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This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.
| Legend |
| | Query |
| | Query hiting target |
| Query hiting target's complemental strand |
| | Query's complemental strand hiting target |
| Query's complemental strand hiting target's complemental strand |
|
Alignment Overview
Query: NF4089_low_3 (Length: 577)
Name: NF4089_low_3
Description: NF4089
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)
| [»] NF4089_low_3 |
 | |
|
Alignment Details
Target: chr8 (Bit Score: 501; Significance: 0; HSPs: 9)
Name: chr8
Description:
Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 501; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 562
Target Start/End: Complemental strand, 689375 - 688804
Alignment:
| Q |
1 |
actagctctagttgaaaatgaatttgactcgtcgagtcgacatattagacattggatttggagcgatggtagcttctatgaagttacgcatacatcaacg |
100 |
Q |
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| T |
689375 |
actagctctagttgaaaatgaatttgacccgtcgagtcgacatattagaaattggatttggagcgatggtagcttcttcgaagttacgcatacatcaacg |
689276 |
T |
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| Q |
101 |
aaaca----------gataactatactaaaatcagctttcaaattcaaaccatcaattacgccacatgttttgtctccatggagattattattgtactaa |
190 |
Q |
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|
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| T |
689275 |
aaacgaaacgaaactgataactatactaaaatcggctttcaaattcaaaccatcaattatgccacatgttttgtctccatggagattattattgtactaa |
689176 |
T |
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| Q |
191 |
tactaatgtggtatattacatcatgtaacgttgattcatccacacaaatatcatccttgttgttataaacatatcctcctagtcaccaataattttgtca |
290 |
Q |
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| T |
689175 |
tactaatgtggtatattacatcatgtaacgttgattcatccacacaaatatcatcattgttgttataaacatatcctcctagtcaccaataattttgtca |
689076 |
T |
|
| Q |
291 |
tgagaacgtaacgtaggtagcagtcactatccacctaacctaaagaggctggcttatgtcacaaaaactgttgtgcgctagttatgaaaaagttagaaaa |
390 |
Q |
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| T |
689075 |
tgagaacgtaacgtaggtagcagtcactatccacctaacctaaagaggctggcttatgtcacaaaaactgttgtacgctagttatgaaaaagttagaaaa |
688976 |
T |
|
| Q |
391 |
atgaaatactaattgttagttaccttaaaataaggcgttggtagccgatgaatccttggttatgcaaattgtccgtagtgattttggcaagtgttccttc |
490 |
Q |
| |
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| T |
688975 |
atgaaatactaattgttagttaccttaaaataaggcgttggtagccgatgaatccttggttatgcaaattgtccgtagtgattttggcaagtgttccttc |
688876 |
T |
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| Q |
491 |
gtatctacccgttactaagaacactttgaatcctttctctatcaacgttttaaacaatcttagtaccacagg |
562 |
Q |
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| T |
688875 |
gtatctacccgttactaagaacactttgaatcctttctctatcaacgttttaaacaatcttagtaccacagg |
688804 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 497; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 562
Target Start/End: Complemental strand, 220220 - 219649
Alignment:
| Q |
1 |
actagctctagttgaaaatgaatttgactcgtcgagtcgacatattagacattggatttggagcgatggtagcttctatgaagttacgcatacatcaacg |
100 |
Q |
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| T |
220220 |
actagctctagttgaaaatgaatttgacccgtcgagtcgacatattagaaattggatttggagcgatggtagcttcttcgaagttacgcatacatcaacg |
220121 |
T |
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| Q |
101 |
aaaca----------gataactatactaaaatcagctttcaaattcaaaccatcaattacgccacatgttttgtctccatggagattattattgtactaa |
190 |
Q |
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|
| T |
220120 |
aaacgaaacgaaactgataactatactaaaatcggctttcaaattcaaaccatcaattatgccacatgttttgtctccatggagattattattgtactaa |
220021 |
T |
|
| Q |
191 |
tactaatgtggtatattacatcatgtaacgttgattcatccacacaaatatcatccttgttgttataaacatatcctcctagtcaccaataattttgtca |
290 |
Q |
| |
|
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|
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| T |
220020 |
