View Alignment
This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.
| Legend |
| | Query |
| | Query hiting target |
| Query hiting target's complemental strand |
| | Query's complemental strand hiting target |
| Query's complemental strand hiting target's complemental strand |
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Alignment Overview
Query: NF4156_low_1 (Length: 676)
Name: NF4156_low_1
Description: NF4156
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)
| [»] NF4156_low_1 |
 | |
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Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 604; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr1
Description:
Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 604; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 659
Target Start/End: Original strand, 31192636 - 31193297
Alignment:
| Q |
1 |
aaagagcaaaagagggtcaaatttctgtgcttgaattatcttttgtagggactatgcaatatccttccagaaaataacattatatccactgtgctatatg |
100 |
Q |
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| T |
31192636 |
aaagagcaaaagagggtcaaatttctgtgcttgaattatcttttgtagggactatgcaatatccttccagaaaataacattatatccactgtgctatatg |
31192735 |
T |
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| Q |
101 |
gtttttaagaaatagtttctgcaatgaggtttatatcaatgttataggcatttgatgtgcagggacgt---acttgaagtttgcgtatattttctgcagt |
197 |
Q |
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| T |
31192736 |
gtttttaagaaatagtttctgcaatgaggtttatatcaatgttataggcatttgatgtgcagggacgccgcacttgaagtttgcgtaaattttctgcagc |
31192835 |
T |
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| Q |
198 |
aatagttttgaacataaaatgaaaatgaaaaggtgttgacataagacaatgttattttgcagtgattattgttccctgtaagcattttactttgtcttct |
297 |
Q |
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| T |
31192836 |
aatagttttgaacacaacatgaaaatgaaaaggtgttgacaaaagacaatgttattttgcagtgattattgttcccggtatgaattttactttgtcttct |
31192935 |
T |
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| Q |
298 |
gcccatcatcagttcagatgagcatctcagtcggaccagcaggagtacataacagaatgaacttaaacaagaacacacagaagtcacaatctcaaataaa |
397 |
Q |
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| T |
31192936 |
gcccatcatcagttcagatgagcatctcagtcggaccagcaggagtacataacagaatgaacttaaacaagaacacacagaagtcacaatctcaaataaa |
31193035 |
T |
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| Q |
398 |
tcataaaatatctacatgcaatggttacaaatcagctaatttcaaaaccaacctaaacaagaacacacagttacactcctaggtaacaaagatctgaatc |
497 |
Q |
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| T |
31193036 |
tcataaaatatctacatgcaatggttacaaatcagctaatttcaaaaccaacctaaacaagaacacacagttacactcctaggtaacaaagatctgaatc |
31193135 |
T |
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| Q |
498 |
tgcaaaatagaattaaatcaaatcatacaaagatatcatatacagtcttggaattcaggttgggcctaactcaacccctaaaaaaccaacttttaacgtt |
597 |
Q |
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| T |
31193136 |
tgcaaaatagaattaaatcaaatcatacaaagatatcatatacagtcttggaattcaggctgggcctaactcaacccctaaaaaaccaacttttaacatt |
31193235 |
T |
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| Q |
598 |
aggatagccccaacctataaacatattttcaggttttatctcgtccaatccaatgtgctact |
659 |
Q |
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| T |
31193236 |
aggatagccccaacctataaacatattttcaggttttatctcgtccaatccaatgtgctact |
31193297 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 519; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 615
Target Start/End: Original strand, 31014383 - 31014996
Alignment:
| Q |
1 |
aaagagcaaaagagggtcaaatttctgtgcttgaattatcttttgtagggactatgcaatatccttccagaaaataacattatatccactgtgctatatg |
100 |
Q |
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| T |
31014383 |
aaagagcaaaagagggtcaaatttctgtgcttgaattatcttttgtagggactatgacatatccttcaagaaaataacattatatccactgtgctatatg |
31014482 |
T |
|
| Q |
101 |
gtttttaagaaatagtttctgcaatgaggtttatatcaatgttataggcatttgatgtgcagggacgtacttgaagtttgcgtatattttctgcagtaat |
200 |
Q |
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| T |
31014483 |
-tatttaagaaatagtttctgcagtgtagtttatatcaatgttataggcatttgatgtgcagggacgtacttgaagtttgcgtatattttctgcagtaat |
31014581 |
T |
|
| Q |
201 |
agttttgaacataaaatgaaaatgaaaaggtgttgacataagacaatgttattttgcagtgattattgttccctgtaagcattttactttgtcttctgcc |
300 |
Q |
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| T |
31014582 |
agttttgaacataaaatgaaaatgaaaaggtgttgacataagacaatgttattttgcagtgattattgttcccggtatgcattttactttgtcttctgcc |
31014681 |
T |
|
| Q |
301 |
catcatcagttcagatgagcatctcagtcggaccagcaggagtacataacagaatgaacttaaacaagaacacacagaagtcacaatctcaaataaatca |
400 |
Q |
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| T |
31014682 |
catcatcagttcagatgagcatctcagtcggaccagcaggagtacataacagaaagaacttaaacaagaacacacagaagtcacaatctctaataaatca |
31014781 |
T |
|
| Q |
401 |
taaaatatctacatgcaatggttacaaatcagctaatttcaaaaccaacctaaacaagaacacacagttacactcctaggtaacaaagatctgaatctgc |
500 |
Q |
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| T |
31014782 |
taaaatatctacatgcaatggttacaaatcagctaacttcaaaaccaacctaaacaagaacacacagtcacactcctaggtaacaaagatctgaatctgc |
31014881 |
T |
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| Q |
501 |
aaaatagaattaaatcaaatcatacaaagatatcatatacagtcttggaattcaggttgggcctaactcaacccctaaaaaaccaacttttaacgttagg |
600 |
Q |
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| T |
31014882 |
aaaatagaattaaatcaaatcatacaaagatatcacaaacggtcttagaattcaagttgggcctaactcaactcctacaaaaccaacttgtaacgttagg |
31014981 |
T |
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| Q |
601 |
atagccccaacctat |
615 |
Q |
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| T |
31014982 |
atagcccccacctat |
31014996 |
T |
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[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr5 (Bit Score: 31; Significance: 0.00000006; HSPs: 1)
Name: chr5
Description:
Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000006
Query Start/End: Original strand, 555 - 589
Target Start/End: Original strand, 43433707 - 43433741
Alignment:
| Q |
555 |
ggttgggcctaactcaacccctaaaaaaccaactt |
589 |
Q |
| |
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| T |
43433707 |
ggttgggcctaactcaacccctacaaaaccaactt |
43433741 |
T |
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[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
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