View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF4165_low_1 (Length: 530)

Name: NF4165_low_1
Description: NF4165
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF4165_low_1
NF4165_low_1
[»] chr6 (10 HSPs)
chr6 (17-518)||(2339844-2340345)
chr6 (23-516)||(2307169-2307662)
chr6 (17-513)||(2351297-2351793)
chr6 (16-508)||(2362927-2363419)
chr6 (23-508)||(2368680-2369165)
chr6 (140-495)||(2261201-2261556)
chr6 (137-501)||(2357733-2358097)
chr6 (290-446)||(14711309-14711465)
chr6 (290-452)||(14753374-14753536)
chr6 (32-438)||(2297079-2297485)
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (38-516)||(5804141-5804619)
[»] chr3 (1 HSPs)
chr3 (17-500)||(4305626-4306109)
[»] scaffold0408 (1 HSPs)
scaffold0408 (290-452)||(528-689)


Alignment Details
Target: chr6 (Bit Score: 470; Significance: 0; HSPs: 10)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 470; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 17 - 518
Target Start/End: Original strand, 2339844 - 2340345
Alignment:
Q  17 acaagtagtgtcacccttacatgggcactatgtttgcttttgaataatcctcttgtaatggaaaaggcaaaagaagaacttgatgctcaagttggtaaag 116  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  2339844 acaagtagtgtcacccttacatgggcactatgtttgcttttgaataatcctcttgtaatggaaaaggcaaaagaagaacttgatgctcaagttggcaaag 2339943  T
Q  117 agagatgtttaagcgagtttgatataaataaattgatataccttcaagctatagttaaagaaacactaagattgtatccaccgggtcctctctccggacc 216  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2339944 agagatgtttaagcgagtttgatataaataaattgatataccttcaagctatagtcaaagaaacactaagattgtatccaccgggtcctctctccggacc 2340043  T
Q  217 acgtgaattctcagagaattgtaatttaggtggttatcaagttataaagggaactcgattaatcacaaatctttggaagatccaaacagatcctagtatt 316  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||    
T  2340044 acgtgaattctcaaagaattgtaatttaggtggttatcaagttataaagggaactcgattaatcacaaatctttggaagattcaaacagatcctagtgtt 2340143  T
Q  317 tggctagatccattagagttcaaaccagaaaggtttcttaccactcataaagctgttgatgttagaggtaatcattttgaactattaccatttggaagtg 416  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2340144 tggccagatccattagagttcaaaccagaaaggttttttaccactcataaagctgttgatgttagaggtaatcattttgaactattaccatttggaagtg 2340243  T
Q  417 gtagaaggaaatgtcctggaatatcgtttggacttcaaatggtgcatttcaccctagctagttttttgcattcctttgatatcttaaatccaacacctga 516  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2340244 gtagaaggaaatgtcctggaatatcgtttggacttcaaatgctgcatttcaccctagctagttttttgcattcctttgatatcttaaatccaacacctga 2340343  T
Q  517 tg 518  Q
    ||    
T  2340344 tg 2340345  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 302; E-Value: 1e-170
Query Start/End: Original strand, 23 - 516
Target Start/End: Original strand, 2307169 - 2307662
Alignment:
Q  23 agtgtcacccttacatgggcactatgtttgcttttgaataatcctcttgtaatggaaaaggcaaaagaagaacttgatgctcaagttggtaaagagagat 122  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||| || |||||| |||| ||||||||||    
T  2307169 agtgtcacccttacatgggcactatgtttgctattgaacaatcctcttgtaatggaaaaagcaaaagaagaactcgacgctcaaattggcaaagagagat 2307268  T
