View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF4148_high_4 (Length: 506)

Name: NF4148_high_4
Description: NF4148
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF4148_high_4
NF4148_high_4
[»] chr3 (12 HSPs)
chr3 (13-489)||(2855785-2856258)
chr3 (13-489)||(2768759-2769232)
chr3 (13-484)||(2758904-2759372)
chr3 (13-489)||(2838575-2839048)
chr3 (13-478)||(2748688-2749147)
chr3 (13-484)||(2818247-2818715)
chr3 (13-486)||(2797051-2797521)
chr3 (13-478)||(5412597-5413038)
chr3 (123-489)||(2807070-2807430)
chr3 (13-450)||(2790048-2790491)
chr3 (13-65)||(2755734-2755786)
chr3 (147-205)||(22648771-22648829)
[»] scaffold0691 (1 HSPs)
scaffold0691 (17-484)||(6132-6596)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 387; Significance: 0; HSPs: 12)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 387; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 13 - 489
Target Start/End: Complemental strand, 2856258 - 2855785
Alignment:
Q  13 gagagaagcatcatttcgcactgaagatgtcattgatgaatatcttcggttgatccatagggccaatcctcatggacgtggatctttagtcaacaatgtt 112  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||    
T  2856258 gagagaagcatcatttcgcattgaagatgtcattgatgaataccttcggttgatacatagggccaatcctcatggacgtggatctttagtcaacaaggtt 2856159  T
Q  113 acaagccgaatcaaaactttgattccccgtcataaaattgcatcagagattcaggacattaagttgtcaattcgcggaatcaaggaaagaagcgagaggt 212  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||    
T  2856158 acaagccgaatcaaaactttgattccccatcataaaattgcatcagagattcaggacatcaagttgtcaattcgtggaatcaaggaaagaagccagaggt 2856059  T
Q  213 ataacttccaaatttcacatgaacaaggatccacaagcagcagcaacagcagtactggagcgacagaaaatggaagatggcgtgatcctcggctgtcttc 312  Q
    ||||||| ||||||||||| || ||||||||| |||||   || ||| |||||   |||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  2856058 ataactttcaaatttcacacgagcaaggatcctcaagccaaagaaaccgcagt---ggagagacagaaaatggaagatggcgtgatcctcgactgtcttc 2855962  T
Q  313 ccttttcattgaagaaacagaagttgtaggcattgaaggcccaaaagaagaattgtctggttggttattggaaggtatatctgagcgcaaagtgatttca 412  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2855961 ccttttcattgaagaaacagaagttgtaggcattgaaggcccaaaagaagaattgtctggttggttattggaaggtatatctgagcgcaaagtgatttca 2855862  T
Q  413 gtggtgggaatggggggtataggaaaaactactcttgccaagctaatttttgacagccaaaaggtaacaacaaactt 489  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2855861 gtggtgggaatggggggtataggaaaaactactcttgccaagctaatttttgacagccaaaaggtaacaacaaactt 2855785  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 251; E-Value: 1e-139
Query Start/End: Original strand, 13 - 489
Target Start/End: Original strand, 2768759 - 2769232
Alignment:
Q  13 gagagaagcatcatttcgcactgaagatgtcattgatgaatatcttcggttgatccatagggccaatcctcatggacgtggatctttagtcaacaatgtt 112  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||| ||   |||| ||||||||| ||  |||  ||    
T  2768759 gagagaagcatcatttcgcattgaagatgtcattgatgaataccttcggttgacccatagggccaatcgtcccagacgcggatctttaatcttcaagatt 2768858  T
Q  113 acaagccgaatcaaaactttgattccccgtcataaaattgcatcagagattcaggacattaagttgtcaattcgcggaatcaaggaaagaagcgagaggt 212  Q
