View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF4111_low_1 (Length: 820)

Name: NF4111_low_1
Description: NF4111
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF4111_low_1
NF4111_low_1
[»] chr3 (4 HSPs)
chr3 (37-809)||(44477790-44478562)
chr3 (333-603)||(34584692-34584962)
chr3 (744-784)||(30037975-30038015)
chr3 (744-809)||(46240524-46240589)
[»] chr5 (2 HSPs)
chr5 (37-809)||(21975616-21976388)
chr5 (744-784)||(29878555-29878595)
[»] chr7 (6 HSPs)
chr7 (286-505)||(47735013-47735232)
chr7 (724-809)||(14798552-14798637)
chr7 (724-809)||(15245544-15245629)
chr7 (724-809)||(14632754-14632839)
chr7 (378-580)||(13048059-13048261)
chr7 (378-598)||(34797383-34797603)
[»] chr4 (3 HSPs)
chr4 (286-505)||(35598474-35598693)
chr4 (531-601)||(17323260-17323330)
chr4 (738-809)||(4497019-4497090)
[»] chr8 (4 HSPs)
chr8 (204-505)||(41771489-41771790)
chr8 (519-601)||(1379763-1379845)
chr8 (447-604)||(17130025-17130182)
chr8 (744-784)||(3921013-3921053)
[»] chr2 (2 HSPs)
chr2 (286-600)||(13649870-13650181)
chr2 (447-599)||(20653593-20653745)
[»] chr6 (2 HSPs)
chr6 (378-598)||(22370815-22371035)
chr6 (738-809)||(24675827-24675898)
[»] chr1 (2 HSPs)
chr1 (724-809)||(26268773-26268858)
chr1 (333-419)||(30964578-30964664)
[»] scaffold0300 (1 HSPs)
scaffold0300 (738-809)||(18433-18504)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 705; Significance: 0; HSPs: 4)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 705; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 37 - 809
Target Start/End: Original strand, 44477790 - 44478562
Alignment:
Q  37 caattgctacttccaagtgggtgacaaaggaagtgcttccaaagataatgacaactggtgacatgcctgtcaaagatataatgaaggacttgaggaggaa 136  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  44477790 caattgctacttccaagtgggtgacaaaggaagtgcttccaaagataatgacaactggtgatatgcctgtcaaagatataatgaaggacttgaggaggaa 44477889  T
Q  137 acattcagtaggtgtatctttccatgtagcttggaaggcaaagaaaatggcaaaagaaatcattgaaggtgatgctaagaaacaatatactctgctttgg 236  Q
    | ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  44477890 atattcagtgggtgtatctttccatgtagcttggaaggcaaagaaaatggctaaagaaatcattgaaggtgatgctaagaaacaatatactctgctttgg 44477989  T
Q  237 aggtatgctgctgagttgcacagagtttcattgggaaataccctcaaaattaatgtggagagaacactgttaacaaatcaaccaaggttcaacaagtttt 336  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  44477990 aggtatgctgctgagttgcacagagtttcattgggaaataccctcaagattaatgtggagagaacactgttaacaaatcaaccaaggttcaacaagtttt 44478089  T
Q  337 atttctgctttgaaggttgtaaaaaaggatttttgagtggatgtaggcctttcattggagtggatggatgccatctgaaaacaatgtatggaggaatact 436  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  44478090 atttctgttttgaaggttgtaaaaaaggatttttgagtggatgtaggcctttcattggagtggatggatgccatctgaaaacaatgtatggaggaatact 44478189  T
Q  437 actggttgctgttggaagagatgcaaatgatcagtattacccattggcttttggagtggttgagaatgagactaatgatgcttggagatggttcttgaca 536  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  44478190 actggttgctgttggaagagatgcaaatgatcagtattacccattggcttttggagtggttgagaatgagactaatgaagcttggagatggttcttgaca 44478289  T
Q  537 ttgctacttaatgatattggcactgataggagatgggtctttatatcagaccaacaaaaggtaaataatttatgttttgagactaatttgtacttatgtt 636  Q
    |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  44478290 ttgctacttaatgatattggcactgacaggagatgggtctttataacagaccaacaaaaggtaaatagtttatgttttgagactaatttgtacttatgtt 44478389  T