Q  123 gtttaagcgagtttgatataaataaattgatataccttcaagctatagttaaagaaacactaagattgtatccaccgggtcctctctccggaccacgtga 222  Q
    || || | ||||  |||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||| |||| |||||||| | |||||| || ||||| |||||    
T  2307269 gtgtatgtgagtcagatataaataaattgacataccttcaagctatagtcaaagaaacactacgattatatccacccgctcctctttcaggacctcgtga 2307368  T
Q  223 attctcagagaattgtaatttaggtggttatcaagttataaagggaactcgattaatcacaaatctttggaagatccaaacagatcctagtatttggcta 322  Q
    |||||| |||||||||| |||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||  | || ||||||| |||||||| |    
T  2307369 attctcggagaattgtactttaggaggttatcatgttataaagggaactcgattaatcacaaatctttggaggattaacacggatcctaatatttggcca 2307468  T
Q  323 gatccattagagttcaaaccagaaaggtttcttaccactcataaagctgttgatgttagaggtaatcattttgaactattaccatttggaagtggtagaa 422  Q
    |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||| |||| | ||||||  ||||| |||||||||||||||||||    
T  2307469 gatccattagagttcaaaccagaaagatttcttaccactcataaagatgttgatgttaggggtagtaattttgtgctattgccatttggaagtggtagaa 2307568  T
Q  423 ggaaatgtcctggaatatcgtttggacttcaaatggtgcatttcaccctagctagttttttgcattcctttgatatcttaaatccaacacctga 516  Q
    ||| ||| |||||||||||  |||||||||||||| |||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  2307569 ggatatgccctggaatatcacttggacttcaaatgctgcatttcattctagctagttttttgcattcctttgatatcttaaatccaacccctga 2307662  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 265; E-Value: 1e-147
Query Start/End: Original strand, 17 - 513
Target Start/End: Original strand, 2351297 - 2351793
Alignment:
Q  17 acaagtagtgtcacccttacatgggcactatgtttgcttttgaataatcctcttgtaatggaaaaggcaaaagaagaacttgatgctcaagttggtaaag 116  Q
    ||||||||||| || |||||||||||| ||||||| || ||||| |||||||||||| || |||| |||||||||||||||||  |||| ||||| ||||    
T  2351297 acaagtagtgttactcttacatgggcaatatgtttactattgaaaaatcctcttgtattgaaaaaagcaaaagaagaacttgacactcacgttggcaaag 2351396  T
Q  117 agagatgtttaagcgagtttgatataaataaattgatataccttcaagctatagttaaagaaacactaagattgtatccaccgggtcctctctccggacc 216  Q
    | ||   | ||| |||||  |||||   ||| ||| ||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||| ||||||| ||||||||| ||| |||    
T  2351397 aaaggcttgtaaacgagtcggatattggtaagttggtataccttcaagctatagtaaaagaaaccctaagattgcatccaccaggtcctctcgccgcacc 2351496  T
Q  217 acgtgaattctcagagaattgtaatttaggtggttatcaagttataaagggaactcgattaatcacaaatctttggaagatccaaacagatcctagtatt 316  Q
     |||||||||||||||||||| | | | |||||||| || |||| ||| |||||||| |||||   ||||||||||||||| ||||| ||||||||| ||    
T  2351497 tcgtgaattctcagagaattgcactattggtggttaccatgttagaaaaggaactcggttaatgctaaatctttggaagattcaaactgatcctagtgtt 2351596  T
Q  317 tggctagatccattagagttcaaaccagaaaggtttcttaccactcataaagctgttgatgttagaggtaatcattttgaactattaccatttggaagtg 416  Q
    |||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  2351597 tggtcagatccattagagttcaaaccagaaaggtttcttaccactcataaagttgttgatgttagaggtaatcattttgaactactaccatttggaagtg 2351696  T
Q  417 gtagaaggaaatgtcctggaatatcgtttggacttcaaatggtgcatttcaccctagctagttttttgcattcctttgatatcttaaatccaacacc 513  Q
