View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF4134_low_4 (Length: 594)

Name: NF4134_low_4
Description: NF4134
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF4134_low_4
NF4134_low_4
[»] chr8 (16 HSPs)
chr8 (346-559)||(28644560-28644773)
chr8 (348-543)||(33071918-33072113)
chr8 (348-543)||(42234656-42234851)
chr8 (348-559)||(30410275-30410486)
chr8 (348-543)||(38757003-38757186)
chr8 (348-500)||(43807486-43807640)
chr8 (348-500)||(43812045-43812199)
chr8 (348-559)||(30405766-30405960)
chr8 (348-500)||(197685-197841)
chr8 (348-500)||(202203-202359)
chr8 (348-500)||(312522-312678)
chr8 (348-500)||(317040-317196)
chr8 (348-448)||(41949802-41949902)
chr8 (348-444)||(41945339-41945434)
chr8 (376-526)||(27435169-27435314)
chr8 (551-590)||(28644775-28644813)
[»] chr6 (20 HSPs)
chr6 (121-347)||(31044073-31044294)
chr6 (348-590)||(27552014-27552267)
chr6 (348-543)||(17096236-17096431)
chr6 (348-542)||(8315466-8315661)
chr6 (348-559)||(8319989-8320199)
chr6 (348-575)||(17895656-17895881)
chr6 (347-559)||(17779913-17780126)
chr6 (347-575)||(14531720-14531946)
chr6 (348-559)||(27574683-27574884)
chr6 (348-543)||(17886810-17887000)
chr6 (21-148)||(31044292-31044419)
chr6 (386-500)||(6440866-6440979)
chr6 (361-450)||(17159610-17159700)
chr6 (361-450)||(17163640-17163730)
chr6 (360-451)||(7888212-7888305)
chr6 (551-589)||(17780128-17780166)
chr6 (298-344)||(31034621-31034667)
chr6 (361-448)||(21417159-21417245)
chr6 (252-288)||(31051800-31051836)
chr6 (252-288)||(31110303-31110339)
[»] chr5 (21 HSPs)
chr5 (348-590)||(30695293-30695545)
chr5 (346-578)||(32485915-32486145)
chr5 (348-575)||(19502307-19502533)
chr5 (348-543)||(26336767-26336964)
chr5 (348-575)||(36632314-36632526)
chr5 (346-500)||(12018729-12018887)
chr5 (368-533)||(43384972-43385138)
chr5 (348-500)||(7099375-7099531)
chr5 (348-500)||(7103944-7104100)
chr5 (348-500)||(12023289-12023445)
chr5 (348-559)||(40367557-40367757)
chr5 (348-490)||(40371750-40371892)
chr5 (348-500)||(16794108-16794264)
chr5 (348-500)||(16798669-16798825)
chr5 (396-529)||(20830304-20830437)
chr5 (348-457)||(10277204-10277313)
chr5 (348-500)||(10274546-10274697)
chr5 (348-500)||(37682036-37682181)
chr5 (348-500)||(37658732-37658877)
chr5 (396-470)||(20808675-20808749)
chr5 (512-559)||(40371695-40371742)
[»] chr1 (6 HSPs)
chr1 (348-590)||(16588383-16588635)
chr1 (348-542)||(39793831-39794025)
chr1 (348-575)||(43591754-43591978)
chr1 (348-559)||(26311522-26311720)
chr1 (348-559)||(26316013-26316211)
chr1 (348-500)||(10504436-10504587)
[»] chr4 (18 HSPs)
chr4 (348-543)||(31670090-31670286)
chr4 (347-543)||(10317025-10317221)
chr4 (348-543)||(53722007-53722202)
chr4 (348-543)||(8892582-8892778)
chr4 (345-543)||(27186139-27186341)
chr4 (355-543)||(43683636-43683813)
chr4 (348-500)||(3770842-3770998)
chr4 (348-500)||(44147023-44147179)
chr4 (348-500)||(44151558-44151714)
chr4 (348-543)||(50627904-50628087)
chr4 (444-575)||(35842843-35842971)
chr4 (348-500)||(41884925-41885075)
chr4 (348-500)||(31359151-31359302)
chr4 (348-500)||(49274518-49274668)
chr4 (347-500)||(31354677-31354828)
chr4 (375-425)||(35842797-35842847)
chr4 (382-530)||(53785880-53786028)
chr4 (399-451)||(45976222-45976274)
[»] chr7 (11 HSPs)
chr7 (348-559)||(27761397-27761608)
chr7 (354-590)||(47419483-47419729)
chr7 (348-559)||(22901154-22901366)
chr7 (348-559)||(27756846-27757057)
chr7 (348-543)||(35705634-35705830)
chr7 (348-575)||(7466456-7466669)
chr7 (348-500)||(7940084-7940240)
chr7 (348-500)||(7944637-7944793)
chr7 (361-539)||(733632-733811)
chr7 (360-498)||(13828109-13828248)
chr7 (360-457)||(37355573-37355670)
[»] chr3 (14 HSPs)
chr3 (348-559)||(21847109-21847322)
chr3 (348-559)||(21850199-21850412)
chr3 (348-543)||(11004365-11004560)
chr3 (345-543)||(9697583-9697783)
chr3 (348-543)||(9105275-9105470)
chr3 (348-543)||(43547723-43547920)
chr3 (348-500)||(54171925-54172081)
chr3 (348-500)||(54167345-54167501)
chr3 (348-500)||(39399128-39399279)
chr3 (424-544)||(43554645-43554765)
chr3 (348-425)||(43554292-43554371)
chr3 (394-500)||(38175791-38175896)
chr3 (409-529)||(755891-756012)
chr3 (418-451)||(755824-755857)
[»] chr2 (13 HSPs)
chr2 (347-575)||(12999394-12999623)
chr2 (348-542)||(8055392-8055586)
chr2 (348-542)||(8050839-8051033)
chr2 (348-559)||(6463384-6463583)
chr2 (348-500)||(36670503-36670659)
chr2 (348-500)||(36675051-36675207)
chr2 (348-500)||(35950444-35950595)
chr2 (348-510)||(13270980-13271131)
chr2 (348-500)||(41093824-41093975)
chr2 (361-448)||(29767953-29768041)
chr2 (413-500)||(34590280-34590365)
chr2 (554-588)||(6463345-6463379)
chr2 (405-439)||(27403696-27403730)
[»] scaffold0440 (2 HSPs)
scaffold0440 (348-500)||(2980-3136)
scaffold0440 (348-500)||(7506-7661)
[»] scaffold0044 (2 HSPs)
scaffold0044 (348-500)||(44866-45022)
scaffold0044 (348-500)||(49446-49602)
[»] scaffold0006 (1 HSPs)
scaffold0006 (350-450)||(60201-60302)


Alignment Details
Target: chr8 (Bit Score: 194; Significance: 1e-105; HSPs: 16)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 194; E-Value: 1e-105
Query Start/End: Original strand, 346 - 559
Target Start/End: Original strand, 28644560 - 28644773
Alignment:
Q  346 agtgttagtttgttttaattcaagtttagtttagtgataatcacaatcagtggttaatcacactttgttttagtttgttatgaagtttgttacaagtttg 445  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  28644560 agtgttagtttgttttaattcaagtttagtttagtgataatcacaatcagtggttaatcacattttgttttagtttgttatgaagtttgttacaagtttg 28644659  T
Q  446 ttagaggttagcagataagatctagagtttgttacattgcttgtgcttcaagcaatttagctagacattgtatataagctacctcctttgtatatttttg 545  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  28644660 ttagaggttagcagataagatctagagtttgttacattgcttgtgcttcaagcaacttagctagacagtgtatataagctacctcctttgtatatttttg 28644759  T
Q  546 tatggagaatcaat 559  Q
     ||| |||||||||    
T  28644760 catgtagaatcaat 28644773  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 176; E-Value: 2e-94
Query Start/End: Original strand, 348 - 543
Target Start/End: Original strand, 33071918 - 33072113
Alignment:
Q  348 tgttagtttgttttaattcaagtttagtttagtgataatcacaatcagtggttaatcacactttgttttagtttgttatgaagtttgttacaagtttgtt 447  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33071918 tgttagtttgttttaattcaagtttagtttagtgataatcacaatcagtgattaatcacactttcttttagtttgttatgaagtttgttacaagtttgtt 33072017  T
Q  448 agaggttagcagataagatctagagtttgttacattgcttgtgcttcaagcaatttagctagacattgtatataagctacctcctttgtatatttt 543  Q
     |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33072018 ggaggttagcaaataagatctagagtttgttacattgcttgtgcttcaagcaacttagctagacattgtatataagctacctcctttgtatatttt 33072113  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 176; E-Value: 2e-94
Query Start/End: Original strand, 348 - 543
Target Start/End: Complemental strand, 42234851 - 42234656
Alignment:
Q  348 tgttagtttgttttaattcaagtttagtttagtgataatcacaatcagtggttaatcacactttgttttagtttgttatgaagtttgttacaagtttgtt 447  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  42234851 tgttagtttgttttaattcaagtttagtttagtgataatcacaatcagtgattaatcacactttgttttagtttgttatgaagtttgttacaagtttgtt 42234752  T
Q  448 agaggttagcagataagatctagagtttgttacattgcttgtgcttcaagcaatttagctagacattgtatataagctacctcctttgtatatttt 543  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||    
T  42234751 agaggttagcaaataagatctagagtttgttacattgcttgtgcttcaagcaacttagctagacattgtatataaactaccttctttgtatatttt 42234656  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 164; E-Value: 2e-87
Query Start/End: Original strand, 348 - 559
Target Start/End: Complemental strand, 30410486 - 30410275
Alignment:
Q  348 tgttagtttgttttaattcaagtttagtttagtgataatcacaatcagtggttaatcacactttgttttagtttgttatgaagtttgttacaagtttgtt 447  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  30410486 tgttagtttgttttaattcaagtttagtttagtgataatcacaatcagtggttaatcacattctgttttaatttgttatgaagtttgttacaagtttgtt 30410387  T
Q  448 agaggttagcagataagatctagagtttgttacattgcttgtgcttcaagcaatttagctagacattgtatataagctacctcctttgtatatttttgta 547  Q
    ||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||  |||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||| ||    
T  30410386 agaggttagtagataagatctagattttgttacattgcttgtacttcaagcaacctagctagatattgtatataagctacctcctttgtacatttttata 30410287  T
Q  548 tggagaatcaat 559  Q
    || |||||||||    
T  30410286 tgtagaatcaat 30410275  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 123; E-Value: 7e-63
Query Start/End: Original strand, 348 - 543
Target Start/End: Original strand, 38757003 - 38757186
Alignment:
Q  348 tgttagtttgttttaattcaagtttagtttagtgataatcacaatcagtggttaatcacactttgttttagtttgttatgaagtttgttacaagtttgtt 447  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||            |||||||||||||||    
T  38757003 tgttagtttgttttaattcaagtttagtttagtgataatcacaatcagtggttaatcacattctgttttagtt------------tgttacaagtttgtt 38757090  T
Q  448 agaggttagcagataagatctagagtttgttacattgcttgtgcttcaagcaatttagctagacattgtatataagctacctcctttgtatatttt 543  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||  |||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38757091 agaggttagtagataagatctagagtttgttacattgcttgtgattcaagcaacctagccagatattgtatataagctacctcctttgtatatttt 38757186  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 120; E-Value: 4e-61
Query Start/End: Original strand, 348 - 500
Target Start/End: Complemental strand, 43807640 - 43807486
Alignment:
Q  348 tgttagtttgttttaattcaagtttagtttagtgataatcacaatcagtggttaatcacactttgttttagtttgttatgaagtttgttacaagtttgtt 447  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43807640 tgttagcttgttttaattcaagtttagtttagtgataatcacaatcagtggttaatcacattctgttttagtttgttatgaagtttgttacaagtttgtt 43807541  T
Q  448 agaggttagcagataagat--ctagagtttgttacattgcttgtgcttcaagcaa 500  Q
    ||||||||||| ||||| |   |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43807540 agaggttagcaaataaggttgttagagtttgttacattgcttgtgcttcaagcaa 43807486  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #7
Raw Score: 120; E-Value: 4e-61
Query Start/End: Original strand, 348 - 500
Target Start/End: Complemental strand, 43812199 - 43812045
Alignment:
Q  348 tgttagtttgttttaattcaagtttagtttagtgataatcacaatcagtggttaatcacactttgttttagtttgttatgaagtttgttacaagtttgtt 447  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43812199 tgttagcttgttttaattcaagtttagtttagtgataatcacaatcagtggttaatcacattctgttttagtttgttatgaagtttgttacaagtttgtt 43812100  T
Q  448 agaggttagcagataagat--ctagagtttgttacattgcttgtgcttcaagcaa 500  Q
    ||||||||||| ||||| |   |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43812099 agaggttagcaaataaggttgttagagtttgttacattgcttgtgcttcaagcaa 43812045  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #8
Raw Score: 116; E-Value: 1e-58
Query Start/End: Original strand, 348 - 559
Target Start/End: Complemental strand, 30405960 - 30405766
Alignment:
Q  348 tgttagtttgttttaattcaagtttagtttagtgataatcacaatcagtggttaatcacactttgttttagtttgttatgaagtttgttacaagtttgtt 447  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||                 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30405960 tgttagtttgttttaattcaagtttagtttagtgataatcacattc-----------------tgttttagtttgttatgaagtttgttacaagtttgtt 30405878  T
Q  448 agaggttagcagataagatctagagtttgttacattgcttgtgcttcaagcaatttagctagacattgtatataagctacctcctttgtatatttttgta 547  Q
    ||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||  |||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||| ||    
T  30405877 agaggttagtagataagatctagaatttgttacattgcttgtacttcaagcaacctagctagatattgtatataagctacctcctttgtacatttttata 30405778  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #9
Raw Score: 114; E-Value: 2e-57
Query Start/End: Original strand, 348 - 500
Target Start/End: Complemental strand, 197841 - 197685
Alignment:
Q  348 tgttagtttgttttaattcaagtttagttt-agtgataatcacaatcagtggttaatcacac-tttgttttagtttgttatgaagtttgttacaagtttg 445  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  197841 tgttagtttgttttaattcaagtttagttttagtgataatcacaatcagtggttaatcacaagtttgttttagtttgttatgaagtttgttacaagtttg 197742  T
Q  446 ttagaggttagcagataagat--ctagagtttgttacattgcttgtgcttcaagcaa 500  Q
    ||||||||||||| ||||| |   |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  197741 ttagaggttagcaaataaggttgttagagtttgttacattgcttgtgcttcaagcaa 197685  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #10
