View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF4105_low_24 (Length: 236)

Name: NF4105_low_24
Description: NF4105
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF4105_low_24
NF4105_low_24
[»] chr7 (7 HSPs)
chr7 (1-229)||(9451343-9451571)
chr7 (78-229)||(17852304-17852455)
chr7 (40-229)||(12129413-12129602)
chr7 (118-220)||(20492480-20492582)
chr7 (118-178)||(12980730-12980790)
chr7 (119-187)||(717493-717561)
chr7 (118-158)||(21118395-21118435)
[»] chr2 (4 HSPs)
chr2 (1-227)||(10977640-10977866)
chr2 (1-227)||(28589954-28590180)
chr2 (1-227)||(41315867-41316093)
chr2 (118-193)||(6860502-6860577)
[»] chr5 (5 HSPs)
chr5 (1-229)||(24870313-24870541)
chr5 (1-227)||(30304704-30304930)
chr5 (1-229)||(24275125-24275353)
chr5 (1-229)||(24386860-24387088)
chr5 (7-225)||(8703498-8703716)
[»] chr3 (8 HSPs)
chr3 (1-229)||(1017626-1017854)
chr3 (1-227)||(26730873-26731099)
chr3 (1-227)||(47703737-47703963)
chr3 (18-207)||(4525458-4525644)
chr3 (1-229)||(10346484-10346711)
chr3 (153-229)||(20223187-20223262)
chr3 (127-187)||(20916418-20916478)
chr3 (127-187)||(20925380-20925440)
[»] chr1 (10 HSPs)
chr1 (1-229)||(17321758-17321986)
chr1 (1-229)||(27877584-27877812)
chr1 (1-229)||(10395358-10395586)
chr1 (9-229)||(12538988-12539227)
chr1 (121-229)||(40609930-40610038)
chr1 (118-217)||(3601233-3601332)
chr1 (60-158)||(2536553-2536651)
chr1 (118-227)||(2114356-2114465)
chr1 (127-158)||(20639599-20639630)
chr1 (118-158)||(44839928-44839968)
[»] chr8 (6 HSPs)
chr8 (1-227)||(26951442-26951668)
chr8 (1-229)||(33324592-33324816)
chr8 (1-175)||(21276442-21276616)
chr8 (171-229)||(9808716-9808774)
chr8 (1-56)||(23556617-23556672)
chr8 (118-185)||(26440806-26440873)
[»] chr4 (11 HSPs)
chr4 (1-229)||(23059341-23059569)
chr4 (1-229)||(16889025-16889252)
chr4 (90-227)||(37856972-37857109)
chr4 (78-229)||(35096868-35097019)
chr4 (24-197)||(6969515-6969688)
chr4 (4-220)||(46078345-46078560)
chr4 (118-225)||(9633058-9633165)
chr4 (62-228)||(1479232-1479398)
chr4 (118-187)||(17283563-17283632)
chr4 (1-54)||(37857107-37857160)
chr4 (118-158)||(1394125-1394165)
[»] chr6 (4 HSPs)
chr6 (1-228)||(32899786-32900013)
chr6 (1-229)||(13104369-13104598)
chr6 (1-175)||(27862134-27862300)
chr6 (2-229)||(11657519-11657745)
[»] scaffold0010 (1 HSPs)
scaffold0010 (1-227)||(255368-255593)
[»] scaffold0151 (1 HSPs)
scaffold0151 (116-229)||(21351-21463)


Alignment Details
Target: chr7 (Bit Score: 141; Significance: 5e-74; HSPs: 7)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 141; E-Value: 5e-74
Query Start/End: Original strand, 1 - 229
Target Start/End: Original strand, 9451343 - 9451571
Alignment:
Q  1 ttgataatgtcgattttgtacttgattgtaaaaaagttgttgaatgtgtcaattctagtttagatgataacagtgaatttgggtgtattattactgcttg 100  Q
    |||| |||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||| ||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||    
T  9451343 ttgacaatgtcgattttgttcttgattgtaaaagagttgttgattgtgtcaattctagcttagatgatagaagtgaatttgggtgtattattactgcttg 9451442  T
Q  101 taaataactgctagaggatagattttagaactctcatgttgagttcaataggaggcaaacaaataggatagctcacgagttagctcagacagccctgtct 200  Q
    |||| ||| ||| |  ||||||||| ||||||||||| | |||||||| ||||| |||||||||||| ||||||||||||||  |||| |||||||||||    
T  9451443 taaacaacggctggtagatagatttcagaactctcatatcgagttcaacaggagacaaacaaatagggtagctcacgagttaaatcaggcagccctgtct 9451542  T
Q  201 aatcctaacccccatattattgatgatgt 229  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||||    
T  9451543 aatcctagcccccatattattgatgatgt 9451571  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 76; E-Value: 3e-35
Query Start/End: Original strand, 78 - 229
Target Start/End: Original strand, 17852304 - 17852455
Alignment:
Q  78 tttgggtgtattattactgcttgtaaataactgctagaggatagattttagaactctcatgttgagttcaataggaggcaaacaaataggatagctcacg 177  Q
    ||||| |||||||| |||||||||||| | |||||||  ||||||||| |||| ||||||||||||||||   |||||||| |||||||| |||||||||    
T  17852304 tttggatgtattatcactgcttgtaaacagctgctagttgatagatttcagaattctcatgttgagttcagccggaggcaagcaaatagggtagctcacg 17852403  T
Q  178 agttagctcagacagccctgtctaatcctaacccccatattattgatgatgt 229  Q
    ||||||||||| ||||||| ||||||| || ||||||| | |||||||||||    
T  17852404 agttagctcaggcagccctatctaatcttagcccccatgtgattgatgatgt 17852455  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 70; E-Value: 1e-31
Query Start/End: Original strand, 40 - 229
Target Start/End: Original strand, 12129413 - 12129602
Alignment:
Q  40 ttgaatgtgtcaattctagtttagatgataacagtgaatttgggtgtattattactgcttgtaaataactgctagaggatagattttagaactctcatgt 139  Q
    |||| ||||||||||||||| |||| ||||  || || ||||| |||||||| |||||||||||| |||||||||  ||||||||| | |||| ||| ||    
T  12129413 ttgattgtgtcaattctagtctagaagatagtagcgagtttggatgtattatcactgcttgtaaacaactgctagttgatagatttcaaaactttcacgt 12129512  T
Q  140 tgagttcaataggaggcaaacaaataggatagctcacgagttagctcagacagccctgtctaatcctaacccccatattattgatgatgt 229  Q
    ||||||||   | |||||| |||||||| ||||||||||||||||||||  |||| | ||| |||||| ||||||| | |||||||||||    
T  12129513 tgagttcagccgaaggcaagcaaatagggtagctcacgagttagctcaggtagccttatctgatcctagcccccatgtgattgatgatgt 12129602  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 55; E-Value: 1e-22
Query Start/End: Original strand, 118 - 220
Target Start/End: Original strand, 20492480 - 20492582
Alignment:
Q  118 atagattttagaactctcatgttgagttcaataggaggcaaacaaataggatagctcacgagttagctcagacagccctgtctaatcctaacccccatat 217  Q
    |||||||||||||||||||| | ||||| |||||||||||| | |||||| | |||||||| ||||||||| ||||||| || ||| |||||||||||||    
T  20492480 atagattttagaactctcatctcgagtttaataggaggcaagcgaatagggtcgctcacgaattagctcaggcagccctatccaattctaacccccatat 20492579  T
Q  218 tat 220  Q
    |||    
T  20492580 tat 20492582  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 118 - 178
Target Start/End: Original strand, 12980730 - 12980790
Alignment:
Q  118 atagattttagaactctcatgttgagttcaataggaggcaaacaaataggatagctcacga 178  Q
