View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF4091_high_2 (Length: 606)

Name: NF4091_high_2
Description: NF4091
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF4091_high_2
NF4091_high_2
[»] chr8 (7 HSPs)
chr8 (14-589)||(38299510-38300085)
chr8 (248-589)||(38305663-38306004)
chr8 (289-589)||(38313023-38313326)
chr8 (234-589)||(38320475-38320830)
chr8 (236-589)||(38316379-38316735)
chr8 (263-589)||(38325251-38325580)
chr8 (237-589)||(38308385-38308732)
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (236-589)||(38850610-38850966)


Alignment Details
Target: chr8 (Bit Score: 548; Significance: 0; HSPs: 7)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 548; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 14 - 589
Target Start/End: Original strand, 38299510 - 38300085
Alignment:
Q  14 aagaaaatatggaatccgattgcgcggtagatttactggactctgataacgagacaatggagcaaaagatatcacggttagtaaaaacttgtgcatccat 113  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38299510 aagaaaatatggaatccgattgcgaggtagatttactggactctgatgacgagacaatggagcaaaaggaatcacggttagtaaaaacttgtgcatccat 38299609  T
Q  114 gatcctttcatctgattattcctttcgtcattgcgagtacgactcaatgaagaacatcatggagtggttatgtcaagatattgttttgcctcctcctgac 213  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  38299610 gatcctttcatctgattattcctttcgtcattgcgagtacgactcaatgaagaacatcatggaatggttaagtcaagatattgttttgcctcctcctgac 38299709  T
Q  214 gttgtcgagctttattttgaggatttgtacactgaagagaaactcaatattaaacaacagctggctactattcctaataggatatctttaacttttgatc 313  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38299710 gttgtcgagctttattttgaggatttgtacactgaagagaaactcaatattaaacaacagctggctactattcctaataggatatctttaacttttgatc 38299809  T
Q  314 tgtgggaatctaacactgctgagacttatatctgtttgaccgctcattttgttgacgcggattggaagttaaatagtaaggttcttaatttctgtcttgt 413  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38299810 tgtgggaatctaacactgctgagacttatatctgtttgaccgctcattttgttgacgcggattggaagttaaatagtaaggttcttaatttctgtcttgt 38299909  T
Q  414 tttacccactgtatctgagatgtgtgagagaatggttgagttcttgaatgattggggaatagaggaaaagattttctctctcactttagaagattcattt 513  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38299910 tttacccactgtatctgagatgtgtgagagaatggttgagttcttgaatgattggggaatagaggaaaagattttctctctcactttagaagattcattt 38300009  T
Q  514 aagaataaaattttgcaagaaaaatttcaaaatcaacttgttttgcataatgggttgttatgtgatggggagttct 589  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  38300010 aagaataaaattttgcaagaaaaatttcaaaatcaacttgttttgcataatgggttgttatgtgacggggagttct 38300085  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 198; E-Value: 1e-107
Query Start/End: Original strand, 248 - 589
Target Start/End: Original strand, 38305663 - 38306004
Alignment:
Q  248 aagagaaactcaatattaaacaacagctggctactattcctaataggatatctttaacttttgatctgtgggaatctaacactgctgagacttatatctg 347  Q
    |||||||||| ||  |||||||| |  ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38305663 aagagaaactgaagcttaaacaagaattggctaccattcctaataggatatctttaacttttgatttgtgggaatctaacactgctgagacttatatctg 38305762  T
Q  348 tttgaccgctcattttgttgacgcggattggaagttaaatagtaaggttcttaatttctgtcttgttttacccactgtatctgagatgtgtgagagaatg 447  Q
