View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF4112_low_7 (Length: 349)

Name: NF4112_low_7
Description: NF4112
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF4112_low_7
NF4112_low_7
[»] chr1 (13 HSPs)
chr1 (1-349)||(10978999-10979347)
chr1 (3-349)||(10903104-10903450)
chr1 (3-349)||(10914264-10914610)
chr1 (3-349)||(11028696-11029044)
chr1 (1-308)||(11010606-11010913)
chr1 (1-315)||(11005109-11005423)
chr1 (26-317)||(10993818-10994109)
chr1 (124-349)||(10932644-10932870)
chr1 (1-290)||(11032915-11033204)
chr1 (3-272)||(11007480-11007749)
chr1 (114-327)||(10901350-10901563)
chr1 (3-128)||(10974142-10974267)
chr1 (1-46)||(10901567-10901612)


Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 337; Significance: 0; HSPs: 13)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 337; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 349
Target Start/End: Complemental strand, 10979347 - 10978999
Alignment:
1 tgatggagatggcaagtagaaggaggaacttgaatgcaatggctgagcaatctagccaaatttatttccctttttggatatatgatcgattacatgatgg 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
10979347 tgatggagatggcaagtagaaggaggaacttgaatgcaatggctgagcaatctagccaaatttatttccctttttggatatatgatcgattacatgatgg 10979248  T
101 aagggaagtgacgattgaaaatgacacagatcaggaaataaaattggcaaagaaaatgatgattgtggctttgtggcgtatacagacaaaacccgacgac 200  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
10979247 aagggaagtaacgattgaaaatgacacagatcaggaaataaaattggcaaagaaaatgatgattgtggctttgtggtgtatacagacaaaacccgacgac 10979148  T
201 cgtccttcaatggataaagtgttggagatgcttgaagaagaagatggggacttgcaaattcctaataagccttacttttgtctacaagatccaccagtag 300  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
10979147 cgtccttcaatggataaagtgttggagatgcttgaagaagaagatggggacttgcaaattcctaataagccttacttttgtttacaagatccaccagtag 10979048  T
301 aggatgttggagatgattataatagaaactcatggagttcgtatggtac 349  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
10979047 aggatgttggagatgattataatagaaactcatggagttcgtatggtac 10978999  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 239; E-Value: 1e-132
Query Start/End: Original strand, 3 - 349
Target Start/End: Complemental strand, 10903450 - 10903104
Alignment:
3 atggagatggcaagtagaaggaggaacttgaatgcaatggctgagcaatctagccaaatttatttccctttttggatatatgatcgattacatgatggaa 102  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||| || |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
10903450 atggagatggcaagtagaaggaagaacttgaatgcattggccgaacaatctagccaaatttatttccctttttggatttatgatcgattacatgatggaa 10903351  T
103 gggaagtgacgattgaaaatgacacagatcaggaaataaaattggcaaagaaaatgatgattgtggctttgtggcgtatacagacaaaacccgacgaccg 202  Q
    ||||||| || |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||  |||||||||||| ||||||| ||||||||||| || ||    
10903350 gggaagtaactattgaaaatgacacagatcaggaaatgaaattggcaaagaaaatgatgaccgtggctttgtggtgtatacaaacaaaacccgaggatcg 10903251  T
203 tccttcaatggataaagtgttggagatgcttgaagaagaagatggggacttgcaaattcctaataagccttacttttgtctacaagatccaccagtagag 302  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||  ||      
10903250 tccttcaatggataaagttttggagatgcttgaaaaagaagatggggacttacaaattcctaataagccttacttttgtccacaagatccaccaacagca 10903151  T
303 gatgttggagatgattataatagaaactcatggagttcgtatggtac 349  Q
    || |||||||||||| ||||||| |||||||||| ||| ||||||||    
10903150 gacgttggagatgataataatagcaactcatggacttcctatggtac 10903104  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 215; E-Value: 1e-118
Query Start/End: Original strand, 3 - 349
Target Start/End: Complemental strand, 10914610 - 10914264
Alignment:
3 atggagatggcaagtagaaggaggaacttgaatgcaatggctgagcaatctagccaaatttatttccctttttggatatatgatcgattacatgatggaa 102  Q
    |||||||||||||| ||||||| ||| ||||||||| ||||||| ||||||||  |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
