View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF4076_low_10 (Length: 267)

Name: NF4076_low_10
Description: NF4076
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF4076_low_10
NF4076_low_10
[»] chr5 (13 HSPs)
chr5 (19-252)||(37428339-37428571)
chr5 (28-252)||(37382975-37383199)
chr5 (28-252)||(37434997-37435221)
chr5 (47-251)||(37593492-37593696)
chr5 (47-251)||(37695883-37696087)
chr5 (47-252)||(37532387-37532592)
chr5 (42-251)||(37823192-37823401)
chr5 (42-251)||(37401661-37401870)
chr5 (42-251)||(37639034-37639243)
chr5 (28-232)||(37393526-37393730)
chr5 (42-197)||(37710846-37711001)
chr5 (28-197)||(37702025-37702194)
chr5 (28-113)||(37413814-37413899)
[»] chr4 (3 HSPs)
chr4 (28-252)||(16843645-16843869)
chr4 (28-252)||(16846313-16846536)
chr4 (28-252)||(24218380-24218604)
[»] chr3 (1 HSPs)
chr3 (68-243)||(14552668-14552843)


Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 210; Significance: 1e-115; HSPs: 13)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 210; E-Value: 1e-115
Query Start/End: Original strand, 19 - 252
Target Start/End: Complemental strand, 37428571 - 37428339
Alignment:
19 aaatactttttacaggttctcattttaagatcaaataaactgcatggtacaatcacttgttctatgaccaagcatccatttcccaagttgagaattttcg 118  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||    
37428571 aaatactttttacaggttctcattttaagatcaaataaactgcatggtacaatcacttgttctatgaccaaacatccatt-cccaagttgagaattttcg 37428473  T
119 acatctctaataacaattttagtggtcccttgccgacaacatgcatcaggaattttcaaggaatgatgaatgtgaatgatagccaaattggtttgcagta 218  Q
    |||||| |||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
37428472 acatctataataaaatttttagtggtcccttgccgacaacatgcatcaggaattttcaaggaatgatgaatgtgaatgatagccaaattggtttgcagta 37428373  T
219 catgggtaaggccaattactataatgattctgtg 252  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
37428372 catgggtaaggccaattactataatgattctgtg 37428339  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 113; E-Value: 3e-57
Query Start/End: Original strand, 28 - 252
Target Start/End: Original strand, 37382975 - 37383199
Alignment:
28 ttacaggttctcattttaagatcaaataaactgcatggtacaatcacttgttctatgaccaagcatccatttcccaagttgagaattttcgacatctcta 127  Q
    |||||||| |||| |||||||||||||||||| |||||  ||||||| || ||||  ||||| |||||||||||||||||||||||||| ||  ||||||    
37382975 ttacaggtgctcagtttaagatcaaataaacttcatggcgcaatcacatgctctagcaccaaacatccatttcccaagttgagaatttttgatgtctcta 37383074  T
128 ataacaattttagtggtcccttgccgacaacatgcatcaggaattttcaaggaatgatgaatgtgaatgatagccaaattggtttgcagtacatgggtaa 227  Q
    | |||||||||| ||| |||||||| ||| | ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |   | | ||||||||| |||||||||||    
37383075 acaacaattttattgggcccttgccaacatcgtgcatcaagaattttcaaggaatgatgaatgtgaatgacaataacactggtttgcaatacatgggtaa 37383174  T
228 ggccaattactataatgattctgtg 252  Q
    | |||||||||||||||||||||||    
37383175 gtccaattactataatgattctgtg 37383199  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 109; E-Value: 7e-55
Query Start/End: Original strand, 28 - 252
Target Start/End: Complemental strand, 37435221 - 37434997
Alignment:
28 ttacaggttctcattttaagatcaaataaactgcatggtacaatcacttgttctatgaccaagcatccatttcccaagttgagaattttcgacatctcta 127  Q
    |||||||| |||| ||||||||||||||||||  ||||| ||||||| |||||||  ||||| ||||| ||| | ||||| |||||||| |||||||       
