View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF4087_low_4 (Length: 562)

Name: NF4087_low_4
Description: NF4087
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF4087_low_4
NF4087_low_4
[»] chr5 (3 HSPs)
chr5 (19-551)||(10239281-10239813)
chr5 (19-548)||(10230504-10231033)
chr5 (19-551)||(10254792-10255324)


Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 525; Significance: 0; HSPs: 3)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 525; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 19 - 551
Target Start/End: Complemental strand, 10239813 - 10239281
Alignment:
Q  19 tcctagacgaactccctccaacacaatgcaaagtcattaaaggcacacttccaccgtcacttaacggtgtttacataagaaacggaccaaaccctcagtt 118  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10239813 tccttgacgaactccctccaacacaatgcaaagtcattaaaggcacacttccaccgtcacttaacggtgtttacataagaaacggaccaaaccctcagtt 10239714  T
Q  119 ccttccacgtggaccttaccatctctttgacggtgacggcatgcttcatgctgttaaaatcacaaacggaaaagccacactatgtagccgttacgttcaa 218  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10239713 ccttccacgtggaccttaccatctctttgacggtgacggcatgcttcatgctgttaaaatcacaaacggaaaagccacactatgtagccgttacgttcaa 10239614  T
Q  219 acctataaatacaaaatcgaaaacgaagctggttaccaaattctcccaaacgtgttttctggtttcaactcgcttattggtttagcggcacgtggatccg 318  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10239613 acctataaatacaaaatcgaaaacgaagctggttaccaaattctcccaaacgtgttttctggtttcaactcgcttattggtttagcggcacgtggatccg 10239514  T
Q  319 tggctgtagcacgtgtgttaactggtcagtataatccaattaacggcattggattgatcaacacaagtttggctctgtttggcaaccgtctttttgcttt 418  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10239513 tggctgtagcacgtgtgttaactggtcagtataatccaattaacggcattggattgatcaacacaagtttggctctgtttggcaaccgtctttttgcttt 10239414  T
Q  419 aggagaatcagatcttccttatgaaatcaaagttacaccaaacggtgatatccaaacaatcggccgttatgattttaacggcaaactcttcatgaatatg 518  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10239413 aggagaatcagatcttccttatgaaatcaaagttacaccaaacggtgatatccaaacaataggccgttatgattttaacggcaaactcttcatgaatatg 10239314  T
Q  519 acggcgcatcctaaaattgactccgacacaggt 551  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10239313 acggcgcatcctaaaattgactccgacacaggt 10239281  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 342; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 19 - 548
Target Start/End: Complemental strand, 10231033 - 10230504
Alignment:
Q  19 tcctagacgaactccctccaacacaatgcaaagtcattaaaggcacacttccaccgtcacttaacggtgtttacataagaaacggaccaaaccctcagtt 118  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||   | |||| ||||| ||||| || ||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||| |||||    
T  10231033 tcctagacgaactccctccaacacaatgtgtaatcatcaaaggtacactcccgccgtcactttacggtgcttacataagaaacggaccaaacccacagtt 10230934  T
Q  119 ccttccacgtggaccttaccatctctttgacggtgacggcatgcttcatgctgttaaaatcacaaacggaaaagccacactatgtagccgttacgttcaa 218  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||| |||| ||||||| ||||||||||||||||||||||| ||  ||    
T  10230933 ccttccacgtggaccctaccatctctttgacggtgacggcatgcttcatgccattacaatctcaaacgggaaagccacactatgtagccgttatgtaaaa 10230834  T
Q  219 acctataaatacaaaatcgaaaacgaagctggttaccaaattctcccaaacgtgttttctggtttcaactcgcttattggtttagcggcacgtggatccg 318  Q
    ||||| || |||||||| |||||| |||||||| ||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  10230833 acctacaagtacaaaattgaaaacaaagctggtcaccaacttatcccaaacgtgttttctggtttcaactcgcttattgctttagcggcacgtggatccg 10230734  T
Q  319 tggctgtagcacgtgtgttaactggtcagtataatccaattaacggcattggattgatcaacacaagtttggctctgtttggcaaccgtctttttgcttt 418  Q
    ||| ||||||||| |||||||| ||||||||||| |||  |||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||    
T  10230733 tggttgtagcacgggtgttaaccggtcagtataacccatctaacggcattggattggtcaacacaagtttagctctgtttggtaaccgtctttttgcttt 10230634  T
Q  419 aggagaatcagatcttccttatgaaatcaaagttacaccaaacggtgatatccaaacaatcggccgttatgattttaacggcaaactcttcatgaatatg 518  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||||| | |||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||| |||| ||||    
T  10230633 aggagaatcagatcttccttatgaagtcaaactaacaccaaacggtgacatccaaacaatgggccgttatgatttcaacggcaaactcttgatgagtatg 10230534  T
Q  519 acggcgcatcctaaaattgactccgacaca 548  Q
    ||||||||||||||||| ||||| ||||||    
T  10230533 acggcgcatcctaaaatagactctgacaca 10230504  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 305; E-Value: 1e-171
Query Start/End: Original strand, 19 - 551
Target Start/End: Original strand, 10254792 - 10255324
Alignment:
Q  19 tcctagacgaactccctccaacacaatgcaaagtcattaaaggcacacttccaccgtcacttaacggtgtttacataagaaacggaccaaaccctcagtt 118  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  10254792 tccttgacgaactccctccaacacaatgcaaagtcattaaaggcacacttccaccgtcacttaacggtgtttacataagaaacggaccaaacccacagtt 10254891  T
Q  119 ccttccacgtggaccttaccatctctttgacggtgacggcatgcttcatgctgttaaaatcacaaacggaaaagccacactatgtagccgttacgttcaa 218  Q
    ||||||||||||||| ||||| ||||| |||||||| ||||||||||| ||  ||| |||| ||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||    
T  10254892 ccttccacgtggaccctaccacctcttcgacggtgatggcatgcttcacgccattacaatctcaaacggaaaagctacactctgtagccgttacgttcaa 10254991  T
Q  219 acctataaatacaaaatcgaaaacgaagctggttaccaaattctcccaaacgtgttttctggtttcaactcgcttattggtttagcggcacgtggatccg 318  Q
    || || ||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||  || |||||||| || |    
T  10254992 acttacaaatacaaaatcgaaaacgaagctggttaccaacttatcccaaacgtgttttctggtttcaactcgcttatagcttctgctgcacgtggctctg 10255091  T
Q  319 tggctgtagcacgtgtgttaactggtcagtataatccaattaacggcattggattgatcaacacaagtttggctctgtttggcaaccgtctttttgcttt 418  Q
    |  | | |||||||||  || |||| || || |||||   |||||||||||| ||   |||||||||||||||||||||||| |||   |||||||||||    
T  10255092 tcaccgcagcacgtgtcatatctggacaatacaatccttctaacggcattggtttagccaacacaagtttggctctgtttggtaacaaactttttgcttt 10255191  T
Q  419 aggagaatcagatcttccttatgaaatcaaagttacaccaaacggtgatatccaaacaatcggccgttatgattttaacggcaaactcttcatgaatatg 518  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||  |||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||| ||||| ||||    
T  10255192 aggagaatcagatcttccttatgaaatcaatcttacgccaaacggtgatatccaaacaattggccgttatgattttaacggtaaactctccatgagtatg 10255291  T
Q  519 acggcgcatcctaaaattgactccgacacaggt 551  Q
    || || ||||| |||||||||  ||||||||||    
T  10255292 actgcacatccgaaaattgacggcgacacaggt 10255324  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University