View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF4201-Insertion-1 (Length: 1098)

Name: NF4201-Insertion-1
Description: NF4201
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF4201-Insertion-1
NF4201-Insertion-1
[»] chr7 (1 HSPs)
chr7 (6-1060)||(43372129-43373188)
[»] chr1 (1 HSPs)
chr1 (723-917)||(24586168-24586361)


Alignment Details
Target: chr7 (Bit Score: 925; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 925; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 6 - 1060
Target Start/End: Complemental strand, 43373188 - 43372129
Alignment:
Q  6 caagtattctaggagtggagataatactcataactactctctagattttgactcactcgatgatttaggagattcagaccgggggaatgaggattcaagt 105  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43373188 caagtattctaggagtggagataatactcataactactctctcgattttgactcactcgatgatttaggagattcagaccgggggaatgaggattcaagt 43373089  T
Q  106 gttgggaattcattccgttatggaacattggcctctgcaaatgctggaggatcatgttcttattattccaacacgagaatgaattgtgatgagaaagaca 205  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43373088 gttgggaattcattccgttatggaacattggcctccgcaaatgctggaggatcatgttcttattattcaaacacgagaatgaattgtgatgagaaagaca 43372989  T
Q  206 tttgggtttaccacagctattgcatgcctgatgccgggcgttcgcatatggatgaatctaccacgtcttcttctgagccttatttatcacaaagtacaaa 305  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43372988 tttgggtttaccacagctattgcatgcctgatgctgggcgttcgcatatggatgaatctaccacgtcttcttctgagccttatttatcacaaagtacaaa 43372889  T
Q  306 gcgcagcatacttccatggaggaagaggaagtttaggggagagccattgttaaaaaaggcctatgctgaagacggcggggacgacatagattttgatcgc 405  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43372888 gcgcagcatacttccatggaggaagaggaagtttaggggagagccattgttaaaaaaggcctatgctgaagacggcggggacgacatagattttgatcgc 43372789  T
Q  406 cgacagcttagctctgaatctgatgaatccatctcttcgaaggtaagaactatttcttgcttgatactctttgcagtagctttacttttataataacagt 505  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43372788 cgacagcttagctctgaatctgatgaatccatctcttcgaaggtaagaactatttcttgcttgatactctttgcagtagctttacttttataataacagt 43372689  T
Q  506 tttagactagaagtgattgtaaactaatagaaatagaactttagtctataatctcttttattgaaagtaattatgctgtatttatttattttttgcttag 605  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||    
T  43372688 tttagactagtagtgattgtaaactaatagaaatagaactttagtctataatctcttttattgaaagtaattatgctgtattttttttttttttgcttag 43372589  T
Q  606 aaattagtaaaataaacttatgttgctcactgttattaattagtttannnnnnnattcactagtttcacaagactggggatacgccaatctctgaattcg 705  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||       ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43372588 aaattagtaaaataaacttatgttgctcactgttattaattagttta-ttttttattcactagtttcacaagactggggatacgccaatctctgaattcg 43372490  T
Q  706 gagatgatatgtttgttgttgggagttgggagcagaaagagatcactagccgcgatggtcagatgaagcttgagacacaagtcttctttgcatcaatcga 805  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43372489 gagatgatatgtttgttgttgggagttgggagcagaaagagatcactagccgcgatggtcagatgaagcttgagacacaagtcttctttgcatcaatcga 43372390  T
Q  806 tcaacgcagtgaacgcgcggcgggtgagagtgcatgtacagctcttgttgccgtaattgctgattgggttccagaactatcatgatttcatgcccctaaa 905  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43372389 tcaacgcagtgaacgcgcggcgggtgagagtgcatgtacagctcttgttgccgtaattgctgatt-ggttccagaactatcatgatttcatgcccctaaa 43372291  T
Q  906 gtcccagttcgacggtctaattcgag-aggctccctcagaatggagaaacctacgcgac-atgagacctgtagaaatcggttcccggacgggca-tttga 1002  Q
    |||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  43372290 gtcccagttcgacggtctaattcgagaaggct-cctcagaatggagaaatctacgcgacaatgagacctgtagaaatcggttcccggacgggcattttga 43372192  T
Q  1003 tctag-aacagtccttg-agcaaaaatacgt-cgc-ttctgttgtt-ctggcaaatccttcat 1060  Q
    ||||| ||||||||||| ||||||||||||| ||| |||||||||| ||||||||||||||||    
T  43372191 tctagaaacagtccttgaagcaaaaatacgtccgctttctgttgttcctggcaaatccttcat 43372129  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 71; Significance: 1e-31; HSPs: 1)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 71; E-Value: 1e-31
Query Start/End: Original strand, 723 - 917
Target Start/End: Complemental strand, 24586361 - 24586168
Alignment:
Q  723 gttgggagttgggagcagaaagagatcactagccgcgatggtcagatgaagcttgagacacaagtcttctttgcatcaatcgatcaacgcagtgaacgcg 822  Q
    ||||| |||||||||||||||||  | |  ||||| || || || ||||| ||| ||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||| |    
T  24586361 gttggcagttgggagcagaaagaagtaatgagccgtgacggccacatgaaacttcagacacaagtcttctttgcctcaattgatcaacgcagtgaacgtg 24586262  T
Q  823 cggcgggtgagagtgcatgtacagctcttgttgccgtaattgctgattgggttccagaactatcatgatttcatgcccctaaagtcccagttcga 917  Q
    | || ||||||||||| || |||||||||||||| ||||||||||||| ||||||| ||| | |  ||  | |||||| ||||||||||||||||    
T  24586261 cagcaggtgagagtgcttgcacagctcttgttgctgtaattgctgatt-ggttccaaaacaaccgcgacctaatgcccataaagtcccagttcga 24586168  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University