View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF4125_low_3 (Length: 844)

Name: NF4125_low_3
Description: NF4125
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF4125_low_3
NF4125_low_3
[»] chr8 (3 HSPs)
chr8 (16-836)||(34320493-34321313)
chr8 (16-816)||(34329424-34330221)
chr8 (448-522)||(34333815-34333889)
[»] chr5 (4 HSPs)
chr5 (35-799)||(36626774-36627526)
chr5 (35-750)||(36621540-36622252)
chr5 (65-316)||(36632045-36632296)
chr5 (378-799)||(36632680-36633098)


Alignment Details
Target: chr8 (Bit Score: 793; Significance: 0; HSPs: 3)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 793; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 16 - 836
Target Start/End: Complemental strand, 34321313 - 34320493
Alignment:
Q  16 catagtcatcgtgttcaaaattgcttggattcaaagaggcatgtcgaagaagctcaacttcatgctcaaacttagtcatgtaattgtcttccatgttcac 115  Q
    |||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  34321313 catagtcatcgtgtccaacattgcttggattcaaagaggcatgtcgaagaagctcaacttcatgctcaaacttagtcatgtaattgtcttccatgttcac 34321214  T
Q  116 aatagcttcaatcccttctccatcttttgtatccatcagaaatattatgttccttgaagaacaaccaaaagtggtgacccatgttggatttccccaccca 215  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  34321213 aatagcttcaatcccttctccatcttttgtatccatcagaaatattatgttccttgaagaacaaccaaaagtggtgacccatgttggatttccccaccca 34321114  T
Q  216 aaatttgtttcatacattggaaacctacaccagctactaaaagtaaacaaattttcattttcgggatgaggctcagtaacttgtttcaagcactcagata 315  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  34321113 aaatttgtttcatacattggaaacctacaccagctactaaaagtaaacaaattttcattttcgggatgaggctcagtaacttgtttcaagcactcagata 34321014  T
Q  316 ttaatgacaagttttcattctctttcgctccaaatgtttctggaataaagtcatcaaactgcgataacccttcttttattttggataccaactcatgtaa 415  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  34321013 ttaatgacaagttttcattctctttcgctccaaatgtttccggaataaagtcaccaaactgcgataacccttcttttattttggataccaactcatgtaa 34320914  T
Q  416 ttccatttccttcttatctgcaaccatagacgagaaccaaacaatgtttcctgcacacttttcagacaatgcaggaaccattcttttgcgaagatctaca 515  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  34320913 ttccatttccttcttatctgcaaccatagacgagaaccaaacaatgtttcctacacacttttcagacaatgcaggaaccattcttttgcgaagatctaca 34320814  T
Q  516 cccatgctaaataaagccgtctggaaatttaatcccattagtgaaactgcacgcttataaatccatgcagttactgcttgtacacgtgatggaggtgaat 615  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  34320813 cccatgctaaataaagccgtctggaaatttaatcccattagtgaaactgcacgcttataaatccatgcagttactgcttgtacacgtgatggaggtgaat 34320714  T
Q  616 gcatagaactagaagttgctattgccttaagggacttgatcattgagggttgaaacacaaaccttttacacaccacattgttttttctcgttaacacaag 715  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  34320713 gcatagaactagaagttgccattgccttaagggacttgatcattgagggttgaaacacaaaccttttacacaccacattgttttttctcgttaacacaag 34320614  T
Q  716 ttctgggaaaatagttaaatccctttgtggaaaaaccgaagctcctccatcaagtaaaggaaaaggtaatactaataaccctttatcttcttcttcttct 815  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  34320613 ttctgggaaaatagttaaatccctttgtggaaaaacagaagctcctccatcaagtaaaggaaaaggtaatactaataaccctttatcttcttcttcttct 34320514  T
