View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF4195_low_9 (Length: 371)

Name: NF4195_low_9
Description: NF4195
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF4195_low_9
NF4195_low_9
[»] chr4 (16 HSPs)
chr4 (19-363)||(5611939-5612283)
chr4 (26-349)||(5887742-5888065)
chr4 (26-360)||(5551580-5551914)
chr4 (26-356)||(5557345-5557675)
chr4 (46-356)||(3747347-3747657)
chr4 (46-348)||(5849521-5849822)
chr4 (46-361)||(5896581-5896896)
chr4 (26-356)||(5563130-5563460)
chr4 (26-279)||(5854565-5854818)
chr4 (104-327)||(5890824-5891047)
chr4 (26-356)||(5856481-5856811)
chr4 (47-356)||(5603849-5604158)
chr4 (26-351)||(5572675-5573000)
chr4 (26-351)||(5584882-5585207)
chr4 (26-297)||(253315-253587)
chr4 (296-363)||(5854491-5854563)
[»] chr8 (1 HSPs)
chr8 (26-326)||(1481570-1481870)
[»] chr2 (1 HSPs)
chr2 (212-270)||(43277546-43277604)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 305; Significance: 1e-171; HSPs: 16)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 305; E-Value: 1e-171
Query Start/End: Original strand, 19 - 363
Target Start/End: Original strand, 5611939 - 5612283
Alignment:
Q  19 attattcccttcaaatgaagaagcgtgaaatgactgaagttgagtacctgttgggatcttcccaaccaaatgattaaaggaaaggttcaaataagaaagg 118  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||    
T  5611939 attattcccttcaaatgaagaagcctgaaatgactgaagttgagtacctgttgggatcttcccaaccaaatgattgaaggaaagtttcaaataagaaagg 5612038  T
Q  119 aatgacatgcttgcaagttgcagaggaatttcaccgaccaaggagttgtttgagaggtccaaggactctaactgtttcaggttcgcaattgttgatggga 218  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||    
T  5612039 aatgacatgcttgcaagttgcagaggaatttcaccaaccaaggagttgtttgagaagtccaaggactctaactgtttcaggttcccaatagttgatggga 5612138  T
Q  219 tttcaccagagaaagcattgtttgaaaagttgagaacatggattgctttgaatttcatcagcacctctggtattggtccttcaaagtgattggatgagaa 318  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5612139 tttcacaagagaaagcattgtttgaaaagttgagaacatggattgctttgaatttcatcagcccctctggtattggtccttcaaagtgattggatgagaa 5612238  T
Q  319 atcaatggccgtgaagatttttagaattttaaccaacttcatctc 363  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5612239 atcaatggccatgaagatttttagaattttaaccaacttcatctc 5612283  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 224; E-Value: 1e-123
Query Start/End: Original strand, 26 - 349
Target Start/End: Complemental strand, 5888065 - 5887742
Alignment:
Q  26 ccttcaaatgaagaagcgtgaaatgactgaagttgagtacctgttgggatcttcccaaccaaatgattaaaggaaaggttcaaataagaaaggaatgaca 125  Q
    |||||||| ||||| || | ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||| ||||||||||||    
T  5888065 ccttcaaacgaagatgcttcaaatgactgaagttgggtacctgttgggatcttcccaaccaaatgattgaacgaaaggttcaaataacaaaggaatgaca 5887966  T
Q  126 tgcttgcaagttgcagaggaatttcaccgaccaaggagttgtttgagaggtccaaggactctaactgtttcaggttcgcaattgttgatgggatttcacc 225  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||| |||||||||||||    
T  5887965 tgcttgcaagttgcagaggaatttcaccaaccaaggagttgtttgagaggtccaaggactctaactgtttcaggtttgcaatagttaatgggatttcacc 5887866  T
Q  226 agagaaagcattgtttgaaaagttgagaacatggattgctttgaatttcatcagcacctctggtattggtccttcaaagtgattggatgagaaatcaatg 325  Q
