View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF4225_high_1 (Length: 568)

Name: NF4225_high_1
Description: NF4225
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF4225_high_1
NF4225_high_1
[»] chr1 (3 HSPs)
chr1 (44-554)||(52173919-52174429)
chr1 (449-554)||(49710780-49710885)
chr1 (452-554)||(49683173-49683275)
[»] chr7 (14 HSPs)
chr7 (23-554)||(31595167-31595698)
chr7 (23-554)||(31576110-31576641)
chr7 (23-554)||(31608370-31608901)
chr7 (46-554)||(31604776-31605284)
chr7 (50-554)||(31618380-31618884)
chr7 (44-554)||(31614651-31615154)
chr7 (44-554)||(31585520-31586030)
chr7 (33-546)||(31541140-31541650)
chr7 (33-552)||(31572441-31572956)
chr7 (28-540)||(31438609-31439121)
chr7 (33-434)||(31532595-31532993)
chr7 (33-333)||(33304766-33305068)
chr7 (387-543)||(33305100-33305256)
chr7 (365-486)||(21898213-21898334)
[»] chr4 (2 HSPs)
chr4 (28-540)||(15062956-15063468)
chr4 (411-532)||(29083976-29084098)
[»] scaffold0394 (1 HSPs)
scaffold0394 (429-540)||(2066-2177)
[»] chr6 (5 HSPs)
chr6 (365-484)||(31189590-31189709)
chr6 (419-484)||(31145532-31145597)
chr6 (419-484)||(31171845-31171910)
chr6 (449-498)||(31201383-31201432)
chr6 (411-483)||(30955236-30955308)


Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 359; Significance: 0; HSPs: 3)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 359; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 44 - 554
Target Start/End: Original strand, 52173919 - 52174429
Alignment:
Q  44 gataaattaggccaaggaggatatggtgttgtatacaaagcaattttatccgatggtcgtcaagtggcagtgaaagtaataaacgaatcaaaaggaaatg 143  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| | ||||||||||||||||| || |||||||||||||| | ||| ||  |||    
T  52173919 gataaattaggccaaggaggatatggtgttgtatacaaagcaagtttacctgatggtcgtcaagtggctgttaaagtaataaacgagttaaagggggatg 52174018  T
Q  144 gggaagaattcataaatgaagttgctagcattagtagaacatcacacacgaacattgtgtcccttgtaggctattgttatgaggggaacaaaagagcact 243  Q
    | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||| ||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  52174019 gagaagaattcataaatgaagttgctagcattagtagaacatcacacgtgaacattgtgtcacttttaggctattgttatgaggtgaacaaaagagcact 52174118  T
Q  244 aatatatgagttcatgccccaaggatcattggataagttcatctataaaagtggatttcctcaagctgtttgtgattttcattggaacacttttttccaa 343  Q
    ||||||||| ||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||    
T  52174119 aatatatgaattcatgcgccaaggatcattggatcagttcatctataaaagtggattttctgaagctgtttgtgattttaattggaacactttgttccaa 52174218  T
Q  344 attacacttggcattgctagaggactagagtacttgcatcaaggatgtagttcaaggattctgcatcttgatatcaaacctcaaaacattcttttggacg 443  Q
    ||| || |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |    
T  52174219 attgcaattggcattgctaaaggactagagtacttgcatcaaggatgtagttcaaggattttgcatcttgatatcaaacctcaaaacattattttggatg 52174318  T
Q  444 aagacttttgtccaaaaatttctgattttggactagcaaaaatttgtcaaaggaaggatagtattgtttcaatacttggtacaagaggaactataggata 543  Q
    |||||||||| |||||||| |||||||| |||||||||||||| || ||||||||||||||| |||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  52174319 aagacttttgcccaaaaatatctgatttcggactagcaaaaatatgccaaaggaaggatagtgttgtgtcaatacttggcacaagaggaactataggata 52174418  T
Q  544 tatggctccag 554  Q
    |||||| ||||    
T  52174419 tatggcgccag 52174429  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000003
Query Start/End: Original strand, 449 - 554
Target Start/End: Original strand, 49710780 - 49710885
Alignment:
Q  449 ttttgtccaaaaatttctgattttggactagcaaaaatttgtcaaaggaaggatagtattgtttcaatacttggtacaagaggaactataggatatatgg 548  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||| || ||||| |||| ||| || || || ||||| |||||| ||||| |||| |||||   ||||||||| |    
T  49710780 ttttgtccaaaaatttcagattttggacttgctaaaatatgtctaagaaaagaaagcattgtatcaatatttggtgcaaggggaacaccaggatatattg 49710879  T
Q  549 ctccag 554  Q
    ||||||    
T  49710880 ctccag 49710885  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000005
Query Start/End: Original strand, 452 - 554
Target Start/End: Original strand, 49683173 - 49683275
Alignment:
Q  452 tgtccaaaaatttctgattttggactagcaaaaatttgtcaaaggaaggatagtattgtttcaatacttggtacaagaggaactataggatatatggctc 551  Q
    |||||||||||||| ||||||||||| || ||||| |||| ||| || || || ||||| |||||| ||||| |||| || ||   ||||||||| ||||    
T  49683173 tgtccaaaaatttcagattttggacttgctaaaatatgtccaagaaaagaaagcattgtatcaatatttggtgcaagggggacaccaggatatattgctc 49683272  T
Q  552 cag 554  Q