Q  816 tgtaatttttggttgatgatg 836  Q
    |||||||||||||||||||||    
T  34320513 tgtaatttttggttgatgatg 34320493  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 271; E-Value: 1e-151
Query Start/End: Original strand, 16 - 816
Target Start/End: Complemental strand, 34330221 - 34329424
Alignment:
Q  16 catagtcatcgtgttcaaaattgcttggattcaaagaggcatgtcgaagaagctcaacttcatgctcaaacttagtcatgtaattgtcttccatgttcac 115  Q
    |||| ||||| |||| || |||| ||||||| | |||||||| | |||||||||  ||||||||||||||||||||||| | ||| |||||||| |||||    
T  34330221 catactcatcatgttaaacattggttggattaagagaggcatattgaagaagcttcacttcatgctcaaacttagtcatatcattctcttccatattcac 34330122  T
Q  116 aatagcttcaatcccttctccatcttttgtatccatcagaaatattatgttccttgaagaacaaccaaaagtggtgacccatgttggatttccccaccca 215  Q
    ||  ||||||||||| || |||||| |||||||||||| || |||    |||||     ||||| ||  ||| || |||||| |||| ||||||||||||    
T  34330121 aaccgcttcaatcccatccccatctcttgtatccatcaaaattatcccattcctcacgtaacaagcactagttgtcacccatattggttttccccaccca 34330022  T
Q  216 aaatttgtttcatacattggaaacctacaccagctactaaaagtaaacaaattttcattttcgggatgaggctcagtaacttgtttcaagcactcagata 315  Q
    ||||  | |||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||| ||||||| |||| || | || || ||||||||||||||||||||| |||||||    
T  34330021 aaatcagcttcatacattggaaacctacaccaactactaaaactaatcaaatttccattctcagaataagactcagtaacttgtttcaagcattcagata 34329922  T
Q  316 ttaatgacaagttttcattctctttcgctccaaatgtttctggaataaagtcatcaaactgcgataacccttcttttattttggataccaactcatgtaa 415  Q
    ||  | |||| || ||||||| |||| |||||||| ||| ||||  || ||||  | | |  ||||||||||||||||||||| ||||||| || | ||     
T  34329921 tttttaacaaattatcattctttttccctccaaatatttttggataaacgtcacaacattcagataacccttcttttattttgcataccaaatcctttag 34329822  T
Q  416 ttccatttccttcttatctgcaaccatagacgagaaccaaacaatgtttcctgcacacttttcagacaatgcaggaaccattcttttgcgaagatctaca 515  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||  ||||| ||| |||| ||||||||||| | |||||||||||||||||||| ||| |||    
T  34329821 ttccatttccttcttatctgcaaacatagacgagaaccaaaatatgttccctacacatttttcagacaacggaggaaccattcttttgcgaaaatcaaca 34329722  T
Q  516 cccatgctaaataaagccgtctggaaatttaatcccattagtgaaactgcacgcttataaatccatgcagttactgcttgtacacgtgatggaggtgaat 615  Q
     |||| ||||| || |  |||| ||||||||||||| ||| |||||| |  |  || |||||||||||||| ||  ||||||||||||  ||||   |||    
T  34329721 gccatactaaacaatgatgtcttgaaatttaatcccgttattgaaaccgtgcatttgtaaatccatgcagtcacaacttgtacacgtgtgggag---aat 34329625  T
Q  616 gcatagaactagaagttgctattgccttaagggacttgatcattgagggttgaaacacaaaccttttacacaccacattgttttttctcgttaacacaag 715  Q
    |||  |||||||||||||| |||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||| | |  |||||    
T  34329624 gcaccgaactagaagttgccattttcttaagggacttgatcattgagggttgaaacacaaatcttttacacaccacattgttttctctcttaagaacaag 34329525  T
Q  716 ttctgggaaaatagttaaatccctttgtggaaaaaccgaagctcctccatcaagtaaaggaaaaggtaatactaataaccctttatcttcttcttcttct 815  Q
    |||| | ||||||| |||||| ||||||||||| |  ||||||||||||||||| ||| |||| |||||| ||||||||||||| ||| |||||| ||||    
