View Alignment
This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.
| Legend |
| | Query |
| | Query hiting target |
| Query hiting target's complemental strand |
| | Query's complemental strand hiting target |
| Query's complemental strand hiting target's complemental strand |
|
Alignment Overview
Query: NF4204_high_1 (Length: 691)
Name: NF4204_high_1
Description: NF4204
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)
| [»] NF4204_high_1 |
 | |
|
Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 589; Significance: 0; HSPs: 4)
Name: chr3
Description:
Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 589; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 19 - 677
Target Start/End: Original strand, 35542242 - 35542897
Alignment:
| Q |
19 |
ttacttaggagcaatcaaatataaactaaacaatacatttgataaaaatccaccaccagagacatttccaaaggattacgacatatttaaaaatccaatt |
118 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |
|
|
| T |
35542242 |
ttacttaggagcaatcaaatataaactaaacaatacatttgataaaaatccaccaccagagacatttccaaaggattacgacatatttaaaaatccagtt |
35542341 |
T |
|
| Q |
119 |
aatccaaatacaactactggtaacggtgtttacatgtttaataaagatgagattgttgatgtgatactacagaatgcaaaccagttacatgggaatggta |
218 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
35542342 |
aatccaaatacaactaccggtaacggtgtttacatgtttaataaagatgagattgttgatgtgatactacagaatgcaaaccagttacatgggaatggta |
35542441 |
T |
|
| Q |
219 |
gtgaaattcatccatggcatttgcatggacatgatttttgggttttgggatatggagaagggaaattcaaaccacgtgatgcgaaaagtttcaatttgac |
318 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
35542442 |
gtgaaattcatccatggcatttgcatggacatgatttttgggttttgggatatggagaagggaaattcaaaccacttgatgcgaaaagtttcaatttgac |
35542541 |
T |
|
| Q |
319 |
acgcgcacctttgaggaacactgtggttgtatttccgtatggttggactgcattaaggtttaaggcagataaccctggtgtttgggcatttcattgtcac |
418 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
35542542 |
acgcgcacctttgaggaacaccgtggttgtatttccgtatggttggactgcattaaggtttaaggcagataaccctggtgtttgggcatttcattgtcac |
35542641 |
T |
|
| Q |
419 |
attgaaccacatttgcatatgggaatgggtgttatttttgctgaggctgttcataaaattaggaaagtacctacagaagctcttacttgtggtgctacag |
518 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
35542642 |
attgaaccacatttgcatatgggaatgggtgttatttttgctgaaggtgttcataaaattaggaaagtacctacagaagctcttacttgtggtgctacag |
35542741 |
T |
|
| Q |
519 |
ccaagatgttcctaaatgatactctacactaagattagttactcatgtcaaaccctaatttcctaagagtgtttttctttctttctactctaagtagtta |
618 |
Q |
| |
|
|||||||| ||||||||||||| || || | ||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||| |
|
|
| T |
35542742 |
ccaagatgctcctaaatgatacccttcattgagactagttactcatgtcaaaccttaatttcctaagagtgattttctttctttctactcta---agtta |
35542838 |
T |
|
| Q |
619 |
tcatcaatttatgggtggttttgttgagttattgttatccattgtttctctagtattat |
677 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
35542839 |
tcatcaatttatgggtggttttgttgagttattgttatccattgtttctctagtattat |
35542897 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 370; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 20 - 604
Target Start/End: Original strand, 35527745 - 35528332
Alignment:
| Q |
20 |
tacttaggagcaatcaaatataaactaaacaatacatttgataaaaatccaccaccagagacatttccaaaggattacgacatatttaaaaatccaatta |
119 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||| ||| ||||| ||| |||||||||| ||| ||| |
|
|
| T |
35527745 |
tacttaggagcaatcaaatataaactaaacaatacatttgatagaaatccaccaccagagagattcccattggatttcgatatatttaaaactccggtta |
35527844 |
T |
|
| Q |
120 |
atccaaatacaactactggtaacggtgtttacatgtttaataaagatgagattgttgatgtgatactacagaatgcaaaccagttacatgggaatggtag |
219 |
Q |
| |
|
|||||| ||||| || |||||||||||||||| |||| | ||||| ||||||||||||||||||| ||||||||| ||| | | |||| ||| |
|
|
| T |
35527845 |
atccaagtacaataaccggtaacggtgtttacacgtttcagttgaatgaggttgttgatgtgatactacaaaatgcaaacatgttgaaagagaatactag |
35527944 |
T |
|
| Q |
220 |
tgaaattcatccatggcatttgcatggacatgatttttgggttttgggatatggagaagggaaattcaaaccacgtg---atgcgaaaagtttcaatttg |
316 |
Q |
| |
|
|||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||| ||| || ||||||||| ||||| |
|
|
| T |
35527945 |
tgaagttcatccatggcatttacatggacatgatttttgggttttgggatatggtgaagggaaatttgaaccaggtgttcatcagaaaagtttgaattta |
35528044 |
T |
|
| Q |
317 |
acacgcgcacctttgaggaacactgtggttgtatttccgtatggttggactgcattaaggtttaaggcagataaccctggtgtttgggcatttcattgtc |
