View Alignment
This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.
| Legend |
| | Query |
| | Query hiting target |
| Query hiting target's complemental strand |
| | Query's complemental strand hiting target |
| Query's complemental strand hiting target's complemental strand |
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Alignment Overview
Query: NF4226-Insertion-2 (Length: 985)
Name: NF4226-Insertion-2
Description: NF4226
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)
| [»] NF4226-Insertion-2 |
 | |
|
Alignment Details
Target: chr8 (Bit Score: 924; Significance: 0; HSPs: 6)
Name: chr8
Description:
Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 924; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 8 - 976
Target Start/End: Original strand, 4145367 - 4146332
Alignment:
| Q |
8 |
tgtgaaactatcccagattgttgctccagaattgatgtctcttagaatcaagttccctgcatcatcaagtttagctgttgaatttgttgaagatgaaatg |
107 |
Q |
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| T |
4145367 |
tgtgaaactatcccagattgttgctccagaattgatgtctcttagaatcaagttccctgcatcatcaagtttagctgttgaatttgttgaagatgaaatg |
4145466 |
T |
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| Q |
108 |
tttgttgaccaaatgatgctgccatttggtttgttcaaaattacaagatttccatttttgtgaattgtgacaattccatttgaatctttgagtggttgat |
207 |
Q |
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| T |
4145467 |
tttgttgaccaaatgatgctgccatttggtttgttcaaaattacaagatttccatttttgtgaattgtgacaattccatttgaatctttgagtggttgat |
4145566 |
T |
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| Q |
208 |
ctctgtttgcaatccatatgttgttggtctcattgatgtaccaaattcctaagtaacggttgggcgaatttaatgggctgaaaaatcctagcttgaggtc |
307 |
Q |
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| T |
4145567 |
ctctgtttgcaatccatatgttgttggtctcattgatgtaccaaattcctaagtaacggttgggcgaatttaatgggctgaaaaatcctagcttgaggtc |
4145666 |
T |
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| Q |
308 |
tgtgttgtttgaggttattgtttcattgtctttgagtaatttggatgatgtaatagtgtcgttgacagcactataacatgaataaaatgtgcaaaatatg |
407 |
Q |
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| T |
4145667 |
tgtgttgtttgaggttattgtttcattgtctttgagtaatttggatgatgtaatagtgtcgttgacagcactataacatgaataaaatgtgcaaaatatg |
4145766 |
T |
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| Q |
408 |
aggaatgttatgaacaagtggtttttgttatgacttagaaaagccatgaacatgtaacaaaatggtgttttttgaggaatactaggatttaatttggttt |
507 |
Q |
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| T |
4145767 |
aggaatgttatgaacaagtggtttttgttatgacttagaaaagccatgaacatgtaacaaaatggtgttttttgaggaatactaggatttaatttggttt |
4145866 |
T |
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| Q |
508 |
gatgagatttgtaatttgtttcatgttcctaatcaaattcacgtggaagaagttgttgaattgtggagtcgttgagatgctctattgagtttgcaattag |
607 |
Q |
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| T |
4145867 |
gatgagatttgtaatttgtttcatgttcctaatcaaattcacgtggaagaagttgttgaattgtggagtcgttgagatgctctattgagtttgcaattag |
4145966 |
T |
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| Q |
608 |
ttgactttagcaacgtgctaagcaatgggaattacatggaaaaatcataagttgcattattttattacctatgaagccaaattgtgtattccttgcgggt |
707 |
Q |
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| T |
4145967 |
