View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF4188_low_2 (Length: 461)

Name: NF4188_low_2
Description: NF4188
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF4188_low_2
NF4188_low_2
[»] chr7 (16 HSPs)
chr7 (11-446)||(22897021-22897456)
chr7 (11-446)||(22874680-22875115)
chr7 (11-446)||(22813779-22814214)
chr7 (11-446)||(22892705-22893140)
chr7 (11-446)||(22838804-22839239)
chr7 (11-446)||(22808372-22808807)
chr7 (11-446)||(22888050-22888485)
chr7 (11-446)||(22804088-22804523)
chr7 (11-446)||(22829783-22830218)
chr7 (170-446)||(22879389-22879665)
chr7 (11-313)||(22912550-22912852)
chr7 (11-122)||(22879668-22879779)
chr7 (336-405)||(22912452-22912521)
chr7 (276-313)||(22921065-22921102)
chr7 (276-313)||(22934489-22934526)
chr7 (86-174)||(22934299-22934387)
[»] chr1 (2 HSPs)
chr1 (11-446)||(21151527-21151962)
chr1 (86-174)||(7285387-7285475)


Alignment Details
Target: chr7 (Bit Score: 436; Significance: 0; HSPs: 16)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 436; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 11 - 446
Target Start/End: Complemental strand, 22897456 - 22897021
Alignment:
Q  11 atcatcaaaggtgttgctttgggtttgttttatctacacgaagaatgggagcaggttgtgattcatagagacataaaggctagcaatgtgttattagatg 110  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  22897456 atcatcaaaggtgttgctttgggtttgttttatctacacgaagaatgggagcaggttgtgattcatagagacataaaggctagcaatgtgttattagatg 22897357  T
Q  111 gtgaattgaatggtagattaggagattttggtcttgcaaggttgtatgatcatggtgctgatcctcacacaactcatttggttggaactgtagggtatct 210  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  22897356 gtgaattgaatggtagattaggagattttggtcttgcaaggttgtatgatcatggtgctgatcctcacacaactcatttggttggaactgtagggtatct 22897257  T
Q  211 agcacctgaacatactagaacaggtaaggctactaaattttctgatgtgttttcttttggtgcatttcttctcgaggttgcttgtggtagaaggcctatt 310  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  22897256 agcacctgaacatactagaacaggtaaggctactaaattttctgatgtgttttcttttggtgcatttcttctcgaggttgcttgtggtagaaggcctatt 22897157  T
Q  311 gaaaatgtagcggaaaatgaatgcgtaattttggttgattgtgtctttgagtgttggaaaaggggtaatattcttgaggcaaaagatgtaaatttgggga 410  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  22897156 gaaaatgtagcggaaaatgaatgcgtaattttggttgattgtgtctttgagtgttggaaaaggggtaatattcttgaggcaaaagatgtaaatttgggga 22897057  T
Q  411 caaactatgtgtctgaagaggttgaattggtgttga 446  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  22897056 caaactatgtgtctgaagaggttgaattggtgttga 22897021  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 284; E-Value: 1e-159
Query Start/End: Original strand, 11 - 446
Target Start/End: Complemental strand, 22875115 - 22874680
Alignment:
Q  11 atcatcaaaggtgttgctttgggtttgttttatctacacgaagaatgggagcaggttgtgattcatagagacataaaggctagcaatgtgttattagatg 110  Q
    |||||||||||||||||||  |||||| |||||||||| |||||||||||  | ||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||| ||||||     
T  22875115 atcatcaaaggtgttgcttcaggtttggtttatctacatgaagaatgggaaaaagttgtgattcatagagacataaaagctagtaatgtgttgttagatt 22875016  T
Q  111 gtgaattgaatggtagattaggagattttggtcttgcaaggttgtatgatcatggtgctgatcctcacacaactcatttggttggaactgtagggtatct 210  Q
     |||||| |||| |||||| ||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| | || |||||    
T  22875015 ctgaatttaatgctagattgggagattttggtctttcaaggttgcatgatcatggtgctgatcctcacacaactcatttggctggaactattggttatct 22874916  T
