View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF4120_high_5 (Length: 243)

Name: NF4120_high_5
Description: NF4120
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF4120_high_5
NF4120_high_5
[»] chr5 (3 HSPs)
chr5 (1-241)||(42689762-42690002)
chr5 (1-241)||(23946716-23946956)
chr5 (1-228)||(16781467-16781692)
[»] chr3 (4 HSPs)
chr3 (1-241)||(37145597-37145837)
chr3 (24-234)||(53606279-53606489)
chr3 (1-234)||(17716334-17716567)
chr3 (1-234)||(19017563-19017796)
[»] chr8 (1 HSPs)
chr8 (1-241)||(45210794-45211034)
[»] chr4 (4 HSPs)
chr4 (1-241)||(33805916-33806156)
chr4 (65-239)||(30961142-30961316)
chr4 (43-233)||(11240162-11240352)
chr4 (159-241)||(44567207-44567289)
[»] chr1 (2 HSPs)
chr1 (13-241)||(721492-721720)
chr1 (1-241)||(38880704-38880943)
[»] chr7 (2 HSPs)
chr7 (24-234)||(46831385-46831595)
chr7 (178-234)||(42604196-42604252)
[»] chr6 (3 HSPs)
chr6 (19-241)||(1297456-1297678)
chr6 (1-199)||(8684650-8684848)
chr6 (159-239)||(8639271-8639351)


Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 229; Significance: 1e-126; HSPs: 3)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 229; E-Value: 1e-126
Query Start/End: Original strand, 1 - 241
Target Start/End: Complemental strand, 42690002 - 42689762
Alignment:
Q  1 accaaggtctgcatatgattattgatttgaatatgaatgatgtcatgtgctactcggattcccttcttgcagttaatcttattatgaatgacactccgag 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  42690002 accaaggtctgcatatgattattgatttgaatatgaatgacgtcatgtgctactcggattcccttcttgcagttaatcttattatgaatgacactccgag 42689903  T
Q  101 atattacacctacgccgtcctcattcagaacataaaggatttgcttagtgttcgaaatatctctctccatcacacattaagagaggggaaccaatgtgcg 200  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  42689902 atatcacacctacgccgtcctcattcagaacataaaggatttgcttagtgttcgaaatatctctctccatcacacattaagagaggggaaccaatgtgcg 42689803  T
Q  201 gatttcttttccaagttgggtgctaattcagatgttcatct 241  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  42689802 gatttctttgccaagttgggtgctaattcagatgttcatct 42689762  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 189; E-Value: 1e-102
Query Start/End: Original strand, 1 - 241
Target Start/End: Original strand, 23946716 - 23946956
Alignment:
Q  1 accaaggtctgcatatgattattgatttgaatatgaatgatgtcatgtgctactcggattcccttcttgcagttaatcttattatgaatgacactccgag 100  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||| |||||||||||||| ||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  23946716 accaaggtctgcatatggttattgattcgaatatgaatgacgtcatgtgctactcagattcacttcttgcagtcaatcttattatgaatgacactccgag 23946815  T
Q  101 atattacacctacgccgtcctcattcagaacataaaggatttgcttagtgttcgaaatatctctctccatcacacattaagagaggggaaccaatgtgcg 200  Q
    |||| |||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  23946816 atatcacacatacgccttcctcattcagaacataaaggatttgcttagtgttcgaaatataactctccatcacactttaagagaggggaaccaatgtgcg 23946915  T
Q  201 gatttcttttccaagttgggtgctaattcagatgttcatct 241  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  23946916 gatttctttgccaagttgggtgctaattcagatgttcatct 23946956  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 68; E-Value: 2e-30
Query Start/End: Original strand, 1 - 228
Target Start/End: Original strand, 16781467 - 16781692
Alignment:
Q  1 accaaggtctgcatatgattattgatttgaatatgaatgatgtcatgtgctactcggattcccttcttgcagttaatcttattatgaatgacactccgag 100  Q
    ||||||| ||| ||||| ||||||| ||||| ||||||||| | ||||||||||| |||||||| ||||| ||||||||||| |||||||| | ||||||    
T  16781467 accaagggctgaatatggttattgacttgaacatgaatgatcttatgtgctactcagattccctccttgctgttaatcttatcatgaatgata-tccgag 16781565  T
Q  101 atattacacctacgccgtcctcattcagaacataaaggatttgcttagtgttcgaaatatctctctccatcacacattaagagaggggaaccaatgtgcg 200  Q