tactaatgtggtatattacatcatgtaacgttgattcatccacacaaatatcatcattgttgttataaacatatcctcctagtcaccaataattttgtca |
219921 |
T |
|
| Q |
291 |
tgagaacgtaacgtaggtagcagtcactatccacctaacctaaagaggctggcttatgtcacaaaaactgttgtgcgctagttatgaaaaagttagaaaa |
390 |
Q |
| |
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|
|
| T |
219920 |
tgagaacgtaacgtaggtagcagtcactatccacctaacctaaagaggctggcttatgtcacaaaaactgttgtacgctagttatgaaaaagttagaaaa |
219821 |
T |
|
| Q |
391 |
atgaaatactaattgttagttaccttaaaataaggcgttggtagccgatgaatccttggttatgcaaattgtccgtagtgattttggcaagtgttccttc |
490 |
Q |
| |
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|
|
| T |
219820 |
atgaaatactaattgttagttaccttaaaataaggcgttggtagccgatgaatccttggttgtgcaaattgtccgtagtgattttggcaagtgttccttc |
219721 |
T |
|
| Q |
491 |
gtatctacccgttactaagaacactttgaatcctttctctatcaacgttttaaacaatcttagtaccacagg |
562 |
Q |
| |
|
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|
|
| T |
219720 |
gtatctacccgttactaagaacactttgaatcctttctctatcaacgttttaaacaatcttagtaccacagg |
219649 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 497; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 562
Target Start/End: Complemental strand, 733843 - 733272
Alignment:
| Q |
1 |
actagctctagttgaaaatgaatttgactcgtcgagtcgacatattagacattggatttggagcgatggtagcttctatgaagttacgcatacatcaacg |
100 |
Q |
| |
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|||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
733843 |
actagctctagttgaaaatgaatttgacccgtcgagtcgacatattagaaattggatttggagcgatggtagcttcttcgaagttacgcatacatcaacg |
733744 |
T |
|
| Q |
101 |
aaaca----------gataactatactaaaatcagctttcaaattcaaaccatcaattacgccacatgttttgtctccatggagattattattgtactaa |
190 |
Q |
| |
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|||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
733743 |
aaacgaaacgaaactgataactatactaaaatcggctttcaaattcaaaccatcaattatgccacatgttttgtctccatggagattattattgtactaa |
733644 |
T |
|
| Q |
191 |
tactaatgtggtatattacatcatgtaacgttgattcatccacacaaatatcatccttgttgttataaacatatcctcctagtcaccaataattttgtca |
290 |
Q |
| |
|
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|
|
| T |
733643 |
tactaatgtggtatattacatcatgtaacgttgattcatccacacaaatatcatcattgttgttataaacatatcctcctagtcaccaataattttgtca |
733544 |
T |
|
| Q |
291 |
tgagaacgtaacgtaggtagcagtcactatccacctaacctaaagaggctggcttatgtcacaaaaactgttgtgcgctagttatgaaaaagttagaaaa |
390 |
Q |
| |
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|
|
| T |
733543 |
tgagaacgtaacgtaggtagcagtcactatccacctaacctaaagaggctggcttatgtcacaaaaactgttgtacgctagttatgaaaaagttagaaaa |
733444 |
T |
|
| Q |
391 |
atgaaatactaattgttagttaccttaaaataaggcgttggtagccgatgaatccttggttatgcaaattgtccgtagtgattttggcaagtgttccttc |
490 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
733443 |
atgaaatactaattgttagttaccttaaaataaggcgttggtagccgatgaatccttggttgtgcaaattgtccgtagtgattttggcaagtgttccttc |
733344 |
T |
|
| Q |
491 |
gtatctacccgttactaagaacactttgaatcctttctctatcaacgttttaaacaatcttagtaccacagg |
562 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
733343 |
gtatctacccgttactaagaacactttgaatcctttctctatcaacgttttaaacaatcttagtaccacagg |
733272 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 497; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 562
Target Start/End: Complemental strand, 857739 - 857168
Alignment:
| Q |
1 |
actagctctagttgaaaatgaatttgactcgtcgagtcgacatattagacattggatttggagcgatggtagcttctatgaagttacgcatacatcaacg |
100 |
Q |
| |
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|
|
| T |
857739 |
actagctctagttgaaaatgaatttgacccgtcgagtcgacatattagaaattggatttggagcgatggtagcttcttcgaagttacgcatacatcaacg |
857640 |
T |
|
| Q |
101 |
aaaca----------gataactatactaaaatcagctttcaaattcaaaccatcaattacgccacatgttttgtctccatggagattattattgtactaa |
190 |
Q |
| |
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|||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
857639 |
aaacgaaacgaaactgataactatactaaaatcggctttcaaattcaaaccatcaattatgccacatgttttgtctccatggagattattattgtactaa |