10914610 atggagatggcaagcagaaggaagaatttgaatgcattggctgatcaatctagtgaaatttatttccctttttggatttatgatcgattacatgatggaa 10914511  T
103 gggaagtgacgattgaaaatgacacagatcaggaaataaaattggcaaagaaaatgatgattgtggctttgtggcgtatacagacaaaacccgacgaccg 202  Q
    ||||||| || |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||| |||||||| || || ||    
10914510 gggaagtaactattgaaaatgacacagatcaggaaatgaaattggcaaagaaaatgatgattgtagctttgtggtgtatacaaacaaaaccagaggatcg 10914411  T
203 tccttcaatggataaagtgttggagatgcttgaagaagaagatggggacttgcaaattcctaataagccttacttttgtctacaagatccaccagtagag 302  Q
    |||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||  ||      
10914410 tccttcaatggaaaaagttttggagatgcttgaagaagaagatggagacttgcaaattcctaataagccttatttttgtccacaagatccaccaacagca 10914311  T
303 gatgttggagatgattataatagaaactcatggagttcgtatggtac 349  Q
    ||||||||||||||| ||  ||| || ||||||| ||| ||||||||    
10914310 gatgttggagatgataattgtagcaattcatggacttcttatggtac 10914264  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 206; E-Value: 1e-112
Query Start/End: Original strand, 3 - 349
Target Start/End: Original strand, 11028696 - 11029044
Alignment:
3 atggagatggcaagtagaaggaggaacttgaatgcaatggctgagcaatctagccaaatttatttccctttttggatatatgatcgattacatgatggaa 102  Q
    |||||||| || | |||||||| ||| | ||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||    
11028696 atggagattgcgaatagaaggaagaattagaatgcattggctgaacaatctagccaaatttatttccctttctggatttatgatcgattacatgatggaa 11028795  T
103 gggaagtga--cgattgaaaatgacacagatcaggaaataaaattggcaaagaaaatgatgattgtggctttgtggcgtatacagacaaaacccgacgac 200  Q
    |||||||    | |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| || |||||||||| ||||||| |||||||| || ||     
11028796 gggaagtatatctattgaaaatgacacagatcaggaaatgaaattggcaaagaaaatgatgactgcggctttgtggtgtatacaaacaaaaccagaggat 11028895  T
201 cgtccttcaatggataaagtgttggagatgcttgaagaagaagatggggacttgcaaattcctaataagccttacttttgtctacaagatccaccagtag 300  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||| |||||    
11028896 cgtccttcaatggataaagttttggagatgcttgaagaagaagatggagacttgcaaattcctaataagccttacttttgtccgcaagatccactagtag 11028995  T
301 aggatgttggagatgattataatagaaactcatggagttcgtatggtac 349  Q
    ||||||||||||  ||| ||| ||| |||||||||| ||| ||||||||    
11028996 aggatgttggagtcgataatagtagcaactcatggacttcctatggtac 11029044  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 188; E-Value: 1e-102
Query Start/End: Original strand, 1 - 308
Target Start/End: Complemental strand, 11010913 - 11010606
Alignment:
1 tgatggagatggcaagtagaaggaggaacttgaatgcaatggctgagcaatctagccaaatttatttccctttttggatatatgatcgattacatgatgg 100  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||| ||||||  ||| ||||||||    
11010913 tgatggagatggcaagtagaaggaagaacttgaatgcattggctgagcaatccagccaaatttattttcctttttggatttatgataaatttcatgatgg 11010814  T
101 aagggaagtgacgattgaaaatgacacagatcaggaaataaaattggcaaagaaaatgatgattgtggctttgtggcgtatacagacaaaacccgacgac 200  Q
    ||| ||||| || ||||| || ||||||||||||||||| ||  | ||||||||||||||||||||||| || ||| |||||||||||||||| || ||     
11010813 aagtgaagtaacaattgagaacgacacagatcaggaaatgaagctagcaaagaaaatgatgattgtggcgttatggtgtatacagacaaaacctgatgat 11010714  T
201 cgtccttcaatggataaagtgttggagatgcttgaagaagaagatggggacttgcaaattcctaataagccttacttttgtctacaagatccaccagtag 300  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||| |||    
11010713 cgtccttcaatggataaagttttggagatgcttgaagaagaagatggagacttgcagattcctaataagccttacttttgtccacaagattcaccaatag 11010614  T
301 aggatgtt 308  Q
     |||||||    
11010613 cggatgtt 11010606  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #6
Raw Score: 183; E-Value: 6e-99
Query Start/End: Original strand, 1 - 315
Target Start/End: Original strand, 11005109 - 11005423
Alignment:
1 tgatggagatggcaagtagaaggaggaacttgaatgcaatggctgagcaatctagccaaatttatttccctttttggatatatgatcgattacatgatgg 100  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||||||| || |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||| ||  |||||||||||    