    |||    
T  49683273 cag 49683275  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 340; Significance: 0; HSPs: 14)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 340; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 23 - 554
Target Start/End: Complemental strand, 31595698 - 31595167
Alignment:
Q  23 aggagcacagactcatttcgggataaattaggccaaggaggatatggtgttgtatacaaagcaattttatccgatggtcgtcaagtggcagtgaaagtaa 122  Q
    |||| |||| ||||||| || |||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||| |||| | ||||||||||||||||||||||||||||    
T  31595698 aggatcacaaactcattccgtgataaattaggccacggaggatatggtgttgtgtacaaagcaagtttaacggatggtcgtcaagtggcagtgaaagtaa 31595599  T
Q  123 taaacgaatcaaaaggaaatggggaagaattcataaatgaagttgctagcattagtagaacatcacacacgaacattgtgtcccttgtaggctattgtta 222  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||| ||| |||| ||||||||    
T  31595598 taaacgagtcaaaaggaaatggggaagagttcataaatgaagttgctagcatcagtagaacatcacacatgaacattgtgtcacttttaggttattgtta 31595499  T
Q  223 tgaggggaacaaaagagcactaatatatgagttcatgccccaaggatcattggataagttcatctataaaagtggatttcctcaagctgtttgtgatttt 322  Q
     ||||  || |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| | || || |||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||    
T  31595498 cgaggcaaataaaagagcactaatatatgagttcatgcccaaaggatcactagacaaattcatctataaaagtggatttcctgacgctgtttgtgatttt 31595399  T
Q  323 cattggaacacttttttccaaattacacttggcattgctagaggactagagtacttgcatcaaggatgtagttcaaggattctgcatcttgatatcaaac 422  Q
     ||| ||||||||| ||||||||| |  | ||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  31595398 gattcgaacactttgttccaaattgctatcggcattgctagaggtttagagtacttgcatcaaggatgtagttcaaggatactgcatcttgatatcaaac 31595299  T
Q  423 ctcaaaacattcttttggacgaagacttttgtccaaaaatttctgattttggactagcaaaaatttgtcaaaggaaggatagtattgtttcaatacttgg 522  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||| ||| ||||||||||| |||||||  ||    
T  31595298 ctcaaaacattcttttggacgaaaacttttgcccaaaaatctctgattttggactagcaaaaatatgtcaaatgaatgatagtattgtgtcaataccggg 31595199  T
Q  523 tacaagaggaactataggatatatggctccag 554  Q
     |||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  31595198 gacaagaggaactataggatatatggcgccag 31595167  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 336; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 23 - 554
Target Start/End: Complemental strand, 31576641 - 31576110
Alignment:
Q  23 aggagcacagactcatttcgggataaattaggccaaggaggatatggtgttgtatacaaagcaattttatccgatggtcgtcaagtggcagtgaaagtaa 122  Q
    |||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||   ||||||||||||||||| ||||||||||    
T  31576641 aggatcacaaactcatttcgggataaattaggccaaggaggatatggtgttgtttacaaagcaagtttaattgatggtcgtcaagtggcggtgaaagtaa 31576542  T
Q  123 taaacgaatcaaaaggaaatggggaagaattcataaatgaagttgctagcattagtagaacatcacacacgaacattgtgtcccttgtaggctattgtta 222  Q
    |||| ||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||| |||||| ||||||    
T  31576541 taaatgaatccaaaggaaatggagaagaattcataaatgaagttgctagcattagtcgaacatcacacatgaacattgtgtcccttttaggcttttgtta 31576442  T
Q  223 tgaggggaacaaaagagcactaatatatgagttcatgccccaaggatcattggataagttcatctataaaagtggatttcctcaagctgtttgtgatttt 322  Q
    ||||| | |||||||||||||||||||||| ||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| | ||| |||||||||||    
T  31576441 tgaggtggacaaaagagcactaatatatgaattcatgcccaatggatcattggataagttcatctataaaagtgaatttcctaacgctatttgtgatttt 31576342  T
Q  323 cattggaacacttttttccaaattacacttggcattgctagaggactagagtacttgcatcaaggatgtagttcaaggattctgcatcttgatatcaaac 422  Q
     ||||||||||||| ||||||||  || |||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  31576341 gattggaacactttgttccaaatagcaattggcattgctagaggtctagagtacttgcaccaaggatgcagttcaaggattctgcatcttgatataaaac 31576242  T
Q  423 ctcaaaacattcttttggacgaagacttttgtccaaaaatttctgattttggactagcaaaaatttgtcaaaggaaggatagtattgtttcaatacttgg 522  Q
    ||||||||||||||||||| || || ||||| |||||||| ||||||||||||||||| ||||| || |||| ||||||||||||||| |||||| | ||    
T  31576241 ctcaaaacattcttttggatgatgatttttgcccaaaaatctctgattttggactagcgaaaatatgccaaaagaaggatagtattgtgtcaatattagg 31576142  T
Q  523 tacaagaggaactataggatatatggctccag 554  Q
      |||||||||| |||||||||||||| ||||    
T  31576141 ggcaagaggaacaataggatatatggcaccag 31576110  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 324; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 23 - 554
Target Start/End: Complemental strand, 31608901 - 31608370