    ||| ||| |||||||||||||||||| |||| ||| |||||| |||||||| ||||| ||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  5887865 agaaaaatcattgtttgaaaagttgaaaacaaggagtgctttaaatttcattagcacgtctggtatttgtccttcaaaatgattggatgagaaatcaatg 5887766  T
Q  326 gccgtgaagatttttagaatttta 349  Q
    || || |||||| |||||||||||    
T  5887765 gctgtaaagattgttagaatttta 5887742  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 223; E-Value: 1e-123
Query Start/End: Original strand, 26 - 360
Target Start/End: Original strand, 5551580 - 5551914
Alignment:
Q  26 ccttcaaatgaagaagcgtgaaatgactgaagttgagtacctgttgggatcttcccaaccaaatgattaaaggaaaggttcaaataagaaaggaatgaca 125  Q
    |||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  5551580 ccttcaaatgaagacgcttgaaatgactgaagttgagtacctgtagggatctttccaaccaaatgattgaaggaaaggttcaaataagaaaggaatgata 5551679  T
Q  126 tgcttgcaagttgcagaggaatttcaccgaccaaggagttgtttgagaggtccaaggactctaactgtttcaggttcgcaattgttgatgggatttcacc 225  Q
     |||||||||||||| ||| ||| |||| ||||||||||| ||||||||||| || ||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||    
T  5551680 agcttgcaagttgcacaggtattacaccaaccaaggagttatttgagaggtctaatgactctaactgtttcaggttcccaatagttgatgggatttcacc 5551779  T
Q  226 agagaaagcattgtttgaaaagttgagaacatggattgctttgaatttcatcagcacctctggtattggtccttcaaagtgattggatgagaaatcaatg 325  Q
     |||| | ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  5551780 ggagataccattgttcgaaaagttgagaacatggattgctttgaattccatcagaacctgtggtattggtccttcaaaatgattggatgagaaatcaatg 5551879  T
Q  326 gccgtgaagatttttagaattttaaccaacttcat 360  Q
    || |||||||||  |||||||||||| ||||||||    
T  5551880 gctgtgaagattgctagaattttaacaaacttcat 5551914  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 219; E-Value: 1e-120
Query Start/End: Original strand, 26 - 356
Target Start/End: Original strand, 5557345 - 5557675
Alignment:
Q  26 ccttcaaatgaagaagcgtgaaatgactgaagttgagtacctgttgggatcttcccaaccaaatgattaaaggaaaggttcaaataagaaaggaatgaca 125  Q
    |||||||||||||| || | ||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||| |||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  5557345 ccttcaaatgaagatgcttcaaatgactgaagttgggtacctgttgggatcatcccaactaaatgattgaaggagaggttcaaataagaaaggaatgaca 5557444  T
Q  126 tgcttgcaagttgcagaggaatttcaccgaccaaggagttgtttgagaggtccaaggactctaactgtttcaggttcgcaattgttgatgggatttcacc 225  Q
    |||||||||||||||  ||||||||||| ||||| ||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||    
T  5557445 tgcttgcaagttgcactggaatttcaccaaccaatgagttatttgagaggtccaaggactccaactgtttcaggttcccaatagttgatgggatttcacc 5557544  T
Q  226 agagaaagcattgtttgaaaagttgagaacatggattgctttgaatttcatcagcacctctggtattggtccttcaaagtgattggatgagaaatcaatg 325  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||| ||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||    
T  5557545 agagagagcattgtttgaaaagttgagaacatggattgctttgaagtccattagcacatctggtattggtccttcaaaatgattggatgagaagtcaatg 5557644  T
Q  326 gccgtgaagatttttagaattttaaccaact 356  Q
    |  || || ||| ||||||||||||||||||    
T  5557645 gttgtaaatattgttagaattttaaccaact 5557675  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 183; E-Value: 6e-99
Query Start/End: Original strand, 46 - 356
Target Start/End: Original strand, 3747347 - 3747657
Alignment:
Q  46 aaatgactgaagttgagtacctgttgggatcttcccaaccaaatgattaaaggaaaggttcaaataagaaaggaatgacatgcttgcaagttgcagagga 145  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||| |||||||| |||| ||| ||||||||||  |||    