     |||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  2768859 gcaagcctaatcaaaactttgactccccgtcataaaattgcattagagattcaggacattaagttgtcaattcgtggaatcaaggaaagaagcgagaggt 2768958  T
Q  213 ataacttccaaatttcacatgaacaaggatccacaagcagcagcaacagcagtactggagcgacagaaaatggaagatggcgtgatcctcggctgtcttc 312  Q
    ||| ||| |||| ||||||||||||||||||| ||| |||||| ||   ||||| ||||| | |||||| |||||||||||||||||||||| |||||||    
T  2768959 atagctttcaaacttcacatgaacaaggatcctcaaacagcaggaa---cagtagtggagagtcagaaagtggaagatggcgtgatcctcggatgtcttc 2769055  T
Q  313 ccttttcattgaagaaacagaagttgtaggcattgaaggcccaaaagaagaattgtctggttggttattggaaggtatatctgagcgcaaagtgatttca 412  Q
    ||| || ||||||||||||||| |||||||  | |||||||||| ||||||||| | ||||||||||||||| |||  | || |||||| |||||| |||    
T  2769056 cctctttattgaagaaacagaaattgtaggattggaaggcccaagagaagaattatttggttggttattggagggtgcagctaagcgcacagtgatatca 2769155  T
Q  413 gtggtgggaatggggggtataggaaaaactactcttgccaagctaatttttgacagccaaaaggtaacaacaaactt 489  Q
    ||||| |||||||||||| |||||||||| ||||||||||| ||| ||| ||||||||||||||||||  |||||||    
T  2769156 gtggtaggaatggggggtctaggaaaaaccactcttgccaaactagtttatgacagccaaaaggtaactgcaaactt 2769232  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 250; E-Value: 1e-139
Query Start/End: Original strand, 13 - 484
Target Start/End: Original strand, 2758904 - 2759372
Alignment:
Q  13 gagagaagcatcatttcgcactgaagatgtcattgatgaatatcttcggttgatccatagggccaatcctcatggacgtggatctttagtcaacaatgtt 112  Q
    |||||||||||| ||||||| ||||||| | ||||| ||||| |||||| ||||||||| ||||||||||| |||  | |||||| || |||||||  ||    
T  2758904 gagagaagcatcgtttcgcattgaagatataattgacgaataccttcggctgatccatacggccaatcctcctggtagcggatctgtattcaacaagatt 2759003  T
Q  113 acaagccgaatcaaaactttgattccccgtcataaaattgcatcagagattcaggacattaagttgtcaattcgcggaatcaaggaaagaagcgagaggt 212  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||| ||| || |||||| |||||||||||||||||||| |||||    
T  2759004 acaagcccaatcaaaactttgattccccgtcacaaaattgcatcagagattcaagacatcaagctgacaattcacggaatcaaggaaagaagcgtgaggt 2759103  T
Q  213 ataacttccaaatttcacatgaacaaggatccacaagcagcagcaacagcagtactggagcgacagaaaatggaagatggcgtgatcctcggctgtcttc 312  Q
    ||||||| ||||||||| |||||||||||||| ||| |||||||||   || ||| | || || ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  2759104 ataactttcaaatttcaaatgaacaaggatcctcaaacagcagcaa---cactaccgaagagaaagaaaatggaagatggcgtgatcctcgactgtcttc 2759200  T
Q  313 ccttttcattgaagaaacagaagttgtaggcattgaaggcccaaaagaagaattgtctggttggttattggaaggtatatctgagcgcaaagtgatttca 412  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||  |||||||||||||||||||| | | ||||||||||||||| |||  | |||| |||| ||||||||||    
T  2759201 ccttttcattgaagaaacagaaattgtaggatttgaaggcccaaaagaagaactatatggttggttattggagggttcagctgaacgcacagtgatttca 2759300  T
Q  413 gtggtgggaatggggggtataggaaaaactactcttgccaagctaatttttgacagccaaaaggtaacaaca 484  Q
    ||||| |||||||||||| | || ||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  2759301 gtggtaggaatggggggtctcggcaaaaccactcttgccaagctagtttttgacagccaaaaggtaacaaca 2759372  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 235; E-Value: 1e-130
