View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF4117_low_2 (Length: 511)

Name: NF4117_low_2
Description: NF4117
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF4117_low_2
NF4117_low_2
[»] chr4 (6 HSPs)
chr4 (19-498)||(48911929-48912408)
chr4 (87-494)||(48958264-48958671)
chr4 (53-501)||(48965442-48965887)
chr4 (71-278)||(48962627-48962834)
chr4 (118-446)||(48951399-48951727)
chr4 (340-494)||(48961413-48961567)
[»] scaffold0536 (3 HSPs)
scaffold0536 (28-494)||(6104-6570)
scaffold0536 (49-498)||(10109-10556)
scaffold0536 (134-289)||(1164-1319)
[»] chr6 (2 HSPs)
chr6 (53-494)||(12589787-12590231)
chr6 (134-448)||(12483163-12483477)
[»] chr2 (4 HSPs)
chr2 (86-448)||(13440363-13440725)
chr2 (87-498)||(13448479-13448887)
chr2 (87-291)||(13455154-13455358)
chr2 (358-445)||(13455000-13455087)
[»] chr5 (2 HSPs)
chr5 (74-462)||(28385483-28385871)
chr5 (74-448)||(12540848-12541222)
[»] chr8 (1 HSPs)
chr8 (76-448)||(12641122-12641494)
[»] chr7 (1 HSPs)
chr7 (239-462)||(3417334-3417557)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 452; Significance: 0; HSPs: 6)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 452; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 19 - 498
Target Start/End: Original strand, 48911929 - 48912408
Alignment:
Q  19 agtaaattgttggaagcgcttcttgagacagttttcaaaagtaacggaatccttgtcaacaattttgctgaacttgacggtgaagagtatatcgaacact 118  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  48911929 agtaaattattggaagcgcttcttgagacagttttcaaaagtaacggaatccttgtcaacaattttgctgaacttgacggtgaagagtatatcgaacact 48912028  T
Q  119 acgagaaaactacttgtcacaaagcttggcatcttggtccagcttctcttattcgcacaactattcaagagaaagcacagagaggagaagagagtgttgt 218  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||  ||||||||||||||||||||||    
T  48912029 acgagaaaactacttgtcacaaagcttggcatcttggtccagcttctcttattcgcagaactattcaagagaaggctgagagaggagaagagagtgttgt 48912128  T
Q  219 gagtgtgcacgagtgtttgagttggcttaactcgaaacaagataactcggtggtgtacatatgctttggaagccgatgtcatttttcggataaacaactt 318  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  48912129 gagtgtgcacgagtgtttgagttggcttaactcgaaacaagataactcggtggtgtacatatgctttggaagccaatgtcatttttcggataaacaactt 48912228  T
Q  319 tatgagattgcgtgcgggattgaagcatcgagtcacgaattcatatgggttgttcctgaaaagaaacggacggagcatgacaatgaagaggagaaagaaa 418  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  48912229 tatgagattgcgtgcgggattgaagcatcgagtcacgaattcatatgggttgttcctgaaaagaaacggacggagaatgacaatgaagaggagaaagaaa 48912328  T
Q  419 aatggttgccaaaggggtttgaagagagaattatcggaaagaagaaggctatgattattaagggttgggctccacaggtt 498  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  48912329 aatggttgccaaaggggtttgaagagagaattatcggaaagaagaaggctatgattattaagggttgggctccacaggtt 48912408  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 132; E-Value: 2e-68
Query Start/End: Original strand, 87 - 494
Target Start/End: Complemental strand, 48958671 - 48958264
Alignment:
Q  87 tgaacttgacggtgaagagtatatcgaacactacgagaaaactacttgtcacaaagcttggcatcttggtccagcttctcttattcgcacaactattcaa 186  Q
    ||||||||| ||||||||||  |||||||||||| ||||||  ||  ||||||| | ||||||||||||||| |||||||||||||||  ||| ||||||    
T  48958671 tgaacttgatggtgaagagtgcatcgaacactacaagaaaatcacgggtcacaaggtttggcatcttggtcctgcttctcttattcgccaaaccattcaa 48958572  T
Q  187 gagaaagcacagagaggagaagagagtgttgtgagtgtgcacgagtgtttgagttggcttaactcgaaacaagataactcggtggtgtacatatgctttg 286  Q
    |||||| || |||| ||| | |||| |||||| |||||||| |  ||| |||||||||| |||| |||   | ||||||| ||| |||||||||||||||    