Q  211 agcacctgaacatactagaacaggtaaggctactaaattttctgatgtgttttcttttggtgcatttcttctcgaggttgcttgtggtagaaggcctatt 310  Q
     || || ||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  22874915 tgctccggaacatattagaactggtaaggctactaaattttctgatgtgttttcttttggtgcatttcttcttgaggttgcttgtggtagaaggcctatt 22874816  T
Q  311 gaaaatgtagcggaaaatgaatgcgtaattttggttgattgtgtctttgagtgttggaaaaggggtaatattcttgaggcaaaagatgtaaatttgggga 410  Q
    |  ||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  22874815 gccaatgtaggggaaaatgaatgtgtaattttggttgattgtgtatttgagtgttggaaaagaggtgatattcttgaggcaaaagatgtaaattttggga 22874716  T
Q  411 caaactatgtgtctgaagaggttgaattggtgttga 446  Q
    |||| ||||||||||||||||| |||||||| ||||    
T  22874715 caaattatgtgtctgaagaggtggaattggttttga 22874680  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 264; E-Value: 1e-147
Query Start/End: Original strand, 11 - 446
Target Start/End: Complemental strand, 22814214 - 22813779
Alignment:
Q  11 atcatcaaaggtgttgctttgggtttgttttatctacacgaagaatgggagcaggttgtgattcatagagacataaaggctagcaatgtgttattagatg 110  Q
    |||||||||||||||||||  ||| || ||||||| || |||||||||||| | ||||| || |||||||||||||| ||||| |||||||||||||||     
T  22814214 atcatcaaaggtgttgcttcaggtgtggtttatcttcatgaagaatgggagaaagttgttatccatagagacataaaagctagtaatgtgttattagatt 22814115  T
Q  111 gtgaattgaatggtagattaggagattttggtcttgcaaggttgtatgatcatggtgctgatcctcacacaactcatttggttggaactgtagggtatct 210  Q
     |||||| |||| |||||| ||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||  | || |||||    
T  22814114 ctgaatttaatgctagattgggagattttggtctttcaaggttgtatgaccatggtgcagatcctcacacaactcatttggctggaacaattggttatct 22814015  T
Q  211 agcacctgaacatactagaacaggtaaggctactaaattttctgatgtgttttcttttggtgcatttcttctcgaggttgcttgtggtagaaggcctatt 310  Q
     || |||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  22814014 tgctcctgaacatattagaacaggtaaggccactaaattttctgatatgttttcttttggtgcatttcttcttgaggttgcttgtggtagaaggcctatt 22813915  T
Q  311 gaaaatgtagcggaaaatgaatgcgtaattttggttgattgtgtctttgagtgttggaaaaggggtaatattcttgaggcaaaagatgtaaatttgggga 410  Q
       ||||| | |||||||||| | |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  22813914 tctaatgttggggaaaatgaaagtgtaattttggttgattgtgtatttgagtgttggaaaagaggtgatattcttgaggcaaaagatgtaaatttgggga 22813815  T
Q  411 caaactatgtgtctgaagaggttgaattggtgttga 446  Q
    |||| |||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  22813814 caaattatgtgtctgaagaggttgagttggtgttga 22813779  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 256; E-Value: 1e-142
Query Start/End: Original strand, 11 - 446
Target Start/End: Complemental strand, 22893140 - 22892705
Alignment:
Q  11 atcatcaaaggtgttgctttgggtttgttttatctacacgaagaatgggagcaggttgtgattcatagagacataaaggctagcaatgtgttattagatg 110  Q
    |||||||||||||||||||  ||  || ||||||| || |||||||||||| | ||||| ||||||||||||||||| ||||| |||||||| ||||||     
T  22893140 atcatcaaaggtgttgcttcaggcgtggtttatcttcatgaagaatgggagaaagttgtaattcatagagacataaaagctagtaatgtgttgttagatt 22893041  T
Q  111 gtgaattgaatggtagattaggagattttggtcttgcaaggttgtatgatcatggtgctgatcctcacacaactcatttggttggaactgtagggtatct 210  Q
     |||||| |||| |||||| ||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||| |||| |||||| |||||||||| ||||||| | || |||||    
T  22893040 ctgaatttaatgctagattgggagattttggtctttcaaggttgtatgaccatggtgcagatcatcacacgactcatttggctggaactattggttatct 22892941  T