    |||||||||| ||||||| |||||| |||||||||||||| ||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2351697 gtagaaggaagtgtcctgcaatatcttttggacttcaaattgtgcatttcactctagcaagttttttgcattcctttgatatcttaaatccaacacc 2351793  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 177; E-Value: 4e-95
Query Start/End: Original strand, 16 - 508
Target Start/End: Original strand, 2362927 - 2363419
Alignment:
Q  16 aacaagtagtgtcacccttacatgggcactatgtttgcttttgaataatcctcttgtaatggaaaaggcaaaagaagaacttgatgctcaagttggtaaa 115  Q
    ||||| ||| || ||||||||||||||| |||||||| |  | |  ||||||||  || || |||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||    
T  2362927 aacaactagcgttacccttacatgggcaatatgtttgttgcttagaaatcctctaatattgaaaaaagcaaaagaagaacttgatgctcaagttggaaaa 2363026  T
Q  116 gagagatgtttaagcgagtttgatataaataaattgatataccttcaagctatagttaaagaaacactaagattgtatccaccgggtcctctctccggac 215  Q
    ||||| ||| ||||  |||  |||||| | || ||| | ||||||||||| ||||| ||||||||||||||||| |||||||| || ||| | || |  |    
T  2363027 gagaggtgtgtaagaaagtcagatatagacaagttggtgtaccttcaagccatagtcaaagaaacactaagattatatccacctggccctttatctgtgc 2363126  T
Q  216 cacgtgaattctcagagaattgtaatttaggtggttatcaagttataaagggaactcgattaatcacaaatctttggaagatccaaacagatcctagtat 315  Q
    | |||||||||||||||||||||||||||||||| ||| | || | ||| ||||| ||||||||    |||||||||||||| || || ||||||| | |    
T  2363127 ctcgtgaattctcagagaattgtaatttaggtggatatgatgtaagaaatggaacacgattaattttgaatctttggaagattcacactgatcctaatgt 2363226  T
Q  316 ttggctagatccattagagttcaaaccagaaaggtttcttaccactcataaagctgttgatgttagaggtaatcattttgaactattaccatttggaagt 415  Q
    ||||  |||||||||||  |||||||| || ||||||||||| || ||||||| | ||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||    
T  2363227 ttggtcagatccattagtattcaaaccggagaggtttcttacaacgcataaagatattgattttagaggtaatcattttgagctattaccatttggaggt 2363326  T
Q  416 ggtagaaggaaatgtcctggaatatcgtttggacttcaaatggtgcatttcaccctagctagttttttgcattcctttgatatcttaaatcca 508  Q
    ||||||||||  ||||| |||||||| || || ||||||||| ||||||| ||  | ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  2363327 ggtagaaggatttgtcccggaatatcattagggcttcaaatgctgcatttaactttggctagttttttgcattcctttgaaatcttaaatcca 2363419  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 142; E-Value: 3e-74
Query Start/End: Original strand, 23 - 508
Target Start/End: Original strand, 2368680 - 2369165
Alignment:
Q  23 agtgtcacccttacatgggcactatgtttgcttttgaataatcctcttgtaatggaaaaggcaaaagaagaacttgatgctcaagttggtaaagagagat 122  Q
    ||||| ||||||||||||||| |||||||| |  | |  ||||||||  || ||||||| |||||||||||||||||| |||||||||| |||||||| |    
T  2368680 agtgttacccttacatgggcaatatgtttgttacttagaaatcctctaatattggaaaaagcaaaagaagaacttgatactcaagttggaaaagagaggt 2368779  T
Q  123 gtttaagcgagtttgatataaataaattgatataccttcaagctatagttaaagaaacactaagattgtatccaccgggtcctctctccggaccacgtga 222  Q
    || |||| |||   || ||| | || ||| | || |||||||| || || |||||||| |||||||| |||||| | || ||| | || | ||| |||||    
T  2368780 gtgtaagagagacagacatagacaagttggtgtatcttcaagccattgtcaaagaaaccctaagattatatccagctggccctttatcggcacctcgtga 2368879  T