T  48958571 gagaaatcagagaggggaaatgagaatgttgttagtgtgcatggttgtctgagttggctcaacttgaagagacataactcagtgttgtacatatgctttg 48958472  T
Q  287 gaagccgatgtcatttttcggataaacaactttatgagattgcgtgcgggattgaagcatcgagtcacgaattcatatgggttgttcctgaaaagaaacg 386  Q
    |||||  |||| |||| || |||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||  ||||||||||  |||||||||||||||| |||||| |    
T  48958471 gaagcatatgttatttatctgataaacaactttatgagattgcgtgtgggatagaagcatcaggtcacgaatttgtatgggttgttcctgagaagaaagg 48958372  T
Q  387 gacggagcatgacaatgaagaggagaaagaaaaatggttgccaaaggggtttgaagagagaattatcggaaagaagaaggctatgattattaagggttgg 486  Q
    ||  ||  | || | |||||||||||||| ||| |||||||| || || || ||||||||||  || ||||||||||| | | |||| |||| ||| |||    
T  48958371 gaaagaagacgagagtgaagaggagaaaggaaagtggttgccgaaaggattcgaagagagaaacattggaaagaagaaaggtttgatcattagggggtgg 48958272  T
Q  487 gctccaca 494  Q
    || |||||    
T  48958271 gccccaca 48958264  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 111; E-Value: 8e-56
Query Start/End: Original strand, 53 - 501
Target Start/End: Complemental strand, 48965887 - 48965442
Alignment:
Q  53 tcaaaagtaacggaatccttgtcaacaattttgctgaacttgacggtgaagagtatatcgaacactacgagaaaactacttgtcacaaagcttggcatct 152  Q
    |||||||||| ||| || ||||||||||||| ||||| |||||||| |||||||| ||  || | || | ||  |  ||  |||| || |||||||||||    
T  48965887 tcaaaagtaatggactcattgtcaacaatttcgctgagcttgacggggaagagtacattaaatattatgtgagtagcacgggtcataaggcttggcatct 48965788  T
Q  153 tggtccagcttctcttattcgcacaactattcaagagaaagcacagagaggagaagagagtgttgtgagtgtgcacgagtgtttgagttggcttaactcg 252  Q
    ||||||||||||||||||||| | |||| |||||||||||||| |||| ||| |||||||||  ||||| ||||| ||||||||||||||||| || ||     
T  48965787 tggtccagcttctcttattcgtaaaactgttcaagagaaagcagagaggggacaagagagtgcagtgagcgtgcaagagtgtttgagttggctcaattcc 48965688  T
Q  253 aaacaagataactcggtggtgtacatatgctttggaagccgatgtcatttttcggataaacaactttatgagattgcgtgcgggattgaagcatcgagtc 352  Q
    || | | ||||||| ||| |||||||| ||||||||||||  |||| || |  ||||||||| ||||||||||||||||| |  || ||||||||| |||    
T  48965687 aagcgacataactcagtgttgtacataagctttggaagcctctgtcgttatcaggataaacagctttatgagattgcgtgtgcaatagaagcatcgggtc 48965588  T
Q  353 acgaattcatatgggttgttcctgaaaagaaacggacggagcatgacaatgaagaggagaaagaaaaatggttgccaaaggggtttgaagagagaattat 452  Q
    | || || ||||||||| ||||    || ||  |||  ||| |||| | ||||||||||||  |||| ||||| |||||||| || ||||||||||  ||    
T  48965587 atgattttatatgggttattccccttaataacgggaaagaggatgagagtgaagaggagaagcaaaagtggttaccaaagggattcgaagagagaaacat 48965488  T
Q  453 cggaaagaagaaggctatgattattaagggttgggctccacaggttctg 501  Q
     |||   ||||||| | ||||||||| |||||||||||| |||||||||    
T  48965487 tgga---aagaagggtttgattattaggggttgggctccgcaggttctg 48965442  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 76; E-Value: 6e-35
Query Start/End: Original strand, 71 - 278
Target Start/End: Complemental strand, 48962834 - 48962627
Alignment:
Q  71 ttgtcaacaattttgctgaacttgacggtgaagagtatatcgaacactacgagaaaactacttgtcacaaagcttggcatcttggtccagcttctcttat 170  Q
    |||||||||| || ||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||| ||  ||||||| ||||||||||| ||||||| |||||||||    
T  48962834 ttgtcaacaacttcgctgaacttgacggtgaagagtgcatcgaacactacgagaaaaccacgggtcacaaggcttggcatctcggtccagtttctcttat 48962735  T
Q  171 tcgcacaactattcaagagaaagcacagagaggagaagagagtgttgtgagtgtgcacgagtgtttgagttggcttaactcgaaacaagataactcggtg 270  Q
