View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF4091_high_8 (Length: 438)

Name: NF4091_high_8
Description: NF4091
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF4091_high_8
NF4091_high_8
[»] chr6 (1 HSPs)
chr6 (19-401)||(4915809-4916191)
[»] chr8 (5 HSPs)
chr8 (19-418)||(2947269-2947668)
chr8 (19-418)||(3011746-3012148)
chr8 (32-418)||(2930622-2931008)
chr8 (19-414)||(37796130-37796522)
chr8 (32-414)||(2921248-2921631)
[»] chr3 (1 HSPs)
chr3 (19-418)||(1506061-1506460)
[»] chr2 (1 HSPs)
chr2 (32-414)||(28025125-28025507)


Alignment Details
Target: chr6 (Bit Score: 371; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 371; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 19 - 401
Target Start/End: Original strand, 4915809 - 4916191
Alignment:
Q  19 taggtatccagttggatctgtattgaatggttcagaatggcaagttgcatcacagattagtgatatacctttcattgatcatgattatttcggtgaggaa 118  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4915809 taggtctccagttggatctgtattgaatggttcagaatggcaagttgcatcacagattagtgatatacctttcattgatcatgattatttcggtgaggaa 4915908  T
Q  119 atatataattacaaagtggagctcaagttgttaggagtgatagttgacttcaatggaaattaccaagttgtcacagagcatttaaaactgccctcaaatt 218  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  4915909 atatataattacaaagtggagctcaagttgttaggagtgatagttgacttcaatggaaattaccaagttgtcatagagcatttaaaactgccctcaaatt 4916008  T
Q  219 tggcttctttgacggctgaggctattcttttgataatggaatgcatcaaacattcaaatgtccctattgaagtcttaaatttactaaggggaacaagttt 318  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  4916009 tggcttctttgacggctgaggctattcttttgataatggaatgcatcaaacattcaaatgtccctattgaagtcttaaatttgctaaggggaacaagttt 4916108  T
Q  319 cttgaagacaaacatcggtttcaaaacgccaagtgaatgtttcttgtatgatccagtgtggggctgcattttggaagtattca 401  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4916109 cttgaagacaaacatcggtttcaaaacgccaagtgaatgtttcttgtatgatccagtgtggggctgcattttggaagtattca 4916191  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 188; Significance: 1e-102; HSPs: 5)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 188; E-Value: 1e-102
Query Start/End: Original strand, 19 - 418
Target Start/End: Complemental strand, 2947668 - 2947269
Alignment:
Q  19 taggtatccagttggatctgtattgaatggttcagaatggcaagttgcatcacagattagtgatatacctttcattgatcatgattatttcggtgaggaa 118  Q
    ||||| ||| || |||||||||||||||| ||| | |||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||| || || |||||  |||||||||    
T  2947668 taggtctcctgtgggatctgtattgaatgattccggatggcaagttgcatcacaaattagtgatataccattcattggtcgtgtttattgtggtgaggaa 2947569  T
Q  119 atatataattacaaagtggagctcaagttgttaggagtgatagttgacttcaatggaaattaccaagttgtcacagagcatttaaaactgccctcaaatt 218  Q
    |||||||| ||||||| |||||| |||||| | |||||||||||||| || | |||||||||||||||||| ||| | |||||||||   ||||||||||    
T  2947568 atatataactacaaagaggagcttaagttgctgggagtgatagttgatttaagtggaaattaccaagttgttacacaacatttaaaatcaccctcaaatt 2947469  T
Q  219 tggcttctttgacggctgaggctattcttttgataatggaatgcatcaaacattcaaatgtccctattgaagtcttaaatttactaaggggaacaagttt 318  Q
    | || |||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||| | || |||||||||||||||||||||||||   ||| | ||||||| |     
T  2947468 tagcctctttgacagctgaggctgttcttttgataatggaatgcatcaaatactcgaatgtccctattgaagtcttaaattcgataaagagaacaaggtg 2947369  T
Q  319 cttgaagacaaacatcggtttcaaaacgccaagtgaatgtttcttgtatgatccagtgtggggctgcattttggaagtattcaatggtcttcctgttatt 418  Q