416 |
Q |
| |
|
||||| || |||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
35528045 |
acacgtgcgcctttgaggaacactgcagttatatttccgtatggttggactgcattaaggtttaaggcagataaccctggtgtttgggcatttcattgtc |
35528144 |
T |
|
| Q |
417 |
acattgaaccacatttgcatatgggaatgggtgttatttttgctgaggctgttcataaaattaggaaagtacctacagaagctcttacttgtggtgctac |
516 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
35528145 |
acattgaaccacatttgcatatgggaatgggtgttatttttgctgaaggtgttcataaaattaggaaagtacctacagaagctcttacttgtggtgctac |
35528244 |
T |
|
| Q |
517 |
agccaagatgttcctaaatgatactctacactaagattagttactcatgtcaaaccctaatttcctaagagtgtttttctttctttct |
604 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||| ||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
35528245 |
agccaagatgttcctaaacgataccctacactaagactagttactcatgtcaaaccctaatttcctaagagtgtttttctttctttct |
35528332 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 320; E-Value: 1e-180
Query Start/End: Original strand, 19 - 533
Target Start/End: Original strand, 35509547 - 35510064
Alignment:
| Q |
19 |
ttacttaggagcaatcaaatataaactaaacaatacatttgataaaaatccaccaccagagacatttccaaaggattacgacatatttaaaaatccaatt |
118 |
Q |
| |
|
|||||||||| |||| |||| ||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||| |||||||||||||||||| | |
|
|
| T |
35509547 |
ttacttaggatcaattaaatttaacctaaaaaatacatttgataaaaatccaccaccagagagatttccaatggattatgacatatttaaaaatccagtg |
35509646 |
T |
|
| Q |
119 |
aatccaaatacaactactggtaacggtgtttacatgtttaataaagatgagattgttgatgtgatactacagaatgcaaaccagttacatgggaatggta |
218 |
Q |
| |
|
|||||||| |||||||| || || |||||||||| ||| | ||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||| |
|
|
| T |
35509647 |
aatccaaacacaactaccggcaatggtgtttacacgttccagttgaatgaggttgttgatgtgatactacaaaatgcaaaccagttaaatgggaatggta |
35509746 |
T |
|
| Q |
219 |
gtgaaattcatccatggcatttgcatggacatgatttttgggttttgggatatggagaagggaaattcaaaccacg---tgatgcgaaaagtttcaattt |
315 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||| | |||| | ||||| || |||||||||||| |
|
|
| T |
35509747 |
gtgaaattcatccatggcatttgcatggacatgatttttgggttttgggatatggtgaagggagatttagaccaggagttgatgagagaagtttcaattt |
35509846 |
T |
|
| Q |
316 |
gacacgcgcacctttgaggaacactgtggttgtatttccgtatggttggactgcattaaggtttaaggcagataaccctggtgtttgggcatttcattgt |
415 |
Q |
| |
|
|||||| ||||||||||||||||||| ||| ||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
35509847 |
gacacgtgcacctttgaggaacactgcagttatatttccatatggttggactgcactaaggtttaaggcagataatcctggtgtttgggcatttcattgt |
35509946 |
T |
|
| Q |
416 |
cacattgaaccacatttgcatatgggaatgggtgttatttttgctgaggctgttcataaaattaggaaagtacctacagaagctcttacttgtggtgcta |
515 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||| ||||||||||| |||||||||| |
|
|
| T |
35509947 |
cacattgaaccacatttgcatatgggaatgggtgttatttttgctgaggctgttcataaagttaggaacatacctaaagaagctcttaaatgtggtgcta |
35510046 |
T |
|
| Q |
516 |
cagccaagatgttcctaa |
533 |
Q |
| |
|
||||| |||||||||||| |
|
|
| T |
35510047 |
cagcctagatgttcctaa |
35510064 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 107; E-Value: 3e-53
Query Start/End: Original strand, 253 - 534
Target Start/End: Original strand, 35953808 - 35954092
Alignment:
| Q |
253 |
tttttgggttttgggatatggagaagggaaattcaaaccacgtg---atgcgaaaagtttcaatttgacacgcgcacctttgaggaacactgtggttgta |
349 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| | ||| ||| ||| | | ||| | ||| | || | ||| |||||||||| ||| | |
|
|
| T |
35953808 |
tttttgggttttgggatatggagaaaggaaattcaaactaggtgttgatgagaagaaatgtaatctaacaagtgcgcgtttaaggaacactgcagttaca |
35953907 |
T |
|
| Q |
350 |
tttccgtatggttggactgcattaaggtttaaggcagataaccctggtgtttgggcatttcattgtcacattgaaccacatttgcatatgggaatgggtg |
449 |
Q |
| |
|
||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||| |
|
|
| T |
35953908 |
tttccatatggttggactgcattaaggtttaaggcagataatcctggagtttgggcatttcattgtcatgttgaaccacatttgcatatggaaatgggtg |
35954007 |
T |
|
| Q |
450 |
ttatttttgctgaggctgttcataaaattaggaaagtacctacagaagctcttacttgtggtgctacagccaagatgttcctaaa |
534 |
Q |
| |
|
|||| |||||||| | |||| |||||||| ||||| |||| ||||| |||| | |||||| ||| |||| |||| ||||||||| |
|
|
| T |
35954008 |
ttatatttgctgatggtgtttataaaatttggaaaataccgacagacactctaaattgtggcgctccagcgaagaagttcctaaa |
35954092 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
© Oklahoma State University