Q  211 agcacctgaacatactagaacaggtaaggctactaaattttctgatgtgttttcttttggtgcatttcttctcgaggttgcttgtggtagaaggcctatt 310  Q
     || || ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  22892940 tgctccggaacatattagaacaggtaaggctactaaattttctgatgtgttttcttttggtgcatttcttcttgaggttgcttgtggtagaaggcctatt 22892841  T
Q  311 gaaaatgtagcggaaaatgaatgcgtaattttggttgattgtgtctttgagtgttggaaaaggggtaatattcttgaggcaaaagatgtaaatttgggga 410  Q
       ||||| | |||||||||| | |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  22892840 tctaatgttggggaaaatgaaagtgtaattttggttgattgtgtatttgagtgttggaaaagaggtgatattcttgaggcaaaagatgtaaatttgggga 22892741  T
Q  411 caaactatgtgtctgaagaggttgaattggtgttga 446  Q
    |||||| ||||||||||||||| || ||||||||||    
T  22892740 caaactttgtgtctgaagaggtggagttggtgttga 22892705  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 236; E-Value: 1e-130
Query Start/End: Original strand, 11 - 446
Target Start/End: Complemental strand, 22839239 - 22838804
Alignment:
Q  11 atcatcaaaggtgttgctttgggtttgttttatctacacgaagaatgggagcaggttgtgattcatagagacataaaggctagcaatgtgttattagatg 110  Q
    |||||||||||||||||||  |||||| ||||||| || |||||||||||| | ||||| || |||||||||||||| ||||| |||||||| ||||||     
T  22839239 atcatcaaaggtgttgcttcaggtttggtttatcttcatgaagaatgggagaaagttgttatccatagagacataaaagctagtaatgtgttgttagatt 22839140  T
Q  111 gtgaattgaatggtagattaggagattttggtcttgcaaggttgtatgatcatggtgctgatcctcacacaactcatttggttggaactgtagggtatct 210  Q
     |||||| |||| |||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| | || |||||    
T  22839139 ctgaatttaatgctagattgggagattttggtctttcaaggttgtatgatcatggtgctgatcctcacactactcatttggttggaacttttggttatct 22839040  T
Q  211 agcacctgaacatactagaacaggtaaggctactaaattttctgatgtgttttcttttggtgcatttcttctcgaggttgcttgtggtagaaggcctatt 310  Q
     || ||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||| ||||||||     
T  22839039 tgctcctgatcatattagaacaggtaaggctactaaattttctgatgtgttttcttttggtgcatttcttcttgaggttgtttgtggtaggaggcctata 22838940  T
Q  311 gaaaatgtagcggaaaatgaatgcgtaattttggttgattgtgtctttgagtgttggaaaaggggtaatattcttgaggcaaaagatgtaaatttgggga 410  Q
    |    |||||  ||| ||||  |  ||||| | ||||||||||| ||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  22838939 ggtcgtgtaggagaatatgagagtctaattctagttgattgtgtgtttgagtgttggaaaagaggtgatattcttgaggcaaaagatgtaaatttgggga 22838840  T
Q  411 caaactatgtgtctgaagaggttgaattggtgttga 446  Q
    || | ||||||||||||||||| || ||||||||||    
T  22838839 cagattatgtgtctgaagaggtggagttggtgttga 22838804  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 216; E-Value: 1e-118
Query Start/End: Original strand, 11 - 446
Target Start/End: Complemental strand, 22808807 - 22808372
Alignment:
Q  11 atcatcaaaggtgttgctttgggtttgttttatctacacgaagaatgggagcaggttgtgattcatagagacataaaggctagcaatgtgttattagatg 110  Q
    ||||||||||||||||| |  ||| || ||||||||||||||||||||||| | ||||| |||||| |||||||||||||||| |||||||| ||||||     
T  22808807 atcatcaaaggtgttgcgtcaggtgtggtttatctacacgaagaatgggagaaagttgtaattcatcgagacataaaggctagtaatgtgttgttagatt 22808708  T
Q  111 gtgaattgaatggtagattaggagattttggtcttgcaaggttgtatgatcatggtgctgatcctcacacaactcatttggttggaactgtagggtatct 210  Q
     |||||| |||| ||| || ||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| | || |||||    