T  34329524 ttcttgaaaaataggtaaatctctttgtggaaacattgaagctcctccatcaaggaaatgaaagggtaattctaataaccctttttctccttctttttct 34329425  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000003
Query Start/End: Original strand, 448 - 522
Target Start/End: Complemental strand, 34333889 - 34333815
Alignment:
Q  448 agaaccaaacaatgtttcctgcacacttttcagacaatgcaggaaccattcttttgcgaagatctacacccatgc 522  Q
    ||||||| || ||||||||| || |||| |||||||||| ||||||||||||| | |||||||| ||| ||||||    
T  34333889 agaaccatactatgtttcctacagacttatcagacaatggaggaaccattcttctacgaagatccacagccatgc 34333815  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 211; Significance: 1e-115; HSPs: 4)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 211; E-Value: 1e-115
Query Start/End: Original strand, 35 - 799
Target Start/End: Original strand, 36626774 - 36627526
Alignment:
Q  35 attgcttggattcaaagaggcatgtcgaagaagctcaacttcatgctcaaacttagtcatgtaattgtcttccatgttcacaatagcttcaatcccttct 134  Q
    |||| ||||||| ||||| |||| | |||||||||||| |||||| |||||||||| ||| ||||| ||||||||||||||||| ||||||||||| |||    
T  36626774 attgtttggattaaaagacgcatattgaagaagctcaaattcatgttcaaacttagccatataattatcttccatgttcacaatcgcttcaatcccatct 36626873  T
Q  135 ccatcttttgtatccatcagaaatattatgttccttgaagaacaaccaaaagtggtgacccatgttggatttccccacccaaaatttgtttcatacattg 234  Q
    |||||| |||||||||||| |||||| || |||||||||||  |||||  |||||||| |||| |||| |||||||| ||||||| || |||||||||||    
T  36626874 ccatctcttgtatccatcaaaaatataatattccttgaagacaaaccagtagtggtgatccatattggttttccccatccaaaatctgcttcatacattg 36626973  T
Q  235 gaaacctacaccagctactaaaagtaaacaaattttcattttcgggatgaggctcagtaacttgtttcaagcactcagatattaatgacaagttttcatt 334  Q
    ||||||||||||| |||||||| ||||||||||||| ||| |||| || ||| || |||||||| |||||||| ||||||||          || |  ||    
T  36626974 gaaacctacaccaactactaaacgtaaacaaatttttattctcggaataaggttctgtaacttgcttcaagcattcagatat---------attattgtt 36627064  T
Q  335 ctctttcgctccaaatgtttctggaataaagtcatcaaactgcgataacccttcttttattttggataccaactcatgtaattccatttccttcttatct 434  Q
    ||||||| ||| ||||  || ||||  || || |  | | |  ||||||||||||||||| | | | ||||| || | || ||||||||||||||||| |    
T  36627065 ctctttctctctaaataattttggataaacgttacaacattcagataacccttcttttatctggcagaccaaatcttctagttccatttccttcttattt 36627164  T
Q  435 gcaaccatagacgagaaccaaacaatgtttcctgcacacttttcagacaatgcaggaaccattcttttgcgaagatctacacccatgctaaataaagccg 534  Q
    || | ||||||||| |||||||  ||||| ||| |||| | ||||||||||| ||||||||||||| | |||||||| |||  ||||||||| |  ||||    
T  36627165 gccaacatagacgaaaaccaaaatatgttccctacacaatgttcagacaatggaggaaccattcttctacgaagatcgacaatcatgctaaacattgccg 36627264  T
Q  535 tctggaaatttaatcccattagtgaaactgcacgcttataaatccatgcagttactgcttgtacacgtgatggaggtgaatgcatagaactagaagttgc 634  Q
    ||||||||||||| ||||||| |||||| ||| |||| |||||||||||||||||  |||||||  | |  |||   |||||||| |||||||||||  |    
T  36627265 tctggaaatttaaccccattattgaaacggcatgcttgtaaatccatgcagttacaacttgtacttgcgtggga---gaatgcatggaactagaagtcac 36627361  T
Q  635 tattgccttaagggacttgatcattgagggttgaaacacaaaccttttacacaccacattgttttttctcgttaacacaagttctgggaaaatagttaaa 734  Q