ttgactttagcaacgtgctaagcaatgggaattacatggaaaaatcataagttgcattattttattacctatgaagccaaattgtgtattccttgcgggt |
4146066 |
T |
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| Q |
708 |
agctttttcttgtacaaataaaaacaaaagaacttagaagtcaactcgagtattgcttgcattcacgcttctttaatgtcaaaatttacattttcaatcc |
807 |
Q |
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| T |
4146067 |
agctttttcttgtacaaataaaaacaaaagaacttagaagtcaactcgagtattgcttgcattcacgcttctttaatgtcaaaatttacattttcaatcc |
4146166 |
T |
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| Q |
808 |
ttaagccctttagtctctttatgtgtatatataaatagttgttggagcaaaggaaatgttacgatatatcacactttccgagaagtgaatcgatgtatag |
907 |
Q |
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| T |
4146167 |
ttaagccctttagtctctttatgtgtatatataaatagttgttggagcaaaggaaatgttacgatatatcacactttccgagaagtgaatcgatgtatag |
4146266 |
T |
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| Q |
908 |
annnnnnnngttaagtttgatgcctcgtcgaactttgaagtttcttttgtcacgtgtctacttcgacga |
976 |
Q |
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| T |
4146267 |
a-tttttttgttaagtttgatgcctcgtcgaactttg-agtttc-tttgtcacgtgtctacttcgacga |
4146332 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 363; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 8 - 469
Target Start/End: Original strand, 4134565 - 4135027
Alignment:
| Q |
8 |
tgtgaaactatcccagattgttgctccagaattgatgtctcttagaatcaagttccctgcatcatcaagtttagctgttgaatttgttgaagatgaaatg |
107 |
Q |
| |
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|
|
| T |
4134565 |
tgtgaaactatcccagattgttgctccagaattgatgtctcttagaatcaagttccctgcatcatcaagtttagctgttgaatttgttgaagatgaaatg |
4134664 |
T |
|
| Q |
108 |
tttgttgaccaaatgatgctgccatttggtttgttcaaaattacaagatttccatttttgtgaattgtgacaattccatttgaatctttgagtggttgat |
207 |
Q |
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| T |
4134665 |
tttgttgaccaaatgatgataccatttggtttgttcaatattacaagatttccatctttgtgaattgtgacaattccatttgaatctttgagtggttgat |
4134764 |
T |
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| Q |
208 |
ctctgtttgcaatccatatgttgttggtctcattgatgtaccaaattcctaagtaacggttgggcgaatttaatgggctgaaaaatcctagcttgaggtc |
307 |
Q |
| |
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| T |
4134765 |
ctctgtttgcaatccatatgttgttggtctcattgatgtaccaaattcctaagtaacggttgttcgaatttaatgggctgaaaaatcctagcttgaggtc |
4134864 |
T |
|
| Q |
308 |
tgtgttgtttgaggttattgtttcattgtctttgagtaatttggatgatgtaatagtgtcgttgacagcactataacatgaataaaatgtgcaaaatatg |
407 |
Q |
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| T |
4134865 |
tgtgttgtttgaggttattgtttcattgtctttgagtgattttgatgatgtaatggcgttgttggtagaactataacatgaataaaatgtgcaaaatatg |
4134964 |
T |
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| Q |
408 |
aggaatgttatgaacaagtggtttttgttatgacttag-aaaagccatgaacatgtaacaaaa |
469 |
Q |
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|
| T |
4134965 |
aggaatgtaatgaataagtcatttatattatgacttagaaaaagccataaatgtgtaacaaaa |
4135027 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 299; E-Value: 1e-167
Query Start/End: Original strand, 8 - 470
Target Start/End: Original strand, 4124020 - 4124482
Alignment:
| Q |
8 |
tgtgaaactatcccagattgttgctccagaattgatgtctcttagaatcaagttccctgcatcatcaagtttagctgttgaatttgttgaagatgaaatg |
107 |
Q |
| |