Q  637 atgttttgctctgtgtacttatgttttgttttgctatgtgtgtactctagggattgattccagttttagaagaatggtctgacagggttgaacataggct 736  Q
     |||| |||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |    
T  44478390 ttgttatgctgtgtgtacttatgttttcttttgctatgtgtgtactctagggattgattccagttttagaagaatggtctgacaggcttgaacataggtt 44478489  T
Q  737 gtgtttcagacatttatatgctaacttcaagaagaagtttggaggagggaccttgattagagacttgatgatg 809  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  44478490 gtgtttgagacatttatatgctaacttcaagaagaagtttggaggagggaccttgattagagacttgatgatg 44478562  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000005
Query Start/End: Original strand, 333 - 603
Target Start/End: Original strand, 34584692 - 34584962
Alignment:
Q  333 ttttatttctgctttgaaggttgtaaaaaaggatttttgagtggatgtaggcctttcattggagtggatggatgccatctgaaaacaatgtatggaggaa 432  Q
    |||||||| |||||||||||||||||| |||| || |||| ||| ||||| || ||||| || || |||||||| ||| ||||||||   ||||| ||      
T  34584692 ttttatttttgctttgaaggttgtaaacaagggttcttgaatggttgtagacccttcataggtgtagatggatgtcatttgaaaacacaatatggcgggc 34584791  T
Q  433 tactactggttgctgttggaagagatgcaaatgatcagtattacccattggcttttggagtggttgagaatgagactaatgatgcttggagatggttctt 532  Q
     ||| ||| | ||||| ||||||||||| ||||| || ||||| ||  | ||||||||| | |||||   ||||| || |||  | ||||| ||||| ||    
T  34584792 aacttctgatagctgtgggaagagatgctaatgaccaatattatcctcttgcttttggaattgttgaagttgagaatactgaatcatggaggtggttttt 34584891  T
Q  533 gacattgctacttaatgatattggcactgataggagatgggtctttatatcagaccaacaaaaggtaaata 603  Q
     ||  |  ||||  | |||||||| ||||| | ||||||||| |||||||| || ||||||||||||||||    
T  34584892 aactcttttactagaggatattggaactgagaagagatgggtatttatatctgatcaacaaaaggtaaata 34584962  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000005
Query Start/End: Original strand, 744 - 784
Target Start/End: Complemental strand, 30038015 - 30037975
Alignment:
Q  744 agacatttatatgctaacttcaagaagaagtttggaggagg 784  Q
    |||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  30038015 agacatttgtatgctaatttcaagaagaagtttggaggagg 30037975  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 744 - 809
Target Start/End: Original strand, 46240524 - 46240589
Alignment:
Q  744 agacatttatatgctaacttcaagaagaagtttggaggagggaccttgattagagacttgatgatg 809  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||| ||||| ||||| ||  | || || ||||||||||||    
T  46240524 agacatttgtatgctaacttcaagaagaaatttggtggaggtactcttataagggacttgatgatg 46240589  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 693; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 693; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 37 - 809
Target Start/End: Complemental strand, 21976388 - 21975616
Alignment:
Q  37 caattgctacttccaagtgggtgacaaaggaagtgcttccaaagataatgacaactggtgacatgcctgtcaaagatataatgaaggacttgaggaggaa 136  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  21976388 caattgctacttccaagtgggtgacaaaggaagtgcttccaaagataatgacaactggtgatgtgcctgtcaaagatataatgaaggacttgaggaggaa 21976289  T
Q  137 acattcagtaggtgtatctttccatgtagcttggaaggcaaagaaaatggcaaaagaaatcattgaaggtgatgctaagaaacaatatactctgctttgg 236  Q
    | ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  21976288 atattcagtgggtgtatctttccatgtagcttggaaggcaaagaaaatggctaaagaaatcattgaaggtgatgctaagaaacaatatactctgctttgg 21976189  T