    ||||| | |  |||||||||||||| | || ||| | |||||||||||| | || || |||||| || | |||||||| || || | | ||||||| |||    
T  48962734 tcgcaaatccgttcaagagaaagcagaaaggggacatgagagtgttgtgggcgtacaagagtgtctgtggtggcttaattcaaagcgacataactcagtg 48962635  T
Q  271 gtgtacat 278  Q
     |||||||    
T  48962634 ttgtacat 48962627  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 49; E-Value: 8e-19
Query Start/End: Original strand, 118 - 446
Target Start/End: Complemental strand, 48951727 - 48951399
Alignment:
Q  118 tacgagaaaactacttgtcacaaagcttggcatcttggtccagcttctcttattcgcacaactattcaagagaaagcacagagaggagaagagagtgttg 217  Q
    ||||||||||| |   ||||||| ||||||||||||||||| || |||||| |||||| ||||| ||||||||| ||| | |||||||  || || |       
T  48951727 tacgagaaaaccatcggtcacaaggcttggcatcttggtccggcctctcttgttcgcaaaactactcaagagaaggcaaatagaggaggggaaagcgaaa 48951628  T
Q  218 tgagtgtgcacgagtgtttgagttggcttaactcgaaacaagataactcggtggtgtacatatgctttggaagccgatgtcatttttcggataaacaact 317  Q
    |||| |||||  ||| ||||| |||| | |||||||| ||||||||||| ||| | |||||  |||||||||     ||| | ||  | ||||| ||| |    
T  48951627 tgagcgtgcaaaagtatttgaattggttgaactcgaagcaagataactcagtgctttacattagctttggaacaatttgttacttcccagataagcaatt 48951528  T
Q  318 ttatgagattgcgtgcgggattgaagcatcgagtcacgaattcatatgggttgttcctgaaaagaaacggacggagcatgacaatgaagaggagaaagaa 417  Q
     |||||||||||  ||| ||| |||| |||  || | ||||||||||||||||| || ||||||||  ||| |||| | || | ||| |||||||| |||    
T  48951527 gtatgagattgcaagcgcgatagaagaatcaggttatgaattcatatgggttgtcccagaaaagaaggggaaggagaacgagagtgatgaggagaaggaa 48951428  T
Q  418 aaatggttgccaaaggggtttgaagagag 446  Q
    |||||||| || | || ||||||||||||    
T  48951427 aaatggttacccagggagtttgaagagag 48951399  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 47; E-Value: 1e-17
Query Start/End: Original strand, 340 - 494
Target Start/End: Complemental strand, 48961567 - 48961413
Alignment:
Q  340 gaagcatcgagtcacgaattcatatgggttgttcctgaaaagaaacggacggagcatgacaatgaagaggagaaagaaaaatggttgccaaaggggtttg 439  Q
    ||||||||| ||||||||||  |||||||||||||||| || ||| |||  | | |||| |  |||||||||||||| || |||||||| || || ||||    
T  48961567 gaagcatcgggtcacgaatttgtatgggttgttcctgagaaaaaagggaaagtggatgagagcgaagaggagaaagacaagtggttgccgaaaggatttg 48961468  T
Q  440 aagagagaattatcggaaagaagaaggctatgattattaagggttgggctccaca 494  Q
    |||||||||  || | ||||||||||| | |||| |||||||| ||||| |||||    
T  48961467 aagagagaaacattgaaaagaagaagggtttgatcattaaggggtgggccccaca 48961413  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0536 (Bit Score: 251; Significance: 1e-139; HSPs: 3)
Name: scaffold0536
Description:

Target: scaffold0536; HSP #1
Raw Score: 251; E-Value: 1e-139
Query Start/End: Original strand, 28 - 494
Target Start/End: Original strand, 6104 - 6570
Alignment:
Q  28 ttggaagcgcttcttgagacagttttcaaaagtaacggaatccttgtcaacaattttgctgaacttgacggtgaagagtatatcgaacactacgagaaaa 127  Q
    |||||||||||| | ||||| ||||||||||| ||||||||| |||| ||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  6104 ttggaagcgcttttggagacggttttcaaaagcaacggaatcattgttaacaatttttctgaacttgacggtgaagagtacatcgaacactacgagaaaa 6203  T
Q  128 ctacttgtcacaaagcttggcatcttggtccagcttctcttattcgcacaactattcaagagaaagcacagagaggagaagagagtgttgtgagtgtgca 227  Q
    ||||  ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| | |||| ||||||| ||||||||||| ||| || | |||||||||||||||||    
T  6204 ctacaggtcacaaagcttggcatcttggtccggcttctcttattcgtagaactgttcaagaaaaagcacagaggggacaacaaagtgttgtgagtgtgca 6303  T