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| T |
4124020 |
tgtgaaactatcccagattgttgctccagaactgatatctctcaaaatcaagtttcctgaatcagcaagttgagctgttgaatttgttgaagatgaaatg |
4124119 |
T |
|
| Q |
108 |
tttgttgaccaaatgatgctgccatttggtttgttcaaaattacaagatttccatttttgtgaattgtgacaattccatttgaatctttgagtggttgat |
207 |
Q |
| |
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||||||||||| || || ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
4124120 |
tttgttgaccatataataacaccatttggtttgttcaatattacaagatttccatttttgtgaattgtgactattccatttgaatctttgagtggttgat |
4124219 |
T |
|
| Q |
208 |
ctctgtttgcaatccatatgttgttggtctcattgatgtaccaaattcctaagtaacggttgggcgaatttaatgggctgaaaaatcctagcttgaggtc |
307 |
Q |
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| T |
4124220 |
ctctgtttgcaatccatatattgttggtctcattgatgtaccaaattcctaggtaacggttggttgaatttaatgggctgaaaaatcctagcttgaagtt |
4124319 |
T |
|
| Q |
308 |
tgtgttgtttgaggttattgtttcattgtctttgagtaatttggatgatgtaatagtgtcgttgacagcactataacatgaataaaatgtgcaaaatatg |
407 |
Q |
| |
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|
| T |
4124320 |
tgtgttgtttgaggttattgtttcattgtctttgagagatttggatggtgtaatggtgtcattgattgcactataacatgaataaaaggtgcaaaatatg |
4124419 |
T |
|
| Q |
408 |
aggaatgttatgaacaagtggtttttgttatgacttagaaaagccatgaacatgtaacaaaat |
470 |
Q |
| |
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| T |
4124420 |
aggactgtaatgaataagtcatttgtattatgacgtagaaaagccattaatgtgtaacaaaat |
4124482 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 276; E-Value: 1e-154
Query Start/End: Original strand, 8 - 513
Target Start/End: Original strand, 4153370 - 4153885
Alignment:
| Q |
8 |
tgtgaaactatcccagattgttgctccagaattgatgtctcttagaatcaagttccctgcatcatcaagtttagctgttgaatttgttgaagatgaaatg |
107 |
Q |
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|
|
| T |
4153370 |
tgtgaaactatcccagattgttgctccggaactgatatctctcaaaatcaagtttcctgaatcagcaagttgagctgttgaatttgttgaagatgaaatg |
4153469 |
T |
|
| Q |
108 |
tttgttgaccaaatgatgctgccatttggtttgttcaaaattacaagatttccatttttgtgaattgtgacaattccatttgaatctttgagtggttgat |
207 |
Q |
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|
|
| T |
4153470 |
tttgttgaccatataataacaccatttggtttgttcaatattataaaatttccatctttgtgaattgtgacaattccatttgaatctttgagtggttgat |
4153569 |
T |
|
| Q |
208 |
ctctgtttgcaatccatatgttgttggtctcattgatgtaccaaattcctaagtaacggttgggcgaatttaatgggctgaaaaatcctagcttgaggtc |
307 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| | |
|
|
| T |
4153570 |
ctctgtttgcaatccatatattgttggtcttattgatgtaccaaattcctaggtaacggttggttgaatttaatgggctgaaaaatcctagcttgaaatt |
4153669 |
T |
|
| Q |
308 |
tgtgttgtttgaggttattgtttcattgtctttgagtaatttggatgatgtaatagtgtcgttgacagcactataacatgaataaaatgtgcaaaatatg |
407 |
Q |
| |
|
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|
|
| T |
4153670 |
tgtgttgtttgaggttattgtttcattgtctttgagagatttggatgatgtaatggtgtcattgattgcactataacatgaataaattgtgcaaaatata |
4153769 |
T |
|
| Q |
408 |
aggaatg---ttatgaacaagtggtttttgttatgacttagaaaagccatgaacatgtaacaaa-------atggtgttttttgaggaatactaggattt |
497 |
Q |
| |
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||||| | ||||||| |||| ||| || ||||||||||||||||| || ||||||| | ||| ||||||||||||||||||||||||| |
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| T |