T  3747347 aaatgactgaagttgcgtacctgttggaatcttcccaaccaaatgattgaaggagaggttcaaatatgaaaggaaggacaagctggcaagttgcatggga 3747446  T
Q  146 atttcaccgaccaaggagttgtttgagaggtccaaggactctaactgtttcaggttcgcaattgttgatgggatttcaccagagaaagcattgtttgaaa 245  Q
    |||||||| ||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||  | || |||||||| ||||||||||||| |   ||||||||||    
T  3747447 atttcaccaaccaatgagttatttgagaggtccaaggactctaactgtttcaagtttcctatagttgatggaatttcaccagagagattgttgtttgaaa 3747546  T
Q  246 agttgagaacatggattgctttgaatttcatcagcacctctggtattggtccttcaaagtgattggatgagaaatcaatggccgtgaagatttttagaat 345  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||  || |||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||| ||||||||| |||||||    
T  3747547 agttgagaacatggattgctttgaatttcattagcaccttcgggattggtccttcaaaatgattcgatgagaaatcaatggctgtgaagattgttagaat 3747646  T
Q  346 tttaaccaact 356  Q
    |||||| ||||    
T  3747647 tttaacaaact 3747657  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 179; E-Value: 2e-96
Query Start/End: Original strand, 46 - 348
Target Start/End: Complemental strand, 5849822 - 5849521
Alignment:
Q  46 aaatgactgaagttgagtacctgttgggatcttcccaaccaaatgattaaaggaaaggttcaaataagaaaggaatgacatgcttgcaagttgcagagga 145  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||  ||| | ||||||  |||| ||||    
T  5849822 aaatgactgaagttgggtacctgttgggatcttccccaccaaatgattgaaggataggttcaaataagaaaggaagaacaagtttgcaaactgcacagga 5849723  T
Q  146 atttcaccgaccaaggagttgtttgagaggtccaaggactctaactgtttcaggttcgcaattgttgatgggatttcaccagagaaagcattgtttgaaa 245  Q
    ||| |||| ||||| ||||| |||||||||||||||||||||| |||||||| |||  |||| |||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||    
T  5849722 att-caccaaccaaagagttatttgagaggtccaaggactctagctgtttcaagttttcaatagttgatgggatttcaccagaaaaaacattgtttgaaa 5849624  T
Q  246 agttgagaacatggattgctttgaatttcatcagcacctctggtattggtccttcaaagtgattggatgagaaatcaatggccgtgaagatttttagaat 345  Q
    ||||||||||||||||||| || |||||||| |||| |||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||    
T  5849623 agttgagaacatggattgccttaaatttcattagcaactctggtattggtccttcgaaatgattggatgagaaatcaatggctgtaaagatttttagaat 5849524  T
Q  346 ttt 348  Q
    |||    
T  5849523 ttt 5849521  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 176; E-Value: 1e-94
Query Start/End: Original strand, 46 - 361
Target Start/End: Complemental strand, 5896896 - 5896581
Alignment:
Q  46 aaatgactgaagttgagtacctgttgggatcttcccaaccaaatgattaaaggaaaggttcaaataagaaaggaatgacatgcttgcaagttgcagagga 145  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||| |||||||| ||||||||||| | ||| |||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||  |||    
T  5896896 aaatgactgaagttgggtacctgttggaatcttccccaccaaatgattgagggataggttcaaataagaaaggaatgacaaacttgcaagttgcaccgga 5896797  T
Q  146 atttcaccgaccaaggagttgtttgagaggtccaaggactctaactgtttcaggttcgcaattgttgatgggatttcaccagagaaagcattgtttgaaa 245  Q
    |||||||| ||||| ||||| ||||||||||||||||||||||  ||||||||||| ||||| |||||||| ||||||||| ||||| ||||||| ||||    
T  5896796 atttcaccaaccaaagagttatttgagaggtccaaggactctagttgtttcaggtttgcaatagttgatggaatttcaccatagaaaccattgttcgaaa 5896697  T
