View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF4217_low_1 (Length: 580)

Name: NF4217_low_1
Description: NF4217
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF4217_low_1
NF4217_low_1
[»] chr8 (8 HSPs)
chr8 (1-460)||(38300927-38301386)
chr8 (1-458)||(38309569-38310026)
chr8 (1-453)||(38317580-38318035)
chr8 (12-457)||(38306838-38307277)
chr8 (2-460)||(38314171-38314630)
chr8 (10-460)||(38321684-38322128)
chr8 (3-455)||(38326389-38326841)
chr8 (524-572)||(38301450-38301498)
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (1-346)||(38849411-38849756)


Alignment Details
Target: chr8 (Bit Score: 448; Significance: 0; HSPs: 8)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 448; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 460
Target Start/End: Original strand, 38300927 - 38301386
Alignment:
Q  1 cattgcttcccttttcacgtgtgaaatataataggaattgaaagtgcaccatcaacagcttgttaatgaaactgggaaatctgaacttgatgtttactta 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38300927 cattgcttcccttttcacgtgtgaaatataataggaattgaaagtgcaccatcaacagcttgttactgaaactgggaaatctgaacttgatgtttactta 38301026  T
Q  101 gatgagtcaaatttggattttcgttgtgatgaagatatggatgtattacagtggtggaagagtaataataatcgatttccagatctatcaatattggctt 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38301027 gatgagtcaaatttggattttcgttgtgatgaagatatggatgtattacagtggtggaagagtaataataatcgatttccagatctatcaatattggctt 38301126  T
Q  201 gcgacttgttaagtgttcccattaccaccgtcgcttccgattttgagttttgcatgggctcatgcgtctttaacaagtataaagatcgtatgttgccgat 300  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38301127 gcgacttgttaagtgttcccattaccaccgtcgcttccgattttgagttttgcatgggctcacgcgtctttaacaagtataaagatcgtatgttgccgat 38301226  T
Q  301 gaatgtggaaactagaatgtgtactcgcacctggttgcacaattttgttaacaatggtaatttatggaatttgaatgtaaatagatatgattttattggt 400  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38301227 gaatgtggaaactagaatgtgtactcgcacctggttgcacaattttgttaataatggtaatttatggaatttgaatgtaaatagatatgattttattggt 38301326  T
Q  401 ttgataaccactgttcaattgaattataaacctcttcaattatgatatgtagatggagaa 460  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38301327 ttgataaccactgttcaattgaattataaacctcttcaattatgatatgtagatggagaa 38301386  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 298; E-Value: 1e-167
Query Start/End: Original strand, 1 - 458
Target Start/End: Original strand, 38309569 - 38310026
Alignment:
Q  1 cattgcttcccttttcacgtgtgaaatataataggaattgaaagtgcaccatcaacagcttgttaatgaaactgggaaatctgaacttgatgtttactta 100  Q
    |||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |  |||||||||| ||||||||  |||||| |||||||||||||||||    
T  38309569 cattgctttccttttcacgtgtgagatataataggaattgaaagtgcaccaacggcagcttgttactgaaactgaaaaatctcaacttgatgtttactta 38309668  T
Q  101 gatgagtcaaatttggattttcgttgtgatgaagatatggatgtattacagtggtggaagagtaataataatcgatttccagatctatcaatattggctt 200  Q
    |||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||  |||| |    
T  38309669 gatgagtcaaatttggattttcattgttatgaagatatggatgtattacagtggtggaagagaaataataatcgatttccggatctatcaattctggcct 38309768  T
Q  201 gcgacttgttaagtgttcccattaccaccgtcgcttccgattttgagttttgcatgggctcatgcgtctttaacaagtataaagatcgtatgttgccgat 300  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||| ||||| || |||||||||||||||||||||||| | || |||||||| |||||||||||||||||||| |     
T  38309769 gcgacttgttaagttttcccattaccactgtcgcatctgattttgagttttgcatgggctcacgtgtgtttaacaaatataaagatcgtatgttgccaaa 38309868  T
Q  301 gaatgtggaaactagaatgtgtactcgcacctggttgcacaattttgttaacaatggtaatttatggaatttgaatgtaaatagatatgattttattggt 400  Q
     ||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||  ||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||| |||| |    
T  38309869 taatgtggaaactagaatatgtactcgcacttggttgcacaattttgttggcaatggtaatttatgtaatttgaatgtaaatatatatgatttaattgtt 38309968  T