    ||| ||||||||||| ||||||||| | ||| ||||||||||||||||  ||| ||||||||| ||||||||||| |||||||||||| ||||| |||||    
T  2947368 ctttaagacaaacatgggtttcaaagcaccatgtgaatgtttcttgtacaatcaagtgtggggatgcattttggaggtattcaatggtattcctattatt 2947269  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 181; E-Value: 1e-97
Query Start/End: Original strand, 19 - 418
Target Start/End: Original strand, 3011746 - 3012148
Alignment:
Q  19 taggtatccagttggatctgtattgaatggttcagaatggcaagttg---catcacagattagtgatatacctttcattgatcatgattatttcggtgag 115  Q
    ||||| ||| || ||||| |||||||||| ||| | |||||||||||   ||||||| ||||||||||| |||||||||||||||| |||||| ||||||    
T  3011746 taggtctcctgtgggatcggtattgaatgattccggatggcaagttgtatcatcacaaattagtgatattcctttcattgatcatgcttattttggtgag 3011845  T
Q  116 gaaatatataattacaaagtggagctcaagttgttaggagtgatagttgacttcaatggaaattaccaagttgtcacagagcatttaaaactgccctcaa 215  Q
    |||||||||||||||||||  |||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||  |||||||||||||  | |||||    
T  3011846 gaaatatataattacaaagaagagctcaagttgctaggagtgatagttgacttgaatggaaattaccaagttgtcattgagcatttaaaaccactctcaa 3011945  T
Q  216 atttggcttctttgacggctgaggctattcttttgataatggaatgcatcaaacattcaaatgtccctattgaagtcttaaatttactaaggggaacaag 315  Q
    ||||||| |||||||| ||||||||| |||||||||||||||| ||||||| ||| |  |||| |||   | || |||| ||||   |||  |||||| |    
T  3011946 atttggcctctttgacagctgaggctgttcttttgataatggagtgcatcagacacttgaatgcccccgataaactcttgaattctttaaatggaacagg 3012045  T
Q  316 tttcttgaagacaaacatcggtttcaaaacgccaagtgaatgtttcttgtatgatccagtgtggggctgcattttggaagtattcaatggtcttcctgtt 415  Q
     | ||||||||| ||||| |||||||| || |||  ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||    
T  3012046 ctgcttgaagaccaacatgggtttcaagacaccagctgaatgtttcttgtacgatccagtgtggggctgcattttggaggtattcaatggtctccctgtt 3012145  T
Q  416 att 418  Q
    |||    
T  3012146 att 3012148  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 171; E-Value: 1e-91
Query Start/End: Original strand, 32 - 418
Target Start/End: Complemental strand, 2931008 - 2930622
Alignment:
Q  32 ggatctgtattgaatggttcagaatggcaagttgcatcacagattagtgatatacctttcattgatcatgattatttcggtgaggaaatatataattaca 131  Q
    ||||| ||||||||||  |||| |||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||| || |||||| |||||  |||||||||||||||    
T  2931008 ggatcggtattgaatgactcaggatggcaagttgcatcacaaattagtgatatccctttcattgatcgtgcttattttggtgaacaaatatataattaca 2930909  T
Q  132 aagtggagctcaagttgttaggagtgatagttgacttcaatggaaattaccaagttgtcacagagcatttaaaactgccctcaaatttggcttctttgac 231  Q
    ||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||| | ||||||||||||||| ||||  |||||||| ||   ||| |||||||||||||| |||||    
T  2930908 aagaggagctcaagttgctaggagtgatagttgacttaactggaaattaccaagtcgtcattgagcatttgaagtcgccttcaaatttggcttcattgac 2930809  T
Q  232 ggctgaggctattcttttgataatggaatgcatcaaacattcaaatgtccctattgaagtcttaaatttactaaggggaacaagtttcttgaagacaaac 331  Q
     ||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||| |  |||| |||   | || |||| ||||   |||| |||||| | | ||||||||| |||    
T  2930808 cgctgaggctgttcttttgataatggaatgcatcagacacttgaatgcccccgataaactcttgaattcgttaagtggaacaggctgcttgaagaccaac 2930709  T
Q  332 atcggtttcaaaacgccaagtgaatgtttcttgtatgatccagtgtggggctgcattttggaagtattcaatggtcttcctgttatt 418  Q