Alignment:
Q  23 aggagcacagactcatttcgggataaattaggccaaggaggatatggtgttgtatacaaagcaattttatccgatggtcgtcaagtggcagtgaaagtaa 122  Q
    |||| |||| |||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||| |||| | ||||||||||||||||||||||||||||    
T  31608901 aggatcacaaactcatttcgagataaattaggccatggaggatatggtgttgtgtacaaagcaagtttaacggatggtcgtcaagtggcagtgaaagtaa 31608802  T
Q  123 taaacgaatcaaaaggaaatggggaagaattcataaatgaagttgctagcattagtagaacatcacacacgaacattgtgtcccttgtaggctattgtta 222  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||  |||||||||||| ||  |||| | ||||||    
T  31608801 taaacgagtcaaaaggaaatggggaagagttcataaatgaagttgctagcatcagtagaacatcacacctgaacattgtgtcactcttaggtttttgtta 31608702  T
Q  223 tgaggggaacaaaagagcactaatatatgagttcatgccccaaggatcattggataagttcatctataaaagtggatttcctcaagctgtttgtgatttt 322  Q
    ||||| ||| |||||||| ||||||||||| | ||||||| |||||||  ||||||||||||||||||| |||||||||||| | |||||||||||||||    
T  31608701 tgaggtgaataaaagagcgctaatatatgaatacatgcccaaaggatccctggataagttcatctataagagtggatttcctgacgctgtttgtgatttt 31608602  T
Q  323 cattggaacacttttttccaaattacacttggcattgctagaggactagagtacttgcatcaaggatgtagttcaaggattctgcatcttgatatcaaac 422  Q
     ||||||||||||| |||||| || |  | |||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||    
T  31608601 gattggaacactttgttccaagttgctatcggcattgctagaggtctcgagtacttgcatcaaggatgtagttcaaggatactacatcttgatatcaaac 31608502  T
Q  423 ctcaaaacattcttttggacgaagacttttgtccaaaaatttctgattttggactagcaaaaatttgtcaaaggaaggatagtattgtttcaatacttgg 522  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||| || ||||| |||||||||||||| |||||||| |||||| | ||    
T  31608501 ctcaaaacattcttttggatgaagacttttgtccaaaaatatctgattttggacttgctaaaatatgtcaaaggaaggacagtattgtgtcaatattggg 31608402  T
Q  523 tacaagaggaactataggatatatggctccag 554  Q
     ||| |||||||||||||||||||||| ||||    
T  31608401 gacacgaggaactataggatatatggcgccag 31608370  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 321; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 46 - 554
Target Start/End: Complemental strand, 31605284 - 31604776
Alignment:
Q  46 taaattaggccaaggaggatatggtgttgtatacaaagcaattttatccgatggtcgtcaagtggcagtgaaagtaataaacgaatcaaaaggaaatggg 145  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||   ||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||| |||||||||||     
T  31605284 taaattaggccaaggaggatatggtgttgtttacaaagcaagtttaattgatggtcgtcaagtggcggtgaaagtaataaatgaatccaaaggaaatgga 31605185  T
Q  146 gaagaattcataaatgaagttgctagcattagtagaacatcacacacgaacattgtgtcccttgtaggctattgttatgaggggaacaaaagagcactaa 245  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||| |||||| ||||||||||| | |||||||||||||||    
T  31605184 gaagaattcataaatgaagttgctagcattagtcgaacatcacacatgaacattgtgtcccttttaggcttttgttatgaggtggacaaaagagcactaa 31605085  T
Q  246 tatatgagttcatgccccaaggatcattggataagttcatctataaaagtggatttcctcaagctgtttgtgattttcattggaacacttttttccaaat 345  Q
    ||||||| ||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| | ||| ||||||||||| ||||||||||||| ||||||||    
T  31605084 tatatgaattcatgcccaatggatcattggataagttcatctataaaagtgaatttcctaacgctatttgtgattttgattggaacactttgttccaaat 31604985  T
Q  346 tacacttggcattgctagaggactagagtacttgcatcaaggatgtagttcaaggattctgcatcttgatatcaaacctcaaaacattcttttggacgaa 445  Q
      || |||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||     
T  31604984 agcaattggcattgctagaggtctagagtacttgcaccaaggatgcagttcaaggattctgcatcttgatataaaacctcaaaacattcttttggatgat 31604885  T
Q  446 gacttttgtccaaaaatttctgattttggactagcaaaaatttgtcaaaggaaggatagtattgtttcaatacttggtacaagaggaactataggatata 545  Q
    || ||||| |||||||| ||||||||||||||||| ||||| || |||| ||||||||||||||| |||||| | ||  |||||||||| ||||||||||    
T  31604884 gatttttgcccaaaaatctctgattttggactagcgaaaatatgccaaaagaaggatagtattgtgtcaatattaggggcaagaggaacaataggatata 31604785  T
Q  546 tggctccag 554  Q
    |||| ||||    
T  31604784 tggcaccag 31604776  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 289; E-Value: 1e-162
Query Start/End: Original strand, 50 - 554
Target Start/End: Complemental strand, 31618884 - 31618380
Alignment:
Q  50 ttaggccaaggaggatatggtgttgtatacaaagcaattttatccgatggtcgtcaagtggcagtgaaagtaataaacgaatcaaaaggaaatggggaag 149  Q
    |||||||||||||| ||||||||||| |||||||||| |||||   || ||||||||||||||||||||||||||| |||  |||| |||||||| ||||    
T  31618884 ttaggccaaggagggtatggtgttgtctacaaagcaagtttatataatagtcgtcaagtggcagtgaaagtaataagcgagacaaagggaaatggagaag 31618785  T