    |||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||| ||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||    
T  38305763 tttgactgcgcattttgttgacgcggattggaagttaaatagtaaggttctcaacttctgtgttgttttacccactgtagccgagatgtgtgagagaatg 38305862  T
Q  448 gttgagttcttgaatgattggggaatagaggaaaagattttctctctcactttagaagattcatttaagaataaaattttgcaagaaaaatttcaaaatc 547  Q
    |||||||| |||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||| || ||||||||| | || |||||||||||| | ||  ||  ||    
T  38305863 gttgagtttttgagtgattggggaatagagaaaaagattttctctctcaatttagaggactcatttaaggacaacattttgcaagaacagttgaaatctc 38305962  T
Q  548 aacttgttttgcataatgggttgttatgtgatggggagttct 589  Q
    | |||| |||| | ||||| |||||||||||||| |||||||    
T  38305963 atcttggtttggaaaatggtttgttatgtgatggagagttct 38306004  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 168; E-Value: 1e-89
Query Start/End: Original strand, 289 - 589
Target Start/End: Original strand, 38313023 - 38313326
Alignment:
Q  289 aataggatatctttaacttttgatctgtgggaatctaacactgctgagacttatatctgtttgaccgctcattttgttgacgcggattggaagttaaata 388  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||| ||||||||||||| |||||||| |||||||| ||||| ||| |||||||||||||||    
T  38313023 aataggatatctttaacttttgatttgtgggaatctaatactactgagacttatatttgtttgactgctcatttcgttgatgcgaattggaagttaaata 38313122  T
Q  389 gtaaggttcttaatttctgtcttgttttaccc----actgtatctgagatgtgtgagagaatggttgagttcttgaatgattggggaatagaggaaaaga 484  Q
    |||| ||||| || ||||||||||||| ||||    |||| | |||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||| ||||||    
T  38313123 gtaaagttctcaacttctgtcttgttt-accctcctactggagctgagatgtgtgagagaatggttgagtttttgagtgattggggaatagagaaaaaga 38313221  T
Q  485 ttttctctctcactttagaagattcatttaagaataaaattttgcaagaaaaatttcaaaatcaacttgttttgcataatgggttgttatgtgatgggga 584  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||| | ||||| | |||||||||||| ||||  |||||||||||  |||||| |||||||||||||||||||| ||    
T  38313222 ttttctctctcactttagatgattcatctgagaatgacattttgcaagaacaattaaaaaatcaactttgtttgcaaaatgggttgttatgtgatggaga 38313321  T
Q  585 gttct 589  Q
    |||||    
T  38313322 gttct 38313326  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 168; E-Value: 1e-89
Query Start/End: Original strand, 234 - 589
Target Start/End: Original strand, 38320475 - 38320830
Alignment:
Q  234 ggatttgtacactgaagagaaactcaatattaaacaacagctggctactattcctaataggatatctttaacttttgatctgtgggaatctaacactgct 333  Q
    ||||||||||||  ||| |||||||||  |||||||  |  ||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||   |||| |     
T  38320475 ggatttgtacacgaaagcgaaactcaagcttaaacaggatttggctaccattcctaataggatatctttaactgttgatctgtgggaatcatgcactacc 38320574  T
Q  334 gagacttatatctgtttgaccgctcattttgttgacgcggattggaagttaaatagtaaggttcttaatttctgtcttgttttacccactgtatctgaga 433  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||| ||||||| ||||| ||||||||||| |  ||||||  ||||   ||||||| | ||||||    
T  38320575 gagacttatatttgtttgaccgctcattttgctgacgcgaattggaaattaaagagtaaggttctcaccttctgtactgttgatcccactggagctgaga 38320674  T
Q  434 tgtgtgagagaatggttgagttcttgaatgattggggaatagaggaaaagattttctctctcactttagaagattcatttaagaataaaattttgcaaga 533  Q
    |||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||| ||||||| | ||||| | |||||||||||    