37435221 ttacaggtactcagtttaagatcaaataaacttaatggttcaatcacctgttctaacaccaaccatcctttttctaagttaagaatttttgacatcttcg 37435122  T
128 ataacaattttagtggtcccttgccgacaacatgcatcaggaattttcaaggaatgatgaatgtgaatgatagccaaattggtttgcagtacatgggtaa 227  Q
     |||||||||||||||  ||||||| ||| |||| |||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||    
37435121 gtaacaattttagtggatccttgccaacatcatgtatcaagaactttcaaggaatgatgaatgtgaatgatagccagattggtttgcaatacatgggtaa 37435022  T
228 ggccaattactataatgattctgtg 252  Q
    |  ||||||||||||||||||||||    
37435021 gaacaattactataatgattctgtg 37434997  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 101; E-Value: 4e-50
Query Start/End: Original strand, 47 - 251
Target Start/End: Complemental strand, 37593696 - 37593492
Alignment:
47 gatcaaataaactgcatggtacaatcacttgttctatgaccaagcatccatttcccaagttgagaattttcgacatctctaataacaattttagtggtcc 146  Q
    |||||||||| || |||||| |||||||||||||||  ||||||||| ||||||| |||||||||||||| ||  | ||||  |||||||||||||| ||    
37593696 gatcaaataatcttcatggtgcaatcacttgttctagcaccaagcattcatttcctaagttgagaatttttgatgtttctatcaacaattttagtgggcc 37593597  T
147 cttgccgacaacatgcatcaggaattttcaaggaatgatgaatgtgaatgatagccaaattggtttgcagtacatgggtaaggccaattactataatgat 246  Q
    |||||| ||| ||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||| ||||  ||   ||||||||||||||    
37593596 cttgccaacatcatgcatcaagaactttcaaggaatgatgaatgtgaatgacagccaaattggtttgcaatacaagggtgtgggttattactataatgat 37593497  T
247 tctgt 251  Q
    |||||    
37593496 tctgt 37593492  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 101; E-Value: 4e-50
Query Start/End: Original strand, 47 - 251
Target Start/End: Complemental strand, 37696087 - 37695883
Alignment:
47 gatcaaataaactgcatggtacaatcacttgttctatgaccaagcatccatttcccaagttgagaattttcgacatctctaataacaattttagtggtcc 146  Q
    |||||||||| || |||||| |||||||||||||||  ||||||||| ||||||| |||||||||||||| ||  | ||||  |||||||||||||| ||    
37696087 gatcaaataatcttcatggtgcaatcacttgttctagcaccaagcattcatttcctaagttgagaatttttgatgtttctatcaacaattttagtgggcc 37695988  T
147 cttgccgacaacatgcatcaggaattttcaaggaatgatgaatgtgaatgatagccaaattggtttgcagtacatgggtaaggccaattactataatgat 246  Q
    |||||| ||| ||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||| |||| | |   ||||||||||||||    
37695987 cttgccaacatcatgcatcaagaactttcaaggaatgatgaatgtgaatgacagccaaattggtttgcaatacaagggtgacggttattactataatgat 37695888  T
247 tctgt 251  Q
    |||||    
37695887 tctgt 37695883  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 98; E-Value: 2e-48
Query Start/End: Original strand, 47 - 252
Target Start/End: Complemental strand, 37532592 - 37532387
Alignment:
47 gatcaaataaactgcatggtacaatcacttgttctatgaccaagcatccatttcccaagttgagaattttcgacatctctaataacaattttagtggtcc 146  Q
    |||||||||| || |||||| |||||||||||||||  ||||||||| ||||||| |||||||||||||| ||  | ||||| |||||||||||||| ||    
37532592 gatcaaataatcttcatggtgcaatcacttgttctagcaccaagcattcatttcctaagttgagaatttttgatgtttctaacaacaattttagtgggcc 37532493  T
147 cttgccgacaacatgcatcaggaattttcaaggaatgatgaatgtgaatgatagccaaattggtttgcagtacatgggtaaggccaattactataatgat 246  Q
    |||||| | | ||||||||| ||| ||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||| ||||  ||   ||||||||||||||    
37532492 cttgccaatatcatgcatcaagaactttaaaggaatgatgaatgtgaatgacagccaaattggtttgcaatacaagggtgcgggttattactataatgat 37532393  T
247 tctgtg 252  Q