    |||||||| ||||||||||||| |||||||| ||||||||||| ||| || | ||||||||    
T  12980730 atagatttcagaactctcatgtcgagttcaacaggaggcaaacgaatggggtcgctcacga 12980790  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 119 - 187
Target Start/End: Original strand, 717493 - 717561
Alignment:
Q  119 tagattttagaactctcatgttgagttcaataggaggcaaacaaataggatagctcacgagttagctca 187  Q
    ||||||| | ||||||||||||||||| |||||||| ||| | ||| ||||  || |||||||||||||    
T  717493 tagatttcaaaactctcatgttgagtttaataggagacaagctaatgggatcacttacgagttagctca 717561  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 118 - 158
Target Start/End: Original strand, 21118395 - 21118435
Alignment:
Q  118 atagattttagaactctcatgttgagttcaataggaggcaa 158  Q
    |||| ||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  21118395 atagttttcagaactctcatgtcgagttcaataggaggcaa 21118435  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 139; Significance: 7e-73; HSPs: 4)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 139; E-Value: 7e-73
Query Start/End: Original strand, 1 - 227
Target Start/End: Original strand, 10977640 - 10977866
Alignment:
Q  1 ttgataatgtcgattttgtacttgattgtaaaaaagttgttgaatgtgtcaattctagtttagatgataacagtgaatttgggtgtattattactgcttg 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||| ||||||||| |||||||    
T  10977640 ttgataatgtcgattttgtacttgattgtaaaataattgttgattgtgtcaattctagtttagatgatagcagtgattttggatgtattattgctgcttg 10977739  T
Q  101 taaataactgctagaggatagattttagaactctcatgttgagttcaataggaggcaaacaaataggatagctcacgagttagctcagacagccctgtct 200  Q
    |||| ||||||||||| |||||||  |||||||||||||||||||||| | |||||||  ||||||| |||| || ||| ||||||||  ||||||||||    
T  10977740 taaacaactgctagagaatagattccagaactctcatgttgagttcaacatgaggcaagtaaatagggtagcccatgagctagctcaggtagccctgtct 10977839  T
Q  201 aatcctaacccccatattattgatgat 227  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||    
T  10977840 aatcctagcccccatattattgatgat 10977866  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 123; E-Value: 3e-63
Query Start/End: Original strand, 1 - 227
Target Start/End: Complemental strand, 28590180 - 28589954
Alignment:
Q  1 ttgataatgtcgattttgtacttgattgtaaaaaagttgttgaatgtgtcaattctagtttagatgataacagtgaatttgggtgtattattactgcttg 100  Q
    |||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||| ||||  || || ||||| |||||||| ||||||||    
T  28590180 ttgataatgtagattttgttcttgattgtaaaaaagttgttgattgtgtcaattctagtctagaagatagtagcgagtttggatgtattatcactgcttg 28590081  T
Q  101 taaataactgctagaggatagattttagaactctcatgttgagttcaataggaggcaaacaaataggatagctcacgagttagctcagacagccctgtct 200  Q
    |||| | |||||||  ||||||||| |||||||||||||||||||||   |||||||| |||||||| |||||||||||||||||||| ||||||| |||    
T  28590080 taaacagctgctagttgatagatttcagaactctcatgttgagttcagccggaggcaagcaaatagggtagctcacgagttagctcaggcagccctatct 28589981  T
Q  201 aatcctaacccccatattattgatgat 227  Q
    ||||||| ||||||| | |||||||||    
T  28589980 aatcctagcccccatgtgattgatgat 28589954  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 103; E-Value: 2e-51
Query Start/End: Original strand, 1 - 227
Target Start/End: Complemental strand, 41316093 - 41315867
Alignment:
Q  1 ttgataatgtcgattttgtacttgattgtaaaaaagttgttgaatgtgtcaattctagtttagatgataacagtgaatttgggtgtattattactgcttg 100  Q
    |||||||||| |||||||| |||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||| |||| ||||  || || ||||| |||||||| ||| ||||    
T  41316093 ttgataatgtagattttgttcttgattgtaaaaaggttgttgattgtgtcaattctagtctagaagatagtagcgagtttggatgtattatcactacttg 41315994  T
Q  101 taaataactgctagaggatagattttagaactctcatgttgagttcaataggaggcaaacaaataggatagctcacgagttagctcagacagccctgtct 200  Q
    |||| | |||||||  ||||||||| |||||||||||||||||||||   |||||||| |||||||| |||||||||||||| ||||| || |||| |||    
T  41315993 taaacagctgctagttgatagatttcagaactctcatgttgagttcagccggaggcaagcaaatagggtagctcacgagttaactcaggcaaccctatct 41315894  T
Q  201 aatcctaacccccatattattgatgat 227  Q
    ||| ||| ||||||| | |||||||||    
T  41315893 aatactagcccccatgtgattgatgat 41315867  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000005
Query Start/End: Original strand, 118 - 193
Target Start/End: Original strand, 6860502 - 6860577
Alignment:
Q  118 atagattttagaactctcatgttgagttcaataggaggcaaacaaataggatagctcacgagttagctcagacagc 193  Q
    |||||||| | ||||||||||| |||||||| |||||||||| ||||  |||  |||||||||||| || ||||||    
T  6860502 atagatttcaaaactctcatgtcgagttcaacaggaggcaaataaatgcgatcactcacgagttagttctgacagc 6860577  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 125; Significance: 2e-64; HSPs: 5)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 125; E-Value: 2e-64
Query Start/End: Original strand, 1 - 229
Target Start/End: Original strand, 24870313 - 24870541
Alignment:
Q  1 ttgataatgtcgattttgtacttgattgtaaaaaagttgttgaatgtgtcaattctagtttagatgataacagtgaatttgggtgtattattactgcttg 100  Q
    |||| |||||||||||||  |||||||||||||  |||||||| |||||||||||||||||||||||||  || || ||||  |||||||| ||||||||    
T  24870313 ttgacaatgtcgattttgctcttgattgtaaaagggttgttgattgtgtcaattctagtttagatgatagtagcgagtttgaatgtattatcactgcttg 24870412  T
Q  101 taaataactgctagaggatagattttagaactctcatgttgagttcaataggaggcaaacaaataggatagctcacgagttagctcagacagccctgtct 200  Q
    |||| | |||||||  ||||||||| |||||||||| ||||||||||| || |||||||||||||||||||| ||||||||||||||  |||||||||||    
T  24870413 taaacagctgctagtagatagatttcagaactctcaagttgagttcaacagaaggcaaacaaataggatagcacacgagttagctcaagcagccctgtct 24870512  T
Q  201 aatcctaacccccatattattgatgatgt 229  Q
    || ||||||| ||||||||||||||||||    
T  24870513 aaccctaacctccatattattgatgatgt 24870541  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 111; E-Value: 4e-56
Query Start/End: Original strand, 1 - 227
Target Start/End: Original strand, 30304704 - 30304930
Alignment:
Q  1 ttgataatgtcgattttgtacttgattgtaaaaaagttgttgaatgtgtcaattctagtttagatgataacagtgaatttgggtgtattattactgcttg 100  Q
    |||||||||| |||||||| || ||||||||||| |||||||| ||||||||||||||| |||| ||||  || || ||||| |||||||| ||||||||    