    ||   ||| ||||||||| ||||||| ||| || || || |||||   || ||| || |||||||| |||||||| |||||||||||||| ||||||| |    
T  16781566 attccacatctacgccgttctcattc-gaatattaaagacttgctagttgatcggaacatctctcttcatcacaccttaagagaggggaatcaatgtgtg 16781664  T
Q  201 gatttcttttccaagttgggtgctaatt 228  Q
    |||| |||| | || |||| ||||||||    
T  16781665 gattactttgctaaattggatgctaatt 16781692  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 213; Significance: 1e-117; HSPs: 4)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 213; E-Value: 1e-117
Query Start/End: Original strand, 1 - 241
Target Start/End: Original strand, 37145597 - 37145837
Alignment:
Q  1 accaaggtctgcatatgattattgatttgaatatgaatgatgtcatgtgctactcggattcccttcttgcagttaatcttattatgaatgacactccgag 100  Q
    ||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37145597 accaaggtctgcatatggttattgacttgaatatgaatgacgtcatgtgctactcggattcccttcttgcagttaatcttattatgaatgacactccgag 37145696  T
Q  101 atattacacctacgccgtcctcattcagaacataaaggatttgcttagtgttcgaaatatctctctccatcacacattaagagaggggaaccaatgtgcg 200  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37145697 atatcacacctacgccgtcctcattcagaacataaaggatttgcttagtgttcgaaatatcactctccatcacacattaagagaggggaaccaatgtgcg 37145796  T
Q  201 gatttcttttccaagttgggtgctaattcagatgttcatct 241  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  37145797 gatttctttgccaagttgggtgctaattcagaagttcatct 37145837  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 59; E-Value: 4e-25
Query Start/End: Original strand, 24 - 234
Target Start/End: Complemental strand, 53606489 - 53606279
Alignment:
Q  24 gatttgaatatgaatgatgtcatgtgctactcggattcccttcttgcagttaatcttattatgaatgacactccgagatattacacctacgccgtcctca 123  Q
    ||||||||| |||||||  | ||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||  |||||||||||| |||||  ||| ||||||||  || |    
T  53606489 gatttgaatgtgaatgagataatgtgctactcggattcccttctagctgttaatcttattgcgaatgacactcctagataccacatctacgccgctctta 53606390  T
Q  124 ttcagaacataaaggatttgcttagtgttcgaaatatctctctccatcacacattaagagaggggaaccaatgtgcggatttcttttccaagttgggtgc 223  Q
    | ||||| || || ||  |||| | ||   | || || || ||||| ||||| |||||||||||||| ||||||||||| |||||| | || || |||||    
T  53606389 tccagaatatcaaagacctgctaaatgacaggaacatttccctccaccacactttaagagaggggaatcaatgtgcggacttctttgctaaatttggtgc 53606290  T
Q  224 taattcagatg 234  Q
    |||||||||||    
T  53606289 taattcagatg 53606279  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 55; E-Value: 1e-22
Query Start/End: Original strand, 1 - 234
Target Start/End: Complemental strand, 17716567 - 17716334
Alignment:
Q  1 accaaggtctgcatatgattattgatttgaatatgaatgatgtcatgtgctactcggattcccttcttgcagttaatcttattatgaatgacactccgag 100  Q
    ||||||| ||| |||||  ||| || ||||| ||||||||| | ||||||||||||||||| || ||||| |||||||| || |||||||| || |||||    
T  17716567 accaagggctgaatatggctatggacttgaacatgaatgattttatgtgctactcggattctctccttgctgttaatctcatcatgaatgatacaccgag 17716468  T
Q  101 atattacacctacgccgtcctcattcagaacataaaggatttgcttagt-gttcgaaatatctctctccatcacacattaagagaggggaaccaatgtgc 199  Q
    ||   ||| ||| ||||| || ||||| ||||| || ||||||| |||| | ||| || |||||||| |||||||| ||||||||||| || ||||||||    
T  17716467 attccacatctatgccgttcttattcaaaacattaaagatttgc-tagtcgatcggaacatctctcttcatcacaccttaagagagggaaatcaatgtgc 17716369  T
Q  200 ggatttcttttccaagttgggtgctaattcagatg 234  Q
     ||||  ||| | || |||||||| | ||||||||    
T  17716368 agattattttgctaaattgggtgccatttcagatg 17716334  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 55; E-Value: 1e-22
Query Start/End: Original strand, 1 - 234
Target Start/End: Complemental strand, 19017796 - 19017563
Alignment:
Q  1 accaaggtctgcatatgattattgatttgaatatgaatgatgtcatgtgctactcggattcccttcttgcagttaatcttattatgaatgacactccgag 100  Q