Q  401 ttgataaccactgttcaattgaattataaacctcttcaattatgatatgtagatggag 458  Q
    |||||| ||||||||||||| |||||| | |||| |||||||||||||||||||||||    
T  38309969 ttgatagccactgttcaatttaattattatcctcctcaattatgatatgtagatggag 38310026  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 234; E-Value: 1e-129
Query Start/End: Original strand, 1 - 453
Target Start/End: Original strand, 38317580 - 38318035
Alignment:
Q  1 cattgcttcccttttcacgtgtgaaatataataggaattgaaagtgcaccatcaacagcttgttaatgaaactgggaaatctgaacttgatgtttactta 100  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |  |||||||||| ||||||| | |||||| |||||||||||||||||    
T  38317580 cattgctttccttttcacgtgtgaaatataataggaattgaaagtgcaccaacggcagcttgttactgaaactagaaaatctcaacttgatgtttactta 38317679  T
Q  101 gatgagtcaaatttggattttcgttgtgatgaagatatggatgtattacagtggtggaagagtaataataatcgatttccagatctatcaatattggctt 200  Q
    |||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||    
T  38317680 gatgagtcaaatttggattttcattgttatgaagatatggatgtattacaatggtggaagagaaataataatcgatttccggatctatcaatattagctt 38317779  T
Q  201 gcgacttgttaagtgttcccattaccaccgtcgcttccgattttgagttttgcatgggctcatgcgtctttaacaagtataaagatcgtatgttgccgat 300  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||| || ||||| |||| ||| ||||||||||| ||| | ||||||||||||||| ||||||||| | |||| |     
T  38317780 gcgacttgttaagtgttcccattgccactgttgcttctgattctgaattttgcatgggttcacgtgtctttaacaagtatgaagatcgtacgctgcccac 38317879  T
Q  301 gaatgtggaaactagaatgtgtactcgcacctggttgcacaattttgttaacaatggtaat---ttatggaatttgaatgtaaatagatatgattttatt 397  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||  |||||  |||||||||| | | ||||||||    ||||   ||| |||||||||| |||||||| ||||    
T  38317880 gaatgtggaaactagaatctgtactcgcagttggttatacaattttgtaagcgatggtaatctactatgttctttaaatgtaaataaatatgattgtatt 38317979  T
Q  398 ggtttgataaccactgttcaattgaattataaacctcttcaattatgatatgtaga 453  Q
      | ||||||||| || ||||||  ||||| ||||||||||||| |||||||||||    
T  38317980 cttctgataaccagtggtcaattttattattaacctcttcaattgtgatatgtaga 38318035  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 227; E-Value: 1e-125
Query Start/End: Original strand, 12 - 457
Target Start/End: Original strand, 38306838 - 38307277
Alignment:
Q  12 ttttcacgtgtgaaatataataggaattgaaagtgcaccatcaacagcttgttaatgaaactgggaaatctgaacttgatgtttacttagatgagtcaaa 111  Q
    ||||||| ||||||||| |||||||||||||| || | ||||||||||||||||  |||||||  || ||| |||||||||||||||||||||||||| |    
T  38306838 ttttcacttgtgaaatacaataggaattgaaaatgaaacatcaacagcttgttaccgaaactgaaaagtctcaacttgatgtttacttagatgagtcaga 38306937  T
Q  112 tttggattttcgttgtgatgaagatatggatgtattacagtggtggaagagtaataataatcgatttccagatctatcaatattggcttgcgacttgtta 211  Q
    ||||| ||||| |||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||| ||||||| |||||||||    
T  38306938 tttgggttttctttgtaatgaagatatggatgtattacaatggtggaagagtaataatgatcgatatccagatctatcaatactggcttgtgacttgtta 38307037  T
Q  212 agtgttcccattaccaccgtcgcttccgattttgagttttgcatgggctcatgcgtctttaacaagtataaagatcgtatgttgccgatgaatgtggaaa 311  Q
    ||||||||||||||||| || ||||| |||||||| ||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  38307038 agtgttcccattaccactgtggcttctgattttgaattttgcatgggctcacgcgtgtttaacaagtataaagatcgtatgttgccgatggatgtggaaa 38307137  T
Q  312 ctagaatgtgtactcgcacctggttgcacaattttgttaacaatggtaatttatggaatttgaatgtaaatagatatgattttattggtttgataaccac 411  Q
    ||||||| ||| ||||||  ||| || ||||||| ||||   |||||||| | || |||||||||||      |||||||| | ||| ||||||||||||    
T  38307138 ctagaatttgtgctcgcagttggctgtacaatttcgttagtgatggtaatctgtgtaatttgaatgt------atatgattctgttgttttgataaccac 38307231  T
Q  412 tgttcaattgaattataaacctcttcaattatgatatgtagatgga 457  Q
    || ||||||  ||| | |||||||||||||||||| ||||||||||    