Q  150 aattcataaatgaagttgctagcattagtagaacatcacacacgaacattgtgtcccttgtaggctattgttatgaggggaacaaaagagcactaatata 249  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| | |||||||||||| ||| |||| |||||||| || | |||||||||||| ||||||||    
T  31618784 aattcataaatgaagttgctagcattagtaggacatcacatatgaacattgtgtcgcttttaggatattgttacgaagagaacaaaagagcgctaatata 31618685  T
Q  250 tgagttcatgccccaaggatcattggataagttcatctataaaagtggatttcctcaagctgtttgtgattttcattggaacacttttttccaaattaca 349  Q
    ||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||| | ||  ||||||||||| ||||||||||||| || | |||| ||    
T  31618684 tgaattcatgcccaaaggatcattggataagttcatctacaaaagtgaatttcctaatgccatttgtgattttgattggaacactttgtttcgaattgca 31618585  T
Q  350 cttggcattgctagaggactagagtacttgcatcaaggatgtagttcaaggattctgcatcttgatatcaaacctcaaaacattcttttggacgaagact 449  Q
     |||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||| |    
T  31618584 attggcattgctaaaggtctagagtacttgcatcaaggatgtagttcaaggattctacatcttgatataaaacctcaaaacattcttttggatgaagatt 31618485  T
Q  450 tttgtccaaaaatttctgattttggactagcaaaaatttgtcaaaggaaggatagtattgtttcaatacttggtacaagaggaactataggatatatggc 549  Q
    ||||||||||||| || |||||||||||||| ||||| || |||||||||||||||||||| |||||| | ||  ||||||||||||||||||| |||||    
T  31618484 tttgtccaaaaatctcagattttggactagctaaaatatgccaaaggaaggatagtattgtgtcaatattaggggcaagaggaactataggatacatggc 31618385  T
Q  550 tccag 554  Q
     ||||    
T  31618384 accag 31618380  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 285; E-Value: 1e-159
Query Start/End: Original strand, 44 - 554
Target Start/End: Complemental strand, 31615154 - 31614651
Alignment:
Q  44 gataaattaggccaaggaggatatggtgttgtatacaaagcaattttatccgatggtcgtcaagtggcagtgaaagtaataaacgaatcaaaaggaaatg 143  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||   ||||||||||| ||||| ||||||||| |||| || ||||| |||||||    
T  31615154 gataaattaggccaaggaggatatggtgttgtgtacaaagcaagtttaattgatggtcgtcatgtggcggtgaaagtactaaatgagtcaaagggaaatg 31615055  T
Q  144 gggaagaattcataaatgaagttgctagcattagtagaacatcacacacgaacattgtgtcccttgtaggctattgttatgaggggaacaaaagagcact 243  Q
    | ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||| ||||||||| |||||| |||||| ||||||||||| |||||||||||||||    
T  31615054 gagaagaattcataaatgaagttgctagcattagtcgaacattacacatgaacattgtatcccttttaggcttttgttatgaggtgaacaaaagagcact 31614955  T
Q  244 aatatatgagttcatgccccaaggatcattggataagttcatctataaaagtggatttcctcaagctgtttgtgattttcattggaacacttttttccaa 343  Q
    ||||||||| |||||| || |||||||||||||||  |||||||| ||||||| ||||||| | ||| ||||||||||| ||||||||||||| ||||||    
T  31614954 aatatatgaattcatgtccaaaggatcattggatagtttcatctacaaaagtgaatttcctaatgctatttgtgattttaattggaacactttgttccaa 31614855  T
Q  344 attacacttggcattgctagaggactagagtacttgcatcaaggatgtagttcaaggattctgcatcttgatatcaaacctcaaaacattcttttggacg 443  Q
    ||| || ||||||| |||||||| ||||||||||||||||       ||| |||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||| |    
T  31614854 attgcaattggcatcgctagaggtctagagtacttgcatc-------tagctcaaggattctgtatcttgataccaaacctcaaaacattcttttggatg 31614762  T
Q  444 aagacttttgtccaaaaatttctgattttggactagcaaaaatttgtcaaaggaaggatagtattgtttcaatacttggtacaagaggaactataggata 543  Q
    |||| ||||| |||||||| ||||||||||||||||| ||||| || |||| ||||||||||||||| |||||| | |||||||||||||||||||||||    
T  31614761 aagatttttgcccaaaaatctctgattttggactagcgaaaatatgccaaaagaaggatagtattgtgtcaatattaggtacaagaggaactataggata 31614662  T
Q  544 tatggctccag 554  Q
    |||||| ||||    
T  31614661 tatggcaccag 31614651  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 263; E-Value: 1e-146
Query Start/End: Original strand, 44 - 554
Target Start/End: Complemental strand, 31586030 - 31585520
Alignment:
Q  44 gataaattaggccaaggaggatatggtgttgtatacaaagcaattttatccgatggtcgtcaagtggcagtgaaagtaataaacgaatcaaaaggaaatg 143  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||  ||||   ||||||||||| ||||| |||||||||||||| ||| | || |||||||    
T  31586030 gataaattaggtcaaggaggatatggtgttgtgtacaaagcatgtttaagtgatggtcgtcatgtggcggtgaaagtaataaatgaaactaagggaaatg 31585931  T
Q  144 gggaagaattcataaatgaagttgctagcattagtagaacatcacacacgaacattgtgtcccttgtaggctattgttatgaggggaacaaaagagcact 243  Q
    | ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||  |||||||| || ||| |||||| ||| ||||||| ||||||||||||| |    
T  31585930 gagaagaattcataaatgaagtttctagcattagtagaacatcacacatcaacattgtatcacttttaggcttttgctatgaggtgaacaaaagagcatt 31585831  T