T  22808707 ctgaatttaatgctaggttgggagattttggtctttcaaggttgtatgaccatggtgcagatcctcacacaactcatttggttggaactattggttatct 22808608  T
Q  211 agcacctgaacatactagaacaggtaaggctactaaattttctgatgtgttttcttttggtgcatttcttctcgaggttgcttgtggtagaaggcctatt 310  Q
     || ||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||| | ||||||||     
T  22808607 tgcccctgagcatattagaacaggtaaggctactaaattttctgatgtgttttcttttggtgcatttcttcttgaggttgtttgtggtcggaggcctata 22808508  T
Q  311 gaaaatgtagcggaaaatgaatgcgtaattttggttgattgtgtctttgagtgttggaaaaggggtaatattcttgaggcaaaagatgtaaatttgggga 410  Q
    |    ||| |  ||||||||  |  ||||| | ||||||| ||| ||||| ||||||||||| ||| | ||||||||||||||||||||| |||| || |    
T  22808507 ggtcgtgtgggagaaaatgagagtctaattctagttgattatgtgtttgaatgttggaaaagaggtgaaattcttgaggcaaaagatgtatatttaggaa 22808408  T
Q  411 caaactatgtgtctgaagaggttgaattggtgttga 446  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  22808407 caaattatgtgtctgaagaggttgaattggtgttga 22808372  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 208; E-Value: 1e-113
Query Start/End: Original strand, 11 - 446
Target Start/End: Complemental strand, 22888485 - 22888050
Alignment:
Q  11 atcatcaaaggtgttgctttgggtttgttttatctacacgaagaatgggagcaggttgtgattcatagagacataaaggctagcaatgtgttattagatg 110  Q
    |||||||||||||||||||  ||| || ||||||| || |||||||||||| | ||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||     
T  22888485 atcatcaaaggtgttgcttcaggtgtggtttatcttcatgaagaatgggagaaagttgttattcatagagacataaaggctagtaatgtgttgttagatt 22888386  T
Q  111 gtgaattgaatggtagattaggagattttggtcttgcaaggttgtatgatcatggtgctgatcctcacacaactcatttggttggaactgtagggtatct 210  Q
     || ||| |||| |||||| ||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| | || |||||    
T  22888385 ctggatttaatgctagattgggagattttggtctttcaaggttgcatgatcatggtgctgatcctcacacaactcatttggctggaactattggttatct 22888286  T
Q  211 agcacctgaacatactagaacaggtaaggctactaaattttctgatgtgttttcttttggtgcatttcttctcgaggttgcttgtggtagaaggcctatt 310  Q
     || |||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||| ||||||||     
T  22888285 tgctcctgaacatattagaagaggtaaggctactaaattttctgatgtgttttcttttggtgcatttcttcttgaggttgtttgtggtaggaggcctata 22888186  T
Q  311 gaaaatgtagcggaaaatgaatgcgtaattttggttgattgtgtctttgagtgttggaaaaggggtaatattcttgaggcaaaagatgtaaatttgggga 410  Q
    |    |||||  || |||||  |  ||||| | ||||||| ||| ||||| |||||| |||| ||| | ||||||||||||||||||||  |||| || |    
T  22888185 ggtcgtgtaggagacaatgagagtctaattctagttgattctgtgtttgaatgttggcaaagaggtgagattcttgaggcaaaagatgttcatttaggaa 22888086  T
Q  411 caaactatgtgtctgaagaggttgaattggtgttga 446  Q
    |||| ||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  22888085 caaattatgtgtctgaagaggtggaattggtgttga 22888050  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #8
Raw Score: 200; E-Value: 1e-109
Query Start/End: Original strand, 11 - 446
Target Start/End: Complemental strand, 22804523 - 22804088
Alignment:
Q  11 atcatcaaaggtgttgctttgggtttgttttatctacacgaagaatgggagcaggttgtgattcatagagacataaaggctagcaatgtgttattagatg 110  Q
    |||||||||||||||||||  | | || ||||||| ||||||||||||||| | ||||| || |||||||||||||| ||||| |||||||| ||||||     
T  22804523 atcatcaaaggtgttgcttcagctgtggtttatcttcacgaagaatgggagaaagttgttatccatagagacataaaagctagtaatgtgttgttagatt 22804424  T
Q  111 gtgaattgaatggtagattaggagattttggtcttgcaaggttgtatgatcatggtgctgatcctcacacaactcatttggttggaactgtagggtatct 210  Q
