View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF4086_high_1 (Length: 989)

Name: NF4086_high_1
Description: NF4086
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF4086_high_1
NF4086_high_1
[»] chr3 (1 HSPs)
chr3 (19-982)||(53693654-53694625)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 881; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 881; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 19 - 982
Target Start/End: Original strand, 53693654 - 53694625
Alignment:
Q  19 ctctgacctgtgaaggaataatccatacagattagaaatttcaaaacatggaaaaccatgataacaatgacaaaatatataggttggtcaggaaccaaaa 118  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  53693654 ctctgacctgtgaaggaataatccatacagattagaaatttcaaaacatggaaaaccatgataacaatgacaaaatatataggttggtcaggaaccaaaa 53693753  T
Q  119 ctgtattatgatactgatgattctttgagcaaacaagatgatgaagctcaaaccaactccaatctaacagaatgccatgtaccaccaaaagcactccatg 218  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  53693754 ctgtattatgatactgatgattctttgagcaaacaagatgatgaagctcaaaccaactccaatctaacagaatgccatgtaccaccaaaagcactccatg 53693853  T
Q  219 ttcagtaaccatgagtggtggaatgtttcagttatagtccaatgtttcaacatgttctctatcatcaaagc-aaacatagatgtagaggattcaaagcaa 317  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  53693854 ttcagtaaccatgagtggtggaatgtttcagttatagtccaatgtttcaacatgttctctatcatcaaagcaaaacatagatgtagaggattcaaagcaa 53693953  T
Q  318 cactaaagtgtttcctccttcaca-----atgcaatgcaatcaattaatcctgttacaagaactctcatagaaggagagtgtttaacagagtcggataaa 412  Q
    ||||||||||||||||||||||||     |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  53693954 cactaaagtgtttcctccttcacaacttgatgcaatgcaatcaattaatcctgttacaagaactctcatagaaggagagtgtttaacagagtcggataaa 53694053  T
Q  413 tcaagcttaagttgggacttaggtaaacccagcaaaaatttgaggttatatgtaacctcccctatagta--ttgaggtttatttgctatgtaaatgagtt 510  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||    
T  53694054 tcaagcttaagttgggacttaggtaaatccagcaaaaatttgaggttatatgtaacctcccctatagtattttgaggtttatttgctatgtaaatgagtt 53694153  T
Q  511 atgaatggttttcaaatggttaactaagtggagggaaagtttaagagatcatgttggataataatctaaaaatcttgtcatttgaggccatatgagagga 610  Q
    |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  53694154 atgaatggttttcaaatggttaactaggtggagggaaagtttaagagatcatgttggataataatctaaaaatcttgtcatttgaggccatatgagagga 53694253  T
Q  611 cgaaaaggacaatagggagaaatgtgaatttgataattatgtcttgtttaaatccatctctttttatatcaagactgagctatatgatgtaacaaacaat 710  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  53694254 cgaaaaggacaatagggagaaatgtgaatttgataattatgtcttgtttaaatccatctctttttatttcaagactgagctatatgatgtaacaaacaat 53694353  T
Q  711 acatctctttttattccttnnnnnnnnnnnncacatctaattttattttaagagcaaaccatatcaattacttggccaaattcaacaatcgctataaaaa 810  Q
    |||||||||||||||||||            |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  53694354 acatctctttttattccttaaaaaataaaaacacatctaattttattttaagagcaaaccatatcaattacttggccaaattcaacaatcgctataaaaa 53694453  T
Q  811 taaataattaaatatgtaaatggtctttgcaaatataacaaacttaggttttggtccatacaattacaaattctttcaatttgacgtgcaaatattaatc 910  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  53694454 taaataattaaatatgtaaatggtctttgcaaatataacaaacttaggttttggtccatacaattacaaattctttcaatttgacgtgcaaatattaatc 53694553  T
Q  911 attatgaatttgtccttgatctcatttttccattgatgtggtgcactttaacttatttggtagtgatgatgt 982  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  53694554 attatgaatttgtccttgatctcatttttccactgatgtggtgcactttaacttatttggtagtgatgatgt 53694625  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University