Raw Score: 114; E-Value: 2e-57
Query Start/End: Original strand, 348 - 500
Target Start/End: Complemental strand, 202359 - 202203
Alignment:
Q  348 tgttagtttgttttaattcaagtttagttt-agtgataatcacaatcagtggttaatcacac-tttgttttagtttgttatgaagtttgttacaagtttg 445  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  202359 tgttagtttgttttaattcaagtttagttttagtgataatcacaatcagtggttaatcacaagtttgttttagtttgttatgaagtttgttacaagtttg 202260  T
Q  446 ttagaggttagcagataagat--ctagagtttgttacattgcttgtgcttcaagcaa 500  Q
    ||||||||||||| ||||| |   |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  202259 ttagaggttagcaaataaggttgttagagtttgttacattgcttgtgcttcaagcaa 202203  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #11
Raw Score: 114; E-Value: 2e-57
Query Start/End: Original strand, 348 - 500
Target Start/End: Complemental strand, 312678 - 312522
Alignment:
Q  348 tgttagtttgttttaattcaagtttagttt-agtgataatcacaatcagtggttaatcacac-tttgttttagtttgttatgaagtttgttacaagtttg 445  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  312678 tgttagtttgttttaattcaagtttagttttagtgataatcacaatcagtggttaatcacaagtttgttttagtttgttatgaagtttgttacaagtttg 312579  T
Q  446 ttagaggttagcagataagat--ctagagtttgttacattgcttgtgcttcaagcaa 500  Q
    ||||||||||||| ||||| |   |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  312578 ttagaggttagcaaataaggttgttagagtttgttacattgcttgtgcttcaagcaa 312522  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #12
Raw Score: 114; E-Value: 2e-57
Query Start/End: Original strand, 348 - 500
Target Start/End: Complemental strand, 317196 - 317040
Alignment:
Q  348 tgttagtttgttttaattcaagtttagttt-agtgataatcacaatcagtggttaatcacac-tttgttttagtttgttatgaagtttgttacaagtttg 445  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  317196 tgttagtttgttttaattcaagtttagttttagtgataatcacaatcagtggttaatcacaagtttgttttagtttgttatgaagtttgttacaagtttg 317097  T
Q  446 ttagaggttagcagataagat--ctagagtttgttacattgcttgtgcttcaagcaa 500  Q
    ||||||||||||| ||||| |   |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  317096 ttagaggttagcaaataaggttgttagagtttgttacattgcttgtgcttcaagcaa 317040  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #13
Raw Score: 77; E-Value: 2e-35
Query Start/End: Original strand, 348 - 448
Target Start/End: Original strand, 41949802 - 41949902
Alignment:
Q  348 tgttagtttgttttaattcaagtttagtttagtgataatcacaatcagtggttaatcacactttgttttagtttgttatgaagtttgttacaagtttgtt 447  Q
    ||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||| |||    
T  41949802 tgttagtttcttttaattcaagcttagtttagtgataatcacaatcagtgattaatcacactctgttttagtttgttttgaagtttgttacaagttggtt 41949901  T
Q  448 a 448  Q
    |    
T  41949902 a 41949902  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #14
Raw Score: 73; E-Value: 5e-33
Query Start/End: Original strand, 348 - 444
Target Start/End: Original strand, 41945339 - 41945434
Alignment:
Q  348 tgttagtttgttttaattcaagtttagtttagtgataatcacaatcagtggttaatcacactttgttttagtttgttatgaagtttgttacaagttt 444  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||  ||||| |||||||||||    
T  41945339 tgttagtttgttttaattcaagtttagtttagtgataatcacaatcaatgattaatcacactttgttttagtttgtta-caagttggttacaagttt 41945434  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #15
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000004
Query Start/End: Original strand, 376 - 526
Target Start/End: Complemental strand, 27435314 - 27435169
Alignment:
Q  376 ttagtgataatcacaatcagtggttaatcacact-ttgttttagtttgttatgaagt-ttgttacaagtttgttagaggttagcagataagatctagagt 473  Q
    |||||||||||| || | |||||||||||||| | |||||||||||||||||||  | |||||||||||||      | |||||| || |||  ||| ||    
T  27435314 ttagtgataatctcacttagtggttaatcacattattgttttagtttgttatgagttattgttacaagttt------gattagcacat-agagttagggt 27435222  T
Q  474 ttgttacattgcttgtgcttcaagcaatttagctagacattgtatataagcta 526  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||  ||  |||| |||||||||||||||    
T  27435221 ttgttacatagcttgtgcttcaagcaacctaagtagatattgtatataagcta 27435169  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #16
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000001
Query Start/End: Original strand, 551 - 590
Target Start/End: Original strand, 28644775 - 28644813
Alignment:
Q  551 agaatcaattacaatttcatcataatttttcttctctctc 590  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  28644775 agaatcaattacaatttcatcataa-ttttcttctctctc 28644813  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 190; Significance: 1e-103; HSPs: 20)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 190; E-Value: 1e-103
Query Start/End: Original strand, 121 - 347
Target Start/End: Complemental strand, 31044294 - 31044073
Alignment:
Q  121 gccaaattctacagaagttaattcagcctttcaaagttctggattagaaggatatctctaatggatgacccccctcaaatcctcattcaatgggaaggca 220  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  31044294 gccaaattctgcagaagttaattcagcctttcgaagttctggattagaaggatatctctaatggatgacccccctcaaatcctcattcaatgggaaggca 31044195  T
Q  221 tttttaggaaattgaaggatctttaaagaagtgctatatatgaaagttggtgattcaccttttcaatatatatggcatgcatggattctaaccactctct 320  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    |||||||||||||||||| |||    
T  31044194 tttttaggaaattgaaggat-tttaaagaagtgctatatatgaaagttggtgattcaccttttcaatatatatg----gcatggattctaaccactatct 31044100  T
Q  321 ccttttctcaaaattgtagataagaag 347  Q
    |||||||||||||||||||||||||||    
T  31044099 ccttttctcaaaattgtagataagaag 31044073  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 179; E-Value: 3e-96
Query Start/End: Original strand, 348 - 590
Target Start/End: Complemental strand, 27552267 - 27552014
Alignment:
Q  348 tgttagtttgttttaattcaagtttagtttagtgataatcacaatcagtggttaatcacactttgttttagtttgttatgaagtttgttacaagtttgtt 447  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  27552267 tgttagtttgttttaattcaagtttagtttagtgataatcacaatcagtggttaatcacattttgttttagtttgttatgaagtttgttacaggtttgtt 27552168  T
Q  448 agaggttagcagataagatctagagtttgttacattgcttgtgcttcaagcaatttagctagacattgtatataagctacctcctttgtatattttt-gt 546  Q
    | | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||| ||    
T  27552167 aaacgttagcagataagatctagagtttgttacattgcttgtgcttcaagcaacttagctagatattgtatataagctacctcctttgtacatttttcgt 27552068  T
Q  547 atgg----------agaatcaattacaatttcatcataatttttcttctctctc 590  Q
    ||||          ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  27552067 atggagaatcaataagaatcaattacaatttcatcataacttttcttctctctc 27552014  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 176; E-Value: 2e-94
Query Start/End: Original strand, 348 - 543
Target Start/End: Complemental strand, 17096431 - 17096236
Alignment:
Q  348 tgttagtttgttttaattcaagtttagtttagtgataatcacaatcagtggttaatcacactttgttttagtttgttatgaagtttgttacaagtttgtt 447  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  17096431 tgttagtttgttttaattcaagtttagtttagtgataatcacaatcagtgattaatcacattttgttttagtttgttatgaagtttgttacaagtttgtt 17096332  T
Q  448 agaggttagcagataagatctagagtttgttacattgcttgtgcttcaagcaatttagctagacattgtatataagctacctcctttgtatatttt 543  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  17096331 agaggttagcagataagatctatagtttgttacattgcttgtgcttcaagcaacttagctagacattgtatataagctacctcctttgtacatttt 17096236  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 168; E-Value: 9e-90
Query Start/End: Original strand, 348 - 542
Target Start/End: Complemental strand, 8315661 - 8315466
Alignment:
Q  348 tgttagtttgttttaattcaagtttagtttagtgataatcacaatcagtggttaatcacac-tttgttttagtttgttatgaagtttgttacaagtttgt 446  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8315661 tgttagtttgttttaattcaagtttagtttagtgataatcacaatcagtggttaatcacaagtttgttttagtttgttatgaagtttgttacaagtttgt 8315562  T
Q  447 tagaggttagcagataagatctagagtttgttacattgcttgtgcttcaagcaatttagctagacattgtatataagctacctcctttgtatattt 542  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  8315561 tagaggttagtagataagatctagagtttgttacattgcttgtgcttcaagcaacttagctagatattgtatataagctacctcctttgtacattt 8315466  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 168; E-Value: 9e-90
Query Start/End: Original strand, 348 - 559
Target Start/End: Complemental strand, 8320199 - 8319989
Alignment:
Q  348 tgttagtttgttttaattcaagtttagtttagtgataatcacaatcagtggttaatcacactttgttttagtttgttatgaagtttgttacaagtttgtt 447  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8320199 tgttagtttgttttaattcaagtttagtttagtgataatcacaatcagtggttaatcacaatatgttttagtttgttatgaagtttgttacaagtttgtt 8320100  T
Q  448 agaggttagcagataagatctagagtttgttacattgcttgtgcttcaagcaatttagctagacattgtatataagctacctcctttgtatatttttgta 547  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||| | ||    
T  8320099 agaggttagtagataagatctagagtttgttacattgcttgtgcttcaagaaacttagctagatattgtatataagctacctcctttgtacatttct-ta 8320001  T
Q  548 tggagaatcaat 559  Q
    || |||||||||    
T  8320000 tgtagaatcaat 8319989  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #6
Raw Score: 155; E-Value: 5e-82
Query Start/End: Original strand, 348 - 575
Target Start/End: Complemental strand, 17895881 - 17895656
Alignment:
Q  348 tgttagtttgttttaattcaagtttagttt-agtgataatcacaatcagtggttaatcacactttgttttagtttgttatgaagtttgttacaagtttgt 446  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||| ||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  17895881 tgttagtttgttttaattcaagtttagttttagtgataatcacaatcagtgattaatcacattttattttagtttgttctgaagtttgttacaagtttgt 17895782  T
Q  447 tagaggttagcagataagatctagagtttgttacattgcttgtgcttcaagcaatttagctagacattgtatataagctacctcctttgtatatttttgt 546  Q
    |||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||  |    
T  17895781 tagaggttagcaaataagatctagaatttgttacattgcttgtgcttcaagcaacttagctaggcattgtatataagctacctcctttgtattttttcat 17895682  T
Q  547 atggagaatcaattacaatttcatcataa 575  Q
    |   ||||| ||| |||||||||||||||    
T  17895681 a---agaataaataacaatttcatcataa 17895656  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #7
Raw Score: 154; E-Value: 2e-81
Query Start/End: Original strand, 347 - 559
Target Start/End: Original strand, 17779913 - 17780126
Alignment:
Q  347 gtgttagtttgtttt-aattcaagtttagtttagtgataatcacaatcagtggttaatcacactttgttttagtttgttatgaagtttgttacaagtttg 445  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  17779913 gtgttagtttgttttgaattcaagtttagtttagtgataatcacaatcagagattaatcacattttgttttagtttgttatgaagtttgttaaaagtttg 17780012  T
Q  446 ttagaggttagcagataagatctagagtttgttacattgcttgtgcttcaagcaatttagctagacattgtatataagctacctcctttgtatatttttg 545  Q
    ||||||| ||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||| |||||||||| ||||| |    
T  17780013 ttagaggctagtagataagatttagagtttgttacattgcttgtgcttcaagcaacttagctagatattgtatataagctatctcctttgtacattttcg 17780112  T
Q  546 tatggagaatcaat 559  Q
    |||| |||||||||    
T  17780113 tatgtagaatcaat 17780126  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #8
Raw Score: 144; E-Value: 2e-75
Query Start/End: Original strand, 347 - 575
Target Start/End: Complemental strand, 14531946 - 14531720
Alignment:
Q  347 gtgttagtttgttttaattcaagtttagttt-agtgataatcacaatcagtggttaatcacactttgttttagtttgttatgaagtttgttacaagtttg 445  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||| || ||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||| |||||    
T  14531946 gtgttagtttgttttaattcaagtttagttttagttataatcacaatcaatgattaatcacattttgttttagttcgttatgaagtttgttacaggtttg 14531847  T
Q  446 ttagaggttagcagataagatctagagtttgttacattgcttgtgcttcaagcaatttagctagacattgtatataagctacctcctttgtatatttttg 545  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||  ||||| ||||||||||||||      
T  14531846 ttagaggttagcaaataagatctagagtttgttacattgcttgtgcttgaagcaacttagctagacattgtatatactctaccacctttgtatattttca 14531747  T
Q  546 tatggagaatcaattacaatttcatcataa 575  Q
    |    ||||||||| |||||||||||||||    
T  14531746 t---tagaatcaataacaatttcatcataa 14531720  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #9
Raw Score: 139; E-Value: 2e-72
Query Start/End: Original strand, 348 - 559
Target Start/End: Complemental strand, 27574884 - 27574683
Alignment:
Q  348 tgttagtttgttttaattcaagtttagtttagtgataatcacaatcagtggttaatcacactttgttttagtttgttatgaagtttgttacaagtttgtt 447  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||              