Q  223 attctcagagaattgtaatttaggtggttatcaagttataaagggaactcgattaatcacaaatctttggaagatccaaacagatcctagtatttggcta 322  Q
    ||||||||||||||| ||||||| ||| ||| | || | ||| ||||| || |||||    |||||| | ||||| || || ||||| | |||||||  |    
T  2368880 attctcagagaattgcaatttagatggatatgatgtaagaaaaggaacacggttaattttgaatcttagaaagattcacactgatccaaatatttggtca 2368979  T
Q  323 gatccattagagttcaaaccagaaaggtttcttaccactcataaagctgttgatgttagaggtaatcattttgaactattaccatttggaagtggtagaa 422  Q
     ||||||| || |||||||||||  |||||||||| || |||||||  ||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||| |||||||||    
T  2368980 aatccattggaattcaaaccagagcggtttcttactacccataaagacgttgatgttagaggtcatcattttgagctattaccatttggaggtggtagaa 2369079  T
Q  423 ggaaatgtcctggaatatcgtttggacttcaaatggtgcatttcaccctagctagttttttgcattcctttgatatcttaaatcca 508  Q
    |||  || |||||||| || ||||| ||||||||||||||||| ||  | ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  2369080 ggatttgccctggaatgtcatttggccttcaaatggtgcatttaactttggctagttttttgcattcctttgaaatcttaaatcca 2369165  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #6
Raw Score: 124; E-Value: 2e-63
Query Start/End: Original strand, 140 - 495
Target Start/End: Complemental strand, 2261556 - 2261201
Alignment:
Q  140 ataaataaattgatataccttcaagctatagttaaagaaacactaagattgtatccaccgggtcctctctccggaccacgtgaattctcagagaattgta 239  Q
    |||||||| ||| |||| |||||||| ||||| |||||||| |||||||||||||| || ||||||||||| | ||| ||||||||| ||||  ||||||    
T  2261556 ataaataagttggtatatcttcaagcaatagtcaaagaaaccctaagattgtatcctccaggtcctctctcagcacctcgtgaattcacagaagattgta 2261457  T
Q  240 atttaggtggttatcaagttataaagggaactcgattaatcacaaatctttggaagatccaaacagatcctagtatttggctagatccattagagttcaa 339  Q
      |||||||| ||||   | | ||| |||||| || | ||||||||||||||||| || ||||| ||||| |||||||||| ||||||||||||||||||    
T  2261456 cgttaggtggctatcgtatcaaaaaaggaactagacttatcacaaatctttggaaaattcaaaccgatccaagtatttggccagatccattagagttcaa 2261357  T
Q  340 accagaaaggtttcttaccactcataaagctgttgatgttagaggtaatcattttgaactattaccatttggaagtggtagaaggaaatgtcctggaata 439  Q
    ||||||||| |||||||||||||| |||  ||||||||  |  ||| | ||||||||  | ||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||    
T  2261356 accagaaagatttcttaccactcacaaaaatgttgatgccaagggtcaacattttgagttgttaccatttggaagtggtagaaggatatgtccaggaata 2261257  T
Q  440 tcgtttggacttcaaatggtgcatttcaccctagctagttttttgcattcctttga 495  Q
    || ||||| ||||| ||| | ||||| ||  | |||| |||||| || ||||||||    
T  2261256 tcttttggtcttcatatgattcatttaactttggctaattttttacactcctttga 2261201  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #7
Raw Score: 101; E-Value: 8e-50
Query Start/End: Original strand, 137 - 501
Target Start/End: Original strand, 2357733 - 2358097
Alignment:
Q  137 gatataaataaattgatataccttcaagctatagttaaagaaacactaagattgtatccaccgggtcctctctccggaccacgtgaattctcagagaatt 236  Q
    |||||||| || ||| | ||||||||||| ||| | |||||||| |||||||| ||||||   ||||||||||| | ||| ||||| ||  | || ||||    