T  30304704 ttgataatgtagattttgtgctggattgtaaaaaggttgttgattgtgtcaattctagtctagaagatagtagcgagtttggatgtattatcactgcttg 30304803  T
Q  101 taaataactgctagaggatagattttagaactctcatgttgagttcaataggaggcaaacaaataggatagctcacgagttagctcagacagccctgtct 200  Q
    |||| | |||||||  ||||| ||| |||||||||||||||||||||   |||||||| |||||||| |||||||||||||||||||| ||||||| |||    
T  30304804 taaacagctgctagttgatagttttcagaactctcatgttgagttcagccggaggcaagcaaatagggtagctcacgagttagctcaggcagccctatct 30304903  T
Q  201 aatcctaacccccatattattgatgat 227  Q
    ||||||| ||||||| | |||||||||    
T  30304904 aatcctagcccccatgtgattgatgat 30304930  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 105; E-Value: 1e-52
Query Start/End: Original strand, 1 - 229
Target Start/End: Original strand, 24275125 - 24275353
Alignment:
Q  1 ttgataatgtcgattttgtacttgattgtaaaaaagttgttgaatgtgtcaattctagtttagatgataacagtgaatttgggtgtattattactgcttg 100  Q
    |||||||||| |||||||| |||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||| |||| ||||  || || ||||| ||| |||| ||||||||    
T  24275125 ttgataatgtagattttgttcttgattgtaaaaaggttgttgattgtgtcaattctagtctagaagatagtagcgagtttggatgttttatcactgcttg 24275224  T
Q  101 taaataactgctagaggatagattttagaactctcatgttgagttcaataggaggcaaacaaataggatagctcacgagttagctcagacagccctgtct 200  Q
    |||| |||||||||  |||| |||| ||||| ||||||||||||||| | | |||||| |||||| | |||||||||||||||||||| || |||| |||    
T  24275225 taaacaactgctagttgataaatttcagaacactcatgttgagttcagtcgaaggcaagcaaataaggtagctcacgagttagctcaggcatccctatct 24275324  T
Q  201 aatcctaacccccatattattgatgatgt 229  Q
    ||||||| ||||||| | |||||||||||    
T  24275325 aatcctagcccccatgtgattgatgatgt 24275353  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 105; E-Value: 1e-52
Query Start/End: Original strand, 1 - 229
Target Start/End: Complemental strand, 24387088 - 24386860
Alignment:
Q  1 ttgataatgtcgattttgtacttgattgtaaaaaagttgttgaatgtgtcaattctagtttagatgataacagtgaatttgggtgtattattactgcttg 100  Q
    |||||||||| |||||||| |||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||| |||| ||||  || || ||||| ||| |||| ||||||||    
T  24387088 ttgataatgtagattttgttcttgattgtaaaaaggttgttgattgtgtcaattctagtctagaagatagtagcgagtttggatgttttatcactgcttg 24386989  T
Q  101 taaataactgctagaggatagattttagaactctcatgttgagttcaataggaggcaaacaaataggatagctcacgagttagctcagacagccctgtct 200  Q
    |||| |||||||||  |||| |||| ||||| ||||||||||||||| | | |||||| |||||| | |||||||||||||||||||| || |||| |||    
T  24386988 taaacaactgctagttgataaatttcagaacactcatgttgagttcagtcgaaggcaagcaaataaggtagctcacgagttagctcaggcatccctatct 24386889  T
Q  201 aatcctaacccccatattattgatgatgt 229  Q
    ||||||| ||||||| | |||||||||||    
T  24386888 aatcctagcccccatgtgattgatgatgt 24386860  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 59; E-Value: 4e-25
Query Start/End: Original strand, 7 - 225
Target Start/End: Complemental strand, 8703716 - 8703498
Alignment:
Q  7 atgtcgattttgtacttgattgtaaaaaagttgttgaatgtgtcaattctagtttagatgataacagtgaatttgggtgtattattactgcttgtaaata 106  Q
    |||| ||||||| |||||||||||||| |||||||||  |||||||||| |   | |||||||  |  ||||||||||||| |||| ||||||||||| |    
T  8703716 atgttgattttgcacttgattgtaaaagagttgttgatagtgtcaattcaaacattgatgatagtaccgaatttgggtgtaatattcctgcttgtaaaca 8703617  T
Q  107 actgctagaggatagattttagaactctcatgttgagttcaataggaggcaaacaaataggatagctcacgagttagctcagacagccctgtctaatcct 206  Q
      || ||| | ||||||||  |||||||||||||| |||||| | ||||||| | |||||| ||||| ||| ||||| |||| || |||| |||||| ||    
T  8703616 gttgatagtgaatagatttcggaactctcatgttgtgttcaacacgaggcaagcgaatagggtagcttacgggttagatcaggcaaccctatctaattct 8703517  T
Q  207 aacccccatattattgatg 225  Q
    | | || ||||||||||||    
T  8703516 agcacctatattattgatg 8703498  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 117; Significance: 1e-59; HSPs: 8)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 117; E-Value: 1e-59
Query Start/End: Original strand, 1 - 229
Target Start/End: Complemental strand, 1017854 - 1017626
Alignment:
Q  1 ttgataatgtcgattttgtacttgattgtaaaaaagttgttgaatgtgtcaattctagtttagatgataacagtgaatttgggtgtattattactgcttg 100  Q
    |||||||||| |||||||| |||||||| ||||| |||||| | ||||||||||||||| |||  ||||  || || ||||| |||||||||||||||||    
T  1017854 ttgataatgtagattttgttcttgattgaaaaaaggttgttaattgtgtcaattctagtctagcggatagtagcgagtttggatgtattattactgcttg 1017755  T
Q  101 taaataactgctagaggatagattttagaactctcatgttgagttcaataggaggcaaacaaataggatagctcacgagttagctcagacagccctgtct 200  Q
    |||| |  ||||||  ||||||||| ||||||||||||||||||||||  |||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||    
T  1017754 taaacatatgctagttgatagatttcagaactctcatgttgagttcaaccggaggcaagcaaatagggtagctcacgagttagctcagacagccctatct 1017655  T
Q  201 aatcctaacccccatattattgatgatgt 229  Q
    ||||||| ||||||| | |||||||||||    
T  1017654 aatcctagcccccatgtgattgatgatgt 1017626  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 107; E-Value: 9e-54
Query Start/End: Original strand, 1 - 227
Target Start/End: Complemental strand, 26731099 - 26730873
Alignment:
Q  1 ttgataatgtcgattttgtacttgattgtaaaaaagttgttgaatgtgtcaattctagtttagatgataacagtgaatttgggtgtattattactgcttg 100  Q
    |||||||||| |||||||| |||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||| |||| ||||  || || ||||| |||||||| ||| ||||    
T  26731099 ttgataatgtagattttgttcttgattgtaaaaaggttgttgattgtgtcaattctagtctagaagatagtagcgagtttggatgtattatcactacttg 26731000  T
Q  101 taaataactgctagaggatagattttagaactctcatgttgagttcaataggaggcaaacaaataggatagctcacgagttagctcagacagccctgtct 200  Q
    |||| | || ||||  ||||||||| |||||||||||||||||||||   |||||||| |||||||| |||| ||||||||||||||| ||||||| |||    
T  26730999 taaacagctactagttgatagatttcagaactctcatgttgagttcagccggaggcaagcaaatagggtagcacacgagttagctcaggcagccctatct 26730900  T
Q  201 aatcctaacccccatattattgatgat 227  Q
    ||||||| ||||||| | |||||||||    
T  26730899 aatcctagcccccatgtgattgatgat 26730873  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 103; E-Value: 2e-51
Query Start/End: Original strand, 1 - 227