    ||||||| ||| |||||  ||| || ||||| ||||||||| | ||||||||||||||||| || ||||| |||||||| || |||||||| || |||||    
T  19017796 accaagggctgaatatggctatggacttgaacatgaatgattttatgtgctactcggattctctccttgctgttaatctcatcatgaatgatacaccgag 19017697  T
Q  101 atattacacctacgccgtcctcattcagaacataaaggatttgcttagt-gttcgaaatatctctctccatcacacattaagagaggggaaccaatgtgc 199  Q
    ||   ||| ||| ||||| || ||||| ||||| || ||||||| |||| | ||| || |||||||| |||||||| ||||||||||| || ||||||||    
T  19017696 attccacatctatgccgttcttattcaaaacattaaagatttgc-tagtcgatcggaacatctctcttcatcacaccttaagagagggaaatcaatgtgc 19017598  T
Q  200 ggatttcttttccaagttgggtgctaattcagatg 234  Q
     ||||  ||| | || |||||||| | ||||||||    
T  19017597 agattattttgctaaattgggtgccatttcagatg 19017563  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 205; Significance: 1e-112; HSPs: 1)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 205; E-Value: 1e-112
Query Start/End: Original strand, 1 - 241
Target Start/End: Complemental strand, 45211034 - 45210794
Alignment:
Q  1 accaaggtctgcatatgattattgatttgaatatgaatgatgtcatgtgctactcggattcccttcttgcagttaatcttattatgaatgacactccgag 100  Q
    ||||| || |||||||| ||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  45211034 accaaagtttgcatatggttattgattcgaatatgaatgacgtcatgtgctactcggattcacttcttgcagttaatcttattatgaatgacactccgag 45210935  T
Q  101 atattacacctacgccgtcctcattcagaacataaaggatttgcttagtgttcgaaatatctctctccatcacacattaagagaggggaaccaatgtgcg 200  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  45210934 atatcacacctacgccgtcctcattcagaacataaaggatttgcttagtgttcgaaatatcactctccatcacacattaagagaggggaaccaatgtgcg 45210835  T
Q  201 gatttcttttccaagttgggtgctaattcagatgttcatct 241  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  45210834 gatttctttgccaagttgggtgctaattcagatgttcatct 45210794  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 205; Significance: 1e-112; HSPs: 4)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 205; E-Value: 1e-112
Query Start/End: Original strand, 1 - 241
Target Start/End: Original strand, 33805916 - 33806156
Alignment:
Q  1 accaaggtctgcatatgattattgatttgaatatgaatgatgtcatgtgctactcggattcccttcttgcagttaatcttattatgaatgacactccgag 100  Q
    |||||||| |||||||| ||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33805916 accaaggtttgcatatggttattgattcgaatatgaatgacgtcatgtgctactcggattcacttcttgcagttaatcttattatgaatgacactccgag 33806015  T
Q  101 atattacacctacgccgtcctcattcagaacataaaggatttgcttagtgttcgaaatatctctctccatcacacattaagagaggggaaccaatgtgcg 200  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33806016 atatcacacctacgccgtcctcattcagaacataaaggatttgcttaatgttcgaaatatcactctccatcacacattaagagaggggaaccaatgtgcg 33806115  T
Q  201 gatttcttttccaagttgggtgctaattcagatgttcatct 241  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33806116 gatttctttgccaagttgggtgctaattcagatgttcatct 33806156  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 95; E-Value: 1e-46
Query Start/End: Original strand, 65 - 239
Target Start/End: Complemental strand, 30961316 - 30961142
Alignment:
Q  65 tcttgcagttaatcttattatgaatgacactccgagatattacacctacgccgtcctcattcagaacataaaggatttgcttagtgttcgaaatatctct 164  Q
    |||||| ||||||||||| |||||||| || ||||||||  ||||||||||||||||||| ||||| |||||||| ||||| | |||||| || ||||||    
T  30961316 tcttgctgttaatcttatcatgaatgataccccgagataccacacctacgccgtcctcatccagaatataaaggacttgctaattgttcggaacatctct 30961217  T
Q  165 ctccatcacacattaagagaggggaaccaatgtgcggatttcttttccaagttgggtgctaattcagatgttcat 239  Q
    || |||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||| | || ||||||||||||||||||| ||||    