Query Start/End: Original strand, 13 - 489
Target Start/End: Complemental strand, 2839048 - 2838575
Alignment:
Q  13 gagagaagcatcatttcgcactgaagatgtcattgatgaatatcttcggttgatccatagggccaatcctcatggacgtggatctttagtcaacaatgtt 112  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||  | || |||||||||||||||| |||| |  ||||||||  ||  | |       
T  2839048 gagagaagcatcatttcgcattgaagatgtcattgatgaataccttcgactaatgcatagggccaatcctcctggatgcagatctttatgcatgactc-- 2838951  T
Q  113 acaagccgaatcaaaactttgattccccgtcataaaattgcatcagagattcaggacattaagttgtcaattcgcggaatcaaggaaagaagcgagaggt 212  Q
     ||||   |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||| ||| || ||| || |||||||||| |||||||||||||||    
T  2838950 -caaggttaatcaaaactttgattccccgtcacaaaattgcatcagagattcaagacatcaagctgacaactcacggaatcaagaaaagaagcgagaggt 2838852  T
Q  213 ataacttccaaatttcacatgaacaaggatccacaagcagcagcaacagcagtactggagcgacagaaaatggaagatggcgtgatcctcggctgtcttc 312  Q
    ||||||| ||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||| | ||||||||||||||||||  || ||||| ||||||||    
T  2838851 ataactttcaaatttcaaatgaacaaggatcctcaagcagcagcaacagcagtcctggagaggcagaaaatggaagatggcacgaccctcgactgtcttc 2838752  T
Q  313 ccttttcattgaagaaacagaagttgtaggcattgaaggcccaaaagaagaattgtctggttggttattggaaggtatatctgagcgcaaagtgatttca 412  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||  |||||||||||| ||||||| | | ||||||||||||||| |||  | ||||||||| ||| || |||    
T  2838751 ccttttcattgaagaaacagaaattgtaggatttgaaggcccaagagaagaaatatatggttggttattggagggtgcagctgagcgcacagtcatatca 2838652  T
Q  413 gtggtgggaatggggggtataggaaaaactactcttgccaagctaatttttgacagccaaaaggtaacaacaaactt 489  Q
    ||||| |||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||| |||||||    
T  2838651 gtggtaggaatggggggtctaggaaaaaccactcttgccaagctagtttttgaaagccaaaaggtaacagcaaactt 2838575  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 198; E-Value: 1e-107
Query Start/End: Original strand, 13 - 478
Target Start/End: Original strand, 2748688 - 2749147
Alignment:
Q  13 gagagaagcatcatttcgcactgaagatgtcattgatgaatatcttcggttgatccatagggccaatcctcatggacgtggatctttagtcaacaatgtt 112  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||| | || |||||||||||||||| | || | ||||||||||||  |||  ||    
T  2748688 gagagaagcatcatttcgcattgaagatgtcattgatgaataccttcggctaatgcatagggccaatcctcctagatgcggatctttagtcggcaagatt 2748787  T
Q  113 acaagccgaatcaaaactttgattccccgtcataaaattgcatcagagattcaggacattaagttgtcaattcgcggaatcaaggaaagaagcgagaggt 212  Q
     |||| | ||||||||||||||||||||||||| | || ||||| || |||||||||||||| || |||||||| ||||||||||||||||| |||||||    
T  2748788 gcaaggcaaatcaaaactttgattccccgtcatcatatagcatctgaaattcaggacattaaattatcaattcgtggaatcaaggaaagaagtgagaggt 2748887  T
Q  213 ataacttccaaatttcacatgaacaaggatccacaagcagcagcaacagcagtactggagcgacagaaaatggaagatggcgtgatcctcggctgtcttc 312  Q
    ||||||| ||||||||||| ||||||||| |  |||||||||  | ||    ||  |||| || ||||||||||| ||||| ||||||||| ||||||||    
T  2748888 ataactttcaaatttcacacgaacaaggaacttcaagcagcattagca----ta--ggagagagagaaaatggaaaatggcatgatcctcgactgtcttc 2748981  T