Target Start/End: Complemental strand, 47703963 - 47703737
Alignment:
Q  1 ttgataatgtcgattttgtacttgattgtaaaaaagttgttgaatgtgtcaattctagtttagatgataacagtgaatttgggtgtattattactgcttg 100  Q
    |||||||||| |||||||| |||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||| |||| ||||  || || ||||| |||||||| || |||||    
T  47703963 ttgataatgtagattttgttcttgattgtaaaaaggttgttgattgtgtcaattctagtctagaagatagtagcgagtttggatgtattatcaccgcttg 47703864  T
Q  101 taaataactgctagaggatagattttagaactctcatgttgagttcaataggaggcaaacaaataggatagctcacgagttagctcagacagccctgtct 200  Q
    |||| | |||||||  ||||||||| |||||||||||||||||||     |||||||| |||||||| |||||||||||||||||||| ||||||| | |    
T  47703863 taaacagctgctagttgatagatttcagaactctcatgttgagttatgccggaggcaagcaaatagggtagctcacgagttagctcaggcagccctatat 47703764  T
Q  201 aatcctaacccccatattattgatgat 227  Q
    ||||||| ||||||| | |||||||||    
T  47703763 aatcctagcccccatgtgattgatgat 47703737  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 73; E-Value: 2e-33
Query Start/End: Original strand, 18 - 207
Target Start/End: Complemental strand, 4525644 - 4525458
Alignment:
Q  18 gtacttgattgtaaaaaagttgttgaatgtgtcaat--tctagtttagatgataacagtgaatttgggtgtattattactgcttgtaaataactgctaga 115  Q
    |||||||||||||||||||||||||| |||||||||  | ||||||||||||||  | |||||||||||||||||||| |||||||||| | ||| |||     
T  4525644 gtacttgattgtaaaaaagttgttgattgtgtcaatagtatagtttagatgatagtattgaatttgggtgtattattattgcttgtaaacagctgttagt 4525545  T
Q  116 ggatagattttagaactctcatgttgagttcaataggaggcaaacaaataggatagctcacgagttagctcagacagccctgtctaatccta 207  Q
     |||| |||| |||||||||||||||||||||  | ||||||| |||      ||| ||||||||||| | ||||| |||||||||||||||    
T  4525544 agataaatttcagaactctcatgttgagttcagcaagaggcaagcaa-----gtagatcacgagttagttgagacaaccctgtctaatccta 4525458  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 73; E-Value: 2e-33
Query Start/End: Original strand, 1 - 229
Target Start/End: Complemental strand, 10346711 - 10346484
Alignment:
Q  1 ttgataatgtcgattttgtacttgattgtaaaaaagttgttgaatgtgtcaattctagtttagatgataacagtgaatttgggtgtattattactgcttg 100  Q
    ||||||||||  | |||| |||||| ||||||| ||||||||| ||||||||||  | | |||||||||  || |||||||| |||||||||||| ||||    
T  10346711 ttgataatgtgaactttgcacttgactgtaaaagagttgttgattgtgtcaattaaaatatagatgatagtagcgaatttggatgtattattactacttg 10346612  T
Q  101 taaataactgctagaggatagattttagaactctcatgttgagttcaataggaggcaaacaaataggatagctcacgagttagctcagacagccctgtct 200  Q
    |||  || || ||| |||||||||| ||||||| ||||| |||||||| ||||||||| | |||||| | |||||||||||||||||| || |||| | |    
T  10346611 taaccaaatgttagtggatagatttcagaactcgcatgtagagttcaacaggaggcaagcgaatagggtcgctcacgagttagctcaggcaaccctatat 10346512  T
Q  201 aatcctaacccccatattattgatgatgt 229  Q
    ||| || | || |||||||| ||||||||    
T  10346511 aattct-atcctcatattatagatgatgt 10346484  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 49; E-Value: 4e-19
Query Start/End: Original strand, 153 - 229
Target Start/End: Original strand, 20223187 - 20223262
Alignment:
Q  153 aggcaaacaaataggatagctcacgagttagctcagacagccctgtctaatcctaacccccatattattgatgatgt 229  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||| ||  |||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||    
T  20223187 aggcaagcaaataggatagctcacgagttagctaaggtagccctgtctaatcctaa-ccccatgttattgatgatgt 20223262  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 127 - 187
Target Start/End: Original strand, 20916418 - 20916478
Alignment:
Q  127 agaactctcatgttgagttcaataggaggcaaacaaataggatagctcacgagttagctca 187  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||||||| | |||  | | |||| ||||||||||||    
T  20916418 agaactcttatgttgagttcaataggaggcaagcgaatgaggtcgctcccgagttagctca 20916478  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 127 - 187
Target Start/End: Original strand, 20925380 - 20925440
Alignment:
Q  127 agaactctcatgttgagttcaataggaggcaaacaaataggatagctcacgagttagctca 187  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||||||| | |||  | | |||| ||||||||||||    
T  20925380 agaactcttatgttgagttcaataggaggcaagcgaatgaggtcgctcccgagttagctca 20925440  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 117; Significance: 1e-59; HSPs: 10)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 117; E-Value: 1e-59
Query Start/End: Original strand, 1 - 229
Target Start/End: Original strand, 17321758 - 17321986
Alignment:
Q  1 ttgataatgtcgattttgtacttgattgtaaaaaagttgttgaatgtgtcaattctagtttagatgataacagtgaatttgggtgtattattactgcttg 100  Q
    |||| ||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||| |  || || ||||| || ||||||| ||||||    
T  17321758 ttgacaatgtcgattttgcacttgattgcaaaaaagttgttgattgtgtcaattctagtatagatgacagtagcgagtttggatgcattattagtgcttg 17321857  T
Q  101 taaataactgctagaggatagattttagaactctcatgttgagttcaataggaggcaaacaaataggatagctcacgagttagctcagacagccctgtct 200  Q
    |||| |  || ||  |||||||||| ||||||||||||| |||||||| ||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||  ||||||| |||    
T  17321858 taaacagttgttattggatagatttcagaactctcatgtcgagttcaacaggaggcaagcaaatagggtagctcacgagttagctcaagcagccctatct 17321957  T
Q  201 aatcctaacccccatattattgatgatgt 229  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||||    
T  17321958 aatcctagcccccatattattgatgatgt 17321986  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 109; E-Value: 6e-55
Query Start/End: Original strand, 1 - 229
Target Start/End: Original strand, 27877584 - 27877812
Alignment:
Q  1 ttgataatgtcgattttgtacttgattgtaaaaaagttgttgaatgtgtcaattctagtttagatgataacagtgaatttgggtgtattattactgcttg 100  Q
    |||||||||| |||||||| |||||||||||||  |||||||| ||  |||| ||||||||||||||||  || || ||||| |||||||| ||||||||    
T  27877584 ttgataatgtagattttgttcttgattgtaaaagggttgttgattgcatcaactctagtttagatgatagtagcgagtttggatgtattatcactgcttg 27877683  T
Q  101 taaataactgctagaggatagattttagaactctcatgttgagttcaataggaggcaaacaaataggatagctcacgagttagctcagacagccctgtct 200  Q
    |||| | |||||||  ||||||||| | |||||||||||||||||||  ||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||| || ||||||||    
