View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF4093_low_8 (Length: 383)

Name: NF4093_low_8
Description: NF4093
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF4093_low_8
NF4093_low_8
[»] chr7 (3 HSPs)
chr7 (16-375)||(39984569-39984928)
chr7 (40-375)||(8018299-8018634)
chr7 (40-347)||(8101614-8101921)
[»] chr2 (2 HSPs)
chr2 (23-375)||(17649203-17649544)
chr2 (23-375)||(17706569-17706911)
[»] chr4 (3 HSPs)
chr4 (41-374)||(23588620-23588953)
chr4 (41-369)||(23597477-23597805)
chr4 (206-347)||(54395536-54395677)


Alignment Details
Target: chr7 (Bit Score: 280; Significance: 1e-157; HSPs: 3)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 280; E-Value: 1e-157
Query Start/End: Original strand, 16 - 375
Target Start/End: Original strand, 39984569 - 39984928
Alignment:
Q  16 gcagcgcccatgtcaggacctgcaccaccttggtacatcttggcaatgatagggttgcagacactttccaattccttcatcttgtcctcaaactcatctg 115  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| | ||||||||||||||||||||||||||| |    
T  39984569 gcagcacccatgtcaggacctgcaccaccttggtacatcttggcaatgatagggttgcagacaccttcaagttccttcatcttgtcctcaaactcatcag 39984668  T
Q  116 cctctgcaagctggttagcatctagccactggatagcagcctcaatggtgtcctcaatcttcttcttgtcatcggaatcaagctttcctgcaatcttgtc 215  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||| |||||||||||||||||||| || ||    
T  39984669 cctctgcaagctggttggcatctagccactggatagcagcctcaatggtgtcctcgatcttctttttgtcatccgaatcaagctttcctgcaattttttc 39984768  T
Q  216 atccttaattgtgttcctcatgttgtatgcataattttccaatgcattcttggcctcgaccttcttcttaagttcttcatcctcggacttgtacttctct 315  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||| || |||||||||||||||    
T  39984769 atccttaatggtgttcctcatgttgtatgcatagttttccaatgcattcttggcctcgaccttcttcttatgctcttcatcttccgacttgtacttctct 39984868  T
Q  316 gcctcttgaaccatcttctcaatatcttccttagaaagtctacccttgtcattgatgatg 375  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||| |||||    
T  39984869 gcctcttgaaccatcttctcaatgtcttcctttgaaagtctacccttgtcattggtgatg 39984928  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 76; E-Value: 5e-35
Query Start/End: Original strand, 40 - 375
Target Start/End: Complemental strand, 8018634 - 8018299
Alignment:
Q  40 ccaccttggtacatcttggcaatgatagggttgcagacactttccaattccttcatcttgtcctcaaactcatctgcctctgcaagctggttagcatcta 139  Q
    |||||||| ||||||||||||||||| |||||||| |  || || | |||||||||||| || ||||||||||| |||||||| | |||||||   || |    
T  8018634 ccaccttgatacatcttggcaatgattgggttgcaaaggctctcaagttccttcatcttatcttcaaactcatcagcctctgccaactggttactgtcca 8018535  T
Q  140 gccactggatagcagcctcaatggtgtcctcaatcttcttcttgtcatcggaatcaagctttcctgcaatcttgtcatccttaattgtgttcctcatgtt 239  Q
     |||||| || ||||| ||||| |  || ||||||||||| ||||| || |    |||||||    ||||||| || || ||||||||||||||||||||    
T  8018534 accactgaattgcagcgtcaattgcatcatcaatcttctttttgtcctcaggtgaaagctttgaaccaatcttctcgtctttaattgtgttcctcatgtt 8018435  T
Q  240 gtatgcataattttccaatgcattcttggcctcgaccttcttcttaagttcttcatcctcggacttgtacttctctgcctcttgaaccatcttctcaata 339  Q
    ||| || || |||||||| |||||||| || || |||||||| ||  |||| || || || | |||||| || ||||| || | |||||||||||||||     
T  8018434 gtaagcgtagttttccaaagcattctttgcatcaaccttctttttgtgttcctcgtcttcagccttgtatttttctgcttcctcaaccatcttctcaatt 8018335  T
Q  340 tcttccttagaaagtctacccttgtcattgatgatg 375  Q
    ||||||||||| |  ||||| ||||||||| |||||    
T  8018334 tcttccttagacaacctacctttgtcattggtgatg 8018299  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 52; E-Value: 1e-20
Query Start/End: Original strand, 40 - 347
Target Start/End: Original strand, 8101614 - 8101921
Alignment:
Q  40 ccaccttggtacatcttggcaatgatagggttgcagacactttccaattccttcatcttgtcctcaaactcatctgcctctgcaagctggttagcatcta 139  Q
    ||||||||||||||||| |||||||| ||||| ||||   | || |  |||||||||||||| ||||||||||| || || ||||||||||| ||||| |    