Q  237 aggtatgctgctgagttgcacagagtttcattgggaaataccctcaaaattaatgtggagagaacactgttaacaaatcaaccaaggttcaacaagtttt 336  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  21976188 aggtatactgctgagttgcacagagtttcattgggaaataccctcaagattaatgtggagagaacactgttaacaaatcaaccaaggttcaacaagtttt 21976089  T
Q  337 atttctgctttgaaggttgtaaaaaaggatttttgagtggatgtaggcctttcattggagtggatggatgccatctgaaaacaatgtatggaggaatact 436  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  21976088 atttctgttttgaaggttgtaaaaaaggatttttgagtggatgtaggcctttcattggagtggatggatgccatctgaaaacaatgtatggaggaatact 21975989  T
Q  437 actggttgctgttggaagagatgcaaatgatcagtattacccattggcttttggagtggttgagaatgagactaatgatgcttggagatggttcttgaca 536  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  21975988 actggttgttgttggaagagatgcaaatgatcagtattacccattggcttttggagtggttgagaatgagactaatgaagcttggagatggttcttgaca 21975889  T
Q  537 ttgctacttaatgatattggcactgataggagatgggtctttatatcagaccaacaaaaggtaaataatttatgttttgagactaatttgtacttatgtt 636  Q
    |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  21975888 ttgctacttaatgatattggcactgacaggagatgggtctttataacagaccaacaaaaggtaaatagtttatgttttgagactaatttgtacttatgtt 21975789  T
Q  637 atgttttgctctgtgtacttatgttttgttttgctatgtgtgtactctagggattgattccagttttagaagaatggtctgacagggttgaacataggct 736  Q
     |||| |||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||    
T  21975788 ttgttatgctgtgtgtacttatgttttcttttgctatgtgtgtactctagggattgattccagttttagaagaatggtctggcaggcttgaacataggct 21975689  T
Q  737 gtgtttcagacatttatatgctaacttcaagaagaagtttggaggagggaccttgattagagacttgatgatg 809  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  21975688 gtgtttgagacatttatatgctaacttcaagaagaagtttggaggagggaccttgattagagacttgatgatg 21975616  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000005
Query Start/End: Original strand, 744 - 784
Target Start/End: Original strand, 29878555 - 29878595
Alignment:
Q  744 agacatttatatgctaacttcaagaagaagtttggaggagg 784  Q
    |||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  29878555 agacatttgtatgctaatttcaagaagaagtttggaggagg 29878595  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 72; Significance: 3e-32; HSPs: 6)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 72; E-Value: 3e-32
Query Start/End: Original strand, 286 - 505
Target Start/End: Original strand, 47735013 - 47735232
Alignment:
Q  286 ttaatgtggagagaacactgttaacaaatcaaccaaggttcaacaagttttatttctgctttgaaggttgtaaaaaaggatttttgagtggatgtaggcc 385  Q
    ||||||| ||||||||  || |||||||||||||||| |||| ||||||||| || || ||||| ||||| ||  |||| ||||||  ||| ||||||||    
T  47735013 ttaatgttgagagaaccttgataacaaatcaaccaagattcagcaagttttacttttgttttgatggttgcaagcaaggttttttggctggttgtaggcc 47735112  T
Q  386 tttcattggagtggatggatgccatctgaaaacaatgtatggaggaatactactggttgctgttggaagagatgcaaatgatcagtattacccattggct 485  Q
     || |||||||||||||| || ||  ||||||| | || |||||| ||| || | |||| ||||||||||||||||||||| || |||| |||||| ||     
T  47735113 atttattggagtggatgggtgtcacttgaaaactaagtttggaggtatattattagttgatgttggaagagatgcaaatgaccaatatttcccattagca 47735212  T
Q  486 tttggagtggttgagaatga 505  Q
    |||||||| |||||||||||    
T  47735213 tttggagttgttgagaatga 47735232  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 46; E-Value: 8e-17
Query Start/End: Original strand, 724 - 809
Target Start/End: Complemental strand, 14798637 - 14798552
Alignment:
Q  724 ttgaacataggctgtgtttcagacatttatatgctaacttcaagaagaagtttggaggagggaccttgattagagacttgatgatg 809  Q
    |||| |||||| |||| || || ||||| |||||||| || |||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||    