Q  246 agttgagaacatggattgctttgaatttcatcagcacctctggtattggtccttcaaagtgattggatgagaaatcaatggccgtgaagatttttagaat 345  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||| ||||| ||| | ||||||||||||||| || ||||| ||||||||||||||||| || |||||| ||| |||    
T  5896696 agttgagaaaatggattgctttgaattccatcaacacatgtggtattggtccttcgaaatgatttgatgagaaatcaatggctgtaaagattgttaaaat 5896597  T
Q  346 tttaaccaacttcatc 361  Q
    ||||| ||||| ||||    
T  5896596 tttaagcaactgcatc 5896581  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #8
Raw Score: 175; E-Value: 4e-94
Query Start/End: Original strand, 26 - 356
Target Start/End: Original strand, 5563130 - 5563460
Alignment:
Q  26 ccttcaaatgaagaagcgtgaaatgactgaagttgagtacctgttgggatcttcccaaccaaatgattaaaggaaaggttcaaataagaaaggaatgaca 125  Q
    |||||||| ||||| || | |||||| |||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||| | ||||||||||||  |||||||||||||||    
T  5563130 ccttcaaaggaagatgcttcaaatgattgaagttgggtacctgttgggatcttccccaccaaatgattgatggaaaggttcaagaaagaaaggaatgaca 5563229  T
Q  126 tgcttgcaagttgcagaggaatttcaccgaccaaggagttgtttgagaggtccaaggactctaactgtttcaggttcgcaattgttgatgggatttcacc 225  Q
     ||||||||  |||| |||||| | ||| ||||  ||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||| | || |||||||| ||||||||    
T  5563230 ggcttgcaatctgcacaggaatcttaccaaccagagagttatttgagaggtccaaggactccaactgtttcaggttcccgatagttgatggaatttcacc 5563329  T
Q  226 agagaaagcattgtttgaaaagttgagaacatggattgctttgaatttcatcagcacctctggtattggtccttcaaagtgattggatgagaaatcaatg 325  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||  | ||||||||| | ||||||||| | ||||| |||||||||||| ||||||||||| |||||||||    
T  5563330 agagagagcattgtttgaaaagttgagaacataaagtgctttgaagtccatcagcacatttggtagtggtccttcaaaatgattggatgataaatcaatg 5563429  T
Q  326 gccgtgaagatttttagaattttaaccaact 356  Q
    || ||||||||||||| ||||||||||||||    
T  5563430 gctgtgaagatttttaaaattttaaccaact 5563460  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #9
Raw Score: 154; E-Value: 1e-81
Query Start/End: Original strand, 26 - 279
Target Start/End: Complemental strand, 5854818 - 5854565
Alignment:
Q  26 ccttcaaatgaagaagcgtgaaatgactgaagttgagtacctgttgggatcttcccaaccaaatgattaaaggaaaggttcaaataagaaaggaatgaca 125  Q
    |||||||| ||||  || |||||||||||||||||||| ||||| |||||||| |||||||||| ||| |||||||||||||||||||| |||||  |||    
T  5854818 ccttcaaacgaagtcgcttgaaatgactgaagttgagttcctgtcgggatctttccaaccaaataattgaaggaaaggttcaaataagagaggaacaaca 5854719  T
Q  126 tgcttgcaagttgcagaggaatttcaccgaccaaggagttgtttgagaggtccaaggactctaactgtttcaggttcgcaattgttgatgggatttcacc 225  Q
     |||||| ||||||| ||| ||| |||| ||||||||||| ||||||||||| || ||||||||||||||||||||| | || |||||||||||||||||    
T  5854718 agcttgccagttgcacaggtattacaccaaccaaggagttatttgagaggtctaatgactctaactgtttcaggttcccgatagttgatgggatttcacc 5854619  T
Q  226 agagaaagcattgtttgaaaagttgagaacatggattgctttgaatttcatcag 279  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  5854618 agagaaagcattgtttgaaaagttgagaacatggactgctttgaatttcatcag 5854565  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #10
Raw Score: 144; E-Value: 1e-75
Query Start/End: Original strand, 104 - 327
Target Start/End: Complemental strand, 5891047 - 5890824
Alignment:
Q  104 ttcaaataagaaaggaatgacatgcttgcaagttgcagaggaatttcaccgaccaaggagttgtttgagaggtccaaggactctaactgtttcaggttcg 203  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||| ||||| ||||| |||||||||||||||||||||| |||||  ||| | |    
T  5891047 ttcaaataagaaaggaatgacatgcttgcaagctgcacaggaatttcaccaaccaaagagttatttgagaggtccaaggactctatctgttctaggcttg 5890948  T
Q  204 caattgttgatgggatttcaccagagaaagcattgtttgaaaagttgagaacatggattgctttgaatttcatcagcacctctggtattggtccttcaaa 303  Q
    |||| || || |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||| || |||||||||||||||||||||||    
T  5890947 caatagtggaggggatttcaccagaaaaagcattgtttgaaaagttgagaacatggactgctttaaatttcattaggacctctggtattggtccttcaaa 5890848  T
Q  304 gtgattggatgagaaatcaatggc 327  Q
     | |||||||||||||||||||||    
T  5890847 ataattggatgagaaatcaatggc 5890824  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #11
Raw Score: 131; E-Value: 7e-68
Query Start/End: Original strand, 26 - 356
Target Start/End: Original strand, 5856481 - 5856811
Alignment:
Q  26 ccttcaaatgaagaagcgtgaaatgactgaagttgagtacctgttgggatcttcccaaccaaatgattaaaggaaaggttcaaataagaaaggaatgaca 125  Q
    |||| ||| |||||| ||| |||||||||||||||||| |||||||| ||||||||  | |||||||| || || |||||||| ||||||||||||||||    
T  5856481 cctttaaaggaagaatcgtcaaatgactgaagttgagtgcctgttggaatcttccccgcgaaatgattgaatgagaggttcaagtaagaaaggaatgaca 5856580  T
Q  126 tgcttgcaagttgcagaggaatttcaccgaccaaggagttgtttgagaggtccaaggactctaactgtttcaggttcgcaattgttgatgggatttcacc 225  Q
      |||||||||||||  ||||||||||| | ||| ||||| ||||||||||| || ||||| |||||||||| |||  |||| |  ||||||||||||||    
T  5856581 gacttgcaagttgcatgggaatttcaccaatcaaagagttatttgagaggtctaatgactccaactgtttcaagtttccaatagaagatgggatttcacc 5856680  T
Q  226 agagaaagcattgtttgaaaagttgagaacatggattgctttgaatttcatcagcacctctggtattggtccttcaaagtgattggatgagaaatcaatg 325  Q
     |||| |  |||||||||||||||||||||||| | ||||||||| ||||||  | | |||||||||   |||||||| ||||||||||| |||||||||    
T  5856681 tgagagacaattgtttgaaaagttgagaacatgaagtgctttgaagttcatcgtcgcttctggtattttaccttcaaaatgattggatgataaatcaatg 5856780  T
Q  326 gccgtgaagatttttagaattttaaccaact 356  Q
    || ||||||||| ||||||| |||| |||||    
T  5856781 gctgtgaagattgttagaatcttaatcaact 5856811  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #12
Raw Score: 114; E-Value: 1e-57
Query Start/End: Original strand, 47 - 356
Target Start/End: Original strand, 5603849 - 5604158
Alignment:
Q  47 aatgactgaagttgagtacctgttgggatcttcccaaccaaatgattaaaggaaaggttcaaataagaaaggaatgacatgcttgcaagttgcagaggaa 146  Q
    |||||||||| ||| || ||||||| ||||||| |  ||||| ||||  |||| ||||||||  ||||||||||||||| ||||||||  |||| |||||    
T  5603849 aatgactgaatttgggtgcctgttgagatcttcaccgccaaacgattggaggagaggttcaaggaagaaaggaatgacaggcttgcaatctgcacaggaa 5603948  T
Q  147 tttcaccgaccaaggagttgtttgagaggtccaaggactctaactgtttcaggttcgcaattgttgatgggatttcaccagagaaagcattgtttgaaaa 246  Q
    || |||| ||||   |||| |||||||||||||| ||||| ||||||||||||||| |||  |||||||||||||||||| ||| | |||||||||||||    
T  5603949 ttccaccaaccagaaagttatttgagaggtccaaagactccaactgtttcaggttcccaacagttgatgggatttcaccatagagaccattgtttgaaaa 5604048  T
Q  247 gttgagaacatggattgctttgaatttcatcagcacctctggtattggtccttcaaagtgattggatgagaaatcaatggccgtgaagatttttagaatt 346  Q
    |||||||||||  | ||||||||| | ||| | ||||  ||||||||||||||||||    |||||||||||||||||| | ||| | ||| ||||||||    