857540 |
T |
|
| Q |
191 |
tactaatgtggtatattacatcatgtaacgttgattcatccacacaaatatcatccttgttgttataaacatatcctcctagtcaccaataattttgtca |
290 |
Q |
| |
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|
| T |
857539 |
tactaatgtggtatattacatcatgtaacgttgattcatccacacaaatatcatcattgttgttataaacatatcctcctagtcaccaataattttgtca |
857440 |
T |
|
| Q |
291 |
tgagaacgtaacgtaggtagcagtcactatccacctaacctaaagaggctggcttatgtcacaaaaactgttgtgcgctagttatgaaaaagttagaaaa |
390 |
Q |
| |
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| T |
857439 |
tgagaacgtaacgtaggtagcagtcactatccacctaacctaaagaggctggcttatgtcacaaaaactgttgtacgctagttatgaaaaagttagaaaa |
857340 |
T |
|
| Q |
391 |
atgaaatactaattgttagttaccttaaaataaggcgttggtagccgatgaatccttggttatgcaaattgtccgtagtgattttggcaagtgttccttc |
490 |
Q |
| |
|
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|
|
| T |
857339 |
atgaaatactaattgttagttaccttaaaataaggcgttggtagccgatgaatccttggttgtgcaaattgtccgtagtgattttggcaagtgttccttc |
857240 |
T |
|
| Q |
491 |
gtatctacccgttactaagaacactttgaatcctttctctatcaacgttttaaacaatcttagtaccacagg |
562 |
Q |
| |
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|
|
| T |
857239 |
gtatctacccgttactaagaacactttgaatcctttctctatcaacgttttaaacaatcttagtaccacagg |
857168 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 468; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 562
Target Start/End: Complemental strand, 216004 - 215440
Alignment:
| Q |
1 |
actagctctagttgaaaatgaatttgactcgtcgagtcgacatattagacattggatttggagcgatggtagcttctatgaagttacgcatacatcaa-- |
98 |
Q |
| |
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|
|
| T |
216004 |
actagctttagttgaaaatgaatttgacctgtcgaatcgacatattagacattggaattagagcggcgatagcttctacgaagttacgtatacatcaatg |
215905 |
T |
|
| Q |
99 |
---cgaaacagataactatactaaaatcagctttcaaattcaaaccatcaattacgccacatgttttgtctccatggagattattattgtactaatacta |
195 |
Q |
| |
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|
|
| T |
215904 |
aaacgaaacaaataactatactaaaactggctttcaaattcaaaccatcaattacgccacatgtt--gtctccatggagattattattgtactaatacta |
215807 |
T |
|
| Q |
196 |
atgtggtatattacatcatgtaacgttgattcatccacacaaatatcatccttgttgttataaacatatcctcctagtcaccaataattttgtcatgaga |
295 |
Q |
| |
|
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|
|
| T |
215806 |
atgtggtatattacatcatgtaacgttgattcatccacacaaatatcatcattgttgttataaacatatcctcctagtcaccaataattttgtcatgaga |
215707 |
T |
|
| Q |
296 |
acgtaacgtaggtagcagtcactatccacctaacctaaagaggctggcttatgtcacaaaaactgttgtgcgctagttatgaaaaagttagaaaaatgaa |
395 |
Q |
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|
|
| T |
215706 |
acgtaacgtaggtagcagtcactatccacctaacctaaagaggctggcttatgtcacaaaaactgttgtacgctagttatgaaaaagttagaaaaatgaa |
215607 |
T |
|
| Q |
396 |
atactaattgttagttaccttaaaataaggcgttggtagccgatgaatccttggttatgcaaattgtccgtagtgattttggcaagtgttccttcgtatc |
495 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
215606 |
atactaattgttagttaccttaaaataaggcgttggtagccgatgaatccttggttatgcaaattgtccgtagtgattttggcaagtgttccttcgtatc |
215507 |
T |
|
| Q |
496 |
tacccgttactaagaacactttgaatcctttctctatcaacgttttaaacaatcttagtaccacagg |
562 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
215506 |
tacccgttactaagaacactttgaatcctttctctatcaacgttttaaacaatcttagtaccacagg |
215440 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 468; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 562
Target Start/End: Complemental strand, 692564 - 692000
Alignment:
| Q |
1 |
actagctctagttgaaaatgaatttgactcgtcgagtcgacatattagacattggatttggagcgatggtagcttctatgaagttacgcatacatcaa-- |
98 |
Q |
| |
|
||||||| |||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||| || ||||| | ||||||||| ||||||||| ||||||||| |
|
|
| T |
692564 |
actagctatagttgaaaatgaatttgacctgtcgaatcgacatattagacattggaattagagcggcgatagcttctacgaagttacgtatacatcaatg |
692465 |
T |
|
| Q |
99 |
---cgaaacagataactatactaaaatcagctttcaaattcaaaccatcaattacgccacatgttttgtctccatggagattattattgtactaatacta |
195 |
Q |
| |
|