    |  ||||||||||| |||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||| || |||||||||||||    
T  2930708 acgggtttcaaaacaccagctgaatgtttcttgtatgatccagtgtggggctgcattctggaggtattcattgatcttcctgttatt 2930622  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 115; E-Value: 3e-58
Query Start/End: Original strand, 19 - 414
Target Start/End: Complemental strand, 37796522 - 37796130
Alignment:
Q  19 taggtatccagttggatctgtattgaatggttcagaatggcaagttgcatcacagattagtgatatacctttcattgatcatgattatttcggtgaggaa 118  Q
    ||||| ||| ||||||||||| ||||||| ||| | |||| |||| |||||||| |||||| |||| ||||| |||||||| | ||| || |||||||||    
T  37796522 taggtctcctgttggatctgttttgaatgattccggatggaaagtagcatcacaaattagtaatatcccttttattgatcaagcttactttggtgaggaa 37796423  T
Q  119 atatataattacaaagtggagctcaagttgttaggagtgatagttgacttcaatggaaattaccaagttgtcacagagcatttaaaactgccctcaaatt 218  Q
    |||||||  ||||||| |||||| |||||||| |||||| |||||| ||| ||| ||||||||||| |||| |   |||| |||  |   ||||||||||    
T  37796422 atatatagctacaaagaggagctgaagttgttgggagtggtagttggctttaatagaaattaccaaattgttatcaagcacttatca---ccctcaaatt 37796326  T
Q  219 tggcttctttgacggctgaggctattcttttgataatggaatgcatcaaacattcaaatgtccctattgaagtcttaaatttactaaggggaacaagttt 318  Q
    |||| |||||||| ||||||||| |||||||||||||| |||||||||||   |   ||| ||||| | || |||||| || | | |  |||||||| |     
T  37796325 tggcctctttgacagctgaggctgttcttttgataatgcaatgcatcaaattcttggatgaccctagtaaaatcttaagttcattgaaaggaacaagatg 37796226  T
Q  319 cttgaagacaaacatcggtttcaaaacgccaagtgaatgtttcttgtatgatccag-tgtggggctgcattttggaagtattcaatggtcttcctgt 414  Q
    ||||||||||||||| || |||||||  ||||||||||||||||||||||| ||||  |||||||||||||||||| ||||||||||  ||||||||    
T  37796225 cttgaagacaaacatgggcttcaaaataccaagtgaatgtttcttgtatga-ccagacgtggggctgcattttggatgtattcaatgcccttcctgt 37796130  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 76; E-Value: 5e-35
Query Start/End: Original strand, 32 - 414
Target Start/End: Complemental strand, 2921631 - 2921248
Alignment:
Q  32 ggatctgtattgaatggttcagaatggcaagttgcatcacagattagtgatatacctttcattgatcatgattatttcggtgaggaaatatataattaca 131  Q
    |||||||||||||||| ||| | ||||||||||||||| || |||||| |||| ||||| || |||||   |||||  ||||| ||||| ||||||||||    
T  2921631 ggatctgtattgaatgattccggatggcaagttgcatcccaaattagtaatatcccttttatcgatcaatcttattatggtgaagaaatttataattaca 2921532  T
Q  132 aagtggagctcaagttgttaggagtgatagttgacttcaatggaaattaccaagttg-tcacagagcatttaaaactgccctcaaatttggcttctttga 230  Q
    ||| ||||||||||||| ||||||||||||||| |||   ||||||||||||| ||| | |  ||||||||||||     |||||||||||| |||||||    
T  2921531 aagaggagctcaagttgctaggagtgatagttggcttatctggaaattaccaaattgtttatcgagcatttaaaatcatgctcaaatttggcctctttga 2921432  T
Q  231 cggctgaggctattcttttgataatggaatgcatcaaacattcaaatgtccctattgaagtcttaaatttactaaggggaacaagtttcttgaagacaaa 330  Q
    | || |||||| ||||||||||| || | ||||||  |   |  ||||  |||| | || | |||| || ||| |  |||||| | | ||||||||||||    
T  2921431 cagccgaggctgttcttttgatattgcagtgcatccgattattgaatgcacctagtaaactgttaagttcactgaatggaacatgctgcttgaagacaaa 2921332  T
Q  331 catcggtttcaaaacgccaagtgaatgtttcttgtatgatccagtgtggggctgcattttggaagtattcaatggtcttcctgt 414  Q
     || |||||| |||  ||||||||||||| | ||||||| |  | |||||| ||||||||| | ||||||||||  ||||||||    
T  2921331 tatgggtttccaaataccaagtgaatgttacctgtatgaccaggagtggggatgcattttgtatgtattcaatgaccttcctgt 2921248  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 136; Significance: 9e-71; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 136; E-Value: 9e-71