Q  244 aatatatgagttcatgccccaaggatcattggataagttcatctataaaagtggatttcctcaagctgtttgtgattttcattggaacacttttttccaa 343  Q
     |||||||| |||||| || |||||||||||| |||||| ||||||| |||   ||||||| | ||| | | ||||||| ||||||||||||| ||||||    
T  31585830 gatatatgaattcatgtccaaaggatcattgggtaagtttatctatagaagccaatttcctaatgctatatatgattttgattggaacactttgttccaa 31585731  T
Q  344 attacacttggcattgctagaggactagagtacttgcatcaaggatgtagttcaaggattctgcatcttgatatcaaacctcaaaacattcttttggacg 443  Q
    ||| || ||||||||||||||||  ||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |    
T  31585730 attgcagttggcattgctagaggtttagagtatttgcatcaaggatgtagttcgaggattctgcatcttgatatcaaaccccaaaacattcttttggatg 31585631  T
Q  444 aagacttttgtccaaaaatttctgattttggactagcaaaaatttgtcaaaggaaggatagtattgtttcaatacttggtacaagaggaactataggata 543  Q
    |||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| || | || ||||||||||| ||| ||||| || ||  |||||||||||||||||||    
T  31585630 aagatttttgtccaaaaatatctgattttggactagcaaaaatatgccgaaagaaggatagtactgtgtcaatgctaggggcaagaggaactataggata 31585531  T
Q  544 tatggctccag 554  Q
    |||||| ||||    
T  31585530 tatggcaccag 31585520  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #8
Raw Score: 228; E-Value: 1e-125
Query Start/End: Original strand, 33 - 546
Target Start/End: Complemental strand, 31541650 - 31541140
Alignment:
Q  33 actcatttcgggataaattaggccaaggaggatatggtgttgtatacaaagcaattttatccgatggtcgtcaagtggcagtgaaagtaataaacgaatc 132  Q
    |||| ||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||  ||| | |||||||||||||| ||||||||| | ||||| || ||    
T  31541650 actcgtttcgagataaattaggtcaaggaggatatggtgttgtttacaaagcaaacttacctgatggtcgtcaagtagcagtgaaaattataaatgagtc 31541551  T
Q  133 aaaaggaaatggggaagaattcataaatgaagttgctagcattagtagaacatcacacacgaacattgtgtcccttgtaggctattgttatgaggggaac 232  Q
     || |||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||   ||||||||| || ||| | || | ||||||||||   |||    
T  31541550 taagggaaatggagaagatttcataaatgaagttgctagcattagtagaacatcacatgtgaacattgtctcacttttgggattttgttatgag---aac 31541454  T
Q  233 aaaagagcactaatatatgagttcatgccccaaggatcattggataagttcatctataaaagtggatttcctcaagctgtttgtgattttcattggaaca 332  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||   |||||||||||||| | | ||| |||||  |||  ||||||| |    
T  31541453 aaaagagcactaatatatgagttcttgcccaaaggatcattggataagttcattcttaaaagtggatttcatgatgctatttgtagtttggattggaaga 31541354  T
Q  333 cttttttccaaattacacttggcattgctagaggactagagtacttgcatcaaggatgtagttcaaggattctgcatcttgatatcaaacctcaaaacat 432  Q
    | || | ||||||| || | || |||||| |||||||||| ||||||||||||||||||| |||||| ||| ||||||||||||||||||| ||||||||    
T  31541353 cattgtaccaaattgcaatcggaattgctcgaggactagaatacttgcatcaaggatgtatttcaagaattttgcatcttgatatcaaaccacaaaacat 31541254  T
Q  433 tcttttggacgaagacttttgtccaaaaatttctgattttggactagcaaaaatttgtcaaaggaaggatagtattgtttcaatacttggtacaagagga 532  Q
    ||||||||| ||| | ||||| || ||||| ||||||||||||||||| ||| | || |||||||| ||||||||||| ||  ||||||| |||||||||    
T  31541253 tcttttggatgaaaatttttgccccaaaatctctgattttggactagctaaagtatgccaaaggaatgatagtattgtgtctttacttggcacaagagga 31541154  T
Q  533 actataggatatat 546  Q
    ||||||||||||||    
T  31541153 actataggatatat 31541140  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #9
Raw Score: 218; E-Value: 1e-119
Query Start/End: Original strand, 33 - 552
Target Start/End: Original strand, 31572441 - 31572956
Alignment:
Q  33 actcatttcgggataaattaggccaaggaggatatggtgttgtatacaaagcaattttatccgatggtcgtcaagtggcagtgaaagtaataaacgaatc 132  Q
    |||||||||| |||||||||||  |||||||||||||||| || |||||||||| |||| | |||||| |||||||||| || |||||||||||||||||    
T  31572441 actcatttcgagataaattaggttaaggaggatatggtgtcgtgtacaaagcaagtttacctgatggttgtcaagtggcggttaaagtaataaacgaatc 31572540  T
Q  133 aaaaggaaatggggaagaattcataaatgaagttgctagcattagtagaacatcacacacgaacattgtgtcccttgtaggctattgttatgaggggaac 232  Q
     || ||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||   ||||||||| || ||| | || |  ||||||||   ||||    
T  31572541 taagggagatggagaagaattcataaatgaagttgctagcattagtagaacatcacatgtgaacattgtctcacttttgggtttctgttatga---gaac 31572637  T
Q  233 aaaagagcactaatatatgagttcatgccccaaggatcattggataagttcatctataaaagtggatttcctcaagctgtttgtgattttcattggaaca 332  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||  | || ||| | || |||||||||| ||||||||||||||||   ||  ||||| ||||  |||||||||    