     ||||||||||| ||||| |||||||  |||||||| |||||||||||| | || |||||||||| | || ||| ||| | ||||||||| ||||  |||    
T  36627362 cattgccttaagagacttaatcattgcaggttgaaaaacaaaccttttaaatacgacattgttttctttctttatcaccatttctgggaagataggcaaa 36627461  T
Q  735 tccctttgtggaaaaaccgaagctcctccatcaagtaaaggaaaaggtaatactaataacccttt 799  Q
    ||||||||||||||||  |  || ||| |||||||||||   || ||| ||||||||||| ||||    
T  36627462 tccctttgtggaaaaattgttgcccctgcatcaagtaaactcaagggtgatactaataactcttt 36627526  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 200; E-Value: 1e-108
Query Start/End: Original strand, 35 - 750
Target Start/End: Original strand, 36621540 - 36622252
Alignment:
Q  35 attgcttggattcaaagaggcatgtcgaagaagctcaacttcatgctcaaacttagtcatgtaattgtcttccatgttcacaatagcttcaatcccttct 134  Q
    |||| ||||||| | |||||||| | ||||||||||||  ||||| ||||| |||| ||| || || |||||||||||||||| ||||||||| || |||    
T  36621540 attgtttggattaagagaggcatattgaagaagctcaaaatcatgttcaaatttagccatatatttctcttccatgttcacaacagcttcaatgccatct 36621639  T
Q  135 ccatcttttgtatccatcagaaatattatgttccttgaagaacaaccaaaagtggtgacccatgttggatttccccacccaaaatttgtttcatacattg 234  Q
    |||||| |||||||||| ||||  ||  | ||| ||||||||||||||  |||||||| |||| |||| |||||||| ||||||| || |||||||||||    
T  36621640 ccatctcttgtatccattagaagaatattattctttgaagaacaaccagtagtggtgatccatattggttttccccatccaaaatctgcttcatacattg 36621739  T
Q  235 gaaacctacaccagctactaaaagtaaacaaattttcattttcgggatgaggctcagtaacttgtttcaagcactcagatattaatgacaagttttcatt 334  Q
    ||||||||||||| |||||||||  ||||| ||||| ||||||||  ||||| || ||| |||| ||||||||||||||||| |   |||| || |  ||    
T  36621740 gaaacctacaccaactactaaaaccaaacacatttttattttcggattgaggttctgtagcttgcttcaagcactcagatatca---acaaattgttttt 36621836  T
Q  335 ctctttcgctccaaatgtttctggaataaagtcatcaaactgcgataacccttcttttattttggataccaactcatgtaattccatttccttcttatct 434  Q
    | || || ||| |||  |||  |||  || ||||  | | |  ||||||||||||||||||||| |||||||||| | || || |||||||||||||| |    
T  36621837 ccctatctctctaaacattttaggataaacgtcacaacattcagataacccttcttttattttgcataccaactcttctagtttcatttccttcttattt 36621936  T
Q  435 g-ca--accatagacgagaaccaaacaatgtttcctgcacacttttcagacaatgcaggaaccattcttttgcgaagatctacacccatgctaaataaag 531  Q
    | ||  | ||||||||| |||||||  ||||| ||| |||| ||||||||||| | |||||||||||||||||| ||||  ||| |||||  |||  |||    
T  36621937 gtcatcatcatagacgaaaaccaaagtatgttccctacacatttttcagacaacggaggaaccattcttttgcgtagattcacaaccatgtaaaacgaag 36622036  T
Q  532 ccgtctggaaatttaatcccattagtgaaactgcacgcttataaatccatgcagttactgcttgtacacgtgatggaggtgaatgcatagaactagaagt 631  Q
    |||||||||||||||| ||||||| ||| || ||| |||| |||||||||||| ||||  |||| || ||||  |||   ||| |||| |||||||||||    
T  36622037 ccgtctggaaatttaaccccattattgatacagcatgcttgtaaatccatgcaattacaacttgcacgcgtgtggga---gaaggcatggaactagaagt 36622133  T
Q  632 tgctattgccttaagggacttgatcattgagggttgaaacacaaaccttttacacaccacattgttttttctcgttaacacaagttctgggaaaatagtt 731  Q
    | | ||||||||||| ||||||||||| |  |||||||| |||||||||||| || | |||||||||| |||| ||||||||  |||||||||||||| |    