Q  313 ccttttcattgaagaaacagaagttgtaggcattgaaggcccaaaagaagaattgtctggttggttattggaaggtatatctgagcgcaaagtgatttca 412  Q
     ||||| |||||||||||||||||||| || ||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||  | |||||||||  ||||| ||     
T  2748982 tctttttattgaagaaacagaagttgttggtattgaagtcccaaaagaagaactgtctggttggttattggatggtgaagctgagcgcacggtgatatcc 2749081  T
Q  413 gtggtgggaatggggggtataggaaaaactactcttgccaagctaatttttgacagccaaaaggta 478  Q
    ||||| |||||||| ||  |||||||||| ||||||||||||||| ||||||| ||| ||||||||    
T  2749082 gtggtaggaatgggaggcctaggaaaaaccactcttgccaagctagtttttgaaagcaaaaaggta 2749147  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 190; E-Value: 1e-103
Query Start/End: Original strand, 13 - 484
Target Start/End: Original strand, 2818247 - 2818715
Alignment:
Q  13 gagagaagcatcatttcgcactgaagatgtcattgatgaatatcttcggttgatccatagggccaatcctcatggacgtggatctttagtcaacaatgtt 112  Q
    |||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||  |||||||||||| ||||| |||  ||| |  ||||||| ||   |||  ||    
T  2818247 gagagatgcatcatttcgcattgaagatgtcattgatgaataccttcttttgatccataggaccaattctccaggatgcagatctttggtatgcaagatt 2818346  T
Q  113 acaagccgaatcaaaactttgattccccgtcataaaattgcatcagagattcaggacattaagttgtcaattcgcggaatcaaggaaagaagcgagaggt 212  Q
     ||||   ||| || ||||||| ||||||| || ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  2818347 ccaagattaatgaagactttgactccccgttatgaaattgcatcagagattcaggacatcaagttgtcaattcgtggaatcaaggaaagaagcgagaggt 2818446  T
Q  213 ataacttccaaatttcacatgaacaaggatccacaagcagcagcaacagcagtactggagcgacagaaaatggaagatggcgtgatcctcggctgtcttc 312  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||||||| |  ||   |||||| |  ||   |||| | |||| |  ||| |||||||||||||||| ||||||||    
T  2818447 ataacttccaaatttcgcatgaacaaggatcctcgtgccaaagcaacggatgt---ggagagtcagacacaggaggatggcgtgatcctcgactgtcttc 2818543  T
Q  313 ccttttcattgaagaaacagaagttgtaggcattgaaggcccaaaagaagaattgtctggttggttattggaaggtatatctgagcgcaaagtgatttca 412  Q
     ||||||||||||||||||||| | |||||  |||||||||| | ||||||| | | ||||||||||||||| |||  | | ||||||| |||||| |||    
T  2818544 tcttttcattgaagaaacagaaatcgtaggatttgaaggcccgagagaagaactatatggttggttattggagggtgcagccgagcgcacagtgatatca 2818643  T
Q  413 gtggtgggaatggggggtataggaaaaactactcttgccaagctaatttttgacagccaaaaggtaacaaca 484  Q
    ||||| |||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  2818644 gtggtaggaatggggggtctaggaaaaaccactcttgccaagctagtttttgacagccaaaaggtaacaaca 2818715  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 184; E-Value: 2e-99
Query Start/End: Original strand, 13 - 486
Target Start/End: Original strand, 2797051 - 2797521
Alignment:
Q  13 gagagaagcatcatttcgcactgaagatgtcattgatgaatatcttcggttgatccatagggccaatcctcatggacgtggatctttagtcaacaatgtt 112  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||| | |||| ||||||||| ||||||  ||| | ||||||||||||  |||  ||    
T  2797051 gagagaagcatcatttcgcattgaagatgtcattgatgaataccttcagctgatgcatagggcctatcctccgggatgcggatctttagtctgcaagatt 2797150  T
Q  113 acaagccgaatcaaaactttgattccccgtcataaaattgcatcagagattcaggacattaagttgtcaattcgcggaatcaaggaaagaagcgagaggt 212  Q