T  31572638 aaaagagcactaatatatgaattcatgccaaatggttcactagacaagttcatctttaaaagtggatttcctagtgcactttgtaatttggattggaaca 31572737  T
Q  333 cttttttccaaattacacttggcattgctagaggactagagtacttgcatcaaggatgtagttcaaggattctgcatcttgatatcaaacctcaaaacat 432  Q
    | || | || |||| || | ||||| ||||||||||| || |||||||| |||||||||| |||||||||| ||||||||||||| ||||| ||||||||    
T  31572738 cgttgtaccgaattgcaataggcatagctagaggactcgaatacttgcaacaaggatgtatttcaaggattttgcatcttgatataaaacc-caaaacat 31572836  T
Q  433 tcttttggacgaagacttttgtccaaaaatttctgattttggactagcaaaaatttgtcaaaggaaggatagtattgtttcaatacttggtacaagagga 532  Q
    ||||||||| ||||| ||||| |||||||| |||||||||||||||||  |||| || |||||||||||||||||||| || |||||||| ||||| |||    
T  31572837 tcttttggatgaagatttttgcccaaaaatctctgattttggactagctcaaatatgccaaaggaaggatagtattgtgtccatacttggcacaagggga 31572936  T
Q  533 actataggatatatggctcc 552  Q
    ||||||||||| || |||||    
T  31572937 actataggatacatagctcc 31572956  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #10
Raw Score: 193; E-Value: 1e-104
Query Start/End: Original strand, 28 - 540
Target Start/End: Original strand, 31438609 - 31439121
Alignment:
Q  28 cacagactcatttcgggataaattaggccaaggaggatatggtgttgtatacaaagcaattttatccgatggtcgtcaagtggcagtgaaagtaataaac 127  Q
    |||| |||||||||| ||||| || || |||||||||||||||||||| |||||||||| |||| | ||||| ||||| || || |||||||||||||      
T  31438609 cacaaactcatttcgagataagttgggtcaaggaggatatggtgttgtgtacaaagcaagtttacctgatggccgtcatgttgcggtgaaagtaataagt 31438708  T
Q  128 gaatcaaaaggaaatggggaagaattcataaatgaagttgctagcattagtagaacatcacacacgaacattgtgtcccttgtaggctattgttatgagg 227  Q
    || |  || ||| | || |||||||| |||||||||||||| ||||| |||| |||||||||   ||||||||| || ||| | || | |||||||||      
T  31438709 gagtgcaagggagacggagaagaatttataaatgaagttgcaagcataagtaaaacatcacatgtgaacattgtctcacttttgggtttttgttatgaaa 31438808  T
Q  228 ggaacaaaagagcactaatatatgagttcatgccccaaggatcattggataagttcatctataaaagtggatttcctcaagctgtttgtgattttcattg 327  Q
     ||||||||| ||| | |||||||| |||||| || | || ||||| ||||||||||| |||||||||||||||||  | ||| ||||||||||  ||||    
T  31438809 agaacaaaagtgcattgatatatgaattcatgtccaatgggtcattagataagttcatatataaaagtggatttccaaatgctatttgtgatttggattg 31438908  T
Q  328 gaacacttttttccaaattacacttggcattgctagaggactagagtacttgcatcaaggatgtagttcaaggattctgcatcttgatatcaaacctcaa 427  Q
    ||||||  | ||||| ||| || || ||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||| |||||| ||| |||||||||||||||||||||||    
T  31438909 gaacacaatgttccatattgcaattagcattgctagaggactagagtacttacatcaaggttgtatttcaagaattttgcatcttgatatcaaacctcaa 31439008  T
Q  428 aacattcttttggacgaagacttttgtccaaaaatttctgattttggactagcaaaaatttgtcaaaggaaggatagtattgtttcaatacttggtacaa 527  Q
    ||||||||||| || ||||| |||||||||||||| ||||||||||| ||||| ||||| ||||||| ||| || ||| |||||||  ||||||| ||||    
T  31439009 aacattcttttagatgaagatttttgtccaaaaatatctgattttggtctagctaaaatatgtcaaaagaaagagagtgttgtttccctacttggcacaa 31439108  T
Q  528 gaggaactatagg 540  Q
    |||||||||||||    
T  31439109 gaggaactatagg 31439121  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #11
Raw Score: 140; E-Value: 5e-73
Query Start/End: Original strand, 33 - 434
Target Start/End: Complemental strand, 31532993 - 31532595
Alignment:
Q  33 actcatttcgggataaattaggccaaggaggatatggtgttgtatacaaagcaattttatccgatggtcgtcaagtggcagtgaaagtaataaacgaatc 132  Q
    |||||||||| || | ||| || ||||||||||||||| | || ||||||||||  ||| | ||||||||| ||||||| ||||||||||||||||| ||    
T  31532993 actcatttcgagacagattgggtcaaggaggatatggtatggtttacaaagcaaacttacctgatggtcgtgaagtggcggtgaaagtaataaacgagtc 31532894  T
Q  133 aaaaggaaatggggaagaattcataaatgaagttgctagcattagtagaacatcacacacgaacattgtgtcccttgtaggctattgttatgaggggaac 232  Q
    ||| |||||| | |||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||   |||||| || || ||| | || | ||| ||||||   |||    
T  31532893 aaagggaaatagagaagaattcacaaatgaagttgcaagcattagtagaacatcacatgtgaacatcgtttcacttttgggtttttgctatgag---aac 31532797  T
Q  233 aaaagagcactaatatatgagttcatgccccaaggatcattggataagttcatctataaaagtggatttcctcaagctgtttgtgattttcattggaaca 332  Q
    |||||||||||||||||||| |||||| ||  ||||||||| ||||| ||||||   |||||||| || ||| | ||| |||||  |||  ||||||||     
T  31532796 aaaagagcactaatatatgaattcatgtccagaggatcattagataaattcatcctcaaaagtgggttgcctgatgctatttgtagtttagattggaacg 31532697  T
Q  333 cttttttccaaattacacttggcattgctagaggactagagtacttgcatcaaggatgtagttcaaggattctgcatcttgatatcaaacctcaaaacat 432  Q
    | || | ||||||| || | |||||||||  ||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||    