     |||||| |||| |||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| | || |||||    
T  22804423 ctgaatttaatgctagattgggagattttggtctttcaaggttgtatgatcatggtgctgatcctcacactactcatttggttggaacttttggttatct 22804324  T
Q  211 agcacctgaacatactagaacaggtaaggctactaaattttctgatgtgttttcttttggtgcatttcttctcgaggttgcttgtggtagaaggcctatt 310  Q
     || ||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||| ||||||||     
T  22804323 tgctcctgatcatattagaacaggtaaggctactaaattttctgatgtgttttcttttggtgcatttcttcttgaggttgtttgtggtaggaggcctata 22804224  T
Q  311 gaaaatgtagcggaaaatgaatgcgtaattttggttgattgtgtctttgagtgttggaaaaggggtaatattcttgaggcaaaagatgtaaatttgggga 410  Q
    |    |||||  || |||||  |  || || | ||||||  ||| ||||| |||| |||||| ||| | ||||||||||| ||||||||| |||| || |    
T  22804223 ggtcgtgtaggagagaatgagagtctagttctagttgatcatgtgtttgaatgtttgaaaagaggtgaaattcttgaggctaaagatgtatatttaggaa 22804124  T
Q  411 caaactatgtgtctgaagaggttgaattggtgttga 446  Q
    |||| ||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  22804123 caaattatgtgtctgaagaggtggaattggtgttga 22804088  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #9
Raw Score: 196; E-Value: 1e-106
Query Start/End: Original strand, 11 - 446
Target Start/End: Complemental strand, 22830218 - 22829783
Alignment:
Q  11 atcatcaaaggtgttgctttgggtttgttttatctacacgaagaatgggagcaggttgtgattcatagagacataaaggctagcaatgtgttattagatg 110  Q
    |||||||||||| |||| |  ||| || ||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||     
T  22830218 atcatcaaaggtattgcgtcaggtgtggtttatctacacgaagaatgggagaaagttgtgattcatagagacataaaggctagtaatgtgttgttagatt 22830119  T
Q  111 gtgaattgaatggtagattaggagattttggtcttgcaaggttgtatgatcatggtgctgatcctcacacaactcatttggttggaactgtagggtatct 210  Q
     |||||| |||   ||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||| ||||||| | || |||||    
T  22830118 ctgaatttaattcaagattgggagattttggtctttcaaggttgtatgatcacggtgcagatcctcacacaactcatttggctggaactattggttatct 22830019  T
Q  211 agcacctgaacatactagaacaggtaaggctactaaattttctgatgtgttttcttttggtgcatttcttctcgaggttgcttgtggtagaaggcctatt 310  Q
     || |||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||| |||||| |     
T  22830018 tgctcctgaacatattagaacaggtaaggctacaaaattttctgatgtgttttcttttggtgcatttcttcttgaggttgtttgtggtaggaggcctcta 22829919  T
Q  311 gaaaatgtagcggaaaatgaatgcgtaattttggttgattgtgtctttgagtgttggaaaaggggtaatattcttgaggcaaaagatgtaaatttgggga 410  Q
    |    |||||  || |||||  |  ||||| | ||||||| ||| ||||| |||||| |||| ||| | ||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  22829918 ggccgtgtaggagacaatgagagtctaattctagttgattatgtgtttgaatgttggcaaagaggtgagattcttgaggcaaaagatgtaaatttgggca 22829819  T
Q  411 caaactatgtgtctgaagaggttgaattggtgttga 446  Q
    |  | ||||||||||| ||||| || ||||||||||    
T  22829818 ctgattatgtgtctgaggaggtcgagttggtgttga 22829783  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #10
Raw Score: 177; E-Value: 3e-95
Query Start/End: Original strand, 170 - 446
Target Start/End: Complemental strand, 22879665 - 22879389
Alignment:
Q  170 gatcctcacacaactcatttggttggaactgtagggtatctagcacctgaacatactagaacaggtaaggctactaaattttctgatgtgttttcttttg 269  Q
    |||||||||| ||||||||||| ||||||| | || ||||| || | |||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||    
T  22879665 gatcctcacaaaactcatttggctggaactattggttatcttgctcatgaacatattagaacaggtaaggcgactaaattttctgatatgttttcttttg 22879566  T