T  27877684 taaacagctgctagtagatagatttcataactctcatgttgagttcagcaggaggcaagcaaatagggtagctcacgagttagctcaggcaaccctgtct 27877783  T
Q  201 aatcctaacccccatattattgatgatgt 229  Q
    ||||||| || |||  |||||||||||||    
T  27877784 aatcctagccgccacgttattgatgatgt 27877812  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 101; E-Value: 3e-50
Query Start/End: Original strand, 1 - 229
Target Start/End: Complemental strand, 10395586 - 10395358
Alignment:
Q  1 ttgataatgtcgattttgtacttgattgtaaaaaagttgttgaatgtgtcaattctagtttagatgataacagtgaatttgggtgtattattactgcttg 100  Q
    |||||||||| |||||||| |||||||||||||  |||||||| ||||||||||| |||||||||||||  || || ||||| |||||||  ||||||||    
T  10395586 ttgataatgtagattttgttcttgattgtaaaagggttgttgattgtgtcaattcaagtttagatgatagtagcgagtttggatgtattagcactgcttg 10395487  T
Q  101 taaataactgctagaggatagattttagaactctcatgttgagttcaataggaggcaaacaaataggatagctcacgagttagctcagacagccctgtct 200  Q
    |||| | |||||||  |||| |||  |||||||| ||||| ||||||  ||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||  ||||| |||||    
T  10395486 taaacagctgctagttgataaattccagaactcttatgttaagttcagcaggaggcaagcaaatagggtagctcacgagttagctcaagcagccatgtct 10395387  T
Q  201 aatcctaacccccatattattgatgatgt 229  Q
     |||||| ||||||| |||||||||||||    
T  10395386 gatcctagcccccatgttattgatgatgt 10395358  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 90; E-Value: 1e-43
Query Start/End: Original strand, 9 - 229
Target Start/End: Original strand, 12538988 - 12539227
Alignment:
Q  9 gtcgattttgtacttgattgtaaaaaagttgttgaatgtgtcaattctagtttagatgataacagtgaatttgggtgtattattactgcttgtaaata-- 106  Q
    ||||||||||| ||||||||||||| ||||||||| ||||| ||| ||||  |||||||||  || |||||||||||||||||||||||||||||| |      
T  12538988 gtcgattttgttcttgattgtaaaagagttgttgattgtgttaatgctagcctagatgatagtagcgaatttgggtgtattattactgcttgtaaacagt 12539087  T
Q  107 -----------------actgctagaggatagattttagaactctcatgttgagttcaataggaggcaaacaaataggatagctcacgagttagctcaga 189  Q
                     |||| ||| |||||||||| ||||||||||||| |||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |      
T  12539088 tgctagtggtgtaaacaactgttagtggatagatttcagaactctcatgtcgagttcaacaggaggcaagcaaataggatagctcacgagttagctgatg 12539187  T
Q  190 cagccctgtctaatcctaacccccatattattgatgatgt 229  Q
    ||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  12539188 cagccatgtctaatcctagcccccatattattgatgatgt 12539227  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 49; E-Value: 4e-19
Query Start/End: Original strand, 121 - 229
Target Start/End: Original strand, 40609930 - 40610038
Alignment:
Q  121 gattttagaactctcatgttgagttcaataggaggcaaacaaataggatagctcacgagttagctcagacagccctgtctaatcctaacccccatattat 220  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||  || ||  ||  ||||||| ||||| ||||||||  |||| |||||||||||||||||||||||||  ||||    
T  40609930 gatttcagaactctcatgttgagttcatcagaagataagtaaatagggtagcttacgagttaattcaggcagccctgtctaatcctaacccccacgttat 40610029  T
Q  221 tgatgatgt 229  Q
    |||||||||    
T  40610030 tgatgatgt 40610038  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #6
Raw Score: 44; E-Value: 4e-16
Query Start/End: Original strand, 118 - 217
Target Start/End: Complemental strand, 3601332 - 3601233
Alignment:
Q  118 atagattttagaactctcatgttgagttcaataggaggcaaacaaataggatagctcacgagttagctcagacagccctgtctaatcctaacccccatat 217  Q
    |||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||| | |||  | | ||||||||||||||| ||||| |||| ||||||| ||  ||||||||    
T  3601332 atagatttcagaactctcatgtcgagttcaataggaggcaagcgaatgaggttgctcacgagttagcttagacaaccctatctaatcatagtccccatat 3601233  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #7
Raw Score: 35; E-Value: 0.00000000008
Query Start/End: Original strand, 60 - 158
Target Start/End: Complemental strand, 2536651 - 2536553
Alignment:
Q  60 ttagatgataacagtgaatttgggtgtattattactgcttgtaaataactgctagaggatagattttagaactctcatgttgagttcaataggaggcaa 158  Q
    ||||| ||| ||||||| ||||| ||||||||   || ||||||| ||||| | |||  ||| ||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  2536651 ttagaggatgacagtgagtttggatgtattatgtatgattgtaaacaactgtttgagattagttttcagaactctcatgtcgagttcaataggaggcaa 2536553  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #8
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000003
Query Start/End: Original strand, 118 - 227
Target Start/End: Original strand, 2114356 - 2114465
Alignment:
Q  118 atagattttagaactctcatgttgagttcaataggaggcaaacaaataggatagctcacgagttagctcagacagccctgtctaatcctaacccccatat 217  Q
    |||||||| ||||||||||||| |||||||| |||| | || | ||| || | |||||||| |||||| || ||||||| || ||||||| ||||| | |    
T  2114356 atagatttcagaactctcatgtcgagttcaacaggaaggaagcgaatggggtcgctcacgaattagcttaggcagccctatccaatcctagcccccgtgt 2114455  T
Q  218 tattgatgat 227  Q
    ||| ||||||    
T  2114456 tatagatgat 2114465  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #9
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000005
Query Start/End: Original strand, 127 - 158
Target Start/End: Original strand, 20639599 - 20639630
Alignment:
Q  127 agaactctcatgttgagttcaataggaggcaa 158  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  20639599 agaactctcatgttgagttcaataggaggcaa 20639630  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #10
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 118 - 158
Target Start/End: Complemental strand, 44839968 - 44839928
Alignment:
Q  118 atagattttagaactctcatgttgagttcaataggaggcaa 158  Q
    |||| ||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  44839968 atagttttcagaactctcatgtcgagttcaataggaggcaa 44839928  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 115; Significance: 2e-58; HSPs: 6)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 115; E-Value: 2e-58
Query Start/End: Original strand, 1 - 227
Target Start/End: Complemental strand, 26951668 - 26951442
Alignment:
Q  1 ttgataatgtcgattttgtacttgattgtaaaaaagttgttgaatgtgtcaattctagtttagatgataacagtgaatttgggtgtattattactgcttg 100  Q
