View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF4091_low_8 (Length: 459)

Name: NF4091_low_8
Description: NF4091
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF4091_low_8
NF4091_low_8
[»] chr7 (2 HSPs)
chr7 (1-433)||(33777163-33777595)
chr7 (25-371)||(33774587-33774936)
[»] chr8 (7 HSPs)
chr8 (23-414)||(10657465-10657853)
chr8 (23-397)||(10707384-10707755)
chr8 (30-334)||(10693595-10693896)
chr8 (31-412)||(10633883-10634273)
chr8 (30-350)||(10698182-10698499)
chr8 (30-348)||(10690249-10690564)
chr8 (320-413)||(10693909-10694002)
[»] chr2 (2 HSPs)
chr2 (25-348)||(15240269-15240592)
chr2 (42-334)||(15246621-15246906)


Alignment Details
Target: chr7 (Bit Score: 413; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 413; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 433
Target Start/End: Complemental strand, 33777595 - 33777163
Alignment:
1 gtgtctgttcatgagaagtagcacataacaaatgaaccatgttgtgtatatgataatgtatgaacatactccccaattgtttgggaggaacatcaacacc 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||    
33777595 gtgtctgttcatgagaagtagcacataacaaatgaaccatgctgtgtatatgataatgtatgaacatactccccaattgtttggaaggaacattaacacc 33777496  T
101 aaataaactattgaaagtgaaccaaacacttccatgagtgtatcaattcttgttgtggtaaacttaatcttaatccaaaagaccaaacaatatagtagaa 200  Q
    ||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
33777495 aaagaaactattgaaagtgaaccaaacacttctatgagtgtatcaattcttgttgtggtaaacttaatcttaatccaaaagaccaaacaatatagtagaa 33777396  T
201 agctagcaatagagacaaacattgtctttggatggacatgaaatgcagtgggattatctggataactaatttgaaggaaaccaatgagtacaaagaaaat 300  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
33777395 agctagcaatagagacaaacattgtctttggatggacatgaaatgcagtgggattatctggataactaatttgaaggaaaccaatgagtacaaagaaaat 33777296  T
301 gaaggccataaggccatgaaaaggattggtttctacacccatgatgttataaacattaacaacactcacaatattgattgtcacttcatgaccttgatta 400  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
33777295 gaaggccataaggccatgaaaaggattggtttctacacccatgatgttataaacattaacaacactcacaatattgattgtcacttcatgaccttgatta 33777196  T
401 aaactggatcttggtctcataacactagccatg 433  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||    
33777195 aaactggatcttggtctcataacactagccatg 33777163  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 232; E-Value: 1e-128
Query Start/End: Original strand, 25 - 371
Target Start/End: Complemental strand, 33774936 - 33774587
Alignment:
25 ataacaaatgaaccatgttgtgtatatgataatgtatgaacatactccccaattgtttgggaggaacatc----aacaccaaataaactattgaaagtga 120  Q
    |||||||||||||||| | ||||||||||||||||||    ||| |  ||||||||||||||||||||||    ||||||||| ||||||||||||||||    
33774936 ataacaaatgaaccatatcgtgtatatgataatgtatcctgataatgtccaattgtttgggaggaacatcgatcaacaccaaagaaactattgaaagtga 33774837  T
121 accaaacacttccatgagtgtatcaattcttgttgtggtaaacttaatcttaatccaaaagaccaaacaatatagtagaaa-gctagcaatagagacaaa 219  Q
     |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||| |||||||| |||||||||||||| ||||||||||| ||||||    
33774836 gccaaacacttccatgagtgtatcaattcttgtcgtggtaaacttaatattaatccagaagaccaagcaatatagtagaaaagctagcaatagtgacaaa 33774737  T
