View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF4115_low_26 (Length: 352)

Name: NF4115_low_26
Description: NF4115
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF4115_low_26
NF4115_low_26
[»] chr6 (5 HSPs)
chr6 (1-339)||(16580505-16580843)
chr6 (1-339)||(16614537-16614875)
chr6 (1-339)||(16874365-16874704)
chr6 (25-339)||(16572510-16572822)
chr6 (1-139)||(16977371-16977510)
[»] chr2 (2 HSPs)
chr2 (16-329)||(233370-233675)
chr2 (5-329)||(21629267-21629580)
[»] chr7 (1 HSPs)
chr7 (16-329)||(48298486-48298791)
[»] chr1 (1 HSPs)
chr1 (16-329)||(7391820-7392125)
[»] scaffold0256 (1 HSPs)
scaffold0256 (1-329)||(10897-11215)


Alignment Details
Target: chr6 (Bit Score: 311; Significance: 1e-175; HSPs: 5)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 311; E-Value: 1e-175
Query Start/End: Original strand, 1 - 339
Target Start/End: Original strand, 16580505 - 16580843
Alignment:
Q  1 tggttgtcacaatgcttcttatcaatggagacttccacaaggcttgtgacaatattgtatctcttgatgtatggtaatttgtgaaaaatcgaaacgccgt 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  16580505 tggttgtcacaatgcttcttatcaatggagacttccacaaggcttgtgacaatattgcatctcttgatgtatggtaatttgtgaaaaatcgaaacgccgt 16580604  T
Q  101 gctagaaatgttgaaggacaaaaccaaggaggaggcactcatcaggacatacctaatcactttctctccatcgtatgaatctgagtgtggatcagctcac 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  16580605 gctagaaatgttgaaggacaaaaccaaggaggaggcactcatcaggacatacctaatcactttctcttcatcgtatgaatctgagtgtgggtcagctcac 16580704  T
Q  201 aaattttttcgacctctctctttctcgtgttcatacctcatagtattgtcagtaggagtgtgatgaataacgagcatcatgcaaggtgggatcagccatc 300  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  16580705 aaattttttcgatctctctctttctcgtgttcatacttcatagtattgtcagtaggagtgtgatgaattacgagcatcatgcaaggtgggatcagccatc 16580804  T
Q  301 tgggtgcattgtgttccgaaatgttgaaccctctgtggt 339  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  16580805 tgggtgcattgtgttccgaaatgttgaaccctctatggt 16580843  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 311; E-Value: 1e-175
Query Start/End: Original strand, 1 - 339
Target Start/End: Complemental strand, 16614875 - 16614537
Alignment:
Q  1 tggttgtcacaatgcttcttatcaatggagacttccacaaggcttgtgacaatattgtatctcttgatgtatggtaatttgtgaaaaatcgaaacgccgt 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  16614875 tggttgtcacaatgcttcttatcaatggagacttccacaaggcttgtgacaatattgcatctcttgatgtatggtaatttgtgaaaaatcgaaacgccgt 16614776  T
Q  101 gctagaaatgttgaaggacaaaaccaaggaggaggcactcatcaggacatacctaatcactttctctccatcgtatgaatctgagtgtggatcagctcac 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  16614775 gctagaaatgttgaaggacaaaaccaaggaggaggcactcatcaggacatacctaatcactttctcttcatcgtatgaatctgagtgtgggtcagctcac 16614676  T
Q  201 aaattttttcgacctctctctttctcgtgttcatacctcatagtattgtcagtaggagtgtgatgaataacgagcatcatgcaaggtgggatcagccatc 300  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  16614675 aaattttttcgatctctctctttctcgtgttcatacttcatagtattgtcagtaggagtgtgatgaattacgagcatcatgcaaggtgggatcagccatc 16614576  T
Q  301 tgggtgcattgtgttccgaaatgttgaaccctctgtggt 339  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  16614575 tgggtgcattgtgttccgaaatgttgaaccctctatggt 16614537  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 268; E-Value: 1e-149
Query Start/End: Original strand, 1 - 339
Target Start/End: Original strand, 16874365 - 16874704
Alignment:
Q  1 tggttgtcacaatgcttcttatcaatggagacttccacaaggcttgtgacaatattgtatctctt-gatgtatggtaatttgtgaaaaatcgaaacgccg 99  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||| ||||||||| ||||||||||||||| | ||||||    
T  16874365 tggttgtcacaatgcttcttatcaatggagacttccacaaggcttgtgacattattgcatctctttgatgtatggaaatttgtgaaaaatcaagacgccg 16874464  T
Q  100 tgctagaaatgttgaaggacaaaaccaaggaggaggcactcatcaggacatacctaatcactttctctccatcgtatgaatctgagtgtggatcagctca 199  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||     
T  16874465 tgctggaaatgttgaaggacaaaaccaaggaggaggcactcatcacgacatacctaatcactttctcttcatcgtatgaatctgagtgtagatcagctcg 16874564  T
Q  200 caaattttttcgacctctctctttctcgtgttcatacctcatagtattgtcagtaggagtgtgatgaataacgagcatcatgcaaggtgggatcagccat 299  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||    
T  16874565 caaattttttcgacctctctctttctcatgttcatacttcatagtattgtcagtaggagtgtgatgaatgatgagcatcatgcaaggtgggatcagccat 16874664  T
Q  300 ctgggtgcattgtgttccgaaatgttgaaccctctgtggt 339  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||    
T  16874665 ctgggtgcattgtgttccgaaatgttgaactctctatggt 16874704  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 236; E-Value: 1e-130
Query Start/End: Original strand, 25 - 339
Target Start/End: Original strand, 16572510 - 16572822
Alignment:
Q  25 atggagacttccacaaggcttgtgacaatattgtatctcttgatgtatggtaatttgtgaaaaatcgaaacgccgtgctagaaatgttgaaggacaaaac 124  Q
    ||||||| ||||||||||||| ||||| ||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||    
T  16572510 atggagaattccacaaggcttttgacattattgcatctcttgatgtatggaaatttgtgaaaaatcgagatgccgtgctagaaatgttgaaggacaaaac 16572609  T
Q  125 caaggaggaggcactcatcaggacatacctaatcactttctctccatcgtatgaatctgagtgtggatcagctcacaaattttttcgacctctctctttc 224  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||| ||  |||||||||    
T  16572610 caaggaggaggcactcatcaggacatacctaatcactttctcttcatcgtatgaatctgagtgtggatcagcttgcaaattttttcaac--ctctctttc 16572707  T
Q  225 tcgtgttcatacctcatagtattgtcagtaggagtgtgatgaataacgagcatcatgcaaggtgggatcagccatctgggtgcattgtgttccgaaatgt 324  Q
    |||||||||||| | |||||||||||||||||| |||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  16572708 tcgtgttcatacttaatagtattgtcagtaggaatgtgatgaatgacgagcataatgcaaggtgggatcagccatctgggtgcattgtgttccgaaatgt 16572807  T
Q  325 tgaaccctctgtggt 339  Q
    |||||||||| ||||    
T  16572808 tgaaccctctatggt 16572822  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 56; E-Value: 4e-23
Query Start/End: Original strand, 1 - 139
Target Start/End: Complemental strand, 16977510 - 16977371
Alignment:
Q  1 tggttgtcacaatgcttcttatcaatggagacttccacaaggcttgtgacaatattgtatctcttgatgtatggtaatttgtgaaaaatcgaaacgccgt 100  Q
    ||||||| |||| ||||||||| ||||| ||||| |||||||||| ||||||||||| ||||||||| |||||| ||||||||||||| ||| || || |    
T  16977510 tggttgtaacaaggcttcttatgaatggggacttgcacaaggcttttgacaatattgcatctcttgacgtatggaaatttgtgaaaaaacgagactccct 16977411  T
Q  101 gctagaaatgttgaa-ggacaaaaccaaggaggaggcact 139  Q
    | |||| ||| |||| ||| |||| |||||||||| ||||    
T  16977410 gttagagatgctgaagggaaaaaatcaaggaggagacact 16977371  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 121; Significance: 6e-62; HSPs: 2)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 121; E-Value: 6e-62
Query Start/End: Original strand, 16 - 329
Target Start/End: Complemental strand, 233675 - 233370
Alignment:
Q  16 ttcttatcaatggagacttccacaaggcttgtgacaatattgtatctcttgatgtatggtaatttgtgaaaaatcgaaacgccgtgctagaaatgttgaa 115  Q