    ||||||    
37532392 tctgtg 37532387  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 98; E-Value: 2e-48
Query Start/End: Original strand, 42 - 251
Target Start/End: Complemental strand, 37823401 - 37823192
Alignment:
42 tttaagatcaaataaactgcatggtacaatcacttgttctatgaccaagcatccatttcccaagttgagaattttcgacatctctaataacaattttagt 141  Q
    |||| |||||||||| || |||||| ||||||| |||||||  ||||||||| |||||||||||||||||||||| ||  ||||||| ||||||||||||    
37823401 tttacgatcaaataatcttcatggtgcaatcacctgttctagcaccaagcatacatttcccaagttgagaatttttgatgtctctaacaacaattttagt 37823302  T
142 ggtcccttgccgacaacatgcatcaggaattttcaaggaatgatgaatgtgaatgatagccaaattggtttgcagtacatgggtaaggccaattactata 241  Q
    || |||||||| ||| ||||||||| ||| |||||||||||||||||||||| |||   ||||||||||||||| ||||||||| |  |  ||||||| |    
37823301 gggcccttgccaacatcatgcatcaagaactttcaaggaatgatgaatgtgagtgacgaccaaattggtttgcaatacatgggtgactcttattactaca 37823202  T
242 atgattctgt 251  Q
    ||||||||||    
37823201 atgattctgt 37823192  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 90; E-Value: 1e-43
Query Start/End: Original strand, 42 - 251
Target Start/End: Original strand, 37401661 - 37401870
Alignment:
42 tttaagatcaaataaactgcatggtacaatcacttgttctatgaccaagcatccatttcccaagttgagaattttcgacatctctaataacaattttagt 141  Q
    |||| |||||||||| || |||||| ||||||| |||||||  ||||||||| |||||||||||||||||||||| ||  ||||||| ||||||||||||    
37401661 tttacgatcaaataatcttcatggtgcaatcacctgttctagcaccaagcatacatttcccaagttgagaatttttgatgtctctaacaacaattttagt 37401760  T
142 ggtcccttgccgacaacatgcatcaggaattttcaaggaatgatgaatgtgaatgatagccaaattggtttgcagtacatgggtaaggccaattactata 241  Q
    || |||||||| ||| ||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||| |   | | ||||||||| ||||||||| |  |  ||||||| |    
37401761 gggcccttgccaacatcatgcatcaagaactttcaaggaatgatgaatgtgaatgacaataacactggtttgcaatacatgggtgactcttattactaca 37401860  T
242 atgattctgt 251  Q
    ||||||||||    
37401861 atgattctgt 37401870  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #9
Raw Score: 90; E-Value: 1e-43
Query Start/End: Original strand, 42 - 251
Target Start/End: Complemental strand, 37639243 - 37639034
Alignment:
42 tttaagatcaaataaactgcatggtacaatcacttgttctatgaccaagcatccatttcccaagttgagaattttcgacatctctaataacaattttagt 141  Q
    |||| |||||||||| || |||||| ||||||| |||||||  ||||||||| |||||||||||||||||||||| ||  ||||||| ||||||||||||    
37639243 tttacgatcaaataatcttcatggtgcaatcacctgttctagcaccaagcatacatttcccaagttgagaatttttgatgtctctaacaacaattttagt 37639144  T
142 ggtcccttgccgacaacatgcatcaggaattttcaaggaatgatgaatgtgaatgatagccaaattggtttgcagtacatgggtaaggccaattactata 241  Q
    || |||||||| ||| ||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||| |   | | ||||||||| ||||||||| |  |  ||||||| |    
37639143 gggcccttgccaacatcatgcatcaagaactttcaaggaatgatgaatgtgaatgacaataacactggtttgcaatacatgggtgactcttattactaca 37639044  T
242 atgattctgt 251  Q
    ||||||||||    
37639043 atgattctgt 37639034  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #10
Raw Score: 89; E-Value: 6e-43
Query Start/End: Original strand, 28 - 232
Target Start/End: Original strand, 37393526 - 37393730
Alignment:
28 ttacaggttctcattttaagatcaaataaactgcatggtacaatcacttgttctatgaccaagcatccatttcccaagttgagaattttcgacatctcta 127  Q
    |||||||| || | |||| |||||||| | || |||||  ||||||| |||||||  ||||||||||||||||| |||||||||||||  ||  ||||||    