T  14798637 ttgaccataggttgtgcttaaggcatttgtatgctaattttaagaagaagtttggaggaggaacattgattagagacttgatgatg 14798552  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 46; E-Value: 8e-17
Query Start/End: Original strand, 724 - 809
Target Start/End: Complemental strand, 15245629 - 15245544
Alignment:
Q  724 ttgaacataggctgtgtttcagacatttatatgctaacttcaagaagaagtttggaggagggaccttgattagagacttgatgatg 809  Q
    |||| |||||| |||| || || ||||| |||||||| || |||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||    
T  15245629 ttgaccataggttgtgcttaaggcatttgtatgctaattttaagaagaagtttggaggaggaacattgattagagacttgatgatg 15245544  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000002
Query Start/End: Original strand, 724 - 809
Target Start/End: Original strand, 14632754 - 14632839
Alignment:
Q  724 ttgaacataggctgtgtttcagacatttatatgctaacttcaagaagaagtttggaggagggaccttgattagagacttgatgatg 809  Q
    |||| |||||| |||| || || ||||| |||| ||| || |||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||    
T  14632754 ttgaccataggttgtgcttaaggcatttgtatgataattttaagaagaagtttggaggaggaacattgattagagacttgatgatg 14632839  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 39; E-Value: 0.000000000001
Query Start/End: Original strand, 378 - 580
Target Start/End: Complemental strand, 13048261 - 13048059
Alignment:
Q  378 tgtaggcctttcattggagtggatggatgccatctgaaaacaatgtatggaggaatactactggttgctgttggaagagatgcaaatgatcagtattacc 477  Q
    |||||||| ||||| || |||||||| || |||||||||||    |||||||| ||  || ||||||| ||||| |||||||||||||| || || | ||    
T  13048261 tgtaggccattcataggggtggatgggtgtcatctgaaaacccaatatggaggtattttattggttgcagttggtagagatgcaaatgaccaatacttcc 13048162  T
Q  478 cattggcttttggagtggttgagaatgagactaatgatgcttggagatggttcttgacattgctacttaatgatattggcactgataggagatgggtctt 577  Q
    |  ||||||||||||| || |||| |||||| |   || ||||||| |||||| | || || || ||| | |||||||| ||| | ||||||||||| ||    
T  13048161 ctctggcttttggagttgtagagactgagacaacatattcttggaggtggttccttaccttactgcttgaagatattggaactaacaggagatgggtgtt 13048062  T
Q  578 tat 580  Q
    |||    
T  13048061 tat 13048059  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000002
Query Start/End: Original strand, 378 - 598
Target Start/End: Complemental strand, 34797603 - 34797383
Alignment:
Q  378 tgtaggcctttcattggagtggatggatgccatctgaaaacaatgtatggaggaatactactggttgctgttggaagagatgcaaatgatcagtattacc 477  Q
    |||||| | ||||| || |||||||| || |||||||||||    | |||||| ||  || ||||||| ||||| |||||||||||||| || || |  |    
T  34797603 tgtaggtcattcataggggtggatgggtgtcatctgaaaacccaatttggaggtattttattggttgcagttggtagagatgcaaatgaccaatactttc 34797504  T
Q  478 cattggcttttggagtggttgagaatgagactaatgatgcttggagatggttcttgacattgctacttaatgatattggcactgataggagatgggtctt 577  Q
    | |||||||||||||| || |||| ||| || |  ||| | ||||| |||||| | || || || ||| | |||||||| ||| ||||||||||||| ||    
T  34797503 ctttggcttttggagttgtagagactgaaacaacagattcatggaggtggttccttaccttactgcttgaagatattggaactaataggagatgggtatt 34797404  T
Q  578 tatatcagaccaacaaaaggt 598  Q
    ||| || || |||||||||||    
T  34797403 tatttctgatcaacaaaaggt 34797383  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 72; Significance: 3e-32; HSPs: 3)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 72; E-Value: 3e-32
Query Start/End: Original strand, 286 - 505
Target Start/End: Original strand, 35598474 - 35598693
Alignment:
