View Alignment
This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.
| Legend |
| | Query |
| | Query hiting target |
| Query hiting target's complemental strand |
| | Query's complemental strand hiting target |
| Query's complemental strand hiting target's complemental strand |
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Alignment Overview
Query: NF4086_high_2 (Length: 627)
Name: NF4086_high_2
Description: NF4086
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)
| [»] NF4086_high_2 |
 | |
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Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 594; Significance: 0; HSPs: 3)
Name: chr4
Description:
Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 594; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 18 - 619
Target Start/End: Original strand, 3907051 - 3907652
Alignment:
| Q |
18 |
attacatgagtagaggaagcctagcatcattccttcatggtaagctctaacttagttgttcttgtatttgagtttttatattcacacaatcatgcatcgt |
117 |
Q |
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| T |
3907051 |
attacatgagtagaggaagcctagcatcattccttcatggtaagctctaacttagttgttcttgtatttgagtttttatattcacacaatcatgcatcgt |
3907150 |
T |
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| Q |
118 |
tgtttatttgtattatcattattctgatttgcaaaagtcggaacatggactgtccattcttgattaatgtgcgattagaagtcattgctaagcatgaact |
217 |
Q |
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| T |
3907151 |
tgtttatttgtattatcattattctgatttgcaaaagtcggaacatggactgtccattcttgattaatgtgcgattagaagtcattgctaagcatgaact |
3907250 |
T |
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| Q |
218 |
aagtagttccggtattcacaccgtgctcatgctttgatttagtattatataattacgggcttaatttaacaaagttggatcatcggctatccaatcttga |
317 |
Q |
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| T |
3907251 |
aagtagttccggtattcacacagtgctcatgctttgatttagtattatatcattacgggcttaatttaacaaagttggatcatcggctatccaatcttga |
3907350 |
T |
|
| Q |
318 |
ttcaatggttcatatcacataattgtgtttgacacgtgatgttccggattcacacaattacatatagtcattgttaagtaccgaactgatggatcaagat |
417 |
Q |
| |
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| T |
3907351 |
ttcaatggttcatatcacataattgtgtttgacacgtgatgttccggattcacacaattacatatagtcattgttaagtaccgaactgatggatcaagat |
3907450 |
T |
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| Q |
418 |
tagaaggcatatgtttccactatgtattatcattacagacttgatttaccaaagttggaacttgaatttatctaatcatgatttaacggtccatgtatta |
517 |
Q |
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| T |
3907451 |
tagaaggcatatgtttccactatgtattatcattacagacttgatttaccaaagttggaacttgaatttatctaatcatgatttaacggtccatgtatta |
3907550 |
T |
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| Q |
518 |
tcatgtaattggtttaatgtgtgatttctcgactgcaaataacttggaactttgaaattagaatgcatagctagtcttattagttaacaaatatttcatc |
617 |
Q |
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| T |
3907551 |
tcatgtaattggtttaatgtgtgatttctcgactgcaaataacttggaactttgaaattagaatgcatagctagtcttattagttaacaaatatttcatc |
3907650 |
T |
|
| Q |
618 |
tc |
619 |
Q |
| |
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|| |
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| T |
3907651 |
tc |
3907652 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 199; E-Value: 1e-108
Query Start/End: Original strand, 242 - 545
Target Start/End: Original strand, 3923684 - 3923997
Alignment:
| Q |
242 |
gctcatgctttgatttagtattatataattacgggcttaatttaacaaagttggatcatcggctatccaatcttgattcaatggttcatatcacataatt |
341 |
Q |
| |
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| T |
3923684 |
gctcatgctttgatttagtattatatcattatgggtttgatttaacaaagttggatcatgggctatccaatcttgattcaatggttcagatcacaaaatt |
3923783 |
T |
|
| Q |
342 |
gtgtttgacacgtgatgttccgga----------ttcacacaattacatatagtcattgttaagtaccgaactgatggatcaagattagaaggcatatgt |
431 |
Q |
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||||||||| ||||||||||| | |||||||||||||| ||||| | || ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |
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|
| T |
3923784 |
gtgtttgacgtgtgatgttccgtaatgttccatattcacacaattacacatagttactgataagtaccgaactgatggatcaagagtagaaggcatatgt |
3923883 |
T |
|
| Q |
432 |
ttccactatgtattatcattacagacttgatttaccaaagttggaacttgaatttatctaatcatgatttaacggtccatgtattatcatgtaattggtt |
531 |
Q |
| |
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|| ||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
3923884 |
tttgactttgtatcatcattacagacttgatttaccaaagttggaacttgaatttatctaatcaagatttaacggtccatgtattatcatgtaattggtt |
3923983 |
T |
|
| Q |
532 |
taatgtgtgatttc |
545 |
Q |
| |
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|
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| T |
3923984 |
taatgtgtgatttc |
3923997 |
T |
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[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 48; E-Value: 4e-18
Query Start/End: Original strand, 83 - 134
Target Start/End: Original strand, 3923458 - 3923509
Alignment:
| Q |
83 |
atttgagtttttatattcacacaatcatgcatcgttgtttatttgtattatc |
134 |
Q |
| |
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||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
3923458 |
atttgagtttttatattcacacaatcacgcatcgttgtttatttgtattatc |
3923509 |
T |
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