T  2357733 gatataaacaagttggtgtaccttcaagcgataatcaaagaaaccctaagattatatccagttggtcctctctctgcacctcgtgagtttaccgaaaatt 2357832  T
Q  237 gtaatttaggtggttatcaagttataaagggaactcgattaatcacaaatctttggaagatccaaacagatcctagtatttggctagatccattagagtt 336  Q
    ||||  ||||||||||| | || ||||| ||||||||| |||||  |||||||||||| ||||||||||| | || | |||||   ||||||||| ||||    
T  2357833 gtaacataggtggttatgatgtcataaaaggaactcgactaatcttaaatctttggaaaatccaaacagaccataatgtttggtcggatccattaaagtt 2357932  T
Q  337 caaaccagaaaggtttcttaccactcataaagctgttgatgttagaggtaatcattttgaactattaccatttggaagtggtagaaggaaatgtcctgga 436  Q
     ||||||||||| ||||||| |||| |||||| |||||||||| ||||   ||| |||||  | |||||||||||||||||||||||||  ||||||| |    
T  2357933 taaaccagaaagatttcttaacacttataaagatgttgatgttcgagggtgtcactttgagttgttaccatttggaagtggtagaaggatttgtcctgaa 2358032  T
Q  437 atatcgtttggacttcaaatggtgcatttcaccctagctagttttttgcattcctttgatatctt 501  Q
    ||||| ||||||||  ||||| ||||||| |   | |||| |||||||||||| ||||| |||||    
T  2358033 atatcttttggactagaaatgatgcatttaattttggctaattttttgcattcatttgaaatctt 2358097  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #8
Raw Score: 93; E-Value: 5e-45
Query Start/End: Original strand, 290 - 446
Target Start/End: Complemental strand, 14711465 - 14711309
Alignment:
Q  290 tggaagatccaaacagatcctagtatttggctagatccattagagttcaaaccagaaaggtttcttaccactcataaagctgttgatgttagaggtaatc 389  Q
    |||||||||||||| ||||||||| ||||||  |||||||| ||||||||||| || || |||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  14711465 tggaagatccaaactgatcctagtgtttggccggatccattggagttcaaacctgagagatttcttacaactcataaagatgttgatgttagaggtaatc 14711366  T
Q  390 attttgaactattaccatttggaagtggtagaaggaaatgtcctggaatatcgtttg 446  Q
    ||||||| || ||||||||||||||||| |||||||  |||||||||||||| ||||    
T  14711365 attttgagcttttaccatttggaagtggaagaaggatgtgtcctggaatatcctttg 14711309  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #9
Raw Score: 63; E-Value: 4e-27
Query Start/End: Original strand, 290 - 452
Target Start/End: Complemental strand, 14753536 - 14753374
Alignment:
Q  290 tggaagatccaaacagatcctagtatttggctagatccattagagttcaaaccagaaaggtttcttaccactcataaagctgttgatgttagaggtaatc 389  Q
    |||||||||||||| || |||||  ||||||  |||||||| |||||||| || |  || |||||||| |||||||||| |||||||||||  ||| |||    
T  14753536 tggaagatccaaactgaccctagcgtttggccggatccattggagttcaagcctgggagatttcttacaactcataaagatgttgatgttaagggtcatc 14753437  T
Q  390 attttgaactattaccatttggaagtggtagaaggaaatgtcctggaatatcgtttggacttc 452  Q
    |||||||  | ||||||||||||||||| |||||||  |||||||||||||| ||||| ||||    
T  14753436 attttgagtttttaccatttggaagtggaagaaggatttgtcctggaatatcctttggccttc 14753374  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #10
Raw Score: 51; E-Value: 6e-20
Query Start/End: Original strand, 32 - 438
Target Start/End: Original strand, 2297079 - 2297485
Alignment:
Q  32 cttacatgggcactatgtttgcttttgaataatcctcttgtaatggaaaaggcaaaagaagaacttgatgctcaagttggtaaagagagatgtttaagcg 131  Q
    |||||||||||| | | ||| || ||||| ||||||| |||| || |||| ||||||||||||||| |  | ||| |||| ||||| |  ||| |||| |    