     |||| | ||||||||| |||||| ||| |||  | || ||||| |||||| || |||||||| | |||||||| ||||||||||||||||| |||||||    
T  2797151 gcaagtctaatcaaaacattgatttcccttcaccagatagcatctgagattaagaacattaagatatcaattcgtggaatcaaggaaagaagtgagaggt 2797250  T
Q  213 ataacttccaaatttcacatgaacaaggatccacaagcagcagcaacagcagtactggagcgacagaaaatggaagatggcgtgatcctcggctgtcttc 312  Q
    ||||||| |||||||||||   || ||||||  ||||||||| |||||||||||   ||| ||| || ||| |||||||| |||||||||| ||||||||    
T  2797251 ataactttcaaatttcacagacaccaggatcatcaagcagcaacaacagcagta---gagagacggataatagaagatggtgtgatcctcgactgtcttc 2797347  T
Q  313 ccttttcattgaagaaacagaagttgtaggcattgaaggcccaaaagaagaattgtctggttggttattggaaggtatatctgagcgcaaagtgatttca 412  Q
    |||||| ||||||||||| | | |||| ||  |||||||||| |  ||||||||||||||||||||| | || || | | ||||||||| ||||||||||    
T  2797348 cctttttattgaagaaactgcaattgtcggatttgaaggcccgagggaagaattgtctggttggttactagagggcacagctgagcgcacagtgatttca 2797447  T
Q  413 gtggtgggaatggggggtataggaaaaactactcttgccaagctaatttttgacagccaaaaggtaacaacaaa 486  Q
    ||||| |||||||| ||| |||||||||| ||||||||||||||| |||| ||||| |||||||||||||||||    
T  2797448 gtggttggaatgggaggtctaggaaaaaccactcttgccaagctagttttcgacagtcaaaaggtaacaacaaa 2797521  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 176; E-Value: 1e-94
Query Start/End: Original strand, 13 - 478
Target Start/End: Original strand, 5412597 - 5413038
Alignment:
Q  13 gagagaagcatcatttcgcactgaagatgtcattgatgaatatcttcggttgatccatagggccaatcctcatggacgtggatctttagtcaacaatgtt 112  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||| | |||| | || ||||||| |||||||| |||| |  |||||||||||  |||  ||    
T  5412597 gagagaagcatcatttcgcattgaagatgtcattgacgaataccatcggctaatgcatagggtcaatcctcttggatgcagatctttagtctgcaagatt 5412696  T
Q  113 acaagccgaatcaaaactttgattccccgtcataaaattgcatcagagattcaggacattaagttgtcaattcgcggaatcaaggaaagaagcgagaggt 212  Q
     |||||   ||||||||||||||||||| |||| | || ||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||    
T  5412697 gcaagcttgatcaaaactttgattccccatcatcagatagcatctgagattcaggacattaagttgtcaattcgtggaatcaaggaaagaagtgagaggt 5412796  T
Q  213 ataacttccaaatttcacatgaacaaggatccacaagcagcagcaacagcagtactggagcgacagaaaatggaagatggcgtgatcctcggctgtcttc 312  Q
    ||||||| |||||||||                     ||||||||||||||||   ||| ||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||    
T  5412797 ataactttcaaatttca---------------------agcagcaacagcagta---gagagacagaaaatggaagatggcgagatcctcgactgtcttc 5412872  T
Q  313 ccttttcattgaagaaacagaagttgtaggcattgaaggcccaaaagaagaattgtctggttggttattggaaggtatatctgagcgcaaagtgatttca 412  Q
    ||| ||||||  |||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||  | | || || | ||| || |||    
T  5412873 cctattcattacagaaacagaagttgtaggaattgaaggtccaaaagaagaattgtctggttggttattggatggtgcagcggaacgtacagtcatatca 5412972  T
Q  413 gtggtgggaatggggggtataggaaaaactactcttgccaagctaatttttgacagccaaaaggta 478  Q
    ||||| |||||||||||  |||||||||| ||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||    
T  5412973 gtggtaggaatggggggcctaggaaaaaccactcttgccaagctagtttttgaaagccaaaaggta 5413038  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #9