T  8101614 ccaccttggtacatctttgcaatgattgggttacagattgtctcaagctccttcatcttgtcttcaaactcatcggcttcagcaagctggtttgcatcaa 8101713  T
Q  140 gccactggatagcagcctcaatggtgtcctcaatcttcttcttgtcatcggaatcaagctttcctgcaatcttgtcatccttaattgtgttcctcatgtt 239  Q
    |||| || || ||  ||||||| |  |||||||||| |||||||||  |      |||||||      ||||| || || ||||| ||||| ||||||||    
T  8101714 gccattgaatggctccctcaattgcatcctcaatctgcttcttgtctcctcctgaaagctttgaactgatcttctcgtctttaatggtgtttctcatgtt 8101813  T
Q  240 gtatgcataattttccaatgcattcttggcctcgaccttcttcttaagttcttcatcctcggacttgtacttctctgcctcttgaaccatcttctcaata 339  Q
    ||||||||| || ||||| |  ||||| ||||| |||||||||||  | || ||||| ||   |||||| |||||||| ||||| ||||||||||| ||     
T  8101814 gtatgcatagttctccaaggagttctttgcctcaaccttcttcttgtgctcctcatcttcactcttgtatttctctgcttcttggaccatcttctcgatt 8101913  T
Q  340 tcttcctt 347  Q
    ||||||||    
T  8101914 tcttcctt 8101921  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 172; Significance: 2e-92; HSPs: 2)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 172; E-Value: 2e-92
Query Start/End: Original strand, 23 - 375
Target Start/End: Complemental strand, 17649544 - 17649203
Alignment:
Q  23 ccatgtcaggacctgcaccaccttggtacatcttggcaatgatagggttgcagacactttccaattccttcatcttgtcctcaaactcatctgcctctgc 122  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |  |  |||||||||||| ||||||||||||||||||| | |    
T  17649544 ccatgtcaagacctgcaccaccttggtacatcttggcaatgatagggttgccgacacctcgcggttccttcatcttatcctcaaactcatctgcctattc 17649445  T
Q  123 aagctggttagcatctagccactggatagcagcctcaatggtgtcctcaatcttcttcttgtcatcggaatcaagctttcctgcaatcttgtcatcctta 222  Q
    ||||||||| |  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||   |||||||||| | |||||||||||||| ||||||||| ||||| |||    
T  17649444 aagctggtt-gggtctagccactggatagcagcctcaatggtgtcctcaa---tcttcttgtctttggaatcaagctttcatgcaatcttttcatcatta 17649349  T
Q  223 attgtgttcctcatgttgtatgcataattttccaatgcattcttggcctcgaccttcttcttaagttcttcatcctcggacttgtacttctctgcctctt 322  Q
    || ||||||||||||||||    ||| |||||||||||||||||| |||  ||   || |||| | |||||||| || |||||||||||||||||||||     
T  17649348 atggtgttcctcatgttgt----atagttttccaatgcattcttgtccttaac---ctacttatgctcttcatcttccgacttgtacttctctgcctctc 17649256  T
Q  323 gaaccatcttctcaatatcttccttagaaagtctacccttgtcattgatgatg 375  Q
    |||||||||||||||| | |||||| ||||||||||||||||||||| |||||    
T  17649255 gaaccatcttctcaatgttttcctttgaaagtctacccttgtcattggtgatg 17649203  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 152; E-Value: 2e-80
Query Start/End: Original strand, 23 - 375
Target Start/End: Complemental strand, 17706911 - 17706569
Alignment:
Q  23 ccatgtcaggacctgcaccaccttggtacatcttggcaatgatagggttgcagacactttccaattccttcatcttgtcctcaaactcatctgcctctgc 122  Q
    ||||| || |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||   ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  17706911 ccatgccaagaccagcaccaccttggtacatcttggcaatgatagggttgcagacaccttctggttccttcatcttgtcctcaaactcatctgcctctgc 17706812  T
Q  123 aagctggttagcatctagccactggatagcagcctcaatggtgtcctcaatcttcttcttgtcatcggaatcaagctttcctgcaatcttgtcatcctta 222  Q
    |||||| || || ||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||   | |||||||| | |||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  17706811 aagctgattggcgtctagccaccggatagtagcctcaatggtgtcctcaa---ttttcttgtctttggaatcaagctttcctgcaatcttttcatcctta 17706715  T
Q  223 attgtgttcctcatgttgtatgcataattttccaatgcattcttggcctcgaccttcttcttaagttcttcatcctcggacttgtacttctctgcctctt 322  Q
    || |||| |||| ||||||    ||| |||||||  |||||||||||||| ||   || |||| | |||| | | || || ||||||||||| ||||||     
T  17706714 atggtgtccctcgtgttgt----atagttttccatagcattcttggcctcaac---ctccttatgctcttaaacttctgagttgtacttctccgcctctc 17706622  T
Q  323 gaaccatcttctcaatatcttccttagaaagtctacccttgtcattgatgatg 375  Q