220 cattgtctttggatggacatgaaatgcagtgggattatctggataactaatttgaaggaaaccaatgagtacaaagaaaatgaaggccataaggccatga 319  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |  ||||||||||||||||||||||||||    
33774736 cattgtctttggatggacatgaaatgcagtgggattatctggataactaatttgaaggaaaccaatgagtcc--agaaaatgaaggccataaggccatga 33774639  T
320 aaaggattggtttctacacccatgatgttataaacattaacaacactcacaa 371  Q
    ||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||| ||||    
33774638 aaatgattggtttctactcccatgatgttataaacattaactacactaacaa 33774587  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 202; Significance: 1e-110; HSPs: 7)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 202; E-Value: 1e-110
Query Start/End: Original strand, 23 - 414
Target Start/End: Original strand, 10657465 - 10657853
Alignment:
23 acataacaaatgaaccatgttgtgtatatgataatgtatgaacatactccccaattgtttgggaggaacatcaacaccaaataaactattgaaagtgaac 122  Q
    |||| |||||||||||||  |||||| ||| ||||||||  | ||| |||||| |||||||||| |||||||||||||||| ||| ||||||||||||||    
10657465 acatgacaaatgaaccataatgtgtaaatggtaatgtatccaaataatccccatttgtttgggatgaacatcaacaccaaagaaattattgaaagtgaac 10657564  T
123 caaacacttccatgagtgtatcaattcttgttgtggtaaacttaatcttaatccaaaagaccaaacaatatagtagaaagctagcaatagagacaaacat 222  Q
    ||||| |||||||||| ||||||| |||| | |    |||||||| ||||||||||||| | || |||||||||||||||||||| | |||||  | |||    
10657565 caaacgcttccatgagggtatcaagtcttatagc---aaacttaagcttaatccaaaaggcaaagcaatatagtagaaagctagctacagagagtagcat 10657661  T
223 tgtctttggatggacatgaaatgcagtgggattatctggataactaatttgaaggaaaccaatgagtacaaagaaaatgaaggccataaggccatgaaaa 322  Q
    ||||||||||||| | ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||| |||||||||||| | |    
10657662 tgtctttggatgggcttgaaatgcagtgggattatttggataactaatttgaaggaaaccaatgaggacaaagaaaaggaaggtcataaggccatggaga 10657761  T
323 ggattggtttctacacccatgatgttataaacattaacaacactcacaatattgattgtcacttcatgaccttgattaaaactggatcttgg 414  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||  ||| ||| || ||||| |||||||||||||||||| ||||||||||    
10657762 ggattggtttctactcccatgatgttataaacattaacaacactggcaacatttatggtcacctcatgaccttgattaaaagtggatcttgg 10657853  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 173; E-Value: 7e-93
Query Start/End: Original strand, 23 - 397
Target Start/End: Original strand, 10707384 - 10707755
Alignment:
23 acataacaaatgaaccatgttgtgtatatgataatgtatgaacatactccccaattgtttgggaggaacatcaacaccaaataaactattgaaagtgaac 122  Q
    |||| ||||||||||||| |||| |||||||||| ||||  |  |  | ||||||| | ||| | |||||||||||||||| ||||||||||||| ||||    
10707384 acatgacaaatgaaccatattgtatatatgataaagtatccaagtgtttcccaattttctggaaagaacatcaacaccaaagaaactattgaaagggaac 10707483  T
123 caaacacttccatgagtgtatcaattcttgttgtggtaaacttaatcttaatccaaaagaccaaacaatatagtagaaagctagcaatagagacaaacat 222  Q
    |||||||||||||||| |||||||  |||||||    |||| ||| ||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||| |||||  | |||    
10707484 caaacacttccatgagggtatcaacccttgttgc---aaacataagcttaatccaaaaggcaaaacaatatagtagaaagctagcaacagagattatcat 10707580  T
223 tgtctttggatggacatgaaatgcagtgggattatctggataactaatttgaaggaaaccaatgagtacaaagaaaatgaaggccataaggccatgaaaa 322  Q