T  2297079 cttacatgggcaatgtctttactattgaaaaatcctcatgtactgaaaaaagcaaaagaagaacttaacacacaaattggaaaagaaaattgtgtaagag 2297178  T
Q  132 agtttgatataaataaattgatataccttcaagctatagttaaagaaacactaagattgtatccaccgggtcctctctccggaccacgtgaattctcaga 231  Q
    |||  ||| | ||||||||  |||| ||| | |||||| ||||||| ||||||||||| |||||||| | |||  | ||   ||| || |||||| ||||    
T  2297179 agtcagatgttaataaattagtatatcttgatgctataattaaagagacactaagattctatccaccagctccattttcgtcacctcgcgaattcacaga 2297278  T
Q  232 gaattgtaatttaggtggttatcaagttataaagggaactcgattaatcacaaatctttggaagatccaaacagatcctagtatttggctagatccatta 331  Q
      |||| |   ||||||| || ||  | | ||||||||||||||| ||  ||||||| |||||||| || | |||  ||||  |||||  ||||||||||    
T  2297279 agattgcacaataggtggataccatatcaaaaagggaactcgattgatgccaaatctatggaagattcatagagactctagggtttggtcagatccatta 2297378  T
Q  332 gagttcaaaccagaaaggtttcttaccactcataaagctgttgatgttagaggtaatcattttgaactattaccatttggaagtggtagaaggaaatgtc 431  Q
    || || ||||| |||||||||||||||||| | |||| ||||||| || | ||| |  |||||||  | || |||||||||||||| |||||||  |||     
T  2297379 gaatttaaacctgaaaggtttcttaccactaacaaagatgttgatcttgggggtcaaaattttgagttgttgccatttggaagtggaagaaggaggtgtg 2297478  T
Q  432 ctggaat 438  Q
    |||||||    
T  2297479 ctggaat 2297485  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 263; Significance: 1e-146; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 263; E-Value: 1e-146
Query Start/End: Original strand, 38 - 516
Target Start/End: Complemental strand, 5804619 - 5804141
Alignment:
Q  38 tgggcactatgtttgcttttgaataatcctcttgtaatggaaaaggcaaaagaagaacttgatgctcaagttggtaaagagagatgtttaagcgagtttg 137  Q
    ||||| ||| ||||||| ||||| |||||| |||  |||||||| |||||||||||||||||  |||| ||||||| |||||||| | | |  ||||  |    
T  5804619 tgggcgctaagtttgctattgaaaaatcctattgccatggaaaaagcaaaagaagaacttgacactcatgttggtagagagagatttgtgaatgagtcag 5804520  T
Q  138 atataaataaattgatataccttcaagctatagttaaagaaacactaagattgtatccaccgggtcctctctccggaccacgtgaattctcagagaattg 237  Q
    |||||| ||| ||| ||||||||||||||||||| || |||||||| |||||||||||| | | ||||||   |||||| ||||||||||||||||||||    
T  5804519 atataattaagttggtataccttcaagctatagtcaaggaaacactgagattgtatccatctgctcctctaggcggacctcgtgaattctcagagaattg 5804420  T
Q  238 taatttaggtggttatcaagttataaagggaactcgattaatcacaaatctttggaagatccaaacagatcctagtatttggctagatccattagagttc 337  Q
     | ||||||||||||||| |||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||| | |||||||||| ||     
T  5804419 cactttaggtggttatcatgttacaaaaggaactcgattaatcacaaatctttggaagatccaaacagatcttagtgtttggccaaatccattagatttt 5804320  T
Q  338 aaaccagaaaggtttcttaccactcataaagctgttgatgttagaggtaatcattttgaactattaccatttggaagtggtagaaggaaatgtcctggaa 437  Q
    || ||||||||||||||||| |||||||||| | |||||||||| ||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5804319 aagccagaaaggtttcttacaactcataaagatattgatgttaggggtaatcattttgaactacaaccatttggaagtggtagaaggaaatgtcctggaa 5804220  T
Q  438 tatcgtttggacttcaaatggtgcatttcaccctagctagttttttgcattcctttgatatcttaaatccaacacctga 516  Q
