View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF4112_low_1 (Length: 852)

Name: NF4112_low_1
Description: NF4112
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF4112_low_1
NF4112_low_1
[»] chr3 (1 HSPs)
chr3 (1-797)||(44531974-44532770)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 749; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 749; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 797
Target Start/End: Original strand, 44531974 - 44532770
Alignment:
Q  1 ccacttgagatgaatcttcagttgtggatgatgctaacaccattgcatttagtctttgaagtcggctatgtccccggttaatgccatgttgaacgcgctc 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  44531974 ccacttgagatgaatcttcagttgtggatgatgctaacaccattgcatttagtctttgaagtcggctatgtccccggttaatgccatgttgaacgcgctc 44532073  T
Q  101 gagtttagtcaagtttttgccggaatcaacgtggcgaagagtgattcggaacccgccttgagagatttggtgatggttgagagaccctcttgatgttgag 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  44532074 gagtttagtcaagtttttgccggaatcaacgtggcgaagagtgattcggaacccgccttgagagatttggtgatggttgagagaccctcttgatgttgag 44532173  T
Q  201 gatgttggatgaacaaagagaattgttactagtagtgttaccaacatgacacattttgaacaattttgtgtagccatgaacattaagttatacaaaaagg 300  Q
     |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  44532174 aatgttggatgaacaaagagaattgttactagtagtgttaccaacatgacacattttgaacaattttgtgtagccatgaacattaagttatacaaaaagg 44532273  T
Q  301 acttgtataaataatgaagtaaatgaattatgttgagtgaaggtgaagggtgattggaattgtgggaatatatataacnnnnnnnngctagagaaataat 400  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||        |||||| |||||||    
T  44532274 acttgtataaataatgaagtaaatgaattatgttgagtgaaggtgaagggtgattggaattgtgggaatatatataacttttttttgctagacaaataat 44532373  T
Q  401 ggtatttaggtcttaactgaagaatcgatttaatcacatgagaaatgggtttcttaattgtaacgttttttccattataatgtggtggagaaggaagata 500  Q
    |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  44532374 ggtatttaggtcttaactgaagaatcaatttaatcacatgagaaatgggtttcttaattgtaacgttttttccattatgatgtggtggagaaggaagata 44532473  T
Q  501 aagggtaaattctcttactaattagagagacgtaataggtatagtggtgaatgggaagttaagatatgagtgatggagtgtagtgtcgcaacaaataccg 600  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  44532474 aagggtaaattctcttactaattagagagacgtaataggtatagtggtgaatgggaagttaagatatgagtgattgagtgtagtgtcgcaacaaataccg 44532573  T
Q  601 ggtcttgcgttatggtaggtaaagattttaatatttcctaaacgtagtggcaatatttatgctaaggcaacattgttgtgacaataaagctaggagtttc 700  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  44532574 ggtcttgcgttatggtaggtaaagattttaatatttcctaaacgtagtggcaatatttatgctaaggcaacattgttgtgacaataaagctaggggtttc 44532673  T
Q  701 taacacgtacaattaagagaagttttcttggattaaacgagggccaggctatgatttgtcttggtgttaaaacgtgggagaatttggttggcttgga 797  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  44532674 taacacgtacaattaagagaagttttcttggattaaacgagggccaggctatgatttgtcttggtgttaaaacgtgggagaatttggttggcttgga 44532770  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University