T  38307232 tggtcaattacattgttaacctcttcaattatgatttgtagatgga 38307277  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 204; E-Value: 1e-111
Query Start/End: Original strand, 2 - 460
Target Start/End: Original strand, 38314171 - 38314630
Alignment:
Q  2 attgcttcccttttcacgtgtgaaatataataggaattgaaagtgcaccatcaacagcttgttaatgaaactgggaaatctgaacttgatgtttacttag 101  Q
    ||||||| | |||| || |||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||| | ||||||| || |||||||||||||||||||| |    
T  38314171 attgctttctttttaacttgtgaaatataatatgaattgaaaatgcaccatcaacagcttgttactaaaactggaaagtctgaacttgatgtttactttg 38314270  T
Q  102 atgagtcaaatttggattttcgttgtgatgaagatatggatgtattacagtggtggaagagtaataataatcgatttccagatctatcaatattggcttg 201  Q
    | |||||| ||||| ||||| ||| | |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||   ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38314271 acgagtcagatttgaattttggttcttatgaagatatggatgtattacaatggtggaagagtaattcaaatcgatttccagatctatcaatattggcttg 38314370  T
Q  202 cgacttgttaagtgttcccattaccaccgtcgcttccgattttgagttttgcatgggctcatgcgtctttaacaagtataaagatcgtatgttgccgatg 301  Q
    |||||||||||||||||||||| |||| || ||||| |||||||| ||||||||||||||| | || || ||||||||||||||||| ||||| || |||    
T  38314371 cgacttgttaagtgttcccattgccacagtggcttctgattttgaattttgcatgggctcacgtgtgttaaacaagtataaagatcgcatgttaccaatg 38314470  T
Q  302 aatgtggaaactagaatgtgtactcgcacctggttgcacaattttgttaacaatggtaatttatggaatttgaatgtaaatagatatgattttattggtt 401  Q
     |||||||||||||||| || |||||||  ||| || ||||||||||||   |||||||| |||  ||||| ||||| |||| | || | | ||||| ||    
T  38314471 gatgtggaaactagaatttgcactcgcagttggctgtacaattttgttagtgatggtaatctatctaatttaaatgtgaatataaataagtgtattgttt 38314570  T
Q  402 tgataacca-ctgttcaattgaattataaacctcttcaattatgatatgtagatggagaa 460  Q
    ||||||||| |||   |||| | |||| || |||||| ||||||||||||||||||||||    
T  38314571 tgataaccacctgggtaatttagttattaatctcttcgattatgatatgtagatggagaa 38314630  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 196; E-Value: 1e-106
Query Start/End: Original strand, 10 - 460
Target Start/End: Original strand, 38321684 - 38322128
Alignment:
Q  10 ccttttcacgtgtgaaatataataggaattgaaagtgcaccatcaacagcttgttaatgaaactgggaaatctgaacttgatgtttacttagatgagtca 109  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||||||   |||||| | ||||||||||      |||| |||||  |||||||| ||||||||| |||||||    
T  38321684 ccttttcacttgtgaaatataataggaattgaaaactcaccatgagcagcttgtta------ctggaaaatcccaacttgatatttacttagctgagtca 38321777  T
Q  110 aatttggattttcgttgtgatgaagatatggatgtattacagtggtggaagagtaataataatcgatttccagatctatcaatattggcttgcgacttgt 209  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| | |||||||    
T  38321778 aatttggattttcgttgttatgaagatatggatgtattacagtggtggaagagtaataataatcgatttccagatctttcaatattggctcgagacttgt 38321877  T
Q  210 taagtgttcccattaccaccgtcgcttccgattttgagttttgcatgggctcatgcgtctttaacaagtataaagatcgtatgttgccgatgaatgtgga 309  Q
    ||||||||||| ||| |||  ||||||| ||||| || |||||||| ||||    ||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||    
T  38321878 taagtgttcccgttaacactatcgcttctgatttggatttttgcataggcttgcacgtttttaacaagtataaagatcgtatgttaccgatgaatttgga 38321977  T
Q  310 aactagaatgtgtactcgcacctggttgcacaattttgttaacaatggtaatttatggaatttgaatgtaaatagatatgattttattggtttgataacc 409  Q
      ||||| | ||||||||||  |||||| |||||||||||  | |||||||| || | ||||| | |||||||| |||||||| ||||| |||| ||||     
T  38321978 tgctagattttgtactcgcaattggttgtacaattttgttcgcgatggtaatctacgtaatttaagtgtaaatacatatgattgtattgttttggtaact 38322077  T
Q  410 actgttcaattgaattataaacctcttcaattatgatatgtagatggagaa 460  Q
    | |  ||| || |||||| ||||| |||||||||||||||||| |||||||    
T  38322078 agttgtcactttaattattaaccttttcaattatgatatgtagttggagaa 38322128  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #7
Raw Score: 169; E-Value: 2e-90