    |||  ||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5804219 tatgttttggacttcaaatggtgcattttactctagctagttttttgcattcctttgatatcttaaatccaacacctga 5804141  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 164; Significance: 2e-87; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 164; E-Value: 2e-87
Query Start/End: Original strand, 17 - 500
Target Start/End: Original strand, 4305626 - 4306109
Alignment:
Q  17 acaagtagtgtcacccttacatgggcactatgtttgcttttgaataatcctcttgtaatggaaaaggcaaaagaagaacttgatgctcaagttggtaaag 116  Q
    |||| |||||||||||||| ||||||| | |||||| |  || | |||||||||||||| ||||| ||| |||||||||||||    |||||||| ||||    
T  4305626 acaactagtgtcacccttatatgggcaatgtgtttgttactggaaaatcctcttgtaatagaaaaagcacaagaagaacttgacatccaagttggcaaag 4305725  T
Q  117 agagatgtttaagcgagtttgatataaataaattgatataccttcaagctatagttaaagaaacactaagattgtatccaccgggtcctctctccggacc 216  Q
    |||| ||| |||  ||||  |||||| | || ||| ||||||||||||| ||||| |||||||| ||||| || | |||||| |  |||||||| |||||    
T  4305726 agaggtgtgtaaaagagtcggatatagacaagttggtataccttcaagcgatagtcaaagaaaccctaaggttatgtccacccgcccctctctcaggacc 4305825  T
Q  217 acgtgaattctcagagaattgtaatttaggtggttatcaagttataaagggaactcgattaatcacaaatctttggaagatccaaacagatcctagtatt 316  Q
    |||||| ||| ||||||| |  ||||||||||||||| | || | ||| |||||| || ||||||  ||||| ||||||||||| || |||||||   ||    
T  4305826 acgtgagttcacagagaactcaaatttaggtggttatgatgtcaaaaaaggaactagactaatcatgaatctatggaagatccatactgatcctaaggtt 4305925  T
Q  317 tggctagatccattagagttcaaaccagaaaggtttcttaccactcataaagctgttgatgttagaggtaatcattttgaactattaccatttggaagtg 416  Q
    ||| |||| || |||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||| |||||||||||  ||| ||||||||||  ||||||||||||||||||    
T  4305926 tggttagaacctttagagttcaaaccagaacggtttcttactactcataaaggtgttgatgttaagggtcatcattttgagttattaccatttggaagtg 4306025  T
Q  417 gtagaaggaaatgtcctggaatatcgtttggacttcaaatggtgcatttcaccctagctagttttttgcattcctttgatatct 500  Q
    |||||||||  ||||| |||||||| | ||| |||||||||||||||||  |  | ||||||||||||||||||||||| ||||    
T  4306026 gtagaaggatttgtccaggaatatcttatggccttcaaatggtgcatttatctttggctagttttttgcattcctttgaaatct 4306109  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0408 (Bit Score: 55; Significance: 2e-22; HSPs: 1)
Name: scaffold0408
Description:

Target: scaffold0408; HSP #1
Raw Score: 55; E-Value: 2e-22
Query Start/End: Original strand, 290 - 452
Target Start/End: Original strand, 528 - 689
Alignment:
Q  290 tggaagatccaaacagatcctagtatttggctagatccattagagttcaaaccagaaaggtttcttaccactcataaagctgttgatgttagaggtaatc 389  Q
    |||||||||||||| || |||||  || |||  |||||||| |||||||| || |  || |||||||| |||||||||| |||||||||||  ||| |||    
T  528 tggaagatccaaactgaccctagcgtt-ggccggatccattggagttcaagcctgggagatttcttacaactcataaagatgttgatgttaagggtcatc 626  T
Q  390 attttgaactattaccatttggaagtggtagaaggaaatgtcctggaatatcgtttggacttc 452  Q
    |||||||  | ||||||||||||||||| |||||||  |||||||||||||| ||||| ||||    
T  627 attttgagtttttaccatttggaagtggaagaaggatttgtcctggaatatcctttggccttc 689  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University