Q  286 ttaatgtggagagaacactgttaacaaatcaaccaaggttcaacaagttttatttctgctttgaaggttgtaaaaaaggatttttgagtggatgtaggcc 385  Q
    ||||||| ||||||||  ||||||||||||||| ||| |||| ||||||||| || || ||||| ||||| ||  |||| ||||||  ||| ||||||||    
T  35598474 ttaatgttgagagaaccttgttaacaaatcaacaaagattcagcaagttttacttttgttttgatggttgcaagcaaggttttttggctggttgtaggcc 35598573  T
Q  386 tttcattggagtggatggatgccatctgaaaacaatgtatggaggaatactactggttgctgttggaagagatgcaaatgatcagtattacccattggct 485  Q
     || |||||||||||||| || ||  ||||||| | || |||||| ||| || | |||| ||||||||||||||||||||| || |||| |||||| ||     
T  35598574 atttattggagtggatgggtgtcacttgaaaactaagtttggaggtatattattagttgatgttggaagagatgcaaatgaccaatatttcccattagca 35598673  T
Q  486 tttggagtggttgagaatga 505  Q
    |||||||| |||||||||||    
T  35598674 tttggagttgttgagaatga 35598693  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 39; E-Value: 0.000000000001
Query Start/End: Original strand, 531 - 601
Target Start/End: Original strand, 17323260 - 17323330
Alignment:
Q  531 ttgacattgctacttaatgatattggcactgataggagatgggtctttatatcagaccaacaaaaggtaaa 601  Q
    ||||| ||| ||||| |||||||||| ||||| | ||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||    
T  17323260 ttgaccttgttacttgatgatattggtactgagaagagatgggtctttatttcagatcaacaaaaggtaaa 17323330  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000008
Query Start/End: Original strand, 738 - 809
Target Start/End: Complemental strand, 4497090 - 4497019
Alignment:
Q  738 tgtttcagacatttatatgctaacttcaagaagaagtttggaggagggaccttgattagagacttgatgatg 809  Q
    ||||| |||||||||||||| |||||||| ||||||||||| || || |||||||| || ||| ||||||||    
T  4497090 tgtttaagacatttatatgcaaacttcaaaaagaagtttggtggtggaaccttgataagggacctgatgatg 4497019  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 71; Significance: 1e-31; HSPs: 4)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 71; E-Value: 1e-31
Query Start/End: Original strand, 204 - 505
Target Start/End: Complemental strand, 41771790 - 41771489
Alignment:
Q  204 ggtgatgctaagaaacaatatactctgctttggaggtatgctgctgagttgcacagagtttc-attgggaaataccctcaaaattaatgtggagagaaca 302  Q
    |||||||| ||||||||||| ||||| || ||||||||||| ||||||||  | || || |  | |||||| ||  |||||  ||||||| || |||||     
T  41771790 ggtgatgcaaagaaacaatacactctactatggaggtatgcagctgagttaaagagggtgtgtaatgggaa-taatctcaagcttaatgttgaaagaact 41771692  T
Q  303 ctgttaacaaatcaaccaaggttcaacaagttttatttctgctttgaaggttgtaaaaaaggatttttgagtggatgtaggcctttcattggagtggatg 402  Q
     ||||||| ||||||||||| |||| ||||||||| || || ||||| ||||| ||  |||| ||||||  ||| |||||||| || |||||||||||||    
T  41771691 ttgttaaccaatcaaccaagattcagcaagttttacttttgttttgatggttgcaagcaaggttttttggctggctgtaggccatttattggagtggatg 41771592  T
Q  403 gatgccatctgaaaacaatgtatggaggaatactactggttgctgttggaagagatgcaaatgatcagtattacccattggcttttggagtggttgagaa 502  Q
    | || ||  ||||||| | || |||||| ||| || | |||| ||||||||||||||||||||| || |||| |||||| || |||||||| ||||||||    
T  41771591 ggtgtcacttgaaaactaagtttggaggtatattattagttgatgttggaagagatgcaaatgaccaatatttcccattagcatttggagttgttgagaa 41771492  T
Q  503 tga 505  Q
    |||    
T  41771491 tga 41771489  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 39; E-Value: 0.000000000001
Query Start/End: Original strand, 519 - 601
Target Start/End: Complemental strand, 1379845 - 1379763
Alignment:
Q  519 tggagatggttcttgacattgctacttaatgatattggcactgataggagatgggtctttatatcagaccaacaaaaggtaaa 601  Q
