View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF4166_high_3 (Length: 771)

Name: NF4166_high_3
Description: NF4166
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF4166_high_3
NF4166_high_3
[»] chr7 (1 HSPs)
chr7 (18-765)||(37183331-37184077)


Alignment Details
Target: chr7 (Bit Score: 698; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 698; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 18 - 765
Target Start/End: Complemental strand, 37184077 - 37183331
Alignment:
Q  18 cctgatcaccctcaattccttcttcgtctcccaagatagttttcttcaactgctcataatgtttttcgttctctacataatctggatccagtctaaatac 117  Q
    ||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37184077 cctgatcaccctcgatttcttcttcgtctcccaagatagttttcttcaactgctcataatgtttttcgttctctacataatctggatccagtctaaatac 37183978  T
Q  118 atcaagcgaaaactctggatctatactctcattctacgacacttcatgcgtcaactgatcctcctcgttcacgaggtctaattcaggtggaacagctgga 217  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37183977 atcaagcgaaaactctggatctatactctcattcaacgacacttcatgcgtcaactgatcctcctcgtccacgaggtctaattcaggtggaacagctgga 37183878  T
Q  218 tgactctgaaacctagtttttcttacagcaaataagtcttgaattagaaactgaacacgcttatcaacttcaccatataaaatccaacgaaaacgctcaa 317  Q
    | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37183877 taactctgaaacctagtttttcttacagcaaataagtcttgaattagaaactgaacacgcttatcaacttcaccatataaaatccaacgaaaacgctcaa 37183778  T
Q  318 atacagcatgaagggctttaggtgaaagattctgcaaagttgaaccgcattctataagaaaactaacagctacttcaagactatcatcaatagggttatc 417  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37183777 atacagcatgaagggctttaggtgaaagattctgcaaagttgaaccgcattctataagaaaactaacagctacttcaagactatcatcaatagggttatc 37183678  T
Q  418 aagcaaaaccgtgagtattaccaaagcaataatctcatgtgcaactagctgtttcaccaaatgtgctataaacttaacagtagcatgtaactgatgaggc 517  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37183677 aagcaaaaccgtgagtatttccaaagcaataatctcatgtgcaactagctgtttcaccaaatgtgctataaacttaacagtagcatgtaactgatgaggc 37183578  T
Q  518 ttgtcattcctatgataagcccttttgaattgcaaaacaattcttctgagtaaaagattaccgacttcaggaaacttggaatttacgaccgcaacaagcg 617  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37183577 ttgtcattcctatgataagcccatttgaattgcaaaacaattcttctgagtaaaagattaccgacttcaggaaacttggaatttacgaccgcaacaagcg 37183478  T
Q  618 cggcaaactcaatggtatact-cggataggccatctgtgagttcataagggatctgcagaagagacctctcccgcggatcaagttttgagaaaacaattc 716  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37183477 cggcaaactcaatggtatactccggataggccatctgtga--tcataagggatctgcagaagagccctctcccgcggatcaagttttgagaaaacaattc 37183380  T
Q  717 gggaacaatgtctgtgatatattccatggtcatgaccttgttgatgatg 765  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37183379 gggaacaatgtctgtgatatattccatggtcatgaccttgttgatgatg 37183331  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University