T  36622134 taccattgccttaagagacttgatcatcgcaggttgaaaaacaaaccttttaaactcaacattgttttctctctttaacacattttctgggaaaataggt 36622233  T
Q  732 aaatccctttgtggaaaaa 750  Q
    |||||||||||||||||||    
T  36622234 aaatccctttgtggaaaaa 36622252  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 120; E-Value: 6e-61
Query Start/End: Original strand, 65 - 316
Target Start/End: Original strand, 36632045 - 36632296
Alignment:
Q  65 aagctcaacttcatgctcaaacttagtcatgtaattgtcttccatgttcacaatagcttcaatcccttctccatcttttgtatccatcagaaatattatg 164  Q
    ||||||||  ||||| |||||||||| ||| ||||| |||| ||||||||||| |||||||||||| ||||||||| |||||||||||| |||||| ||     
T  36632045 aagctcaaagtcatgttcaaacttagccatataattatctttcatgttcacaagagcttcaatcccatctccatctattgtatccatcaaaaatataata 36632144  T
Q  165 ttccttgaagaacaaccaaaagtggtgacccatgttggatttccccacccaaaatttgtttcatacattggaaacctacaccagctactaaaagtaaaca 264  Q
    ||| ||||||||||||||  |||||||| |||| |||| |||||||| ||||||| || ||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  36632145 ttctttgaagaacaaccagtagtggtgatccatattggttttccccatccaaaatctgcttcatacatcggaaacctacaccaactactaaaagtaaaca 36632244  T
Q  265 aattttcattttcgggatgaggctcagtaacttgtttcaagcactcagatat 316  Q
    |||||| ||| || | || ||| |  |||||||| |||||||||||||||||    
T  36632245 aatttttattctccgaataaggttgtgtaacttgcttcaagcactcagatat 36632296  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 116; E-Value: 1e-58
Query Start/End: Original strand, 378 - 799
Target Start/End: Original strand, 36632680 - 36633098
Alignment:
Q  378 gataacccttcttttattttggataccaactcatgtaattccatttccttcttatctgcaaccatagacgagaaccaaacaatgtttcctgcacactttt 477  Q
    ||||||||||||||||||||| | |||||||||| ||  |||||||||||||||| ||| | |||| ||||    ||||| ||||| |||||||| ||||    
T  36632680 gataacccttcttttattttgcagaccaactcatctagctccatttccttcttatttgccaacatatacgaattgcaaactatgttccctgcacattttt 36632779  T
Q  478 cagacaatgcaggaaccattcttttgcgaagatctacacccatgctaaataaagccgtctggaaatttaatcccattagtgaaactgcacgcttataaat 577  Q
    | ||||||| |||| |||||||||| | ||||| |||| |||||| |||  | ||||| ||||||||||| ||||||| |||||||| | |||| |||||    
T  36632780 ccgacaatggaggatccattctttttctaagatttacagccatgcaaaacgacgccgtttggaaatttaaccccattattgaaactgtatgcttgtaaat 36632879  T
Q  578 ccatgcagttactgcttgtacacgtgatggaggtgaatgcatagaactagaagttgctattgccttaagggacttgatcattgagggttgaaacacaaac 677  Q
    ||||||||||||  |||||||| |||  |||   ||||||||  ||||||||||| | ||||||||||| || ||||||||||  |||||||| | ||||    
T  36632880 ccatgcagttacaacttgtacatgtgtggga---gaatgcatgaaactagaagttaccattgccttaagagatttgatcattgcaggttgaaaaaaaaac 36632976  T
Q  678 cttttacacaccacattgttttttctcgttaacacaagttctgggaaaatagttaaatccctttgtggaaaaaccgaagctcctccatcaagtaaaggaa 777  Q
    |||||| | || |||||||||| |||| ||  | |||  |||||||||| ||  |||||||||||||||||||     |||||| |||||||||||   |    
T  36632977 cttttaaatacgacattgttttctctctttcccgcaatctctgggaaaacaggcaaatccctttgtggaaaaattattgctcctgcatcaagtaaactta 36633076  T
Q  778 aaggtaatactaataacccttt 799  Q
    | ||| ||||||||||| ||||    
T  36633077 agggtgatactaataactcttt 36633098  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University