11005109 tgatggagatggcaagtagaaggaagaacttgaatccattggctgagcaatcttgccaaatttatttccctttttggatttatggtcagttacatgatgg 11005208  T
101 aagggaagtgacgattgaaaatgacacagatcaggaaataaaattggcaaagaaaatgatgattgtggctttgtggcgtatacagacaaaacccgacgac 200  Q
    ||| ||||| || ||||| |||||||||||| | ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||| |  ||     
11005209 aagtgaagtaacaattgagaatgacacagatgaagaaatgaaattggcaaagaaaatgatgattgtggctttatggtgtatacagacaaaaccaggtgat 11005308  T
201 cgtccttcaatggataaagtgttggagatgcttgaagaagaagatggggacttgcaaattcctaataagccttacttttgtctacaagatccaccagtag 300  Q
    ||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||| ||| || |||||||| |||||  |    
11005309 cgtccttcaatggataaagtgattgagatgcttgaagaagaagatggggatttgcaaatgcctaataagccttacctttatccacaagatctaccagctg 11005408  T
301 aggatgttggagatg 315  Q
    ||||| || ||||||    
11005409 aggattttagagatg 11005423  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #7
Raw Score: 156; E-Value: 8e-83
Query Start/End: Original strand, 26 - 317
Target Start/End: Original strand, 10993818 - 10994109
Alignment:
26 gaacttgaatgcaatggctgagcaatctagccaaatttatttccctttttggatatatgatcgattacatgatggaagggaagtgacgattgaaaatgac 125  Q
    ||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||  |||||||||||||| ||||| || ||||| ||||||    
10993818 gaacttgaatgcattagctgagcaatctagccaaatttattttcctttttggatttatgatcagttacatgatggaagtgaagtaacaattgagaatgac 10993917  T
126 acagatcaggaaataaaattggcaaagaaaatgatgattgtggctttgtggcgtatacagacaaaacccgacgaccgtccttcaatggataaagtgttgg 225  Q
    |||||| | ||||| ||||||||||||||||||||||||||||| || ||| |||| |||||||||||    || ||||||||||||||||||||| | |    
10993918 acagatgaagaaatgaaattggcaaagaaaatgatgattgtggcattatggtgtattcagacaaaacctagtgatcgtccttcaatggataaagtgattg 10994017  T
226 agatgcttgaagaagaagatggggacttgcaaattcctaataagccttacttttgtctacaagatccaccagtagaggatgttggagatgat 317  Q
    ||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||| ||| || |||||||  ||||| ||| |||||| ||||||||    
10994018 agatgcttgaagaagaagatggggatttgcaaatgcctaataagccttacctttatccacaagatataccagcagacgatgttagagatgat 10994109  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #8
Raw Score: 151; E-Value: 8e-80
Query Start/End: Original strand, 124 - 349
Target Start/End: Complemental strand, 10932870 - 10932644
Alignment:
124 acacagatcaggaaataaaattggcaaagaaaatgatgattgtggctttgtggcgtatacagacaaaacccgacgaccgtccttcaatggataaagtgtt 223  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||| ||||| ||||| || |||||||||||||| ||||| ||    
10932870 acacagatcaggaaatgaaattggcaaagaaaatgatgatcgtggctttgtggtgtatacaaacaaatcccgaggatcgtccttcaatggaaaaagtttt 10932771  T
224 -ggagatgcttgaagaagaagatggggacttgcaaattcctaataagccttacttttgtctacaagatccaccagtagaggatgttggagatgattataa 322  Q
     ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||  ||     
10932770 aggagatgcttgaagaagaagatggggacttgcaaattcctaataagccttacttttgtccacaagatccaccagtagaggatgttggagataatagtag 10932671  T
323 tagaaactcatggagttcgtatggtac 349  Q
    ||| |||||||||| ||| ||||||||    
10932670 tagcaactcatggacttcctatggtac 10932644  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #9
Raw Score: 134; E-Value: 1e-69
Query Start/End: Original strand, 1 - 290
Target Start/End: Complemental strand, 11033204 - 11032915
Alignment:
1 tgatggagatggcaagtagaaggaggaacttgaatgcaatggctgagcaatctagccaaatttatttccctttttggatatatgatcgattacatgatgg 100  Q
    ||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||| ||||||| ||||| ||||| |||||||||||||||||| | |||||||  ||||| |||||    
11033204 tgatggagatggcaaatagaaggaagaacttgaatgcattggctgatcaatcaagccagatttatttccctttttgggtttatgatcagttacaagatgg 11033105  T
101 aagggaagtgacgattgaaaatgacacagatcaggaaataaaattggcaaagaaaatgatgattgtggctttgtggcgtatacagacaaaacccgacgac 200  Q