T  38320675 tgtgtgagagaatggttgagtttttgagtgattggggaatagagaaaaagatcttctctctcactttagatgattcatctgagaatgacattttgcaaga 38320774  T
Q  534 aaaatttcaaaatcaacttgttttgcataatgggttgttatgtgatggggagttct 589  Q
    |  |||  ||| |||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  38320775 actattgaaaactcaacttggtttgcaaaatgggttgttatgtgatggggagttct 38320830  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 149; E-Value: 2e-78
Query Start/End: Original strand, 236 - 589
Target Start/End: Original strand, 38316379 - 38316735
Alignment:
Q  236 atttgtacactgaagagaaactcaatattaaacaacagctggctactattcctaataggatatctttaacttttgatctgtgggaatctaacactgctga 335  Q
    ||||||||||  |||||||||| ||  |||||||| |  ||||||  |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||  ||||    
T  38316379 atttgtacacgaaagagaaactaaagcttaaacaagaattggctagcattcctaataggatatctttaacttttgatttgtgggaatctaacaccactga 38316478  T
Q  336 gacttatatctgtttgaccgctcattttgttgacgcggattggaagttaaatagtaaggttcttaatttctgtcttgttttaccc----actgtatctga 431  Q
    ||||||||| |||||||| |||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||| || ||  |||||| |||||||    | || | | ||    
T  38316479 gacttatatttgtttgacagctcattttgttgacgcgaattggaagttgaatagtaaggttctcaactttcgtcttg-tttaccctcctattgcagcgga 38316577  T
Q  432 gatgtgtgagagaatggttgagttcttgaatgattggggaatagaggaaaagattttctctctcactttagaagattcatttaagaataaaattttgcaa 531  Q
    ||| |  ||||||||| |||| || ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||  || ||| |    
T  38316578 gatttcggagagaatgattgaattgttgaatgattggggaatagagaaaaagattttctctctcactttagatgattcatttgagaataatgttatgcta 38316677  T
Q  532 gaaaaatttcaaaatcaacttgttttgcataatgggttgttatgtgatggggagttct 589  Q
    ||| ||||  |||||||||||  |||||  |||||||||||||||||||| |||||||    
T  38316678 gaacaattgaaaaatcaactttgtttgcgaaatgggttgttatgtgatggagagttct 38316735  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 112; E-Value: 3e-56
Query Start/End: Original strand, 263 - 589
Target Start/End: Original strand, 38325251 - 38325580
Alignment:
Q  263 ttaaacaacagctggctactattcctaataggatatctttaacttttgatctgtgggaatctaacactgctgagacttatatctgtttgaccgctcattt 362  Q
    ||||||||||  ||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||  |||| ||  | |||| || ||| |||||||||||||    
T  38325251 ttaaacaacaattggctaccattcctaatagggtatctttaacttttgatttgtgggaatcttgcactactatgccttacatttgtctgaccgctcattt 38325350  T
Q  363 tgttgacgcggattggaagttaaatagtaaggttcttaatttctgtcttgttttacc---cactgtatctgagatgtgtgagagaatggttgagttcttg 459  Q
    |||||||||| |||||||| |||||||||||||||| |||||||||  ||| |  ||   |||||    |||||||||||| |||||| |||| || |||    
T  38325351 tgttgacgcgaattggaaggtaaatagtaaggttctcaatttctgtagtgtctaccctgacactggtggtgagatgtgtgaaagaatgattgaattgttg 38325450  T
Q  460 aatgattggggaatagaggaaaagattttctctctcactttagaagattcatttaagaataaaattttgcaagaaaaatttcaaaatcaacttgttttgc 559  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||| ||||| |||||||| |||||| |  |||||||  || | |||||| ||||  ||  ||| |||| |||||    
T  38325451 aatgattggggaatagagaaaaagattttttctcttactttagatgattcagtcgagaataatgttctacaagaacaattgaaatctcatcttggtttgc 38325550  T
Q  560 ataatgggttgttatgtgatggggagttct 589  Q