T  30961216 cttcatcacaccttaagagaggggaaccaatgtgtggatttctttgctaaattgggtgctaattcagatgctcat 30961142  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 44; E-Value: 4e-16
Query Start/End: Original strand, 43 - 233
Target Start/End: Original strand, 11240162 - 11240352
Alignment:
Q  43 tcatgtgctactcggattcccttcttgcagttaatcttattatgaatgacactccgagatattacacctacgccgtcctcattcagaacataaaggattt 142  Q
    ||||||||||||||||||||||  |||  ||| || |||| | |||||| || |||||||   ||| ||||| ||| |||||||| || || || || ||    
T  11240162 tcatgtgctactcggattccctgattgttgttcattttatcaagaatgataccccgagattccacatctacgtcgtgctcattcaaaatattaaagactt 11240261  T
Q  143 gcttagt-gttcgaaatatctctctccatcacacattaagagaggggaaccaatgtgcggatttcttttccaagttgggtgctaattcagat 233  Q
    | ||||| | ||| || ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||  ||||| |||| | || || ||||||| |||||||    
T  11240262 g-ttagttgatcggaacatctctctccatcacaccttaagagaggggaaccaatgtttggattactttgctaaattaggtgctagttcagat 11240352  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 159 - 241
Target Start/End: Original strand, 44567207 - 44567289
Alignment:
Q  159 atctctctccatcacacattaagagaggggaaccaatgtgcggatttcttttccaagttgggtgctaattcagatgttcatct 241  Q
    |||||||| |||||||| ||||||||||||||  ||||||  |||| |||| | || || |||||||||||| ||| ||||||    
T  44567207 atctctcttcatcacaccttaagagaggggaatgaatgtggagattactttactaaattaggtgctaattcatatgctcatct 44567289  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 165; Significance: 2e-88; HSPs: 2)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 165; E-Value: 2e-88
Query Start/End: Original strand, 13 - 241
Target Start/End: Original strand, 721492 - 721720
Alignment:
Q  13 atatgattattgatttgaatatgaatgatgtcatgtgctactcggattcccttcttgcagttaatcttattatgaatgacactccgagatattacaccta 112  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||    
T  721492 atatgattattgatttgaatatgaatgacgtcatgtgctacttggattcccttcttgtagttaatcttattatgaatgacactccgagataccacaccta 721591  T
Q  113 cgccgtcctcattcagaacataaaggatttgcttagtgttcgaaatatctctctccatcacacattaagagaggggaaccaatgtgcggatttcttttcc 212  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||||| | |||||| ||  |||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||| |     
T  721592 cgccgtcctcattcagaatataaaggatttgctaattgttcggaacttctctctccatcacacattaagagaggggagccaatgcgcggatttctttgct 721691  T
Q  213 aagttgggtgctaattcagatgttcatct 241  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||    
T  721692 aagttgggtgctaattcagatgctcatct 721720  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 161; E-Value: 5e-86
Query Start/End: Original strand, 1 - 241
Target Start/End: Original strand, 38880704 - 38880943
Alignment:
Q  1 accaaggtctgcatatgattattgatttgaatatgaatgatgtcatgtgctactcggattcccttcttgcagttaatcttattatgaatgacactccgag 100  Q
    ||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||    
T  38880704 accaagggctgaatatgattattgatttgaatatgaatgacgtcatgtgctactcggattcccttcttgcagttaatcttattatgaatgacactc-gag 38880802  T
Q  101 atattacacctacgccgtcctcattcagaacataaaggatttgcttagtgttcgaaatatctctctccatcacacattaagagaggggaaccaatgtgcg 200  Q
    |||  ||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||| | |||||| || |||||||||||||||||||||||| || |||||||||| |||    
T  38880803 ataccacacctacgtcgtcctcattcagaatataaaggatttgctaattgttcggaacatctctctccatcacacattaagatagaggaaccaatgcgcg 38880902  T
Q  201 gatttcttttccaagttgggtgctaattcagatgttcatct 241  Q
    ||||||||| | |||||||||| ||||||||||| ||||||    
T  38880903 gatttctttgctaagttgggtgttaattcagatgctcatct 38880943  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 59; Significance: 4e-25; HSPs: 2)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 59; E-Value: 4e-25
Query Start/End: Original strand, 24 - 234