    ||||||| |||||||| ||||| ||||| | ||||| ||||| ||||||||| || ||| ||||||||||||||||  || |||||||||||||| ||||    
T  233675 ttcttattaatggagatttccagaaggcctttgacattattgcatctcttgaggtttggaaatttgtgaaaaatcgtgacaccgtgctagaaatgctgaa 233576  T
Q  116 ggacaaaaccaaggaggaggcactcatcaggacatacctaatcactttctctccatcgtatgaatc--tgagtgtggatcagctcacaaattttttcgac 213  Q
    |||||||| |||||||||||| |   | |||||||||||| | ||||||||| |||| ||||| ||  |||||||||||||||||||||||||||||||     
T  233575 ggacaaaatcaaggaggaggcgc---ttaggacatacctatttactttctcttcatcatatgattctttgagtgtggatcagctcacaaattttttcgat 233479  T
Q  214 ctctctctttctcgtgttcatacctcatagtattgtcagtaggagtgtgatgaataacgagcatcatgcaaggtgggatcagccatctgggtgcattgtg 313  Q
    ||||||||| |||||||       ||||||||||||||||||||   |||| ||| | |||| ||||||||| |||||||||||| ||||||||||| |     
T  233478 ctctctcttcctcgtgt-------tcatagtattgtcagtaggatgatgatcaatgaggagcttcatgcaagctgggatcagccaactgggtgcattatt 233386  T
Q  314 ttccgaaatgttgaac 329  Q
    ||| ||||||||||||    
T  233385 ttcagaaatgttgaac 233370  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 101; E-Value: 5e-50
Query Start/End: Original strand, 5 - 329
Target Start/End: Original strand, 21629267 - 21629580
Alignment:
Q  5 tgtcacaatgcttcttatcaatggagacttccacaaggcttgtgacaatattgtatctcttgatgtatggtaatttgtgaaaaatcgaaacgccgtgcta 104  Q
    ||||||||  |||||||| ||||||||||||| |||||| | ||||||||||| |||||| ||||||||| ||||||||||| |  || || ||||||||    
T  21629267 tgtcacaagacttcttattaatggagacttcctcaaggcctttgacaatattgcatctctcgatgtatggaaatttgtgaaacactgagactccgtgcta 21629366  T
Q  105 gaaatgttgaaggacaaaaccaaggaggaggcactcatcaggacatacctaatcactttctctccatcgtatgaatc--tgagtgtggatcagctcacaa 202  Q
    ||||   |||||||||||| ||||||||||||||   | |||||||||||||| || |||||| |||| ||||||||  ||||  ||||||||||| |||    
T  21629367 gaaa---tgaaggacaaaatcaaggaggaggcac---ttaggacatacctaattaccttctcttcatcatatgaatctttgagcatggatcagctcgcaa 21629460  T
Q  203 attttttcgacctctctctttctcgtgttcatacctcatagtattgtcagtaggagtgtgatgaataacgagcatcatgcaaggtgggatcagccatctg 302  Q
    |   |||||||||||||||| | ||    |||   |||||| ||||||| || |||||||||||||  ||||| ||||||  | |||||||| |||||||    
T  21629461 aaaatttcgacctctctcttccccg----cat---tcatagaattgtcactaagagtgtgatgaatggcgagcttcatgctggctgggatcaaccatctg 21629553  T
Q  303 ggtgcattgtgttccgaaatgttgaac 329  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||    
T  21629554 ggtgcattgtattccgaaatgttgaac 21629580  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 109; Significance: 9e-55; HSPs: 1)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 109; E-Value: 9e-55
Query Start/End: Original strand, 16 - 329
Target Start/End: Complemental strand, 48298791 - 48298486
Alignment:
Q  16 ttcttatcaatggagacttccacaaggcttgtgacaatattgtatctcttgatgtatggtaatttgtgaaaaatcgaaacgccgtgctagaaatgttgaa 115  Q
    ||||||| ||||| || ||||| ||||| | ||||| ||||| ||||||||| || ||| ||||||||||||||||  || |||||||||||||| ||||    
T  48298791 ttcttattaatggcgatttccagaaggcctttgacattattgcatctcttgaggtgtggaaatttgtgaaaaatcgtgacaccgtgctagaaatgctgaa 48298692  T
Q  116 ggacaaaaccaaggaggaggcactcatcaggacatacctaatcactttctctccatcgtatgaatc--tgagtgtggatcagctcacaaattttttcgac 213  Q
    |||||||| |||||||||||| |   | |||||||||||| | || |||||| |||| ||||| ||  |||| ||||||||||||||||||||||||||     
T  48298691 ggacaaaatcaaggaggaggcgc---ttaggacatacctatttaccttctcttcatcatatgattctttgagcgtggatcagctcacaaattttttcgat 48298595  T