Query Start/End: Original strand, 19 - 418
Target Start/End: Original strand, 1506061 - 1506460
Alignment:
Q  19 taggtatccagttggatctgtattgaatggttcagaatggcaagttgcatcacagattagtgatatacctttcattgatcatgattatttcggtgaggaa 118  Q
    ||||| ||| || ||||||||| |||||| |||    |||||||||||||||||||||||| |||| ||| |||||||| |||||||||  |||||||||    
T  1506061 taggtctcctgtgggatctgtactgaatgattctagctggcaagttgcatcacagattagtaatatccctatcattgataatgattattatggtgaggaa 1506160  T
Q  119 atatataattacaaagtggagctcaagttgttaggagtgatagttgacttcaatggaaattaccaagttgtcacagagcatttaaaactgccctcaaatt 218  Q
    ||| |||||||||||| ||||||||||||| | |||||||||| |||||| | || |||||||||||||||||  || ||||||||    || ||||  |    
T  1506161 atacataattacaaagaggagctcaagttgctgggagtgatagctgacttaagtgaaaattaccaagttgtcattgaacatttaaagtcaccatcaagat 1506260  T
Q  219 tggcttctttgacggctgaggctattcttttgataatggaatgcatcaaacattcaaatgtccctattgaagtcttaaatttactaaggggaacaagttt 318  Q
    || | | |||||||| ||| ||| |||||||||||||||||||||||||| | || |||  ||||||| || |||||| ||  |||| | ||||    |     
T  1506261 tgtcctgtttgacggttgaagctgttcttttgataatggaatgcatcaaatactcgaattcccctattaaactcttaagttcgctaaagagaacggactg 1506360  T
Q  319 cttgaagacaaacatcggtttcaaaacgccaagtgaatgtttcttgtatgatccagtgtggggctgcattttggaagtattcaatggtcttcctgttatt 418  Q
     |||  ||||||||| ||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || || ||| |||||||||||||||||    
T  1506361 tttgtggacaaacatgggtttcaaaacaccaggtgaatgtttcttgtatgatccagtgtggggctgcattttagaggtgttcgatggtcttcctgttatt 1506460  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 123; Significance: 5e-63; HSPs: 1)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 123; E-Value: 5e-63
Query Start/End: Original strand, 32 - 414
Target Start/End: Complemental strand, 28025507 - 28025125
Alignment:
Q  32 ggatctgtattgaatggttcagaatggcaagttgcatcacagattagtgatatacctttcattgatcatgattatttcggtgaggaaatatataattaca 131  Q
    ||||| |||||| ||| ||| | ||||||||| ||||| ||||||||  |||| ||||| || |||||   |||||| || |||||||||||| | ||||    
T  28025507 ggatcagtattgcatgattccggatggcaagtcgcatctcagattagcaatatcccttttatcgatcaatcttattttggcgaggaaatatatgactaca 28025408  T
Q  132 aagtggagctcaagttgttaggagtgatagttgacttcaatggaaattaccaagttgtcacagagcatttaaaactgccctcaaatttggcttctttgac 231  Q
    ||| |||||| |||||||| ||||||||||||| | | | ||||||||||||| |||| |  ||||||||||||   |||||| ||||||| ||||||||    
T  28025407 aagaggagctgaagttgttgggagtgatagttggcataagtggaaattaccaaattgttatcgagcatttaaaatcaccctcatatttggcctctttgac 28025308  T
Q  232 ggctgaggctattcttttgataatggaatgcatcaaacattca--aatgtccctattgaagtcttaaatttactaaggggaacaagtttcttgaagacaa 329  Q
     ||||||||| ||||| || | ||| ||||||||||  |||||   ||| ||||| ||||||||||| || | | | ||||||||| | |||||||||||    
T  28025307 cgctgaggctgttcttctgctgatgaaatgcatcaa--attcatggatgaccctagtgaagtcttaagttcattgaagggaacaagctgcttgaagacaa 28025210  T
Q  330 acatcggtttcaaaacgccaagtgaatgtttcttgtatgatccagtgtggggctgcattttggaagtattcaatggtcttcctgt 414  Q
    |||| ||||||||||  ||||||||||||||||||||||| |  ||||||||||||||||| || ||||||||||| ||||||||    
T  28025209 acatgggtttcaaaataccaagtgaatgtttcttgtatgaccaggtgtggggctgcatttttgatgtattcaatggccttcctgt 28025125  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University