    |||| |||||||||||  ||||||| |||||||| |||||||||||| |||||    
T  17706621 gaactatcttctcaatgacttcctttgaaagtcttcccttgtcattggtgatg 17706569  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 70; Significance: 2e-31; HSPs: 3)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 70; E-Value: 2e-31
Query Start/End: Original strand, 41 - 374
Target Start/End: Complemental strand, 23588953 - 23588620
Alignment:
Q  41 caccttggtacatcttggcaatgatagggttgcagacactttccaattccttcatcttgtcctcaaactcatctgcctctgcaagctggttagcatctag 140  Q
    ||||||| |||||| | ||||||||||||||||| |  |  ||||  |||||||||||||||||||| ||||| |||||| |||| || ||  |||| |     
T  23588953 caccttgatacatccttgcaatgatagggttgcaaatgccctccagctccttcatcttgtcctcaaattcatcagcctctccaagttgatttccatccaa 23588854  T
Q  141 ccactggatagcagcctcaatggtgtcctcaatcttcttcttgtcatcggaatcaagctttcctgcaatcttgtcatccttaattgtgttcctcatgttg 240  Q
    ||| || |||||  ||||||| |  || ||||| |||||||| ||||| | |   | |||    ||||||||||| || || ||||||||||||||||||    
T  23588853 ccattgaatagccccctcaatagcatcttcaattttcttcttatcatcagcagacaacttcgaagcaatcttgtcgtctttgattgtgttcctcatgttg 23588754  T
Q  241 tatgcataattttccaatgcattcttggcctcgaccttcttcttaagttcttcatcctcggacttgtacttctctgcctcttgaaccatcttctcaatat 340  Q
    || ||||| || || | ||||||||||||||| || ||||| ||  | || || ||||| ||||||||||| || || || || |||||||||||||| |    
T  23588753 taggcatagttctcaagtgcattcttggcctccactttctttttgtgctcctcgtcctcagacttgtacttttcagcttcctgcaccatcttctcaattt 23588654  T
Q  341 cttccttagaaagtctacccttgtcattgatgat 374  Q
    ||||||| || || ||||||||||||||| ||||    
T  23588653 cttccttggagagcctacccttgtcattggtgat 23588620  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 57; E-Value: 1e-23
Query Start/End: Original strand, 41 - 369
Target Start/End: Complemental strand, 23597805 - 23597477
Alignment:
Q  41 caccttggtacatcttggcaatgatagggttgcagacactttccaattccttcatcttgtcctcaaactcatctgcctctgcaagctggttagcatctag 140  Q
    ||||||| |||||| | ||||||||||||||||| | ||  ||||  |||||||||||||||||||| ||||| |||||| |||| || ||  |||| |     
T  23597805 caccttgatacatccttgcaatgatagggttgcaaataccctccagctccttcatcttgtcctcaaattcatcagcctctccaagttgatttccatccaa 23597706  T
Q  141 ccactggatagcagcctcaatggtgtcctcaatcttcttcttgtcatcggaatcaagctttcctgcaatcttgtcatccttaattgtgttcctcatgttg 240  Q
    ||| || |||||  ||||||| |  || ||||| |||||||| ||||| |     | |||    ||||||||||| || || ||||||||||||||||||    
T  23597705 ccattgaatagccccctcaatagcatcttcaattttcttcttatcatcagccgacaacttcgaagcaatcttgtcgtctttgattgtgttcctcatgttg 23597606  T
Q  241 tatgcataattttccaatgcattcttggcctcgaccttcttcttaagttcttcatcctcggacttgtacttctctgcctcttgaaccatcttctcaatat 340  Q
    || ||||| || || |  ||||| |||||||| |||||| | ||  | || ||||||||||| |||||||| || || || || ||||| |||||||| |    
T  23597605 taggcatagttctcaagcgcatttttggcctccaccttccttttgtgctcctcatcctcggatttgtacttttccgcttcctgcaccattttctcaatgt 23597506  T
Q  341 cttccttagaaagtctacccttgtcattg 369  Q
    | ||||| || || |||||||||||||||    
T  23597505 cctccttggagagcctacccttgtcattg 23597477  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 50; E-Value: 2e-19
Query Start/End: Original strand, 206 - 347
Target Start/End: Original strand, 54395536 - 54395677
Alignment:
Q  206 caatcttgtcatccttaattgtgttcctcatgttgtatgcataattttccaatgcattcttggcctcgaccttcttcttaagttcttcatcctcggactt 305  Q
    ||||||| |||||||||||||| |||||||| || || |||||||| || | || |||||| ||||| || |||||||| |  ||||||||||| | |||    
T  54395536 caatcttctcatccttaattgtattcctcatattataagcataattctcaattgaattcttcgcctccactttcttcttcacctcttcatcctctgcctt 54395635  T
Q  306 gtacttctctgcctcttgaaccatcttctcaatatcttcctt 347  Q
     ||||||||||| ||||  ||||||||||| || ||||||||    
T  54395636 atacttctctgcatctttcaccatcttctctatctcttcctt 54395677  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University