Q  228 cgagtgtttgagttggcttaactcgaaacaagataactcggtggtgtacatatgctttggaagccgatgtcatttttcggataaacaactttatgagatt 327  Q
     |||||| ||||||||||  ||||||| | ||||||||| ||| ||||||||||||||||||||  ||| | |||  |||||||||||||||| ||||||    
T  6304 tgagtgtctgagttggctagactcgaagccagataactcagtgttgtacatatgctttggaagcttatgccttttcccggataaacaactttacgagatt 6403  T
Q  328 gcgtgcgggattgaagcatcgagtcacgaattcatatgggttgttcctgaaaagaaacggacggagcatgacaatgaagaggagaaagaaaaatggttgc 427  Q
    || || ||||| ||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||| |||||| |||  ||  |||| | |||||||||||||| |||||||||||    
T  6404 gcatgtgggatagaagcatcgggtcacaaattcatatgggttgttcctgagaagaaagggaaagaagatgagagtgaagaggagaaaggaaaatggttgc 6503  T
Q  428 caaaggggtttgaagagagaattatcggaaagaagaaggctatgattattaagggttgggctccaca 494  Q
    ||||||| || |||||||||| ||||||||||||||||| | ||||||||| |||||||||||||||    
T  6504 caaagggattcgaagagagaaatatcggaaagaagaagggtttgattattaggggttgggctccaca 6570  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0536; HSP #2
Raw Score: 187; E-Value: 1e-101
Query Start/End: Original strand, 49 - 498
Target Start/End: Original strand, 10109 - 10556
Alignment:
Q  49 gttttcaaaagtaacggaatccttgtcaacaattttgctgaacttgacggtgaagagtatatcgaacactacgagaaaactacttgtcacaaagcttggc 148  Q
    |||||||||||| | || ||||||||||| |||||||  |||||||||||| || || | |||||||||||| ||||||||||  |||| ||||||||||    
T  10109 gttttcaaaagtcaagggatccttgtcaataattttgtagaacttgacggtaaatagcacatcgaacactacaagaaaactacgggtcagaaagcttggc 10208  T
Q  149 atcttggtccagcttctcttattcgcacaactattcaagagaaagcacagagaggagaagagagtgttgtgagtgtgcacgagtgtttgagttggcttaa 248  Q
    ||||| ||||||||| |||| |||| | |||| ||||||||||| || ||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||    
T  10209 atcttagtccagcttatcttgttcgtagaactgttcaagagaaaacagagagaggagaacagagtgttgtgagtgtgcatgagtgtctgagttggcttaa 10308  T
Q  249 ctcgaaacaagataactcggtggtgtacatatgctttggaagccgatgtcatttttcggataaacaactttatgagattgcgtgcgggattgaagcatcg 348  Q
    || ||| | |||||  || ||| ||||||| ||||||||||||| |||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||| || | |||||||||    
T  10309 cttgaagcgagata--tcagtgttgtacatttgctttggaagcctatgttatttttcagataaacaactttatgagattgcgtgcagggtagaagcatcg 10406  T
Q  349 agtcacgaattcatatgggttgttcctgaaaagaaacggacggagcatgacaatgaagaggagaaagaaaaatggttgccaaaggggtttgaagagagaa 448  Q
     || |||||||  |||| ||||||||||| |||||| |||  ||| |||| | | |||||||||||||||||||| | || || || |||||||| |||     
T  10407 ggttacgaatttgtatgagttgttcctgagaagaaagggaaagagaatgagagtcaagaggagaaagaaaaatggctaccgaaaggatttgaagaaagag 10506  T
Q  449 ttatcggaaagaagaaggctatgattattaagggttgggctccacaggtt 498  Q
    |||| | ||||||||||| | ||||||||||||||||||| || ||||||    
T  10507 ttattgcaaagaagaagggtttgattattaagggttgggcccctcaggtt 10556  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0536; HSP #3
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000001
Query Start/End: Original strand, 134 - 289
Target Start/End: Original strand, 1164 - 1319
Alignment:
Q  134 gtcacaaagcttggcatcttggtccagcttctcttattcgcacaactattcaagagaaagcacagagaggagaagagagtgttgtgagtgtgcacgagtg 233  Q
    ||||||| ||||||| |||||| ||||| |||||| |||||| ||| | ||||||||||||| | || |||||| ||||     ||||||||||  |||     
T  1164 gtcacaaggcttggcttcttggcccagcatctcttgttcgcaaaaccactcaagagaaagcaaataggggagaaaagagcacgttgagtgtgcaaaagtt 1263  T
Q  234 tttgagttggcttaactcgaaacaagataactcggtggtgtacatatgctttggaa 289  Q
     || | |||||| ||||| || | ||||||||| ||  | ||||||||||||||||    