    ||||||| |||| |||   ||||| ||| |||| ||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||| ||| | |||||    ||     
11033104 aagggaaatgacaattctgaatgatacaaatcatgaaatgaaattggcaaagaaaatgatgatagtggctttgtggtgtattcaggcgaaacctagtgat 11033005  T
201 cgtccttcaatggataaagtgttggagatgcttgaagaagaagatggggacttgcaaattcctaataagccttacttttgtctacaagat 290  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  || |||||||| |||||||||||| ||| || | ||||||||    
11033004 cgtcctccaatggataaagtgttggagatgcttgaagaagaagatgaagatttgcaaatgcctaataagcctgactattatgtacaagat 11032915  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #10
Raw Score: 102; E-Value: 1e-50
Query Start/End: Original strand, 3 - 272
Target Start/End: Complemental strand, 11007749 - 11007480
Alignment:
3 atggagatggcaagtagaaggaggaacttgaatgcaatggctgagcaatctagccaaatttatttccctttttggatatatgatcgattacatgatggaa 102  Q
    ||||||||||||| |||||||| ||||||| ||| | ||||||  |||||||||||  ||||||||||||||||| | |||||||  ||||| |||||||    
11007749 atggagatggcaaatagaaggaagaacttggatgtattggctggtcaatctagccaggtttatttccctttttgggtttatgatcagttacaagatggaa 11007650  T
103 gggaagtgacgattgaaaatgacacagatcaggaaataaaattggcaaagaaaatgatgattgtggctttgtggcgtatacagacaaaacccgacgaccg 202  Q
    | ||| | || ||||| ||||  ||| |||| || || ||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||| ||  | |||||    || ||    
11007649 gagaaataacaattgagaatgctacaaatcatgagatgaaattggcaaagaaaatgatgatagtggctttgtggtgtattcaagcgaaacctagtgatcg 11007550  T
203 tccttcaatggataaagtgttggagatgcttgaagaagaagatggggacttgcaaattcctaataagcct 272  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  || |||||||| |||||| |||||    
11007549 tcctccaatggataaagtgttggagatgcttgaagaagaagatgaagatttgcaaatgcctaatcagcct 11007480  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #11
Raw Score: 86; E-Value: 5e-41
Query Start/End: Original strand, 114 - 327
Target Start/End: Complemental strand, 10901563 - 10901350
Alignment:
114 attgaaaatgacacagatcaggaaataaaattggcaaagaaaatgatgattgtggctttgtggcgtatacagacaaaacccgacgaccgtccttcaatgg 213  Q
    ||||| |||||||||||| | ||||| |||||||||||||||| |||||||||||| || ||| |||  |||||||||||    || |||||||||||||    
10901563 attgagaatgacacagatgaagaaatgaaattggcaaagaaaacgatgattgtggcattatggtgtactcagacaaaacctagtgatcgtccttcaatgg 10901464  T
214 ataaagtgttggagatgcttgaagaagaagatggggacttgcaaattcctaataagccttacttttgtctacaagatccaccagtagaggatgttggaga 313  Q
    |||||||| | |||||||||| | ||||||||||||| |||||||| ||||| ||||||||| ||| || |||||||| |||||  |||||| || ||||    
10901463 ataaagtgattgagatgcttgcataagaagatggggatttgcaaatgcctaagaagccttacctttatccacaagatctaccagctgaggatttttgaga 10901364  T
314 tgattataatagaa 327  Q
    |||| ||| |||||    
10901363 tgataatactagaa 10901350  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #12
Raw Score: 82; E-Value: 1e-38
Query Start/End: Original strand, 3 - 128
Target Start/End: Complemental strand, 10974267 - 10974142
Alignment:
3 atggagatggcaagtagaaggaggaacttgaatgcaatggctgagcaatctagccaaatttatttccctttttggatatatgatcgattacatgatggaa 102  Q
    ||||||||||| |||||||||| ||| ||||||||| |||| || |||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||    
10974267 atggagatggcgagtagaaggaagaatttgaatgcattggccgatcaatctagccaaatttatttccctttctggatttatgatcgattacatgatggaa 10974168  T
103 gggaagtgacgattgaaaatgacaca 128  Q
    |||||||  | |||||||||||||||    
10974167 gggaagtatctattgaaaatgacaca 10974142  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #13
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000002
Query Start/End: Original strand, 1 - 46
Target Start/End: Complemental strand, 10901612 - 10901567
Alignment:
1 tgatggagatggcaagtagaaggaggaacttgaatgcaatggctga 46  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||    
10901612 tgatggagatggcaagtagaaggaagaacttgaatgcattggctga 10901567  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University