T  27574884 tgttagtttgttttaattcaagtttagtttagtgataatcacaatcagtggttaatcacattttgttttagtttgttatgaagtttgtta---------- 27574795  T
Q  448 agaggttagcagataagatctagagtttgttacattgcttgtgcttcaagcaatttagctagacattgtatataagctacctcctttgtatattttt-gt 546  Q
     ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||| | |||||| ||    
T  27574794 -gaggttagcagataagatctaaagtttgttacattgcttgtgcttcaagcaacttagctagatattgtatataagctacctcctttgaacatttttcgt 27574696  T
Q  547 atggagaatcaat 559  Q
    ||||| |||||||    
T  27574695 atggaaaatcaat 27574683  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #10
Raw Score: 134; E-Value: 2e-69
Query Start/End: Original strand, 348 - 543
Target Start/End: Complemental strand, 17887000 - 17886810
Alignment:
Q  348 tgttagtttgttttaattcaagtttagttt-agtgataatcacaatcagtggttaatcacactttgttttagtttgttatgaagtttgttacaagtttgt 446  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||| ||||       ||||||||    
T  17887000 tgttagtttgttttaattcaagtttagttttagtgataatcacaatcagtgattaatcacattttgttttagtttgttataaagta------aagtttgt 17886907  T
Q  447 tagaggttagcagataagatctagagtttgttacattgcttgtgcttcaagcaatttagctagacattgtatataagctacctcctttgtatatttt 543  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  17886906 tagaggttagcaaataagatctagagtttgttacattgcttgtgcttcaagcagcttagctagacattgtatataagctacctcctttgtatttttt 17886810  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #11
Raw Score: 116; E-Value: 1e-58
Query Start/End: Original strand, 21 - 148
Target Start/End: Complemental strand, 31044419 - 31044292
Alignment:
Q  21 tgccaagcgtttctgtgatctctataagccggtcagacggataggtgaactattatttgaaaccatatcacggtgacccaaatacaacagccctgcacct 120  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  31044419 tgccaagtgtttctgtgatctctataagccagtcagacggataggtgaactattatttgaaaccatatcacggtgacccaaatacaacagccctgcacct 31044320  T
Q  121 gccaaattctacagaagttaattcagcc 148  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||    
T  31044319 gccaaattctgcagaagttaattcagcc 31044292  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #12
Raw Score: 47; E-Value: 2e-17
Query Start/End: Original strand, 386 - 500
Target Start/End: Complemental strand, 6440979 - 6440866
Alignment:
Q  386 tcacaatcagtggttaatcacactttgttttagtttgttatgaagtttgttacaagtttgttagaggttagcagataagatctagagtttgttacattgc 485  Q
    ||||||| |||||||||||||| || | || ||||||||||||| ||||||||||||| ||||||| |||||  ||||| | ||| ||||||||| | ||    
T  6440979 tcacaattagtggttaatcacatttagattcagtttgttatgaattttgttacaagttagttagagattagctcataaggt-tagggtttgttacttagc 6440881  T
Q  486 ttgtgcttcaagcaa 500  Q
    |||| ||||||||||    
T  6440880 ttgtacttcaagcaa 6440866  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #13
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000004
Query Start/End: Original strand, 361 - 450
Target Start/End: Original strand, 17159610 - 17159700
Alignment:
Q  361 taattcaagtttagtttagtgataatcacaatcagtgg-ttaatcacactttgttttagtttgttatgaagtttgttacaagtttgttaga 450  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||  || ||| | || |||| |||||||||||||||||| ||| |||||||||||||| ||||||    
T  17159610 taattcaagtttagattagtgataatcatgattagttgattgatcatactttgttttagtttgttttgacgtttgttacaagttggttaga 17159700  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #14
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000004
Query Start/End: Original strand, 361 - 450
Target Start/End: Original strand, 17163640 - 17163730
Alignment:
Q  361 taattcaagtttagtttagtgataatcacaatcagtgg-ttaatcacactttgttttagtttgttatgaagtttgttacaagtttgttaga 450  Q
    |||||||||||||| |||||||| |||   || ||| | || ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||    
T  17163640 taattcaagtttagattagtgatgatcgtgattagttgattgatcacactttgttttagtttgttttgaagtttgttacaagttggttaga 17163730  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #15
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000001
Query Start/End: Original strand, 360 - 451
Target Start/End: Complemental strand, 7888305 - 7888212
Alignment:
Q  360 ttaattcaagtttagtttagtgataatcacaatcagtgg-ttaatcacactttg-ttttagtttgttatgaagtttgttacaagtttgttagag 451  Q
    ||||||||||||||  |||||||||||||   | ||| | |||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||    
T  7888305 ttaattcaagtttacattagtgataatcatgtttagttgattaatcacactttgattttagtttgttttgaagtttgttacaactttgttagag 7888212  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #16
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000005
Query Start/End: Original strand, 551 - 589
Target Start/End: Original strand, 17780128 - 17780166
Alignment:
Q  551 agaatcaattacaatttcatcataatttttcttctctct 589  Q
    ||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||    
T  17780128 agaatcaattacaatttcatcataacttttattctctct 17780166  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #17
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000005
Query Start/End: Original strand, 298 - 344
Target Start/End: Complemental strand, 31034667 - 31034621
Alignment:
Q  298 tgcatggattctaaccactctctccttttctcaaaattgtagataag 344  Q
    ||||||||||||||||||| ||||| |||||  ||||||||||||||    
T  31034667 tgcatggattctaaccactatctccctttcttgaaattgtagataag 31034621  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #18
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000008
Query Start/End: Original strand, 361 - 448
Target Start/End: Complemental strand, 21417245 - 21417159
Alignment:
Q  361 taattcaagtttagtttagtgataatcacaatcag-tggttaatcacactttgttttagtttgttatgaagtttgttacaagtttgtta 448  Q
    ||||||||||| ||||||||  |||||| ||| || || || || |||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||| ||||    
T  21417245 taattcaagtt-agtttagtattaatcataattagctgattgattacactttgttttagtt-gttttgaagtttgttacaagttggtta 21417159  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #19
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000008
Query Start/End: Original strand, 252 - 288
Target Start/End: Complemental strand, 31051836 - 31051800
Alignment:
Q  252 tgctatatatgaaagttggtgattcaccttttcaata 288  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||    
T  31051836 tgctatatatgaaacttggtgattcaccctttcaata 31051800  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #20
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000008
Query Start/End: Original strand, 252 - 288
Target Start/End: Complemental strand, 31110339 - 31110303
Alignment:
Q  252 tgctatatatgaaagttggtgattcaccttttcaata 288  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||    
T  31110339 tgctatatatgaaacttggtgattcaccctttcaata 31110303  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 186; Significance: 1e-100; HSPs: 21)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 186; E-Value: 1e-100
Query Start/End: Original strand, 348 - 590
Target Start/End: Original strand, 30695293 - 30695545
Alignment:
Q  348 tgttagtttgttttaattcaagtttagtttagtgataatcacaatcagtggttaatcacactttgttttagtttgttatgaagtttgttacaagtttgtt 447  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30695293 tgttagtttgttttaattcaagtttagtttagtgataatcacaatcagtggttaatcacattttgttttagtttgttatgaagtttgttacaagtttgtt 30695392  T
Q  448 agaggttagcagataagatctagagtttgttacattgcttgtgcttcaagcaatttagctagacattgtatataagctacctcctttgtatatttttgta 547  Q
    ||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||| |||    
T  30695393 agaggttagtatataagatctagagtttgttacattgcttgtgcttcaagcaacttagctagatattgtatataagctacctcctttgtacattttcgta 30695492  T
Q  548 tggaga----------atcaattacaatttcatcataatttttcttctctctc 590  Q
    || |||          |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30695493 tgtagaatcaataaagatcaattacaatttcatcataatttttcttctctctc 30695545  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 156; E-Value: 1e-82
Query Start/End: Original strand, 346 - 578
Target Start/End: Complemental strand, 32486145 - 32485915
Alignment:
Q  346 agtgttagtttgttttaattcaagtttagttt-agtgataatcacaatcagtggttaatcacactttgttttagtttgttatgaagtttgttacaagttt 444  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| || ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  32486145 agtgttagtttgttttaattcaagtttagttttagtgataatcacaatcaatgattaatcacattttgttttagtttgttatgaagtttgttacaagttt 32486046  T
Q  445 gttagaggttagcagataagatctagagtttgttacattgcttgtgcttcaagcaatttagctagacattgtatataagctacctcctttgtatattttt 544  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |   ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||     
T  32486045 gttagaggttagcaaataagatctagagtttgttacattgcttgtgcttcaacctccttagctagacattgtatataagctacctcctttatatattttc 32485946  T
Q  545 gtatggagaatcaattacaatttcatcataattt 578  Q
     |    | ||||||| ||||||||||||||||||    
T  32485945 at---taaaatcaataacaatttcatcataattt 32485915  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 148; E-Value: 8e-78
Query Start/End: Original strand, 348 - 575
Target Start/End: Original strand, 19502307 - 19502533
Alignment:
Q  348 tgttagtttgttttaattcaagtttagttt-agtgataatcacaatcagtggttaa-tcacactttgttttagtttgttatgaagtttgttacaagtttg 445  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||| |||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  19502307 tgttagtttgttttaatttaagtttagttttagtgataatcacaatcagtgattaaatcacattttgttttagtttgttatgaagtttgttacaagtttg 19502406  T
Q  446 ttagaggttagcagataagatctagagtttgttacattgcttgtgcttcaagcaatttagctagacattgtatataagctacctcctttgtatatttttg 545  Q
    ||||||||||| | ||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||      
T  19502407 ttagaggttagaaaataagatatagagtttgttacattgtttgtgcttcaagcaacttagctaaacattgtatataagctacctcctttatatattttca 19502506  T
Q  546 tatggagaatcaattacaatttcatcataa 575  Q
    ||   ||||||||| |||||||||||||||    
T  19502507 ta---agaatcaataacaatttcatcataa 19502533  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 142; E-Value: 3e-74
Query Start/End: Original strand, 348 - 543
Target Start/End: Complemental strand, 26336964 - 26336767
Alignment:
Q  348 tgttagtttgttttaattcaagtttagttt-agtgataatcacaatcagtggttaatcacactttgtttt-agtttgttatgaagtttgttacaagtttg 445  Q
    |||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||| ||| ||||||||| |||||||| |||||||||||| |||||||||| |||||    
T  26336964 tgttagtttgttttaattcaagtttaattttagtgataatcacaatcggtgattaatcacattttgtttttagtttgttatgatgtttgttacatgtttg 26336865  T
Q  446 ttagaggttagcagataagatctagagtttgttacattgcttgtgcttcaagcaatttagctagacattgtatataagctacctcctttgtatatttt 543  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26336864 ttagaggttagcaaataagatctagagtttgttacattgtttgtgcttcaagcaacttaactagacattgtatataagctacctcctttgtatatttt 26336767  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 141; E-Value: 1e-73
Query Start/End: Original strand, 348 - 575
Target Start/End: Original strand, 36632314 - 36632526
Alignment:
Q  348 tgttagtttgttttaattcaagtttagtttagtgataatcacaatcagtggttaatcacactttgttttagtttgttatgaagtttgttacaagtttgtt 447  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||            |||||||||||||||    
T  36632314 tgttagtttgttttaattcaagtttagtttagtgataatcacaatcagtgaataatcacactttgttttagtt------------tgttacaagtttgtt 36632401  T
Q  448 agaggttagcagataagatctagagtttgttacattgcttgtgcttcaagcaatttagctagacattgtatataagctacctcctttgtatatttttgta 547  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||    
T  36632402 agaggttagcaaataagatctagagtttgttacattgcttgtgcttcaagcaacttagctagacattgtatataagctacctcctttgtatattttcata 36632501  T
Q  548 tggagaatcaattacaatttcatcataa 575  Q
       || |||||| |||||||||||||||    
T  36632502 ---agcatcaataacaatttcatcataa 36632526  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 116; E-Value: 1e-58
Query Start/End: Original strand, 346 - 500
Target Start/End: Original strand, 12018729 - 12018887
Alignment:
Q  346 agtgttagtttgttttaattcaagtttagttt-agtgataatcacaatcagtggttaatcacac-tttgttttagtttgttatgaagtttgttacaagtt 443  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  12018729 agtgttagtttgttttaattcaagtttagttttagtgataatcacaatcagtggttaatcacaagtttgttttagtttgttatgaagtttgttacaagtt 12018828  T
Q  444 tgttagaggttagcagataagat--ctagagtttgttacattgcttgtgcttcaagcaa 500  Q
    ||||||||||||||| ||||| |   |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  12018829 tgttagaggttagcaaataaggttgttagagtttgttacattgcttgtgcttcaagcaa 12018887  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 115; E-Value: 4e-58
Query Start/End: Original strand, 368 - 533