T  5604049 gttgagaacataaagtgctttgaagtccattaccaccattggtattggtccttcaaaagagttggatgagaaatcaatgactgtgtaaattgttagaatt 5604148  T
Q  347 ttaaccaact 356  Q
    ||||||||||    
T  5604149 ttaaccaact 5604158  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #13
Raw Score: 94; E-Value: 8e-46
Query Start/End: Original strand, 26 - 351
Target Start/End: Complemental strand, 5573000 - 5572675
Alignment:
Q  26 ccttcaaatgaagaagcgtgaaatgactgaagttgagtacctgttgggatcttcccaaccaaatgattaaaggaaaggttcaaataagaaaggaatgaca 125  Q
    |||||||| |||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||| ||||    
T  5573000 ccttcaaaagaagaagactgaaatgactgaagttgagtacctgttgggatcttccccaccaaatgattgaaggaaaggttcaaatatgaaaggaaggaca 5572901  T
Q  126 tgcttgcaagttgcagaggaatttcaccgaccaaggagttgtttgagaggtccaaggactctaactgtttcaggttcgcaattgttgatgggatttcacc 225  Q
     |||| | || |||| ||||||||||||   ||| | ||| ||||||||||| |||||||| || ||||||| |||| | || |  |||||||||| |||    
T  5572900 agctttctagctgcacaggaatttcaccagtcaaagtgttatttgagaggtctaaggactccaattgtttcaagttccctatggaagatgggattttacc 5572801  T
Q  226 agagaaagcattgtttgaaaagttgagaacatggattgctttgaatttcatcagcacctctggtattggtccttcaaagtgattggatgagaaatcaatg 325  Q
     |||| |   |||||||||| ||||||||  |  | ||||||||| |||   |     | |||||| ||||||||||| ||||| |||||||| || |||    
T  5572800 tgagagacggttgtttgaaatgttgagaatgtaaagtgctttgaagttccctattgaatatggtataggtccttcaaaatgattcgatgagaagtcgatg 5572701  T
Q  326 gccgtgaagatttttagaattttaac 351  Q
    |  ||||||| | |||||||||||||    
T  5572700 gaagtgaagactgttagaattttaac 5572675  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #14
Raw Score: 94; E-Value: 8e-46
Query Start/End: Original strand, 26 - 351
Target Start/End: Complemental strand, 5585207 - 5584882
Alignment:
Q  26 ccttcaaatgaagaagcgtgaaatgactgaagttgagtacctgttgggatcttcccaaccaaatgattaaaggaaaggttcaaataagaaaggaatgaca 125  Q
    |||||||| |||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||| ||||    
T  5585207 ccttcaaaagaagaagactgaaatgactgaagttgagtacctgttgggatcttccccaccaaatgattgaaggaaaggttcaaatatgaaaggaaggaca 5585108  T
Q  126 tgcttgcaagttgcagaggaatttcaccgaccaaggagttgtttgagaggtccaaggactctaactgtttcaggttcgcaattgttgatgggatttcacc 225  Q
     |||| | || |||| ||||||||||||   ||| | ||| ||||||||||| |||||||| || ||||||| |||| | || |  |||||||||| |||    
T  5585107 agctttctagctgcacaggaatttcaccagtcaaagtgttatttgagaggtctaaggactccaattgtttcaagttccctatggaagatgggattttacc 5585008  T
Q  226 agagaaagcattgtttgaaaagttgagaacatggattgctttgaatttcatcagcacctctggtattggtccttcaaagtgattggatgagaaatcaatg 325  Q
     |||| |   |||||||||| ||||||||  |  | ||||||||| |||   |     | |||||| ||||||||||| ||||| |||||||| || |||    
T  5585007 tgagagacggttgtttgaaatgttgagaatgtaaagtgctttgaagttccctattgaatatggtataggtccttcaaaatgattcgatgagaagtcgatg 5584908  T
Q  326 gccgtgaagatttttagaattttaac 351  Q
    |  ||||||| | |||||||||||||    
T  5584907 gaagtgaagactgttagaattttaac 5584882  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #15
Raw Score: 60; E-Value: 2e-25
Query Start/End: Original strand, 26 - 297
Target Start/End: Complemental strand, 253587 - 253315
Alignment:
Q  26 ccttcaaatgaagaagcgtgaaatgactgaagttgagtacctgttgggatcttcccaaccaaatgattaaaggaaaggttc----aaataagaaaggaat 121  Q