    ||| ||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||| | |    
10707581 tgtttttggatggatttgaaatgcagtgggattatctggataagtaatttggaggaaagcaaggagtacaaagaaaatgaaggccataaggctatgtaga 10707680  T
323 ggattggtttctacacccatgatgttataaacattaacaacactcacaatattgattgtcacttcatgaccttga 397  Q
    || ||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||| |||| ||| || ||||||||||||| ||||    
10707681 gggttggtttctactcccatgatgttgtaaacattaacaacacttacaacatttatggtcacttcatgactttga 10707755  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 143; E-Value: 6e-75
Query Start/End: Original strand, 30 - 334
Target Start/End: Original strand, 10693595 - 10693896
Alignment:
30 aaatgaaccatgttgtgtatatgataatgtatgaacatactccccaattgtttgggaggaacatcaacaccaaataaactattgaaagtgaaccaaacac 129  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||||||  ||||| ||||||||||| ||||| |||||||| ||||||| ||||||||||||| |||||||||||    
10693595 aaatgaaccatattgtgtatatgataatgtatccacatattccccaattgtgtgggaagaacatcatcaccaaagaaactattgaaagggaaccaaacac 10693694  T
130 ttccatgagtgtatcaattcttgttgtggtaaacttaatcttaatccaaaagaccaaacaatatagtagaaagctagcaatagagacaaacattgtcttt 229  Q
    ||||||||  |||||||  || ||||    |||||| | ||||||||||||| | ||  |||||| |||||||||||||| |||||  | ||||||||||    
10693695 ttccatgaaggtatcaaccctagttgc---aaacttgagcttaatccaaaaggcaaaggaatatattagaaagctagcaacagagagtatcattgtcttt 10693791  T
230 ggatggacatgaaatgcagtgggattatctggataactaatttgaaggaaaccaatgagtacaaagaaaatgaaggccataaggccatgaaaaggattgg 329  Q
    |||||||  ||||||||| |||| |||||||||||||| ||||| |||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||| | ||||| ||||||||    
10693792 ggatggatttgaaatgcactgggtttatctggataactgatttggaggaaaccaaggagtacaaagaaagtgaaggccataagacaatgaagaggattgg 10693891  T
330 tttct 334  Q
    |||||    
10693892 tttct 10693896  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 130; E-Value: 3e-67
Query Start/End: Original strand, 31 - 412
Target Start/End: Original strand, 10633883 - 10634273
Alignment:
31 aatgaaccatgttgtgtatatgataatgtatgaacatactccccaattgtttgggaggaacatcaacaccaaataaactattgaaagtgaaccaaacact 130  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||||  |  |||||||||| | || || | |||||||| ||||||| ||| |||||| || |||||||||| |    
10633883 aatgaaccatgttgtgtatatgacaatgtatccaactactccccaacttttaggaaagaacatcatcaccaaagaaattattgagagcgaaccaaacatt 10633982  T
131 tccatgagtgtatcaatt----cttg--------ttgtggtaaacttaatcttaatccaaaagaccaaacaatatagtagaaagctagcaatagagacaa 218  Q
    |  | |||||||||||||    |||         | || | |||||||||||||||||||||| |||| |||||||||| ||| ||||| ||||||||||    
10633983 tgaaggagtgtatcaattttcccttcaaaaaccctagtagcaaacttaatcttaatccaaaaggccaagcaatatagtaaaaaactagccatagagacaa 10634082  T
219 acattgtctttggatggacatgaaatgcagtgggattatctggataactaatttgaaggaaaccaatgagtacaaagaaaatgaaggccataaggccatg 318  Q
    ||||||||||||||||||| | ||| |  || ||||| |||||||| | |||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||    
10634083 acattgtctttggatggacttcaaacgaggttggattttctggatatcgaatttggaggaaaccaatgagtacaaaaaaaatgaaggccataaggacatg 10634182  T