T  1264 cttaacttggctcaactcaaagcgagataactcagtactctacatatgctttggaa 1319  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 135; Significance: 4e-70; HSPs: 2)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 135; E-Value: 4e-70
Query Start/End: Original strand, 53 - 494
Target Start/End: Original strand, 12589787 - 12590231
Alignment:
Q  53 tcaaaagtaacggaatccttgtcaacaattttgctgaacttgacggtgaagagtatatcgaacactacgagaaaactacttgtcacaaagcttggcatct 152  Q
    |||||||||| ||| || |||| ||||| || ||||||||||| ||  |||||| | || ||||||| |||||||| ||  ||||||| |||||||||||    
T  12589787 tcaaaagtaatggactcattgttaacaacttcgctgaacttgatggccaagagtgtgtcaaacactatgagaaaaccacaggtcacaaggcttggcatct 12589886  T
Q  153 tggtccagcttctcttattcgcacaactattcaagagaaagcacagagaggagaagagagtgttgtgagtgtgcacgagtgtttgagttggcttaactcg 252  Q
    |||||||||||||||||||| || |||| |||||||||||||| | || ||| | |||||||||||||  ||||| |||||| |||||||||| ||||||    
T  12589887 tggtccagcttctcttattcacaaaactgttcaagagaaagcagataggggaaatgagagtgttgtgaacgtgcaagagtgtctgagttggctaaactcg 12589986  T
Q  253 aaacaagataactcggtggtgtacatatgctttggaagccgatgtcatttttcggataaacaactttatgagattgcgtgcgggattgaagcatcgagtc 352  Q
    || | ||||||||| ||| |||||||||||||||| |||  |||  |||| || ||||||||||||||||||||| |||| || || ||||||||  | |    
T  12589987 aagcgagataactctgtgttgtacatatgctttgggagcatatgctatttctcagataaacaactttatgagatttcgtgtggcatagaagcatcaggcc 12590086  T
Q  353 acgaattcatatgggttgttcctgaaaagaaacggacggagcatgacaatgaagaggagaaagaaaaatggttgccaaaggggtttgaagagagaattat 452  Q
    |||||||| |||||||| |||| || || ||| ||| |||  |||| | ||| ||||| ||| ||||||||||||| |  || |||||||||||||  ||    
T  12590087 acgaattcgtatgggttattcccgagaaaaaagggaaggaagatgagagtgatgaggataaacaaaaatggttgcctagtggatttgaagagagaaacat 12590186  T
Q  453 cg---gaaagaagaaggctatgattattaagggttgggctccaca 494  Q
     |   |||||||||||| | |||| |||| ||||||||| |||||    
T  12590187 tgggagaaagaagaagggtttgatcattaggggttgggccccaca 12590231  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 75; E-Value: 3e-34
Query Start/End: Original strand, 134 - 448
Target Start/End: Original strand, 12483163 - 12483477
Alignment:
Q  134 gtcacaaagcttggcatcttggtccagcttctcttattcgcacaactattcaagagaaagcacagagaggagaagagagtgttgtgagtgtgcacgagtg 233  Q
    ||||||| ||||||||| | ||||||  ||| |||||| |   |||| ||||||| || ||| |||| ||| | |||||||||||||| ||||| |||||    
T  12483163 gtcacaaggcttggcatttaggtccacattcacttatttgtgaaactgttcaagaaaaggcagagaggggaaacgagagtgttgtgagcgtgcatgagtg 12483262  T
Q  234 tttgagttggcttaactcgaaacaagataactcggtggtgtacatatgctttggaagccgatgtcatttttcggataaacaactttatgagattgcgtgc 333  Q
    |   |||||||| ||||| || ||||| || || ||| |||||||||||||||| |||| |||  |||| || |||||||| ||||| || ||| | |||    
T  12483263 tcaaagttggctaaactcaaagcaagaaaattcagtgttgtacatatgctttgggagcctatgcaatttctctgataaacagctttacgaaatttcatgc 12483362  T
Q  334 gggattgaagcatcgagtcacgaattcatatgggttgttcctgaaaagaaacggacggagcatgacaatgaagaggagaaagaaaaatggttgccaaagg 433  Q
    || || ||||||||| || |  |||||||||||||||||||||| || ||| ||| |||  |||| |  || |||||||||||||| |||||||| ||||    
T  12483363 ggaatagaagcatcgggtaaaaaattcatatgggttgttcctgagaaaaaagggaaggaagatgagagcgatgaggagaaagaaaagtggttgccgaagg 12483462  T
Q  434 ggtttgaagagagaa 448  Q
    | ||||| |||||||    
T  12483463 gatttgaggagagaa 12483477  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 99; Significance: 1e-48; HSPs: 4)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 99; E-Value: 1e-48
Query Start/End: Original strand, 86 - 448