    |||||||||| |||||||| |||||||||||||| |||||||| |||||||||| |||| |||| ||||  ||  | ||||| |||||||| ||||||||    
T  26951668 ttgataatgtagattttgttcttgattgtaaaaaggttgttgattgtgtcaattatagtctagaagatagtagcaagtttggatgtattatcactgcttg 26951569  T
Q  101 taaataactgctagaggatagattttagaactctcatgttgagttcaataggaggcaaacaaataggatagctcacgagttagctcagacagccctgtct 200  Q
    |||| |||||||||  ||||||||| |||||||||||||||||||||   |||||||| |||||||| |||||||||||||||||||| ||||||| |||    
T  26951568 taaacaactgctagttgatagatttcagaactctcatgttgagttcagccggaggcaagcaaatagggtagctcacgagttagctcaggcagccctatct 26951469  T
Q  201 aatcctaacccccatattattgatgat 227  Q
    ||||||| ||||||| | |||||||||    
T  26951468 aatcctagcccccatgtgattgatgat 26951442  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 106; E-Value: 4e-53
Query Start/End: Original strand, 1 - 229
Target Start/End: Original strand, 33324592 - 33324816
Alignment:
Q  1 ttgataatgtcgattttgtacttgattgtaaaaaagttgttgaatgtgtcaattctagtttagatgataacagtgaatttgggtgtattattactgcttg 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||  ||||||||| |||||||    
T  33324592 ttgataatgtcgattttgtacttgattgtaaaaaagttgttaattgtgtcaattttagtttagatgataacaatgaatttgaatgtattattgctgcttg 33324691  T
Q  101 taaataactgctagaggatagattttagaactctcatgttgagttcaataggaggcaaacaaataggatagctcacgagttagctcagacagccctgtct 200  Q
    |||| |  ||| ||||||||||||  | ||||||  | |||||||||| ||||||||  |||||||| |||| |||||  ||| ||||  ||||||||||    
T  33324692 taaacagttgcaagaggatagattccaaaactct--tattgagttcaacaggaggcacgcaaatagg-tagcccacgaactagttcaggtagccctgtct 33324788  T
Q  201 aatcctaacccccatattattgatgatgt 229  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||||    
T  33324789 aatcctaa-ccccatattattgatgatgt 33324816  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 87; E-Value: 8e-42
Query Start/End: Original strand, 1 - 175
Target Start/End: Complemental strand, 21276616 - 21276442
Alignment:
Q  1 ttgataatgtcgattttgtacttgattgtaaaaaagttgttgaatgtgtcaattctagtttagatgataacagtgaatttgggtgtattattactgcttg 100  Q
    |||||||||| |||||||| |||||||||||||  |||||||| |||||||||||||||||||||||||  || || ||||| |||||||| ||||||||    
T  21276616 ttgataatgtagattttgttcttgattgtaaaagggttgttgattgtgtcaattctagtttagatgatagtagcgagtttggatgtattatcactgcttg 21276517  T
Q  101 taaataactgctagaggatagattttagaactctcatgttgagttcaataggaggcaaacaaataggatagctca 175  Q
    |||| | ||| |||  ||||||||| | |||||||||||||||||||  | ||||||| ||||||||||||||||    
T  21276516 taaacagctgttagtagatagatttcaaaactctcatgttgagttcagcaagaggcaagcaaataggatagctca 21276442  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000001
Query Start/End: Original strand, 171 - 229
Target Start/End: Complemental strand, 9808774 - 9808716
Alignment:
Q  171 gctcacgagttagctcagacagccctgtctaatcctaacccccatattattgatgatgt 229  Q
    ||||||||||||||||||||||| || || |||||||||||||||||||| ||||||||    
T  9808774 gctcacgagttagctcagacagctctatccaatcctaacccccatattatagatgatgt 9808716  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 40; E-Value: 0.00000000000009
Query Start/End: Original strand, 1 - 56
Target Start/End: Original strand, 23556617 - 23556672
Alignment:
Q  1 ttgataatgtcgattttgtacttgattgtaaaaaagttgttgaatgtgtcaattct 56  Q
    |||| ||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||| ||||||||||||    
T  23556617 ttgacaatgtcgattttgtatttgattgtaaaagagttgttgattgtgtcaattct 23556672  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000002
Query Start/End: Original strand, 118 - 185
Target Start/End: Original strand, 26440806 - 26440873
Alignment:
Q  118 atagattttagaactctcatgttgagttcaataggaggcaaacaaataggatagctcacgagttagct 185  Q
    |||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||| | ||| || | ||||| |||||||||    
T  26440806 atagtttttagaactctcatgtcgagttcaataggaggcaagctaatggggttgctcatgagttagct 26440873  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 113; Significance: 2e-57; HSPs: 11)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 113; E-Value: 2e-57
Query Start/End: Original strand, 1 - 229
Target Start/End: Complemental strand, 23059569 - 23059341
Alignment:
Q  1 ttgataatgtcgattttgtacttgattgtaaaaaagttgttgaatgtgtcaattctagtttagatgataacagtgaatttgggtgtattattactgcttg 100  Q
    |||||||||| |||||||| |||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||| |||| ||||  || || ||||| |||||||| ||| ||||    
T  23059569 ttgataatgtagattttgttcttgattgtaaaaaggttgttgattgtgtcaattctagtctagaagatagtagcgagtttggatgtattatcactacttg 23059470  T
Q  101 taaataactgctagaggatagattttagaactctcatgttgagttcaataggaggcaaacaaataggatagctcacgagttagctcagacagccctgtct 200  Q
    |||| | |||||||  ||||||||| |||||||||||||||||||||   |||||||| |||||||| |||||||||||||||||||| ||| ||| |||    
T  23059469 taaacagctgctagttgatagatttcagaactctcatgttgagttcagccggaggcaagcaaatagggtagctcacgagttagctcaggcagtcctatct 23059370  T
Q  201 aatcctaacccccatattattgatgatgt 229  Q
    ||||||| ||||||| | |||||||||||    
T  23059369 aatcctagcccccatgtgattgatgatgt 23059341  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 105; E-Value: 1e-52
Query Start/End: Original strand, 1 - 229
Target Start/End: Original strand, 16889025 - 16889252
Alignment:
Q  1 ttgataatgtcgattttgtacttgattgtaaaaaagttgttgaatgtgtcaattctagtttagatgataacagtgaatttgggtgtattattactgcttg 100  Q
    |||||||||| |||||||| |||||||||||||| |||||||| ||||||||||||| | |||| ||||  || || ||||| |||||||| |||| |||    
T  16889025 ttgataatgtagattttgttcttgattgtaaaaaggttgttgattgtgtcaattctaatctagaagatagtagcgagtttggatgtattatcactgtttg 16889124  T
Q  101 taaataactgctagaggatagattttagaactctcatgttgagttcaataggaggcaaacaaataggatagctcacgagttagctcagacagccctgtct 200  Q
    |||| | | |||||  ||||||||| ||||||||||||||||||||| | |||||||| |||||||| |||||||||||||||||||| ||||||| |||    
T  16889125 taaacagccgctagttgatagatttcagaactctcatgttgagttcagtcggaggcaagcaaatagggtagctcacgagttagctcag-cagccctatct 16889223  T
Q  201 aatcctaacccccatattattgatgatgt 229  Q
    ||||||| | ||||| | |||||||||||    
