtgataggagtctgtgtgacgaacaaaga 505  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||     
T  32643523 ggtgaagtttgaagatcaaaaaacaaaatagctcacgatcaatttggtaaaaaaggttaagctcatcagtggtgataggagtctgtgtgacaaacaaagg 32643424  T
Q  506 cctatccatgatgatgacaggttaaagggacgttagaagaaagtgagatgtggcgagttgtggttttatattagtaaaataccatatttatatatgcaac 605  Q
    | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  32643423 cttatccatgatgatgacaggttaaagggacgttagaagaaagtgagatgtggcgagttatggttttatattagtaaaataccatatttatatatacaac 32643324  T
Q  606 gctctctgatgcaatgtatttatgcttgggaggtatacatgaaccacaataatataaaactaccgtatgatataaagtaggatgatgattttagtttttt 705  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    ||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  32643323 gctctctgatgcaatgtatttatgcttgggaggtatacatgaaccac---tatataaaactaccatatgatataaagtatgatgatgattttagtttttt 32643227  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University