Target Start/End: Complemental strand, 13440725 - 13440363
Alignment:
Q  86 ctgaacttgacggtgaagagtatatcgaacactacgagaaaactacttgtcacaaagcttggcatcttggtccagcttctcttattcgcacaactattca 185  Q
    ||||||||||||| |||||||  ||| ||||||| |||||||| ||  ||||||| | ||||||||| |||||| ||||||||||||| | ||| |||||    
T  13440725 ctgaacttgacggagaagagtgcatccaacactatgagaaaaccacgggtcacaaggtttggcatctcggtccaacttctcttattcgtaaaaccattca 13440626  T
Q  186 agagaaagcacagagaggagaagagagtgttgtgagtgtgcacgagtgtttgagttggcttaactcgaaacaagataactcggtggtgtacatatgcttt 285  Q
    |||||||||| |||| ||| | ||| ||| |||||   ||||||| ||  ||||||||||  ||||  |  ||| |||||||||| |||||||||| |||    
T  13440625 agagaaagcagagaggggaaaggagggtgatgtgaacatgcacgaatgcatgagttggctcgactcagagaaagttaactcggtgttgtacatatgtttt 13440526  T
Q  286 ggaagccgatgtcatttttcggataaacaactttatgagattgcgtgcgggattgaagcatcgagtcacgaattcatatgggttgttcctgaaaagaaac 385  Q
    ||||||       |||| || ||||||||||| |||||||| |||||||  || |||||||| ||||||  ||||||||||||||||||||| ||||||     
T  13440525 ggaagcatcaactatttctctgataaacaactatatgagatggcgtgcgcaatagaagcatctagtcacccattcatatgggttgttcctgagaagaaag 13440426  T
Q  386 ggacggagcatgacaatgaagaggagaaagaaaaatggttgccaaaggggtttgaagagagaa 448  Q
    |||  ||  |||| | ||| || ||||||||||| |||||||||||||| || ||||||||||    
T  13440425 ggaaagaagatgagagtgaggaagagaaagaaaagtggttgccaaagggattcgaagagagaa 13440363  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 86; E-Value: 7e-41
Query Start/End: Original strand, 87 - 498
Target Start/End: Complemental strand, 13448887 - 13448479
Alignment:
Q  87 tgaacttgacggtgaagagtatatcgaacactacgagaaaactacttgtcacaaagcttggcatcttggtccagcttctcttattcgcacaactattcaa 186  Q
    ||||||||| || |||||||  ||  |||||||||||||| | ||  ||||||| | |||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||  ||||    
T  13448887 tgaacttgatggagaagagtgcatacaacactacgagaaagccacgggtcacaaggtttggcatcttggtccaacttctcttattcgcaaaactgctcaa 13448788  T
Q  187 gagaaagcacagagaggagaagagagtgttgtgagtgtgcacgagtgtttgagttggcttaactcgaaacaagataactcggtggtgtacatatgctttg 286  Q
    |||||| || |||| ||| | ||| ||| ||||| |||||||||| |  ||||||||||  | ||  |   || |||||| ||| |||||||||| ||||    
T  13448787 gagaaatcagagaggggaaatgagggtgctgtgaatgtgcacgagagcctgagttggctcgattcagagagagttaactcagtgttgtacatatgttttg 13448688  T
Q  287 gaagccgatgtcatttttcggataaacaactttatgagattgcgtgcgggattgaagcatcgagtcacgaattcatatgggttgttcctgaaaagaaacg 386  Q
    |||||       ||||||| ||||||||||| || ||||| || || | ||| ||||||||  |||||  ||||||||||||||||||||| |||||| |    
T  13448687 gaagcatcaactatttttctgataaacaactatacgagatggcatgtgcgatagaagcatccggtcacccattcatatgggttgttcctgagaagaaagg 13448588  T
Q  387 gacggagcatgacaatgaagaggagaaagaaaaatggttgccaaaggggtttgaagagagaattatcggaaagaagaaggctatgattattaagggttgg 486  Q
    ||  ||  |||| |  ||||| ||||||||||| ||||| || ||||| ||||||||||||| ||||||   |||||||| | |||| |||| |||||||    
T  13448587 gaaagaagatgagagcgaagaagagaaagaaaagtggttaccgaagggatttgaagagagaaatatcgg---gaagaagggtttgatcattaggggttgg 13448491  T
Q  487 gctccacaggtt 498  Q
    || |||||||||    
T  13448490 gccccacaggtt 13448479  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000001
Query Start/End: Original strand, 87 - 291
Target Start/End: Complemental strand, 13455358 - 13455154
Alignment:
Q  87 tgaacttgacggtgaagagtatatcgaacactacgagaaaactacttgtcacaaagcttggcatcttggtccagcttctcttattcgcacaactattcaa 186  Q
    |||| |||| || |||||||  ||| |||||||||| ||||| ||  ||||||| | ||||||| |||||||| ||||||||||| ||| |||  |||||    