319 aaaaggattggtttctacacccatgatgttataaacattaacaacactcacaatattgattgtcacttcatgaccttgattaaaactggatctt 412  Q
    |||||||||| ||||||| ||| || ||| || |||||||||||| |   | ||||||||||||||||||  ||||||||||||||| ||||||    
10634183 aaaaggattgttttctactcccttggtgtcatgaacattaacaactc---ctatattgattgtcacttcagaaccttgattaaaacttgatctt 10634273  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 119; E-Value: 1e-60
Query Start/End: Original strand, 30 - 350
Target Start/End: Original strand, 10698182 - 10698499
Alignment:
30 aaatgaaccatgttgtgtatatgataatgtatgaacatactccccaattgtttgggaggaacatcaacaccaaataaactattgaaagtgaaccaaacac 129  Q
    |||||||||||  |||||||||  ||||||||  | ||| ||| ||||| | ||| | |||||||||||||||| ||| ||||||||| |||||||||||    
10698182 aaatgaaccataatgtgtatattgtaatgtatccaaatagtccacaattttctggaaagaacatcaacaccaaagaaattattgaaagggaaccaaacac 10698281  T
130 ttccatgagtgtatcaattcttgttgtggtaaacttaatcttaatccaaaagaccaaacaatatagtagaaagctagcaatagagacaaacattgtcttt 229  Q
    ||||||||| |||||||  ||||||||   |||||||| ||||||||||||| ||||||||||||| ||||| ||||||||||| || ||| || |||||    
10698282 ttccatgagggtatcaacccttgttgt---aaacttaagcttaatccaaaaggccaaacaatataggagaaaactagcaatagacactaacgttatcttt 10698378  T
230 ggatggacatgaaatgcagtgggattatctggataactaatttgaaggaaaccaatgagtacaaagaaaatgaaggccataaggccatgaaaaggattgg 329  Q
    |||||||  |||||||  || ||||| ||||| || |||||||| |||||||||| ||||||||||||||| ||||| | |||||||||   |||||| |    
10698379 ggatggatttgaaatggggtaggattttctgggtatctaatttggaggaaaccaaggagtacaaagaaaataaaggctacaaggccatgttgaggattag 10698478  T
330 tttctacacccatgatgttat 350  Q
    |||| |  |||||||||||||    
10698479 tttccattcccatgatgttat 10698499  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 117; E-Value: 2e-59
Query Start/End: Original strand, 30 - 348
Target Start/End: Original strand, 10690249 - 10690564
Alignment:
30 aaatgaaccatgttgtgtatatgataatgtatgaacatactccccaattgtttgggaggaacatcaacaccaaataaactattgaaagtgaaccaaacac 129  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||| |||  | ||| ||||||||| | |||||| ||||||||||||||  ||| || ||||||||||||||||||    
10690249 aaatgaaccatattgtgtatatgataatatatccaaataatccccaattttctgggagcaacatcaacaccaatgaaattaatgaaagtgaaccaaacac 10690348  T
130 ttccatgagtgtatcaattcttgttgtggtaaacttaatcttaatccaaaagaccaaacaatatagtagaaagctagcaatagagacaaacattgtcttt 229  Q
    |||||  |  |||||||  ||||| |    |||||||| |||||||   ||| |||| |||||||||||||||||||||||||| || ||| ||||||||    
10690349 ttccaacaaggtatcaacccttgtagc---aaacttaagcttaatcatgaaggccaagcaatatagtagaaagctagcaatagataccaacgttgtcttt 10690445  T
230 ggatggacatgaaatgcagtgggattatctggataactaatttgaaggaaaccaatgagtacaaagaaaatgaaggccataaggccatgaaaaggattgg 329  Q
    |||||||| ||||| |  || ||||| |||||||| |||| ||| |||||||||| ||||||||||||||||||||| | |||||||||   |||||| |    
10690446 ggatggacttgaaaaggggtaggattttctggatatctaacttggaggaaaccaaggagtacaaagaaaatgaaggctacaaggccatgttgaggattag 10690545  T
330 tttctacacccatgatgtt 348  Q
    ||||||| |||||||||||    
10690546 tttctactcccatgatgtt 10690564  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #7
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000004
Query Start/End: Original strand, 320 - 413