Target Start/End: Original strand, 43384972 - 43385138
Alignment:
Q  368 agtttagtttagtgataatcacaatcagtggttaatcacactttgttttagtttgttatgaagtttgttacaagtttgttagaggttagcagataagatc 467  Q
    ||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||| ||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||| |||    
T  43384972 agtttagtttagtgataatcataattagtggttaatcacatttgcttttagtttgttatgaagtttgttacaagtttgttagaagttagcaaataaaatc 43385071  T
Q  468 tagagtttgttacattgcttgtgcttcaagcaatttagctagacattgtatat-aagctacctcctt 533  Q
    ||| ||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  43385072 tagggtttgttacattgtttgtgcttcaagcaacttagctagacattgtatataaagctacctcctt 43385138  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 114; E-Value: 2e-57
Query Start/End: Original strand, 348 - 500
Target Start/End: Complemental strand, 7099531 - 7099375
Alignment:
Q  348 tgttagtttgttttaattcaagtttagttt-agtgataatcacaatcagtggttaatcacac-tttgttttagtttgttatgaagtttgttacaagtttg 445  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7099531 tgttagtttgttttaattcaagtttagtttcagtgataatcacaatcagtggttaatcacaagtttgttttagtttgttatgaagtttgttacaagtttg 7099432  T
Q  446 ttagaggttagcagataagat--ctagagtttgttacattgcttgtgcttcaagcaa 500  Q
    ||||||||||||| ||||| |   |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7099431 ttagaggttagcaaataaggttgttagagtttgttacattgcttgtgcttcaagcaa 7099375  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #9
Raw Score: 114; E-Value: 2e-57
Query Start/End: Original strand, 348 - 500
Target Start/End: Complemental strand, 7104100 - 7103944
Alignment:
Q  348 tgttagtttgttttaattcaagtttagttt-agtgataatcacaatcagtggttaatcacac-tttgttttagtttgttatgaagtttgttacaagtttg 445  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7104100 tgttagtttgttttaattcaagtttagtttcagtgataatcacaatcagtggttaatcacaagtttgttttagtttgttatgaagtttgttacaagtttg 7104001  T
Q  446 ttagaggttagcagataagat--ctagagtttgttacattgcttgtgcttcaagcaa 500  Q
    ||||||||||||| ||||| |   |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7104000 ttagaggttagcaaataaggttgttagagtttgttacattgcttgtgcttcaagcaa 7103944  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #10
Raw Score: 114; E-Value: 2e-57
Query Start/End: Original strand, 348 - 500
Target Start/End: Original strand, 12023289 - 12023445
Alignment:
Q  348 tgttagtttgttttaattcaagtttagttt-agtgataatcacaatcagtggttaatcacac-tttgttttagtttgttatgaagtttgttacaagtttg 445  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  12023289 tgttagtttgttttaattcaagtttagttttagtgataatcacaatcagtggttaatcacaagtttgttttagtttgttatgaagtttgttacaagtttg 12023388  T
Q  446 ttagaggttagcagataagat--ctagagtttgttacattgcttgtgcttcaagcaa 500  Q
    ||||||||||||| ||||| |   |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  12023389 ttagaggttagcaaataaggttgttagagtttgttacattgcttgtgcttcaagcaa 12023445  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #11
Raw Score: 112; E-Value: 2e-56
Query Start/End: Original strand, 348 - 559
Target Start/End: Complemental strand, 40367757 - 40367557
Alignment:
Q  348 tgttagtttgttttaattcaagtttagtttagtgataatcacaatcagtggttaatcacactttgttttagtttgttatgaagtttgttacaagtttgtt 447  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||| |||||||||||||||||            ||||||||||    
T  40367757 tgttagtttgttttaattcaagtttagtttagtgataatcacaatcagagattaatcacattttgttttagtttgtta------------caagtttgtt 40367670  T
Q  448 agaggttagcagataagatctagagtttgttacattgcttgtgcttcaagc-aatttagctagacattgtatataagctacctcctttgtatatttttgt 546  Q
    ||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || || | |||| |||||||||||||||||||||||||| |||||  |    
T  40367669 agaggctagtagataagatctagagtttgttacattgcttgtgcttcaagcaaacttggttagatattgtatataagctacctcctttgtacattttcat 40367570  T
Q  547 atggagaatcaat 559  Q
    ||| |||||||||    
T  40367569 atgtagaatcaat 40367557  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #12
Raw Score: 111; E-Value: 1e-55
Query Start/End: Original strand, 348 - 490
Target Start/End: Complemental strand, 40371892 - 40371750
Alignment:
Q  348 tgttagtttgttttaattcaagtttagtttagtgataatcacaatcagtggttaatcacactttgttttagtttgttatgaagtttgttacaagtttgtt 447  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  40371892 tgttagtttgttttaattcaagtttagtttagtgataatcacaatcagagattaatcacattttgttttagtttgttatgaagattgttacaagtttgtt 40371793  T
Q  448 agaggttagcagataagatctagagtttgttacattgcttgtg 490  Q
    ||||| ||| |||||||||||||||||| |||||||| |||||    
T  40371792 agaggctagtagataagatctagagtttattacattgtttgtg 40371750  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #13
Raw Score: 110; E-Value: 4e-55
Query Start/End: Original strand, 348 - 500
Target Start/End: Original strand, 16794108 - 16794264
Alignment:
Q  348 tgttagtttgttttaattcaagtttagttt-agtgataatcacaatcagtggttaatcacac-tttgttttagtttgttatgaagtttgttacaagtttg 445  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  16794108 tgttagtttgttttaattcaagtttagtttcagtgataatcacaataagtggttaatcacaagtttgttttagtttgttatgaagtttgttacaagtttg 16794207  T
Q  446 ttagaggttagcagataagat--ctagagtttgttacattgcttgtgcttcaagcaa 500  Q
    ||||||||||||| ||||| |   |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  16794208 ttagaggttagcaaataaggttgttagagtttgttacattgcttgtgcttcaagcaa 16794264  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #14
Raw Score: 110; E-Value: 4e-55
Query Start/End: Original strand, 348 - 500
Target Start/End: Original strand, 16798669 - 16798825
Alignment:
Q  348 tgttagtttgttttaattcaagtttagttt-agtgataatcacaatcagtggttaatcacac-tttgttttagtttgttatgaagtttgttacaagtttg 445  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  16798669 tgttagtttgttttaattcaagtttagtttcagtgataatcacaataagtggttaatcacaagtttgttttagtttgttatgaagtttgttacaagtttg 16798768  T
Q  446 ttagaggttagcagataagat--ctagagtttgttacattgcttgtgcttcaagcaa 500  Q
    ||||||||||||| ||||| |   |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  16798769 ttagaggttagcaaataaggttgttagagtttgttacattgcttgtgcttcaagcaa 16798825  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #15
Raw Score: 98; E-Value: 6e-48
Query Start/End: Original strand, 396 - 529
Target Start/End: Complemental strand, 20830437 - 20830304
Alignment:
Q  396 tggttaatcacactttgttttagtttgttatgaagtttgttacaagtttgttagaggttagcagataagatctagagtttgttacattgcttgtgcttca 495  Q
    |||||||||||| || |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||| || ||||||||||||||||||||||||    
T  20830437 tggttaatcacatttagtttcagtttgttatgaagtttgttacaagtttgttagagattagcaaataagatcaagtgtttgttacattgcttgtgcttca 20830338  T
Q  496 agcaatttagctagacattgtatataagctacct 529  Q
    ||||| ||| ||||||||||||||||||||||||    
T  20830337 agcaacttaactagacattgtatataagctacct 20830304  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #16
Raw Score: 78; E-Value: 5e-36
Query Start/End: Original strand, 348 - 457
Target Start/End: Original strand, 10277204 - 10277313
Alignment:
Q  348 tgttagtttgttttaattcaagtttagtttagtgataatcacaatcagtggttaatcacactttgttttagtttgttatgaagtttgttacaagtttgtt 447  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| || | || ||||||||||||| ||||||||||||| |||    
T  10277204 tgttagtttgttttaattcaagtttagtttagtgataatcacaattagtggttaatcacatttagattcagtttgttatgaattttgttacaagttagtt 10277303  T
Q  448 agaggttagc 457  Q
    |||| |||||    
T  10277304 agagattagc 10277313  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #17
Raw Score: 77; E-Value: 2e-35
Query Start/End: Original strand, 348 - 500
Target Start/End: Original strand, 10274546 - 10274697
Alignment:
Q  348 tgttagtttgttttaattcaagtttagtttagtgataatcacaatcagtggttaatcacactttgttttagtttgttatgaagtttgttacaagtttgtt 447  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||| || | || ||||||||||||| ||||||||||||| |||    
T  10274546 tgttagtttgttttaattcaagtttagtttagtgataatcacaattaatggttaatcacatttagattcagtttgttatgaattttgttacaagttagtt 10274645  T
Q  448 agaggttagcagataagatctagagtttgttacattgcttgtgcttcaagcaa 500  Q
    |||| |||||  ||||| | ||| ||||||||  | |||||| ||||||||||    
T  10274646 agagattagctcataaggt-tagggtttgttatttagcttgtacttcaagcaa 10274697  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #18
Raw Score: 76; E-Value: 7e-35
Query Start/End: Original strand, 348 - 500
Target Start/End: Original strand, 37682036 - 37682181
Alignment:
Q  348 tgttagtttgttttaattcaagtttagttt-agtgataatcacaatcagtggttaatcac-actttgttttagtttgttatgaagtttgttacaagtttg 445  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||           |||||||    
T  37682036 tgttagtttgttttaattcaagtttagttttagtgataatcacaatcagtggttaatcacaagtttgttttagtttgttatg-----------aagtttg 37682124  T
Q  446 ttagaggttagcagataagat--ctagagtttgttacattgcttgtgcttcaagcaa 500  Q
    ||||||||||||| ||||| |   |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37682125 ttagaggttagcaaataaggttgttagagtttgttacattgcttgtgcttcaagcaa 37682181  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #19
Raw Score: 64; E-Value: 1e-27
Query Start/End: Original strand, 348 - 500
Target Start/End: Original strand, 37658732 - 37658877
Alignment:
Q  348 tgttagtttgttttaattcaagtttag-tttagtgataatcacaatcagtggttaatcac-actttgttttagtttgttatgaagtttgttacaagtttg 445  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||| ||||||||||||||||| | |||||||||| ||||||||           |||||||    
T  37658732 tgttagtttgttttaattcaagtttagttttagtcataatcataatcagtggttaatcacaagtttgttttagcttgttatg-----------aagtttg 37658820  T
Q  446 ttagaggttagcagataagat--ctagagtttgttacattgcttgtgcttcaagcaa 500  Q
    ||||||||||||| ||||| |   |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37658821 ttagaggttagcaaataaggttgttagagtttgttacattgcttgtgcttcaagcaa 37658877  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #20
Raw Score: 51; E-Value: 6e-20
Query Start/End: Original strand, 396 - 470
Target Start/End: Complemental strand, 20808749 - 20808675
Alignment:
Q  396 tggttaatcacactttgttttagtttgttatgaagtttgttacaagtttgttagaggttagcagataagatctag 470  Q
    |||||||||||| || |||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| || |||||||||||    
T  20808749 tggttaatcacatttagtttcagtttgttatgaagttagttacaagtttgttagaggttaacaaataagatctag 20808675  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #21
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000001
Query Start/End: Original strand, 512 - 559
Target Start/End: Complemental strand, 40371742 - 40371695
Alignment:
Q  512 attgtatataagctacctcctttgtatatttttgtatggagaatcaat 559  Q
    |||||||||||||||||||||||||| |||||  |||| |||||||||    
T  40371742 attgtatataagctacctcctttgtacattttcatatgtagaatcaat 40371695  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 186; Significance: 1e-100; HSPs: 6)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 186; E-Value: 1e-100
Query Start/End: Original strand, 348 - 590
Target Start/End: Complemental strand, 16588635 - 16588383
Alignment:
Q  348 tgttagtttgttttaattcaagtttagtttagtgataatcacaatcagtggttaatcacactttgttttagtttgttatgaagtttgttacaagtttgtt 447  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  16588635 tgttagtttgttttaattcaagtttagtttagtgataatcacaataagtggttaatcacattttgttttagtttgttatgaagtttgttacaagtttgtt 16588536  T
Q  448 agaggttagcagataagatctagagtttgttacattgcttgtgcttcaagcaatttagctagacattgtatataagctacctcctttgtatatttttgta 547  Q
    |||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  16588535 agaggttatcatataagatctagagtttgttacattgcttgtgttttaagcaacttagctagacattgtatataagctacctcctttgtatatttttgta 16588436  T
Q  548 tggagaat----------caattacaatttcatcataatttttcttctctctc 590  Q
    ||||||||          |||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  16588435 tggagaatcaataagaatcaattacaatttcatcataacttttcttctctctc 16588383  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 167; E-Value: 4e-89
Query Start/End: Original strand, 348 - 542
Target Start/End: Original strand, 39793831 - 39794025
Alignment:
Q  348 tgttagtttgttttaattcaagtttagtttagtgataatcacaatcagtggttaatcacactttgttttagtttgttatgaagtttgttacaagtttgtt 447  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  39793831 tgttagtttgttttaattcaagtttagtttagtgataatcacaatcagtggttaatctcattctgttttagtttgttatgaagtttgttacaagtttgtt 39793930  T
Q  448 agaggttagcagataagatctagagtttgttacattgcttgtgcttcaagcaatttagctagacattgtatataagctacctcctttgtatattt 542  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  39793931 agaggttagtagataagatctagagtttgttacattgcttgtgcttcaagcaacttagctagatattgtatataagctacctcctttgtacattt 39794025  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 162; E-Value: 4e-86