    ||||| ||||| |||||  || ||||| |||||||||| ||||| | ||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||    
T  1379845 tggaggtggtttttgaccctgttacttgatgatattggtactgagaagagatgggtctttatttcagatcaacaaaaggtaaa 1379763  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 34; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 447 - 604
Target Start/End: Complemental strand, 17130182 - 17130025
Alignment:
Q  447 gttggaagagatgcaaatgatcagtattacccattggcttttggagtggttgagaatgagactaatgatgcttggagatggttcttgacattgctactta 546  Q
    ||||| || ||||||||||| || |||||||| || |||||||| || |||||    |||| ||| ||  |||||||||||||  | ||| |  |||||     
T  17130182 gttgggagggatgcaaatgaccaatattaccctttagcttttggggtagttgaagtggagaataaggaatcttggagatggtttctaacacttttacttg 17130083  T
Q  547 atgatattggcactgataggagatgggtctttatatcagaccaacaaaaggtaaataa 604  Q
    | |||||||| ||||||| |||||||||||| || || || |||||||||||| ||||    
T  17130082 aagatattggaactgataagagatgggtcttcatctctgatcaacaaaaggtacataa 17130025  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000005
Query Start/End: Original strand, 744 - 784
Target Start/End: Complemental strand, 3921053 - 3921013
Alignment:
Q  744 agacatttatatgctaacttcaagaagaagtttggaggagg 784  Q
    |||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  3921053 agacatttgtatgctaatttcaagaagaagtttggaggagg 3921013  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 61; Significance: 9e-26; HSPs: 2)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 61; E-Value: 9e-26
Query Start/End: Original strand, 286 - 600
Target Start/End: Complemental strand, 13650181 - 13649870
Alignment:
Q  286 ttaatgtggagagaacactgttaacaaatcaaccaaggttcaacaagttttatttctgctttgaaggttgtaaaaaaggatttttgagtggatgtaggcc 385  Q
    ||||||| ||||||||  || |||||||||||||||| || | ||||||||| || |  ||| | ||||| ||  |||| ||||||  ||| ||||||||    
T  13650181 ttaatgttgagagaaccttgataacaaatcaaccaagatttagcaagttttacttttttttttatggttgcaagcaaggttttttggctggctgtaggcc 13650082  T
Q  386 tttcattggagtggatggatgccatctgaaaacaatgtatggaggaatactactggttgctgttggaagagatgcaaatgatcagtattacccattggct 485  Q
     || |||||||||||||| || ||  ||||||| | || |||| | ||| || | |||||||||||||||||||||||||| || |||| |||||| ||     
T  13650081 atttattggagtggatgggtgtcacttgaaaactaagtttggatgtatattattagttgctgttggaagagatgcaaatgaccaatatttcccattagca 13649982  T
Q  486 tttggagtggttgagaatgagactaatgatgcttggagatggttcttgacattgctacttaatgatattggcactgataggagatgggtctttatatcag 585  Q
    |||||||| ||||||||||| || || ||  ||||||| ||||| || || || || ||| | |||||||| |   | |  |||||||| ||||| ||||    
T  13649981 tttggagttgttgagaatgaaaccaaagagacttggaggtggtttttaactttactgcttgaagatattggaa---acaaaagatgggtgtttatttcag 13649885  T
Q  586 accaacaaaaggtaa 600  Q
    | |||||||||||||    
T  13649884 atcaacaaaaggtaa 13649870  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000002
Query Start/End: Original strand, 447 - 599
Target Start/End: Original strand, 20653593 - 20653745
Alignment:
Q  447 gttggaagagatgcaaatgatcagtattacccattggcttttggagtggttgagaatgagactaatgatgcttggagatggttcttgacattgctactta 546  Q
    ||||| || ||||||||||| || |||||||| || |||||||| || |||||    |||| ||| ||  |||||||||||||  ||||| || |||||     
T  20653593 gttggtagggatgcaaatgaccaatattaccctttagcttttggggttgttgaagtggagaataaggaatcttggagatggtttctgacactgttacttg 20653692  T
Q  547 atgatattggcactgataggagatgggtctttatatcagaccaacaaaaggta 599  Q