Q  270 gtgcatttcttctcgaggttgcttgtggtagaaggcctattgaaaatgtagcggaaaatgaatgcgtaattttggttgattgtgtctttgagtgttggaa 369  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||| ||| |||||||||  ||||||| |||||||||||| ||||||||||||||| |||| ||||||||||||||    
T  22879565 gtgcatttcttcttgaggttgcttgtggaagagggcctattgctaatgtaggggaaaatgaatgtgtaattttggttgatagtgtgtttgagtgttggaa 22879466  T
Q  370 aaggggtaatattcttgaggcaaaagatgtaaatttggggacaaactatgtgtctgaagaggttgaattggtgttga 446  Q
    ||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  22879465 aagaggtgatattcttgaggcaaaagatgtaaatttggggacagattatgtgtctgaagaggtggaattggtgttga 22879389  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #11
Raw Score: 123; E-Value: 5e-63
Query Start/End: Original strand, 11 - 313
Target Start/End: Complemental strand, 22912852 - 22912550
Alignment:
Q  11 atcatcaaaggtgttgctttgggtttgttttatctacacgaagaatgggagcaggttgtgattcatagagacataaaggctagcaatgtgttattagatg 110  Q
    ||||| |||||||||||||  |||||||||||| |||| ||||||||||| || ||||| |||||||||||||| || ||||| ||||| ||||||||||    
T  22912852 atcattaaaggtgttgcttctggtttgttttatttacatgaagaatgggaacaagttgttattcatagagacattaaagctagtaatgttttattagatg 22912753  T
Q  111 gtgaattgaatggtagattaggagattttggtcttgcaaggttgtatgatcatggtgctgatcctcacacaactcatttggttggaactgtagggtatct 210  Q
    ||||| |||||||||||||||| ||||||||| |  |||| || |||||||||||  |||||||||| ||||| ||| | ||||||||  | || ||| |    
T  22912752 gtgaaatgaatggtagattaggtgattttggtttatcaagattatatgatcatggaactgatcctcaaacaacacatgttgttggaacacttggttattt 22912653  T
Q  211 agcacctgaacatactagaacaggtaaggctactaaattttctgatgtgttttcttttggtgcatttcttctcgaggttgcttgtggtagaaggcctatt 310  Q
    |||||| |||||||| ||||||||||| ||||| | |  ||||||||||| |||||||||||||||| | || ||||| | |||||||| ||| ||||||    
T  22912652 agcaccagaacatacaagaacaggtaaagctacaacaagttctgatgtgtattcttttggtgcatttttacttgaggtagtttgtggtaaaagacctatt 22912553  T
Q  311 gaa 313  Q
    |||    
T  22912552 gaa 22912550  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #12
Raw Score: 44; E-Value: 7e-16
Query Start/End: Original strand, 11 - 122
Target Start/End: Complemental strand, 22879779 - 22879668
Alignment:
Q  11 atcatcaaaggtgttgctttgggtttgttttatctacacgaagaatgggagcaggttgtgattcatagagacataaaggctagcaatgtgttattagatg 110  Q
    |||||||||||||||||||  ||| || ||||||| || ||| |||||||| | ||||| || |||||||||||||| ||||| |||||||| ||||||     
T  22879779 atcatcaaaggtgttgcttcaggtgtggtttatcttcatgaaaaatgggagaaagttgttatccatagagacataaaagctagtaatgtgttgttagatt 22879680  T
Q  111 gtgaattgaatg 122  Q
     |||||| ||||    
T  22879679 ctgaattcaatg 22879668  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #13
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 336 - 405
Target Start/End: Complemental strand, 22912521 - 22912452
Alignment:
Q  336 taattttggttgattgtgtctttgagtgttggaaaaggggtaatattcttgaggcaaaagatgtaaattt 405  Q
    ||||||||||||||| ||| | ||| ||||||||||| ||| | ||| ||||||| |||||||| |||||    
T  22912521 taattttggttgattatgtttatgattgttggaaaagaggtgagattattgaggctaaagatgtgaattt 22912452  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #14
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 276 - 313
Target Start/End: Complemental strand, 22921102 - 22921065
Alignment:
Q  276 ttcttctcgaggttgcttgtggtagaaggcctattgaa 313  Q
    ||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||    
