View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF4148_high_1 (Length: 945)

Name: NF4148_high_1
Description: NF4148
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF4148_high_1
NF4148_high_1
[»] chr1 (1 HSPs)
chr1 (10-945)||(32165392-32166330)


Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 787; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 787; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 10 - 945
Target Start/End: Original strand, 32165392 - 32166330
Alignment:
Q  10 acatcatcatattactcagattcacacaacagctatgnnnnnnngtacagtaataataacaaatacagttaacagttaaataaataagcaaacataccac 109  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||       ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  32165392 acatcatcatattactcagattcacacaacagctatgtttttttgtacagtaataataacaaatacagttaacagttaaataaataagcaaacataccac 32165491  T
Q  110 gtagtatttgacatgtttctttgccatttgatgatgagggaacaagtgttggagataaaactggtcaaagcccctatgaatgctgtggacacagtccatc 209  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||    
T  32165492 gtagtatttgacatgtttctttgccatttgatgatgagggaacaagtgttggagataaaactggtcaaagcccctatggatgctgtggacacagtcaatc 32165591  T
Q  210 cacctcaataatatata---aatgaaaatcaaatacacacaca--tgttttgaatctggacctctgtaccnnnnnnntattaaataatatggacccctat 304  Q
    |||||||||||||||||   |||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||       |||||||||||||||||||||||    
T  32165592 cacctcaataatatatagtaaatgaaaatcaaatacacacacacatgttttgaatctggacctctgtaccaaaaaaatattaaataatatggacccctat 32165691  T
Q  305 aattataataataggcaattgctaagaagggaaagtgtctcatgtgatataccaaggttgtttccaactgaacttgatacttcatttttaggtctatcat 404  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  32165692 aattataataataggcaattgctaagaagggaaagtgtctcatgtgatataccaaggttgtttccaactgaacttgatacttcatctttaggtctatcat 32165791  T
Q  405 cacctctcaagatatgtattattctaaacctttcacccaccttaatgaagtaatatatattaatttcagcgttagaatgtcagcattacatccctaccat 504  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  32165792 cacctctcaagatatgtattattctaaacctttcacccaccttaatgaagtaatatatattaatttcagcgttagaatgtcagcattacatccctaccat 32165891  T
Q  505 tggactttgtcttgtctccgaggcagtcccaaccaaacattattgtcttgtgagcatttcttccaccaatccgctgttacactctgagttcggtatagaa 604  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  32165892 tggactttgtcttgtctccgaggcagtcccaaccaaacattattgtcttacgagcatttcttccaccaatccgctgttacactctgagttcggtatagaa 32165991  T
Q  605 taaaggccattgtagcttttttaagtagaaagttaaggatttccatgtccttggtacttcagagatagtgagcgagagtgttgattctgacaaaaacaag 704  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  32165992 taaaggccattgtaacttttttaagtagaaagttaaggatttccatgtccttagtacttcagagatagtgagcgagagtgttgattcagacaaaaacaag 32166091  T
Q  705 aaaaaggaataaagttttcagcactaatattttgttttttctttcacctnnnnnnnnnnttgtttttcttgtttctaactcaagaaaaatacttagatgg 804  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||          |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  32166092 aaaaaggaataaagttttcaacactaatattttgttttttctttcacct--aaaaaaaattgtttttctagtttctaactcaagaaaaatacttagatgg 32166189  T
Q  805 tcacgaccatttagacatgtcatctagagcacacaacaaaatatcatttaattatagacgtcaactagattcagtattcaagtgtcaaaatcgaattata 904  Q
    ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  32166190 tcaggaccatttagacatgtcatctagagcacacaacaaaatatcattcaattatagacgtcaacttgattcagtattcaagtgtcaaaatcgaattata 32166289  T
Q  905 gacgattttataatcatccgaatacggatttttggtctatt 945  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  32166290 gacgattttataatcatccgaatacggatttttggtctatt 32166330  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University