View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF4073_high_3 (Length: 706)

Name: NF4073_high_3
Description: NF4073
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF4073_high_3
NF4073_high_3
[»] chr5 (1 HSPs)
chr5 (19-694)||(33273035-33273710)


Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 660; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 660; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 19 - 694
Target Start/End: Original strand, 33273035 - 33273710
Alignment:
Q  19 aacctttatttataacccttagcagaaggtacactcttcgctaattgtcgacgaccatccctcgaaacactagttggatcaaccacatctcccaatcttc 118  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33273035 aacctttatttataacccttagcagaaggtacactcttagctaattgtcgacgaccatccctcgaaacactagttggatcaaccacatctcccaatcttc 33273134  T
Q  119 cacatacaacaccatgcttgtggaaaaaccctttccttatcttcttcttctttgtccttttaacaccatcatccacacttgtactagcaatattgtcggt 218  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  33273135 cacatacaacaccatgcttgtggaaaaaccctttccttatcttcttcttctttgtccttttaacaccatcatctacacttgtactagcaatattgtcggt 33273234  T
Q  219 gctattaacaagtttattagactctataagtcgattcaagtgccttgaaatgctttgaacttcatatgcatcaagtagagatttctcattcttgtgaatt 318  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  33273235 gctattaacaagtttattagactctataagtcgattcaagtgccttgaaatgctttgaacttcatatgcatcaagtagagatttctccttcttgtgaatt 33273334  T
Q  319 tcttcctttaccattgatctcattgcttctaatttgtaacgagaaggtcttggttcacgatgaatattactccttgtaacataaaaattacttgaattag 418  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33273335 tcttccttttccattgatctcattgcttctaatttgtaacgagaaggtcttggttcacgatgaatattactccttgtaacataaaaattacttgaattag 33273434  T
Q  419 cttctccttcattacatgatccagaaccacgttgatgccatgcccatgcagctgctttcactatggctatgtcttcattgatgtgatcatctttaatagc 518  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33273435 cttctccttcattacatgatccagaaccacgttgatgccatgcccatgcagctgctttcactatggctatgtcttcattgatgtgatcatctttaatagc 33273534  T
Q  519 attattttgtttctttctttgagtgagagagtttagaaatgagagcttggaagccatgaaatgaatgtgtgggaaaattatgttccacgctataaggtta 618  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33273535 attattttgtttctttctttgagtgagagagtttagaaatgagagcttggaagccatgaaatgaatgtgtgggaaaattatgttccacgctataaggtta 33273634  T
Q  619 gggaaattaggttaggtatgtttgtatattatttattgttgaacacgtcgtatgttaaatatgtgatatcgatttt 694  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33273635 gggaaattaggttaggtatgtttgtatattatttattgttgaacacgtcgtatgttaaatatgtgatatcgatttt 33273710  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University