T  22921102 ttcttctcgaggttgtttgtggaagaaggcctattgaa 22921065  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #15
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 276 - 313
Target Start/End: Original strand, 22934489 - 22934526
Alignment:
Q  276 ttcttctcgaggttgcttgtggtagaaggcctattgaa 313  Q
    ||||||||||||||||||| || |||||||||||||||    
T  22934489 ttcttctcgaggttgcttgcggaagaaggcctattgaa 22934526  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #16
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000006
Query Start/End: Original strand, 86 - 174
Target Start/End: Original strand, 22934299 - 22934387
Alignment:
Q  86 aaggctagcaatgtgttattagatggtgaattgaatggtagattaggagattttggtcttgcaaggttgtatgatcatggtgctgatcc 174  Q
    |||||||| |||||  | |||||| | ||| | ||||| |||||||| ||||||||  | |||||||||||||| ||||||||| ||||    
T  22934299 aaggctagtaatgttctcttagattgcgaactcaatggaagattaggtgattttggattggcaaggttgtatgaacatggtgctaatcc 22934387  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 204; Significance: 1e-111; HSPs: 2)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 204; E-Value: 1e-111
Query Start/End: Original strand, 11 - 446
Target Start/End: Original strand, 21151527 - 21151962
Alignment:
Q  11 atcatcaaaggtgttgctttgggtttgttttatctacacgaagaatgggagcaggttgtgattcatagagacataaaggctagcaatgtgttattagatg 110  Q
    |||||||||||||||||||   || || |||||||||| |||||||||||| | ||||| ||||||||||||||||| ||||| |||||||| ||||||     
T  21151527 atcatcaaaggtgttgcttcaagtgtggtttatctacatgaagaatgggagaaagttgtaattcatagagacataaaagctagtaatgtgttgttagatt 21151626  T
Q  111 gtgaattgaatggtagattaggagattttggtcttgcaaggttgtatgatcatggtgctgatcctcacacaactcatttggttggaactgtagggtatct 210  Q
     |||||| |||| |||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||| | || |||||    
T  21151627 ctgaatttaatgctagattgggagattttggtctttcaaggttgtatgatcatggtgcagatcctcacacaactcatttggctggaactattggttatct 21151726  T
Q  211 agcacctgaacatactagaacaggtaaggctactaaattttctgatgtgttttcttttggtgcatttcttctcgaggttgcttgtggtagaaggcctatt 310  Q
     || || ||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||| ||||||||     
T  21151727 tgctccggaacatattagaacaggtaaggctactaaatcttctgatgtgttttcttttggtgcatttcttcttgaggttgtttgtggtaggaggcctata 21151826  T
Q  311 gaaaatgtagcggaaaatgaatgcgtaattttggttgattgtgtctttgagtgttggaaaaggggtaatattcttgaggcaaaagatgtaaatttgggga 410  Q
    |   |||| |  || || ||  |  ||||| | ||||||| ||| ||||| ||||||||||| ||| | ||||||||||||||||||| | |||| || |    
T  21151827 ggtcatgtcggagacaacgagagtctaattctagttgattatgtgtttgaatgttggaaaagaggtgaaattcttgaggcaaaagatgcatatttaggaa 21151926  T
Q  411 caaactatgtgtctgaagaggttgaattggtgttga 446  Q
    |||| ||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  21151927 caaaatatgtgtctgaagaggtggaattggtgttga 21151962  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000006
Query Start/End: Original strand, 86 - 174
Target Start/End: Complemental strand, 7285475 - 7285387
Alignment:
Q  86 aaggctagcaatgtgttattagatggtgaattgaatggtagattaggagattttggtcttgcaaggttgtatgatcatggtgctgatcc 174  Q
    ||||||||||||||| | ||||||  |||| | ||||| |||||||  |||||| ||   |||||||||||||| ||||||||| ||||    
T  7285475 aaggctagcaatgtgcttttagattttgaactcaatggaagattagttgattttagttgggcaaggttgtatgaacatggtgctaatcc 7285387  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University