Query Start/End: Original strand, 348 - 575
Target Start/End: Complemental strand, 43591978 - 43591754
Alignment:
Q  348 tgttagtttgttttaattcaagtttagtttagtgataatcacaatcagtggttaatcacactttgttttagtttgttatgaagtttgttacaagtttgtt 447  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||  |||||    
T  43591978 tgttagtttgttttaattcaagtttagtttagtgataatcacaatcagtgattaatcgcactttattttagtttgttatgaagtttgttacaatattgtt 43591879  T
Q  448 agaggttagcagataagatctagagtttgttacattgcttgtgcttcaagcaatttagctagacattgtatataagctacctcctttgtatatttttgta 547  Q
    ||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||    
T  43591878 agaggttagcaaataaaatctagagtttgttacattgcttgtgcttcaagcaacttggctagacattgtatataagctacctcctttgtatattttcata 43591779  T
Q  548 tggagaatcaattacaatttcatcataa 575  Q
       || |||||| |||||||||||||||    
T  43591778 ---agcatcaataacaatttcatcataa 43591754  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 131; E-Value: 1e-67
Query Start/End: Original strand, 348 - 559
Target Start/End: Original strand, 26311522 - 26311720
Alignment:
Q  348 tgttagtttgttttaattcaagtttagtttagtgataatcacaatcagtggttaatcacactttgttttagtttgttatgaagtttgttacaagtttgtt 447  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||            |||||||||||||||    
T  26311522 tgttagtttgttttaattcaagtttagtttagtgataatcacaatcagtggttaatcacattctgttttagtt------------tgttacaagtttgtt 26311609  T
Q  448 agaggttagcagataagatctagagtttgttacattgcttgtgcttcaagcaatttagctagacattgtatataagctacctcctttgtatatttttgta 547  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||| |||||||||||||||| ||||||||||| |||||||    
T  26311610 agaggttagtagataagatctagagtttgttacattgcttgtgcttcaagcaacctagctagatattgtatataagctacttcctttgtata-ttttgta 26311708  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 131; E-Value: 1e-67
Query Start/End: Original strand, 348 - 559
Target Start/End: Original strand, 26316013 - 26316211
Alignment:
Q  348 tgttagtttgttttaattcaagtttagtttagtgataatcacaatcagtggttaatcacactttgttttagtttgttatgaagtttgttacaagtttgtt 447  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||            |||||||||||||||    
T  26316013 tgttagtttgttttaattcaagtttagtttagtgataatcacaatcagtggttaatcacattctgttttagtt------------tgttacaagtttgtt 26316100  T
Q  448 agaggttagcagataagatctagagtttgttacattgcttgtgcttcaagcaatttagctagacattgtatataagctacctcctttgtatatttttgta 547  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||| |||||||||||||||| ||||||||||| |||||||    
T  26316101 agaggttagtagataagatctagagtttgttacattgcttgtgcttcaagcaacctagctagatattgtatataagctacttcctttgtata-ttttgta 26316199  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #6
Raw Score: 81; E-Value: 8e-38
Query Start/End: Original strand, 348 - 500
Target Start/End: Original strand, 10504436 - 10504587
Alignment:
Q  348 tgttagtttgttttaattcaagtttagtttagtgataatcacaatcagtggttaatcacactttgttttagtttgttatgaagtttgttacaagtttgtt 447  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||| || | || ||||||||||||| ||||||||||||| |||    
T  10504436 tgttagtttgttttaattcaagtttagtttagtgataatcacaattagtgattaatcacatttagattcagtttgttatgaattttgttacaagttagtt 10504535  T
Q  448 agaggttagcagataagatctagagtttgttacattgcttgtgcttcaagcaa 500  Q
    |||| |||||  ||||| | ||| ||||||||| | |||||| ||||||||||    
T  10504536 agagattagctcataaggt-tagggtttgttacttagcttgtacttcaagcaa 10504587  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 177; Significance: 4e-95; HSPs: 18)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 177; E-Value: 4e-95
Query Start/End: Original strand, 348 - 543
Target Start/End: Original strand, 31670090 - 31670286
Alignment:
Q  348 tgttagtttgttttaattcaagtttagttt-agtgataatcacaatcagtggttaatcacactttgttttagtttgttatgaagtttgttacaagtttgt 446  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  31670090 tgttagtttgttttaattcaagtttagttttagtgataatcacaatcagtggttaatcacagtttgttttagtttgttatgaagtttgttacaagtttgt 31670189  T
Q  447 tagaggttagcagataagatctagagtttgttacattgcttgtgcttcaagcaatttagctagacattgtatataagctacctcctttgtatatttt 543  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  31670190 tagaggttagcagataagatctagagtttgttacattgcttctgcttcaagcaacttagctagacattgtatataagctacctcctttgtatatttt 31670286  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 173; E-Value: 1e-92
Query Start/End: Original strand, 347 - 543
Target Start/End: Complemental strand, 10317221 - 10317025
Alignment:
Q  347 gtgttagtttgttttaattcaagtttagtttagtgataatcacaatcagtggttaatcacactttgttttagtttgttatgaagtttgttacaagtttgt 446  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10317221 gtgttagtttgttttaattcaagtttagtttagttataatcacaatcagtgattaatcacactttgttgtagtttgttatgaagtttgttacaagtttgt 10317122  T
Q  447 tagaggttagcagataagatctagagtttgttacattgcttgtgcttcaagcaatttagctagacattgtatataagctacctcctttgtatatttt 543  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10317121 tagaggttagcaaataagatctagagtttgttacattgcttgtgcttcaagcaacttaactagacattgtatataagctacctcctttgtatatttt 10317025  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 172; E-Value: 4e-92
Query Start/End: Original strand, 348 - 543
Target Start/End: Original strand, 53722007 - 53722202
Alignment:
Q  348 tgttagtttgttttaattcaagtttagtttagtgataatcacaatcagtggttaatcacactttgttttagtttgttatgaagtttgttacaagtttgtt 447  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  53722007 tgttagtttgttttaattcaagtttagtttagtgataatcacaatcagtggttaatcacattttgttttagtttgttatgaagtttgttacaagtttgtt 53722106  T
Q  448 agaggttagcagataagatctagagtttgttacattgcttgtgcttcaagcaatttagctagacattgtatataagctacctcctttgtatatttt 543  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| | |||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  53722107 agaggctagcagataagatctagagtttgttacattgcttgtgcttcaagcaacttagctatatattgtatataagctacctcctttgtacatttt 53722202  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 153; E-Value: 8e-81
Query Start/End: Original strand, 348 - 543
Target Start/End: Complemental strand, 8892778 - 8892582
Alignment:
Q  348 tgttagtttgttttaattcaagtttagttt-agtgataatcacaatcagtggttaatcacactttgttttagtttgttatgaagtttgttacaagtttgt 446  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  8892778 tgttagtttgttttaattcaagtttagttttagtgataatcacaatcagtgattaatcacattttgttttagtttgttatgaagtttgttacaaatttgt 8892679  T
Q  447 tagaggttagcagataagatctagagtttgttacattgcttgtgcttcaagcaatttagctagacattgtatataagctacctcctttgtatatttt 543  Q
    ||||| |||||| ||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8892678 tagagattagcaaataagatatagagtttgttacatcgcttgtgcttcaagcaacttaactagacattgtatataagctacctcctttgtatatttt 8892582  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 144; E-Value: 2e-75
Query Start/End: Original strand, 345 - 543
Target Start/End: Original strand, 27186139 - 27186341
Alignment:
Q  345 aagtgttagtttgttttaattcaagtttagttt-agtgataatcacaatcagtggttaatcacactttgtttt--agttt-gttatgaagtttgttacaa 440  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||| ||||||||| ||||||||  ||||| |||||||||||||||||||    
T  27186139 aagtgttagtttgttttaattcaagtttagttttagtgataatcacaattagtgattaatcacattttgttttttagttttgttatgaagtttgttacaa 27186238  T
Q  441 gtttgttagaggttagcagataagatctagagtttgttacattgcttgtgcttcaagcaatttagctagacattgtatataagctacctcctttgtatat 540  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  27186239 gtttgttagaggttagcaaataagatctagagtttgtaacattgcttgtgcttcaagaaacttagctagacattgtatataagctgcctcctttgtatat 27186338  T
Q  541 ttt 543  Q
    |||    
T  27186339 ttt 27186341  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 123; E-Value: 7e-63
Query Start/End: Original strand, 355 - 543
Target Start/End: Complemental strand, 43683813 - 43683636
Alignment:
Q  355 ttgttttaattcaagtttagtttagtgataatcacaatcagtggttaatcacactttgttttagtttgttatgaagtttgttacaagtttgttagaggtt 454  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||           ||||||    
T  43683813 ttgttttaattcaagtttattttagtgataatcacaatcagtgattaatcacactttgttttagtttgttatgaagtttgtta-----------gaggtt 43683725  T
Q  455 agcagataagatctagagtttgttacattgcttgtgcttcaagcaatttagctagacattgtatataagctacctcctttgtatatttt 543  Q
    |||| ||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  43683724 agcaaataagatatagagtttgttacattgtttgtgcttcaagcaacttagctagacattgtatataagctacatcctttgtatatttt 43683636  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 114; E-Value: 2e-57
Query Start/End: Original strand, 348 - 500
Target Start/End: Original strand, 3770842 - 3770998
Alignment:
Q  348 tgttagtttgttttaattcaagtttagttt-agtgataatcacaatcagtggttaatcacac-tttgttttagtttgttatgaagtttgttacaagtttg 445  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3770842 tgttagtttgttttaattcaagtttagttttagtgataatcacaatcagtggttaatcacaagtttgttttagtttgttatgaagtttgttacaagtttg 3770941  T
Q  446 ttagaggttagcagataagat--ctagagtttgttacattgcttgtgcttcaagcaa 500  Q
    ||||||||||||| ||||| |   |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3770942 ttagaggttagcaaataaggttgttagagtttgttacattgcttgtgcttcaagcaa 3770998  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #8
Raw Score: 114; E-Value: 2e-57
Query Start/End: Original strand, 348 - 500
Target Start/End: Original strand, 44147023 - 44147179
Alignment:
Q  348 tgttagtttgttttaattcaagtttagttt-agtgataatcacaatcagtggttaatcacac-tttgttttagtttgttatgaagtttgttacaagtttg 445  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  44147023 tgttagtttgttttaattcaagtttagtttcagtgataatcacaatcagtggttaatcacaagtttgttttagtttgttatgaagtttgttacaagtttg 44147122  T
Q  446 ttagaggttagcagataagat--ctagagtttgttacattgcttgtgcttcaagcaa 500  Q
    ||||||||||||| ||||| |   |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  44147123 ttagaggttagcaaataaggttgttagagtttgttacattgcttgtgcttcaagcaa 44147179  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #9
Raw Score: 114; E-Value: 2e-57
Query Start/End: Original strand, 348 - 500
Target Start/End: Original strand, 44151558 - 44151714
Alignment:
Q  348 tgttagtttgttttaattcaagtttagttt-agtgataatcacaatcagtggttaatcacac-tttgttttagtttgttatgaagtttgttacaagtttg 445  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  44151558 tgttagtttgttttaattcaagtttagtttcagtgataatcacaatcagtggttaatcacaagtttgttttagtttgttatgaagtttgttacaagtttg 44151657  T
Q  446 ttagaggttagcagataagat--ctagagtttgttacattgcttgtgcttcaagcaa 500  Q
    ||||||||||||| ||||| |   |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  44151658 ttagaggttagcaaataaggttgttagagtttgttacattgcttgtgcttcaagcaa 44151714  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #10
Raw Score: 104; E-Value: 1e-51
Query Start/End: Original strand, 348 - 543
Target Start/End: Complemental strand, 50628087 - 50627904
Alignment:
Q  348 tgttagtttgttttaattcaagtttagttt-agtgataatcacaatcagtggttaatcacactttgttttagtttgttatgaagtttgttacaagtttgt 446  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||| |||| ||||||||||||||| ||||||||  ||| |||||||||||||            |||||||||    
T  50628087 tgttagtttgttttaattcaagattagttttagtg-taatcacaatcagtgattaatcacttttttttttagtttgtta------------caagtttgt 50628001  T
Q  447 tagaggttagcagataagatctagagtttgttacattgcttgtgcttcaagcaatttagctagacattgtatataagctacctcctttgtatatttt 543  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  50628000 tagaggttagcaaataagatctagagtttgttacattgcttgtacttcaagcaacttagctagacattgtatataagctacctcctttatatatttt 50627904  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #11
Raw Score: 82; E-Value: 2e-38
Query Start/End: Original strand, 444 - 575
Target Start/End: Original strand, 35842843 - 35842971
Alignment:
Q  444 tgttagaggttagcagataagatctagagtttgttacattgcttgtgcttcaagcaatttagctagacattgtatataagctacctcctttgtatatttt 543  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  35842843 tgttagaggttagcaaataagatctagagtttgttacaatgcttgtgcttcaagcaacttagttagacattgtatataaactacctcctttgtatatttt 35842942  T
Q  544 tgtatggagaatcaattacaatttcatcataa 575  Q
      ||   || |||||| |||||||||||||||    
T  35842943 cata---agcatcaataacaatttcatcataa 35842971  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #12
Raw Score: 81; E-Value: 8e-38
Query Start/End: Original strand, 348 - 500
Target Start/End: Original strand, 41884925 - 41885075
Alignment:
Q  348 tgttagtttgttttaattcaagtttagtttagtgataatcacaatcagtggttaatcacactttgttttagtttgttatgaagtttgttacaagtttgtt 447  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| || | || ||||||||||||| ||||||||||||| |||    
T  41884925 tgttggtttgttttaattcaagtttagtttagtgataatcacaattagtggttaatcacatttagattcagtttgttatgaa-tttgttacaagttagtt 41885023  T
Q  448 agaggttagcagataagatctagagtttgttacattgcttgtgcttcaagcaa 500  Q
    |||| |||||  ||||||| ||| ||||||||| | |||||| ||||||||||    
T  41885024 agagattagctcataagat-tagggtttgttacttagcttgtacttcaagcaa 41885075  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #13
Raw Score: 77; E-Value: 2e-35
Query Start/End: Original strand, 348 - 500
Target Start/End: Original strand, 31359151 - 31359302
Alignment:
Q  348 tgttagtttgttttaattcaagtttagtttagtgataatcacaatcagtggttaatcacactttgttttagtttgttatgaagtttgttacaagtttgtt 447  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||| || | || |||||| |||||| ||||||||||||| |||    
T  31359151 tgttagtttgttttaattcaagtttagtttaatgataatcacaattagtggttaatcacatttagattcagtttgctatgaattttgttacaagttagtt 31359250  T
Q  448 agaggttagcagataagatctagagtttgttacattgcttgtgcttcaagcaa 500  Q
    |||| |||||  ||||| | ||| ||||||||| | |||||| ||||||||||    
T  31359251 agagattagctcataaggt-tagggtttgttacttagcttgtacttcaagcaa 31359302  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #14
Raw Score: 73; E-Value: 5e-33
Query Start/End: Original strand, 348 - 500
Target Start/End: Complemental strand, 49274668 - 49274518
Alignment:
Q  348 tgttagtttgttttaattcaagtttagtttagtgataatcacaatcagtggttaatcacactttgttttagtttgttatgaagtttgttacaagtttgtt 447  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||| |||||||||||||| || | || ||||||||||||| ||||||||||||| |||    
T  49274668 tgttagtttgttttaattcaagtttagtttagtgatgatcataattagtggttaatcacatttagattcagtttgttatgaa-tttgttacaagttagtt 49274570  T
Q  448 agaggttagcagataagatctagagtttgttacattgcttgtgcttcaagcaa 500  Q
    |||| |||||  ||||| | ||| ||||||||| | |||||| ||||||||||    
T  49274569 agagattagctcataaggt-tagggtttgttacttagcttgtacttcaagcaa 49274518  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #15
Raw Score: 58; E-Value: 4e-24
Query Start/End: Original strand, 347 - 500
Target Start/End: Original strand, 31354677 - 31354828
Alignment:
Q  347 gtgttagtttgttttaattcaagtttagtttagtgataatcacaatcagtggttaatcacactttgttttagtttgttatgaagtttgttacaagtttgt 446  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||| || | || || |||||||||| |||||||||||||  |    
T  31354677 gtgttagtttgttttaatttaagtttagtttagtgataattacaattagtggttaatcacatttagattcag-ttgttatgaattttgttacaagttact 31354775  T
Q  447 tagaggttagcagataagatctagagtttgttacattgcttgtgcttcaagcaa 500  Q
    ||| | |||||  ||||| | ||| ||||||||| | |||||| | ||||||||    
T  31354776 tagggattagctcataaggt-tagggtttgttacttagcttgtacgtcaagcaa 31354828  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #16
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000004
Query Start/End: Original strand, 375 - 425
Target Start/End: Original strand, 35842797 - 35842847
Alignment:
Q  375 tttagtgataatcacaatcagtggttaatcacactttgttttagtttgtta 425  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||    
T  35842797 tttagtgataatcacaatcagtgattaatcacactttgttttagtatgtta 35842847  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #17
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000002
Query Start/End: Original strand, 382 - 530
Target Start/End: Original strand, 53785880 - 53786028
Alignment:
Q  382 ataatcacaatcagtggttaatcacactt--tgttttagtttgttatgaagtttgttacaagtttgttagaggttagcagataagatctagagtttgtta 479  Q
    ||||||||| |||||||||||||||| ||  |||||| |||||||| ||| ||||||||||||||||||||   ||||  || | |  ||| ||||||||    
T  53785880 ataatcacactcagtggttaatcacatttagtgtttttgtttgttaagaa-tttgttacaagtttgttagaaactagcttat-atagttagggtttgtta 53785977  T
Q  480 cattgcttgtgcttcaagcaatttagctagacattgtatataagctacctc 530  Q
    ||| |||||||||||||||||  || ||||   | ||||||||||||||||    
T  53785978 catagcttgtgcttcaagcaacctaactagttctagtatataagctacctc 53786028  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #18
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000001
Query Start/End: Original strand, 399 - 451
Target Start/End: Complemental strand, 45976274 - 45976222
Alignment:
Q  399 ttaatcacactttgttttagtttgttatgaagtttgttacaagtttgttagag 451  Q
    |||||||||  ||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||    
T  45976274 ttaatcacatcttgttttagtttgttttgaagtttgttacaagttttttagag 45976222  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 176; Significance: 2e-94; HSPs: 11)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 176; E-Value: 2e-94
Query Start/End: Original strand, 348 - 559
Target Start/End: Original strand, 27761397 - 27761608
Alignment:
Q  348 tgttagtttgttttaattcaagtttagtttagtgataatcacaatcagtggttaatcacactttgttttagtttgttatgaagtttgttacaagtttgtt 447  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27761397 tgttagtttgttttaattcaagtttagtttagtgataatcacaatcagtggttaatcacattctgttttagtttgttatgaagtttgttacaagtttgtt 27761496  T
Q  448 agaggttagcagataagatctagagtttgttacattgcttgtgcttcaagcaatttagctagacattgtatataagctacctcctttgtatatttttgta 547  Q
    ||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||| ||    
T  27761497 agaggtttgtagataagatctagagtttgttacattgcttgtgcttcaagcaacttagctagatattgtatataagctacctcctttgtacatttttata 27761596  T
Q  548 tggagaatcaat 559  Q
    || |||||||||    
T  27761597 tgtagaatcaat 27761608  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 176; E-Value: 2e-94
Query Start/End: Original strand, 354 - 590
Target Start/End: Complemental strand, 47419729 - 47419483
Alignment:
Q  354 tttgttttaattcaagtttagtttagtgataatcacaatcagtggttaatcacactttgttttagtttgttatgaagtttgttacaagtttgttagaggt 453  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  47419729 tttgttttaattcaagtttagtttagtgataatcacaatcagtggttaatcacattttgttttagtttgttatgaagtttgttacaagtttcttagaggt 47419630  T
Q  454 tagcagataagatctagagtttgttacattgcttgtgcttcaagcaatttagctagacattgtatataagctacctcctttgtatatttttgtatggag- 552  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||||| ||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||     
T  47419629 tagcagataatatctagagtttgttacattgtttgtgtttcaagcaacttagctagacattgtatataagctacctcctttgtatattttcgtatgtaga 47419530  T
Q  553 ---------aatcaattacaatttcatcataatttttcttctctctc 590  Q
             ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  47419529 atcaataaaaatcaattacaatttcatcataattttacttctctctc 47419483  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 174; E-Value: 2e-93
Query Start/End: Original strand, 348 - 559
Target Start/End: Original strand, 22901154 - 22901366
Alignment:
Q  348 tgttagtttgttttaattcaagtttagttt-agtgataatcacaatcagtggttaatcacac-tttgttttagtttgttatgaagtttgttacaagtttg 445  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  22901154 tgttagtttgttttaattaaagtttagttttagtgataatcacaatcagtggttaatcacaagtttgttttagtttgttatgaagtttgttacaagtttg 22901253  T
Q  446 ttagaggttagcagataagatctagagtttgttacattgcttgtgcttcaagcaatttagctagacattgtatataagctacctcctttgtatatttttg 545  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  22901254 ttagaggttagcagataagatctagagtttgttacattgcttgtgcttcaagcaacttagctagacattgtatataagctacctcctttgtata-ttttg 22901352  T
Q  546 tatggagaatcaat 559  Q
    |||| |||||||||    
T  22901353 tatgtagaatcaat 22901366  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 172; E-Value: 4e-92
Query Start/End: Original strand, 348 - 559
Target Start/End: Original strand, 27756846 - 27757057
Alignment:
Q  348 tgttagtttgttttaattcaagtttagtttagtgataatcacaatcagtggttaatcacactttgttttagtttgttatgaagtttgttacaagtttgtt 447  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27756846 tgttagtttgttttaattcaagtttagtttagtgataatcacaatcagtggttaatcgcattctgttttagtttgttatgaagtttgttacaagtttgtt 27756945  T
Q  448 agaggttagcagataagatctagagtttgttacattgcttgtgcttcaagcaatttagctagacattgtatataagctacctcctttgtatatttttgta 547  Q
    ||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||| ||    
T  27756946 agaggtttgtagataagatctagagtttgttacattgcttgtgcttcaagcaacttagctagatattgtatataagctacctcctttgtacatttttata 27757045  T
Q  548 tggagaatcaat 559  Q
    || |||||||||    
T  27757046 tgtagaatcaat 27757057  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 146; E-Value: 1e-76
Query Start/End: Original strand, 348 - 543
Target Start/End: Original strand, 35705634 - 35705830
Alignment:
Q  348 tgttagtttgttttaattcaagtttagtttagtgataatcacaatcagtggttaatcacactttgttttagtttgtt-atgaagtttgttacaagtttgt 446  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||    
T  35705634 tgttagtttgttttaattcaagtttagtttagtgataatcacaatcagtgattaatcacattttgttttagtttgtttatggagtttgttacaagtttgt 35705733  T
Q  447 tagaggttagcagataagatctagagtttgttacattgcttgtgcttcaagcaatttagctagacattgtatataagctacc-tcctttgtatatttt 543  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||   ||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||    
T  35705734 tagaggttagcaaataagatctagagtttgttacattgcttgtgcttcaagcaa-ccagctagacattgtatataagctacctttctttgtatatttt 35705830  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 126; E-Value: 1e-64
Query Start/End: Original strand, 348 - 575
Target Start/End: Complemental strand, 7466669 - 7466456
Alignment:
Q  348 tgttagtttgttttaattcaagtttagttt-agtgataatcacaatcagtggttaatcacactttgttttagtttgttatgaagtttgttacaagtttgt 446  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| || ||||||||| |||||||||||||||||            |||||||||    
T  7466669 tgttagtttgttttaattcaagtttagttttagtgataatcacaatcaatgattaatcacattttgttttagtttgtta------------caagtttgt 7466582  T
Q  447 tagaggttagcagataagatctagagtttgttacattgcttgtgcttcaagcaatttagctagacattgtatataagctacctcctttgtatatttttgt 546  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |    
T  7466581 tagaggttagcaaataagatctagagtttgttacattgtttgtgcttcaagcaacttagctagacattgtatataagctacctcctttgtatattttcat 7466482  T
Q  547 atggagaatcaattacaatttcatcataa 575  Q
    |   || |||||| |||||||||||||||    
T  7466481 a---agtatcaataacaatttcatcataa 7466456  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 114; E-Value: 2e-57
Query Start/End: Original strand, 348 - 500
Target Start/End: Complemental strand, 7940240 - 7940084
Alignment:
Q  348 tgttagtttgttttaattcaagtttagttt-agtgataatcacaatcagtggttaatcacac-tttgttttagtttgttatgaagtttgttacaagtttg 445  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7940240 tgttagtttgttttaattcaagtttagtttcagtgataatcacaatcagtggttaatcacaagtttgttttagtttgttatgaagtttgttacaagtttg 7940141  T
Q  446 ttagaggttagcagataagat--ctagagtttgttacattgcttgtgcttcaagcaa 500  Q
    ||||||||||||| ||||| |   |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7940140 ttagaggttagcaaataaggttgttagagtttgttacattgcttgtgcttcaagcaa 7940084  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #8
Raw Score: 114; E-Value: 2e-57
Query Start/End: Original strand, 348 - 500
Target Start/End: Complemental strand, 7944793 - 7944637
Alignment:
Q  348 tgttagtttgttttaattcaagtttagttt-agtgataatcacaatcagtggttaatcacac-tttgttttagtttgttatgaagtttgttacaagtttg 445  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7944793 tgttagtttgttttaattcaagtttagtttcagtgataatcacaatcagtggttaatcacaagtttgttttagtttgttatgaagtttgttacaagtttg 7944694  T
Q  446 ttagaggttagcagataagat--ctagagtttgttacattgcttgtgcttcaagcaa 500  Q
    ||||||||||||| ||||| |   |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7944693 ttagaggttagcaaataaggttgttagagtttgttacattgcttgtgcttcaagcaa 7944637  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #9
Raw Score: 108; E-Value: 6e-54
Query Start/End: Original strand, 361 - 539
Target Start/End: Complemental strand, 733811 - 733632
Alignment:
Q  361 taattcaagtttagtttagtgataatcacaatcag-tggttaatcacactttgttttagtttgttatgaagtttgttacaagtttgttagaggttagcag 459  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||   | |  ||||||||||||  ||   ||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||     
T  733811 taattcaagtttagattagtgataatcatgtttaaatggttaatcacatattcagttagtttgttatgaaatttgttacaattttgttagaggttagcaa 733712  T
Q  460 ataagatctagagtttgttacattgcttgtgcttcaagcaatttagctagacattgtatataagctacctcctttgtata 539  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  733711 ataagatctagagtttgttacattgcttgtgcttcgagcaacttagctagacattgtatataagctacctcctttgtata 733632  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #10