Raw Score: 167; E-Value: 3e-89
Query Start/End: Original strand, 123 - 489
Target Start/End: Original strand, 2807070 - 2807430
Alignment:
Q  123 tcaaaactttgattccccgtcataaaattgcatcagagattcaggacattaagttgtcaattcgcggaatcaaggaaagaagcgagaggtataacttcca 222  Q
    ||||||||||||||||||||||| | || |||||  |||| |  ||||||||| ||||  |||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||    
T  2807070 tcaaaactttgattccccgtcatcatatagcatctaagatccgagacattaaggtgtcggttcgcggaatcaaggaaagaagtgagaggtataacttaca 2807169  T
Q  223 aatttcacatgaacaaggatccacaagcagcagcaacagcagtactggagcgacagaaaatggaagatggcgtgatcctcggctgtcttcccttttcatt 322  Q
    |||||||||||||||||||||  ||||| |||   |||||| ||   ||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||    
T  2807170 aatttcacatgaacaaggatcatcaagccgca---acagcacta---gagagacagaaaatggaagatggcgtgatcctcgactgtcttccctttttatt 2807263  T
Q  323 gaagaaacagaagttgtaggcattgaaggcccaaaagaagaattgtctggttggttattggaaggtatatctgagcgcaaagtgatttcagtggtgggaa 422  Q
    ||||||| |||| |||||||  |||||  ||||| ||||||| |||||| |||||||||||| ||| || |||||||||  |||||||| ||||| ||||    
T  2807264 gaagaaagagaaattgtaggatttgaattcccaagagaagaaatgtctgtttggttattggagggtgtagctgagcgcacggtgatttcggtggtaggaa 2807363  T
Q  423 tggggggtataggaaaaactactcttgccaagctaatttttgacagccaaaaggtaacaacaaactt 489  Q
    |||| ||| |||||||||| ||||||||||||||| ||||||| ||||||| |||||||||| ||||    
T  2807364 tgggaggtctaggaaaaaccactcttgccaagctagtttttgatagccaaacggtaacaacacactt 2807430  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #10
Raw Score: 152; E-Value: 3e-80
Query Start/End: Original strand, 13 - 450
Target Start/End: Original strand, 2790048 - 2790491
Alignment:
Q  13 gagagaagcatcatttcgcactgaagatgtcattgatgaatatcttcggttgatccatagggc------caatcctcatgga---cgtggatctttagtc 103  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||| |||| |||||||| |||||| | || ||||||||      |||||||  ||||   |||  ||||||| ||    
T  2790048 gagagaagcatcatttcgcattgaagatatcatcgatgaataccttcggctcatgcatagggcaaaatccaatccttctggatgccgtcaatctttattc 2790147  T
Q  104 aacaatgttacaagccgaatcaaaactttgattccccgtcataaaattgcatcagagattcaggacattaagttgtcaattcgcggaatcaaggaaagaa 203  Q
      |||  || |||||| |||||||||||||||||||| |||| | || ||||| |||||| |  |||||||| | |||||||| ||||||||||||||||    
T  2790148 tgcaagattgcaagcctaatcaaaactttgattccccatcatcagatagcatctgagattaaaaacattaagatatcaattcgtggaatcaaggaaagaa 2790247  T
Q  204 gcgagaggtataacttccaaatttcacatgaacaaggatccacaagcagcagcaacagcagtactggagcgacagaaaatggaagatggcgtgatcctcg 303  Q
    | |||||||||||||| |||||||||||   || ||||||  |||||||||||||||||||||   ||| ||| || ||| ||||||||| |||||||||    
T  2790248 gtgagaggtataactttcaaatttcacagacaccaggatcatcaagcagcagcaacagcagta---gagagacggacaatagaagatggcatgatcctcg 2790344  T
Q  304 gctgtcttcccttttcattgaagaaacagaagttgtaggcattgaaggcccaaaagaagaattgtctggttggttattggaaggtatatctgagcgcaaa 403  Q
    | ||||||||||||||||||||||||| | | |||| ||  |||||||||| |  |||||||||||||||||||||||||| || | | ||||||||| |    
T  2790345 gttgtcttcccttttcattgaagaaactgcaattgtcggatttgaaggcccgagggaagaattgtctggttggttattggagggcacagctgagcgcaca 2790444  T