T  13455358 tgaatttgatggagaagagtgcatccaacactacgaaaaaacaacaggtcacaaggtttggcatattggtccaacttctcttatttgcagaaccgttcaa 13455259  T
Q  187 gagaaagcacagagaggagaagagagtgttgtgagtgtgcacgagtgtttgagttggcttaactcgaaacaagataactcggtggtgtacatatgctttg 286  Q
    || ||| || |||| ||| | |||  | |||||| ||| ||||||||  |||| |||||| |||| ||   || |||||| ||  |||||||||| ||||    
T  13455258 gaaaaatcagagaggggaaacgaggtttttgtgaatgtacacgagtgcctgagctggcttgactcaaagagagttaactcagtattgtacatatgttttg 13455159  T
Q  287 gaagc 291  Q
    |||||    
T  13455158 gaagc 13455154  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000001
Query Start/End: Original strand, 358 - 445
Target Start/End: Complemental strand, 13455087 - 13455000
Alignment:
Q  358 ttcatatgggttgttcctgaaaagaaacggacggagcatgacaatgaagaggagaaagaaaaatggttgccaaaggggtttgaagaga 445  Q
    ||||||||||||||||| || |||||| |||  ||  |||| |  |||||||||||| |||| |||||||| ||||| ||||||||||    
T  13455087 ttcatatgggttgttccggagaagaaagggaaagaagatgagagcgaagaggagaaacaaaagtggttgccgaagggatttgaagaga 13455000  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 93; Significance: 5e-45; HSPs: 2)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 93; E-Value: 5e-45
Query Start/End: Original strand, 74 - 462
Target Start/End: Complemental strand, 28385871 - 28385483
Alignment:
Q  74 tcaacaattttgctgaacttgacggtgaagagtatatcgaacactacgagaaaactacttgtcacaaagcttggcatcttggtccagcttctcttattcg 173  Q
    ||||||| |||| ||||||||| || ||||||| | || |||||||||||||||| ||  ||||||| |||||||||||||||||| ||||  |||||||    
T  28385871 tcaacaactttgttgaacttgatggagaagagtgtgtcaaacactacgagaaaaccacgggtcacaaggcttggcatcttggtccaacttcctttattcg 28385772  T
Q  174 cacaactattcaagagaaagcacagagaggagaagagagtgttgtgagtgtgcacgagtgtttgagttggcttaactcgaaacaagataactcggtggtg 273  Q
     | |||| |||||||||||||| |||  ||| |  |||||| |||||| | |||||||||  |||  ||||| || ||  | | || |||||| || |||    
T  28385771 taaaactgttcaagagaaagcagagaagggaaacaagagtgatgtgagcgagcacgagtgcctgaactggctcaaatcacagcgagttaactcagttgtg 28385672  T
Q  274 tacatatgctttggaagccgatgtcatttttcggataaacaactttatgagattgcgtgcgggattgaagcatcgagtcacgaattcatatgggttgttc 373  Q
    |||||||| |||||||||  |   ||||| || ||||||||||| ||||||||||| ||||   | ||||||||  |||||  |||||||||||||||||    
T  28385671 tacatatgttttggaagcataaaccatttctctgataaacaactatatgagattgcatgcgcagtagaagcatcaggtcacccattcatatgggttgttc 28385572  T
Q  374 ctgaaaagaaacggacggagcatgacaatgaagaggagaaagaaaaatggttgccaaaggggtttgaagagagaattatcggaaagaag 462  Q
    |||| |||||| |||  ||  |||| |  ||||| ||||||||||| ||| |||||||||| ||||| |||||||  || |||||||||    
T  28385571 ctgagaagaaagggaaagaagatgagatcgaagaagagaaagaaaagtggctgccaaagggatttgaggagagaaacattggaaagaag 28385483  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 71; E-Value: 6e-32
Query Start/End: Original strand, 74 - 448
Target Start/End: Complemental strand, 12541222 - 12540848
Alignment:
Q  74 tcaacaattttgctgaacttgacggtgaagagtatatcgaacactacgagaaaactacttgtcacaaagcttggcatcttggtccagcttctcttattcg 173  Q
    ||||||| |||| ||||||||| || ||||||| | || |||||||||||||||| ||  ||||||| |||||||||||||||||| ||||| ||||||     
T  12541222 tcaacaactttgttgaacttgatggagaagagtgtgtccaacactacgagaaaaccacgggtcacaaggcttggcatcttggtccaacttcttttattca 12541123  T
Q  174 cacaactattcaagagaaagcacagagaggagaagagagtgttgtgagtgtgcacgagtgtttgagttggcttaactcgaaacaagataactcggtggtg 273  Q
     | ||  |||||||||||||||  ||| ||| | ||| ||| || ||| | ||||||||   | || ||||| |||||  | |||| |||||| ||||||    