T  16889224 aatcctagctcccatgtgattgatgatgt 16889252  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 90; E-Value: 1e-43
Query Start/End: Original strand, 90 - 227
Target Start/End: Complemental strand, 37857109 - 37856972
Alignment:
Q  90 attactgcttgtaaataactgctagaggatagattttagaactctcatgttgagttcaataggaggcaaacaaataggatagctcacgagttagctcaga 189  Q
    |||| |||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||  ||||||||||||||||||||     
T  37857109 attattgcttgtaaacaactgctagaggatagatttcagaactctcatgttgagttcaacaggaggcaagcaaatagagtagctcacgagttagctcagg 37857010  T
Q  190 cagccctgtctaatcctaacccccatattattgatgat 227  Q
    | | |||| ||||||| |||||||||||||||||||||    
T  37857009 cggtcctgcctaatcccaacccccatattattgatgat 37856972  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 68; E-Value: 2e-30
Query Start/End: Original strand, 78 - 229
Target Start/End: Original strand, 35096868 - 35097019
Alignment:
Q  78 tttgggtgtattattactgcttgtaaataactgctagaggatagattttagaactctcatgttgagttcaataggaggcaaacaaataggatagctcacg 177  Q
    ||||| ||||||||  | ||||||||| || || ||| |||||||||| ||||||||||||| ||||||||||| |||||| |||||||| | |||||||    
T  35096868 tttggttgtattatctccgcttgtaaacaaatgttagtggatagatttcagaactctcatgtcgagttcaatagaaggcaagcaaatagggttgctcacg 35096967  T
Q  178 agttagctcagacagccctgtctaatcctaacccccatattattgatgatgt 229  Q
    |||||||||||||| |||| |||||||||| ||  | |||||| ||||||||    
T  35096968 agttagctcagacaaccctatctaatcctagccatcgtattatagatgatgt 35097019  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 54; E-Value: 4e-22
Query Start/End: Original strand, 24 - 197
Target Start/End: Original strand, 6969515 - 6969688
Alignment:
Q  24 gattgtaaaaaagttgttgaatgtgtcaattctagtttagatgataacagtgaatttgggtgtattattactgcttgtaaataactgctagaggatagat 123  Q
    |||| |||||||||||||||   ||| ||||||  | |||||||||| ||||| ||||| ||||| ||| ||||||||| | || || || |  ||||||    
T  6969515 gattctaaaaaagttgttgatcatgttaattctgatatagatgataatagtgagtttggttgtataatttctgcttgtagacaattgttacaaaatagat 6969614  T
Q  124 tttagaactctcatgttgagttcaataggaggcaaacaaataggatagctcacgagttagctcagacagccctg 197  Q
    || ||||||||||||| || ||||||| |||| ||  |||| || | |||||||||||||||||||||||||||    
T  6969615 ttcagaactctcatgtcgatttcaataagaggtaagtaaatggggtcgctcacgagttagctcagacagccctg 6969688  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 46; E-Value: 2e-17
Query Start/End: Original strand, 4 - 220
Target Start/End: Original strand, 46078345 - 46078560
Alignment:
Q  4 ataatgtcgattttgtacttgattgtaaaaaagttgttgaatgtgtcaattctagtttagatgataacagtgaatttgggtgtattattactgcttgtaa 103  Q
    ||||||| || ||||  ||||||| ||||| ||||||||| | ||| |||||  || ||||||||||||  || ||||| ||||||||  ||||||||||    
T  46078345 ataatgtggactttgatcttgattctaaaagagttgttgattttgtgaattcacgtgtagatgataacaacgagtttggttgtattatatctgcttgtaa 46078444  T
Q  104 ataactgctagaggatagatttt-agaactctcatgttgagttcaataggaggcaaacaaataggatagctcacgagttagctcagacagccctgtctaa 202  Q
    |||  |   ||   ||||||||| ||||||||||||| ||| |||| | |||||||||||||||| | |||||||||||| || ||||| ||||  ||||    
T  46078445 atagttatcagttaatagattttcagaactctcatgtcgagctcaacaagaggcaaacaaatagg-tcgctcacgagttaacttagaca-ccctacctaa 46078542  T
Q  203 tcctaacccccatattat 220  Q
    ||||| ||||||| ||||    
T  46078543 tcctagcccccatgttat 46078560  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 40; E-Value: 0.00000000000009
Query Start/End: Original strand, 118 - 225
Target Start/End: Original strand, 9633058 - 9633165
Alignment:
Q  118 atagattttagaactctcatgttgagttcaataggaggcaaacaaataggatagctcacgagttagctcagacagccctgtctaatcctaacccccatat 217  Q
    |||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||   ||| || | | | |||||||||||||||||  ||| || ||| ||| |||||||||    
T  9633058 atagatttcagaactctcatgtcgagttcaataggaggcaagtgaatggggtcgattacgagttagctcagacaatcctatccaatactagcccccatat 9633157  T
Q  218 tattgatg 225  Q
    ||| ||||    
T  9633158 tatagatg 9633165  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #8
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000003
Query Start/End: Original strand, 62 - 228
Target Start/End: Complemental strand, 1479398 - 1479232
Alignment:
Q  62 agatgataacagtgaatttgggtgtattattactgcttgtaaataactgctagaggatagattttagaactctcatgttgagttcaataggaggcaaaca 161  Q
    ||||||||| ||||| ||||| ||||| ||| |||||| || || | || || |  |||||||| ||||||||||| | ||||||||||||||||||  |    
T  1479398 agatgataatagtgactttggttgtataatttctgcttatagatgattgttacaaaatagatttcagaactctcatatcgagttcaataggaggcaagta 1479299  T
Q  162 aataggatagctcacgagttagctcagacagccctgtctaatcctaacccccatattattgatgatg 228  Q
    ||| || |  ||||| ||||||||| ||||||||  |  ||||||| | | |||||||| |||||||    
T  1479298 aatggggtcactcacaagttagctcggacagccccattaaatcctagctcacatattatagatgatg 1479232  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #9
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000003
Query Start/End: Original strand, 118 - 187
Target Start/End: Complemental strand, 17283632 - 17283563
Alignment:
Q  118 atagattttagaactctcatgttgagttcaataggaggcaaacaaataggatagctcacgagttagctca 187  Q
    |||||||| |||||||| |||| |||||||||||||||||||| ||| || |  ||||||||||| ||||    
T  17283632 atagatttcagaactcttatgtcgagttcaataggaggcaaacgaatggggtgactcacgagttaactca 17283563  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #10
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000003
Query Start/End: Original strand, 1 - 54
Target Start/End: Complemental strand, 37857160 - 37857107
Alignment:
Q  1 ttgataatgtcgattttgtacttgattgtaaaaaagttgttgaatgtgtcaatt 54  Q
    |||||||||| |||||| ||||||||||||||| | ||||||| ||||||||||    
T  37857160 ttgataatgttgattttatacttgattgtaaaatatttgttgattgtgtcaatt 37857107  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #11
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 118 - 158
Target Start/End: Original strand, 1394125 - 1394165
Alignment:
Q  118 atagattttagaactctcatgttgagttcaataggaggcaa 158  Q
