View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF4229_low_1 (Length: 885)

Name: NF4229_low_1
Description: NF4229
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF4229_low_1
NF4229_low_1
[»] chr1 (1 HSPs)
chr1 (20-869)||(37446022-37446853)


Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 718; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 718; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 20 - 869
Target Start/End: Complemental strand, 37446853 - 37446022
Alignment:
Q  20 tgtggttaggtttagcacatttcacagttaaccaaagattacctagcnnnnnnnnnnnnnngtgcgcattagtattgttaatttttatgttgaaagtgag 119  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||              |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37446853 tgtggttaggtttagcaaatttcacagttaaccaaagattacctagctatatatata----gtgcgcattagtattgttaatttttatgttgaaagtgag 37446758  T
Q  120 gatcaaactcttgacctacttatcacttcacttcttaactcttgacaatgaaatgtaaaatggaaattactataaaccttatatacctacaaatataatt 219  Q
    |||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37446757 gatcaagctcttgacctccttatcacttcacttcttaactcttgacaatgaaatgtaaaatggaaattactataaaccttatatacctacaaatataatt 37446658  T
Q  220 tccattttacatttttctattattctcttttcaacgactttatcaagagtagtaatatgtgcaacatgtacatttgttttatatgcaataaaataatata 319  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||         ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  37446657 tccattttacatttttctattattctcttttcaacgactttatcaagagtag---------caacatgtacatttgttttatatgcaataaa-taatata 37446568  T
Q  320 ttcattttgttagttaaagaagaatgaatatgtacgtaccaaaattttagaatgagggagtaatagagtgatttgattcatgttatgttctagttaaaac 419  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||||||||    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37446567 ttcattttgttagttaaaaaagaatgaatatgtac----caaaattttagaatgagggagtaatagagtgatttgattcatgttatgttctagttaaaac 37446472  T
Q  420 attagattaatttggtgtgtttaatgattggtgtacaatacgatacgtctacgcttttgttgatgtagtatatagtgagttggaaattgtacagtgtaag 519  Q
    || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37446471 ataagattaatttggtgtgtttaatgattggtgtacaatacgatacgtctacgcttttgttgatgtagtatatagtgagttggaaattgtacagtgtaag 37446372  T
Q  520 gggataagaagcttctactttagaagtttttatctcaaattgccttttatctttataacaatcaagtgggtgcgccttttcaaaataaaacaaaaatcat 619  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37446371 gggataagaagcttctactttagaagtttttatctcaaattgccttttatctttataacaatcaagtgggtgcgccttttcaaaataaaacaaaaatcat 37446272  T
Q  620 tgataacattcataatttcatatactatataaacaaacccgatcaagagaaatataaacacacacattcagagtcacacaccaataacatacattatcga 719  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37446271 tgataacattcataatttcatatactatataaacaaacccgatcaagagaaatataaacacacatattcagagtcacacaccaataacatacattatcga 37446172  T
Q  720 tcttagttgagtcatcattgcaaagcgaaccatataaaactcattcctctctagtatccacacttgaaacgggtcctatatatggaacacattaacgagt 819  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37446171 tcttagttgagtcatcattacaaagcgaaccatataaaactcattcctctctagtatccacacttgaaacgggtcctatatatggaacacattaacgagt 37446072  T
Q  820 atgactggaacatgactcacttactatccaacaatgatgatgctcaaact 869  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37446071 atgactggaacatgactcacttactatccaacaatgatgatgctcaaact 37446022  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University