T  31532696 cattgtaccaaattgcaatcggcattgctcaaggactagaatacttgcatcaaggatgtaattcaaggattttgcatcttgatatcaaaccacaaaacat 31532597  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #12
Raw Score: 135; E-Value: 4e-70
Query Start/End: Original strand, 33 - 333
Target Start/End: Original strand, 33304766 - 33305068
Alignment:
Q  33 actcatttcgggataaattaggccaaggaggatatggtgttgtatacaaagcaattttatccgatggtcgtcaagtggcagtgaaagtaataaacgaatc 132  Q
    |||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||  ||| | |||||||||||||||||||||||||||||||| || ||    
T  33304766 actcatttcgagataaattaggtcaaggaggatatggtgttgtgtacaaagcaagcttacctgatggtcgtcaagtggcagtgaaagtaataaaagagtc 33304865  T
Q  133 aaaaggaaatggggaagaattcataaatgaagttgctagcattagtagaacatca---caca--cgaacattgtgtcccttgtaggctattgttatgagg 227  Q
     || |||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||   ||||   ||||||||| || ||| | || | |||||||||      
T  33304866 caagggaaatggagaagaatttataaatgaagttgctagcattagtagaacgtcacgtcacatgtgaacattgtctcacttttgggtttttgttatga-- 33304963  T
Q  228 ggaacaaaagagcactaatatatgagttcatgccccaaggatcattggataagttcatctataaaagtggatttcctcaagctgtttgtgattttcattg 327  Q
     |||||||||||| || |||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||| |||||||| |||| | ||| ||||||||||  ||||    
T  33304964 -gaacaaaagagctctgatatatgaattcatgcccaaaggatcattggataagttcatccatataagtggatctcctgatgctatttgtgatttggattg 33305062  T
Q  328 gaacac 333  Q
    ||||||    
T  33305063 gaacac 33305068  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #13
Raw Score: 93; E-Value: 5e-45
Query Start/End: Original strand, 387 - 543
Target Start/End: Original strand, 33305100 - 33305256
Alignment:
Q  387 gatgtagttcaaggattctgcatcttgatatcaaacctcaaaacattcttttggacgaagacttttgtccaaaaatttctgattttggactagcaaaaat 486  Q
    |||||| |||||||||| ||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||  |||| ||||| |||||||| || ||||||||||||||  ||||    
T  33305100 gatgtatttcaaggattttgcatcttgatgtcaaaccccaaaacattcttttggattaagatttttgcccaaaaatctcagattttggactagctcaaat 33305199  T
Q  487 ttgtcaaaggaaggatagtattgtttcaatacttggtacaagaggaactataggata 543  Q
     ||||||||||||||||| ||||| || |||||||||||||||||||||||||||||    
T  33305200 atgtcaaaggaaggatagcattgtatccatacttggtacaagaggaactataggata 33305256  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #14
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000001
Query Start/End: Original strand, 365 - 486
Target Start/End: Original strand, 21898213 - 21898334
Alignment:
Q  365 ggactagagtacttgcatcaaggatgtagttcaaggattctgcatcttgatatcaaacctcaaaacattcttttggacgaagacttttgtccaaaaattt 464  Q
    ||||| || ||||||||||||||||||  ||| |||||| ||||||| |||||||| || || ||||||||  |||| || || ||||| ||||||||      
T  21898213 ggactggactacttgcatcaaggatgtgcttcgaggattgtgcatctggatatcaagccccacaacattctgctggatgatgatttttgcccaaaaatcg 21898312  T
Q  465 ctgattttggactagcaaaaat 486  Q
    ||||||||||||| || |||||    
T  21898313 ctgattttggactggcgaaaat 21898334  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 173; Significance: 9e-93; HSPs: 2)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 173; E-Value: 9e-93
Query Start/End: Original strand, 28 - 540
Target Start/End: Original strand, 15062956 - 15063468
Alignment:
Q  28 cacagactcatttcgggataaattaggccaaggaggatatggtgttgtatacaaagcaattttatccgatggtcgtcaagtggcagtgaaagtaataaac 127  Q
    |||| |||| ||||| ||||| || ||||||||||||||||||||||| |||||||| | |||| | ||||| ||||| || || |||||||| |||| |    
T  15062956 cacaaactcgtttcgagataagttgggccaaggaggatatggtgttgtttacaaagccagtttacctgatggccgtcatgtagcggtgaaagtgataagc 15063055  T
Q  128 gaatcaaaaggaaatggggaagaattcataaatgaagttgctagcattagtagaacatcacacacgaacattgtgtcccttgtaggctattgttatgagg 227  Q
    || |  || ||||| || |||||||| |||||||||||||| ||||| |  | ||||||||| | |||| |||| || ||| | || | ||||||||||     
T  15063056 gagtgcaagggaaacggagaagaatttataaatgaagttgcaagcataacaaaaacatcacatatgaacgttgtttcacttttgggtttttgttatgaga 15063155  T
Q  228 ggaacaaaagagcactaatatatgagttcatgccccaaggatcattggataagttcatctataaaagtggatttcctcaagctgtttgtgattttcattg 327  Q
     ||||||||||||| | |||||||| |||||| || | |||||||| ||||||||||| || ||||||||||||||  | ||| ||||||||||  ||||    
T  15063156 agaacaaaagagcattgatatatgaattcatgtccaatggatcattagataagttcatatacaaaagtggatttccaaatgctatttgtgatttggattg 15063255  T
Q  328 gaacacttttttccaaattacacttggcattgctagaggactagagtacttgcatcaaggatgtagttcaaggattctgcatcttgatatcaaacctcaa 427  Q