||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
692464 |
aaacgaaacaaataactatactaaaactggctttcaaattcaaaccatcaattacgccacatgtt--gtctccatggagattattattgtactaatacta |
692367 |
T |
|
| Q |
196 |
atgtggtatattacatcatgtaacgttgattcatccacacaaatatcatccttgttgttataaacatatcctcctagtcaccaataattttgtcatgaga |
295 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
692366 |
atgtggtatattacatcatgtaacgttgattcatccacacaaatatcatcattgttgttataaacatatcctcctagtcaccaataattttgtcatgaga |
692267 |
T |
|
| Q |
296 |
acgtaacgtaggtagcagtcactatccacctaacctaaagaggctggcttatgtcacaaaaactgttgtgcgctagttatgaaaaagttagaaaaatgaa |
395 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
692266 |
acgtaacgtaggtagcagtcactatccacctaacctaaagaggctggcttatgtcacaaaaactgttgtacgctagttatgaaaaagttagaaaaatgaa |
692167 |
T |
|
| Q |
396 |
atactaattgttagttaccttaaaataaggcgttggtagccgatgaatccttggttatgcaaattgtccgtagtgattttggcaagtgttccttcgtatc |
495 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
692166 |
atactaattgttagttaccttaaaataaggcgttggtagccgatgaatccttggttatgcaaattgtccgtagtgattttggcaagtgttccttcgtatc |
692067 |
T |
|
| Q |
496 |
tacccgttactaagaacactttgaatcctttctctatcaacgttttaaacaatcttagtaccacagg |
562 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
692066 |
tacccgttactaagaacactttgaatcctttctctatcaacgttttaaacaatcttagtaccacagg |
692000 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr8; HSP #7
Raw Score: 468; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 562
Target Start/End: Complemental strand, 696773 - 696209
Alignment:
| Q |
1 |
actagctctagttgaaaatgaatttgactcgtcgagtcgacatattagacattggatttggagcgatggtagcttctatgaagttacgcatacatcaa-- |
98 |
Q |
| |
|
||||||| |||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||| || ||||| | ||||||||| ||||||||| ||||||||| |
|
|
| T |
696773 |
actagctttagttgaaaatgaatttgacctgtcgaatcgacatattagacattggaattagagcggcgatagcttctacgaagttacgtatacatcaatg |
696674 |
T |
|
| Q |
99 |
---cgaaacagataactatactaaaatcagctttcaaattcaaaccatcaattacgccacatgttttgtctccatggagattattattgtactaatacta |
195 |
Q |
| |
|
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|
|
| T |
696673 |
aaacgaaacaaataactatactaaaactggctttcaaattcaaaccatcaattacgccacatgtt--gtctccatggagattattattgtactaatacta |
696576 |
T |
|
| Q |
196 |
atgtggtatattacatcatgtaacgttgattcatccacacaaatatcatccttgttgttataaacatatcctcctagtcaccaataattttgtcatgaga |
295 |
Q |
| |
|
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|
|
| T |
696575 |
atgtggtatattacatcatgtaacgttgattcatccacacaaatatcatcattgttgttataaacatatcctcctagtcaccaataattttgtcatgaga |
696476 |
T |
|
| Q |
296 |
acgtaacgtaggtagcagtcactatccacctaacctaaagaggctggcttatgtcacaaaaactgttgtgcgctagttatgaaaaagttagaaaaatgaa |
395 |
Q |
| |
|
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|
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| T |
696475 |
acgtaacgtaggtagcagtcactatccacctaacctaaagaggctggcttatgtcacaaaaactgttgtacgctagttatgaaaaagttagaaaaatgaa |
696376 |
T |
|
| Q |
396 |
atactaattgttagttaccttaaaataaggcgttggtagccgatgaatccttggttatgcaaattgtccgtagtgattttggcaagtgttccttcgtatc |
495 |
Q |
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|
| T |
696375 |
atactaattgttagttaccttaaaataaggcgttggtagccgatgaatccttggttatgcaaattgtccgtagtgattttggcaagtgttccttcgtatc |
696276 |
T |
|
| Q |
496 |
tacccgttactaagaacactttgaatcctttctctatcaacgttttaaacaatcttagtaccacagg |
562 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
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| T |
696275 |
tacccgttactaagaacactttgaatcctttctctatcaacgttttaaacaatcttagtaccacagg |
696209 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr8; HSP #8
Raw Score: 468; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 562
Target Start/End: Complemental strand, 729627 - 729063
Alignment:
| Q |
1 |
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Target: chr8; HSP #9
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Target Start/End: Complemental strand, 853522 - 852958
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