37393526 ttacaggtgctaagtttacgatcaaatcatcttcatgggtcaatcacatgttctagcaccaagcatccatttcctaagttgagaatttatgatgtctcta 37393625  T
128 ataacaattttagtggtcccttgccgacaacatgcatcaggaattttcaaggaatgatgaatgtgaatgatagccaaattggtttgcagtacatgggtaa 227  Q
     ||||||||||||||| |||||||| ||| ||||| ||| ||| ||||||||||||||| |||||||| | ||||||||||||||||| |||||||||||    
37393626 gtaacaattttagtggccccttgccaacatcatgcttcaagaactttcaaggaatgatggatgtgaataacagccaaattggtttgcaatacatgggtaa 37393725  T
228 ggcca 232  Q
     ||||    
37393726 agcca 37393730  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #11
Raw Score: 80; E-Value: 1e-37
Query Start/End: Original strand, 42 - 197
Target Start/End: Complemental strand, 37711001 - 37710846
Alignment:
42 tttaagatcaaataaactgcatggtacaatcacttgttctatgaccaagcatccatttcccaagttgagaattttcgacatctctaataacaattttagt 141  Q
    |||| |||||||||| || |||||| ||||||| |||||||  ||||||||| |||||||||||||||||||||| ||  ||||||| ||||||||||||    
37711001 tttacgatcaaataatcttcatggtgcaatcacctgttctagcaccaagcatacatttcccaagttgagaatttttgatgtctctaacaacaattttagt 37710902  T
142 ggtcccttgccgacaacatgcatcaggaattttcaaggaatgatgaatgtgaatga 197  Q
    || ||||||||  || ||||||||| ||| ||||||||||||||||| ||||||||    
37710901 gggcccttgccagcatcatgcatcaagaactttcaaggaatgatgaaggtgaatga 37710846  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #12
Raw Score: 74; E-Value: 5e-34
Query Start/End: Original strand, 28 - 197
Target Start/End: Complemental strand, 37702194 - 37702025
Alignment:
28 ttacaggttctcattttaagatcaaataaactgcatggtacaatcacttgttctatgaccaagcatccatttcccaagttgagaattttcgacatctcta 127  Q
    |||||||| || | |||| |||||||| | || |||||| |||||||||||||||  ||||||||| ||||||| |||||||||||||| ||   |||||    
37702194 ttacaggtgctgagtttacgatcaaatcatcttcatggtgcaatcacttgttctagcaccaagcattcatttcctaagttgagaatttttgatgcctcta 37702095  T
128 ataacaattttagtggtcccttgccgacaacatgcatcaggaattttcaaggaatgatgaatgtgaatga 197  Q
    | |||||||||||||| |||||||| ||| ||||||||| ||| |||||||||||||| ||||| |||||    
37702094 acaacaattttagtggccccttgccaacatcatgcatcaagaactttcaaggaatgattaatgtaaatga 37702025  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #13
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000002
Query Start/End: Original strand, 28 - 113
Target Start/End: Original strand, 37413814 - 37413899
Alignment:
28 ttacaggttctcattttaagatcaaataaactgcatggtacaatcacttgttctatgaccaagcatccatttcccaagttgagaat 113  Q
    |||||||| || | |||| |||||||||| || |||||| ||||||| |||||||  || |||||| |||||||||||||||||||    
37413814 ttacaggtgctaagtttacgatcaaataatcttcatggtgcaatcacctgttctagcacaaagcatacatttcccaagttgagaat 37413899  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 101; Significance: 4e-50; HSPs: 3)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 101; E-Value: 4e-50
Query Start/End: Original strand, 28 - 252
Target Start/End: Original strand, 16843645 - 16843869
Alignment:
28 ttacaggttctcattttaagatcaaataaactgcatggtacaatcacttgttctatgaccaagcatccatttcccaagttgagaattttcgacatctcta 127  Q
    |||||||| ||| ||||| |||| ||||| || |||||   ||||||||||||||  ||||||||||||||||| |||||||||||||| ||  ||||||    
16843645 ttacaggtactcgttttacgatctaataatcttcatggagtaatcacttgttctagcaccaagcatccatttcctaagttgagaatttttgatgtctcta 16843744  T
128 ataacaattttagtggtcccttgccgacaacatgcatcaggaattttcaaggaatgatgaatgtgaatgatagccaaattggtttgcagtacatgggtaa 227  Q