4153770 |
aggaaagtaattatgaagaagtaatttgaattgtgacttagaaaagccataaatgtgtaacagattgttgtatgatgttttttgaggaatactaggattt |
4153869 |
T |
|
| Q |
498 |
aatttggtttgatgag |
513 |
Q |
| |
|
| |||||||| ||||| |
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| T |
4153870 |
agtttggtttaatgag |
4153885 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 258; E-Value: 1e-143
Query Start/End: Original strand, 9 - 507
Target Start/End: Original strand, 4163724 - 4164236
Alignment:
| Q |
9 |
gtgaaactatcccagattgttgctccagaattgatgtctcttagaatcaagttccctgcatcatcaagtttagctgttgaatttgttgaa----ga--tg |
102 |
Q |
| |
|
|||||||||||||| ||||||| || |||||||||||| |||||||||||||| ||| ||||| |||||| |||||| |||||| ||||| || || |
|
|
| T |
4163724 |
gtgaaactatcccaaattgttgatctagaattgatgtcacttagaatcaagtttcctacatcaacaagttgagctgtggaatttattgaatttggacttg |
4163823 |
T |
|
| Q |
103 |
aaatgtttgttgaccaaatgatgctgccatttggtttgttcaaaattacaagatttccatttttgtgaattgtgacaattccatttgaatctttgagtgg |
202 |
Q |
| |
|
||||| ||||||||||||||||||| |||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||| |
|
|
| T |
4163824 |
aaatgcttgttgaccaaatgatgctaccattttctttgttcaatattacaagatttccatttttgtgaattgtgactattccatttgaatccttgagtgg |
4163923 |
T |
|
| Q |
203 |
ttgatctctgtttgcaatccatatgttgttggtctcattgatgtaccaaattcctaagtaacggttgggcgaatttaatgggctgaaaaatcctagcttg |
302 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
4163924 |
ttgatctctgtttgcaatccatatattgttggtctcattgatgtaccaaattcctaggtaacggttggttgaatttaatgggctgaaaaatcctagcttg |
4164023 |
T |
|
| Q |
303 |
aggtctgtgttgtttgaggttattgtttcattgtctttgagtaatttggatgatgtaatagtgtcgttgacagcactataacatgaataaaatgtgcaaa |
402 |
Q |
| |
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| | |||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||| ||||||||||| ||||||||| || |||||||||||||||||| |||| || |
|
|
| T |
4164024 |
aaatttgtgttgtttgaggttattgtttcgttgtctttgagtgatttagatgatgtaatggtgtcgttggtagaactataacatgaataaaaggtgctaa |
4164123 |
T |
|
| Q |
403 |
atatgaggaatg---ttatgaacaagtggtttttgttatgacttagaaaagccatgaacatgtaacaaaat----ggtg-ttttttgaggaatactagga |
494 |
Q |
| |
|
|||||| ||| | ||||||| ||||||||| |||| ||| ||||||||||||| || ||||||| | |||| |||||||||||||||||| | |
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|
| T |
4164124 |
atatgatgaacgtaattatgaagaagtggtttgtgttgtgaattagaaaagccataaatggataacaaattgttaggtgtttttttgaggaatactagaa |
4164223 |
T |
|
| Q |
495 |
tttaatttggttt |
507 |
Q |
| |
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|||| |||||||| |
|
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| T |
4164224 |
tttagtttggttt |
4164236 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 34; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 475 - 544
Target Start/End: Original strand, 4124500 - 4124568
Alignment:
| Q |
475 |
ttttttgaggaatactaggatttaatttggtttgatgagatttgtaatttgtttcatgttcctaatcaaa |
544 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||| | ||| |||||||||||||| |||||||||||| ||| |||||| ||||| |
|
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| T |
4124500 |
ttttttgaggaatactagaacttagtttggtttgatgag-tttgtaatttgtaacatattcctattcaaa |
4124568 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
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