Query Start/End: Original strand, 3 - 455
Target Start/End: Original strand, 38326389 - 38326841
Alignment:
Q  3 ttgcttcccttttcacgtgtgaaatataataggaattgaaagtgcaccatcaacagcttgttaatgaaactgggaaatctgaacttgatgtttacttaga 102  Q
    |||||| ||||||||| |||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||      |||| || ||| |||||||||||||||| ||    
T  38326389 ttgctttccttttcacttgtgaaatgtaataggaattgaaaatgcaccatcaacaacttgtta------ctggaaagtctcaacttgatgtttacttgga 38326482  T
Q  103 tgagtcaaatttggattttcgttgtgatgaagatatggatgtattacagtggtggaagagtaataataatcgatttccagatctatcaatattggcttgc 202  Q
    ||| |||| |||||||||||||||| ||||||| |||||||||||| | ||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||| ||||||||     
T  38326483 tgaatcaagtttggattttcgttgttatgaagacatggatgtattagaatggtggaagagtaattataattgatttccagatctatcaattttggcttgt 38326582  T
Q  203 gacttgttaagtgttcccattaccaccgtcgcttccgattttgagttttgcatgggctcatgcgtctttaacaagtataaagatcgtatgttgccgatga 302  Q
    ||||||||||||||||||||| |||| ||||| || ||||| || |||||||||||  || |||| ||| | ||||||||||| | |||| |||| ||||    
T  38326583 gacttgttaagtgttcccattgccactgtcgcatctgatttggaattttgcatgggtgcacgcgtatttgaaaagtataaagaccttatgctgcctatga 38326682  T
Q  303 atgtggaaactagaatgtgtactcgcacctggttgcacaattttgttaacaatggtaatttatg------gaatttgaatgtaaatagatatgattttat 396  Q
    |||||||| | ||||| |||||| |||  |||||| |||||||||| | |||||||| ||||||       ||||| |||||| ||| || | | | | |    
T  38326683 atgtggaagccagaatctgtacttgcagttggttgtacaattttgtcagcaatggtactttatgtaatttaaattttaatgtatatatatgtaactgtgt 38326782  T
Q  397 tggtttgataaccactgttcaattgaattataaacctcttcaattatgatatgtagatg 455  Q
    || |||||||||||| | || ||| |||||| ||||||||||||| |||||||||||||    
T  38326783 tgttttgataaccacaggtctatttaattattaacctcttcaattttgatatgtagatg 38326841  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #8
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000006
Query Start/End: Original strand, 524 - 572
Target Start/End: Original strand, 38301450 - 38301498
Alignment:
Q  524 gaatcggataactcgtcaaattgttatgatttcagtgatggtgatgatg 572  Q
    |||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  38301450 gaattggataactcgtcaaatggttatgatttcagtgatggtgatgatg 38301498  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 210; Significance: 1e-115; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 210; E-Value: 1e-115
Query Start/End: Original strand, 1 - 346
Target Start/End: Complemental strand, 38849756 - 38849411
Alignment:
Q  1 cattgcttcccttttcacgtgtgaaatataataggaattgaaagtgcaccatcaacagcttgttaatgaaactgggaaatctgaacttgatgtttactta 100  Q
    ||||| || ||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||   ||||||| || ||| |||||||||||||||||    
T  38849756 cattggtttccttttcacttgtgaaatgtaataggaattgaaagtgcaccatcagcagcttgttaccaaaactggaaagtctcaacttgatgtttactta 38849657  T
Q  101 gatgagtcaaatttggattttcgttgtgatgaagatatggatgtattacagtggtggaagagtaataataatcgatttccagatctatcaatattggctt 200  Q
    |||||||||  |||||||||||||||| ||| ||| |||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||| |    
T  38849656 gatgagtcagttttggattttcgttgttatgcagaaatggatgtattacaatggtggaagagtaataatgatcgatttccggatctatcaatattggcct 38849557  T
Q  201 gcgacttgttaagtgttcccattaccaccgtcgcttccgattttgagttttgcatgggctcatgcgtctttaacaagtataaagatcgtatgttgccgat 300  Q
    ||||||||||||||||||||||| || | || ||||| |||| ||| ||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38849556 gcgacttgttaagtgttcccattgccgctgtagcttctgattctgaattttgcatgggctcacgtgtctttaacaagtataaagatcgtatgttgccgat 38849457  T
Q  301 gaatgtggaaactagaatgtgtactcgcacctggttgcacaatttt 346  Q
    |||||||||| ||||||| ||||||||||  |||||| ||||||||    
T  38849456 gaatgtggaagctagaatttgtactcgcagttggttgtacaatttt 38849411  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University