Raw Score: 48; E-Value: 4e-18
Query Start/End: Original strand, 360 - 498
Target Start/End: Complemental strand, 13828248 - 13828109
Alignment:
Q  360 ttaattcaagtttagtttagtgataatcacaatcag-tggttaatcacactttgttttagtttgttatgaagtttgttacaagtttgttagaggttagca 458  Q
    ||||||||||||||  |||||||||||||   | || |||||||||||| |||  ||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||  || |     
T  13828248 ttaattcaagtttaccttagtgataatcatgtttagttggttaatcacattttcattttgtttgttctgaagtttgttacaagtttgttagagtgtatct 13828149  T
Q  459 gataagatctagagtttgttacattgcttgtgcttcaagc 498  Q
     |||| |  ||| || ||||||||||||||||||||||||    
T  13828148 aataatagttagggtctgttacattgcttgtgcttcaagc 13828109  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #11
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000009
Query Start/End: Original strand, 360 - 457
Target Start/End: Original strand, 37355573 - 37355670
Alignment:
Q  360 ttaattcaagtttagtttagtgataatcacaatcagtggttaatcacact-ttgttttagtttgttatgaagtttgttacaagtttgttagaggttagc 457  Q
    ||||||||||||||  | ||||||||||||| | |||||||||||| | | ||| ||||||||||||||||  ||||||||||||| |||||| |||||    
T  37355573 ttaattcaagtttacct-agtgataatcacacttagtggttaatcatattattgctttagtttgttatgaaagttgttacaagtttcttagagattagc 37355670  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 174; Significance: 2e-93; HSPs: 14)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 174; E-Value: 2e-93
Query Start/End: Original strand, 348 - 559
Target Start/End: Original strand, 21847109 - 21847322
Alignment:
Q  348 tgttagtttgtttt-aattcaagtttagttt-agtgataatcacaatcagtggttaatcacactttgttttagtttgttatgaagtttgttacaagtttg 445  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  21847109 tgttagtttgtttttaattcaagtttagttttagtgataatcacaatcagtggttaatcacagtttgttttagtttgttatgaagtttgttacaagtttg 21847208  T
Q  446 ttagaggttagcagataagatctagagtttgttacattgcttgtgcttcaagcaatttagctagacattgtatataagctacctcctttgtatatttttg 545  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  21847209 ttagaggttagcagataagatctagagtttgttacattgcttgtgcttcaagcaacttagctagatattgtatataagctacctcctttgtacatttttg 21847308  T
Q  546 tatggagaatcaat 559  Q
    |||  |||||||||    
T  21847309 tatatagaatcaat 21847322  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 174; E-Value: 2e-93
Query Start/End: Original strand, 348 - 559
Target Start/End: Original strand, 21850199 - 21850412
Alignment:
Q  348 tgttagtttgtttt-aattcaagtttagttt-agtgataatcacaatcagtggttaatcacactttgttttagtttgttatgaagtttgttacaagtttg 445  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  21850199 tgttagtttgtttttaattcaagtttagttttagtgataatcacaatcagtggttaatcacagtttgttttagtttgttatgaagtttgttacaagtttg 21850298  T
Q  446 ttagaggttagcagataagatctagagtttgttacattgcttgtgcttcaagcaatttagctagacattgtatataagctacctcctttgtatatttttg 545  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  21850299 ttagaggttagcagataagatctagagtttgttacattgcttgtgcttcaagcaacttagctagatattgtatataagctacctcctttgtacatttttg 21850398  T
Q  546 tatggagaatcaat 559  Q
    |||  |||||||||    
T  21850399 tatatagaatcaat 21850412  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 160; E-Value: 6e-85
Query Start/End: Original strand, 348 - 543
Target Start/End: Complemental strand, 11004560 - 11004365
Alignment:
Q  348 tgttagtttgttttaattcaagtttagtttagtgataatcacaatcagtggttaatcacactttgttttagtttgttatgaagtttgttacaagtttgtt 447  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||| |||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||    
T  11004560 tgttagtttgttttaattcaagtttagtttagtgataatcacaatcagtgaataatcacattttgttttagcttgttatgaagattgttacaagtttgtt 11004461  T
Q  448 agaggttagcagataagatctagagtttgttacattgcttgtgcttcaagcaatttagctagacattgtatataagctacctcctttgtatatttt 543  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11004460 agaggttagcaaataagatctagagtttgttacattgtttgtgcttcaagcaacctagctagacattgtatataagctacctcctttgtatatttt 11004365  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 153; E-Value: 8e-81
Query Start/End: Original strand, 345 - 543
Target Start/End: Original strand, 9697583 - 9697783
Alignment:
Q  345 aagtgttagtttgttttaattcaagtttagttt-agtgataatcacaatcagtggttaatcacactttgtttt-agtttgttatgaagtttgttacaagt 442  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||| ||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  9697583 aagtgttagtttgttttaattcaagtttagttttagtgataatcacaattagtgattaatcacattttgtttttagtttgttatgaagtttgttacaagt 9697682  T
Q  443 ttgttagaggttagcagataagatctagagtttgttacattgcttgtgcttcaagcaatttagctagacattgtatataagctacctcctttgtatattt 542  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  9697683 ttgttagaggttagcaaataagatctagagtttgtaacattgcttgtgcttcaagaaacttagctagacattgtatataagctgcctcctttgtatattt 9697782  T
Q  543 t 543  Q
    |    
T  9697783 t 9697783  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 152; E-Value: 3e-80
Query Start/End: Original strand, 348 - 543
Target Start/End: Original strand, 9105275 - 9105470
Alignment:
Q  348 tgttagtttgttttaattcaagtttagtttagtgataatcacaatcagtggttaatcacactttgttttagtttgttatgaagtttgttacaagtttgtt 447  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||| |||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  9105275 tgttagtttgttttaattcaagtttagtttagtgataatcacaatcaatgattaatcacattttgctttagtttgttatgaagtatgttacaagtttgtt 9105374  T
Q  448 agaggttagcagataagatctagagtttgttacattgcttgtgcttcaagcaatttagctagacattgtatataagctacctcctttgtatatttt 543  Q
    |||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  || ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  9105375 agaggttaacaaataagatctagagtttgttacattgcttgtgcttcaagcaacctaactagacattgtatatgagctacctcctttgtatatttt 9105470  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 146; E-Value: 1e-76
Query Start/End: Original strand, 348 - 543
Target Start/End: Original strand, 43547723 - 43547920
Alignment:
Q  348 tgttagtttgttttaattcaagtttagttt-agtgataatcacaatcagtggttaatcacactttgtttt-agtttgttatgaagtttgttacaagtttg 445  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||| ||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  43547723 tgttagcttgttttaattcaagtttagttttagtgataatcacaatcagtgattaattacattttgtttttagtttgttatgaagtttgttacaagtttg 43547822  T
Q  446 ttagaggttagcagataagatctagagtttgttacattgcttgtgcttcaagcaatttagctagacattgtatataagctacctcctttgtatatttt 543  Q
    |||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  43547823 ttagaggttaacaaataagatctagagtttgttacattgcttgtgcttcaagcaacttagcaagacattgtatataagctatctcctttgtatatttt 43547920  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 114; E-Value: 2e-57
Query Start/End: Original strand, 348 - 500
Target Start/End: Complemental strand, 54172081 - 54171925
Alignment:
Q  348 tgttagtttgttttaattcaagtttagttt-agtgataatcacaatcagtggttaatcacac-tttgttttagtttgttatgaagtttgttacaagtttg 445  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  54172081 tgttagtttgttttaattcaagtttagtttcagtgataatcacaatcagtggttaatcacaagtttgttttagtttgttatgaagtttgttacaagtttg 54171982  T
Q  446 ttagaggttagcagataagat--ctagagtttgttacattgcttgtgcttcaagcaa 500  Q
    ||||||||||||| ||||| |   |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  54171981 ttagaggttagcaaataaggttgttagagtttgttacattgcttgtgcttcaagcaa 54171925  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 106; E-Value: 9e-53
Query Start/End: Original strand, 348 - 500
Target Start/End: Complemental strand, 54167501 - 54167345
Alignment:
Q  348 tgttagtttgttttaattcaagtttagttt-agtgataatcacaatcagtggttaatcacac-tttgttttagtttgttatgaagtttgttacaagtttg 445  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  54167501 tgttagtttgttttaattcaagtttagtttcagtgataatcacaatcagtggttaatcacaagtttgttttagtttgttatgaagtttgttacaagtttg 54167402  T
Q  446 ttagaggttagcagataa--gatctagagtttgttacattgcttgtgcttcaagcaa 500  Q
    |||||||||| || ||||  |   |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  54167401 ttagaggttaccaaataagggtgttagagtttgttacattgcttgtgcttcaagcaa 54167345  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #9
Raw Score: 85; E-Value: 3e-40
Query Start/End: Original strand, 348 - 500
Target Start/End: Complemental strand, 39399279 - 39399128
Alignment:
Q  348 tgttagtttgttttaattcaagtttagtttagtgataatcacaatcagtggttaatcacactttgttttagtttgttatgaagtttgttacaagtttgtt 447  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| || | || ||||||||||||| ||||||||||||| |||    
T  39399279 tgttagtttgttttaattcaagtttagtttagtgataatcacaattagtggttaatcacatttagattcagtttgttatgaattttgttacaagttagtt 39399180  T
Q  448 agaggttagcagataagatctagagtttgttacattgcttgtgcttcaagcaa 500  Q
    |||| |||||  ||||| | ||| ||||||||| | |||||| ||||||||||    
T  39399179 agagattagctcataaggt-tagggtttgttacttagcttgtacttcaagcaa 39399128  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #10
Raw Score: 81; E-Value: 8e-38
Query Start/End: Original strand, 424 - 544
Target Start/End: Original strand, 43554645 - 43554765
Alignment:
Q  424 tatgaagtttgttacaagtttgttagaggttagcagataagatctagagtttgttacattgcttgtgcttcaagcaatttagctagacattgtatataag 523  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||| ||||||||||| || ||||||||| ||||  ||||||||||||| ||    
T  43554645 tatgaagtttgttacaagtttgttagaggttaacaaataagatctagagtttattacattgcttctgtttcaagcaacttagtaagacattgtatatgag 43554744  T
Q  524 ctacctcctttgtatattttt 544  Q
    ||||||| |||||||||||||    
T  43554745 ctacctcttttgtatattttt 43554765  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #11
Raw Score: 52; E-Value: 2e-20
Query Start/End: Original strand, 348 - 425
Target Start/End: Original strand, 43554292 - 43554371
Alignment:
Q  348 tgttagtttgttttaattcaagtttag-tttagtgataatcacaatcagtggttaatcacactttg-ttttagtttgtta 425  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||| ||||| |||| |||||||||||||    
T  43554292 tgttagtttgttttaattcaagtttagttttagtgataatcacaatcagtgattagtcacattttgtttttagtttgtta 43554371  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #12
Raw Score: 51; E-Value: 6e-20
Query Start/End: Original strand, 394 - 500
Target Start/End: Complemental strand, 38175896 - 38175791
Alignment:
Q  394 agtggttaatcacactttgttttagtttgttatgaagtttgttacaagtttgttagaggttagcagataagatctagagtttgttacattgcttgtgctt 493  Q
    |||||||||||||| || |||| ||||||||||||| ||||||||||||| ||||||| |||||  ||||||| ||| ||||||||| | |||||| |||    
T  38175896 agtggttaatcacatttagtttcagtttgttatgaattttgttacaagttagttagagattagctcataagat-tagggtttgttacttagcttgtactt 38175798  T
Q  494 caagcaa 500  Q
    |||||||    
T  38175797 caagcaa 38175791  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #13
Raw Score: 46; E-Value: 6e-17
Query Start/End: Original strand, 409 - 529
Target Start/End: Original strand, 755891 - 756012
Alignment:
Q  409 tttgttttagtttgttatgaagtttgttacaagtttgttagaggttagcagataaga-tctagagtttgttacattgcttgtgcttcaagcaatttagct 507  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||  || |  |||| |   ||| ||||||||||||||||||||||||||| |  || ||    
T  755891 tttgttttagtttgttttgaagtttgttacaagtttgttagagtgtaactaataaaaggttagggtttgttacattgcttgtgcttcaagctacctaact 755990  T
Q  508 agacattgtatataagctacct 529  Q
    |||   ||||||||||||||||    
T  755991 agatggtgtatataagctacct 756012  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #14
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 418 - 451
Target Start/End: Original strand, 755824 - 755857
Alignment:
Q  418 gtttgttatgaagtttgttacaagtttgttagag 451  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  755824 gtttgttttgaagtttgttacaagtttgttagag 755857  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 174; Significance: 2e-93; HSPs: 13)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 174; E-Value: 2e-93
Query Start/End: Original strand, 347 - 575
Target Start/End: Complemental strand, 12999623 - 12999394
Alignment:
Q  347 gtgttagtttgttttaattcaagtttagttt-agtgataatcacaatcagtggttaatcacactttgttttagtttgttatgaagtttgttacaagtttg 445  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  12999623 gtgttagtttgttttaatttaagtttagttttagtgataataacaatcagtggttaatcacattttgttttagtttgttatgaagtttgttacaagtttg 12999524  T
Q  446 ttagaggttagcagataagatctagagtttgttacattgcttgtgcttcaagcaatttagctagacattgtatataagctacctcctttgtatatttttg 545  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||      