    | ||||||||  |||||| |||||||||||| || || || ||||||||||||    
T  20653693 aagatattggagctgataagagatgggtcttcatctctgatcaacaaaaggta 20653745  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 57; Significance: 2e-23; HSPs: 2)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 57; E-Value: 2e-23
Query Start/End: Original strand, 378 - 598
Target Start/End: Complemental strand, 22371035 - 22370815
Alignment:
Q  378 tgtaggcctttcattggagtggatggatgccatctgaaaacaatgtatggaggaatactactggttgctgttggaagagatgcaaatgatcagtattacc 477  Q
    |||||||| ||||| || |||||||| || ||| |||||||    |||||||| ||  || ||||||| || || |||||||||||||| || |||| ||    
T  22371035 tgtaggccattcataggggtggatggttgtcatttgaaaacccaatatggaggtattttattggttgcagtgggtagagatgcaaatgaccaatatttcc 22370936  T
Q  478 cattggcttttggagtggttgagaatgagactaatgatgcttggagatggttcttgacattgctacttaatgatattggcactgataggagatgggtctt 577  Q
    | |||||||||||||| || |||| |||||| |  ||| ||||||| |||||| | || || || ||| | |||||||| ||| ||||||||||||| ||    
T  22370935 ctttggcttttggagttgtagagactgagacaacagattcttggaggtggttccttaccttactgcttgaagatattggaactaataggagatgggtatt 22370836  T
Q  578 tatatcagaccaacaaaaggt 598  Q
    ||| || ||||||||||||||    
T  22370835 tatctctgaccaacaaaaggt 22370815  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000008
Query Start/End: Original strand, 738 - 809
Target Start/End: Complemental strand, 24675898 - 24675827
Alignment:
Q  738 tgtttcagacatttatatgctaacttcaagaagaagtttggaggagggaccttgattagagacttgatgatg 809  Q
    ||||| |||||||||||||| |||| ||||||||||||||| || || |||||||| || ||| ||||||||    
T  24675898 tgtttaagacatttatatgcaaactacaagaagaagtttggtggtggaaccttgataagggacctgatgatg 24675827  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 46; Significance: 8e-17; HSPs: 2)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 46; E-Value: 8e-17
Query Start/End: Original strand, 724 - 809
Target Start/End: Original strand, 26268773 - 26268858
Alignment:
Q  724 ttgaacataggctgtgtttcagacatttatatgctaacttcaagaagaagtttggaggagggaccttgattagagacttgatgatg 809  Q
    |||| |||||| |||| || || ||||| |||||||| || |||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||    
T  26268773 ttgaccataggttgtgcttaaggcatttgtatgctaattttaagaagaagtttggaggaggaacattgattagagacttgatgatg 26268858  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000003
Query Start/End: Original strand, 333 - 419
Target Start/End: Original strand, 30964578 - 30964664
Alignment:
Q  333 ttttatttctgctttgaaggttgtaaaaaaggatttttgagtggatgtaggcctttcattggagtggatggatgccatctgaaaaca 419  Q
    |||||||| |||||||||||||||||| |||| || |||| ||| ||||| || ||||| || || |||||||| ||| ||||||||    
T  30964578 ttttatttttgctttgaaggttgtaaacaagggttcttgaatggttgtagacccttcataggtgtagatggatgtcatttgaaaaca 30964664  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0300 (Bit Score: 36; Significance: 0.00000000008; HSPs: 1)
Name: scaffold0300
Description:

Target: scaffold0300; HSP #1
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000008
Query Start/End: Original strand, 738 - 809
Target Start/End: Original strand, 18433 - 18504
Alignment:
Q  738 tgtttcagacatttatatgctaacttcaagaagaagtttggaggagggaccttgattagagacttgatgatg 809  Q
    ||||| |||||||||||||| |||| ||||||||||||||| || || |||||||| || ||| ||||||||    
T  18433 tgtttaagacatttatatgcaaactacaagaagaagtttggtggtggaaccttgataagggacctgatgatg 18504  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University