    |||||| || ||||||||   | ||||||||||| |||| |||||||| || |||||||| |||| |||||| ||| |||||||||||||||||||||||    
T  15063256 gaacacattattccaaatcgtaattggcattgctcgaggtctagagtatttacatcaaggttgtatttcaagaattttgcatcttgatatcaaacctcaa 15063355  T
Q  428 aacattcttttggacgaagacttttgtccaaaaatttctgattttggactagcaaaaatttgtcaaaggaaggatagtattgtttcaatacttggtacaa 527  Q
    ||||||||||| || ||||| ||||| |||||||| ||||||||||| || || ||||| ||||||| ||| || ||| |||| || || ||||| ||||    
T  15063356 aacattcttttagatgaagatttttgcccaaaaatatctgattttggtcttgctaaaatatgtcaaaagaaagagagtgttgtgtccatgcttgggacaa 15063455  T
Q  528 gaggaactatagg 540  Q
    |||||||||||||    
T  15063456 gaggaactatagg 15063468  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000005
Query Start/End: Original strand, 411 - 532
Target Start/End: Complemental strand, 29084098 - 29083976
Alignment:
Q  411 ttgatatcaaacctcaaaacattcttttggacgaagacttttgtccaaaaatttct--gattttggactagcaaaaatttgtcaaaggaaggatagtatt 508  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||||| || || ||||| |||||||  |||  |||||||||||||| ||||| ||||||  |||  ||||||||    
T  29084098 ttgatatcaaaccccaaaacattcttttggatgacgatttttg-ccaaaaaaatctaagattttggactagctaaaatatgtcaagagaatcatagtatt 29084000  T
Q  509 gtttcaatacttggtacaagagga 532  Q
    || || |||||||| |||| ||||    
T  29083999 gtgtctatacttggcacaatagga 29083976  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0394 (Bit Score: 44; Significance: 9e-16; HSPs: 1)
Name: scaffold0394
Description:

Target: scaffold0394; HSP #1
Raw Score: 44; E-Value: 9e-16
Query Start/End: Original strand, 429 - 540
Target Start/End: Complemental strand, 2177 - 2066
Alignment:
Q  429 acattcttttggacgaagacttttgtccaaaaatttctgattttggactagcaaaaatttgtcaaaggaaggatagtattgtttcaatacttggtacaag 528  Q
    |||||||||| || ||||| ||||| |||||||| ||||||||||| || || ||||| ||||||| ||| || ||| |||| || || ||||| |||||    
T  2177 acattcttttagatgaagatttttgcccaaaaatatctgattttggtcttgctaaaatatgtcaaaagaaagagagtgttgtgtccatgcttgggacaag 2078  T
Q  529 aggaactatagg 540  Q
    ||||||||||||    
T  2077 aggaactatagg 2066  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 32; Significance: 0.00000001; HSPs: 5)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000001
Query Start/End: Original strand, 365 - 484
Target Start/End: Complemental strand, 31189709 - 31189590
Alignment:
Q  365 ggactagagtacttgcatcaaggatgtagttcaaggattctgcatcttgatatcaaacctcaaaacattcttttggacgaagacttttgtccaaaaattt 464  Q
    ||||||||||||||||||  ||||||||   |||| ||| | ||| | || || ||||| || ||||||||||| || ||  | || |||||||||||||    
T  31189709 ggactagagtacttgcatagaggatgtaccacaagaattttacatttcgacataaaaccacataacattcttttagatgagaatttatgtccaaaaattt 31189610  T
Q  465 ctgattttggactagcaaaa 484  Q
    | ||||||||||| ||||||    
T  31189609 cagattttggacttgcaaaa 31189590  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 419 - 484
Target Start/End: Complemental strand, 31145597 - 31145532
Alignment:
Q  419 aaacctcaaaacattcttttggacgaagacttttgtccaaaaatttctgattttggactagcaaaa 484  Q
    ||||| || ||||||||||| || ||| |||| |||||||| ||||| ||||||||||| ||||||    
T  31145597 aaaccacataacattcttttagatgaaaacttatgtccaaagatttcagattttggacttgcaaaa 31145532  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 419 - 484
Target Start/End: Complemental strand, 31171910 - 31171845
Alignment:
Q  419 aaacctcaaaacattcttttggacgaagacttttgtccaaaaatttctgattttggactagcaaaa 484  Q
    ||||| || ||||||||||| || ||| |||| |||||||| ||||| ||||||||||| ||||||    
T  31171910 aaaccacataacattcttttagatgaaaacttatgtccaaagatttcagattttggacttgcaaaa 31171845  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 449 - 498
Target Start/End: Complemental strand, 31201432 - 31201383
Alignment:
Q  449 ttttgtccaaaaatttctgattttggactagcaaaaatttgtcaaaggaa 498  Q
    ||||||||||| ||||| ||||||||||| |||||| |||||| ||||||    
T  31201432 ttttgtccaaagatttcagattttggacttgcaaaactttgtccaaggaa 31201383  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000008
Query Start/End: Original strand, 411 - 483
Target Start/End: Original strand, 30955236 - 30955308
Alignment:
Q  411 ttgatatcaaacctcaaaacattcttttggacgaagacttttgtccaaaaatttctgattttggactagcaaa 483  Q
    ||||||| ||||| || ||||||||||| || ||| | || |||||||| ||||| ||||||||||| |||||    
T  30955236 ttgatataaaaccacataacattcttttagatgaaaatttatgtccaaagatttcagattttggacttgcaaa 30955308  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University