T  12999523 ttagaggttagcagataagatctagagtttgttacattacttgtgcttcaagcaacttagctagacattgtatataagctatctcctttgtatattttaa 12999424  T
Q  546 tatggagaatcaattacaatttcatcataa 575  Q
     |   |||||||||||||||||||||||||    
T  12999423 aaataagaatcaattacaatttcatcataa 12999394  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 163; E-Value: 9e-87
Query Start/End: Original strand, 348 - 542
Target Start/End: Original strand, 8055392 - 8055586
Alignment:
Q  348 tgttagtttgttttaattcaagtttagtttagtgataatcacaatcagtggttaatcacactttgttttagtttgttatgaagtttgttacaagtttgtt 447  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | | |||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  8055392 tgttagtttgttttaattcaagtttagtttagtgataatcacaatcagtggttaatcacattctattttagtttgttatgaagtttgttgcaagtttgtt 8055491  T
Q  448 agaggttagcagataagatctagagtttgttacattgcttgtgcttcaagcaatttagctagacattgtatataagctacctcctttgtatattt 542  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  8055492 agaggttagtagataagatctagagtttgttacattgcttgtgcttcaagcaacttagctagatattgtatataagctacctcctttgtacattt 8055586  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 159; E-Value: 2e-84
Query Start/End: Original strand, 348 - 542
Target Start/End: Original strand, 8050839 - 8051033
Alignment:
Q  348 tgttagtttgttttaattcaagtttagtttagtgataatcacaatcagtggttaatcacactttgttttagtttgttatgaagtttgttacaagtttgtt 447  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | | |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8050839 tgttagtttgttttaattcaagtttagtttagtgataatcacaatcagtggttaatcacattctattttagtttgttatgaagtttgttacaagtttgtt 8050938  T
Q  448 agaggttagcagataagatctagagtttgttacattgcttgtgcttcaagcaatttagctagacattgtatataagctacctcctttgtatattt 542  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||| |||||||||||||| ||||||||||| ||||    
T  8050939 agaggttagtagataagatctagagtttgttacattgcttgtgcttcaagcaacctagctagatattgtatataagctgcctcctttgtacattt 8051033  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 127; E-Value: 3e-65
Query Start/End: Original strand, 348 - 559
Target Start/End: Complemental strand, 6463583 - 6463384
Alignment:
Q  348 tgttagtttgttttaattcaagtttagtttagtgataatcacaatcagtggttaatcacactttgttttagtttgttatgaagtttgttacaagtttgtt 447  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||            ||||||||||    
T  6463583 tgttagtttgtcttaattcaagtttagtttagtgataatcacaatcagtggttaatcacattttgttttagtttgtta------------caagtttgtt 6463496  T
Q  448 agaggttagcagataagatctagagtttgttacattgcttgtgcttcaagcaatttagctagacattgtatataagctacctcctttgtatatttttgta 547  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||  |||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||| |||    
T  6463495 agaggttagtagataagatctagagtttgttacattatttgtgcttcaagcaacctagctagatattgtatataagctacctcctttgtacattttagta 6463396  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 114; E-Value: 2e-57
Query Start/End: Original strand, 348 - 500
Target Start/End: Original strand, 36670503 - 36670659
Alignment:
Q  348 tgttagtttgttttaattcaagtttagttt-agtgataatcacaatcagtggttaatcacac-tttgttttagtttgttatgaagtttgttacaagtttg 445  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  36670503 tgttagtttgttttaattcaagtttagtttcagtgataatcacaatcagtggttaatcacaagtttgttttagtttgttatgaagtttgttacaagtttg 36670602  T
Q  446 ttagaggttagcagataagat--ctagagtttgttacattgcttgtgcttcaagcaa 500  Q
    ||||||||||||| ||||| |   |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  36670603 ttagaggttagcaaataaggttgttagagtttgttacattgcttgtgcttcaagcaa 36670659  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #6
Raw Score: 114; E-Value: 2e-57
Query Start/End: Original strand, 348 - 500
Target Start/End: Original strand, 36675051 - 36675207
Alignment:
Q  348 tgttagtttgttttaattcaagtttagttt-agtgataatcacaatcagtggttaatcacac-tttgttttagtttgttatgaagtttgttacaagtttg 445  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  36675051 tgttagtttgttttaattcaagtttagtttcagtgataatcacaatcagtggttaatcacaagtttgttttagtttgttatgaagtttgttacaagtttg 36675150  T
Q  446 ttagaggttagcagataagat--ctagagtttgttacattgcttgtgcttcaagcaa 500  Q
    ||||||||||||| ||||| |   |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  36675151 ttagaggttagcaaataaggttgttagagtttgttacattgcttgtgcttcaagcaa 36675207  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #7
Raw Score: 81; E-Value: 8e-38
Query Start/End: Original strand, 348 - 500
Target Start/End: Complemental strand, 35950595 - 35950444
Alignment:
Q  348 tgttagtttgttttaattcaagtttagtttagtgataatcacaatcagtggttaatcacactttgttttagtttgttatgaagtttgttacaagtttgtt 447  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| || | || ||||||||||||| ||||||||||||| |||    
T  35950595 tgttagtttgttttaattcaagtttagtttagtgataatcacaattagtggttaatcacatttaggttcagtttgttatgaattttgttacaagttagtt 35950496  T
Q  448 agaggttagcagataagatctagagtttgttacattgcttgtgcttcaagcaa 500  Q
    |||| |||||   |||| | ||| ||||||||| | |||||| ||||||||||    
T  35950495 agagattagctcgtaaggt-tagggtttgttacttagcttgtacttcaagcaa 35950444  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #8
Raw Score: 79; E-Value: 1e-36
Query Start/End: Original strand, 348 - 510
Target Start/End: Complemental strand, 13271131 - 13270980
Alignment:
Q  348 tgttagtttgttttaattcaagtttagttt-agtgataatcacaatcagtggttaatcacactttgttttagtttgttatgaagtttgttacaagtttgt 446  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||| ||||||| ||||||||||||||            ||||||||    
T  13271131 tgttagtttgttttaattcaagtttagttttagtgataatcacaatcagtgattaattacactttattttagtttgttat------------aagtttgt 13271044  T
Q  447 tagaggttagcagataagatctagagtttgttacattgcttgtgcttcaagcaatttagctaga 510  Q
    |||||||||| | |||||||||| |||||||||||||| || |||||||||||| |||||||||    
T  13271043 tagaggttagtaaataagatctaaagtttgttacattgtttttgcttcaagcaacttagctaga 13270980  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #9
Raw Score: 65; E-Value: 3e-28
Query Start/End: Original strand, 348 - 500
Target Start/End: Original strand, 41093824 - 41093975
Alignment:
Q  348 tgttagtttgttttaattcaagtttagtttagtgataatcacaatcagtggttaatcacactttgttttagtttgttatgaagtttgttacaagtttgtt 447  Q
    |||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||| ||||||| | || | || ||||||||||||| |||||||||| || |||    
T  41093824 tgttggtttgttttaattcaaatttagtttagtgataatcacaattagtgattaatcatatttagattcagtttgttatgaattttgttacaaattagtt 41093923  T
Q  448 agaggttagcagataagatctagagtttgttacattgcttgtgcttcaagcaa 500  Q
    |||| |||||  ||||| | ||| ||||||||| | |||||| ||||||||||    
T  41093924 agagattagctcataaggt-tagggtttgttacttagcttgtacttcaagcaa 41093975  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #10
Raw Score: 45; E-Value: 2e-16
Query Start/End: Original strand, 361 - 448
Target Start/End: Original strand, 29767953 - 29768041
Alignment:
Q  361 taattcaagtttagtttagtgataatcacaatcagtgg-ttaatcacactttgttttagtttgttatgaagtttgttacaagtttgtta 448  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||  || | | | || ||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||| ||||    
T  29767953 taattcaagtttagtttagtgataatcatgattaattgattgatcacactttgttttagtttgttttaaagtttgttacaagttggtta 29768041  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #11
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000002
Query Start/End: Original strand, 413 - 500
Target Start/End: Original strand, 34590280 - 34590365
Alignment:
Q  413 ttttagtttgttatgaagtttgttacaagtttgttagaggttagcagataagatctagagtttgttacattgcttgtgcttcaagcaa 500  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||| || |||  ||| |||||||| || |||||||||| ||||||    
T  34590280 ttttagtttgttatgaa-tttgttacaagtttgttagagattagcatat-agagttagggtttgttatatagcttgtgctttaagcaa 34590365  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #12
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000005
Query Start/End: Original strand, 554 - 588
Target Start/End: Complemental strand, 6463379 - 6463345
Alignment:
Q  554 atcaattacaatttcatcataatttttcttctctc 588  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  6463379 atcaattacaatttcatcataacttttcttctctc 6463345  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #13
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000005
Query Start/End: Original strand, 405 - 439
Target Start/End: Complemental strand, 27403730 - 27403696
Alignment:
Q  405 acactttgttttagtttgttatgaagtttgttaca 439  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  27403730 acactttgttttagtttgttttgaagtttgttaca 27403696  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0440 (Bit Score: 114; Significance: 2e-57; HSPs: 2)
Name: scaffold0440
Description:

Target: scaffold0440; HSP #1
Raw Score: 114; E-Value: 2e-57
Query Start/End: Original strand, 348 - 500
Target Start/End: Original strand, 2980 - 3136
Alignment:
Q  348 tgttagtttgttttaattcaagtttagttt-agtgataatcacaatcagtggttaatcacac-tttgttttagtttgttatgaagtttgttacaagtttg 445  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2980 tgttagtttgttttaattcaagtttagttttagtgataatcacaatcagtggttaatcacaagtttgttttagtttgttatgaagtttgttacaagtttg 3079  T
Q  446 ttagaggttagcagataagat--ctagagtttgttacattgcttgtgcttcaagcaa 500  Q
    ||||||||||||| ||||| |   |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3080 ttagaggttagcaaataaggttgttagagtttgttacattgcttgtgcttcaagcaa 3136  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0440; HSP #2
Raw Score: 113; E-Value: 6e-57
Query Start/End: Original strand, 348 - 500
Target Start/End: Original strand, 7506 - 7661
Alignment:
Q  348 tgttagtttgttttaattcaagtttagttt-agtgataatcacaatcagtggttaatcacactttgttttagtttgttatgaagtttgttacaagtttgt 446  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7506 tgttagtttgttttaattcaagtttagttttagtgataatcacaatcagtgattaatcacaatttgttttagtttgttatgaagtttgttacaagtttgt 7605  T
Q  447 tagaggttagcagataagat--ctagagtttgttacattgcttgtgcttcaagcaa 500  Q
    |||||||||||| ||||| |   ||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  7606 tagaggttagcaaataaggttgttagagtttgttacattgcttgtgtttcaagcaa 7661  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0044 (Bit Score: 114; Significance: 2e-57; HSPs: 2)
Name: scaffold0044
Description:

Target: scaffold0044; HSP #1
Raw Score: 114; E-Value: 2e-57
Query Start/End: Original strand, 348 - 500
Target Start/End: Complemental strand, 45022 - 44866
Alignment:
Q  348 tgttagtttgttttaattcaagtttagttt-agtgataatcacaatcagtggttaatcacac-tttgttttagtttgttatgaagtttgttacaagtttg 445  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  45022 tgttagtttgttttaattcaagtttagttttagtgataatcacaatcagtggttaatcacaagtttgttttagtttgttatgaagtttgttacaagtttg 44923  T
Q  446 ttagaggttagcagataagat--ctagagtttgttacattgcttgtgcttcaagcaa 500  Q
    ||||||||||||| ||||| |   |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  44922 ttagaggttagcaaataaggttgttagagtttgttacattgcttgtgcttcaagcaa 44866  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0044; HSP #2
Raw Score: 114; E-Value: 2e-57
Query Start/End: Original strand, 348 - 500
Target Start/End: Complemental strand, 49602 - 49446
Alignment:
Q  348 tgttagtttgttttaattcaagtttagttt-agtgataatcacaatcagtggttaatcacac-tttgttttagtttgttatgaagtttgttacaagtttg 445  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  49602 tgttagtttgttttaattcaagtttagttttagtgataatcacaatcagtggttaatcacaagtttgttttagtttgttatgaagtttgttacaagtttg 49503  T
Q  446 ttagaggttagcagataagat--ctagagtttgttacattgcttgtgcttcaagcaa 500  Q
    ||||||||||||| ||||| |   |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  49502 ttagaggttagcaaataaggttgttagagtttgttacattgcttgtgcttcaagcaa 49446  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0006 (Bit Score: 34; Significance: 0.0000000009; HSPs: 1)
Name: scaffold0006
Description:

Target: scaffold0006; HSP #1
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000009
Query Start/End: Original strand, 350 - 450
Target Start/End: Complemental strand, 60302 - 60201
Alignment:
Q  350 ttagtttgttttaattcaagtttagtttagtgataatcacaatcagtggttaatcacactttgtttt-agtttgttatgaagtttgttacaagtttgtta 448  Q
    ||||||||||||||||||||||   ||  |  ||||||||||| |||| ||||||||| ||  |||| |||||||||| || |||||||| |||||||||    
T  60302 ttagtttgttttaattcaagttactttgtgatataatcacaattagtgattaatcacatttaatttttagtttgttataaattttgttaccagtttgtta 60203  T
Q  449 ga 450  Q
    ||    
T  60202 ga 60201  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University