View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF4096_low_2 (Length: 459)

Name: NF4096_low_2
Description: NF4096
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF4096_low_2
NF4096_low_2
[»] chr2 (2 HSPs)
chr2 (1-443)||(9452847-9453289)
chr2 (1-441)||(9441616-9442057)


Alignment Details
Target: chr2 (Bit Score: 423; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 423; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 443
Target Start/End: Original strand, 9452847 - 9453289
Alignment:
Q  1 caaggagattagcatcaactttctccttccaaatctatcaattaaaatcatgctcaatatagtgccaacggcattcaaaccagaagtaactaaggagagt 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9452847 caaggagattagcatcaactttctccttccaaatctatcaattaaaatcatgctcaatatagtgccaacggcattcaaaccagaagtaactaaggagagt 9452946  T
Q  101 gcaagtgctgtggagttggaggcaattccagcaaactgaactatagttgggctgtaatacatgactgtattaataccgacaaattgttgaacaacttgga 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9452947 gcaagtgctgtggagttggaggcaattcctgcaaactgaactatagttgggctgtaatacatgactgtattaataccgacaaattgttgaacaacttgga 9453046  T
Q  201 cagtaatgcctgcgtagagtcctcttcgaactacgtcattagaccaagcaccctttagtttttgtgcaagactatgaccgatcaagccttcctctgcctt 300  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9453047 cagtaatgcctgcgtagagtcctcttcgaactacgtcattagaccaagcaccctttagtttttgtgcaagactatgaccgatcaagccttcctctgcctt 9453146  T
Q  301 ctcggcttcaatggattcatgcatggctttcatctcgtcttcaacttcaccggggcgatagatttttgtcagaataatctttgcttcctcctccttgctc 400  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9453147 ctcggcttcaatggattcatgcatggctttcatttcgtctgcaacttcaccggggcgatagatttttgtcagaataatctttgcttcctcctccttgctc 9453246  T
Q  401 tgcgagaaaagaaaatgatttctattgttattgtattgatcct 443  Q
    |||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||    
T  9453247 tgcgagaaaagaaaattatttatattgttattgtattgatcct 9453289  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 286; E-Value: 1e-160
Query Start/End: Original strand, 1 - 441
Target Start/End: Original strand, 9441616 - 9442057
Alignment:
Q  1 caaggagattagcatcaactttctccttccaaatctatcaattaaaatcatgctcaatatagtgccaacggcattcaaaccagaagtaactaaggagagt 100  Q
    ||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||| |  | |||||||| |||||| ||||| ||||| | |||||||||||| || || |||    
T  9441616 caaggagataagcatcaactttcttcttccaaatctatcaatgagtaccatgctcactatagttccaacagcattaagaccagaagtaaccaatgaaagt 9441715  T
Q  101 gcaagtgctgtggagttggaggcaattccagcaaactgaactatagttgggctgtaatacatgactgtattaataccgacaaattgttgaacaacttgga 200  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  9441716 gcaaatgctgtggagttggaggcaattccagcaaactgaactatggttgggctgtaatacatgattgtattaataccgacaatttgttgaacaacttgga 9441815  T
Q  201 cagtaatgcctgcgtagagtcctcttcgaactacgtcattagaccaagcaccctttagtttttgtgcaagactatgaccgatcaagccttcctctgcctt 300  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||    
T  9441816 cagtgatgcctgcgtagagtcctcttcgaactacgtcattagaccaggcaccctttagtttttgtgcaagactatggccgatcaagccatcctctgcctt 9441915  T
Q  301 ctcggcttcaatggattcatgcatggctttcatctcgtcttcaacttcaccggggcgatagatttttgtcagaataatctttgcttcctcctccttgctc 400  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| || || ||||||||||| | ||||||   |||||||||||| |||||||||    
T  9441916 ctcggcttcaatggattcatgcatggctttcatctcctcttcaacttctcccggtcgatagattttcgacagaatttgctttgcttcctcttccttgctc 9442015  T
Q  401 tgcgagaaaag-aaaatgatttctattgttattgtattgatc 441  Q
    || | |||||| ||||||| ||||| |||||||||| |||||    
T  9442016 tgtgggaaaagaaaaatgagttctactgttattgtactgatc 9442057  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University