Q  214 ctctctctttctcgtgttcatacctcatagtattgtcagtaggagtgtgatgaataacgagcatcatgcaaggtgggatcagccatctgggtgcattgtg 313  Q
    ||||||||| ||||||       |||||||||||||||||||||   |||| ||| | |||| ||||||||| |||||||||||| ||||||||||| |     
T  48298594 ctctctcttcctcgtg-------ctcatagtattgtcagtaggatgatgatcaatgaggagcttcatgcaagctgggatcagccaactgggtgcattatt 48298502  T
Q  314 ttccgaaatgttgaac 329  Q
    ||| ||||||||||||    
T  48298501 ttcagaaatgttgaac 48298486  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 109; Significance: 9e-55; HSPs: 1)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 109; E-Value: 9e-55
Query Start/End: Original strand, 16 - 329
Target Start/End: Original strand, 7391820 - 7392125
Alignment:
Q  16 ttcttatcaatggagacttccacaaggcttgtgacaatattgtatctcttgatgtatggtaatttgtgaaaaatcgaaacgccgtgctagaaatgttgaa 115  Q
    ||||||| |||||||| ||||| ||||| | ||||| ||||| ||||||||| || ||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||| | ||    
T  7391820 ttcttattaatggagatttccagaaggcctttgacattattgcatctcttgacgtctggaaatttgtgaaaaatcgagacgccgtgctagaaatgcttaa 7391919  T
Q  116 ggacaaaaccaaggaggaggcactcatcaggacatacctaatcactttctctccatcgtatgaatc--tgagtgtggatcagctcacaaattttttcgac 213  Q
    |||||||| |||||| |||||||   | |||||||||||| | || |||||| |||| ||||| ||  |||| |||| |||||||||||||||||||||     
T  7391920 ggacaaaatcaaggaagaggcac---ttaggacatacctatttaccttctcttcatcatatgattctttgagcgtggttcagctcacaaattttttcgat 7392016  T
Q  214 ctctctctttctcgtgttcatacctcatagtattgtcagtaggagtgtgatgaataacgagcatcatgcaaggtgggatcagccatctgggtgcattgtg 313  Q
    ||||||||| |||||||       ||||||||||||||||||||   || | ||| | |||| ||||||||| |||||||| ||| ||||||||||| |     
T  7392017 ctctctcttcctcgtgt-------tcatagtattgtcagtaggatgatggtcaatgaggagcttcatgcaagctgggatcaaccaactgggtgcattatt 7392109  T
Q  314 ttccgaaatgttgaac 329  Q
    ||||||||||||||||    
T  7392110 ttccgaaatgttgaac 7392125  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0256 (Bit Score: 73; Significance: 3e-33; HSPs: 1)
Name: scaffold0256
Description:

Target: scaffold0256; HSP #1
Raw Score: 73; E-Value: 3e-33
Query Start/End: Original strand, 1 - 329
Target Start/End: Complemental strand, 11215 - 10897
Alignment:
Q  1 tggttgtcacaatgcttcttatcaatggagacttccacaaggcttgtgacaatattgtatctcttgatgtatggtaatttgtgaaaaatcgaaacgccgt 100  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||| |||| |||||| ||||||||   ||||| ||||||| ||||| |   || ||||    
T  11215 tggttgtcacaaggcttcttatcaatggagacttccacaatgcttttgactatattgcatctcttggcatatggaaatttgtaaaaaaccacgactccgt 11116  T
Q  101 gctagaaatgttgaaggacaaaaccaaggaggaggcactcatcaggacatacctaatcactttctctccatcgtatgaatctgagtgtggatcagctcac 200  Q
    ||| |||||| |||||||||||| ||| |||| |||||   | ||||||||| || | || | |||| |||| || || |||||| |||||||||||       
T  11115 gctcgaaatgctgaaggacaaaatcaaagaggtggcac---ttaggacatacttatttacctcctcttcatcatacgattctgagcgtggatcagctaga 11019  T
Q  201 aaattttttcgacctctctctttctcgtgttcatacctcatagtattgtcagtaggagtgtgatgaataacgagcatcatgcaaggtgggatcagccatc 300  Q
    ||||| |||||||||||||| |  |||||||||| |       |||||| | || |||| | |||||| | |||| |||||  || ||||| || |||||    
T  11018 aaattatttcgacctctctcctcttcgtgttcatgc-------tattgtaattaagagtttaatgaatgatgagcttcatgtcagctgggaccaaccatc 10926  T
Q  301 tgggtgcattgtgttccgaaatgttgaac 329  Q
    ||| ||||||||||||| |||||||||||    
T  10925 tggatgcattgtgttccaaaatgttgaac 10897  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University