T  12541122 gaaaaacattcaagagaaagcagggaggggaaatgagggtgctgcgagcgagcacgagtcccttagctggctcaactcacagcaagttaactcagtggtg 12541023  T
Q  274 tacatatgctttggaagccgatgtcatttttcggataaacaactttatgagattgcgtgcgggattgaagcatcgagtcacgaattcatatgggttgttc 373  Q
    |||||||| |||||||||  |  |||||| |  || |||||||| ||||||||||| || |   | |||| |  | |||||  |||||||||||||||||    
T  12541022 tacatatgttttggaagcataaatcatttctttgacaaacaactatatgagattgcatgtgcagtagaaggaatgggtcacccattcatatgggttgttc 12540923  T
Q  374 ctgaaaagaaacggacggagcatgacaatgaagaggagaaagaaaaatggttgccaaaggggtttgaagagagaa 448  Q
    |||| |||| | |||  ||  |||| | |||||| ||||||||||| ||| |||| ||||| ||||| |||||||    
T  12540922 ctgagaagagagggaaagaagatgagactgaagaagagaaagaaaagtggatgccgaagggatttgaggagagaa 12540848  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 61; Significance: 6e-26; HSPs: 1)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 61; E-Value: 6e-26
Query Start/End: Original strand, 76 - 448
Target Start/End: Original strand, 12641122 - 12641494
Alignment:
Q  76 aacaattttgctgaacttgacggtgaagagtatatcgaacactacgagaaaactacttgtcacaaagcttggcatcttggtccagcttctcttattcgca 175  Q
    ||||| |||| ||||||||| |||||||| |  ||| ||||||| |||||||| |   || |||| |||||||||||||||||| ||| |||||||||||    
T  12641122 aacaactttgttgaacttgatggtgaagattgcatcaaacactatgagaaaaccatgggttacaaggcttggcatcttggtccaacttgtcttattcgca 12641221  T
Q  176 caactattcaagagaaagcacagagaggagaagagagtgttgtgagtgtgcacgagtgtttgagttggcttaactcgaaacaagataactcggtggtgta 275  Q
     |||| || |||||||| |   ||| ||  | |||||||| || || | |||  ||||| |  ||||||| || || || |||||||| || ||| | ||    
T  12641222 aaacttttgaagagaaatctatgaggggcaatgagagtgtggttagcgcgcataagtgtctaggttggctcaattcaaagcaagataattcagtgttata 12641321  T
Q  276 catatgctttggaagccgatgtcatttttcggataaacaactttatgagattgcgtgcgggattgaagcatcgagtcacgaattcatatgggttgttcct 375  Q
    |||||| ||||| |||   | | |||| || |||||||||||||| ||||||||| |||| || |||   ||  ||||||||||  ||||||||||||||    
T  12641322 catatgttttgggagcatctcttatttctctgataaacaactttacgagattgcgagcggaatagaaaattcaggtcacgaatttgtatgggttgttcct 12641421  T
Q  376 gaaaagaaacggacggagcatgacaatgaagaggagaaagaaaaatggttgccaaaggggtttgaagagagaa 448  Q
    || |||||| |||   |  |||| | |||||||||||||||||| |||||||| || || || ||||||||||    
T  12641422 gagaagaaagggaaaaaagatgagagtgaagaggagaaagaaaagtggttgcctaaaggattcgaagagagaa 12641494  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 56; Significance: 6e-23; HSPs: 1)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 56; E-Value: 6e-23
Query Start/End: Original strand, 239 - 462
Target Start/End: Original strand, 3417334 - 3417557
Alignment:
Q  239 gttggcttaactcgaaacaagataactcggtggtgtacatatgctttggaagccgatgtcatttttcggataaacaactttatgagattgcgtgcgggat 338  Q
    ||||||| |||||  |||||| |||||| ||| |||||||||| |||||||||  |    |||| || ||||||||||| ||||||||||| | ||  ||    
T  3417334 gttggctcaactcacaacaagttaactcagtgttgtacatatgttttggaagcttaaactatttctctgataaacaactatatgagattgcatacgcaat 3417433  T
Q  339 tgaagcatcgagtcacgaattcatatgggttgttcctgaaaagaaacggacggagcatgacaatgaagaggagaaagaaaaatggttgccaaaggggttt 438  Q
     ||||||||| |||||  ||||||||||||||||| ||| |||||| | |  ||  |||| || ||||| ||||||||||| |||||||| ||||| |||    
T  3417434 agaagcatcgggtcacccattcatatgggttgttcttgagaagaaaggaaaagaagatgagaacgaagaagagaaagaaaagtggttgccgaagggattt 3417533  T
Q  439 gaagagagaattatcggaaagaag 462  Q
    || |||||||  || |||||||||    
T  3417534 gaggagagaaacattggaaagaag 3417557  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University