    | ||||||||||||||  ||||||| ||| ||||||||  ||| ||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||| |||||||| |     
16843745 acaacaattttagtggcaccttgccaacatcatgcatccagaactttcaaggaatgatgaatgtggatgatagccagattggtttgcaatacatgggcac 16843844  T
228 ggccaattactataatgattctgtg 252  Q
    || ||||||||| || |||||||||    
16843845 ggacaattactacaacgattctgtg 16843869  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 93; E-Value: 2e-45
Query Start/End: Original strand, 28 - 252
Target Start/End: Original strand, 16846313 - 16846536
Alignment:
28 ttacaggttctcattttaagatcaaataaactgcatggtacaatcacttgttctatgaccaagcatccatttcccaagttgagaattttcgacatctcta 127  Q
    ||||| || |||| |||||| |||||||||||  ||||| ||||||| |||||||  ||||||||||||||||| || ||||||||||| |||||||       
16846313 ttacatgtactcagtttaaggtcaaataaactttatggttcaatcacatgttctagcaccaagcatccatttccaaa-ttgagaattttggacatcttcg 16846411  T
128 ataacaattttagtggtcccttgccgacaacatgcatcaggaattttcaaggaatgatgaatgtgaatgatagccaaattggtttgcagtacatgggtaa 227  Q
    ||||||| || ||||| || ||||| ||| |||| |||| ||||||||||||||||||||| | ||||||||   ||| |||||||||||||||||| ||    
16846412 ataacaaattcagtggaccgttgccaacatcatgtatcaagaattttcaaggaatgatgaacgcgaatgataataaaactggtttgcagtacatgggaaa 16846511  T
228 ggccaattactataatgattctgtg 252  Q
    || ||||||||||||||||||||||    
16846512 ggtcaattactataatgattctgtg 16846536  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 65; E-Value: 1e-28
Query Start/End: Original strand, 28 - 252
Target Start/End: Original strand, 24218380 - 24218604
Alignment:
28 ttacaggttctcattttaagatcaaataaactgcatggtacaatcacttgttctatgaccaagcatccatttcccaagttgagaattttcgacatctcta 127  Q
    |||||||| |||| |||| |||||||| | || ||||||  ||||||||||||||  ||||| ||  ||||||| ||| ||||||||| |||  |||||     
24218380 ttacaggtactcagtttacgatcaaatcatcttcatggtggaatcacttgttctagcaccaaacaatcatttccgaagatgagaatttacgatgtctctg 24218479  T
128 ataacaattttagtggtcccttgccgacaacatgcatcaggaattttcaaggaatgatgaatgtgaatgatagccaaattggtttgcagtacatgggtaa 227  Q
     ||| |||||  |||| ||| |||| ||| | ||| ||| |||||||||||||||||| ||||||||||  |   ||  ||||||||| |||||||||||    
24218480 gtaataatttccgtggccccgtgccaacatcttgcctcaagaattttcaaggaatgattaatgtgaatgtcaataaatctggtttgcaatacatgggtaa 24218579  T
228 ggccaattactataatgattctgtg 252  Q
    ||||||||| |||||||||||||||    
24218580 ggccaattattataatgattctgtg 24218604  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 88; Significance: 2e-42; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 88; E-Value: 2e-42
Query Start/End: Original strand, 68 - 243
Target Start/End: Complemental strand, 14552843 - 14552668
Alignment:
68 caatcacttgttctatgaccaagcatccatttcccaagttgagaattttcgacatctctaataacaattttagtggtcccttgccgacaacatgcatcag 167  Q
    ||||||| |||||||  | ||||||| ||||||| |||||||||||||| ||  ||||||| ||||||||||||||  ||||||| ||| |||||||||     
14552843 caatcacctgttctagcatcaagcattcatttcctaagttgagaatttttgatgtctctaacaacaattttagtggcaccttgccaacatcatgcatcaa 14552744  T
168 gaattttcaaggaatgatgaatgtgaatgatagccaaattggtttgcagtacatgggtaaggccaattactataat 243  Q
    ||| ||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||| ||||  |||||||||    
14552743 gaactttcaaggaatgatgaacgtgaatgacagccaaattggtttgcaatacatgggtaaagccagctactataat 14552668  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University