    |||||||  |||||||| ||||||| |||||||||||||||||| || |||| ||| ||||||||||| ||||| ||||||    ||||||||||| |      
T  253587 ccttcaagggaagaagcttgaaatg-ctgaagttgagtacctgtgggaatctcccccaccaaatgattgaaggagaggttctaataaataagaaagaagg 253489  T
Q  122 gacatgcttgcaagttgcagaggaatttcaccgaccaaggagttgtttgagaggtccaaggactctaactgtttcaggttcgcaattgttgatgggattt 221  Q
    |||| |||| |||||| || ||||||||  |  || || ||||| ||||||||||| ||||||||||| ||||||| |||| | || |  || |||||||    
T  253488 gacaagcttccaagtttcacaggaattttgctaactaaagagttatttgagaggtctaaggactctaattgtttcaagttccctatagaagacgggattt 253389  T
Q  222 caccagagaaagcattgtttgaaaagttgagaacatggattgctttgaatttcatcagcacctctggtattggtcc 297  Q
    | || |||  | |||||||||||||||||||| |||  | | ||||||| | ||| |||| ||||||||| |||||    
T  253388 cgcctgag--accattgtttgaaaagttgagagcataaagttctttgaagtccattagcatctctggtatcggtcc 253315  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #16
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 296 - 363
Target Start/End: Complemental strand, 5854563 - 5854491
Alignment:
Q  296 ccttcaaagtgattggatgagaaatcaatggccgtgaagatttt-----tagaattttaaccaacttcatctc 363  Q
    ||||| || |||||||||||||||||||| || ||||||||| |     ||||||||||||||||||||||||    
T  5854563 ccttcgaaatgattggatgagaaatcaatcgctgtgaagattatattgttagaattttaaccaacttcatctc 5854491  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 165; Significance: 4e-88; HSPs: 1)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 165; E-Value: 4e-88
Query Start/End: Original strand, 26 - 326
Target Start/End: Original strand, 1481570 - 1481870
Alignment:
Q  26 ccttcaaatgaagaagcgtgaaatgactgaagttgagtacctgttgggatcttcccaaccaaatgattaaaggaaaggttcaaataagaaaggaatgaca 125  Q
    |||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||| ||| |||| ||||||||||| || || ||||||||||||||||| |||||||    
T  1481570 ccttcaaatgaagaagccggaaatgactgaagttgagtacctgttggaatcatccctaccaaatgattgaaagagaggttcaaataagaaagaaatgaca 1481669  T
Q  126 tgcttgcaagttgcagaggaatttcaccgaccaaggagttgtttgagaggtccaaggactctaactgtttcaggttcgcaattgttgatgggatttcacc 225  Q
    ||| | |||  |||| |||||||| ||||| ||| ||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||| || ||||||||||||||    
T  1481670 tgcatacaatctgcacaggaattttaccgaacaaagagttatttgagaggtctaaggactctaactgtttcaggttcccaatagtcgatgggatttcacc 1481769  T
Q  226 agagaaagcattgtttgaaaagttgagaacatggattgctttgaatttcatcagcacctctggtattggtccttcaaagtgattggatgagaaatcaatg 325  Q
     |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |  | ||| ||  ||||||||||   |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1481770 ggagaaagcattgtttgaaaagttgagaacatggagtgctttcagatccattagatcctctggtatcaatccttcaaagtgattggatgagaaatcaatg 1481869  T
Q  326 g 326  Q
    |    
T  1481870 g 1481870  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 35; Significance: 0.0000000001; HSPs: 1)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000001
Query Start/End: Original strand, 212 - 270
Target Start/End: Original strand, 43277546 - 43277604
Alignment:
Q  212 gatgggatttcaccagagaaagcattgtttgaaaagttgagaacatggattgctttgaa 270  Q
    |||||||||||||| ||||||  |||||||||||||||||||||||  | |||||||||    
T  43277546 gatgggatttcacctgagaaatgattgtttgaaaagttgagaacatatagtgctttgaa 43277604  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University