    |||| ||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  1394125 atagttttcagaactctcatgtcgagttcaataggaggcaa 1394165  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 100; Significance: 1e-49; HSPs: 4)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 100; E-Value: 1e-49
Query Start/End: Original strand, 1 - 228
Target Start/End: Original strand, 32899786 - 32900013
Alignment:
Q  1 ttgataatgtcgattttgtacttgattgtaaaaaagttgttgaatgtgtcaattctagtttagatgataacagtgaatttgggtgtattattactgcttg 100  Q
    |||||||||| |||||||| |||||||||||||   ||||||| || ||||| ||||||||||||||||  ||  | ||||| |||||||| ||||||||    
T  32899786 ttgataatgtagattttgttcttgattgtaaaaggattgttgattgcgtcaactctagtttagatgatagtagcaagtttggatgtattatcactgcttg 32899885  T
Q  101 taaataactgctagaggatagattttagaactctcatgttgagttcaataggaggcaaacaaataggatagctcacgagttagctcagacagccctgtct 200  Q
    |||| |  ||||||  ||||||||| |||||||||||||||||||||  ||||| ||| |||||||| ||| |||||||||||||||  |||||||||||    
T  32899886 taaacagttgctagtagatagatttcagaactctcatgttgagttcaccaggagacaatcaaatagggtagttcacgagttagctcatgcagccctgtct 32899985  T
Q  201 aatcctaacccccatattattgatgatg 228  Q
    |||| || |||||| |||||||||||||    
T  32899986 aatcatagcccccacattattgatgatg 32900013  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 98; E-Value: 2e-48
Query Start/End: Original strand, 1 - 229
Target Start/End: Complemental strand, 13104598 - 13104369
Alignment:
Q  1 ttgataatgtcgattttgtacttgattgtaaaaaagttgttgaatgtgtcaattctagtttagatgataacagtgaatttgggtgtattattactgcttg 100  Q
    |||| ||| ||||||||||  ||||||||||||   || |||  |||| ||||||||| ||||||||||  || || ||||| |||||||| ||||||||    
T  13104598 ttgacaatctcgattttgttattgattgtaaaaggattcttggttgtgacaattctagcttagatgatagtagcgagtttggatgtattatcactgcttg 13104499  T
Q  101 taaataactgctagaggatagattttagaactctcatgttgagttcaataggaggcaaa-caaataggatagctcacgagttagctcagacagccctgtc 199  Q
    |||| | ||| |||  ||||||||| |||||||||||||||||||||| | |||||||| ||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  13104498 taaacagctggtagtagatagatttcagaactctcatgttgagttcaacaagaggcaaagcaagtagggtagctcacgagttagctcagacagccctgtc 13104399  T
Q  200 taatcctaacccccatattattgatgatgt 229  Q
    ||||| || ||||||||||||||| |||||    
T  13104398 taatcttagcccccatattattgacgatgt 13104369  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 94; E-Value: 5e-46
Query Start/End: Original strand, 1 - 175
Target Start/End: Complemental strand, 27862300 - 27862134
Alignment:
Q  1 ttgataatgtcgattttgtacttgattgtaaaaaagttgttgaatgtgtcaattctagtttagatgataacagtgaatttgggtgtattattactgcttg 100  Q
    |||||||| || ||||||||||||||||| ||| ||||||||| ||||||||||||||||        | ||| |||||| |||||||||||||||||||    
T  27862300 ttgataatatcaattttgtacttgattgtcaaagagttgttgattgtgtcaattctagtt--------agcagcgaatttaggtgtattattactgcttg 27862209  T
Q  101 taaataactgctagaggatagattttagaactctcatgttgagttcaataggaggcaaacaaataggatagctca 175  Q
    |||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||| |||||||    
T  27862208 taaatagctgctagaggatagatttcagaactctcatgttgagttcaacaggaggcaaataaatagggtagctca 27862134  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 80; E-Value: 1e-37
Query Start/End: Original strand, 2 - 229
Target Start/End: Original strand, 11657519 - 11657745
Alignment:
Q  2 tgataatgtcgattttgtacttgattgtaaaaaagttgttgaatgtgtcaattctagtttagatgataacagtgaatttgggtgtattattactgcttgt 101  Q
    ||||||||| |||||| | || ||||||||||| |||| ||| ||||||||||||||| |||| ||||  |   | ||||| |||||||| ||||||||     
T  11657519 tgataatgtagattttattctcgattgtaaaaaggttggtgattgtgtcaattctagtctagaagatagtatcaagtttggatgtattatcactgcttg- 11657617  T
Q  102 aaataactgctagaggatagattttagaactctcatgttgagttcaataggaggcaaacaaataggatagctcacgagttagctcagacagccctgtcta 201  Q
    ||| | |||||||  ||||||||| |||||||||||||||||||||   |||||||| |||||||| ||||||||||||||||| ||  |||||| ||||    
T  11657618 aaacagctgctagttgatagatttcagaactctcatgttgagttcagccggaggcaagcaaatagggtagctcacgagttagcttaggtagccctatcta 11657717  T
Q  202 atcctaacccccatattattgatgatgt 229  Q
    |||||| ||| ||| | |||||||||||    
T  11657718 atcctagccctcatgtgattgatgatgt 11657745  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0010 (Bit Score: 99; Significance: 5e-49; HSPs: 1)
Name: scaffold0010
Description:

Target: scaffold0010; HSP #1
Raw Score: 99; E-Value: 5e-49
Query Start/End: Original strand, 1 - 227
Target Start/End: Complemental strand, 255593 - 255368
Alignment:
Q  1 ttgataatgtcgattttgtacttgattgtaaaaaagttgttgaatgtgtcaattctagtttagatgataacagtgaatttgggtgtattattactgcttg 100  Q
    |||||||||| |||||||| |||||||| ||||  |||||||| | ||||||||||||| |||| ||||  || || ||||| |||||||| ||||||||    
T  255593 ttgataatgtagattttgttcttgattgcaaaag-gttgttgattatgtcaattctagtctagaagatagtagcgagtttggatgtattatcactgcttg 255495  T
Q  101 taaataactgctagaggatagattttagaactctcatgttgagttcaataggaggcaaacaaataggatagctcacgagttagctcagacagccctgtct 200  Q
    |||| | |||||||  ||||||||| |||| ||||||||||||||||   |||||||| |||||||| ||||||||| |||||||||| ||||||| |||    
T  255494 taaacagctgctagttgatagatttcagaattctcatgttgagttcagccggaggcaagcaaatagggtagctcacgggttagctcaggcagccctatct 255395  T
Q  201 aatcctaacccccatattattgatgat 227  Q
    ||||||| ||||||||| |||||||||    
T  255394 aatcctagcccccatatgattgatgat 255368  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0151 (Bit Score: 50; Significance: 9e-20; HSPs: 1)
Name: scaffold0151
Description:

Target: scaffold0151; HSP #1
Raw Score: 50; E-Value: 9e-20
Query Start/End: Original strand, 116 - 229
Target Start/End: Complemental strand, 21463 - 21351
Alignment:
Q  116 ggatagattttagaactctcatgttgagttcaataggaggcaaacaaataggatagctcacgagttagctcagacagccctgtctaatcctaacccccat 215  Q
    |||||||||| |||| |||||||| |||||||| |||||||||  ||||||| |||||||  ||||||||||   |||||| |||||||||| |||||||    
T  21463 ggatagatttcagaa-tctcatgtcgagttcaacaggaggcaaggaaatagggtagctcataagttagctcaagtagccctatctaatcctagcccccat 21365  T
Q  216 attattgatgatgt 229  Q
    | ||||||||||||    
T  21364 actattgatgatgt 21351  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University