Q  404 gtgatttcagtggtgggaatggggggtataggaaaaactactcttgc 450  Q
    |||||||||||||| |||||||| ||| |||||||||| ||||||||    
T  2790445 gtgatttcagtggttggaatgggaggtctaggaaaaaccactcttgc 2790491  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #11
Raw Score: 45; E-Value: 2e-16
Query Start/End: Original strand, 13 - 65
Target Start/End: Original strand, 2755734 - 2755786
Alignment:
Q  13 gagagaagcatcatttcgcactgaagatgtcattgatgaatatcttcggttga 65  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  2755734 gagagaagcatcatttcgcattgaagatgtcattgatgaataccttcggttga 2755786  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #12
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000005
Query Start/End: Original strand, 147 - 205
Target Start/End: Complemental strand, 22648829 - 22648771
Alignment:
Q  147 aaattgcatcagagattcaggacattaagttgtcaattcgcggaatcaaggaaagaagc 205  Q
    |||||||||| |||||||| ||||||||||| |  ||||| ||||||||||||| ||||    
T  22648829 aaattgcatccgagattcaagacattaagttatttattcgtggaatcaaggaaaaaagc 22648771  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0691 (Bit Score: 178; Significance: 9e-96; HSPs: 1)
Name: scaffold0691
Description:

Target: scaffold0691; HSP #1
Raw Score: 178; E-Value: 9e-96
Query Start/End: Original strand, 17 - 484
Target Start/End: Complemental strand, 6596 - 6132
Alignment:
Q  17 gaagcatcatttcgcactgaagatgtcattgatgaatatcttcggttgatccatagggccaatcctcatggacgtggatctttagtcaacaatgttacaa 116  Q
    |||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||| |||||| |||||||||||||||| |||| |||| | ||||| ||||||  |||  ||  ||    
T  6596 gaagcatcatttcgcattgaagatgttattgatgaataccttcggctgatccatagggccaaccctcctggatgcggatcattagtctgcaagattgtaa 6497  T
Q  117 gccgaatcaaaactttgattccccgtcataaaattgcatcagagattcaggacattaagttgtcaattcgcggaatcaaggaaagaagcgagaggtataa 216  Q
    ||| |||||||||||||||| | |  ||| | || ||||| |||||||||||||| ||| |||||||||| ||||||||||| ||||| || ||||||||    
T  6496 gcctaatcaaaactttgatttctcagcatcagatagcatctgagattcaggacataaagctgtcaattcgtggaatcaaggacagaagtgaaaggtataa 6397  T
Q  217 cttccaaatttcacatgaacaaggatccacaagcagcagcaacagcagtactggagcgacagaaaatggaagatggcgtgatcctcggctgtcttccctt 316  Q
    ||| ||||||| ||||||||  |||||  ||||   ||||| |||||   | |||| | ||||||||||||||||||||||||||||  | ||| |||||    
T  6396 ctttcaaattttacatgaacctggatcatcaagtgtcagcagcagca---caggagaggcagaaaatggaagatggcgtgatcctcgattatctgccctt 6300  T
Q  317 ttcattgaagaaacagaagttgtaggcattgaaggcccaaaagaagaattgtctggttggttattggaaggtatatctgagcgcaaagtgatttcagtgg 416  Q
    || ||||||||||| |||||||||||  | |||||||||| ||| ||||| | |||||||||||||||  ||  | |||||||||  || ||||||||||    
T  6299 tttattgaagaaactgaagttgtaggattcgaaggcccaagagaggaattatatggttggttattggagagtccagctgagcgcaccgtaatttcagtgg 6200  T
Q  417 tgggaatggggggtataggaaaaactactcttgccaagctaatttttgacagccaaaaggtaacaaca 484  Q
    | |||||||| |||||||| ||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  6199 taggaatgggaggtatagggaaaaccactcttgccaagctagtttttgacagccaaaaggtaacaaca 6132  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University