Target Start/End: Original strand, 10693909 - 10694002
Alignment:
320 aaaggattggtttctaca---cccatgatgttataaacattaacaacactcacaatattgattgtcacttcatgaccttgattaaaactggatcttg 413  Q
    |||||||||||||||||    ||||||||||||||||||||||||   ||||||| ||| || ||||||||||||| | |||||||| |||||||||    
10693909 aaaggattggtttctactactcccatgatgttataaacattaaca---ctcacaacatttatggtcacttcatgacttcgattaaaattggatcttg 10694002  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 132; Significance: 2e-68; HSPs: 2)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 132; E-Value: 2e-68
Query Start/End: Original strand, 25 - 348
Target Start/End: Complemental strand, 15240592 - 15240269
Alignment:
25 ataacaaatgaaccatgttgtgtatatgataatgtatgaacatactccccaattgtttgggaggaacatcaacaccaaataaactattgaaagtgaacca 124  Q
    |||| |||||||||||  |||||||||||||||||||  | ||| ||||||||||| ||||| ||||||||| |||||| ||| ||||||||| ||||||    
15240592 ataataaatgaaccataatgtgtatatgataatgtatccaaataatccccaattgtgtgggaagaacatcaaaaccaaagaaattattgaaagggaacca 15240493  T
125 aacacttccatgagtgtatcaattcttgttgtggtaaacttaatcttaatccaaaagaccaaacaatatagtagaaagctagcaatagagacaaacattg 224  Q
    |||||||||||||| |||||||| ||||||||   ||| ||||  |||| ||||||  | ||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
15240492 aacacttccatgagggtatcaatccttgttgtatcaaatttaagtttaacccaaaatgctaaagaatatagtagaaagctagcaatagagactaacattg 15240393  T
225 tctttggatggacatgaaatgcagtgggattatctggataactaatttgaaggaaaccaatgagtacaaagaaaatgaaggccataaggccatgaaaagg 324  Q
    ||||||||||||  |||||  | |||||||||||||||||||  ||||| || ||||| || || ||| | ||||||||||||| ||| ||||||| ||     
15240392 tctttggatggagttgaaagactgtgggattatctggataacagatttggagaaaacctataagcacataaaaaatgaaggccacaagaccatgaagaga 15240293  T
325 attggtttctacacccatgatgtt 348  Q
    ||||||| |||  |||||||||||    
15240292 attggttgctattcccatgatgtt 15240269  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 93; E-Value: 4e-45
Query Start/End: Original strand, 42 - 334
Target Start/End: Complemental strand, 15246906 - 15246621
Alignment:
42 ttgtgtatatgataatgtatgaacatactccccaattgtttgggaggaacatcaacaccaaataaactattgaaagtgaaccaaacacttccatgagtgt 141  Q
    ||||| ||||||||||||||  | ||| ||||||||| ||||||| |||||||||||||||| ||| ||||||||| ||||||||||||||| | || ||    
15246906 ttgtgcatatgataatgtatccagataatccccaattctttgggaagaacatcaacaccaaagaaattattgaaagcgaaccaaacacttccttaagggt 15246807  T
142 atcaattcttgttgtggtaaacttaatcttaatccaaaagaccaaacaatatagtagaaagctagcaatagagacaaacattgtctttggatggacatga 241  Q
    |||||  |   || ||| ||| ||||  |||| || |||  |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |   |||    
15246806 atcaagcc---ttctggcaaatttaagtttaaccctaaaagccaaacaatatagtagaaagctagcaatagagactaacattgtctttggattg--ttga 15246712  T
242 aatgcagtgggattatctggataactaatttgaaggaaaccaatgagtacaaagaaaatgaaggccataaggccatgaaaaggattggtttct 334  Q
    || |  ||||||||||||||||| |||||| |  |||||||  |||||||| | ||||  ||||||| | ||||||||| |||||||||||||    
15246711 aaggttgtgggattatctggatagctaattcg--ggaaacctctgagtacacaaaaaaataaggccacagggccatgaagaggattggtttct 15246621  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University