Target Start/End: Original strand, 46831385 - 46831595
Alignment:
Q  24 gatttgaatatgaatgatgtcatgtgctactcggattcccttcttgcagttaatcttattatgaatgacactccgagatattacacctacgccgtcctca 123  Q
    ||||||||| |||||||  | ||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||  |||||||||||| |||||  ||| ||||||||  || |    
T  46831385 gatttgaatgtgaatgagataatgtgctactcggattcccttctagctgttaatcttattgcgaatgacactcctagataccacatctacgccgctctta 46831484  T
Q  124 ttcagaacataaaggatttgcttagtgttcgaaatatctctctccatcacacattaagagaggggaaccaatgtgcggatttcttttccaagttgggtgc 223  Q
    | ||||| || || ||  |||| | ||   | || || || ||||| ||||| |||||||||||||| ||||||||||| |||||| | || || |||||    
T  46831485 tccagaatatcaaagacctgctaaatgacaggaacatttccctccaccacactttaagagaggggaatcaatgtgcggacttctttgctaaatttggtgc 46831584  T
Q  224 taattcagatg 234  Q
    |||||||||||    
T  46831585 taattcagatg 46831595  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 178 - 234
Target Start/End: Complemental strand, 42604252 - 42604196
Alignment:
Q  178 taagagaggggaaccaatgtgcggatttcttttccaagttgggtgctaattcagatg 234  Q
    |||||||||| || ||||||||||||| |||| | || |||||||||| ||||||||    
T  42604252 taagagagggaaatcaatgtgcggattactttgctaaattgggtgctatttcagatg 42604196  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 59; Significance: 4e-25; HSPs: 3)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 59; E-Value: 4e-25
Query Start/End: Original strand, 19 - 241
Target Start/End: Complemental strand, 1297678 - 1297456
Alignment:
Q  19 ttattgatttgaatatgaatgatgtcatgtgctactcggattcccttcttgcagttaatcttattatgaatgacactccgagatattacacctacgccgt 118  Q
    |||| ||||||||| |||||||  | ||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||  |||||||||||| |||||  ||| |||||||||    
T  1297678 ttatggatttgaatgtgaatgagataatgtgctactcggattcccttctagctgttaatcttattgcgaatgacactcctagataccacatctacgccgt 1297579  T
Q  119 cctcattcagaacataaaggatttgcttagtgttcgaaatatctctctccatcacacattaagagaggggaaccaatgtgcggatttcttttccaagttg 218  Q
     || ||  |||| ||  | ||  |||| | || ||| || || || ||||| ||||| |||||||| ||||| ||||||||||| |||| | | || ||     
T  1297578 tcttatcgagaatatcgaagacctgctaaatgatcggaacatttccctccaccacactttaagagaagggaatcaatgtgcggacttctctgctaaattt 1297479  T
Q  219 ggtgctaattcagatgttcatct 241  Q
    |||||||||||||||||| ||||    
T  1297478 ggtgctaattcagatgttgatct 1297456  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 48; E-Value: 1e-18
Query Start/End: Original strand, 1 - 199
Target Start/End: Original strand, 8684650 - 8684848
Alignment:
Q  1 accaaggtctgcatatgattattgatttgaatatgaatgatgtcatgtgctactcggattcccttcttgcagttaatcttattatgaatgacactccgag 100  Q
    ||||||| ||| |||||  ||| || ||||| ||||||||| | ||||||||||| ||||| || ||||| |||||||| || |||||||| || |||||    
T  8684650 accaagggctgaatatggctatggacttgaacatgaatgattttatgtgctactcagattctctccttgctgttaatctcatcatgaatgatacaccgag 8684749  T
Q  101 atattacacctacgccgtcctcattcagaacataaaggatttgcttagt-gttcgaaatatctctctccatcacacattaagagaggggaaccaatgtgc 199  Q
    ||   ||| |||||| || || ||||| ||||| || ||||||| |||| | ||| ||| ||||||| |||||||| ||||||||||| || ||||||||    
T  8684750 attccacatctacgctgttcttattcaaaacattaaagatttgc-tagtcgatcggaatttctctcttcatcacaccttaagagagggaaatcaatgtgc 8684848  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 159 - 239
Target Start/End: Original strand, 8639271 - 8639351
Alignment:
Q  159 atctctctccatcacacattaagagaggggaaccaatgtgcggatttcttttccaagttgggtgctaattcagatgttcat 239  Q
    |||||||| |||||| | | |||||||||||| |||||||| |||| |||| | || |||||||||| |||||||| ||||    
T  8639271 atctctcttcatcacgcttcaagagaggggaatcaatgtgcagattactttgctaaattgggtgctagttcagatgctcat 8639351  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University