    | ||||||||||| |||||||| |||||||    
T  38325551 aaaatgggttgttgtgtgatggagagttct 38325580  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #7
Raw Score: 97; E-Value: 2e-47
Query Start/End: Original strand, 237 - 589
Target Start/End: Original strand, 38308385 - 38308732
Alignment:
Q  237 tttgtacactgaagagaaactcaatattaaacaacagctggctactattcctaataggatatctttaacttttgatctgtgggaatctaacactgctgag 336  Q
    ||||||||| ||||||||||  ||  | |||||||| |||||||| |||||| ||| |||||||||||| |||||  |||||||||||   ||| |||      
T  38308385 tttgtacacggaagagaaacataagctcaaacaacaactggctaccattccttataagatatctttaacctttgagttgtgggaatcttgtactactggc 38308484  T
Q  337 acttatatctgtttgaccgctcattttgttgacgcggattggaagttaaatagtaaggttcttaatttctgtcttgtttt---acccactgtatctgaga 433  Q
    |||||||| |||||  ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| || | |||||||||||||||||    || |||| | |  | |    
T  38308485 acttatatttgtttatccgctcattttgttggcgcggattggaagttaaatagtaagcttttcaatttctgtcttgttttccctcctactggagcctata 38308584  T
Q  434 tgtgtgagagaatggttgagttcttgaatgattggggaatagaggaaaagattttctctctcactttagaagattcatttaagaataaaattttgcaaga 533  Q
    |||||||||||||||        ||||||||||||||| ||||| |||||||||| ||  | |||||||| ||||||||| |||||||  || ||||| |    
T  38308585 tgtgtgagagaatgg--------ttgaatgattggggagtagagaaaaagattttttcatttactttagatgattcatttgagaataatgttctgcaaca 38308676  T
Q  534 aaaatttcaaaatcaacttgttttgcataatgggttgttatgtgatggggagttct 589  Q
    | ||||  | | |||||||| |||| | |||||||||||||||||||| |||||||    
T  38308677 acaattgaagactcaacttggtttggaaaatgggttgttatgtgatggagagttct 38308732  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 159; Significance: 2e-84; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 159; E-Value: 2e-84
Query Start/End: Original strand, 236 - 589
Target Start/End: Complemental strand, 38850966 - 38850610
Alignment:
Q  236 atttgtacactgaagagaaactcaatattaaacaacagctggctactattcctaataggatatctttaacttttgatctgtgggaatctaacactgctga 335  Q
    ||||||||||  |||||||||  ||  ||||||||||  |  |||| ||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||| ||||    
T  38850966 atttgtacacgaaagagaaacctaagcttaaacaacaattaactaccattcctaataggatatctttatcttttgatttgtgggaatctaacactactga 38850867  T
Q  336 gacttatatctgtttgaccgctcattttgttgacgcggattggaagttaaatagtaaggttcttaatttctgtcttgttt---tacccactgtatctgag 432  Q
    ||||||||| |||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| | |||||| |||||||||     || |||      |||    
T  38850866 gacttatatttgtttgactgctcattttgttgacgcgaattggaagttaaatagtaaggttatcaatttccgtcttgtttatcctcctactagtggggag 38850767  T
Q  433 atgtgtgagagaatggttgagttcttgaatgattggggaatagaggaaaagattttctctctcactttagaagattcatttaagaataaaattttgcaag 532  Q
    || |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| | || ||||||| | ||||| | ||||||||||    
T  38850766 atttgtgagagaatggttgagttgttgaatgattggggaatagagaaaaagattttctctctcactattgatgattcatctgagaatgagattttgcaag 38850667  T
Q  533 aaaaatttcaaaatcaacttgttttgcataatgggttgttatgtgatggggagttct 589  Q
    || ||||  ||| ||||||||||||||| ||||| |||||||||||||| |||||||    
T  38850666 aacaattgaaaactcaacttgttttgcaaaatggtttgttatgtgatggagagttct 38850610  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University